| 1 | /*ARBDB ASCII*/ |
|---|
| 2 | species_data %% (% |
|---|
| 3 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 4 | name :7600 "CytLyti6" |
|---|
| 5 | flag :7000 "m" |
|---|
| 6 | full_name "Cytophaga lytica" |
|---|
| 7 | short_name "C. lytica" |
|---|
| 8 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 9 | data :7500 "....MAKETFDRSKPHLNMGTIGHVDHGKTTLTAAITTVL---------------ANAGLSE---L*SF-DSIDNAPEEKE*GMTINTSHVEYSTANRHYAHVDCPGHADYVKNMVTGAAQMDGAILVVAATDG----PM---PQTREHILLGRQVGIP*IVVFLNKVDMVDDE---ELLELVEMEV*ELLSFYEYDGDNGPVVSGSALGALN-----GEQKWVDT-----------VMELMEAVDNWIELPKRDVDKDFLMPVEDVFTITGRGTVATGRIETGVANTGDAVDIIGMGADKLASTITGVEMFRKMLD*GEAGDNVGILL*GIEKSQIS*GMVICKPGSVKPHS--KFEAEVYILKK--EEGGRHTPFHNNYRPQFYV*TTDVTGTI------SLPSGVEMVMPGDNLTITVELLSPIA---LSEGLR---FAIREGG*TVGAGQVTKIME..........................." |
|---|
| 10 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 11 | |
|---|
| 12 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 13 | data :7500 "............ATGGCAAAGGAAACTTTTGATCGTTCCAAACCGCACTTAAATATAGGTACTATTGGACACGTAGATCACGGTAAAACTACTTTAACTGCTGCTATTACAACAGTATTG---------------------------------------------GCAAATGCAGGTCTTTCTGAA---------TTAAGAAGTTTC---GATTCTATCGATAACGCTCCAGAAGAAAAAGAAAGAGGTATAACAATTAATACTTCTCACGTAGAGTATTCAACTGCAAACCGTCACTATGCACACGTAGATTGTCCAGGTCACGCGGATTACGTTAAGAACATGGTAACTGGTGCTGCTCAGATGGATGGTGCTATTTTGGTAGTTGCTGCAACTGATGGT------------CCAATG---------CCTCAAACACGTGAGCACATCTTATTAGGTCGTCAGGTAGGTATTCCAAGAATCGTTGTTTTCTTAAACAAGGTTGATATGGTTGATGATGAA---------GAGCTTTTAGAGCTTGTTGAAATGGAAGTTAGAGAATTACTTTCTTTTTACGAGTATGATGGTGATAATGGTCCTGTTGTTTCTGGTTCTGCTTTAGGTGCACTTAAT---------------GGTGAGCAAAAATGGGTAGATACA---------------------------------GTAATGGAATTGATGGAGGCTGTTGATAACTGGATCGAATTACCAAAGCGTGATGTAGATAAGGATTTCTTAATGCCTGTAGAGGATGTATTTACAATTACAGGTCGTGGAACAGTTGCAACTGGTCGTATTGAAACTGGTGTTGCTAATACAGGTGATGCTGTTGATATCATTGGTATGGGTGCTGATAAATTAGCTTCTACTATTACTGGTGTTGAAATGTTCCGTAAGATATTAGATAGAGGTGAAGCTGGTGATAACGTAGGTATCTTATTAAGAGGTATTGAAAAGTCTCAAATCAGTAGAGGTATGGTAATCTGTAAGCCAGGTTCTGTTAAGCCACACTCT------AAGTTTGAAGCTGAGGTTTATATCTTGAAAAAA------GAAGAAGGTGGTCGTCACACACCATTCCATAATAACTACCGTCCACAGTTTTACGTAAGAACAACGGATGTAACAGGAACTATT------------------AGTCTTCCTTCAGGAGTTGAAATGGTTATGCCTGGTGATAACTTAACTATTACAGTAGAATTATTATCTCCTATTGCA---------CTTAGTGAAGGTTTACGT---------TTTGCAATCCGTGAGGGTGGTAGAACAGTAGGTGCTGGTCAGGTAACTAAGATCATAGAA.................................................................................." |
|---|
| 14 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 15 | |
|---|
| 16 | strain "DSM 2039" |
|---|
| 17 | aacid "395 " |
|---|
| 18 | acc "ARB_6B3852E" |
|---|
| 19 | tmp "397 " |
|---|
| 20 | status "sorted" |
|---|
| 21 | aa "395 " |
|---|
| 22 | exclude "double entry" |
|---|
| 23 | aa_pro "395 " |
|---|
| 24 | %) /*species*/ |
|---|
| 25 | |
|---|
| 26 | species :5000 %% (% |
|---|
| 27 | name :7600 "TaxOcell" |
|---|
| 28 | flag :7000 "m" |
|---|
| 29 | full_name "Taxeobacter ocellatus" |
|---|
| 30 | short_name "T. ocellatus" |
|---|
| 31 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 32 | data :7500 "....MAKETFDRSKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITTVL---------------ANKGLAA---KRDF-SSIDNAPEEKERGITINTAHVEYSTANRHYAHVDCPGHADYVKNMVTGAAQMDGAILVVAATDG----PM---PQTREHILLARQVGVPQLVVFMNKVDMVDDP---ELLELVEMEIRELLSFYDFDGDNIPVVQGSALGGLN-----GDAKWVGT-----------IEQLMDSVDNWIPIPPRLTDQPFLMPVEDVFSITGRGTVATGRIERGVINSGEPVEILGMGAENLKSTVTGVEMFRKILDRGEAGDNVGLLLRGIEKEAIRRGMVICKPGSVTPHK--KFKAEVYVLSK--EEGGRHTPFFNNYRPQFYFRTTDVTGII------SLAEGVEMVMPGDNVTISVELINAVA---MEKGLR---FAIREGGRTVGAGQVTEILD..........................." |
|---|
| 33 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 34 | |
|---|
| 35 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 36 | data :7500 "............ATGGCTAAAGAAACTTTTGACCGGTCCAAGCCGCACGTAAACATCGGCACGATCGGTCACGTGGACCACGGCAAAACGACTCTGACCGCTGCTATCACCACGGTGCTG---------------------------------------------GCTAACAAAGGTCTGGCCGCT---------AAGCGTGACTTC---TCCTCGATCGACAACGCTCCGGAGGAAAAAGAGCGCGGTATCACCATCAACACCGCTCACGTTGAGTACTCGACCGCTAATCGTCACTACGCTCACGTTGACTGCCCTGGTCACGCTGACTACGTGAAGAACATGGTAACCGGTGCTGCTCAAATGGACGGTGCTATCCTCGTGGTAGCTGCTACCGACGGG------------CCGATG---------CCCCAGACCCGTGAGCACATCCTGCTGGCTCGCCAGGTAGGTGTACCGCAGCTGGTTGTGTTCATGAACAAAGTGGACATGGTGGACGACCCC---------GAGCTGCTCGAACTCGTTGAGATGGAAATCCGCGAGCTGCTGTCGTTCTACGACTTCGACGGTGACAACATCCCGGTAGTGCAAGGTTCGGCTCTCGGCGGCCTGAAC---------------GGCGACGCCAAGTGGGTAGGCACC---------------------------------ATCGAGCAACTGATGGACTCGGTTGACAACTGGATTCCGATTCCCCCGCGTCTGACGGACCAGCCGTTCCTGATGCCGGTAGAAGACGTGTTCTCGATTACCGGCCGTGGCACCGTAGCTACGGGTCGTATCGAGCGCGGCGTAATCAACTCGGGTGAGCCGGTTGAAATCCTCGGTATGGGTGCTGAAAACCTCAAGTCGACCGTAACGGGCGTTGAGATGTTCCGCAAGATCCTTGACCGTGGCGAAGCTGGTGACAACGTAGGTCTGCTGCTCCGTGGTATTGAAAAAGAAGCCATCCGTCGCGGCATGGTTATCTGCAAACCTGGCTCGGTAACCCCCCACAAA------AAGTTCAAGGCTGAAGTTTACGTTCTGTCGAAG------GAAGAAGGTGGCCGTCACACGCCGTTCTTCAACAACTACCGTCCGCAGTTCTACTTCCGCACCACCGACGTTACCGGTATTATC------------------TCGCTGGCTGAAGGCGTAGAAATGGTAATGCCCGGCGACAACGTGACCATCTCGGTTGAGCTGATCAACGCTGTAGCT---------ATGGAGAAAGGCCTGCGC---------TTCGCTATCCGCGAAGGTGGCCGCACGGTAGGTGCCGGTCAGGTAACCGAAATCCTCGAC.................................................................................." |
|---|
| 37 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 38 | |
|---|
| 39 | strain "Myx 2105" |
|---|
| 40 | aacid "395 " |
|---|
| 41 | acc "ARB_21595EF" |
|---|
| 42 | tmp "397 " |
|---|
| 43 | status "sorted" |
|---|
| 44 | aa "395 " |
|---|
| 45 | exclude "double entry" |
|---|
| 46 | aa_pro "395 " |
|---|
| 47 | %) /*species*/ |
|---|
| 48 | |
|---|
| 49 | species :5000 %% (% |
|---|
| 50 | name :7600 "BctFra12" |
|---|
| 51 | flag :7000 "h" |
|---|
| 52 | full_name "Bacteroides fragilis" |
|---|
| 53 | short_name "B. fragilis" |
|---|
| 54 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 55 | data :7500 "....MAKEKFERTKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITTVL---------------AKKGLSE---LRS-FDSIDNAPEEKE*GITINTSHVEYETANRHYAHVDCPGHADYVKNMVTGAAQMDGAIIVVAATDG----PM---PQTREHILLARQVNVPKLVVFMNKCDMVEDA---EMLELVEMEM*ELLSFYDFDGDNTPIIQGSALGALN-----GVEKWEDK-----------VMELMEAVDTWIPLPPRDVDKPFLMPVEDVFSITGRGTVATGRIETGVIHVGDEIEILGLGED-KKSVVTGVEMFRKLLDQGEAGDNVGLLLRGVDKNEIKRGMVLCKPGQIKPHS--KFKAEVYILKK--EEGGRHTPFHNKYRPQFYLRTMDCTGEI------TLPEGTEMVMPGDNVTITVELIYPVA---LNIGLR---FAIREGGRTVGAGQITEIID..........................." |
|---|
| 56 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 57 | |
|---|
| 58 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 59 | data :7500 "............ATGGCTAAAGAGAAATTTGAACGTACCAAACCGCACGTAAACATTGGTACAATCGGTCACGTTGACCACGGTAAAACCACTTTGACTGCTGCTATCACTACTGTGTTG---------------------------------------------GCAAAGAAAGGTCTTTCTGAA---------CTTCGTTCT---TTCGATTCTATCGATAATGCTCCTGAAGAAAAAGAAAGAGGTATTACTATCAATACTTCACACGTTGAGTATGAAACTGCTAACCGTCACTACGCACACGTTGACTGTCCGGGTCACGCTGACTACGTAAAGAACATGGTTACTGGTGCTGCTCAGATGGACGGTGCTATCATTGTAGTTGCTGCTACTGATGGT------------CCGATG---------CCTCAGACTCGTGAGCACATCCTTTTGGCTCGTCAGGTAAACGTTCCGAAGCTGGTTGTATTCATGAACAAGTGCGATATGGTTGAAGATGCT---------GAGATGTTGGAACTTGTTGAAATGGAAATGAGAGAATTGCTTTCATTCTATGATTTCGACGGTGACAATACTCCGATCATTCAGGGTTCTGCTCTTGGTGCATTGAAC---------------GGCGTAGAAAAATGGGAAGACAAA---------------------------------GTAATGGAACTGATGGAAGCTGTTGATACTTGGATTCCACTGCCTCCGCGCGATGTTGATAAACCTTTCTTGATGCCGGTAGAAGACGTGTTCTCTATCACAGGTCGTGGTACTGTAGCTACAGGTCGTATCGAAACTGGTGTTATCCATGTAGGTGATGAAATCGAAATCCTCGGTTTGGGTGAAGAT---AAGAAATCAGTTGTAACAGGTGTTGAAATGTTCCGCAAACTTCTGGATCAGGGTGAAGCTGGTGACAACGTAGGTCTGTTGCTTCGTGGTGTTGACAAGAACGAAATCAAACGTGGTATGGTTCTTTGTAAACCGGGTCAGATTAAACCTCACTCT------AAATTCAAAGCAGAGGTTTATATCCTGAAGAAA------GAAGAAGGTGGTCGTCACACTCCATTCCATAACAAATATCGTCCTCAGTTCTACCTGCGTACTATGGACTGTACAGGTGAAATC------------------ACTCTTCCGGAAGGAACTGAAATGGTAATGCCGGGTGATAACGTAACTATCACTGTAGAGTTGATCTATCCGGTTGCA---------CTGAACATCGGTCTTCGT---------TTCGCTATCCGCGAAGGTGGACGTACAGTAGGTGCTGGTCAGATTACTGAAATTATCGAC.................................................................................." |
|---|
| 60 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 61 | |
|---|
| 62 | aacid "394 " |
|---|
| 63 | acc "ARB_4560B41C" |
|---|
| 64 | tmp "396 " |
|---|
| 65 | status "sorted" |
|---|
| 66 | aa "394 " |
|---|
| 67 | aa_pro "394 " |
|---|
| 68 | %) /*species*/ |
|---|
| 69 | |
|---|
| 70 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 71 | name :7600 "StrRamo3" |
|---|
| 72 | flag :7000 "h" |
|---|
| 73 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 74 | data :7500 "....MSKTAYVRTKPHLNIGTMGHVDHGKTTLTAAITKVL---------------AERGSGT---FVP-FDRIDRAPEEAARGITINIAHVEYETDTRHYAHVDMPGHADYVKNMVTGAAQLDGAILVVSALDG----IM---PQTAEHVLLARQVGVDHIVVALNKADA-GDE---ELTDLVELEVRDLLSEHGYGGDGAPVVRVSGLKALE-----GDPKWTAS-----------IEALLDAVDTYVPMPERYVDAPFLLPVENVLTITGRGTVVTGAVERGTVRVGNRVEVLGAGLE---TVVTGLETFGKPMDEAQAGDNVALLLRGVPRDAVRRGHVVAAPGSVVPRS--RFSAQVYVLSA--REGGRTTPVTSGYRPQFYIRTADVVGDV------DLGEV-GVARPGETVSMIVELGREVP---LEPGLG---FAIREGG*TVGAGTVTALV............................" |
|---|
| 75 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 76 | |
|---|
| 77 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 78 | data :7500 "............ATGTCCAAGACGGCATACGTGCGCACCAAACCGCATCTGAACATCGGCACGATGGGTCATGTCGACCACGGCAAGACCACGTTGACCGCCGCCATCACCAAGGTCCTC---------------------------------------------GCCGAGCGTGGCTCCGGGACG---------TTCGTCCCG---TTCGACCGCATCGACCGGGCCCCGGAGGAGGCCGCGCGCGGCATCACCATCAACATCGCGCACGTCGAGTACGAGACCGACACCCGGCACTACGCGCACGTCGACATGCCGGGCCACGCCGACTACGTCAAGAACATGGTCACCGGCGCCGCGCAGCTCGACGGGGCGATCCTCGTCGTCTCCGCGCTCGACGGG------------ATCATG---------CCGCAGACCGCCGAACACGTCCTGCTCGCCCGGCAGGTGGGCGTCGACCACATCGTCGTCGCCCTCAACAAGGCCGACGCG---GGCGACGAG---------GAGCTCACCGACCTCGTCGAGCTGGAGGTCCGCGATCTGCTCTCCGAGCACGGCTACGGCGGCGACGGTGCCCCCGTCGTACGGGTCTCGGGGCTGAAGGCGCTGGAG---------------GGCGACCCCAAGTGGACGGCGTCC---------------------------------ATCGAGGCGCTGCTCGACGCGGTGGACACCTACGTGCCGATGCCGGAGCGGTATGTGGACGCGCCGTTCCTGCTGCCCGTGGAGAACGTGCTCACCATCACCGGTCGGGGGACCGTGGTCACCGGAGCCGTCGAGCGGGGCACCGTGCGCGTGGGCAACCGGGTCGAAGTGCTCGGCGCCGGGCTGGAG---------ACCGTGGTCACCGGCCTGGAGACGTTCGGCAAGCCCATGGACGAGGCGCAGGCCGGGGACAACGTGGCGCTGTTGCTGCGTGGGGTTCCGCGGGACGCCGTACGGCGTGGGCATGTGGTCGCGGCGCCGGGGAGCGTGGTGCCCCGGAGT------CGATTCTCCGCGCAGGTGTATGTGCTCTCGGCC------CGCGAGGGCGGTCGTACGACTCCTGTCACCAGCGGGTATCGGCCGCAGTTCTACATCCGTACGGCGGATGTGGTGGGGGACGTC------------------GACCTGGGGGAGGTG---GGGGTCGCTCGGCCTGGGGAGACGGTTTCGATGATCGTCGAGTTGGGCCGGGAGGTTCCG---------CTGGAGCCCGGGTTGGGG---------TTCGCCATTCGTGAGGGCGGCAGGACCGTGGGGGCGGGGACCGTTACGGCCCTTGTG....................................................................................." |
|---|
| 79 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 80 | |
|---|
| 81 | full_name "Streptomyces ramocissimus" |
|---|
| 82 | aacid "389 " |
|---|
| 83 | acc "ARB_30F12BA8" |
|---|
| 84 | tmp "392 " |
|---|
| 85 | aa "389 " |
|---|
| 86 | aa_pro "389 " |
|---|
| 87 | %) /*species*/ |
|---|
| 88 | |
|---|
| 89 | species :5000 %% (% |
|---|
| 90 | name :7600 "StrCoel9" |
|---|
| 91 | file "[EBI] sctiuf3.em_ba" |
|---|
| 92 | gcg_id "SCTIUF3" |
|---|
| 93 | acc "X77040" |
|---|
| 94 | date "[EBI] 14-JAN-1994 (Rel. 38, Created) 15-MAY-1995 (Rel. 43, Last updated, Version 8)" |
|---|
| 95 | full_name "Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 96 | tax "[EBI] Eubacteria; Firmicutes; Actinomycetes; Streptomycetes; Streptomycetaceae; Streptomyces." |
|---|
| 97 | author "[EBI] van Wezel G.P., Woudt L.P., Vervenne R., Verdurmen M.L., Vijgenboom E., Bosch L. van Wezel G.P." |
|---|
| 98 | title "[EBI] Cloning and sequencing of the tuf genes of Streptomyces coelicolor A3(2)." |
|---|
| 99 | journal "[EBI] Biochim. Biophys. Acta 1219:543-547(1994). Submitted (05-JAN-1994) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. G.P. Van Wezel, Leiden Uni., Dep. of Biochemistry, PO Box 9502, 2300 RA Leiden, NETHERLANDS" |
|---|
| 100 | strain "[EBI] M145" |
|---|
| 101 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 102 | data :7500 "............ATGTCCAAGACGGCGTACGTCCGCACCAAACCGCATCTGAACATCGGCACGATGGGCCATGTCGACCACGGCAAGACCACCCTGACCGCCGCCATCACCAAGGTCCTC---------------------------------------------GCCGAGCGCGGGGCCGGCAGCACCACCCAGTACGTTTCG---TTCGACCGCATCGACCGCGCCCCGGAGGAGGCGGCGCGCGGCATCACCATCAACATCGCGCACGTCGAGTACGAAACCGACACCCGGCACTACGCCCACGTCGACATGCCCGGCCACGCCGACTACGTCAAGAACATGGTCACCGGCGCCGCCCAGCTCGACGGGGCGATCCTCGTCGTATCCGCGCTGGACGGG------------ATCATG---------CCGCAGACCGCCGAACACGTGCTGCTCGCCCGGCAGGTGGGCGTCGACCACATCGTGGTCGCGCTCAACAAGGCCGACGCG---GGTGACGAG---------GAGCTGACCGACCTGGTCGAGCTGGAGGTGCGCGAACTGCTCACCGCGCACGGCTACGGCGGCGACGCCGTGCCCGTCGTACGGGTCTCGGGGCTGAAGGCCCTGGAG---------------GGCGACCCGCGGTGGACGGCCTCC---------------------------------GTCGAGGCGCTGCTCGACGCCGTGGACACGTACGTGCCCATGCCCGAGCGGTACCTGGACGCGCCGTTCCTGCTGCCGGTGGAGAACGTGCTCACCATCACCGGCCGCGGCACCGTCGTCACCGGCGCCGTCGAGCCGGGCACCGTGCGCGTCGGCGACCGGGTCGAGGTGCTCGGGGCGTCCGTCGAG---------ACGGTCGTCACCGGCCTGGAGACCTTCGGCAAGCCGATGGAGGAGGCGCAGGCCGGGGACAACGTGGCGCTGCTGCTGCGCGGGGTCGCCCGCGACACGGTGCGCCGCGGGCAGGTGGTCGCCGCACCCGGCAGCGTCGTCCCCGCGCGG------CGTTTCCGGGCCCGGGTGTACGTGCTCTCGGCG------CGCGAGGGCGGGCGCTCGACACCGCTCACCACCGGATACCGGCCGCAGTTCTACATCCGCACCGCCGACGTGGTCGGCGACGTG------------------GACCTCGGCGAGGAG---GCCGTCGCCCGGCCCGGGGACACCGTCACCATGACGGTCGAGCTGGGACGGGACGTGCCG---------CTGGAGACGGGGCTCGGC---------TTCGCGATCCGCGAGGGCGGTCGCACCGTGGGGGCGGGGACCGTGACCGCGGTGGAG....................................................................................." |
|---|
| 103 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 104 | |
|---|
| 105 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 106 | data :7500 "....MSKTAYVRTKPHLNIGTMGHVDHGKTTLTAAITKVL---------------AERGAGSTTQYVS-FDRIDRAPEEAARGITINIAHVEYETDTRHYAHVDMPGHADYVKNMVTGAAQLDGAILVVSALDG----IM---PQTAEHVLLARQVGVDHIVVALNKADA-GDE---ELTDLVELEVRELLTAHGYGGDAVPVVRVSGLKALE-----GDPRWTAS-----------VEALLDAVDTYVPMPERYLDAPFLLPVENVLTITGRGTVVTGAVEPGTVRVGDRVEVLGASVE---TVVTGLETFGKPMEEAQAGDNVALLLRGVARDTVRRGQVVAAPGSVVPAR--RFRARVYVLSA--REGGRSTPLTTGYRPQFYIRTADVVGDV------DLGEE-AVARPGDTVTMTVELGRDVP---LETGLG---FAIREGGRTVGAGTVTAVE............................" |
|---|
| 107 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 108 | |
|---|
| 109 | aacid "392 " |
|---|
| 110 | nuc "1179 " |
|---|
| 111 | db_name "[EBI] Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 112 | gene "[EBI] S.coelicolor tuf3 gene" |
|---|
| 113 | id "[EBI] SCTIUF3" |
|---|
| 114 | keywords "[EBI] elongation factor Tu3 tuf3 gene." |
|---|
| 115 | tmp "395 " |
|---|
| 116 | aa "392 " |
|---|
| 117 | aa_pro "392 " |
|---|
| 118 | %) /*species*/ |
|---|
| 119 | |
|---|
| 120 | species :5000 %% (% |
|---|
| 121 | name :7600 "MucRacem" |
|---|
| 122 | flag :7000 "h" |
|---|
| 123 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 124 | data :7500 "....MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYNVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAILIIAGGTGEFEAGISKDGQTREHALLAFTLGFRQLIVAINKMDTTKW-SQDRYNEIVKEVSGFI-KKIGFNPKSVPFVPISGWHGDNMLDESTNMPWFKGWNKETKAGSKTGKTLLEAID-AIEPPVRPSDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGTIKAGMVVNFAPAAV---TTEVKSVEMHHETLTEGLPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCSDSKNDPAKESASFTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFSELIEKIDRRSGKKMEDSPKFVKSGDSAIVKMVPSKPMCVEAYTDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVEKVDKAGKVTKAAAKASK----K......" |
|---|
| 125 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 126 | |
|---|
| 127 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
| 128 | data :7500 "............ATGGGTAAAGAG---------------AAGACTCACGTTAACGTCGTCGTCATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAATCTACTACTACTGGTCACTTGATTTACAAGTGTGGTGGTATTGATAAGCGTACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGAAGCTGCCGAACTCGGTAAGGGTTCT---------TTCAAGTACGCC---TGGGTCCTTGATAAACTTAAGGCTGAACGTGAGCGTGGTATCACCATTGATATCGCTCTCTGGAAGTTCGAGACCCCCAAGTACAACGTTACTGTTATTGATGCTCCCGGCCATCGTGATTTCATCAAGAACATGATTACTGGTACTTCTCAAGCTGATTGTGCTATTCTTATCATTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTCAAACCCGTGAGCACGCTCTTCTTGCCTTCACCTTGGGTTTCCGTCAATTGATTGTTGCTATCAACAAGATGGATACCACCAAGTGG---TCTCAAGATCGTTACAACGAAATCGTCAAGGAAGTTTCCGGTTTCATC---AAGAAGATTGGTTTCAACCCCAAGTCTGTTCCCTTCGTCCCCATCTCTGGCTGGCACGGTGATAACATGTTGGATGAATCCACCAACATGCCCTGGTTCAAGGGATGGAACAAGGAGACCAAGGCTGGTTCCAAGACCGGTAAGACTCTCCTCGAAGCCATCGAT---GCTATTGAGCCCCCTGTCCGTCCTTCCGACAAGCCTCTCCGTCTTCCCCTCCAAGATGTCTACAAGATTGGTGGTATTGGTACAGTTCCCGTTGGTCGTGTTGAGACTGGTACTATCAAGGCTGGTATGGTTGTCAACTTTGCTCCCGCTGCTGTC---------ACCACCGAAGTCAAGTCCGTCGAAATGCATCACGAAACCCTCACTGAAGGTCTCCCCGGTGACAACGTCGGTTTCAACGTCAAGAACGTCTCCGTCAAGGATATCCGTCGTGGTAACGTCTGTTCCGACTCCAAGAACGATCCCGCTAAGGAATCTGCCTCTTTCACCGCTCAAGTTATTATCTTGAACCACCCCGGTCAAATCTCTGCTGGTTACGCACCAGTTCTCGATTGTCACACTGCTCACATCGCCTGTAAGTTCTCTGAACTCATTGAGAAGATTGATCGTCGTTCCGGTAAGAAGATGGAGGATTCTCCCAAGTTCGTCAAGTCTGGTGATTCCGCTATCGTCAAGATGGTTCCCTCCAAGCCCATGTGTGTCGAAGCTTACACTGACTATCCTCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTCCGTGATATGCGTCAAACCGTCGCTGTCGGTGTCATCAAGGCTGTCGAGAAGGTTGACAAGGCTGGTAAGGTCACCAAGGCCGCTGCCAAGGCTTCCAAG------------AAA..................." |
|---|
| 129 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
|---|
| 130 | |
|---|
| 131 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 132 | aacid "458 " |
|---|
| 133 | acc "ARB_5ADBD66E" |
|---|
| 134 | tmp "445 " |
|---|
| 135 | exclude "does not align" |
|---|
| 136 | aa "458 " |
|---|
| 137 | aa_pro "441 " |
|---|
| 138 | %) /*species*/ |
|---|
| 139 | |
|---|
| 140 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 141 | name :7600 "MucRace2" |
|---|
| 142 | flag :7000 "h" |
|---|
| 143 | ali_tuf_pro :5000 %% (% |
|---|
| 144 | data :7500 "....MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYNVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAILIIAGGTGEFEAGISKDGQTREHALLAFTLGVRQLIVAINKMDTTKW-SQDRYNEIVKEVSGFI-KKIGFNPKSVPFVPISGWHGDNMLDESTNMPWFKGWNKETKAGSKTGKTLLEAID-AIEPPVRPSDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGTIKAGMVVNFAPAAV---TTEVKSVEMHHETLTEGLPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCSDSKNDPAKESASFTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFSELIEKIDRRS-EKMEDSPKFVKSGDSAIVKMVPSKPMCVEAYTDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVEKVDKAGKVTKAAAKASK----K......" |
|---|
| 145 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
|---|
| 146 | |
|---|
| 147 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
|---|
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| 165 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
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| 168 | data :7500 "............ATGGGTAAAGAG---------------AAGACTCACGTTAACGTTGTCGTTATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAGTCCACCACCACTGGTCACTTGATTTACAAGTGTGGTGGTATCGACAAGCGTACCATCGAAGAGTTCGAGAAGGAAGCTGCTGAACTCGGTAAGGGTTCC---------TTCAAGTACGCC---TGGGTTCTTGACAAACTCAAGGCTGAACGTGAGCGTGGTATCACCATCGATATTGCTCTCTGGAAGTTCGAGACCCCCAAGTACAATGTCACTGTCATTGATGCTCCTGGCCATCGTGATTTCATCAAGAACATGATTACTGGTACTTCTCAAGCTGATTGTGCTATTCTTATCATTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTCAAACCCGTGAGCACGCTCTTCTTGCCTTCACCTTGGGGTTCCGTCAATTGATTGTTGCTATCAACAAGATGGATACCACCAAGTGG---TCTCAAGATCGTTACAACGAAATCGTCAAGGAAGTTTCCGGTTTCATC---AAGAAGATTGGTTTCAACCCCAAGTCTGTTCCCTTCGTCCCCATCTCTGGCTGGCACGGTGATAACATGTTGGATGAATCCACCAACATGCCCTGGTTCAAGGGATGGAACAAGGAGACCAAGGCTGGTTCCAAGACCGGTAAGACTCTCCTCGAAGCCATCGAT---GCTATTGAGCCCCCTGTCCGTCCCTCCGACAAGCCTCTCCGTCTTCCCCTCCAAGATGTCTACAAGATTGGTGGTATTGGTACAGTTCCCGTTGGTCGTGTTGAGACTGGTACTATCAAGGCTGGTATGGTTGTCAACTTTGCTCCCGCTGCTGTC---------ACCACCGAAGTCAAGTCCGTCGAAATGCACCACGAAACCCTCACTGAAGGTCTCCCCGGTGACAACGTCGGTTTCAACGTCAAGAACGTCTCCGTCAAGGATATCCGTCGTGGTAACGTCTGTTCCGACTCCAAGAACGATCCCGCCAAGGAATCTGCCTCTTTCACCGCTCAAGTTATTATCTTGAACCACCCCGGTCAAATCTCTGCTGGTTACGCACCAGTTCTCGATTGTCACACTGCTCACATCGCCTGTAAGTTCTCTGAACTCATTGAGAAGATTGATCGTCGTTCCGGTAAGAAGATGGAGGATAGCCCCAAGTTCGTCAAGTCTGGTGATTCCGCTATCGTCAAGATGGTTCCCTCCAAGCCCATGTGTGTCGAAGCTTACACTGACTATCCTCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTCCGTGATATGCGTCAAACCGTCGCTGTCGGTGTCATCAAGGCCGTCGAGAAGGTTGACAAGGCTGGTAAGGTCACCAAGGCCGCTGCCAAGGCTTCCAAG------------AAA..................." |
|---|
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| 184 | data :7500 "....MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAERERGITIDIALWKFETPKYHVTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCGILIIAAGTGEFEAGISKDGQTREHALLAFTLGVRQLIVAINKMDSTKW-SEQRFNEIIKEVSGFI-KKIGFNPKSVPFVPISGWHGDNMLEESTNMPWYKGWNKETKAGAKSGKTLLDAID-AIDPPQRPSDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVIKAGMVVTFAPANV---TTEVKSVEMHHEQLVEGLPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCSDSKNDPAKEAGSFTAQVIVLNHPGQIGAGYAPVLDCHTAHIACKFAELLEKIDRRSGKKLEDAPKFVKSGDSAIVKMIPSKPMCVEAYTDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVEKVDKAGKVTKAAAKAGE----K......" |
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| 185 | %) /*ali_tuf_pro*/ |
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| 186 | |
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| 187 | ali_tuf_dna :5000 %% (% |
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| 188 | data :7500 "............ATGGGTAAAGAA---------------AAGACTCACGTTAACGTCGTTGTCATTGGTCACGTCGATTCTGGTAAATCCACCACCACTGGTCATTTGATCTACAAGTGCGGTGGTATTGACAAGCGTACCATTGAAAAGTTCGAAAAGGAAGCTGCTGAACTCGGTAAGGGTTCC---------TTCAAGTACGCC---TGGGTGTTGGACAAGCTCAAGGCCGAACGTGAACGTGGTATCACCATCGATATCGCTCTCTGGAAGTTCGAAACCCCCAAGTACCACGTCACCGTCATTGACGCCCCTGGCCATCGTGATTTCATCAAGAACATGATTACTGGTACTTCTCAAGCTGATTGCGGTATTCTTATCATTGCTGCCGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTCAAACCCGTGAACACGCTTTGTTGGCTTTCACCCTCGGTGTCCGTCAATTGATCGTCGCCATTAACAAGATGGATTCCACCAAGTGG---TCCGAACAACGCTTCAACGAAATCATCAAGGAAGTGTCTGGCTTCATC---AAGAAGATCGGTTTCAACCCCAAGTCTGTCCCCTTCGTCCCCATCTCTGGCTGGCACGGTGACAACATGTTGGAAGAATCTACCAACATGCCCTGGTACAAGGGATGGAACAAGGAAACCAAGGCTGGTGCCAAGTCTGGCAAGACTCTCTTGGATGCCATCGAT---GCTATTGATCCTCCTCAACGTCCTTCCGACAAGCCCCTCCGTCTCCCTCTTCAAGATGTGTACAAGATCGGTGGTATTGGTACTGTCCCCGTCGGTCGTGTCGAAACTGGTGTCATCAAGGCCGGTATGGTCGTCACCTTCGCTCCCGCTAACGTC---------ACCACTGAAGTCAAGTCCGTCGAAATGCATCACGAACAATTGGTTGAAGGTCTCCCCGGTGACAACGTCGGTTTCAACGTCAAGAACGTCTCCGTCAAGGATATCCGTCGTGGTAACGTCTGCTCTGACTCCAAGAACGACCCCGCCAAGGAAGCCGGCTCCTTCACTGCCCAAGTCATTGTCCTTAACCATCCTGGTCAAATCGGTGCTGGTTACGCTCCTGTCTTGGATTGCCACACTGCTCACATTGCCTGTAAGTTCGCCGAACTCTTGGAAAAGATCGATCGTCGTTCCGGTAAGAAGCTCGAAGATGCTCCCAAGTTCGTCAAGTCTGGTGATTCCGCTATCGTCAAGATGATCCCCTCCAAGCCCATGTGTGTCGAAGCTTACACTGACTACCCTCCTCTTGGTCGTTTCGCCGTCCGTGATATGCGTCAAACCGTCGCTGTTGGTGTCATCAAGGCCGTCGAAAAGGTTGACAAGGCTGGCAAGGTCACCAAGGCTGCTGCCAAGGCTGGCGAG------------AAA..................." |
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| 210 | tmp "445 " |
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| 211 | exclude "does not align" |
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| 220 | data :7500 "....MGKE-----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDK*TIEKFEKEAAELGKGS---FKYA-WVLDKLKAE*E*GITIDIALWKFETPKYHVTVIDAPGH*DFIKNMITGTSQADCAILIIAGGTGEFEAGISKDGQT*EHALLAYTLGVKQLIVAVNKMDSVKW-DKN*FEEIIKETSNFV-KKVGYNPKTVPFVPISGWNGDNMIEPSTNCPWYKGWEKETKSGKVTGKTLLEAID-AIEPPT*PTDKPL*LPLQDVYKIGGIGTVPVG*VETGIIKAGMVVTFAPAGV---TTEVKSVEMHHEQLAEGVPGDNVGFNVKNVSVKEI**GNVCGDSNNDPPKGCDSFNAQVIVLNHPGQISAGYSPVLDCHTAHIACKFDTLVEKID**TGKKLEENPKFVKSGDAAIVKMVPTKPMCVEAFTDYPPLG*FAV*DM*QTVAVGVIKSVEKSDKAGKVTKAAQKAAK----K......" |
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| 224 | data :7500 "............ATGGGTAAAGAA---------------AAAACTCACGTTAACGTTGTTGTTATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAATCTACTACCACCGGTCACTTAATTTACAAGTGTGGTGGTATCGATAAAAGAACCATTGAAAAATTCGAAAAAGAAGCTGCTGAATTGGGTAAAGGTTCT---------TTCAAATACGCT---TGGGTCTTGGACAAATTGAAGGCTGAAAGAGAAAGAGGTATCACCATTGATATTGCTTTGTGGAAATTCGAAACTCCAAAATACCACGTTACCGTCATTGATGCTCCAGGTCACAGAGATTTCATCAAGAATATGATCACTGGTACTTCTCAAGCTGATTGTGCTATTTTGATTATTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCCGGTATTTCTAAGGATGGTCAAACCAGAGAACACGCTTTGTTGGCTTACACTTTGGGTGTCAAACAATTGATTGTTGCTGTCAACAAGATGGACTCTGTCAAATGG---GACAAAAACAGATTTGAAGAAATCATCAAGGAAACCTCCAACTTCGTC---AAGAAGGTTGGTTACAACCCAAAGACTGTTCCATTCGTTCCAATCTCTGGTTGGAATGGTGACAACATGATTGAACCATCCACCAACTGTCCATGGTACAAGGGTTGGGAAAAGGAAACCAAATCCGGTAAAGTTACTGGTAAGACCTTGTTAGAAGCTATTGAC---GCTATTGAACCACCAACCAGACCAACCGACAAACCATTGAGATTGCCATTGCAAGATGTTTACAAGATTGGTGGTATTGGTACTGTGCCAGTCGGTAGAGTTGAAACTGGTATCATCAAAGCCGGTATGGTTGTTACTTTCGCCCCAGCTGGTGTT---------ACCACTGAAGTCAAGTCCGTTGAAATGCATCACGAACAATTGGCTGAAGGTGTTCCAGGTGACAATGTTGGTTTCAACGTTAAGAACGTTTCCGTTAAAGAAATTAGAAGAGGTAACGTTTGTGGTGACTCCAATAACGATCCACCAAAGGGTTGTGACTCTTTCAATGCCCAAGTCATTGTTTTGAACCATCCAGGTCAAATCTCTGCTGGTTACTCTCCAGTCTTGGATTGTCACACTGCCCACATTGCTTGTAAATTCGACACTTTGGTTGAAAAGATTGACAGAAGAACTGGTAAGAAATTGGAAGAAAATCCAAAATTCGTCAAATCCGGTGATGCTGCTATCGTCAAGATGGTCCCAACCAAACCAATGTGTGTTGAAGCTTTCACTGACTACCCACCATTAGGTAGATTCGCTGTCAGAGATATGAGACAAACCGTTGCTGTTGGTGTCATCAAATCTGTTGAAAAATCCGACAAAGCTGGTAAAGTTACCAAGGCTGCTCAAAAAGCTGCTAAG------------AAA..................." |
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| 225 | %) /*ali_tuf_dna*/ |
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| 230 | tmp "445 " |
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| 231 | exclude "does not align" |
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|---|
| 377 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 378 | %) /*tool0*/ |
|---|
| 379 | |
|---|
| 380 | tool1 %% (% |
|---|
| 381 | text "treetool " |
|---|
| 382 | tool_command "treetool !s" |
|---|
| 383 | tool_file_type_save %i 6 |
|---|
| 384 | tool_file_type_load %i 6 |
|---|
| 385 | %) /*tool1*/ |
|---|
| 386 | |
|---|
| 387 | tool2 %% (% |
|---|
| 388 | text "edtu" |
|---|
| 389 | tool_command "arb_edtu : &" |
|---|
| 390 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 391 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 392 | %) /*tool2*/ |
|---|
| 393 | |
|---|
| 394 | tool3 %% (% |
|---|
| 395 | text "phyl" |
|---|
| 396 | tool_command "arb_phyl : &" |
|---|
| 397 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 398 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 399 | %) /*tool3*/ |
|---|
| 400 | |
|---|
| 401 | tool4 %% (% |
|---|
| 402 | text "adm" |
|---|
| 403 | tool_command "arb_adm : &" |
|---|
| 404 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 405 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 406 | %) /*tool4*/ |
|---|
| 407 | |
|---|
| 408 | tool5 %% (% |
|---|
| 409 | text "TOOL 6 " |
|---|
| 410 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 411 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 412 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 413 | %) /*tool5*/ |
|---|
| 414 | |
|---|
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|---|
| 416 | text "TOOL 7 " |
|---|
| 417 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 418 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 419 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 420 | %) /*tool6*/ |
|---|
| 421 | |
|---|
| 422 | tool7 %% (% |
|---|
| 423 | text "TOOL 8 " |
|---|
| 424 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 425 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 426 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 427 | %) /*tool7*/ |
|---|
| 428 | |
|---|
| 429 | tool8 %% (% |
|---|
| 430 | text "TOOL 9 " |
|---|
| 431 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 432 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 433 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 434 | %) /*tool8*/ |
|---|
| 435 | |
|---|
| 436 | viewkey %% (% |
|---|
| 437 | key_text "name" |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 446 | |
|---|
| 447 | changekey %% (% |
|---|
| 448 | changekey_text "name" |
|---|
| 449 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 450 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 451 | |
|---|
| 452 | changekey %% (% |
|---|
| 453 | changekey_text "full_name" |
|---|
| 454 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 455 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 456 | |
|---|
| 457 | changekey %% (% |
|---|
| 458 | changekey_text "group_name" |
|---|
| 459 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 460 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 461 | |
|---|
| 462 | changekey %% (% |
|---|
| 463 | changekey_text "flag" |
|---|
| 464 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 465 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 466 | |
|---|
| 467 | changekey %% (% |
|---|
| 468 | changekey_text "alignment" |
|---|
| 469 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 470 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 471 | |
|---|
| 472 | changekey %% (% |
|---|
| 473 | changekey_text "errors" |
|---|
| 474 | changekey_type %i 1 |
|---|
| 475 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 476 | |
|---|
| 477 | changekey %% (% |
|---|
| 478 | changekey_text "acc" |
|---|
| 479 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 480 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 481 | |
|---|
| 482 | changekey %% (% |
|---|
| 483 | changekey_text "author" |
|---|
| 484 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 485 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 486 | |
|---|
| 487 | changekey %% (% |
|---|
| 488 | changekey_text "date" |
|---|
| 489 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 490 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 491 | |
|---|
| 492 | changekey %% (% |
|---|
| 493 | changekey_text "in use" |
|---|
| 494 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 495 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 496 | |
|---|
| 497 | changekey %% (% |
|---|
| 498 | changekey_text "font" |
|---|
| 499 | changekey_type %i 1 |
|---|
| 500 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 501 | |
|---|
| 502 | viewkey %% (% |
|---|
| 503 | key_text "full_name" |
|---|
| 504 | len1 %i 30 |
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|---|
| 510 | leaf %i 1 |
|---|
| 511 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 512 | |
|---|
| 513 | viewkey %% (% |
|---|
| 514 | key_text "" |
|---|
| 515 | len1 %i 40 |
|---|
| 516 | flag2 %i 0 |
|---|
| 517 | len2 %i 10 |
|---|
| 518 | start %i 0 |
|---|
| 519 | pars "taxonomy(1)" |
|---|
| 520 | group %i 1 |
|---|
| 521 | leaf %i 1 |
|---|
| 522 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 523 | |
|---|
| 524 | viewkey %% (% |
|---|
| 525 | key_text "acc" |
|---|
| 526 | len1 %i 90 |
|---|
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|---|
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|---|
| 529 | start %i 0 |
|---|
| 530 | pars ":*=[*]" |
|---|
| 531 | group %i 0 |
|---|
| 532 | leaf %i 1 |
|---|
| 533 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 534 | |
|---|
| 535 | changekey %% (% |
|---|
| 536 | changekey_text "short_name" |
|---|
| 537 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 538 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 539 | |
|---|
| 540 | viewkey %% (% |
|---|
| 541 | key_text "def" |
|---|
| 542 | len1 %i 10 |
|---|
| 543 | flag2 %i 0 |
|---|
| 544 | len2 %i 10 |
|---|
| 545 | start %i 0 |
|---|
| 546 | pars "" |
|---|
| 547 | group %i 0 |
|---|
| 548 | leaf %i 0 |
|---|
| 549 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 550 | |
|---|
| 551 | changekey %% (% |
|---|
| 552 | changekey_text "strain" |
|---|
| 553 | changekey_type %i 0 |
|---|
| 554 | %) /*changekey*/ |
|---|
| 555 | |
|---|
| 556 | viewkey %% (% |
|---|
| 557 | key_text "ali_tuf_pro/data" |
|---|
| 558 | pars "" |
|---|
| 559 | len1 %i 30 |
|---|
| 560 | start %i 0 |
|---|
| 561 | group %i 0 |
|---|
| 562 | leaf %i 0 |
|---|
| 563 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 564 | |
|---|
| 565 | viewkey %% (% |
|---|
| 566 | key_text "aacid" |
|---|
| 567 | pars "" |
|---|
| 568 | len1 %i 30 |
|---|
| 569 | start %i 0 |
|---|
| 570 | group %i 0 |
|---|
| 571 | leaf %i 0 |
|---|
| 572 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 573 | |
|---|
| 574 | viewkey %% (% |
|---|
| 575 | key_text "ebi_tax" |
|---|
| 576 | pars "" |
|---|
| 577 | len1 %i 30 |
|---|
| 578 | start %i 0 |
|---|
| 579 | group %i 0 |
|---|
| 580 | leaf %i 0 |
|---|
| 581 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 582 | |
|---|
| 583 | viewkey %% (% |
|---|
| 584 | key_text "aa" |
|---|
| 585 | pars "" |
|---|
| 586 | len1 %i 30 |
|---|
| 587 | start %i 0 |
|---|
| 588 | group %i 0 |
|---|
| 589 | leaf %i 0 |
|---|
| 590 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 591 | |
|---|
| 592 | viewkey %% (% |
|---|
| 593 | key_text "aa_pro" |
|---|
| 594 | pars "" |
|---|
| 595 | len1 %i 30 |
|---|
| 596 | start %i 0 |
|---|
| 597 | group %i 0 |
|---|
| 598 | leaf %i 0 |
|---|
| 599 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 600 | |
|---|
| 601 | viewkey %% (% |
|---|
| 602 | key_text "" |
|---|
| 603 | len1 %i 30 |
|---|
| 604 | pars "" |
|---|
| 605 | group %i 0 |
|---|
| 606 | leaf %i 0 |
|---|
| 607 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 608 | |
|---|
| 609 | viewkey %% (% |
|---|
| 610 | key_text "" |
|---|
| 611 | len1 %i 30 |
|---|
| 612 | pars "" |
|---|
| 613 | group %i 0 |
|---|
| 614 | leaf %i 0 |
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| 615 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 616 | |
|---|
| 617 | viewkey %% (% |
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| 618 | key_text "" |
|---|
| 619 | len1 %i 30 |
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| 620 | pars "" |
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| 621 | group %i 0 |
|---|
| 622 | leaf %i 0 |
|---|
| 623 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 624 | |
|---|
| 625 | viewkey %% (% |
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| 626 | key_text "" |
|---|
| 627 | len1 %i 30 |
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| 628 | pars "" |
|---|
| 629 | group %i 0 |
|---|
| 630 | leaf %i 0 |
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| 631 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 632 | |
|---|
| 633 | viewkey %% (% |
|---|
| 634 | key_text "" |
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| 635 | len1 %i 30 |
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| 636 | pars "" |
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| 637 | group %i 0 |
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| 638 | leaf %i 0 |
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| 639 | %) /*viewkey*/ |
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| 640 | |
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| 641 | viewkey %% (% |
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| 642 | key_text "" |
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| 644 | pars "" |
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| 645 | group %i 0 |
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| 647 | %) /*viewkey*/ |
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| 648 | |
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| 649 | viewkey %% (% |
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| 650 | key_text "" |
|---|
| 651 | len1 %i 30 |
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| 652 | pars "" |
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| 653 | group %i 0 |
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| 654 | leaf %i 0 |
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| 655 | %) /*viewkey*/ |
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| 656 | |
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| 657 | viewkey %% (% |
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| 658 | key_text "" |
|---|
| 659 | len1 %i 30 |
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| 660 | pars "" |
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| 661 | group %i 0 |
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| 663 | %) /*viewkey*/ |
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| 664 | |
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| 674 | key_text "" |
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| 684 | pars "" |
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| 1279 | description "protein datenbank MBI 06/2002" |
|---|
| 1280 | arb_edit %% (% |
|---|
| 1281 | top_area_species "conbac9:1 coneuc9:1 conarc9:1 " |
|---|
| 1282 | bottom_area_species "" |
|---|
| 1283 | %) /*arb_edit*/ |
|---|
| 1284 | |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 1299 | |
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 1324 | |
|---|
| 1325 | function_type %i 5 |
|---|
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|---|
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|---|
| 1329 | |
|---|
| 1330 | focus %% (% |
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| 1331 | tree_name "tree_prot_opti" |
|---|
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|---|
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| 1334 | |
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|---|
| 1338 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1339 | |
|---|
| 1340 | configuration %% (% |
|---|
| 1341 | name "charpos" |
|---|
| 1342 | top_area "\ASECOLI\AScharpos" |
|---|
| 1343 | middle_area "\AFSAI:SAI's\ASCOUNTED_CHARS\ASHELIX_LINE\ASHELIX_PAIRS\ASall295_907rr3\ASall295_907rr5\ASbacr30\ASconarc9\ASconbac9\ASconbacif9\ASconbacselb9\ASconeuc9\ASconeucif9\ASdorgap\ASeucif2r3\ASif230\ASif2metvafil\ASif2mvan\ASif2r3\ASifgap\ASmvif2\ASposvar\AE\AFMore Sequences\ALcharpos\AE\ALtstmram3\ALtaqxpyro\ALtfrbisla\ALtthtmari\ALtcytlyti\ALttaxocel\ALtbadfrag\ALtfibsucc\ALtflbferr\ALtmypgall\ALtmypgeni\ALtmyppneu\ALtmyphomi\ALtslaplat\ALtccyanop\ALtananidu\ALtccryphi\ALtcchlore\ALtcchlrei\ALtcastlon\ALtceuggra\ALtcarabid\ALtcglymax\ALtcnictab\ALtptcnige\ALtstcoral\ALtbacsubt\ALtflxsinu\ALtchfaura\ALthesgiga\ALtclatrac\ALtspcaura\ALtchlvibr\ALtnanexed\ALtwolsucc\ALttibcupr\ALtpsmcepa\ALtsheputr\ALtesccol2\ALtsaltyp2\ALtesccoli\ALtsaltypm\ALtstiaura\ALtdnemasp\ALtthmther\ALtthmaqua\ALtmybtube\ALtcorglut\ALtbrevlin\ALtmiclute\ALtstmramo\ALtstmram2\ALtmsaccha" |
|---|
| 1344 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1345 | |
|---|
| 1346 | pattern "aagctacct" |
|---|
| 1347 | case %i 1 |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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| 1360 | seq_gaps %i 1 |
|---|
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|---|
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|---|
| 1366 | exact %i 0 |
|---|
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|---|
| 1368 | |
|---|
| 1369 | primer %% (% |
|---|
| 1370 | pattern "AC-G--TU" |
|---|
| 1371 | case %i 1 |
|---|
| 1372 | tu %i 1 |
|---|
| 1373 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1374 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1375 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1376 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1377 | show %i 0 |
|---|
| 1378 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1379 | autoJump %i 0 |
|---|
| 1380 | %) /*primer*/ |
|---|
| 1381 | |
|---|
| 1382 | user1 %% (% |
|---|
| 1383 | pattern "LVELEnVDHGKTTnGAILVVnEGGRHTPnIREGGR" |
|---|
| 1384 | case %i 1 |
|---|
| 1385 | tu %i 0 |
|---|
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|---|
| 1387 | reverse %i 0 |
|---|
| 1388 | complement %i 0 |
|---|
| 1389 | exact %i 0 |
|---|
| 1390 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1391 | max_mismatches %i 1 |
|---|
| 1392 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1393 | show %i 1 |
|---|
| 1394 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1395 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1396 | %) /*user1*/ |
|---|
| 1397 | |
|---|
| 1398 | user2 %% (% |
|---|
| 1399 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1400 | case %i 1 |
|---|
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|---|
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|---|
| 1403 | reverse %i 0 |
|---|
| 1404 | complement %i 0 |
|---|
| 1405 | exact %i 0 |
|---|
| 1406 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1407 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1408 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1409 | show %i 0 |
|---|
| 1410 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1411 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1412 | %) /*user2*/ |
|---|
| 1413 | |
|---|
| 1414 | primer1 %% (% |
|---|
| 1415 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1416 | case %i 1 |
|---|
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|---|
| 1418 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1419 | reverse %i 0 |
|---|
| 1420 | complement %i 0 |
|---|
| 1421 | exact %i 0 |
|---|
| 1422 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1423 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1424 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1425 | show %i 0 |
|---|
| 1426 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1427 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1428 | %) /*primer1*/ |
|---|
| 1429 | |
|---|
| 1430 | primer2 %% (% |
|---|
| 1431 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1432 | case %i 1 |
|---|
| 1433 | tu %i 1 |
|---|
| 1434 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1435 | reverse %i 0 |
|---|
| 1436 | complement %i 0 |
|---|
| 1437 | exact %i 0 |
|---|
| 1438 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1439 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1440 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1441 | show %i 0 |
|---|
| 1442 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1443 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1444 | %) /*primer2*/ |
|---|
| 1445 | |
|---|
| 1446 | primer3 %% (% |
|---|
| 1447 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1448 | case %i 1 |
|---|
| 1449 | tu %i 1 |
|---|
| 1450 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1451 | reverse %i 0 |
|---|
| 1452 | complement %i 0 |
|---|
| 1453 | exact %i 0 |
|---|
| 1454 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1455 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1456 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1457 | show %i 0 |
|---|
| 1458 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1459 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1460 | %) /*primer3*/ |
|---|
| 1461 | |
|---|
| 1462 | sig1 %% (% |
|---|
| 1463 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1464 | case %i 1 |
|---|
| 1465 | tu %i 1 |
|---|
| 1466 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1467 | reverse %i 0 |
|---|
| 1468 | complement %i 0 |
|---|
| 1469 | exact %i 0 |
|---|
| 1470 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1471 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1472 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1473 | show %i 0 |
|---|
| 1474 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1475 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1476 | %) /*sig1*/ |
|---|
| 1477 | |
|---|
| 1478 | sig2 %% (% |
|---|
| 1479 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1480 | case %i 1 |
|---|
| 1481 | tu %i 1 |
|---|
| 1482 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1483 | reverse %i 0 |
|---|
| 1484 | complement %i 0 |
|---|
| 1485 | exact %i 0 |
|---|
| 1486 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1487 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1488 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1489 | show %i 0 |
|---|
| 1490 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1491 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1492 | %) /*sig2*/ |
|---|
| 1493 | |
|---|
| 1494 | sig3 %% (% |
|---|
| 1495 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1496 | case %i 1 |
|---|
| 1497 | tu %i 1 |
|---|
| 1498 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1499 | reverse %i 0 |
|---|
| 1500 | complement %i 0 |
|---|
| 1501 | exact %i 0 |
|---|
| 1502 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1503 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1504 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1505 | show %i 0 |
|---|
| 1506 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1507 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1508 | %) /*sig3*/ |
|---|
| 1509 | |
|---|
| 1510 | %) /*search*/ |
|---|
| 1511 | |
|---|
| 1512 | nt %% (% |
|---|
| 1513 | protein_codon_type %i 1 |
|---|
| 1514 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1515 | target_string "" |
|---|
| 1516 | primer_target_string "" |
|---|
| 1517 | gene_content "" |
|---|
| 1518 | %) /*nt*/ |
|---|
| 1519 | |
|---|
| 1520 | ARB_EDIT %% (% |
|---|
| 1521 | action "" |
|---|
| 1522 | value "" |
|---|
| 1523 | awar "" |
|---|
| 1524 | %) /*ARB_EDIT*/ |
|---|
| 1525 | |
|---|
| 1526 | www %% (% |
|---|
| 1527 | url_0 %% (% |
|---|
| 1528 | srt "" |
|---|
| 1529 | desc "" |
|---|
| 1530 | select %i 0 |
|---|
| 1531 | %) /*url_0*/ |
|---|
| 1532 | |
|---|
| 1533 | url_1 %% (% |
|---|
| 1534 | srt "" |
|---|
| 1535 | desc "" |
|---|
| 1536 | select %i 0 |
|---|
| 1537 | %) /*url_1*/ |
|---|
| 1538 | |
|---|
| 1539 | url_2 %% (% |
|---|
| 1540 | srt "" |
|---|
| 1541 | desc "" |
|---|
| 1542 | select %i 0 |
|---|
| 1543 | %) /*url_2*/ |
|---|
| 1544 | |
|---|
| 1545 | url_3 %% (% |
|---|
| 1546 | srt "" |
|---|
| 1547 | desc "" |
|---|
| 1548 | select %i 0 |
|---|
| 1549 | %) /*url_3*/ |
|---|
| 1550 | |
|---|
| 1551 | url_4 %% (% |
|---|
| 1552 | srt "" |
|---|
| 1553 | desc "" |
|---|
| 1554 | select %i 0 |
|---|
| 1555 | %) /*url_4*/ |
|---|
| 1556 | |
|---|
| 1557 | url_5 %% (% |
|---|
| 1558 | srt "" |
|---|
| 1559 | desc "" |
|---|
| 1560 | select %i 0 |
|---|
| 1561 | %) /*url_5*/ |
|---|
| 1562 | |
|---|
| 1563 | url_6 %% (% |
|---|
| 1564 | srt "" |
|---|
| 1565 | desc "" |
|---|
| 1566 | select %i 0 |
|---|
| 1567 | %) /*url_6*/ |
|---|
| 1568 | |
|---|
| 1569 | url_7 %% (% |
|---|
| 1570 | srt "" |
|---|
| 1571 | desc "" |
|---|
| 1572 | select %i 0 |
|---|
| 1573 | %) /*url_7*/ |
|---|
| 1574 | |
|---|
| 1575 | url_8 %% (% |
|---|
| 1576 | srt "" |
|---|
| 1577 | desc "" |
|---|
| 1578 | select %i 0 |
|---|
| 1579 | %) /*url_8*/ |
|---|
| 1580 | |
|---|
| 1581 | url_9 %% (% |
|---|
| 1582 | srt "" |
|---|
| 1583 | desc "" |
|---|
| 1584 | select %i 0 |
|---|
| 1585 | %) /*url_9*/ |
|---|
| 1586 | |
|---|
| 1587 | url_select %i 0 |
|---|
| 1588 | browser "(netscape -remote 'openURL($(URL))' || netscape '$(URL)')&" |
|---|
| 1589 | %) /*www*/ |
|---|
| 1590 | |
|---|
| 1591 | table_data %% (% |
|---|
| 1592 | %) /*table_data*/ |
|---|
| 1593 | |
|---|
| 1594 | merge %% (% |
|---|
| 1595 | remap_species_list "" |
|---|
| 1596 | remap_enable %i 0 |
|---|
| 1597 | %) /*merge*/ |
|---|
| 1598 | |
|---|
| 1599 | submission %% (% |
|---|
| 1600 | %) /*submission*/ |
|---|
| 1601 | |
|---|
| 1602 | genom_db %i 0 |
|---|
| 1603 | sai_visualize %% (% |
|---|
| 1604 | %) /*sai_visualize*/ |
|---|
| 1605 | |
|---|
| 1606 | MAUS %% (% |
|---|
| 1607 | excl_acc "" |
|---|
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|---|
| 1609 | |
|---|
| 1610 | checks %% (% |
|---|
| 1611 | check "fix gene_data" |
|---|
| 1612 | check "del_mark_move_REF" |
|---|
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|---|
| 1614 | check "duplicated_item_colors" |
|---|
| 1615 | %) /*checks*/ |
|---|
| 1616 | |
|---|
| 1617 | track %% (% |
|---|
| 1618 | initials "westram" |
|---|
| 1619 | %) /*track*/ |
|---|
| 1620 | |
|---|
| 1621 | secedit %% (% |
|---|
| 1622 | structs %% (% |
|---|
| 1623 | %) /*structs*/ |
|---|
| 1624 | |
|---|
| 1625 | %) /*secedit*/ |
|---|
| 1626 | |
|---|
| 1627 | extended_data %% (% |
|---|
| 1628 | %) /*extended_data*/ |
|---|
| 1629 | |
|---|
| 1630 | configuration_data %% (% |
|---|
| 1631 | configuration %% (% |
|---|
| 1632 | name "default_configuration" |
|---|
| 1633 | top_area "" |
|---|
| 1634 | middle_area "\AGSAI-Maingroup\AE\AFMore Sequences\AE\AGEF-Tu / EF-1a\AGEukarya EF-Tu\ALMucRace3\ALMucRacem\ALMucRace2\ALAbdGlauc\ALCddAlbic\ALSacCere5\AE\AGBacteria EF-Tu\ALCytLyti6\ALTaxOcell\ALBctFra12\ALStrCoel9\ALStrRamo3\AE\AE" |
|---|
| 1635 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1636 | |
|---|
| 1637 | configuration %% (% |
|---|
| 1638 | name "marked" |
|---|
| 1639 | top_area "" |
|---|
| 1640 | middle_area "\AGSAI-Maingroup\AE\AFMore Sequences\AE\AGEF-Tu / EF-1a\AGEukarya EF-Tu\ALMucRace2\ALSacCere5\AE\AGBacteria EF-Tu\ALCytLyti6\ALStrRamo3\AE\AE" |
|---|
| 1641 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1642 | |
|---|
| 1643 | %) /*configuration_data*/ |
|---|
| 1644 | |
|---|
