| 1 | /*ARBDB ASCII*/ |
|---|
| 2 | species_data %% (% |
|---|
| 3 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 4 | name :7600 "CytLyti6" |
|---|
| 5 | flag :7000 "m" |
|---|
| 6 | full_name "Cytophaga lytica" |
|---|
| 7 | short_name "C. lytica" |
|---|
| 8 | strain "DSM 2039" |
|---|
| 9 | aacid "395 " |
|---|
| 10 | acc "ARB_6B3852E" |
|---|
| 11 | tmp "397 " |
|---|
| 12 | status "sorted" |
|---|
| 13 | aa "395 " |
|---|
| 14 | exclude "double entry" |
|---|
| 15 | aa_pro "395 " |
|---|
| 16 | ali_dna %% (% |
|---|
| 17 | data :7000 "............ATGGCAAAGGAAACTTTTACAACAGTATTG---------------TCTGAA---------TTAAGAAGTTTC---GATTCTGGTGCTGCAACTGATGGT------------CCAATG---------CCTGATGATGAA---------GAGCTTAAT------ACA---------GGTATGGGTGCTGATAAATTAGCTTCTCACTCT------AAGTTTAAAAAA------GAAATT---------------ATTGCA---------CTTCGT---------TTTACTAAGATCATAGAA........................." |
|---|
| 18 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 19 | |
|---|
| 20 | ali_prot %% (% |
|---|
| 21 | data :7000 "....MAKETFTTVL-----SE---L*SF-DSGAATDG----PM---PDDE---ELN--T---GMGADKLASHS--KFKK--EI-----IA---LR---FTKIME........" |
|---|
| 22 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 23 | |
|---|
| 24 | ali_dna_incomplete %% (% |
|---|
| 25 | data :7000 "............ATGGCAAAGGAAACTTTTACAACAGTATTG---------------TCTGAA---------TTAAGAAGTTTC---GATTCTGGTGCTGCAACTGATGGT------------CCAATG---------CCTGATGATGAA---------GAGCTTAAT------ACA---------GGTATGGGTGCTGATAAATTAGCTTCTCACTCT------AAGTTTAAAAAA------GAAATT---------------ATTGCA---------CTTCGT---------TTTACTAAGATCATAGAA........................." |
|---|
| 26 | %) /*ali_dna_incomplete*/ |
|---|
| 27 | |
|---|
| 28 | %) /*species*/ |
|---|
| 29 | |
|---|
| 30 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 31 | name :7600 "TaxOcell" |
|---|
| 32 | flag :7000 "m" |
|---|
| 33 | full_name "Taxeobacter ocellatus" |
|---|
| 34 | short_name "T. ocellatus" |
|---|
| 35 | strain "Myx 2105" |
|---|
| 36 | aacid "395 " |
|---|
| 37 | acc "ARB_21595EF" |
|---|
| 38 | tmp "397 " |
|---|
| 39 | status "sorted" |
|---|
| 40 | aa "395 " |
|---|
| 41 | exclude "double entry" |
|---|
| 42 | aa_pro "395 " |
|---|
| 43 | ali_dna %% (% |
|---|
| 44 | data :7000 "............ATGGCTAAAGAAACTTTTACCACGGTGCTG---------------GCCGCT---------AAGCGTGACTTC---TCCTCGGGTGCTGCTACCGACGGG------------CCGATG---------CCCGACGACCCC---------GAGCTGAAC------ACC---------GGTATGGGTGCTGAAAACCTCAAGTCGCACAAA------AAGTTCTCGAAG------GAAATC---------------GTAGCT---------ATGCGC---------TTCACCGAAATCCTCGAC........................." |
|---|
| 45 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 46 | |
|---|
| 47 | ali_prot %% (% |
|---|
| 48 | data :7000 "....MAKETFTTVL-----AA---KRDF-SSGAATDG----PM---PDDP---ELN--T---GMGAENLKSHK--KFSK--EI-----VA---MR---FTEILD........" |
|---|
| 49 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 50 | |
|---|
| 51 | %) /*species*/ |
|---|
| 52 | |
|---|
| 53 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 54 | name :7600 "BctFra12" |
|---|
| 55 | flag :7000 "h" |
|---|
| 56 | full_name "Bacteroides fragilis" |
|---|
| 57 | short_name "B. fragilis" |
|---|
| 58 | aacid "394 " |
|---|
| 59 | acc "ARB_4560B41C" |
|---|
| 60 | tmp "396 " |
|---|
| 61 | status "sorted" |
|---|
| 62 | aa "394 " |
|---|
| 63 | aa_pro "394 " |
|---|
| 64 | ali_dna %% (% |
|---|
| 65 | data :7000 "............ATGGCTAAAGAGAAATTTACTACTGTGTTG---------------TCTGAA---------CTTCGTTCT---TTCGATTCTGGTGCTGCTACTGATGGT------------CCGATG---------CCTGAAGATGCT---------GAGATGAAC------AAA---------GGTTTGGGTGAAGAT---AAGAAATCACACTCT------AAATTCAAGAAA------GAAATC---------------GTTGCA---------CTGCGT---------TTCACTGAAATTATCGAC........................." |
|---|
| 66 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 67 | |
|---|
| 68 | ali_prot %% (% |
|---|
| 69 | data :7000 "....MAKEKFTTVL-----SE---LRS-FDSGAATDG----PM---PEDA---EMN--K---GLGED-KKSHS--KFKK--EI-----VA---LR---FTEIID........" |
|---|
| 70 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 71 | |
|---|
| 72 | %) /*species*/ |
|---|
| 73 | |
|---|
| 74 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 75 | name :7600 "StrRamo3" |
|---|
| 76 | flag :7000 "h" |
|---|
| 77 | full_name "Streptomyces ramocissimus" |
|---|
| 78 | aacid "389 " |
|---|
| 79 | acc "ARB_30F12BA8" |
|---|
| 80 | tmp "392 " |
|---|
| 81 | aa "389 " |
|---|
| 82 | aa_pro "389 " |
|---|
| 83 | ali_dna %% (% |
|---|
| 84 | data :7000 "............ATGTCCAAGACGGCATACACCAAGGTCCTC---------------GGGACG---------TTCGTCCCG---TTCGACCGCGGGTCCGCGCTCGACGGG------------ATCATG---------CCGGGCGACGAG---------GAGCTCGAG------TCC---------GGCGCCGGGCTGGAG---------ACCCGGAGT------CGATTCTCGGCC------CGCGTC---------------GTTCCG---------CTGGGG---------TTCACGGCCCTTGTG............................" |
|---|
| 85 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 86 | |
|---|
| 87 | ali_prot %% (% |
|---|
| 88 | data :7000 "....MSKTAYTKVL-----GT---FVP-FDRGSALDG----IM---PGDE---ELE--S---GAGLE---TRS--RFSA--RV-----VP---LG---FTALV........." |
|---|
| 89 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 90 | |
|---|
| 91 | %) /*species*/ |
|---|
| 92 | |
|---|
| 93 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 94 | name :7600 "StrCoel9" |
|---|
| 95 | file "[EBI] sctiuf3.em_ba" |
|---|
| 96 | gcg_id "SCTIUF3" |
|---|
| 97 | acc "X77040" |
|---|
| 98 | date "[EBI] 14-JAN-1994 (Rel. 38, Created) 15-MAY-1995 (Rel. 43, Last updated, Version 8)" |
|---|
| 99 | full_name "Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 100 | tax "[EBI] Eubacteria; Firmicutes; Actinomycetes; Streptomycetes; Streptomycetaceae; Streptomyces." |
|---|
| 101 | author "[EBI] van Wezel G.P., Woudt L.P., Vervenne R., Verdurmen M.L., Vijgenboom E., Bosch L. van Wezel G.P." |
|---|
| 102 | title "[EBI] Cloning and sequencing of the tuf genes of Streptomyces coelicolor A3(2)." |
|---|
| 103 | journal "[EBI] Biochim. Biophys. Acta 1219:543-547(1994). Submitted (05-JAN-1994) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. G.P. Van Wezel, Leiden Uni., Dep. of Biochemistry, PO Box 9502, 2300 RA Leiden, NETHERLANDS" |
|---|
| 104 | strain "[EBI] M145" |
|---|
| 105 | aacid "392 " |
|---|
| 106 | nuc "1179 " |
|---|
| 107 | db_name "[EBI] Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 108 | gene "[EBI] S.coelicolor tuf3 gene" |
|---|
| 109 | id "[EBI] SCTIUF3" |
|---|
| 110 | keywords "[EBI] elongation factor Tu3 tuf3 gene." |
|---|
| 111 | tmp "395 " |
|---|
| 112 | aa "392 " |
|---|
| 113 | aa_pro "392 " |
|---|
| 114 | ali_dna %% (% |
|---|
| 115 | data :7000 "............ATGTCCAAGACGGCGTACACCAAGGTCCTC---------------GGCAGCACCACCCAGTACGTTTCG---TTCGACCGCGGGTCCGCGCTGGACGGG------------ATCATG---------CCGGGTGACGAG---------GAGCTGGAG------TCC---------GGGGCGTCCGTCGAG---------ACGGCGCGG------CGTTTCTCGGCG------CGCGTG---------------GTGCCG---------CTGGGC---------TTCACCGCGGTGGAG............................" |
|---|
| 116 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 117 | |
|---|
| 118 | ali_prot %% (% |
|---|
| 119 | data :7000 "....MSKTAYTKVL-----GSTTQYVS-FDRGSALDG----IM---PGDE---ELE--S---GASVE---TAR--RFSA--RV-----VP---LG---FTAVE........." |
|---|
| 120 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 121 | |
|---|
| 122 | %) /*species*/ |
|---|
| 123 | |
|---|
| 124 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 125 | name :7600 "MucRacem" |
|---|
| 126 | flag :7000 "h" |
|---|
| 127 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 128 | aacid "458 " |
|---|
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|---|
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|---|
| 131 | exclude "does not align" |
|---|
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|---|
| 133 | aa_pro "441 " |
|---|
| 134 | ali_dna %% (% |
|---|
| 135 | data :7000 "............ATGGGTAAAGAG------ATTTACAAGTGTGGTGAGAAGGAAGCTGGTTCT---------TTCAAGTACGCC---TGGGTCTGTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTAAGTGG---TCTCAAGATCGTTACAACATGTTGGGATGGAACGGTCCCGCTGCTGTC---------ACCACCAAGGAATCTGCCTCTTTCAACCACCCCGGTCAAATTGATCGTCGTTCCGGTATGTGTGTCGAAGCTTACCCTCTTGGTCGTTTCAAGGCTGTCGAGAAGGTTAAG------------AAA...." |
|---|
| 136 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 137 | |
|---|
| 138 | ali_prot %% (% |
|---|
| 139 | data :7000 "....MGKE--IYKCGEKEAGS---FKYA-WVCAGGTGEFEAGISKDGKW-SQDRYNMLGWNGPAAV---TTKESASFNHPGQIDRRSGMCVEAYPLGRFKAVEKVK----K." |
|---|
| 140 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 141 | |
|---|
| 142 | %) /*species*/ |
|---|
| 143 | |
|---|
| 144 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 145 | name :7600 "MucRace2" |
|---|
| 146 | flag :7000 "h" |
|---|
| 147 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 148 | aacid "457 " |
|---|
| 149 | acc "ARB_3627F120" |
|---|
| 150 | tmp "444 " |
|---|
| 151 | exclude "does not align" |
|---|
| 152 | aa "457 " |
|---|
| 153 | aa_pro "440 " |
|---|
| 154 | ali_dna %% (% |
|---|
| 155 | data :7000 "............ATGGGTAAGGAG------ATTTACAAGTGTGGTGAGAAGGAAGCTGGTTCT---------TTCAAGTACGCT---TGGGTCTGTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTAAGTGG---TCTCAAGATCGTTACAACATGTTGGGATGGAACGGTCCCGCTGCTGTC---------ACCACCAAGGAATCTGCCTCTTTCAACCACCCCGGTCAAATTGATCGTCGTTCC---ATGTGTGTCGAAGCTTACCCTCTTGGTCGTTTCAAGGCCGTCGAGAAGGTTAAG------------AAA...." |
|---|
| 156 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 157 | |
|---|
| 158 | ali_prot %% (% |
|---|
| 159 | data :7000 "....MGKE--IYKCGEKEAGS---FKYA-WVCAGGTGEFEAGISKDGKW-SQDRYNMLGWNGPAAV---TTKESASFNHPGQIDRRS-MCVEAYPLGRFKAVEKVK----K." |
|---|
| 160 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 161 | |
|---|
| 162 | %) /*species*/ |
|---|
| 163 | |
|---|
| 164 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 165 | name :7600 "MucRace3" |
|---|
| 166 | flag :7000 "h" |
|---|
| 167 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 168 | aacid "458 " |
|---|
| 169 | acc "ARB_73CEEA74" |
|---|
| 170 | tmp "445 " |
|---|
| 171 | exclude "does not align" |
|---|
| 172 | aa "458 " |
|---|
| 173 | aa_pro "441 " |
|---|
| 174 | ali_dna %% (% |
|---|
| 175 | data :7000 "............ATGGGTAAAGAG------ATTTACAAGTGTGGTGAGAAGGAAGCTGGTTCC---------TTCAAGTACGCC---TGGGTTTGTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTAAGTGG---TCTCAAGATCGTTACAACATGTTGGGATGGAACGGTCCCGCTGCTGTC---------ACCACCAAGGAATCTGCCTCTTTCAACCACCCCGGTCAAATTGATCGTCGTTCCGGTATGTGTGTCGAAGCTTACCCTCTTGGTCGTTTCAAGGCCGTCGAGAAGGTTAAG------------AAA...." |
|---|
| 176 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 177 | |
|---|
| 178 | ali_prot %% (% |
|---|
| 179 | data :7000 "....MGKE--IYKCGEKEAGS---FKYA-WVCAGGTGEFEAGISKDGKW-SQDRYNMLGWNGPAAV---TTKESASFNHPGQIDRRSGMCVEAYPLGRFKAVEKVK----K." |
|---|
| 180 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 181 | |
|---|
| 182 | %) /*species*/ |
|---|
| 183 | |
|---|
| 184 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 185 | name :7600 "AbdGlauc" |
|---|
| 186 | flag :7000 "h" |
|---|
| 187 | full_name "Absidia glauca" |
|---|
| 188 | aacid "458 " |
|---|
| 189 | acc "ARB_A706F312" |
|---|
| 190 | tmp "445 " |
|---|
| 191 | exclude "does not align" |
|---|
| 192 | aa "458 " |
|---|
| 193 | aa_pro "441 " |
|---|
| 194 | ali_dna %% (% |
|---|
| 195 | data :7000 "............ATGGGTAAAGAA------ATCTACAAGTGCGGTGAAAAGGAAGCTGGTTCC---------TTCAAGTACGCC---TGGGTGTGCGCTGCCGGTACTGGTGAATTCGAAGCTGGTATCTCCAAGGATGGTAAGTGG---TCCGAACAACGCTTCAACATGTTGGGATGGAACGGTCCCGCTAACGTC---------ACCACTAAGGAAGCCGGCTCCTTCAACCATCCTGGTCAAATCGATCGTCGTTCCGGTATGTGTGTCGAAGCTTACCCTCTTGGTCGTTTCAAGGCCGTCGAAAAGGTTGAG------------AAA...." |
|---|
| 196 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 197 | |
|---|
| 198 | ali_prot %% (% |
|---|
| 199 | data :7000 "....MGKE--IYKCGEKEAGS---FKYA-WVCAAGTGEFEAGISKDGKW-SEQRFNMLGWNGPANV---TTKEAGSFNHPGQIDRRSGMCVEAYPLGRFKAVEKVE----K." |
|---|
| 200 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 201 | |
|---|
| 202 | %) /*species*/ |
|---|
| 203 | |
|---|
| 204 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 205 | name :7600 "CddAlbic" |
|---|
| 206 | flag :7000 "h" |
|---|
| 207 | full_name "Candida albicans" |
|---|
| 208 | aacid "458 " |
|---|
| 209 | acc "ARB_10F3627F" |
|---|
| 210 | tmp "445 " |
|---|
| 211 | exclude "does not align" |
|---|
| 212 | aa "458 " |
|---|
| 213 | aa_pro "441 " |
|---|
| 214 | ali_dna %% (% |
|---|
| 215 | data :7000 "............ATGGGTAAAGAA------ATTTACAAGTGTGGTGAAAAAGAAGCTGGTTCT---------TTCAAATACGCT---TGGGTCTGTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCCGGTATTTCTAAGGATGGTAAATGG---GACAAAAACAGATTTAACATGATTGGTTGGGAAGGTCCAGCTGGTGTT---------ACCACTAAGGGTTGTGACTCTTTCAACCATCCAGGTCAAATTGACAGAAGAACTGGTATGTGTGTTGAAGCTTTCCCATTAGGTAGATTCAAATCTGTTGAAAAATCCAAG------------AAA...." |
|---|
| 216 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 217 | |
|---|
| 218 | ali_prot %% (% |
|---|
| 219 | data :7000 "....MGKE--IYKCGEKEAGS---FKYA-WVCAGGTGEFEAGISKDGKW-DKN*FNMIGWEGPAGV---TTKGCDSFNHPGQID**TGMCVEAFPLG*FKSVEKSK----K." |
|---|
| 220 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 221 | |
|---|
| 222 | %) /*species*/ |
|---|
| 223 | |
|---|
| 224 | %) /*species_data*/ |
|---|
| 225 | |
|---|
| 226 | tree_data %% (% |
|---|
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|---|
| 228 | tree "N0.58482,3.41564;N0.58248,0.66885;N0.04119,0.27423;N0.27475,0.31772;LBctFra12\ALCytLyti6\ALTaxOcell\AN0.09705,0.15387;LStrRamo3\ALStrCoel9\AN0.12346,0.12108;N0.07553,0.07358;N0.06787,0.09757;N0.01554,-0.00981;LMucRacem\ALMucRace2\ALMucRace3\ALAbdGlauc\ALCddAlbic\A" |
|---|
| 229 | nnodes %i 9 |
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| 230 | ruler %% (% |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 247 | %) /*ruler*/ |
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|---|
| 249 | security %i 0 |
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| 250 | remark "Phylip Categories Neighbour dotgapmax _834\n[created as copy of 'tree_workdec']" |
|---|
| 251 | node %% (% |
|---|
| 252 | id %i 5 |
|---|
| 253 | group_name "Eukarya EF-Tu" |
|---|
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|---|
| 255 | |
|---|
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| 260 | |
|---|
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|---|
| 266 | nnodes %i 9 |
|---|
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|---|
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|---|
| 284 | %) /*ruler*/ |
|---|
| 285 | |
|---|
| 286 | security %i 0 |
|---|
| 287 | remark "Phylip Categories Neighbour dotgapmax _834\n[created as copy of 'tree_workdec']\n[created as copy of 'tree_prot']" |
|---|
| 288 | node %% (% |
|---|
| 289 | id %i 1 |
|---|
| 290 | group_name "Eukarya EF-Tu" |
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| 291 | %) /*node*/ |
|---|
| 292 | |
|---|
| 293 | node %% (% |
|---|
| 294 | id %i 5 |
|---|
| 295 | group_name "Bacteria EF-Tu" |
|---|
| 296 | %) /*node*/ |
|---|
| 297 | |
|---|
| 298 | order %i 2 |
|---|
| 299 | %) /*tree_prot_opti*/ |
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| 300 | |
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|---|
| 302 | |
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 369 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
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| 371 | |
|---|
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| 373 | text "phyl" |
|---|
| 374 | tool_command "arb_phyl : &" |
|---|
| 375 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 376 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
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| 378 | |
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|---|
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|---|
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|---|
| 396 | tool_file_type_save %i 0 |
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|---|
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| 399 | |
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|---|
| 404 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
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| 406 | |
|---|
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| 409 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 410 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 411 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
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| 472 | changekey_type %i 0 |
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| 474 | |
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| 476 | changekey_text "font" |
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|---|
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| 502 | viewkey %% (% |
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| 503 | key_text "acc" |
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| 512 | |
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| 515 | changekey_type %i 0 |
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| 517 | |
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| 518 | viewkey %% (% |
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| 527 | %) /*viewkey*/ |
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| 528 | |
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| 533 | |
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 1138 | key_type %i 12 |
|---|
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|---|
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|---|
| 1141 | key %% (% |
|---|
| 1142 | key_name "ali_prot" |
|---|
| 1143 | key_type %i 15 |
|---|
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|---|
| 1145 | |
|---|
| 1146 | key %% (% |
|---|
| 1147 | key_name "ali_prot/data" |
|---|
| 1148 | key_type %i 12 |
|---|
| 1149 | %) /*key*/ |
|---|
| 1150 | |
|---|
| 1151 | key %% (% |
|---|
| 1152 | key_name "ali_dna_incomplete" |
|---|
| 1153 | key_type %i 15 |
|---|
| 1154 | %) /*key*/ |
|---|
| 1155 | |
|---|
| 1156 | key %% (% |
|---|
| 1157 | key_name "ali_dna_incomplete/data" |
|---|
| 1158 | key_type %i 12 |
|---|
| 1159 | %) /*key*/ |
|---|
| 1160 | |
|---|
| 1161 | %) /*key_data*/ |
|---|
| 1162 | |
|---|
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|---|
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|---|
| 1170 | auto_format %i 0 |
|---|
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|---|
| 1172 | |
|---|
| 1173 | alignment %% (% |
|---|
| 1174 | alignment_name "ali_prot" |
|---|
| 1175 | alignment_len %i 112 |
|---|
| 1176 | aligned %i 1 |
|---|
| 1177 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 1178 | alignment_type "ami" |
|---|
| 1179 | alignment_rem "" |
|---|
| 1180 | auto_format %i 0 |
|---|
| 1181 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 1182 | |
|---|
| 1183 | alignment %% (% |
|---|
| 1184 | alignment_name "ali_dna_incomplete" |
|---|
| 1185 | alignment_len %i 337 |
|---|
| 1186 | aligned %i 1 |
|---|
| 1187 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 1188 | alignment_type "dna" |
|---|
| 1189 | alignment_rem "" |
|---|
| 1190 | auto_format %i 0 |
|---|
| 1191 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 1192 | |
|---|
| 1193 | %) /*presets*/ |
|---|
| 1194 | |
|---|
| 1195 | description "mini protein database" |
|---|
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|---|
| 1197 | top_area_species "conbac9:1 coneuc9:1 conarc9:1 " |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 1211 | |
|---|
| 1212 | flag4 %% (% |
|---|
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|---|
| 1214 | |
|---|
| 1215 | %) /*flags*/ |
|---|
| 1216 | |
|---|
| 1217 | %) /*arb_edit*/ |
|---|
| 1218 | |
|---|
| 1219 | awt %% (% |
|---|
| 1220 | dtree %% (% |
|---|
| 1221 | baselinewidth %i 3 |
|---|
| 1222 | verticaldist %f 1 |
|---|
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|---|
| 1224 | greylevel %i 100 |
|---|
| 1225 | show_circle %i 0 |
|---|
| 1226 | circle_zoom %f 1 |
|---|
| 1227 | ellipse %i 1 |
|---|
| 1228 | max_size %f 1.5 |
|---|
| 1229 | show_brackets %i 1 |
|---|
| 1230 | %) /*dtree*/ |
|---|
| 1231 | |
|---|
| 1232 | %) /*awt*/ |
|---|
| 1233 | |
|---|
| 1234 | pars %% (% |
|---|
| 1235 | pars_type %i 0 |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 1258 | |
|---|
| 1259 | function_type %i 5 |
|---|
| 1260 | %) /*kh*/ |
|---|
| 1261 | |
|---|
| 1262 | %) /*genetic*/ |
|---|
| 1263 | |
|---|
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|---|
| 1265 | tree_name "tree_prot_opti" |
|---|
| 1266 | configuration "marked" |
|---|
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| 1268 | |
|---|
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|---|
| 1270 | configuration %% (% |
|---|
| 1271 | middle_area "\AFSAI:SAI's\ASCOUNTED_CHARS\ASHELIX_LINE\ASHELIX_PAIRS\ASall295_907rr3\ASall295_907rr5\ASbacr30\AScharpos\ASconarc9\ASconbac9\ASconbacif9\ASconbacselb9\ASconeuc9\ASconeucif9\ASdorgap\ASeucif2r3\ASif230\ASif2metvafil\ASif2mvan\ASif2r3\ASifgap\ASmvif2\ASposvar\AE\AFMore Sequences\ALcharpos\AE\ALtstmram3\ALtaqxpyro\ALtfrbisla\ALtthtmari\ALtcytlyti\ALttaxocel\ALtbadfrag\ALtfibsucc\ALtflbferr\ALtmypgall\ALtmypgeni\ALtmyppneu\ALtmyphomi\ALtslaplat\ALtccyanop\ALtananidu\ALtccryphi\ALtcchlore\ALtcchlrei\ALtcastlon\ALtceuggra\ALtcarabid\ALtcglymax\ALtcnictab\ALtptcnige\ALtstcoral\ALtbacsubt\ALtflxsinu\ALtchfaura\ALthesgiga\ALtclatrac\ALtspcaura\ALtchlvibr\ALtnanexed\ALtwolsucc\ALttibcupr\ALtpsmcepa\ALtsheputr\ALtesccol2\ALtsaltyp2\ALtesccoli\ALtsaltypm\ALtstiaura\ALtdnemasp\ALtthmther\ALtthmaqua\ALtmybtube\ALtcorglut\ALtbrevlin\ALtmiclute\ALtstmramo\ALtstmram2\ALtmsaccha" |
|---|
| 1272 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1273 | |
|---|
| 1274 | configuration %% (% |
|---|
| 1275 | name "charpos" |
|---|
| 1276 | top_area "\ASECOLI\AScharpos" |
|---|
| 1277 | middle_area "\AFSAI:SAI's\ASCOUNTED_CHARS\ASHELIX_LINE\ASHELIX_PAIRS\ASall295_907rr3\ASall295_907rr5\ASbacr30\ASconarc9\ASconbac9\ASconbacif9\ASconbacselb9\ASconeuc9\ASconeucif9\ASdorgap\ASeucif2r3\ASif230\ASif2metvafil\ASif2mvan\ASif2r3\ASifgap\ASmvif2\ASposvar\AE\AFMore Sequences\ALcharpos\AE\ALtstmram3\ALtaqxpyro\ALtfrbisla\ALtthtmari\ALtcytlyti\ALttaxocel\ALtbadfrag\ALtfibsucc\ALtflbferr\ALtmypgall\ALtmypgeni\ALtmyppneu\ALtmyphomi\ALtslaplat\ALtccyanop\ALtananidu\ALtccryphi\ALtcchlore\ALtcchlrei\ALtcastlon\ALtceuggra\ALtcarabid\ALtcglymax\ALtcnictab\ALtptcnige\ALtstcoral\ALtbacsubt\ALtflxsinu\ALtchfaura\ALthesgiga\ALtclatrac\ALtspcaura\ALtchlvibr\ALtnanexed\ALtwolsucc\ALttibcupr\ALtpsmcepa\ALtsheputr\ALtesccol2\ALtsaltyp2\ALtesccoli\ALtsaltypm\ALtstiaura\ALtdnemasp\ALtthmther\ALtthmaqua\ALtmybtube\ALtcorglut\ALtbrevlin\ALtmiclute\ALtstmramo\ALtstmram2\ALtmsaccha" |
|---|
| 1278 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1279 | |
|---|
| 1280 | pattern "aagctacct" |
|---|
| 1281 | case %i 1 |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 1302 | |
|---|
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|---|
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|---|
| 1305 | case %i 1 |
|---|
| 1306 | tu %i 1 |
|---|
| 1307 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1308 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1309 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1310 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1311 | show %i 0 |
|---|
| 1312 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1313 | autoJump %i 0 |
|---|
| 1314 | %) /*primer*/ |
|---|
| 1315 | |
|---|
| 1316 | user1 %% (% |
|---|
| 1317 | pattern "LVELEnVDHGKTTnGAILVVnEGGRHTPnIREGGR" |
|---|
| 1318 | case %i 1 |
|---|
| 1319 | tu %i 0 |
|---|
| 1320 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1321 | reverse %i 0 |
|---|
| 1322 | complement %i 0 |
|---|
| 1323 | exact %i 0 |
|---|
| 1324 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1325 | max_mismatches %i 1 |
|---|
| 1326 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1327 | show %i 1 |
|---|
| 1328 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1329 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1330 | %) /*user1*/ |
|---|
| 1331 | |
|---|
| 1332 | user2 %% (% |
|---|
| 1333 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1334 | case %i 1 |
|---|
| 1335 | tu %i 1 |
|---|
| 1336 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1337 | reverse %i 0 |
|---|
| 1338 | complement %i 0 |
|---|
| 1339 | exact %i 0 |
|---|
| 1340 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1341 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1342 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1343 | show %i 0 |
|---|
| 1344 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1345 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1346 | %) /*user2*/ |
|---|
| 1347 | |
|---|
| 1348 | primer1 %% (% |
|---|
| 1349 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1350 | case %i 1 |
|---|
| 1351 | tu %i 1 |
|---|
| 1352 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1353 | reverse %i 0 |
|---|
| 1354 | complement %i 0 |
|---|
| 1355 | exact %i 0 |
|---|
| 1356 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1357 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1358 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1359 | show %i 0 |
|---|
| 1360 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1361 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1362 | %) /*primer1*/ |
|---|
| 1363 | |
|---|
| 1364 | primer2 %% (% |
|---|
| 1365 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1366 | case %i 1 |
|---|
| 1367 | tu %i 1 |
|---|
| 1368 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1369 | reverse %i 0 |
|---|
| 1370 | complement %i 0 |
|---|
| 1371 | exact %i 0 |
|---|
| 1372 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1373 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1374 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1375 | show %i 0 |
|---|
| 1376 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1377 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1378 | %) /*primer2*/ |
|---|
| 1379 | |
|---|
| 1380 | primer3 %% (% |
|---|
| 1381 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1382 | case %i 1 |
|---|
| 1383 | tu %i 1 |
|---|
| 1384 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1385 | reverse %i 0 |
|---|
| 1386 | complement %i 0 |
|---|
| 1387 | exact %i 0 |
|---|
| 1388 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1389 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1390 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1391 | show %i 0 |
|---|
| 1392 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1393 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1394 | %) /*primer3*/ |
|---|
| 1395 | |
|---|
| 1396 | sig1 %% (% |
|---|
| 1397 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1398 | case %i 1 |
|---|
| 1399 | tu %i 1 |
|---|
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| 1401 | reverse %i 0 |
|---|
| 1402 | complement %i 0 |
|---|
| 1403 | exact %i 0 |
|---|
| 1404 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1405 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1406 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1407 | show %i 0 |
|---|
| 1408 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1409 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1410 | %) /*sig1*/ |
|---|
| 1411 | |
|---|
| 1412 | sig2 %% (% |
|---|
| 1413 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1414 | case %i 1 |
|---|
| 1415 | tu %i 1 |
|---|
| 1416 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1417 | reverse %i 0 |
|---|
| 1418 | complement %i 0 |
|---|
| 1419 | exact %i 0 |
|---|
| 1420 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1421 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1422 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1423 | show %i 0 |
|---|
| 1424 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1425 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1426 | %) /*sig2*/ |
|---|
| 1427 | |
|---|
| 1428 | sig3 %% (% |
|---|
| 1429 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1430 | case %i 1 |
|---|
| 1431 | tu %i 1 |
|---|
| 1432 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1433 | reverse %i 0 |
|---|
| 1434 | complement %i 0 |
|---|
| 1435 | exact %i 0 |
|---|
| 1436 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1437 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1438 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1439 | show %i 0 |
|---|
| 1440 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1441 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1442 | %) /*sig3*/ |
|---|
| 1443 | |
|---|
| 1444 | %) /*search*/ |
|---|
| 1445 | |
|---|
| 1446 | nt %% (% |
|---|
| 1447 | protein_codon_type %i 1 |
|---|
| 1448 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1449 | target_string "" |
|---|
| 1450 | primer_target_string "" |
|---|
| 1451 | gene_content "" |
|---|
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|---|
| 1453 | |
|---|
| 1454 | ARB_EDIT %% (% |
|---|
| 1455 | action "" |
|---|
| 1456 | value "" |
|---|
| 1457 | awar "" |
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| 1459 | |
|---|
| 1460 | www %% (% |
|---|
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| 1462 | srt "" |
|---|
| 1463 | desc "" |
|---|
| 1464 | select %i 0 |
|---|
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|---|
| 1466 | |
|---|
| 1467 | url_1 %% (% |
|---|
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|---|
| 1469 | desc "" |
|---|
| 1470 | select %i 0 |
|---|
| 1471 | %) /*url_1*/ |
|---|
| 1472 | |
|---|
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|---|
| 1474 | srt "" |
|---|
| 1475 | desc "" |
|---|
| 1476 | select %i 0 |
|---|
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|---|
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|---|
| 1479 | url_3 %% (% |
|---|
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|---|
| 1481 | desc "" |
|---|
| 1482 | select %i 0 |
|---|
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|---|
| 1484 | |
|---|
| 1485 | url_4 %% (% |
|---|
| 1486 | srt "" |
|---|
| 1487 | desc "" |
|---|
| 1488 | select %i 0 |
|---|
| 1489 | %) /*url_4*/ |
|---|
| 1490 | |
|---|
| 1491 | url_5 %% (% |
|---|
| 1492 | srt "" |
|---|
| 1493 | desc "" |
|---|
| 1494 | select %i 0 |
|---|
| 1495 | %) /*url_5*/ |
|---|
| 1496 | |
|---|
| 1497 | url_6 %% (% |
|---|
| 1498 | srt "" |
|---|
| 1499 | desc "" |
|---|
| 1500 | select %i 0 |
|---|
| 1501 | %) /*url_6*/ |
|---|
| 1502 | |
|---|
| 1503 | url_7 %% (% |
|---|
| 1504 | srt "" |
|---|
| 1505 | desc "" |
|---|
| 1506 | select %i 0 |
|---|
| 1507 | %) /*url_7*/ |
|---|
| 1508 | |
|---|
| 1509 | url_8 %% (% |
|---|
| 1510 | srt "" |
|---|
| 1511 | desc "" |
|---|
| 1512 | select %i 0 |
|---|
| 1513 | %) /*url_8*/ |
|---|
| 1514 | |
|---|
| 1515 | url_9 %% (% |
|---|
| 1516 | srt "" |
|---|
| 1517 | desc "" |
|---|
| 1518 | select %i 0 |
|---|
| 1519 | %) /*url_9*/ |
|---|
| 1520 | |
|---|
| 1521 | url_select %i 0 |
|---|
| 1522 | browser "(netscape -remote 'openURL($(URL))' || netscape '$(URL)')&" |
|---|
| 1523 | %) /*www*/ |
|---|
| 1524 | |
|---|
| 1525 | table_data %% (% |
|---|
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|---|
| 1527 | |
|---|
| 1528 | merge %% (% |
|---|
| 1529 | remap_species_list "" |
|---|
| 1530 | remap_enable %i 0 |
|---|
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|---|
| 1532 | |
|---|
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|---|
| 1534 | %) /*submission*/ |
|---|
| 1535 | |
|---|
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|---|
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| 1538 | %) /*sai_visualize*/ |
|---|
| 1539 | |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 1554 | |
|---|
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| 1558 | |
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|---|
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| 1563 | name :7000 "MAX_FREQUENCY" |
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| 1565 | data "============000857006886684066055575557754000006008000000877574000000000887654766777000655555507808066557557007000000000008555005008000000557584555864886600606555575807000808556000808000555775857975004005363876704587555888060555009775584006000788805008808808808000606556008000000565856808000808009055874606765605888800============000====" |
|---|
| 1566 | dat2 "============000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000363752000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000200000000============000====" |
|---|
| 1567 | _TYPE "MFQ: [species: 10] [ignore gaps: yes]" |
|---|
| 1568 | %) /*ali_dna*/ |
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| 1569 | |
|---|
| 1570 | ali_prot %% (% |
|---|
| 1571 | data "====050846555500000760006557055586550000055000555686654808508057566566754665055005800080550004500005666688====0=" |
|---|
| 1572 | dat2 "====000000000000000000000501000000000000000000000000050000000000000062000000000000000000000000000000000200====0=" |
|---|
| 1573 | _TYPE "MFQ: [species: 10] [ignore gaps: yes]" |
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| 1574 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 1575 | |
|---|
| 1576 | showsec %i 0 |
|---|
| 1577 | %) /*extended*/ |
|---|
| 1578 | |
|---|
| 1579 | extended %$ (% |
|---|
| 1580 | name :7000 "MAX_FREQUENCY_GAPS" |
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| 1581 | ali_dna %% (% |
|---|
| 1582 | data "============000857006886555555055575557754555555555555555877574999999999887654766555777655555507808066557557007555555555555555005555555555557584555555555555555555575807555555556555555555555775857975555888777765704587555555555555009775584555555788805555555555555666606556555555555565856555555555009055874606765605888800000000000000000====" |
|---|
| 1583 | dat2 "============000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000200000000000000000000000====" |
|---|
| 1584 | _TYPE "MFQ: [species: 10] [ignore gaps: no]" |
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| 1585 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 1586 | |
|---|
| 1587 | showsec %i 0 |
|---|
| 1588 | %) /*extended*/ |
|---|
| 1589 | |
|---|
| 1590 | extended %$ (% |
|---|
| 1591 | name :7000 "CONSENSUS" |
|---|
| 1592 | ali_dna %% (% |
|---|
| 1593 | data "============ATGGctAAaGAg...t..Actaacaagtg.ggtga.aa.gaagctGgttc.---------TTcaa.tacgcc---tgggtcgGtGCTGctggtaatGGtgaattcgaagc.ggtATgtc.aaggatcctaA.gag.......aa.a.gagttcAAcatg.t.ggatgg.a.ggtcccgctGgtGtcga.------accaC.aAggaa...g.ctctTTCaaccA.cc.ggtcAAATtga..g..g..c.---aTgtctgt.gaagctttcCct.t.ggt.g.TTCAagGc.gTcgagaA.....ag============aaa====" |
|---|
| 1594 | _TYPE "CON: [species: all] [number: 10] [count gaps: on] [threshold for gaps: 60] [simplify: off] [threshold for group: 30] [upper: 80] [lower: 50]" |
|---|
| 1595 | _SPECIES "CytLyti6 TaxOcell BctFra12 StrRamo3 StrCoel9 MucRacem MucRace2 MucRace3 AbdGlauc CddAlbic " |
|---|
| 1596 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 1597 | |
|---|
| 1598 | ali_prot %% (% |
|---|
| 1599 | data "====MgKE..tyklgekeags---fkya-wvgAagtGefeagiskdpkd....e.Nm.gw.gpagv.--ttk...sFnhpgqId--.-mcvea.plg-Ftavek..====k=" |
|---|
| 1600 | _TYPE "CON: [species: all] [number: 10] [count gaps: on] [threshold for gaps: 60] [simplify: off] [threshold for group: 30] [upper: 80] [lower: 50]" |
|---|
| 1601 | _SPECIES "CytLyti6 TaxOcell BctFra12 StrRamo3 StrCoel9 MucRacem MucRace2 MucRace3 AbdGlauc CddAlbic " |
|---|
| 1602 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 1603 | |
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| 1605 | %) /*extended*/ |
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| 1606 | |
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| 1608 | name :7000 "POS_VAR_BY_PARSIMONY" |
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| 1609 | ali_dna %% (% |
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| 1610 | _TYPE "PVP: Positional Variability by Parsimony: tree 'tree_prot' ntaxa 9" |
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| 1611 | FREQUENCIES %% (% |
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| 1612 | NA %N 1000001510202:3003.31.0319.020D.050E02-0F.01.-48686D-161BC141F0560AC0D38230247CA5829EE07F6FDF2C4566DEB40999E71DE7E06B3F036F87C09BD19E3C4B41685A25F0502D285C112A47BBDBEFF7F8B0460A5391F818604BC1E4FCFD7CCF-E079F81DEE084DA6603A319181F03F8E08938608C11820577EFC1819C90B47C0839C77182A-1989381A370448C09779B03DB410 |
|---|
| 1613 | NC %N 1000001510202:0C.050D.013803.39.031D.041E.021F02-.B7E43E1B3AF1A9C1C68E4D661D967FCDE6B0CF3C1F2B56D2BC1F96E7C192195CF6615E15CF06BD9E4C-C3CD204B9CF1A9A0494E337AB7B255D5D43C1FFE5EF1B9068923C1EB7AF405AAF068F0ADDB9BC6D6674A784B3276C991E0EE34BA689A0741A11A9E113B41A3C51E129CF07DAF06AE396FF5A980 |
|---|
| 1614 | NG %N 1000001510202:3003.31.0319.040D.011C.021D02-0F.05.B764361ACB43742B42389D0868362EFC34723DA0EF1FDD1279CD08D07B1B77E1AF14B919B73827-99F42B3420D0A9CFEF342B42A3C1CE7F8707E7F9F27FF2CA5227FC8E30E4FE7F4FDFDD076BC4E847BA12BD80B54CB741FC6DAF4CC04E307E8E3178E70994B41A3F39CE139E8FCE07D0866832E83BC5A0F3257DEE52. |
|---|
| 1615 | NU %N 1000001510202:0C.051A.031B02-1C.041D.021E.017C03.7D.0A3F.07.EEB90B86627AD7EFE1627B2A924723F3097EAFCD7E32FDD6D5611611CDAFB7776A960CDA951FD584160CDF9F3E24031B1EF47021F3634EC5028A9FD39193B5D2FE56F10AEA9CFBF468ED1D4A1ACC6089EFBD41A7103D86186638C7B5160C9C092C1B8B06E98433DF78DE6BDF6981D997D6E3C0 |
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| 1616 | TRANSITIONS %N 1000001510208.031202-2603.27.0405.0206.0107:.A2902864F91853E2850EB8F42961-DF7FFD052052F7C89D404E034FEAA9EDBB428A7D2F5C9E251EFD-F4D102D322A7DD60C7B7FB947F77F4194093FBF3322C8156.55BA9FE558FEF9257559FEBAEBBF70CFDFFECD1EEFEEFB8EC40AE753D8AA2ECEF3. |
|---|
| 1617 | TRANSVERSIONS %N 1000001510202.011803.1902-0D.0207:.264261AC8272363FDEBBF17327C79060B67DF9275B56D3-A159FDA37F67D39061E9F7E5E07D65A6F66240FDFB2D-DF95D517DE1DAE40E952067B2FF68BEFDBDFB313F3C8252CFBF24452FBF6-52B2DFA9E9DF. |
|---|
| 1618 | %) /*FREQUENCIES*/ |
|---|
| 1619 | |
|---|
| 1620 | data "............---664--2662440-44-61662664462-----4--4------662440.........442241224552---4444416-46-6-42442664--4-----------4442--4--4------6646606644104441--1-14624616-4---4-4442---4-4---662464422641--1--00205316-0446222444-1-441--6444461--1---6666-1--44-44-44-4---4-2464--4------4646614-4---4-4--6-614604-14415-14444--............---...." |
|---|
| 1621 | _CATEGORIES "1.000000 0.707107 0.500000 0.353553 0.250000 0.176777 0.125000 " |
|---|
| 1622 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 1623 | |
|---|
| 1624 | showsec %i 0 |
|---|
| 1625 | %) /*extended*/ |
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| 1626 | |
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| 1627 | extended %$ (% |
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| 1628 | name :7000 "markerline" |
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| 1629 | ali_dna %% (% |
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| 1630 | bits %I "------------++++-+++++++++-++++---+---++--++++++++++++++++++-+-+++++++++++++--++++++++++------++++++++--+--++++++++++++++++---++-+++++++++--+-+----++-+++++++++----+-+++++++++--++++++++++---++-+-+++-++-++--+-+++++--++---++++++---+++++--+-+++++++++++-++++++++++++++++++--++++++++++-+-+-++++++++++++++--++-+++++-++-++++++------------+++----" |
|---|
| 1631 | _TYPE "FMX: Filter by Maximum Frequency: Start 0; Stop 336; Minhom 60%; Maxhom 100%" |
|---|
| 1632 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 1633 | |
|---|
| 1634 | ali_prot %% (% |
|---|
| 1635 | bits %I "----+-++-+----+++++++++++--++---++--+++++--+++---++++--+++-+++-+-++-+++--++-+--++-++++++--+++--++++-++++++----+-" |
|---|
| 1636 | _TYPE "FMX: Filter by Maximum Frequency: Start 0; Stop 112; Minhom 60%; Maxhom 100%" |
|---|
| 1637 | %) /*ali_prot*/ |
|---|
| 1638 | |
|---|
| 1639 | %) /*extended*/ |
|---|
| 1640 | |
|---|
| 1641 | %) /*extended_data*/ |
|---|
| 1642 | |
|---|
| 1643 | configuration_data %% (% |
|---|
| 1644 | configuration %% (% |
|---|
| 1645 | name "default_configuration" |
|---|
| 1646 | top_area "" |
|---|
| 1647 | middle_area "\AGSAI-Maingroup\AFSAI:SAI's\ASCONSENSUS\ASMAX_FREQUENCY\ASMAX_FREQUENCY_GAPS\ASPOS_VAR_BY_PARSIMONY\ASmarkerline\AE\AE\AFMore Sequences\AE\AGEukarya EF-Tu\ALMucRace3\ALMucRacem\ALMucRace2\ALAbdGlauc\ALCddAlbic\AE\AGBacteria EF-Tu\ALCytLyti6\ALTaxOcell\ALBctFra12\ALStrCoel9\ALStrRamo3\AE" |
|---|
| 1648 | comment "This configuration will be OVERWRITTEN each time\nARB_EDIT4 is started w/o specifying a config!\n---\nTue Jul 4 11:05:47 2017: created for ARB_EDIT4 (tree=tree_prot_opti)\n" |
|---|
| 1649 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1650 | |
|---|
| 1651 | configuration %% (% |
|---|
| 1652 | name "marked" |
|---|
| 1653 | top_area "" |
|---|
| 1654 | middle_area "\AGSAI-Maingroup\AE\AFMore Sequences\AE\AGEF-Tu / EF-1a\AGEukarya EF-Tu\ALMucRace2\ALSacCere5\AE\AGBacteria EF-Tu\ALCytLyti6\ALStrRamo3\AE\AE" |
|---|
| 1655 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1656 | |
|---|
| 1657 | win0 %% (% |
|---|
| 1658 | %) /*win0*/ |
|---|
| 1659 | |
|---|
| 1660 | %) /*configuration_data*/ |
|---|
| 1661 | |
|---|
| 1662 | probe_collection %% (% |
|---|
| 1663 | match_weights %% (% |
|---|
| 1664 | %) /*match_weights*/ |
|---|
| 1665 | |
|---|
| 1666 | %) /*probe_collection*/ |
|---|
| 1667 | |
|---|
