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  • added a faked ecoli to ptserver test-db
  • added unit-tests for gene-ptserver
  • rename ptserver testdb
  • ptserver db-cleanup
    • size of mapfile for SSUREF108 is reduced by 85% (3,4Gb → 519Mb)
  • ptserver
    • refactored
      • prefix tree builders
      • probe_input_data
    • removed ptnd_new_match (dead code)
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Line 
1/*ARBDB ASCII*/
2presets                 %% (%
3        alignment               %% (%
4                alignment_name          "ali_genom"
5                alignment_len           %i 66
6                %) /*alignment*/
7
8        use                     "ali_genom"
9        %) /*presets*/
10
11species_data            %% (%
12        species         %% (%
13                name "genome1"
14                ali_genom               %% (%
15                        data                    "AUUCUGGUUGAUCCUGCCAGAGGUUACUGCUAUCGGUGUUCGCCUAAGCCAUGCGAGUCAUAUGUA"
16                        %) /*ali_genom*/
17                gene_data               %% (%
18                        gene            %% (%
19                                name "gene1"
20                                pos_start "3"
21                                pos_stop "6"
22                                pos_complement "0"
23                                %) /*gene*/
24                        gene            %% (%
25                                name "gene2"
26                                pos_start "9"
27                                pos_stop "17"
28                                pos_complement "0"
29                                %) /*gene*/
30                        gene            %% (%
31                                name "gene3"
32                                pos_start "4"
33                                pos_stop "11"
34                                pos_complement "1"
35                                %) /*gene*/
36                        gene            %% (%
37                                name "joined1"
38                                pos_joined %i 2
39                                pos_start "4,7"
40                                pos_stop "11,17"
41                                pos_complement "0,1"
42                                %) /*gene*/
43                        %) /*gene_data*/
44                %) /*species*/
45
46        species         %% (%
47                name "genome2"
48                ali_genom               %% (%
49                        data                    "AUUUCGGUUGAUCCUGCCAGAGGUUACUGCAUUCGGUGUUCGCCUAAGCACUGCGAGUCAUAUGUA"
50                        %) /*ali_genom*/
51                gene_data               %% (%
52                        gene            %% (%
53                                name "gene1"
54                                pos_start "1"
55                                pos_stop "8"
56                                pos_complement "0"
57                                %) /*gene*/
58                        gene            %% (%
59                                name "gene2"
60                                pos_start "7"
61                                pos_stop "19"
62                                pos_complement "0"
63                                %) /*gene*/
64                        gene            %% (%
65                                name "gene3"
66                                pos_start "2"
67                                pos_stop "13"
68                                pos_complement "1"
69                                %) /*gene*/
70                        gene            %% (%
71                                name "joined1"
72                                pos_joined %i 2
73                                pos_start "2,5"
74                                pos_stop "13,19"
75                                pos_complement "0,1"
76                                %) /*gene*/
77                        %) /*gene_data*/
78                %) /*species*/
79
80        %) /*species_data*/
81
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.