| 1 | #include <stdio.h> |
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| 3 | typedef struct Sequence |
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| 4 | { |
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| 5 | int len; |
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| 6 | char name[80]; |
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| 7 | char type[8]; |
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| 8 | char *nuc; |
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| 9 | } Sequence; |
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| 10 | |
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| 11 | |
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| 12 | main() |
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| 13 | { |
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| 14 | char a[5000],b[5000],Inline[132]; |
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| 15 | int pos1,pos2,pos3,i,j,k,FLAG; |
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| 16 | Sequence pair[2]; |
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| 17 | |
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| 18 | |
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| 19 | for(j=0;j<5000;j++) |
|---|
| 20 | b[j]='-'; |
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| 21 | FLAG = (int)gets(Inline); |
|---|
| 22 | for(j=0;FLAG;j++) |
|---|
| 23 | { |
|---|
| 24 | FLAG = (int)gets(Inline); |
|---|
| 25 | sscanf(Inline,"%d",&pos1); |
|---|
| 26 | if((sscanf(Inline,"%*6c %c %d %d %d",&(a[j]),&k,&pos2,&pos3) |
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| 27 | == 4) && (FLAG)) |
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| 28 | { |
|---|
| 29 | if(pos3!=0) |
|---|
| 30 | { |
|---|
| 31 | if(pos1<pos3) |
|---|
| 32 | { |
|---|
| 33 | b[pos1-1] = '['; |
|---|
| 34 | b[pos3-1] = ']'; |
|---|
| 35 | } |
|---|
| 36 | else |
|---|
| 37 | { |
|---|
| 38 | b[pos3-1] = '['; |
|---|
| 39 | b[pos1-1] = ']'; |
|---|
| 40 | } |
|---|
| 41 | } |
|---|
| 42 | } |
|---|
| 43 | else |
|---|
| 44 | { |
|---|
| 45 | pair[0].len = j; |
|---|
| 46 | strcpy(pair[0].name,"HELIX"); |
|---|
| 47 | strcpy(pair[0].type,"TEXT"); |
|---|
| 48 | |
|---|
| 49 | pair[1].len = j; |
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| 50 | /* |
|---|
| 51 | sscanf(Inline,"%*24c %s",pair[1].name); |
|---|
| 52 | */ |
|---|
| 53 | strcpy(pair[1].name,"Sequence"); |
|---|
| 54 | strcpy(pair[1].type,"RNA"); |
|---|
| 55 | |
|---|
| 56 | pair[0].nuc = b; |
|---|
| 57 | pair[1].nuc = a; |
|---|
| 58 | |
|---|
| 59 | WriteGen(pair,stdout,2); |
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| 60 | for(j=0;j<5000;j++) b[j]='-'; |
|---|
| 61 | j = -1; |
|---|
| 62 | } |
|---|
| 63 | } |
|---|
| 64 | exit(0); |
|---|
| 65 | } |
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| 66 | |
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| 67 | |
|---|
| 68 | |
|---|
| 69 | WriteGen(seq,file,numseq) |
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| 70 | Sequence *seq; |
|---|
| 71 | FILE *file; |
|---|
| 72 | int numseq; |
|---|
| 73 | { |
|---|
| 74 | register i,j; |
|---|
| 75 | char temp[14]; |
|---|
| 76 | |
|---|
| 77 | for(j=0;j<numseq;j++) |
|---|
| 78 | fprintf(file,"%-.12s\n",seq[j].name); |
|---|
| 79 | |
|---|
| 80 | fprintf(file,"ZZZZZZZZZZ\n"); |
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| 81 | |
|---|
| 82 | for(j=0;j<numseq;j++) |
|---|
| 83 | { |
|---|
| 84 | strcpy(temp,seq[j].name); |
|---|
| 85 | for(i=strlen(temp);i<13;i++) |
|---|
| 86 | temp[i] = ' '; |
|---|
| 87 | temp[i] = '\0'; |
|---|
| 88 | fprintf(file,"LOCUS %-.12s %s %d BP\n",temp, |
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| 89 | seq[j].type,seq[j].len); |
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| 90 | |
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| 91 | fprintf(file,"ORIGIN"); |
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| 92 | for(i=0;i<seq[j].len;i++) |
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| 93 | { |
|---|
| 94 | if(i%60 == 0) |
|---|
| 95 | fprintf(file,"\n%9d",i+1); |
|---|
| 96 | if(i%10 == 0) |
|---|
| 97 | fprintf(file," "); |
|---|
| 98 | fprintf(file,"%c",seq[j].nuc[i]); |
|---|
| 99 | } |
|---|
| 100 | fprintf(file,"\n//\n"); |
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| 101 | } |
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| 102 | return 0; |
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| 103 | } |
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| 104 | |
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