1 | /* |
---|
2 | |
---|
3 | PHYML : a program that computes maximum likelihood phylogenies from |
---|
4 | DNA or AA homologous sequences |
---|
5 | |
---|
6 | Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward |
---|
7 | |
---|
8 | All parts of the source except where indicated are distributed under |
---|
9 | the GNU public licence. See http://www.opensource.org for details. |
---|
10 | |
---|
11 | */ |
---|
12 | |
---|
13 | #include "utilities.h" |
---|
14 | #include "free.h" |
---|
15 | |
---|
16 | /*********************************************************/ |
---|
17 | |
---|
18 | void Free_All_Nodes_Light(arbre *tree) |
---|
19 | { |
---|
20 | int i; |
---|
21 | For(i,2*tree->n_otu-2) |
---|
22 | Free_Node(tree->noeud[i]); |
---|
23 | } |
---|
24 | |
---|
25 | /*********************************************************/ |
---|
26 | |
---|
27 | void Free_All_Edges_Light(arbre *tree) |
---|
28 | { |
---|
29 | int i; |
---|
30 | For(i,2*tree->n_otu-3) |
---|
31 | if(tree->t_edges[i]) |
---|
32 | Free_Edge(tree->t_edges[i]); |
---|
33 | } |
---|
34 | |
---|
35 | |
---|
36 | /*********************************************************/ |
---|
37 | |
---|
38 | void Free_Mat(matrix *mat) |
---|
39 | { |
---|
40 | int i; |
---|
41 | |
---|
42 | For(i,mat->n_otu) |
---|
43 | { |
---|
44 | Free(mat->P[i]); |
---|
45 | Free(mat->Q[i]); |
---|
46 | Free(mat->dist[i]); |
---|
47 | Free(mat->name[i]); |
---|
48 | } |
---|
49 | |
---|
50 | Free(mat->P); |
---|
51 | Free(mat->Q); |
---|
52 | Free(mat->dist); |
---|
53 | Free(mat->name); |
---|
54 | Free(mat->tip_node); |
---|
55 | |
---|
56 | Free(mat->on_off); |
---|
57 | Free(mat); |
---|
58 | } |
---|
59 | |
---|
60 | /*********************************************************/ |
---|
61 | |
---|
62 | void Free_Partial_Lk(double ****p_lk, int len, int n_catg) |
---|
63 | { |
---|
64 | int i,j; |
---|
65 | |
---|
66 | For(i,len) |
---|
67 | { |
---|
68 | For(j,n_catg) Free((*p_lk)[i][j]); |
---|
69 | Free((*p_lk)[i]); |
---|
70 | } |
---|
71 | Free((*p_lk)); |
---|
72 | (*p_lk) = NULL; |
---|
73 | } |
---|
74 | |
---|
75 | /*********************************************************/ |
---|
76 | |
---|
77 | void Free_Tree(arbre *tree) |
---|
78 | { |
---|
79 | int i,j,k; |
---|
80 | edge *b; |
---|
81 | node *n; |
---|
82 | |
---|
83 | |
---|
84 | if(tree->has_bip) |
---|
85 | { |
---|
86 | For(i,2*tree->n_otu-2) |
---|
87 | { |
---|
88 | Free(tree->noeud[i]->bip_size); |
---|
89 | For(j,3) |
---|
90 | { |
---|
91 | Free(tree->noeud[i]->bip_node[j]); |
---|
92 | For(k,tree->n_otu) Free(tree->noeud[i]->bip_name[j][k]); |
---|
93 | Free(tree->noeud[i]->bip_name[j]); |
---|
94 | } |
---|
95 | Free(tree->noeud[i]->bip_node); |
---|
96 | Free(tree->noeud[i]->bip_name); |
---|
97 | } |
---|
98 | } |
---|
99 | |
---|
100 | For(i,2*tree->n_otu-3) |
---|
101 | { |
---|
102 | b = tree->t_edges[i]; |
---|
103 | Free_Edge(b); |
---|
104 | } |
---|
105 | Free(tree->t_edges); |
---|
106 | |
---|
107 | |
---|
108 | For(i,2*tree->n_otu-2) |
---|
109 | { |
---|
110 | n = tree->noeud[i]; |
---|
111 | Free_Node(n); |
---|
112 | } |
---|
113 | Free(tree->noeud); |
---|
114 | |
---|
115 | Free(tree); |
---|
116 | } |
---|
117 | |
---|
118 | /*********************************************************/ |
---|
119 | |
---|
120 | void Free_Edge(edge *b) |
---|
121 | { |
---|
122 | Free(b); |
---|
123 | } |
---|
124 | |
---|
125 | /*********************************************************/ |
---|
126 | |
---|
127 | void Free_Node(node *n) |
---|
128 | { |
---|
129 | Free(n->b); |
---|
130 | Free(n->v); |
---|
131 | Free(n->l); |
---|
132 | Free(n->score); |
---|
133 | Free(n->name); |
---|
134 | /* Free(n->n_ex_nodes); */ |
---|
135 | Free(n); |
---|
136 | } |
---|
137 | |
---|
138 | /*********************************************************/ |
---|
139 | |
---|
140 | void Free_Cseq(allseq *data) |
---|
141 | { |
---|
142 | int i; |
---|
143 | |
---|
144 | Free(data->invar); |
---|
145 | Free(data->wght); |
---|
146 | Free(data->ambigu); |
---|
147 | Free(data->b_frq); |
---|
148 | Free(data->sitepatt); |
---|
149 | For(i,data->n_otu) |
---|
150 | { |
---|
151 | Free(data->c_seq[i]->name); |
---|
152 | Free(data->c_seq[i]->state); |
---|
153 | Free(data->c_seq[i]); |
---|
154 | } |
---|
155 | Free(data->c_seq); |
---|
156 | Free(data); |
---|
157 | } |
---|
158 | |
---|
159 | /*********************************************************/ |
---|
160 | |
---|
161 | void Free_Seq(seq **d, int n_otu) |
---|
162 | { |
---|
163 | int i; |
---|
164 | For(i,n_otu) |
---|
165 | { |
---|
166 | Free(d[i]->name); |
---|
167 | Free(d[i]->state); |
---|
168 | Free(d[i]); |
---|
169 | } |
---|
170 | Free(d); |
---|
171 | } |
---|
172 | |
---|
173 | |
---|
174 | /*********************************************************/ |
---|
175 | |
---|
176 | void Free_All(seq **d, allseq *alldata, arbre *tree) |
---|
177 | { |
---|
178 | Free_Cseq(alldata); |
---|
179 | Free_Seq(d,tree->n_otu); |
---|
180 | Free_Tree(tree); |
---|
181 | } |
---|
182 | |
---|
183 | /*********************************************************/ |
---|
184 | void Free_SubTree(edge *b_fcus, node *a, node *d, arbre *tree) |
---|
185 | { |
---|
186 | int i; |
---|
187 | |
---|
188 | if(d->tax) return; |
---|
189 | else |
---|
190 | { |
---|
191 | For(i,3) |
---|
192 | { |
---|
193 | if(d->v[i] != a) |
---|
194 | { |
---|
195 | Free_SubTree(d->b[i],d,d->v[i],tree); |
---|
196 | Free_Edge(d->b[i]); |
---|
197 | Free_Node(d->v[i]); |
---|
198 | } |
---|
199 | } |
---|
200 | } |
---|
201 | } |
---|
202 | |
---|
203 | /*********************************************************/ |
---|
204 | void Free_Tree_Ins_Tar(arbre *tree) |
---|
205 | { |
---|
206 | return; |
---|
207 | } |
---|
208 | |
---|
209 | /*********************************************************/ |
---|
210 | |
---|
211 | void Free_Tree_Lk(arbre *tree) |
---|
212 | { |
---|
213 | int i; |
---|
214 | edge *b; |
---|
215 | node *n; |
---|
216 | |
---|
217 | b = NULL; |
---|
218 | n = NULL; |
---|
219 | |
---|
220 | Free(tree->tot_loglk_sorted); |
---|
221 | Free(tree->tot_dloglk); |
---|
222 | Free(tree->tot_d2loglk); |
---|
223 | Free(tree->site_lk); |
---|
224 | |
---|
225 | For(i,tree->mod->n_catg) Free(tree->log_site_lk_cat[i]); |
---|
226 | Free(tree->log_site_lk_cat); |
---|
227 | |
---|
228 | |
---|
229 | For(i,2*tree->n_otu-3) |
---|
230 | { |
---|
231 | b = tree->t_edges[i]; |
---|
232 | |
---|
233 | Free_Edge_Lk(tree,b); |
---|
234 | |
---|
235 | } |
---|
236 | } |
---|
237 | |
---|
238 | |
---|
239 | /*********************************************************/ |
---|
240 | |
---|
241 | void Free_dPij(arbre *tree) |
---|
242 | { |
---|
243 | int i,j,k; |
---|
244 | |
---|
245 | For(i,2*tree->n_otu-3) |
---|
246 | { |
---|
247 | For(j,tree->mod->n_catg) |
---|
248 | { |
---|
249 | For(k,tree->mod->ns) |
---|
250 | { |
---|
251 | Free(tree->t_edges[i]->dPij_rr[j][k]); |
---|
252 | Free(tree->t_edges[i]->d2Pij_rr[j][k]); |
---|
253 | } |
---|
254 | Free(tree->t_edges[i]->dPij_rr[j]); |
---|
255 | Free(tree->t_edges[i]->d2Pij_rr[j]); |
---|
256 | } |
---|
257 | Free(tree->t_edges[i]->dPij_rr); |
---|
258 | Free(tree->t_edges[i]->d2Pij_rr); |
---|
259 | tree->t_edges[i]->dPij_rr = NULL; |
---|
260 | tree->t_edges[i]->d2Pij_rr = NULL; |
---|
261 | } |
---|
262 | } |
---|
263 | |
---|
264 | /*********************************************************/ |
---|
265 | |
---|
266 | void Free_Edge_P_Lk_Struct(edge *b, arbre *tree) |
---|
267 | { |
---|
268 | int i,j; |
---|
269 | |
---|
270 | if(b->p_lk_left) |
---|
271 | { |
---|
272 | For(i,tree->data->crunch_len) |
---|
273 | { |
---|
274 | For(j,tree->mod->n_catg) Free(b->p_lk_left[i][j]); |
---|
275 | Free(b->p_lk_left[i]); |
---|
276 | } |
---|
277 | Free(b->p_lk_left); |
---|
278 | b->p_lk_left = NULL; |
---|
279 | } |
---|
280 | |
---|
281 | if(b->p_lk_rght) |
---|
282 | { |
---|
283 | For(i,tree->data->crunch_len) |
---|
284 | { |
---|
285 | For(j,tree->mod->n_catg) Free(b->p_lk_rght[i][j]); |
---|
286 | Free(b->p_lk_rght[i]); |
---|
287 | } |
---|
288 | Free(b->p_lk_rght); |
---|
289 | b->p_lk_rght = NULL; |
---|
290 | } |
---|
291 | } |
---|
292 | |
---|
293 | /*********************************************************/ |
---|
294 | |
---|
295 | void Free_Node_Lk(node *n) |
---|
296 | { |
---|
297 | /* Free(n->n_ex_nodes); */ |
---|
298 | } |
---|
299 | |
---|
300 | /*********************************************************/ |
---|
301 | |
---|
302 | void Free_Edge_Lk(arbre *tree, edge *b) |
---|
303 | { |
---|
304 | int i,j; |
---|
305 | |
---|
306 | Free(b->ql); |
---|
307 | |
---|
308 | if(b->p_lk_left) |
---|
309 | { |
---|
310 | For(i,tree->data->crunch_len) |
---|
311 | { |
---|
312 | For(j,tree->mod->n_catg) |
---|
313 | { |
---|
314 | Free(b->p_lk_left[i][j]); |
---|
315 | } |
---|
316 | Free(b->p_lk_left[i]); |
---|
317 | } |
---|
318 | Free(b->p_lk_left); |
---|
319 | Free(b->sum_scale_f_left); |
---|
320 | } |
---|
321 | |
---|
322 | if(b->p_lk_rght) |
---|
323 | { |
---|
324 | For(i,tree->data->crunch_len) |
---|
325 | { |
---|
326 | For(j,tree->mod->n_catg) |
---|
327 | { |
---|
328 | Free(b->p_lk_rght[i][j]); |
---|
329 | } |
---|
330 | Free(b->p_lk_rght[i]); |
---|
331 | } |
---|
332 | Free(b->p_lk_rght); |
---|
333 | Free(b->sum_scale_f_rght); |
---|
334 | } |
---|
335 | |
---|
336 | For(i,tree->mod->n_catg) |
---|
337 | { |
---|
338 | For(j,tree->mod->ns) |
---|
339 | { |
---|
340 | Free(b->Pij_rr[i][j]); |
---|
341 | Free(b->dPij_rr[i][j]); |
---|
342 | Free(b->d2Pij_rr[i][j]); |
---|
343 | } |
---|
344 | |
---|
345 | Free(b->Pij_rr[i]); |
---|
346 | Free(b->dPij_rr[i]); |
---|
347 | Free(b->d2Pij_rr[i]); |
---|
348 | Free(b->site_p_lk_left[i]); |
---|
349 | Free(b->site_p_lk_rght[i]); |
---|
350 | } |
---|
351 | Free(b->Pij_rr); |
---|
352 | Free(b->dPij_rr); |
---|
353 | Free(b->d2Pij_rr); |
---|
354 | Free(b->site_p_lk_left); |
---|
355 | Free(b->site_p_lk_rght); |
---|
356 | Free(b->site_dlk_rr); |
---|
357 | Free(b->site_d2lk_rr); |
---|
358 | } |
---|
359 | |
---|
360 | /*********************************************************/ |
---|
361 | |
---|
362 | void Free_Model(model *mod) |
---|
363 | { |
---|
364 | int i,j; |
---|
365 | |
---|
366 | Free(mod->custom_mod_string); |
---|
367 | Free(mod->user_b_freq); |
---|
368 | For(i,6) |
---|
369 | Free(mod->rr_param_num[i]); |
---|
370 | Free(mod->rr_param_num); |
---|
371 | Free(mod->rr_param); |
---|
372 | Free(mod->rr_param_values); |
---|
373 | Free(mod->n_rr_param_per_cat); |
---|
374 | Free(mod->s_opt); |
---|
375 | Free(mod->pi); |
---|
376 | Free(mod->r_proba); |
---|
377 | Free(mod->rr); |
---|
378 | |
---|
379 | Free(mod->mat_Q); |
---|
380 | Free(mod->mat_Vr); |
---|
381 | Free(mod->mat_Vi); |
---|
382 | Free(mod->vct_eDmr); |
---|
383 | Free(mod->vct_ev); |
---|
384 | |
---|
385 | For(i,mod->n_catg) |
---|
386 | { |
---|
387 | For(j,mod->ns) Free(mod->Pij_rr[i][j]); |
---|
388 | Free(mod->Pij_rr[i]); |
---|
389 | } |
---|
390 | Free(mod->Pij_rr); |
---|
391 | For(i,mod->n_catg) |
---|
392 | { |
---|
393 | For(j,mod->ns) Free(mod->dPij_rr[i][j]); |
---|
394 | Free(mod->dPij_rr[i]); |
---|
395 | } |
---|
396 | Free(mod->dPij_rr); |
---|
397 | For(i,mod->n_catg) |
---|
398 | { |
---|
399 | For(j,mod->ns) Free(mod->d2Pij_rr[i][j]); |
---|
400 | Free(mod->d2Pij_rr[i]); |
---|
401 | } |
---|
402 | Free(mod->d2Pij_rr); |
---|
403 | |
---|
404 | Free(mod); |
---|
405 | } |
---|
406 | |
---|
407 | /*********************************************************/ |
---|
408 | |
---|
409 | void Free(void *p) |
---|
410 | { |
---|
411 | free(p); |
---|
412 | } |
---|
413 | |
---|
414 | /*********************************************************/ |
---|
415 | |
---|
416 | void Free_Input(option *input) |
---|
417 | { |
---|
418 | Free(input->seqfile); |
---|
419 | Free(input->modelname); |
---|
420 | Free(input->inputtreefile); |
---|
421 | Free(input->phyml_stat_file); |
---|
422 | Free(input->phyml_tree_file); |
---|
423 | Free(input->phyml_lk_file); |
---|
424 | Free(input->nt_or_cd); |
---|
425 | Free(input); |
---|
426 | } |
---|
427 | |
---|
428 | /*********************************************************/ |
---|
429 | |
---|