source: branches/lib/UNIT_TESTER/run/TEST_gpt_src.arb

Last change on this file was 19339, checked in by westram, 3 years ago
  • reintegrates 'refactor' into 'trunk'
    • eliminates old interface of GBS_strstruct
    • add a few new unittests (editor-config string + some PT-SERVER-functions)
  • adds: log:branches/refactor@19300:19338
File size: 1.7 KB
Line 
1/*ARBDB ASCII*/
2presets                         %% (%
3        alignment                       %% (%
4                alignment_name                  "ali_genom"
5                alignment_len                   %i 66
6                alignment_type                  "dna"
7                alignment_write_security                %i 0
8                %) /*alignment*/
9
10        use                             "ali_genom"
11        %) /*presets*/
12
13species_data                    %% (%
14        species                         %% (%
15                name                            "genome1"
16                ali_genom                       %% (%
17                        data                            "AUUCUGGUUGAUCCUGCCAGAGGUUACUGCUAUCGGUGUUCGCCUAAGCCAUGCGAGUCAUAUGUA"
18                        %) /*ali_genom*/
19
20                gene_data                       %% (%
21                        gene                            %% (%
22                                name                            "gene1"
23                                pos_start                       "3"
24                                pos_stop                        "6"
25                                pos_complement                  "0"
26                                %) /*gene*/
27
28                        gene                            %% (%
29                                name                            "gene2"
30                                pos_start                       "9"
31                                pos_stop                        "17"
32                                pos_complement                  "0"
33                                %) /*gene*/
34
35                        gene                            %% (%
36                                name                            "gene3"
37                                pos_start                       "4"
38                                pos_stop                        "11"
39                                pos_complement                  "1"
40                                %) /*gene*/
41
42                        gene                            %% (%
43                                name                            "joined1"
44                                pos_joined                      %i 2
45                                pos_start                       "4,7"
46                                pos_stop                        "11,17"
47                                pos_complement                  "0,1"
48                                %) /*gene*/
49
50                        %) /*gene_data*/
51
52                %) /*species*/
53
54        species                         %% (%
55                name                            "genome2"
56                ali_genom                       %% (%
57                        data                            "AUUUCGGUUGAUCCUGCCAGAGGUUACUGCAUUCGGUGUUCGCCUAAGCACUGCGAGUCAUAUGUA"
58                        %) /*ali_genom*/
59
60                gene_data                       %% (%
61                        gene                            %% (%
62                                name                            "gene1"
63                                pos_start                       "1"
64                                pos_stop                        "8"
65                                pos_complement                  "0"
66                                %) /*gene*/
67
68                        gene                            %% (%
69                                name                            "gene2"
70                                pos_start                       "7"
71                                pos_stop                        "19"
72                                pos_complement                  "0"
73                                %) /*gene*/
74
75                        gene                            %% (%
76                                name                            "gene3"
77                                pos_start                       "2"
78                                pos_stop                        "13"
79                                pos_complement                  "1"
80                                %) /*gene*/
81
82                        gene                            %% (%
83                                name                            "joined1"
84                                pos_joined                      %i 2
85                                pos_start                       "2,5"
86                                pos_stop                        "13,19"
87                                pos_complement                  "0,1"
88                                %) /*gene*/
89
90                        %) /*gene_data*/
91
92                %) /*species*/
93
94        %) /*species_data*/
95
96genom_db                        %i 1
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.