source: branches/profile/ISLAND_HOPPING/trnsprob.h

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1// ============================================================= //
2//                                                               //
3//   File      : trnsprob.h                                      //
4//   Purpose   :                                                 //
5//                                                               //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)     //
7//   http://www.arb-home.de/                                     //
8//                                                               //
9// ============================================================= //
10
11#ifndef TRNSPROB_H
12#define TRNSPROB_H
13
14
15#define MAXEDGE 1.2
16
17#define ATOLPARAM 0.0001
18#define RTOLPARAM 0.001
19
20enum {T,C,A,G,N,N1,N2};
21enum {REV,TN93,HKY85};
22
23char encodeBase(char c);
24char decodeBase(char c);
25
26void normalizeBaseFreqs(double *F,double fT,double fC,double fA,double fG);
27void normalizeRateParams(double *X,double a,double b,double c,double d,double e,double f);
28
29void initTrnsprob(double ****PP);
30void uninitTrnsprob(double ****PP);
31
32void getTrnsprob(double **P,double ***PP,double d);
33
34void updateTrnsprob(double ***PP,double *F,double *X,short M);
35
36
37#else
38#error trnsprob.h included twice
39#endif // TRNSPROB_H
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.