| 1 | /*ARBDB ASCII*/ |
|---|
| 2 | species_data %% (% |
|---|
| 3 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 4 | name :7600 "CytLyti6" |
|---|
| 5 | flag :7000 "m" |
|---|
| 6 | full_name "Cytophaga lytica" |
|---|
| 7 | short_name "C. lytica" |
|---|
| 8 | strain "DSM 2039" |
|---|
| 9 | aacid "395 " |
|---|
| 10 | acc "ARB_6B3852E" |
|---|
| 11 | tmp "397 " |
|---|
| 12 | status "sorted" |
|---|
| 13 | aa "395 " |
|---|
| 14 | exclude "double entry" |
|---|
| 15 | aa_pro "395 " |
|---|
| 16 | transl_table "2" |
|---|
| 17 | codon_start "1" |
|---|
| 18 | ali_pro1 %% (% |
|---|
| 19 | data :7000 "--ANAGLSE---L*SF-DSIDNAPEEKE*GMTINTSHV..." |
|---|
| 20 | %) /*ali_pro1*/ |
|---|
| 21 | |
|---|
| 22 | ali_dna1 %% (% |
|---|
| 23 | data :7000 "------GCAAATGCAGGTCTTTCTGAA---------TTAAGAAGTTTC---GATTCTATCGATAACGCTCCAGAAGAAAAAGAAAGAGGTATAACAATTAATACTTCTCACGTA........." |
|---|
| 24 | %) /*ali_dna1*/ |
|---|
| 25 | |
|---|
| 26 | ali_pro2 %% (% |
|---|
| 27 | data :7000 "--ANAGLSE---L*SF-DSIDNAPEEKE*GMTINTSHV..." |
|---|
| 28 | %) /*ali_pro2*/ |
|---|
| 29 | |
|---|
| 30 | ali_dna2 %% (% |
|---|
| 31 | data :7000 "------GCAAATGCAGGTCTTTCTGAA---------TTAAGAAGTTTC---GATTCTATCGATAACGCTCCAGAAGAAAAAGAAAGAGGTATAACAATTAATACTTCTCACGTA........." |
|---|
| 32 | %) /*ali_dna2*/ |
|---|
| 33 | |
|---|
| 34 | ali_rna %% (% |
|---|
| 35 | data "------GCAAAUGCAGGUCUUUCUGAA---------UUAAGAAGUUUC---GAUUCUAUCGAUAACGCUCCAGAAGAAAAAGAAAGAGGUAUAACAAUUAAUACUUCUCACGUA........." |
|---|
| 36 | %) /*ali_rna*/ |
|---|
| 37 | |
|---|
| 38 | %) /*species*/ |
|---|
| 39 | |
|---|
| 40 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 41 | name :7600 "TaxOcell" |
|---|
| 42 | flag :7000 "m" |
|---|
| 43 | full_name "Taxeobacter ocellatus" |
|---|
| 44 | short_name "T. ocellatus" |
|---|
| 45 | strain "Myx 2105" |
|---|
| 46 | aacid "395 " |
|---|
| 47 | acc "ARB_21595EF" |
|---|
| 48 | tmp "397 " |
|---|
| 49 | status "sorted" |
|---|
| 50 | aa "395 " |
|---|
| 51 | exclude "double entry" |
|---|
| 52 | aa_pro "395 " |
|---|
| 53 | transl_table "2" |
|---|
| 54 | codon_start "1" |
|---|
| 55 | ali_pro1 %% (% |
|---|
| 56 | data :7000 "--ANKGLAA---KRDF-SSIDNAPEEKERGITINTAHV..." |
|---|
| 57 | %) /*ali_pro1*/ |
|---|
| 58 | |
|---|
| 59 | ali_dna1 %% (% |
|---|
| 60 | data :7000 "------GCTAACAAAGGTCTGGCCGCT---------AAGCGTGACTTC---TCCTCGATCGACAACGCTCCGGAGGAAAAAGAGCGCGGTATCACCATCAACACCGCTCACGTT........." |
|---|
| 61 | %) /*ali_dna1*/ |
|---|
| 62 | |
|---|
| 63 | ali_pro2 %% (% |
|---|
| 64 | data :7000 "--ANKGLAA---KRDF-SSIDNAPEEKERGITINTAHV..." |
|---|
| 65 | %) /*ali_pro2*/ |
|---|
| 66 | |
|---|
| 67 | ali_dna2 %% (% |
|---|
| 68 | data :7000 "------GCTAACAAAGGTCTGGCCGCT---------AAGCGTGACTTC---TCCTCGATCGACAACGCTCCGGAGGAAAAAGAGCGCGGTATCACCATCAACACCGCTCACGTT........." |
|---|
| 69 | %) /*ali_dna2*/ |
|---|
| 70 | |
|---|
| 71 | ali_rna %% (% |
|---|
| 72 | data "------GCUAACAAAGGUCUGGCCGCU---------AAGCGUGACUUC---UCCUCGAUCGACAACGCUCCGGAGGAAAAAGAGCGCGGUAUCACCAUCAACACCGCUCACGUU........." |
|---|
| 73 | %) /*ali_rna*/ |
|---|
| 74 | |
|---|
| 75 | %) /*species*/ |
|---|
| 76 | |
|---|
| 77 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 78 | name :7600 "BctFra12" |
|---|
| 79 | flag :7000 "h" |
|---|
| 80 | full_name "Bacteroides fragilis" |
|---|
| 81 | short_name "B. fragilis" |
|---|
| 82 | aacid "394 " |
|---|
| 83 | acc "ARB_4560B41C" |
|---|
| 84 | tmp "396 " |
|---|
| 85 | status "sorted" |
|---|
| 86 | aa "394 " |
|---|
| 87 | aa_pro "394 " |
|---|
| 88 | transl_table "2" |
|---|
| 89 | codon_start "1" |
|---|
| 90 | ali_pro1 %% (% |
|---|
| 91 | data :7000 "--AKKGLSE---LRS-FDSIDNAPEEKE*GITINTSHV..." |
|---|
| 92 | %) /*ali_pro1*/ |
|---|
| 93 | |
|---|
| 94 | ali_dna1 %% (% |
|---|
| 95 | data :7000 "------GCAAAGAAAGGTCTTTCTGAA---------CTTCGTTCT---TTCGATTCTATCGATAATGCTCCTGAAGAAAAAGAAAGAGGTATTACTATCAATACTTCACACGTT........." |
|---|
| 96 | %) /*ali_dna1*/ |
|---|
| 97 | |
|---|
| 98 | ali_pro2 %% (% |
|---|
| 99 | data :7000 "--AKKGLSE---LRS-FDSIDNAPEEKE*GITINTSHV..." |
|---|
| 100 | %) /*ali_pro2*/ |
|---|
| 101 | |
|---|
| 102 | ali_dna2 %% (% |
|---|
| 103 | data :7000 "------GCAAAGAAAGGTCTTTCTGAA---------CTTCGTTCT---TTCGATTCTATCGATAATGCTCCTGAAGAAAAAGAAAGAGGTATTACTATCAATACTTCACACGTT........." |
|---|
| 104 | %) /*ali_dna2*/ |
|---|
| 105 | |
|---|
| 106 | ali_rna %% (% |
|---|
| 107 | data "------GCAAAGAAAGGUCUUUCUGAA---------CUUCGUUCU---UUCGAUUCUAUCGAUAAUGCUCCUGAAGAAAAAGAAAGAGGUAUUACUAUCAAUACUUCACACGUU........." |
|---|
| 108 | %) /*ali_rna*/ |
|---|
| 109 | |
|---|
| 110 | %) /*species*/ |
|---|
| 111 | |
|---|
| 112 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 113 | name :7600 "StrRamo3" |
|---|
| 114 | flag :7000 "h" |
|---|
| 115 | full_name "Streptomyces ramocissimus" |
|---|
| 116 | aacid "389 " |
|---|
| 117 | acc "ARB_30F12BA8" |
|---|
| 118 | tmp "392 " |
|---|
| 119 | aa "389 " |
|---|
| 120 | aa_pro "389 " |
|---|
| 121 | transl_table "2" |
|---|
| 122 | codon_start "1" |
|---|
| 123 | ali_pro1 %% (% |
|---|
| 124 | data :7000 "--AERGSGT---FVP-FDRIDRAPEEAARGITINIAHV..." |
|---|
| 125 | %) /*ali_pro1*/ |
|---|
| 126 | |
|---|
| 127 | ali_dna1 %% (% |
|---|
| 128 | data :7000 "------GCCGAGCGTGGCTCCGGGACG---------TTCGTCCCG---TTCGACCGCATCGACCGGGCCCCGGAGGAGGCCGCGCGCGGCATCACCATCAACATCGCGCACGTC........." |
|---|
| 129 | %) /*ali_dna1*/ |
|---|
| 130 | |
|---|
| 131 | ali_pro2 %% (% |
|---|
| 132 | data :7000 "--AERGSGT---FVP-FDRIDRAPEEAARGITINIAHV..." |
|---|
| 133 | %) /*ali_pro2*/ |
|---|
| 134 | |
|---|
| 135 | ali_dna2 %% (% |
|---|
| 136 | data :7000 "------GCCGAGCGTGGCTCCGGGACG---------TTCGTCCCG---TTCGACCGCATCGACCGGGCCCCGGAGGAGGCCGCGCGCGGCATCACCATCAACATCGCGCACGTC........." |
|---|
| 137 | %) /*ali_dna2*/ |
|---|
| 138 | |
|---|
| 139 | ali_rna %% (% |
|---|
| 140 | data "------GCCGAGCGUGGCUCCGGGACG---------UUCGUCCCG---UUCGACCGCAUCGACCGGGCCCCGGAGGAGGCCGCGCGCGGCAUCACCAUCAACAUCGCGCACGUC........." |
|---|
| 141 | %) /*ali_rna*/ |
|---|
| 142 | |
|---|
| 143 | %) /*species*/ |
|---|
| 144 | |
|---|
| 145 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 146 | name :7600 "StrCoel9" |
|---|
| 147 | file "[EBI] sctiuf3.em_ba" |
|---|
| 148 | gcg_id "SCTIUF3" |
|---|
| 149 | acc "X77040" |
|---|
| 150 | date "[EBI] 14-JAN-1994 (Rel. 38, Created) 15-MAY-1995 (Rel. 43, Last updated, Version 8)" |
|---|
| 151 | full_name "Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 152 | tax "[EBI] Eubacteria; Firmicutes; Actinomycetes; Streptomycetes; Streptomycetaceae; Streptomyces." |
|---|
| 153 | author "[EBI] van Wezel G.P., Woudt L.P., Vervenne R., Verdurmen M.L., Vijgenboom E., Bosch L. van Wezel G.P." |
|---|
| 154 | title "[EBI] Cloning and sequencing of the tuf genes of Streptomyces coelicolor A3(2)." |
|---|
| 155 | journal "[EBI] Biochim. Biophys. Acta 1219:543-547(1994). Submitted (05-JAN-1994) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. G.P. Van Wezel, Leiden Uni., Dep. of Biochemistry, PO Box 9502, 2300 RA Leiden, NETHERLANDS" |
|---|
| 156 | strain "[EBI] M145" |
|---|
| 157 | aacid "392 " |
|---|
| 158 | nuc "1179 " |
|---|
| 159 | db_name "[EBI] Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 160 | gene "[EBI] S.coelicolor tuf3 gene" |
|---|
| 161 | id "[EBI] SCTIUF3" |
|---|
| 162 | keywords "[EBI] elongation factor Tu3 tuf3 gene." |
|---|
| 163 | tmp "395 " |
|---|
| 164 | aa "392 " |
|---|
| 165 | aa_pro "392 " |
|---|
| 166 | transl_table "2" |
|---|
| 167 | codon_start "1" |
|---|
| 168 | ali_pro1 %% (% |
|---|
| 169 | data :7000 "--AERGAGSTTQYVS-FDRIDRAPEEAARGITINIAHV..." |
|---|
| 170 | %) /*ali_pro1*/ |
|---|
| 171 | |
|---|
| 172 | ali_dna1 %% (% |
|---|
| 173 | data :7000 "------GCCGAGCGCGGGGCCGGCAGCACCACCCAGTACGTTTCG---TTCGACCGCATCGACCGCGCCCCGGAGGAGGCGGCGCGCGGCATCACCATCAACATCGCGCACGTC........." |
|---|
| 174 | %) /*ali_dna1*/ |
|---|
| 175 | |
|---|
| 176 | ali_pro2 %% (% |
|---|
| 177 | data :7000 "--AERGAGSTTQYVS-FDRIDRAPEEAARGITINIAHV..." |
|---|
| 178 | %) /*ali_pro2*/ |
|---|
| 179 | |
|---|
| 180 | ali_dna2 %% (% |
|---|
| 181 | data :7000 "------GCCGAGCGCGGGGCCGGCAGCACCACCCAGTACGTTTCG---TTCGACCGCATCGACCGCGCCCCGGAGGAGGCGGCGCGCGGCATCACCATCAACATCGCGCACGTC........." |
|---|
| 182 | %) /*ali_dna2*/ |
|---|
| 183 | |
|---|
| 184 | ali_rna %% (% |
|---|
| 185 | data "------GCCGAGCGCGGGGCCGGCAGCACCACCCAGUACGUUUCG---UUCGACCGCAUCGACCGCGCCCCGGAGGAGGCGGCGCGCGGCAUCACCAUCAACAUCGCGCACGUC........." |
|---|
| 186 | %) /*ali_rna*/ |
|---|
| 187 | |
|---|
| 188 | %) /*species*/ |
|---|
| 189 | |
|---|
| 190 | %) /*species_data*/ |
|---|
| 191 | |
|---|
| 192 | tree_data %% (% |
|---|
| 193 | tree_prot %% (% |
|---|
| 194 | tree "N0.58248,0.66885;N0.04119,0.27423;N0.27475,0.31772;LBctFra12\ALCytLyti6\ALTaxOcell\AN0.09705,0.15387;LStrRamo3\ALStrCoel9\A" |
|---|
| 195 | nnodes %i 4 |
|---|
| 196 | ruler %% (% |
|---|
| 197 | size %f 0.1 |
|---|
| 198 | RADIAL %% (% |
|---|
| 199 | ruler_y %f 5.80564 |
|---|
| 200 | ruler_x %f 0 |
|---|
| 201 | %) /*RADIAL*/ |
|---|
| 202 | |
|---|
| 203 | text_x %f 0 |
|---|
| 204 | text_y %f 0 |
|---|
| 205 | ruler_width %i 0 |
|---|
| 206 | LIST %% (% |
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| 207 | ruler_y %f 0 |
|---|
| 208 | ruler_x %f 0 |
|---|
| 209 | text_x %f 0 |
|---|
| 210 | text_y %f 0 |
|---|
| 211 | %) /*LIST*/ |
|---|
| 212 | |
|---|
| 213 | %) /*ruler*/ |
|---|
| 214 | |
|---|
| 215 | security %i 0 |
|---|
| 216 | remark "Phylip Categories Neighbour dotgapmax _834\n[created as copy of 'tree_workdec']" |
|---|
| 217 | node %% (% |
|---|
| 218 | id %i 0 |
|---|
| 219 | group_name "Bacteria EF-Tu" |
|---|
| 220 | %) /*node*/ |
|---|
| 221 | |
|---|
| 222 | order %i 1 |
|---|
| 223 | %) /*tree_prot*/ |
|---|
| 224 | |
|---|
| 225 | %) /*tree_data*/ |
|---|
| 226 | |
|---|
| 227 | presets %% (% |
|---|
| 228 | use "ali_rna" |
|---|
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|---|
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|---|
| 231 | max_name_len %i 9 |
|---|
| 232 | alignment %% (% |
|---|
| 233 | alignment_name "ali_pro1" |
|---|
| 234 | alignment_len %i 41 |
|---|
| 235 | aligned %i 1 |
|---|
| 236 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 237 | alignment_type "ami" |
|---|
| 238 | alignment_rem "" |
|---|
| 239 | auto_format %i 0 |
|---|
| 240 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 241 | |
|---|
| 242 | key_data %% (% |
|---|
| 243 | key %% (% |
|---|
| 244 | key_name "ali_pro1" |
|---|
| 245 | key_type %i 15 |
|---|
| 246 | %) /*key*/ |
|---|
| 247 | |
|---|
| 248 | key %% (% |
|---|
| 249 | key_name "ali_pro1/data" |
|---|
| 250 | key_type %i 12 |
|---|
| 251 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 252 | %) /*key*/ |
|---|
| 253 | |
|---|
| 254 | key %% (% |
|---|
| 255 | key_name "ali_dna1" |
|---|
| 256 | key_type %i 15 |
|---|
| 257 | %) /*key*/ |
|---|
| 258 | |
|---|
| 259 | key %% (% |
|---|
| 260 | key_name "ali_dna1/data" |
|---|
| 261 | key_type %i 12 |
|---|
| 262 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 263 | %) /*key*/ |
|---|
| 264 | |
|---|
| 265 | key %% (% |
|---|
| 266 | key_name "ali_pro2" |
|---|
| 267 | key_type %i 15 |
|---|
| 268 | %) /*key*/ |
|---|
| 269 | |
|---|
| 270 | key %% (% |
|---|
| 271 | key_name "ali_pro2/data" |
|---|
| 272 | key_type %i 12 |
|---|
| 273 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 274 | %) /*key*/ |
|---|
| 275 | |
|---|
| 276 | key %% (% |
|---|
| 277 | key_name "ali_dna2" |
|---|
| 278 | key_type %i 15 |
|---|
| 279 | %) /*key*/ |
|---|
| 280 | |
|---|
| 281 | key %% (% |
|---|
| 282 | key_name "ali_dna2/data" |
|---|
| 283 | key_type %i 12 |
|---|
| 284 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 285 | %) /*key*/ |
|---|
| 286 | |
|---|
| 287 | key %% (% |
|---|
| 288 | key_name "ali_rna" |
|---|
| 289 | key_type %i 15 |
|---|
| 290 | %) /*key*/ |
|---|
| 291 | |
|---|
| 292 | key %% (% |
|---|
| 293 | key_name "ali_rna/data" |
|---|
| 294 | key_type %i 12 |
|---|
| 295 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 296 | %) /*key*/ |
|---|
| 297 | |
|---|
| 298 | %) /*key_data*/ |
|---|
| 299 | |
|---|
| 300 | alignment %% (% |
|---|
| 301 | alignment_name "ali_dna1" |
|---|
| 302 | alignment_len %i 123 |
|---|
| 303 | aligned %i 1 |
|---|
| 304 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 305 | alignment_type "dna" |
|---|
| 306 | alignment_rem "" |
|---|
| 307 | auto_format %i 0 |
|---|
| 308 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 309 | |
|---|
| 310 | alignment %% (% |
|---|
| 311 | alignment_name "ali_pro2" |
|---|
| 312 | alignment_len %i 41 |
|---|
| 313 | aligned %i 1 |
|---|
| 314 | linked "ali_dna2" |
|---|
| 315 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 316 | alignment_type "ami" |
|---|
| 317 | alignment_rem "" |
|---|
| 318 | auto_format %i 0 |
|---|
| 319 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 320 | |
|---|
| 321 | alignment %% (% |
|---|
| 322 | alignment_name "ali_dna2" |
|---|
| 323 | alignment_len %i 123 |
|---|
| 324 | aligned %i 1 |
|---|
| 325 | linked "ali_pro2" |
|---|
| 326 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 327 | alignment_type "dna" |
|---|
| 328 | alignment_rem "" |
|---|
| 329 | auto_format %i 0 |
|---|
| 330 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 331 | |
|---|
| 332 | alignment %% (% |
|---|
| 333 | alignment_name "ali_rna" |
|---|
| 334 | alignment_len %i 123 |
|---|
| 335 | aligned %i 1 |
|---|
| 336 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 337 | alignment_type "rna" |
|---|
| 338 | alignment_rem "" |
|---|
| 339 | auto_format %i 0 |
|---|
| 340 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 341 | |
|---|
| 342 | %) /*presets*/ |
|---|
| 343 | |
|---|
| 344 | description "very short alignments (2 DNA, 2 protein)" |
|---|
| 345 | focus %% (% |
|---|
| 346 | tree_name "tree_prot" |
|---|
| 347 | %) /*focus*/ |
|---|
| 348 | |
|---|
| 349 | nt %% (% |
|---|
| 350 | protein_codon_type %i 1 |
|---|
| 351 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 352 | target_string "" |
|---|
| 353 | primer_target_string "" |
|---|
| 354 | gene_content "" |
|---|
| 355 | %) /*nt*/ |
|---|
| 356 | |
|---|
| 357 | genom_db %i 0 |
|---|
| 358 | checks %% (% |
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| 359 | check "fix gene_data" |
|---|
| 360 | check "del_mark_move_REF" |
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| 361 | check "fix_dict_compress" |
|---|
| 362 | check "duplicated_item_colors" |
|---|
| 363 | %) /*checks*/ |
|---|
| 364 | |
|---|
| 365 | extended_data %% (% |
|---|
| 366 | %) /*extended_data*/ |
|---|
| 367 | |
|---|
| 368 | configuration_data %% (% |
|---|
| 369 | configuration %% (% |
|---|
| 370 | name "default_configuration" |
|---|
| 371 | top_area "" |
|---|
| 372 | middle_area "\AGSAI-Maingroup\AE\AFMore Sequences\AE\AGBacteria EF-Tu\ALBctFra12\ALCytLyti6\ALTaxOcell\ALStrRamo3\ALStrCoel9\AE" |
|---|
| 373 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 374 | |
|---|
| 375 | %) /*configuration_data*/ |
|---|
| 376 | |
|---|
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