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Line 
1/*ARBDB ASCII*/
2species_data            :7000   %% (%
3        species                         %$ (%
4                name                            "genome00"
5                ARB_imported_from               "AB735678.txt"
6                ARB_imported_format             "EMBL"
7                gene_data                       %% (%
8                        gene                            %% (%
9                                name                            "source"
10                                type                            "source"
11                                ARB_display_hidden              %y 1
12                                pos_start                       "1"
13                                pos_stop                        "15341"
14                                pos_complement                  "0"
15                                pos_certain                     "=="
16                                db_xref                         "taxon:497819"
17                                isolate                         "CJP-YT-2012"
18                                mol_type                        "genomic DNA"
19                                organelle                       "mitochondrion"
20                                organism                        "Chionoecetes japonicus pacificus"
21                                sub_species                     "pacificus"
22                                %) /*gene*/
23
24                        gene                            %% (%
25                                name                            "CDS_COI_CytochromeOxidaseSubun"
26                                type                            "CDS"
27                                pos_start                       "1"
28                                pos_stop                        "1528"
29                                pos_complement                  "0"
30                                pos_certain                     "=="
31                                codon_start                     "1"
32                                gene                            "COI"
33                                note                            "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
34                                product                         "cytochrome oxidase subunit I"
35                                protein_id                      "BAN60008.1"
36                                transl_except                   "(pos:1528,aa:TERM)"
37                                transl_table                    "5"
38                                ARB_translation_rm              %y 1
39                                %) /*gene*/
40
41                        gene                            %% (%
42                                name                            "tRNA_TRNALeu"
43                                type                            "tRNA"
44                                pos_start                       "1532"
45                                pos_stop                        "1596"
46                                pos_complement                  "0"
47                                pos_certain                     "=="
48                                product                         "tRNA-Leu"
49                                %) /*gene*/
50
51                        gene                            %% (%
52                                name                            "CDS_COII_CytochromeOxidaseSubu"
53                                type                            "CDS"
54                                pos_start                       "1606"
55                                pos_stop                        "2293"
56                                pos_complement                  "0"
57                                pos_certain                     "=="
58                                codon_start                     "1"
59                                gene                            "COII"
60                                note                            "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
61                                product                         "cytochrome oxidase subunit II"
62                                protein_id                      "BAN60009.1"
63                                transl_except                   "(pos:2293,aa:TERM)"
64                                transl_table                    "5"
65                                ARB_translation_rm              %y 1
66                                %) /*gene*/
67
68                        gene                            %% (%
69                                name                            "tRNA_TRNALys"
70                                type                            "tRNA"
71                                pos_start                       "2294"
72                                pos_stop                        "2360"
73                                pos_complement                  "0"
74                                pos_certain                     "=="
75                                product                         "tRNA-Lys"
76                                %) /*gene*/
77
78                        gene                            %% (%
79                                name                            "tRNA_TRNAAsp"
80                                type                            "tRNA"
81                                pos_start                       "2361"
82                                pos_stop                        "2425"
83                                pos_complement                  "0"
84                                pos_certain                     "=="
85                                product                         "tRNA-Asp"
86                                %) /*gene*/
87
88                        gene                            %% (%
89                                name                            "CDS_ATP8_ATPase8X"
90                                type                            "CDS"
91                                pos_start                       "2426"
92                                pos_stop                        "2584"
93                                pos_complement                  "0"
94                                pos_certain                     "=="
95                                codon_start                     "1"
96                                gene                            "ATP8"
97                                product                         "ATPase8"
98                                protein_id                      "BAN60010.1"
99                                transl_table                    "5"
100                                ARB_translation_rm              %y 1
101                                %) /*gene*/
102
103                        gene                            %% (%
104                                name                            "CDS_ATP6_ATPase6X"
105                                type                            "CDS"
106                                pos_start                       "2578"
107                                pos_stop                        "3252"
108                                pos_complement                  "0"
109                                pos_certain                     "=="
110                                codon_start                     "1"
111                                gene                            "ATP6"
112                                product                         "ATPase6"
113                                protein_id                      "BAN60011.1"
114                                transl_table                    "5"
115                                ARB_translation_rm              %y 1
116                                %) /*gene*/
117
118                        gene                            %% (%
119                                name                            "CDS_COIII_CytochromeOxidaseSub"
120                                type                            "CDS"
121                                pos_start                       "3252"
122                                pos_stop                        "4042"
123                                pos_complement                  "0"
124                                pos_certain                     "=="
125                                codon_start                     "1"
126                                gene                            "COIII"
127                                note                            "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
128                                product                         "cytochrome oxidase subunit III"
129                                protein_id                      "BAN60012.1"
130                                transl_except                   "(pos:4041..4042,aa:TERM)"
131                                transl_table                    "5"
132                                ARB_translation_rm              %y 1
133                                %) /*gene*/
134
135                        gene                            %% (%
136                                name                            "tRNA_TRNAGly"
137                                type                            "tRNA"
138                                pos_start                       "4043"
139                                pos_stop                        "4106"
140                                pos_complement                  "0"
141                                pos_certain                     "=="
142                                product                         "tRNA-Gly"
143                                %) /*gene*/
144
145                        gene                            %% (%
146                                name                            "CDS_NAD3_NADHDehydrogenaseSubu"
147                                type                            "CDS"
148                                pos_start                       "4107"
149                                pos_stop                        "4460"
150                                pos_complement                  "0"
151                                pos_certain                     "=="
152                                codon_start                     "1"
153                                gene                            "NAD3"
154                                product                         "NADH dehydrogenase subunit 3"
155                                protein_id                      "BAN60013.1"
156                                transl_table                    "5"
157                                ARB_translation_rm              %y 1
158                                %) /*gene*/
159
160                        gene                            %% (%
161                                name                            "tRNA_TRNAAsn"
162                                type                            "tRNA"
163                                pos_start                       "4589"
164                                pos_stop                        "4654"
165                                pos_complement                  "0"
166                                pos_certain                     "=="
167                                product                         "tRNA-Asn"
168                                %) /*gene*/
169
170                        gene                            %% (%
171                                name                            "tRNA_TRNASer_1"
172                                type                            "tRNA"
173                                pos_start                       "4658"
174                                pos_stop                        "4727"
175                                pos_complement                  "0"
176                                pos_certain                     "=="
177                                product                         "tRNA-Ser"
178                                %) /*gene*/
179
180                        gene                            %% (%
181                                name                            "tRNA_TRNAGlu"
182                                type                            "tRNA"
183                                pos_start                       "4729"
184                                pos_stop                        "4796"
185                                pos_complement                  "0"
186                                pos_certain                     "=="
187                                product                         "tRNA-Glu"
188                                %) /*gene*/
189
190                        gene                            %% (%
191                                name                            "tRNA_TRNAHis"
192                                type                            "tRNA"
193                                pos_start                       "4819"
194                                pos_stop                        "4882"
195                                pos_complement                  "1"
196                                pos_certain                     "=="
197                                product                         "tRNA-His"
198                                %) /*gene*/
199
200                        gene                            %% (%
201                                name                            "tRNA_TRNAPhe"
202                                type                            "tRNA"
203                                pos_start                       "4883"
204                                pos_stop                        "4946"
205                                pos_complement                  "1"
206                                pos_certain                     "=="
207                                product                         "tRNA-Phe"
208                                %) /*gene*/
209
210                        gene                            %% (%
211                                name                            "CDS_NADH5_NADHDehydrogenaseSub"
212                                type                            "CDS"
213                                pos_start                       "4949"
214                                pos_stop                        "6676"
215                                pos_complement                  "1"
216                                pos_certain                     "=="
217                                codon_start                     "1"
218                                gene                            "NADH5"
219                                note                            "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
220                                product                         "NADH dehydrogenase subunit 5"
221                                protein_id                      "BAN60014.1"
222                                transl_table                    "5"
223                                ARB_translation_rm              %y 1
224                                %) /*gene*/
225
226                        gene                            %% (%
227                                name                            "CDS_NADH4_NADHDehydrogenaseSub"
228                                type                            "CDS"
229                                pos_start                       "6711"
230                                pos_stop                        "8047"
231                                pos_complement                  "1"
232                                pos_certain                     "=="
233                                codon_start                     "1"
234                                gene                            "NADH4"
235                                note                            "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
236                                product                         "NADH dehydrogenase subunit 4"
237                                protein_id                      "BAN60015.1"
238                                transl_except                   "(pos:6711..6712,aa:TERM)"
239                                transl_table                    "5"
240                                ARB_translation_rm              %y 1
241                                %) /*gene*/
242
243                        gene                            %% (%
244                                name                            "CDS_NADH4L_NADHDehydrogenaseSu"
245                                type                            "CDS"
246                                pos_start                       "8041"
247                                pos_stop                        "8340"
248                                pos_complement                  "1"
249                                pos_certain                     "=="
250                                codon_start                     "1"
251                                gene                            "NADH4L"
252                                product                         "NADH dehydrogenase subunit 4L"
253                                protein_id                      "BAN60016.1"
254                                transl_table                    "5"
255                                ARB_translation_rm              %y 1
256                                %) /*gene*/
257
258                        gene                            %% (%
259                                name                            "tRNA_TRNAThr"
260                                type                            "tRNA"
261                                pos_start                       "8343"
262                                pos_stop                        "8406"
263                                pos_complement                  "0"
264                                pos_certain                     "=="
265                                product                         "tRNA-Thr"
266                                %) /*gene*/
267
268                        gene                            %% (%
269                                name                            "tRNA_TRNAPro"
270                                type                            "tRNA"
271                                pos_start                       "8407"
272                                pos_stop                        "8469"
273                                pos_complement                  "1"
274                                pos_certain                     "=="
275                                product                         "tRNA-Pro"
276                                %) /*gene*/
277
278                        gene                            %% (%
279                                name                            "CDS_NADH6_NADHDehydrogenaseSub"
280                                type                            "CDS"
281                                pos_start                       "8472"
282                                pos_stop                        "8978"
283                                pos_complement                  "0"
284                                pos_certain                     "=="
285                                codon_start                     "1"
286                                gene                            "NADH6"
287                                note                            "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
288                                product                         "NADH dehydrogenase subunit 6"
289                                protein_id                      "BAN60017.1"
290                                transl_table                    "5"
291                                ARB_translation_rm              %y 1
292                                %) /*gene*/
293
294                        gene                            %% (%
295                                name                            "CDS_Cytb_CytochromeB"
296                                type                            "CDS"
297                                pos_start                       "8978"
298                                pos_stop                        "10112"
299                                pos_complement                  "0"
300                                pos_certain                     "=="
301                                codon_start                     "1"
302                                gene                            "Cytb"
303                                note                            "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
304                                product                         "cytochrome b"
305                                protein_id                      "BAN60018.1"
306                                transl_except                   "(pos:10112,aa:TERM)"
307                                transl_table                    "5"
308                                ARB_translation_rm              %y 1
309                                %) /*gene*/
310
311                        gene                            %% (%
312                                name                            "tRNA_TRNASer_2"
313                                type                            "tRNA"
314                                pos_start                       "10113"
315                                pos_stop                        "10179"
316                                pos_complement                  "0"
317                                pos_certain                     "=="
318                                product                         "tRNA-Ser"
319                                %) /*gene*/
320
321                        gene                            %% (%
322                                name                            "CDS_NADH1_NADHDehydrogenaseSub"
323                                type                            "CDS"
324                                pos_start                       "10194"
325                                pos_stop                        "11159"
326                                pos_complement                  "1"
327                                pos_certain                     "=>"
328                                codon_start                     "1"
329                                gene                            "NADH1"
330                                note                            "start codon not determined"
331                                product                         "NADH dehydrogenase subunit 1"
332                                protein_id                      "BAN60019.1"
333                                transl_table                    "5"
334                                ARB_translation_rm              %y 1
335                                %) /*gene*/
336
337                        gene                            %% (%
338                                name                            "rRNA_LargeSubunitRibosomalRNA"
339                                type                            "rRNA"
340                                pos_start                       "11234"
341                                pos_stop                        "12568"
342                                pos_complement                  "1"
343                                pos_certain                     "=="
344                                product                         "large subunit ribosomal RNA"
345                                %) /*gene*/
346
347                        gene                            %% (%
348                                name                            "tRNA_TRNAVal"
349                                type                            "tRNA"
350                                pos_start                       "12543"
351                                pos_stop                        "12615"
352                                pos_complement                  "1"
353                                pos_certain                     "=="
354                                product                         "tRNA-Val"
355                                %) /*gene*/
356
357                        gene                            %% (%
358                                name                            "rRNA_SmallSubunitRibosomalRNA"
359                                type                            "rRNA"
360                                pos_start                       "12617"
361                                pos_stop                        "13430"
362                                pos_complement                  "1"
363                                pos_certain                     "=="
364                                product                         "small subunit ribosomal RNA"
365                                %) /*gene*/
366
367                        gene                            %% (%
368                                name                            "tRNA_TRNAGln"
369                                type                            "tRNA"
370                                pos_start                       "13997"
371                                pos_stop                        "14068"
372                                pos_complement                  "1"
373                                pos_certain                     "=="
374                                product                         "tRNA-Gln"
375                                %) /*gene*/
376
377                        gene                            %% (%
378                                name                            "tRNA_TRNAMet"
379                                type                            "tRNA"
380                                pos_start                       "14075"
381                                pos_stop                        "14141"
382                                pos_complement                  "0"
383                                pos_certain                     "=="
384                                product                         "tRNA-Met"
385                                %) /*gene*/
386
387                        gene                            %% (%
388                                name                            "CDS_NADH2_NADHDehydrogenaseSub"
389                                type                            "CDS"
390                                pos_start                       "14142"
391                                pos_stop                        "15147"
392                                pos_complement                  "0"
393                                pos_certain                     "=="
394                                codon_start                     "1"
395                                gene                            "NADH2"
396                                note                            "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
397                                product                         "NADH dehydrogenase subunit 2"
398                                protein_id                      "BAN60020.1"
399                                transl_except                   "(pos:15147,aa:TERM)"
400                                transl_table                    "5"
401                                ARB_translation_rm              %y 1
402                                %) /*gene*/
403
404                        gene                            %% (%
405                                name                            "tRNA_TRNATrp"
406                                type                            "tRNA"
407                                pos_start                       "15148"
408                                pos_stop                        "15214"
409                                pos_complement                  "0"
410                                pos_certain                     "=="
411                                product                         "tRNA-Trp"
412                                %) /*gene*/
413
414                        %) /*gene_data*/
415
416                ali_genom                       %% (%
417                        data                            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418                        %) /*ali_genom*/
419
420                acc                             "AB735678;"
421                date                            "04-JUL-2013 (Rel. 117, Created)04-JUL-2013 (Rel. 117, Last updated, Version 1)"
422                description                     "Chionoecetes japonicus pacificus mitochondrial DNA, complete genome,isolate: CJP-YT-2012."
423                full_name                       "Chionoecetes japonicus pacificus"
424                keywd                           "."
425                org_id                          "AB735678; SV 1; circular; genomic DNA; STD; INV; 15341 BP."
426                organelle                       "Mitochondrion"
427                tax                             "Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Crustacea; Malacostraca;Eumalacostraca; Eucarida; Decapoda; Pleocyemata; Brachyura; Eubrachyura;Majoidea; Majidae; Chionoecetes."
428                author                          "[REF1] Yanagimoto T., Kobayashi T.; [REF2] Yanagimoto T., Kobayashi T.;"
429                journal                         "[REF1] Submitted (13-JUL-2012) to the INSDC.Contact:Takashi Yanagimoto National Research Institute of FisheriesScience; 2-12-4, Fukuura, Kanazawa-ku, Yokohama, Kanagawa 236-8648, Japan [REF2] Unpublished."
430                nuc_rp                          "[REF1] 1-15341"
431                title                           "[REF1] ; [REF2] \"Complete mitochondrial DNA sequence of the Red Queen Crab Chionoecetesjaponicus pacificus\";"
432                %) /*species*/
433
434        %) /*species_data*/
435
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.