source: branches/profile/GDE/PHYML/optimiz.h

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3PHYML :  a program that  computes maximum likelihood  phylogenies from
4DNA or AA homologous sequences
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6Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward
7
8All parts of  the source except where indicated  are distributed under
9the GNU public licence.  See http://www.opensource.org for details.
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13#ifndef OPTIMIZ_H
14#define OPTIMIZ_H
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16void      Optimiz_Ext_Br(arbre *tree);
17void      Optimize_Alpha(arbre *tree);
18void      Optimize_Kappa(arbre *tree);
19void      Optimize_Lambda(arbre *tree);
20void      Optimize_Param_Parall(arbre *tree);
21double    Br_Len_NR(arbre *tree,allseq *alldata,edge *b_fcus, int n_passes);
22double    Optimize_Branch_Quad(arbre *tree, allseq *alldata, edge *b_fcus);
23void      Optimize_After_Hide(arbre *tree, allseq *alldata, node *h);
24void      Round_Optimize(arbre *tree, allseq *data);
25void      Print_Lk_Progress(arbre *tree, double lk_new, double lk_old, int n_iter);
26int       Dist_Seq_Brak(double *ax, double *bx, double *cx, 
27                        double *fa, double *fb, double *fc, 
28                        allseq *data, int num1, int num2, model *mod);
29double    Dist_Seq_Brent(double ax, double bx, double cx, double tol, 
30                         double *xmin, allseq *data, 
31                         int num1, int num2, model *mod);
32double    Optimize_One_Dist(allseq *data, int numseq1, int numseq2, 
33                            double init_dist, model *mod);
34double    Kappa_Golden(double ax, double bx, double cx, double tol, 
35                       double *xmin, arbre *tree, allseq *alldata);
36double    Lambda_Golden(double ax, double bx, double cx, double tol, 
37                        double *xmin, arbre *tree, allseq *alldata);
38double    Alpha_Golden_Br_Opt(double ax, double bx, double cx, double tol, 
39                              double *xmin, arbre *tree, allseq *alldata, 
40                              int n_opt, double *init_l);
41double    Alpha_Golden(double ax, double bx, double cx, double tol,double *xmin, 
42                       arbre *tree, allseq *alldata);
43double    Br_Len_Golden(double ax, double bx, double cx, double tol, 
44                        double *xmin, edge *b_fcus, arbre *tree);
45double    Br_Len_Brent(double ax, double bx, double cx, double tol, 
46                       double *xmin, edge *b_fcus, arbre *tree, int n_iter_max);
47int       Br_Len_Brak(double *ax, double *bx, double *cx, 
48                      double *fa, double *fb, double *fc, 
49                      edge *b_fcus, arbre *tree);
50double    Optimize_Path_Length(model *mod, allseq *alldata, edge *a, 
51                               int lra, edge *b, int lrb, double i_len);
52void      Optimize_Param_Serie(node *a, node *d, edge *b_fcus, arbre *tree, 
53                               allseq *alldata, int n_passes);
54double    Optimize_Dist(model *mod, double init, allseq *twoseqs);
55double    Pinvar_Golden(double ax, double bx, double cx, double tol, 
56                        double *xmin, arbre *tree, allseq *alldata, int n_iter_max);
57void      Optimize_Pinvar(arbre *tree);
58int       Lambda_Brak(double *ax, double *bx, double *cx, 
59                      double *fa, double *fb, double *fc, 
60                      arbre *tree);
61int       Kappa_Brak(double *ax, double *bx, double *cx, 
62                      double *fa, double *fb, double *fc, 
63                      arbre *tree);
64int       Alpha_Brak(double *ax, double *bx, double *cx, 
65                      double *fa, double *fb, double *fc, 
66                      arbre *tree);
67int       Pinvar_Brak(double *ax, double *bx, double *cx, 
68                      double *fa, double *fb, double *fc, 
69                      arbre *tree);
70void Optimiz_All_Free_Param(arbre *tree, int verbose);
71void      Optimiz_RRparam_GTR(arbre *tree, int num_param);
72double    RRparam_GTR_Golden(double ax, double bx, double cx, double tol, 
73                             double *xmin, arbre *tree, allseq *alldata, double *param, int n_iter_max);
74
75int Powell_GTR_Param(arbre *tree, double *p, int n, double ftol);
76double Linmin_GTR_Param(arbre *tree,double *p, double *xi, int n);
77double F1dim(arbre *tree, double x, double *p, double *xi, double n);
78int Mnbrak_1dim(double *ax, double *bx, double *cx, 
79                double *fa, double *fb, double *fc,
80                arbre *tree,
81                double *p,  double *xi, double n);
82double Brent_1dim(double ax, double bx, double cx, 
83                  double tol, double *xmin,
84                  arbre *tree,
85                  double *p, double *xi, double n);
86
87int Min_With_Derivatives(arbre *tree, double *p, int n, double ftol, double step_size, 
88                         double (*func) (), void (*dfunc)(), double (*linmin)());
89void BFGS(arbre *tree, double *p, int n, double gtol, double step_size,
90          double(*func)(), void (*dfunc)(), void (*lnsrch)(),int *failed);
91void Lnsrch_RR_Param(arbre *tree, int n, double *xold, double fold, double *g, double *p, double *x,
92                double *f, double stpmax, int *check);
93void Optimize_Single_Param_Generic(arbre *tree, double *param, 
94                                   double start, 
95                                   double lim_inf, double lim_sup,
96                                   int n_max_iter);
97int Generic_Brak(double *param,
98                 double *ax, double *bx, double *cx, 
99                 double *fa, double *fb, double *fc,
100                 double lim_inf, double lim_sup,
101                 arbre *tree);
102double Generic_Brent(double *param, 
103                     double ax, double bx, double cx, double tol, 
104                     double *xmin, arbre *tree, int n_iter_max);
105void Optimize_Br_Len_Serie(node *a, node *d, edge *b_fcus, 
106                           arbre *tree,allseq *alldata, int n_passes);
107void Lnsrch_Nucleotide_Frequencies(arbre *tree, int n, double *xold, 
108                                   double fold, double *g, double *p, double *x,
109                                   double *f, double stpmax, int *check);
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111void Optimize_Global_Rate(arbre *tree);
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114
115#endif
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Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.