| 1 | /*ARBDB ASCII*/ |
|---|
| 2 | species_data %% (% |
|---|
| 3 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 4 | name :7600 "CytLyti6" |
|---|
| 5 | flag :7000 "m" |
|---|
| 6 | full_name "Cytophaga lytica" |
|---|
| 7 | acc "ARB_6B3852E" |
|---|
| 8 | transl_table "12" |
|---|
| 9 | codon_start "2" |
|---|
| 10 | ali_dna %% (% |
|---|
| 11 | data :7000 "---------ATGGCAAAGGAAACTTTTGATCGTTCCAAACCGCACTTAAATATAGGTACTATTGGACACGTAGATCACGGTAAAACTACTTTAACTGCTGCTATTACAASAGTATTG---------" |
|---|
| 12 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 13 | |
|---|
| 14 | ali_pro %% (% |
|---|
| 15 | data :7000 "XWQRKLLIVPNRT*-I*-VLLDT*ITVKLL*SSLLZZYX-X." |
|---|
| 16 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 17 | |
|---|
| 18 | %) /*species*/ |
|---|
| 19 | |
|---|
| 20 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 21 | name :7600 "TaxOcell" |
|---|
| 22 | flag :7000 "m" |
|---|
| 23 | full_name "Taxeobacter ocellatus" |
|---|
| 24 | acc "ARB_21595EF" |
|---|
| 25 | transl_table "21" |
|---|
| 26 | codon_start "2" |
|---|
| 27 | ali_dna %% (% |
|---|
| 28 | data :7000 "------------------ATGGCTAAAGAAACTTTTGACCGGTCCAAGCCGCACGTAAACATCGGCACGATCGGTCACGTGGACCACGGCAAAACGACTCTGACCGCTGCTATCACCACGGTGCTG" |
|---|
| 29 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 30 | |
|---|
| 31 | ali_pro %% (% |
|---|
| 32 | data :7000 "XG*SNFWPVQAARNHRHD--RSRGPRQBDSDRCYHHGAX-.." |
|---|
| 33 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 34 | |
|---|
| 35 | %) /*species*/ |
|---|
| 36 | |
|---|
| 37 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 38 | name :7600 "BctFra12" |
|---|
| 39 | flag :7000 "h" |
|---|
| 40 | full_name "Bacteroides fragilis" |
|---|
| 41 | acc "ARB_4560B41C" |
|---|
| 42 | transl_table "1" |
|---|
| 43 | codon_start "2" |
|---|
| 44 | ali_dna %% (% |
|---|
| 45 | data :7000 "ATGGCTAAAGAGAAATTTGAACGTACCAAACCGCACGTAAACATTGGTACAATCGGTCACGTTGACCACGGTAAAACCACTTTGACTGCTGCTATCACTACTGTGTTG------------------" |
|---|
| 46 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 47 | |
|---|
| 48 | ali_pro %% (% |
|---|
| 49 | data :7000 "MAKEK-FERTK-PHVNIGT-IGHVDHGKTTLTAAITTVLX.." |
|---|
| 50 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 51 | |
|---|
| 52 | %) /*species*/ |
|---|
| 53 | |
|---|
| 54 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 55 | name :7600 "StrRamo3" |
|---|
| 56 | flag :7000 "h" |
|---|
| 57 | full_name "Streptomyces ramocissimus" |
|---|
| 58 | acc "ARB_30F12BA8" |
|---|
| 59 | transl_table "1" |
|---|
| 60 | codon_start "2" |
|---|
| 61 | ali_dna %% (% |
|---|
| 62 | data :7000 "ATGTCCAAGACGGCATACGTGCGCACCAAACCGCATCTGAACATCGGCACGATGGGTCATGTCGACCACGGCAAGACCACGTTGACCGCCGCCATCACCAAGGTCCTC------------------" |
|---|
| 63 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 64 | |
|---|
| 65 | ali_pro %% (% |
|---|
| 66 | data :7000 "MSKTAYVRTKPHLNIGTMGHVDHGKTTLTAAITKVXXX-X.." |
|---|
| 67 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 68 | |
|---|
| 69 | %) /*species*/ |
|---|
| 70 | |
|---|
| 71 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 72 | name :7600 "StrCoel9" |
|---|
| 73 | acc "X77040" |
|---|
| 74 | full_name "Streptomyces coelicolor" |
|---|
| 75 | transl_table "1" |
|---|
| 76 | codon_start "1" |
|---|
| 77 | ali_dna %% (% |
|---|
| 78 | data :7000 "------------------------------------ATGTCCAAGACGGCGTACGTCCGCCCACCTGAGGCACGATGGCCCGACCACGGCAAGACCACCCTGACCGCCGCCATCACCAAGGTCCTC" |
|---|
| 79 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 80 | |
|---|
| 81 | ali_pro %% (% |
|---|
| 82 | data :7000 "MSKTAYVRXXXXXX-GTMXXXDHGKTTLTAAITKVXX--X.." |
|---|
| 83 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 84 | |
|---|
| 85 | %) /*species*/ |
|---|
| 86 | |
|---|
| 87 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 88 | name :7600 "MucRacem" |
|---|
| 89 | flag :7000 "h" |
|---|
| 90 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 91 | acc "ARB_5ADBD66E" |
|---|
| 92 | transl_table "1" |
|---|
| 93 | codon_start "2" |
|---|
| 94 | ali_dna %% (% |
|---|
| 95 | data :7000 "...........ATGGGTAAAGAGAAGACTCACGTTAACGTCGTCGTCATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAATCTACTACTACTGGTCACTTGATTTACAAGTGTGGTGGTATAAA-----------" |
|---|
| 96 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 97 | |
|---|
| 98 | ali_pro %% (% |
|---|
| 99 | data :7000 "..MGKE---KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIX.." |
|---|
| 100 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 101 | |
|---|
| 102 | %) /*species*/ |
|---|
| 103 | |
|---|
| 104 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 105 | name :7600 "MucRace2" |
|---|
| 106 | flag :7000 "h" |
|---|
| 107 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 108 | acc "ARB_3627F120" |
|---|
| 109 | transl_table "1" |
|---|
| 110 | codon_start "2" |
|---|
| 111 | ali_dna %% (% |
|---|
| 112 | data :7000 ".ATGGGTAAGGAGAAGACTCACGTTAACGTCGTCGTCATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAATCTACTACTACTGGTCACTTGATTTACAAGTGTGGTGGT-ATNNN-ATAA-A------------." |
|---|
| 113 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 114 | |
|---|
| 115 | ali_pro %% (% |
|---|
| 116 | data :7000 "MGKE---KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGXXXK--" |
|---|
| 117 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 118 | |
|---|
| 119 | %) /*species*/ |
|---|
| 120 | |
|---|
| 121 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 122 | name :7600 "MucRace3" |
|---|
| 123 | flag :7000 "h" |
|---|
| 124 | full_name "Mucor racemosus" |
|---|
| 125 | acc "ARB_73CEEA74" |
|---|
| 126 | transl_table "1" |
|---|
| 127 | codon_start "1" |
|---|
| 128 | ali_dna %% (% |
|---|
| 129 | data :7000 "-----------ATGGGTAAAGAGAAGACTCACGTTRAYGTTGTCGTTATTGGTCACGTCRATTCCGGTAAGTCCACCNCCRCTGGTCACTTGATTTACAAGTGTGGTGGTATAA-A----------" |
|---|
| 130 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 131 | |
|---|
| 132 | ali_pro %% (% |
|---|
| 133 | data :7000 "MGKXX----KTHVBVVVIGHVBSGKSTTTGHLIYKCGGIX.." |
|---|
| 134 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 135 | |
|---|
| 136 | %) /*species*/ |
|---|
| 137 | |
|---|
| 138 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 139 | name :7600 "AbdGlauc" |
|---|
| 140 | flag :7000 "h" |
|---|
| 141 | full_name "Absidia glauca" |
|---|
| 142 | acc "ARB_A706F312" |
|---|
| 143 | transl_table "1" |
|---|
| 144 | codon_start "1" |
|---|
| 145 | ali_dna %% (% |
|---|
| 146 | data :7000 "----------------------ATGGGTAAAGAAAAGACTCACGTTAACGTCGTTGTCATTGGTCACGTCGATTCTGGTAAATCCACCACCACTGGTCATTTGATCTACAAGTGCGGTGGTATAAA" |
|---|
| 147 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 148 | |
|---|
| 149 | ali_pro %% (% |
|---|
| 150 | data :7000 "MGKXXXXXXXXHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIX.." |
|---|
| 151 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 152 | |
|---|
| 153 | %) /*species*/ |
|---|
| 154 | |
|---|
| 155 | species :5000 %$ (% |
|---|
| 156 | name :7600 "CddAlbic" |
|---|
| 157 | flag :7000 "h" |
|---|
| 158 | full_name "Candida albicans" |
|---|
| 159 | acc "ARB_10F3627F" |
|---|
| 160 | transl_table "1" |
|---|
| 161 | codon_start "1" |
|---|
| 162 | ali_dna %% (% |
|---|
| 163 | data :7000 "ATGGGTAAAGAAAAAACTCACGTTAACGTTGTTGTTATTGGTCACGTCGATTCCGGTAAATCTACTACCACCGGTCACTTAATTTACAAGTGTGGTGGTATAAA----------------------" |
|---|
| 164 | %) /*ali_dna*/ |
|---|
| 165 | |
|---|
| 166 | ali_pro %% (% |
|---|
| 167 | data :7000 "MXXXE----KTHVNVVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIX.." |
|---|
| 168 | %) /*ali_pro*/ |
|---|
| 169 | |
|---|
| 170 | %) /*species*/ |
|---|
| 171 | |
|---|
| 172 | %) /*species_data*/ |
|---|
| 173 | |
|---|
| 174 | tree_data %% (% |
|---|
| 175 | tree_prot %% (% |
|---|
| 176 | tree "N0.58482,3.41564;N0.58248,0.66885;N0.04119,0.27423;N0.27475,0.31772;LBctFra12\ALCytLyti6\ALTaxOcell\AN0.09705,0.15387;LStrRamo3\ALStrCoel9\AN0.12346,0.12108;N0.07553,0.07358;N0.06787,0.09757;N0.01554,-0.00981;LMucRacem\ALMucRace2\ALMucRace3\ALAbdGlauc\ALCddAlbic\A" |
|---|
| 177 | nnodes %i 9 |
|---|
| 178 | ruler %% (% |
|---|
| 179 | size %f 0.1 |
|---|
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| 185 | text_x %f 0 |
|---|
| 186 | text_y %f 0 |
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| 187 | ruler_width %i 0 |
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| 188 | LIST %% (% |
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| 189 | ruler_y %f 0 |
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| 191 | text_x %f 0 |
|---|
| 192 | text_y %f 0 |
|---|
| 193 | %) /*LIST*/ |
|---|
| 194 | |
|---|
| 195 | %) /*ruler*/ |
|---|
| 196 | |
|---|
| 197 | security %i 0 |
|---|
| 198 | remark "Phylip Categories Neighbour dotgapmax _834\n[created as copy of 'tree_workdec']" |
|---|
| 199 | node %% (% |
|---|
| 200 | id %i 5 |
|---|
| 201 | group_name "Eukarya EF-Tu" |
|---|
| 202 | %) /*node*/ |
|---|
| 203 | |
|---|
| 204 | node %% (% |
|---|
| 205 | id %i 1 |
|---|
| 206 | group_name "Bacteria EF-Tu" |
|---|
| 207 | %) /*node*/ |
|---|
| 208 | |
|---|
| 209 | node %% (% |
|---|
| 210 | id %i 0 |
|---|
| 211 | group_name "EF-Tu / EF-1a" |
|---|
| 212 | %) /*node*/ |
|---|
| 213 | |
|---|
| 214 | order %i 1 |
|---|
| 215 | %) /*tree_prot*/ |
|---|
| 216 | |
|---|
| 217 | %) /*tree_data*/ |
|---|
| 218 | |
|---|
| 219 | arb_presets %% (% |
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| 220 | fonts %% (% |
|---|
| 221 | font0 %% (% |
|---|
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| 226 | |
|---|
| 227 | font1 %% (% |
|---|
| 228 | family %i 2 |
|---|
| 229 | style %i 3 |
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| 230 | size %i 5 |
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| 232 | |
|---|
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|---|
| 234 | family %i 0 |
|---|
| 235 | style %i 0 |
|---|
| 236 | size %i 0 |
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| 238 | |
|---|
| 239 | font3 %% (% |
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| 240 | family %i 0 |
|---|
| 241 | style %i 0 |
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| 242 | size %i 0 |
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| 244 | |
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| 245 | font4 %% (% |
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| 246 | family %i 0 |
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| 247 | style %i 0 |
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| 248 | size %i 0 |
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| 252 | family %i 0 |
|---|
| 253 | style %i 0 |
|---|
| 254 | size %i 0 |
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| 255 | %) /*font5*/ |
|---|
| 256 | |
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| 257 | %) /*fonts*/ |
|---|
| 258 | |
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| 259 | div %% (% |
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| 260 | add_width_xfig %i 2 |
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| 266 | |
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| 267 | tool0 %% (% |
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| 268 | text "fastdnaml" |
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| 269 | tool_command "fastdnaml <!s &" |
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| 270 | tool_file_type_save %i 3 |
|---|
| 271 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 272 | %) /*tool0*/ |
|---|
| 273 | |
|---|
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|---|
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| 276 | tool_command "treetool !s" |
|---|
| 277 | tool_file_type_save %i 6 |
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| 278 | tool_file_type_load %i 6 |
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| 279 | %) /*tool1*/ |
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| 280 | |
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|---|
| 282 | text "edtu" |
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| 283 | tool_command "arb_edtu : &" |
|---|
| 284 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 285 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 286 | %) /*tool2*/ |
|---|
| 287 | |
|---|
| 288 | tool3 %% (% |
|---|
| 289 | text "phyl" |
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| 290 | tool_command "arb_phyl : &" |
|---|
| 291 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 292 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 293 | %) /*tool3*/ |
|---|
| 294 | |
|---|
| 295 | tool4 %% (% |
|---|
| 296 | text "adm" |
|---|
| 297 | tool_command "arb_adm : &" |
|---|
| 298 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 299 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 300 | %) /*tool4*/ |
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| 301 | |
|---|
| 302 | tool5 %% (% |
|---|
| 303 | text "TOOL 6 " |
|---|
| 304 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 305 | tool_file_type_save %i 0 |
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| 306 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
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|---|
| 308 | |
|---|
| 309 | tool6 %% (% |
|---|
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|---|
| 311 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 312 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 313 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 314 | %) /*tool6*/ |
|---|
| 315 | |
|---|
| 316 | tool7 %% (% |
|---|
| 317 | text "TOOL 8 " |
|---|
| 318 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 319 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 320 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 321 | %) /*tool7*/ |
|---|
| 322 | |
|---|
| 323 | tool8 %% (% |
|---|
| 324 | text "TOOL 9 " |
|---|
| 325 | tool_command "echo no_tool defined" |
|---|
| 326 | tool_file_type_save %i 0 |
|---|
| 327 | tool_file_type_load %i 0 |
|---|
| 328 | %) /*tool8*/ |
|---|
| 329 | |
|---|
| 330 | viewkey %% (% |
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| 347 | changekey_text "full_name" |
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| 350 | |
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| 352 | changekey_text "group_name" |
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|---|
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| 392 | changekey_text "font" |
|---|
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|---|
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| 873 | len1 %i 30 |
|---|
| 874 | pars "" |
|---|
| 875 | group %i 0 |
|---|
| 876 | leaf %i 0 |
|---|
| 877 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 878 | |
|---|
| 879 | viewkey %% (% |
|---|
| 880 | key_text "" |
|---|
| 881 | len1 %i 30 |
|---|
| 882 | pars "" |
|---|
| 883 | group %i 0 |
|---|
| 884 | leaf %i 0 |
|---|
| 885 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 886 | |
|---|
| 887 | viewkey %% (% |
|---|
| 888 | key_text "" |
|---|
| 889 | len1 %i 30 |
|---|
| 890 | pars "" |
|---|
| 891 | group %i 0 |
|---|
| 892 | leaf %i 0 |
|---|
| 893 | %) /*viewkey*/ |
|---|
| 894 | |
|---|
| 895 | %) /*arb_presets*/ |
|---|
| 896 | |
|---|
| 897 | presets %% (% |
|---|
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|---|
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|---|
| 900 | alignment_len %i 0 |
|---|
| 901 | max_name_len %i 9 |
|---|
| 902 | key_data %% (% |
|---|
| 903 | key %% (% |
|---|
| 904 | key_name "name" |
|---|
| 905 | key_type %i 12 |
|---|
| 906 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 907 | %) /*key*/ |
|---|
| 908 | |
|---|
| 909 | key %% (% |
|---|
| 910 | key_name "full_name" |
|---|
| 911 | key_type %i 12 |
|---|
| 912 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 913 | %) /*key*/ |
|---|
| 914 | |
|---|
| 915 | key %% (% |
|---|
| 916 | key_name "acc" |
|---|
| 917 | key_type %i 12 |
|---|
| 918 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 919 | %) /*key*/ |
|---|
| 920 | |
|---|
| 921 | key %% (% |
|---|
| 922 | key_name "ali_tuf_dna" |
|---|
| 923 | key_type %i 15 |
|---|
| 924 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 925 | %) /*key*/ |
|---|
| 926 | |
|---|
| 927 | key %% (% |
|---|
| 928 | key_name "ali_tuf_dna/data" |
|---|
| 929 | key_type %i 12 |
|---|
| 930 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 931 | %) /*key*/ |
|---|
| 932 | |
|---|
| 933 | key %% (% |
|---|
| 934 | key_name "ali_tuf_pro" |
|---|
| 935 | key_type %i 15 |
|---|
| 936 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 937 | %) /*key*/ |
|---|
| 938 | |
|---|
| 939 | key %% (% |
|---|
| 940 | key_name "ali_tuf_pro/data" |
|---|
| 941 | key_type %i 12 |
|---|
| 942 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 943 | %) /*key*/ |
|---|
| 944 | |
|---|
| 945 | key %% (% |
|---|
| 946 | key_name "flag" |
|---|
| 947 | key_type %i 12 |
|---|
| 948 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 949 | %) /*key*/ |
|---|
| 950 | |
|---|
| 951 | key %% (% |
|---|
| 952 | key_name "codon_start" |
|---|
| 953 | key_type %i 12 |
|---|
| 954 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 955 | %) /*key*/ |
|---|
| 956 | |
|---|
| 957 | key %% (% |
|---|
| 958 | key_name "transl_table" |
|---|
| 959 | key_type %i 12 |
|---|
| 960 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 961 | %) /*key*/ |
|---|
| 962 | |
|---|
| 963 | key %% (% |
|---|
| 964 | key_name "tmp" |
|---|
| 965 | key_type %i 12 |
|---|
| 966 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 967 | %) /*key*/ |
|---|
| 968 | |
|---|
| 969 | key %% (% |
|---|
| 970 | key_name "ali_dna" |
|---|
| 971 | key_type %i 15 |
|---|
| 972 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 973 | %) /*key*/ |
|---|
| 974 | |
|---|
| 975 | key %% (% |
|---|
| 976 | key_name "ali_dna/data" |
|---|
| 977 | key_type %i 12 |
|---|
| 978 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 979 | %) /*key*/ |
|---|
| 980 | |
|---|
| 981 | key %% (% |
|---|
| 982 | key_name "ali_pro" |
|---|
| 983 | key_type %i 15 |
|---|
| 984 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 985 | %) /*key*/ |
|---|
| 986 | |
|---|
| 987 | key %% (% |
|---|
| 988 | key_name "ali_pro/data" |
|---|
| 989 | key_type %i 12 |
|---|
| 990 | key_hidden %i 0 |
|---|
| 991 | %) /*key*/ |
|---|
| 992 | |
|---|
| 993 | %) /*key_data*/ |
|---|
| 994 | |
|---|
| 995 | alignment %% (% |
|---|
| 996 | alignment_name "ali_dna" |
|---|
| 997 | alignment_len %i 126 |
|---|
| 998 | aligned %i 1 |
|---|
| 999 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 1000 | alignment_type "dna" |
|---|
| 1001 | alignment_rem "" |
|---|
| 1002 | auto_format %i 0 |
|---|
| 1003 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 1004 | |
|---|
| 1005 | alignment %% (% |
|---|
| 1006 | alignment_name "ali_pro" |
|---|
| 1007 | alignment_len %i 42 |
|---|
| 1008 | aligned %i 1 |
|---|
| 1009 | alignment_write_security %i 5 |
|---|
| 1010 | alignment_type "ami" |
|---|
| 1011 | alignment_rem "" |
|---|
| 1012 | auto_format %i 0 |
|---|
| 1013 | %) /*alignment*/ |
|---|
| 1014 | |
|---|
| 1015 | %) /*presets*/ |
|---|
| 1016 | |
|---|
| 1017 | description "fake protein db (used for unittests)" |
|---|
| 1018 | arb_edit %% (% |
|---|
| 1019 | top_area_species "conbac9:1 coneuc9:1 conarc9:1 " |
|---|
| 1020 | bottom_area_species "" |
|---|
| 1021 | %) /*arb_edit*/ |
|---|
| 1022 | |
|---|
| 1023 | awt %% (% |
|---|
| 1024 | dtree %% (% |
|---|
| 1025 | baselinewidth %i 3 |
|---|
| 1026 | verticaldist %f 1 |
|---|
| 1027 | autojump %i 1 |
|---|
| 1028 | greylevel %i 100 |
|---|
| 1029 | show_circle %i 0 |
|---|
| 1030 | circle_zoom %f 1 |
|---|
| 1031 | ellipse %i 1 |
|---|
| 1032 | max_size %f 1.5 |
|---|
| 1033 | show_brackets %i 1 |
|---|
| 1034 | %) /*dtree*/ |
|---|
| 1035 | |
|---|
| 1036 | %) /*awt*/ |
|---|
| 1037 | |
|---|
| 1038 | pars %% (% |
|---|
| 1039 | pars_type %i 0 |
|---|
| 1040 | %) /*pars*/ |
|---|
| 1041 | |
|---|
| 1042 | genetic %% (% |
|---|
| 1043 | kh %% (% |
|---|
| 1044 | nodes %f 1.7 |
|---|
| 1045 | maxdepth %i 15 |
|---|
| 1046 | incdepth %i 5 |
|---|
| 1047 | static %% (% |
|---|
| 1048 | enable %i 1 |
|---|
| 1049 | depth0 %i 2 |
|---|
| 1050 | depth1 %i 2 |
|---|
| 1051 | depth2 %i 2 |
|---|
| 1052 | depth3 %i 2 |
|---|
| 1053 | depth4 %i 1 |
|---|
| 1054 | %) /*static*/ |
|---|
| 1055 | |
|---|
| 1056 | dynamic %% (% |
|---|
| 1057 | enable %i 1 |
|---|
| 1058 | start %i 100 |
|---|
| 1059 | maxx %i 6 |
|---|
| 1060 | maxy %i 150 |
|---|
| 1061 | %) /*dynamic*/ |
|---|
| 1062 | |
|---|
| 1063 | function_type %i 5 |
|---|
| 1064 | %) /*kh*/ |
|---|
| 1065 | |
|---|
| 1066 | %) /*genetic*/ |
|---|
| 1067 | |
|---|
| 1068 | focus %% (% |
|---|
| 1069 | tree_name "tree_prot" |
|---|
| 1070 | configuration "tuf_feb05_SS_2" |
|---|
| 1071 | %) /*focus*/ |
|---|
| 1072 | |
|---|
| 1073 | search %% (% |
|---|
| 1074 | configuration %% (% |
|---|
| 1075 | middle_area "\AFSAI:SAI's\ASCOUNTED_CHARS\ASHELIX_LINE\ASHELIX_PAIRS\ASall295_907rr3\ASall295_907rr5\ASbacr30\AScharpos\ASconarc9\ASconbac9\ASconbacif9\ASconbacselb9\ASconeuc9\ASconeucif9\ASdorgap\ASeucif2r3\ASif230\ASif2metvafil\ASif2mvan\ASif2r3\ASifgap\ASmvif2\ASposvar\AE\AFMore Sequences\ALcharpos\AE\ALtstmram3\ALtaqxpyro\ALtfrbisla\ALtthtmari\ALtcytlyti\ALttaxocel\ALtbadfrag\ALtfibsucc\ALtflbferr\ALtmypgall\ALtmypgeni\ALtmyppneu\ALtmyphomi\ALtslaplat\ALtccyanop\ALtananidu\ALtccryphi\ALtcchlore\ALtcchlrei\ALtcastlon\ALtceuggra\ALtcarabid\ALtcglymax\ALtcnictab\ALtptcnige\ALtstcoral\ALtbacsubt\ALtflxsinu\ALtchfaura\ALthesgiga\ALtclatrac\ALtspcaura\ALtchlvibr\ALtnanexed\ALtwolsucc\ALttibcupr\ALtpsmcepa\ALtsheputr\ALtesccol2\ALtsaltyp2\ALtesccoli\ALtsaltypm\ALtstiaura\ALtdnemasp\ALtthmther\ALtthmaqua\ALtmybtube\ALtcorglut\ALtbrevlin\ALtmiclute\ALtstmramo\ALtstmram2\ALtmsaccha" |
|---|
| 1076 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1077 | |
|---|
| 1078 | configuration %% (% |
|---|
| 1079 | name "charpos" |
|---|
| 1080 | top_area "\ASECOLI\AScharpos" |
|---|
| 1081 | middle_area "\AFSAI:SAI's\ASCOUNTED_CHARS\ASHELIX_LINE\ASHELIX_PAIRS\ASall295_907rr3\ASall295_907rr5\ASbacr30\ASconarc9\ASconbac9\ASconbacif9\ASconbacselb9\ASconeuc9\ASconeucif9\ASdorgap\ASeucif2r3\ASif230\ASif2metvafil\ASif2mvan\ASif2r3\ASifgap\ASmvif2\ASposvar\AE\AFMore Sequences\ALcharpos\AE\ALtstmram3\ALtaqxpyro\ALtfrbisla\ALtthtmari\ALtcytlyti\ALttaxocel\ALtbadfrag\ALtfibsucc\ALtflbferr\ALtmypgall\ALtmypgeni\ALtmyppneu\ALtmyphomi\ALtslaplat\ALtccyanop\ALtananidu\ALtccryphi\ALtcchlore\ALtcchlrei\ALtcastlon\ALtceuggra\ALtcarabid\ALtcglymax\ALtcnictab\ALtptcnige\ALtstcoral\ALtbacsubt\ALtflxsinu\ALtchfaura\ALthesgiga\ALtclatrac\ALtspcaura\ALtchlvibr\ALtnanexed\ALtwolsucc\ALttibcupr\ALtpsmcepa\ALtsheputr\ALtesccol2\ALtsaltyp2\ALtesccoli\ALtsaltypm\ALtstiaura\ALtdnemasp\ALtthmther\ALtthmaqua\ALtmybtube\ALtcorglut\ALtbrevlin\ALtmiclute\ALtstmramo\ALtstmram2\ALtmsaccha" |
|---|
| 1082 | %) /*configuration*/ |
|---|
| 1083 | |
|---|
| 1084 | pattern "aagctacct" |
|---|
| 1085 | case %i 1 |
|---|
| 1086 | tu %i 1 |
|---|
| 1087 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1088 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1089 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1090 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1091 | show %i 1 |
|---|
| 1092 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1093 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1094 | probe %% (% |
|---|
| 1095 | case %i 1 |
|---|
| 1096 | tu %i 1 |
|---|
| 1097 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1098 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1099 | show %i 0 |
|---|
| 1100 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1101 | autoJump %i 0 |
|---|
| 1102 | reverse %i 0 |
|---|
| 1103 | complement %i 0 |
|---|
| 1104 | exact %i 0 |
|---|
| 1105 | %) /*probe*/ |
|---|
| 1106 | |
|---|
| 1107 | primer %% (% |
|---|
| 1108 | pattern "AC-G--TU" |
|---|
| 1109 | case %i 1 |
|---|
| 1110 | tu %i 1 |
|---|
| 1111 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1112 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1113 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1114 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1115 | show %i 0 |
|---|
| 1116 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1117 | autoJump %i 0 |
|---|
| 1118 | %) /*primer*/ |
|---|
| 1119 | |
|---|
| 1120 | user1 %% (% |
|---|
| 1121 | pattern "LVELEnVDHGKTTnGAILVVnEGGRHTPnIREGGR" |
|---|
| 1122 | case %i 1 |
|---|
| 1123 | tu %i 0 |
|---|
| 1124 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1125 | reverse %i 0 |
|---|
| 1126 | complement %i 0 |
|---|
| 1127 | exact %i 0 |
|---|
| 1128 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1129 | max_mismatches %i 1 |
|---|
| 1130 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1131 | show %i 1 |
|---|
| 1132 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1133 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1134 | %) /*user1*/ |
|---|
| 1135 | |
|---|
| 1136 | user2 %% (% |
|---|
| 1137 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1138 | case %i 1 |
|---|
| 1139 | tu %i 1 |
|---|
| 1140 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1141 | reverse %i 0 |
|---|
| 1142 | complement %i 0 |
|---|
| 1143 | exact %i 0 |
|---|
| 1144 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1145 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1146 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1147 | show %i 0 |
|---|
| 1148 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1149 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1150 | %) /*user2*/ |
|---|
| 1151 | |
|---|
| 1152 | primer1 %% (% |
|---|
| 1153 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1154 | case %i 1 |
|---|
| 1155 | tu %i 1 |
|---|
| 1156 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1157 | reverse %i 0 |
|---|
| 1158 | complement %i 0 |
|---|
| 1159 | exact %i 0 |
|---|
| 1160 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1161 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1162 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1163 | show %i 0 |
|---|
| 1164 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1165 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1166 | %) /*primer1*/ |
|---|
| 1167 | |
|---|
| 1168 | primer2 %% (% |
|---|
| 1169 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1170 | case %i 1 |
|---|
| 1171 | tu %i 1 |
|---|
| 1172 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1173 | reverse %i 0 |
|---|
| 1174 | complement %i 0 |
|---|
| 1175 | exact %i 0 |
|---|
| 1176 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1177 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1178 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1179 | show %i 0 |
|---|
| 1180 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1181 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1182 | %) /*primer2*/ |
|---|
| 1183 | |
|---|
| 1184 | primer3 %% (% |
|---|
| 1185 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1186 | case %i 1 |
|---|
| 1187 | tu %i 1 |
|---|
| 1188 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1189 | reverse %i 0 |
|---|
| 1190 | complement %i 0 |
|---|
| 1191 | exact %i 0 |
|---|
| 1192 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1193 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1194 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1195 | show %i 0 |
|---|
| 1196 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1197 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1198 | %) /*primer3*/ |
|---|
| 1199 | |
|---|
| 1200 | sig1 %% (% |
|---|
| 1201 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1202 | case %i 1 |
|---|
| 1203 | tu %i 1 |
|---|
| 1204 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1205 | reverse %i 0 |
|---|
| 1206 | complement %i 0 |
|---|
| 1207 | exact %i 0 |
|---|
| 1208 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1209 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1210 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1211 | show %i 0 |
|---|
| 1212 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1213 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1214 | %) /*sig1*/ |
|---|
| 1215 | |
|---|
| 1216 | sig2 %% (% |
|---|
| 1217 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1218 | case %i 1 |
|---|
| 1219 | tu %i 1 |
|---|
| 1220 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1221 | reverse %i 0 |
|---|
| 1222 | complement %i 0 |
|---|
| 1223 | exact %i 0 |
|---|
| 1224 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1225 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1226 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1227 | show %i 0 |
|---|
| 1228 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1229 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1230 | %) /*sig2*/ |
|---|
| 1231 | |
|---|
| 1232 | sig3 %% (% |
|---|
| 1233 | pattern "GUT-TAG" |
|---|
| 1234 | case %i 1 |
|---|
| 1235 | tu %i 1 |
|---|
| 1236 | pat_gaps %i 1 |
|---|
| 1237 | reverse %i 0 |
|---|
| 1238 | complement %i 0 |
|---|
| 1239 | exact %i 0 |
|---|
| 1240 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1241 | max_mismatches %i 0 |
|---|
| 1242 | seq_gaps %i 1 |
|---|
| 1243 | show %i 0 |
|---|
| 1244 | open_folded %i 1 |
|---|
| 1245 | autoJump %i 1 |
|---|
| 1246 | %) /*sig3*/ |
|---|
| 1247 | |
|---|
| 1248 | %) /*search*/ |
|---|
| 1249 | |
|---|
| 1250 | nt %% (% |
|---|
| 1251 | protein_codon_type %i 14 |
|---|
| 1252 | min_mismatches %i 0 |
|---|
| 1253 | target_string "" |
|---|
| 1254 | primer_target_string "" |
|---|
| 1255 | gene_content "" |
|---|
| 1256 | %) /*nt*/ |
|---|
| 1257 | |
|---|
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