source: branches/profile/NTREE/NT_extern.cxx

Last change on this file was 12884, checked in by westram, 10 years ago
  • implements #22 ("expand zombies")
    • DRYed NT- and PARSIMONY-'collapse/expand'-submenu
      • provides 'collapse terminal' to PARSIMONY (missing there)
    • merged all helpfiles concerning collapse/expand into one
      • fixes missing help for 'collapse terminal'
    • added 'expand any color group'
    • expand/collapse-callbacks
      • renamed
      • hide externally unused inside TREEDISP
  • other help updates
    • zombies → glossary
    • group mode
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 74.5 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : NT_extern.cxx                                     //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "map_viewer.h"
12#include "NT_local.h"
13#include "ad_trees.h"
14
15#include <seq_quality.h>
16#include <multi_probe.hxx>
17#include <st_window.hxx>
18#include <GEN.hxx>
19#include <EXP.hxx>
20
21#include <TreeCallbacks.hxx>
22#include <AW_rename.hxx>
23#include <probe_design.hxx>
24#include <primer_design.hxx>
25#include <gde.hxx>
26#include <awtc_submission.hxx>
27
28#include <awti_export.hxx>
29
30#include <awt.hxx>
31#include <macros.hxx>
32#include <awt_config_manager.hxx>
33#include <awt_input_mask.hxx>
34#include <awt_sel_boxes.hxx>
35#include <awt_www.hxx>
36#include <awt_TreeAwars.hxx>
37#include <nds.h>
38
39#include <db_query.h>
40#include <dbui.h>
41
42#include <aw_advice.hxx>
43#include <aw_preset.hxx>
44#include <aw_awars.hxx>
45#include <aw_global_awars.hxx>
46#include <aw_file.hxx>
47#include <aw_msg.hxx>
48#include <arb_progress.h>
49#include <aw_root.hxx>
50#include <aw_question.hxx>
51#include <arb_strbuf.h>
52#include <arb_strarray.h>
53#include <arb_file.h>
54#include <ad_cb.h>
55
56#include <arb_version.h>
57#include <refentries.h>
58#include <rootAsWin.h>
59#include <insdel.h>
60
61#define AWAR_EXPORT_NDS             "tmp/export_nds"
62#define AWAR_EXPORT_NDS_SEPARATOR   AWAR_EXPORT_NDS "/separator"
63#define AWAR_MARKED_SPECIES_COUNTER "tmp/disp_marked_species"
64#define AWAR_NTREE_TITLE_MODE       "tmp/title_mode"
65
66void create_probe_design_variables(AW_root *aw_root, AW_default def, AW_default global);
67
68void       create_insertDeleteColumn_variables(AW_root *root, AW_default db1);
69AW_window *create_insertDeleteColumn_window(AW_root *root);
70AW_window *create_insertDeleteBySAI_window(AW_root *root, GBDATA *gb_main);
71
72AW_window *create_tree_window(AW_root *aw_root, AWT_graphic *awd);
73
74static void nt_changesecurity(AW_root *aw_root) {
75    int level = aw_root->awar(AWAR_SECURITY_LEVEL)->read_int();
76    GB_push_transaction(GLOBAL.gb_main);
77    GB_change_my_security(GLOBAL.gb_main, level);
78    GB_pop_transaction(GLOBAL.gb_main);
79}
80
81static void export_nds_cb(AW_window *aww, AW_CL print_flag) {
82    AW_root *aw_root = aww->get_root();
83    char    *name    = aw_root->awar(AWAR_EXPORT_NDS"/file_name")->read_string();
84    FILE    *out     = fopen(name, "w");
85
86    if (!out) {
87        aw_message("Error: Cannot open and write to file");
88    }
89    else {
90        GB_transaction ta(GLOBAL.gb_main);
91
92        make_node_text_init(GLOBAL.gb_main);
93        NDS_Type  nds_type  = (NDS_Type)aw_root->awar(AWAR_EXPORT_NDS_SEPARATOR)->read_int();
94        char     *tree_name = aw_root->awar(AWAR_TREE)->read_string();
95
96        for (GBDATA *gb_species = GBT_first_marked_species(GLOBAL.gb_main);
97             gb_species;
98             gb_species = GBT_next_marked_species(gb_species))
99        {
100            const char *buf = make_node_text_nds(GLOBAL.gb_main, gb_species, nds_type, 0, tree_name);
101            fprintf(out, "%s\n", buf);
102        }
103        AW_refresh_fileselection(aw_root, AWAR_EXPORT_NDS);
104        fclose(out);
105        if (print_flag) {
106            GB_ERROR error = GB_textprint(name);
107            if (error) aw_message(error);
108        }
109        free(tree_name);
110    }
111    free(name);
112}
113
114static AW_window *create_nds_export_window(AW_root *root) {
115    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
116    aws->init(root, "EXPORT_NDS_OF_MARKED", "EXPORT NDS OF MARKED SPECIES");
117    aws->load_xfig("sel_box_nds.fig");
118
119    aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
120    aws->at("close");
121    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
122
123    aws->callback(makeHelpCallback("arb_export_nds.hlp"));
124    aws->at("help");
125    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
126
127    aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
128    aws->at("cancel");
129    aws->create_button("CLOSE", "CANCEL", "C");
130
131    aws->at("save");
132    aws->callback(export_nds_cb, 0);
133    aws->create_button("SAVE", "SAVE", "S");
134
135    aws->at("print");
136    aws->callback(export_nds_cb, 1);
137    aws->create_button("PRINT", "PRINT", "P");
138
139    aws->at("toggle1");
140    aws->label("Column output");
141    aws->create_option_menu(AWAR_EXPORT_NDS_SEPARATOR, true);
142    aws->insert_default_option("Space padded",    "S", NDS_OUTPUT_SPACE_PADDED);
143    aws->insert_option        ("TAB separated",   "T", NDS_OUTPUT_TAB_SEPARATED);
144    aws->insert_option        ("Comma separated", "C", NDS_OUTPUT_COMMA_SEPARATED);
145    aws->update_option_menu();
146
147    AW_create_standard_fileselection(aws, AWAR_EXPORT_NDS);
148
149    return aws;
150}
151
152static void create_export_nds_awars(AW_root *awr, AW_default def)
153{
154    AW_create_fileselection_awars(awr, AWAR_EXPORT_NDS, "", ".nds", "export.nds");
155    awr->awar_int(AWAR_EXPORT_NDS_SEPARATOR, NDS_OUTPUT_SPACE_PADDED, def);
156}
157
158static void AWAR_INFO_BUTTON_TEXT_change_cb(AW_root *awr) {
159    char *value = awr->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->read_string();
160    awr->awar(AWAR_INFO_BUTTON_TEXT)->write_string(value[0] ? value : "Species Info");
161    free(value);
162}
163
164static void expert_mode_changed_cb(AW_root *aw_root) {
165    aw_root->awar(AWAR_AWM_MASK)->write_int(aw_root->awar(AWAR_EXPERT)->read_int() ? AWM_ALL : AWM_BASIC); // publish expert-mode globally
166}
167
168static void NT_toggle_expert_mode(AW_window *aww, AW_CL, AW_CL) { aww->get_root()->awar(AWAR_EXPERT)->toggle_toggle(); }
169static void NT_toggle_focus_policy(AW_window *aww, AW_CL, AW_CL) { aww->get_root()->awar(AWAR_AW_FOCUS_FOLLOWS_MOUSE)->toggle_toggle(); }
170
171static void nt_create_all_awars(AW_root *awr, AW_default def) {
172    // creates awars for all modules reachable from ARB_NT main window
173
174    awr->awar_string(AWAR_FOOTER, "", def);
175    if (GB_read_clients(GLOBAL.gb_main)>=0) {
176        awr->awar_string(AWAR_TREE, "", GLOBAL.gb_main);
177    }
178    else {
179        awr->awar_string(AWAR_TREE, "", def);
180    }
181
182    awr->awar_string(AWAR_SPECIES_NAME, "",     GLOBAL.gb_main);
183    awr->awar_string(AWAR_SAI_NAME, "",     GLOBAL.gb_main);
184    awr->awar_string(AWAR_SAI_GLOBAL, "",     GLOBAL.gb_main);
185    awr->awar_string(AWAR_MARKED_SPECIES_COUNTER, "unknown",    GLOBAL.gb_main);
186    awr->awar_string(AWAR_INFO_BUTTON_TEXT, "Species Info",    GLOBAL.gb_main);
187    awr->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->add_callback(AWAR_INFO_BUTTON_TEXT_change_cb);
188    awr->awar_int(AWAR_NTREE_TITLE_MODE, 1);
189
190    awr->awar_string(AWAR_SAI_COLOR_STR, "", GLOBAL.gb_main); // sai visualization in probe match
191
192    GEN_create_awars(awr, def, GLOBAL.gb_main);
193    EXP_create_awars(awr, def, GLOBAL.gb_main);
194#if defined(DEBUG)
195    AWT_create_db_browser_awars(awr, def);
196#endif // DEBUG
197
198    AW_create_namesadmin_awars(awr, GLOBAL.gb_main);
199
200    awr->awar_int(AWAR_SECURITY_LEVEL, 0, def);
201    awr->awar(AWAR_SECURITY_LEVEL)->add_callback(nt_changesecurity);
202#if defined(DEBUG) && 0
203    awr->awar(AWAR_SECURITY_LEVEL)->write_int(6); // no security for debugging..
204#endif // DEBUG
205
206    create_insertDeleteColumn_variables(awr, def);
207    create_probe_design_variables(awr, def, GLOBAL.gb_main);
208    create_primer_design_variables(awr, def, GLOBAL.gb_main);
209    create_trees_var(awr, def);
210    DBUI::create_dbui_awars(awr, def);
211    AP_create_consensus_var(awr, def);
212    {
213        GB_ERROR gde_err = GDE_init(awr, def, GLOBAL.gb_main, 0, ARB_format_alignment, GDE_WINDOWTYPE_DEFAULT, 0);
214        if (gde_err) GBK_terminatef("Fatal: %s", gde_err);
215    }
216    NT_create_transpro_variables(awr, def);
217    NT_create_resort_awars(awr, def);
218    NT_create_trackAliChanges_Awars(awr, GLOBAL.gb_main);
219
220    NT_create_alignment_vars(awr, def, GLOBAL.gb_main);
221    NT_create_extendeds_vars(awr, def, GLOBAL.gb_main);
222    create_nds_vars(awr, def, GLOBAL.gb_main);
223    create_export_nds_awars(awr, def);
224    awt_create_dtree_awars(awr, GLOBAL.gb_main);
225
226    awr->awar_string(AWAR_ERROR_MESSAGES, "", GLOBAL.gb_main);
227    awr->awar_string(AWAR_DB_COMMENT, "<no description>", GLOBAL.gb_main);
228
229    AWTC_create_submission_variables(awr, GLOBAL.gb_main);
230    NT_createConcatenationAwars(awr, def);
231    NT_createValidNamesAwars(awr, def); // lothar
232    SQ_create_awars(awr, def);
233    RefEntries::create_refentries_awars(awr, def);
234
235    NT_create_multifurcate_tree_awars(awr, def);
236
237    GB_ERROR error = ARB_bind_global_awars(GLOBAL.gb_main);
238    if (!error) {
239        AW_awar *awar_expert = awr->awar(AWAR_EXPERT);
240        awar_expert->add_callback(expert_mode_changed_cb);
241        awar_expert->touch();
242
243        awt_create_aww_vars(awr, def);
244    }
245
246    if (error) aw_message(error);
247}
248
249// --------------------------------------------------------------------------------
250
251bool nt_disconnect_from_db(AW_root *aw_root, GBDATA*& gb_main_ref) {
252    // ask user if DB was not saved
253    // returns true if user allows to quit
254
255    // @@@ code here could as well be applied to both merge DBs
256    // - question about saving only with target DB!
257
258    if (gb_main_ref) {
259        if (GB_read_clients(gb_main_ref)>=0) {
260            if (GB_read_clock(gb_main_ref) > GB_last_saved_clock(gb_main_ref)) {
261                long secs;
262                secs = GB_last_saved_time(gb_main_ref);
263
264#if defined(DEBUG)
265                secs =  GB_time_of_day(); // simulate "just saved"
266#endif // DEBUG
267
268                const char *quit_buttons = "Quit ARB,Do NOT quit";
269                if (secs) {
270                    secs = GB_time_of_day() - secs;
271                    if (secs>10) {
272                        char *question = GBS_global_string_copy("You last saved your data %li:%li minutes ago\nSure to quit ?", secs/60, secs%60);
273                        int   dontQuit = aw_question("quit_arb", question, quit_buttons);
274                        free(question);
275                        if (dontQuit) {
276                            return false;
277                        }
278                    }
279                }
280                else {
281                    if (aw_question("quit_arb", "You never saved any data\nSure to quit ???", quit_buttons)) {
282                        return false;
283                    }
284                }
285            }
286        }
287
288        GBCMS_shutdown(gb_main_ref);
289
290        GBDATA *gb_main = gb_main_ref;
291        gb_main_ref     = NULL;                  // avoid further usage
292
293        nt_assert(aw_root);
294#if defined(WARN_TODO)
295#warning instead of directly calling the following functions, try to add them as GB_atclose-callbacks
296#endif
297        aw_root->unlink_awars_from_DB(gb_main);
298        AWT_destroy_input_masks();
299#if defined(DEBUG)
300        AWT_browser_forget_db(gb_main);
301#endif // DEBUG
302
303        GB_close(gb_main);
304    }
305    return true;
306}
307
308static void nt_run(const char *command) {
309    GB_ERROR error = GBK_system(command);
310    if (error) {
311        fprintf(stderr, "nt_run: Failed to run '%s' (Reason: %s)\n", command, error);
312#if defined(DEBUG)
313        GBK_dump_backtrace(stderr, "nt_run-error");
314#endif
315    }
316}
317
318void NT_start(const char *arb_ntree_args, bool restart_with_new_ARB_PID) {
319    char *command = GBS_global_string_copy("arb_launcher --async %s %s", restart_with_new_ARB_PID ? "arb" : "arb_ntree", arb_ntree_args);
320    nt_run(command);
321    free(command);
322}
323
324__ATTR__NORETURN static void really_exit(int exitcode, bool kill_my_clients) {
325    if (kill_my_clients) {
326        nt_run("(arb_clean session; echo ARB done) &"); // kills all clients
327    }
328    exit(exitcode);
329}
330
331void NT_exit(AW_window *aws, AW_CL exitcode) {
332    AW_root *aw_root = aws->get_root();
333    shutdown_macro_recording(aw_root);
334    bool is_server_and_has_clients = GLOBAL.gb_main && GB_read_clients(GLOBAL.gb_main)>0;
335    if (nt_disconnect_from_db(aw_root, GLOBAL.gb_main)) {
336        really_exit(exitcode, is_server_and_has_clients);
337    }
338}
339void NT_restart(AW_root *aw_root, const char *arb_ntree_args) {
340    // restarts arb_ntree (with new ARB_PID)
341    bool is_server_and_has_clients = GLOBAL.gb_main && GB_read_clients(GLOBAL.gb_main)>0;
342    if (nt_disconnect_from_db(aw_root, GLOBAL.gb_main))  {
343        NT_start(arb_ntree_args, true);
344        really_exit(EXIT_SUCCESS, is_server_and_has_clients);
345    }
346}
347
348static void nt_start_2nd_arb(AW_window *aww, AW_CL cl_quit) {
349    // start 2nd arb with intro window
350    AW_root *aw_root = aww->get_root();
351    char    *dir4intro;
352    GB_split_full_path(aw_root->awar(AWAR_DB_PATH)->read_char_pntr(), &dir4intro, NULL, NULL, NULL);
353    if (!dir4intro) {
354        dir4intro = strdup(".");
355    }
356
357    if (cl_quit) {
358        NT_restart(aw_root, dir4intro);
359    }
360    else {
361        NT_start(dir4intro, true);
362    }
363    free(dir4intro);
364}
365
366// --------------------------------------------------------------------------------
367
368static void NT_save_quick_cb(AW_window *aww) {
369    AW_root *awr      = aww->get_root();
370    char    *filename = awr->awar(AWAR_DB_PATH)->read_string();
371
372    awr->dont_save_awars_with_default_value(GLOBAL.gb_main);
373
374    GB_ERROR error = GB_save_quick(GLOBAL.gb_main, filename);
375    free( filename);
376    if (error) aw_message(error);
377    else       AW_refresh_fileselection(awr, "tmp/nt/arbdb");
378}
379
380
381static void NT_save_quick_as_cb(AW_window *aww) {
382    AW_root  *awr      = aww->get_root();
383    char     *filename = awr->awar(AWAR_DB_PATH)->read_string();
384    GB_ERROR  error    = GB_save_quick_as(GLOBAL.gb_main, filename);
385    if (!error) AW_refresh_fileselection(awr, "tmp/nt/arbdb");
386    aww->hide_or_notify(error);
387
388    free(filename);
389}
390static void NT_save_as_cb(AW_window *aww) {
391    AW_root *awr      = aww->get_root();
392    char    *filename = awr->awar(AWAR_DB_PATH)->read_string();
393    char    *filetype = awr->awar(AWAR_DB_TYPE)->read_string();
394
395    awr->dont_save_awars_with_default_value(GLOBAL.gb_main);
396    GB_ERROR error = GB_save(GLOBAL.gb_main, filename, filetype);
397    if (!error) AW_refresh_fileselection(awr, "tmp/nt/arbdb");
398    aww->hide_or_notify(error);
399
400    free(filetype);
401    free(filename);
402}
403
404static AW_window *NT_create_save_quick_as_window(AW_root *aw_root, const char *base_name) {
405    static AW_window_simple *aws = 0;
406    if (!aws) {
407        aws = new AW_window_simple;
408        aws->init(aw_root, "SAVE_CHANGES_TO", "SAVE CHANGES TO");
409        aws->load_xfig("save_as.fig");
410
411        aws->at("close"); aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
412        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
413
414        aws->callback(makeHelpCallback("save.hlp"));
415        aws->at("help");
416        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
417
418        AW_create_standard_fileselection(aws, base_name);
419
420        aws->at("comment");
421        aws->create_text_field(AWAR_DB_COMMENT);
422
423        aws->at("save"); aws->callback(NT_save_quick_as_cb);
424        aws->create_button("SAVE", "SAVE", "S");
425    }
426    return aws;
427}
428
429static void NT_database_optimization(AW_window *aww) {
430    arb_progress progress("Optimizing database compression", 2);
431
432    GB_push_my_security(GLOBAL.gb_main);
433    GB_ERROR error = GB_begin_transaction(GLOBAL.gb_main);
434    if (!error) {
435        ConstStrArray ali_names;
436        GBT_get_alignment_names(ali_names, GLOBAL.gb_main);
437
438        arb_progress ali_progress("Optimizing sequence data", ali_names.size());
439        ali_progress.allow_title_reuse();
440
441        error = GBT_check_data(GLOBAL.gb_main, 0);
442        error = GB_end_transaction(GLOBAL.gb_main, error);
443
444        if (!error) {
445            char *tree_name = aww->get_root()->awar("tmp/nt/arbdb/optimize_tree_name")->read_string();
446            for (int i = 0; ali_names[i]; ++i) {
447                error = GBT_compress_sequence_tree2(GLOBAL.gb_main, tree_name, ali_names[i]);
448                ali_progress.inc_and_check_user_abort(error);
449            }
450            free(tree_name);
451        }
452    }
453    progress.inc_and_check_user_abort(error);
454
455    if (!error) {
456        error = GB_optimize(GLOBAL.gb_main);
457        progress.inc_and_check_user_abort(error);
458    }
459
460    GB_pop_my_security(GLOBAL.gb_main);
461    aww->hide_or_notify(error);
462}
463
464static AW_window *NT_create_database_optimization_window(AW_root *aw_root) {
465    static AW_window_simple *aws = 0;
466    if (aws) return (AW_window *)aws;
467    GB_transaction ta(GLOBAL.gb_main);
468
469    const char *largest_tree = GBT_name_of_largest_tree(GLOBAL.gb_main);
470    aw_root->awar_string("tmp/nt/arbdb/optimize_tree_name", largest_tree);
471
472    aws = new AW_window_simple;
473    aws->init(aw_root, "OPTIMIZE_DATABASE", "Optimize database compression");
474    aws->load_xfig("optimize.fig");
475
476    aws->at("trees");
477    awt_create_TREE_selection_list(GLOBAL.gb_main, aws, "tmp/nt/arbdb/optimize_tree_name", true);
478
479    aws->at("close"); aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
480    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
481
482    aws->callback(makeHelpCallback("optimize.hlp"));
483    aws->at("help");
484    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
485
486    aws->at("go");
487    aws->callback(NT_database_optimization);
488    aws->create_button("GO", "GO");
489    return aws;
490}
491
492static AW_window *NT_create_save_as(AW_root *aw_root, const char *base_name)
493{
494    static AW_window_simple *aws = 0;
495    if (aws) return (AW_window *)aws;
496
497    aws = new AW_window_simple;
498    aws->init(aw_root, "SAVE_DB", "SAVE ARB DB");
499    aws->load_xfig("save_as.fig");
500
501    aws->at("close"); aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
502    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
503
504    aws->callback(makeHelpCallback("save.hlp"));
505    aws->at("help");
506    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
507
508    AW_create_standard_fileselection(aws, base_name);
509
510    aws->at("type");
511    aws->label("Type ");
512    aws->create_option_menu(AWAR_DB_TYPE, true);
513    aws->insert_option("Binary", "B", "b");
514    aws->insert_option("Bin (with FastLoad File)", "f", "bm");
515    aws->insert_default_option("Ascii", "A", "a");
516    aws->update_option_menu();
517
518    aws->at("optimize");
519    aws->callback(NT_create_database_optimization_window);
520    aws->help_text("optimize.hlp");
521    aws->create_autosize_button("OPTIMIZE", "Optimize database compression");
522
523    aws->at("save"); aws->callback(NT_save_as_cb);
524    aws->create_button("SAVE", "SAVE", "S");
525
526    aws->at("comment");
527    aws->create_text_field(AWAR_DB_COMMENT);
528
529    return aws;
530}
531
532static void NT_undo_cb(AW_window *, AW_CL undo_type, AW_CL ntw) {
533    GB_ERROR error = GB_undo(GLOBAL.gb_main, (GB_UNDO_TYPE)undo_type);
534    if (error) aw_message(error);
535    else {
536        GB_transaction ta(GLOBAL.gb_main);
537        ((AWT_canvas *)ntw)->refresh();
538    }
539}
540
541static AWT_config_mapping_def tree_setting_config_mapping[] = {
542    { AWAR_DTREE_BASELINEWIDTH,    "line_width" },
543    { AWAR_DTREE_VERICAL_DIST,     "vert_dist" },
544    { AWAR_DTREE_AUTO_JUMP,        "auto_jump" },
545    { AWAR_DTREE_AUTO_JUMP_TREE,   "auto_jump_tree" },
546    { AWAR_DTREE_SHOW_CIRCLE,      "show_circle" },
547    { AWAR_DTREE_SHOW_BRACKETS,    "show_brackets" },
548    { AWAR_DTREE_USE_ELLIPSE,      "use_ellipse" },
549    { AWAR_DTREE_CIRCLE_ZOOM,      "circle_zoom" },
550    { AWAR_DTREE_CIRCLE_MAX_SIZE,  "circle_max_size" },
551    { AWAR_DTREE_GREY_LEVEL,       "grey_level" },
552    { AWAR_DTREE_DENDRO_ZOOM_TEXT, "dendro_zoomtext" },
553    { AWAR_DTREE_DENDRO_XPAD,      "dendro_xpadding" },
554    { AWAR_DTREE_RADIAL_ZOOM_TEXT, "radial_zoomtext" },
555    { AWAR_DTREE_RADIAL_XPAD,      "radial_xpadding" },
556    { 0, 0 }
557};
558
559static char *tree_setting_store_config(AW_CL,  AW_CL) {
560    AWT_config_definition cdef(tree_setting_config_mapping);
561    return cdef.read();
562}
563static void tree_setting_restore_config(const char *stored_string, AW_CL,  AW_CL) {
564    AWT_config_definition cdef(tree_setting_config_mapping);
565    cdef.write(stored_string);
566}
567
568static AW_window *NT_create_tree_settings_window(AW_root *aw_root) {
569    static AW_window_simple *aws = 0;
570    if (!aws) {
571        aws = new AW_window_simple;
572        aws->init(aw_root, "TREE_PROPS", "TREE SETTINGS");
573        aws->load_xfig("awt/tree_settings.fig");
574
575        aws->at("close");
576        aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
577        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
578
579        aws->at("help");
580        aws->callback(makeHelpCallback("nt_tree_settings.hlp"));
581        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
582
583        aws->at("button");
584        aws->auto_space(10, 10);
585        aws->label_length(30);
586
587        aws->label("Base line width");
588        aws->create_input_field(AWAR_DTREE_BASELINEWIDTH, 4);
589        aws->at_newline();
590
591        aws->label("Relative vertical distance");
592        aws->create_input_field(AWAR_DTREE_VERICAL_DIST, 4);
593        aws->at_newline();
594
595        TREE_insert_jump_option_menu(aws, "On species change", AWAR_DTREE_AUTO_JUMP);
596        TREE_insert_jump_option_menu(aws, "On tree change",    AWAR_DTREE_AUTO_JUMP_TREE);
597
598        aws->label("Show group brackets");
599        aws->create_toggle(AWAR_DTREE_SHOW_BRACKETS);
600        aws->at_newline();
601
602        aws->label("Show bootstrap circles");
603        aws->create_toggle(AWAR_DTREE_SHOW_CIRCLE);
604        aws->at_newline();
605
606        aws->label("Use ellipses");
607        aws->create_toggle(AWAR_DTREE_USE_ELLIPSE);
608        aws->at_newline();
609
610        aws->label("Bootstrap circle zoom factor");
611        aws->create_input_field(AWAR_DTREE_CIRCLE_ZOOM, 4);
612        aws->at_newline();
613
614        aws->label("Boostrap radius limit");
615        aws->create_input_field(AWAR_DTREE_CIRCLE_MAX_SIZE, 4);
616        aws->at_newline();
617
618        aws->label("Grey Level of Groups%");
619        aws->create_input_field(AWAR_DTREE_GREY_LEVEL, 4);
620        aws->at_newline();
621
622        aws->label("Text zoom/pad (dendro)");
623        aws->create_toggle(AWAR_DTREE_DENDRO_ZOOM_TEXT);
624        aws->create_input_field(AWAR_DTREE_DENDRO_XPAD, 4);
625        aws->at_newline();
626
627        aws->label("Text zoom/pad (radial)");
628        aws->create_toggle(AWAR_DTREE_RADIAL_ZOOM_TEXT);
629        aws->create_input_field(AWAR_DTREE_RADIAL_XPAD, 4);
630        aws->at_newline();
631
632        aws->at("config");
633        AWT_insert_config_manager(aws, AW_ROOT_DEFAULT, "tree_settings", tree_setting_store_config, tree_setting_restore_config, 0, 0);
634    }
635    return aws;
636}
637
638enum streamSource { FROM_PIPE, FROM_FILE };
639static char *stream2str(streamSource source, const char *commandOrFile) {
640    char *output = 0;
641    FILE *in     = 0;
642
643    switch (source) {
644        case FROM_PIPE: in = popen(commandOrFile, "r"); break;
645        case FROM_FILE: in = fopen(commandOrFile, "rt"); break;
646    }
647
648    if (in) {
649        GBS_strstruct *out = GBS_stropen(2000);
650        int c;
651
652        while (EOF != (c = fgetc(in))) GBS_chrcat(out, c);
653
654        switch (source) {
655            case FROM_PIPE: pclose(in); break;
656            case FROM_FILE: fclose(in); break;
657        }
658
659        // skip trailing linefeeds
660        long offset = GBS_memoffset(out);
661        while (offset>0 && GBS_mempntr(out)[offset-1] == '\n') {
662            GBS_str_cut_tail(out, 1);
663            offset--;
664        }
665
666        output = GBS_strclose(out);
667    }
668    return output;
669}
670
671inline void removeTrailingNewlines(char *str) {
672    char *eos = strchr(str, 0)-1;
673    while (eos >= str && eos[0] == '\n') *eos-- = 0;
674}
675
676inline void append_named_value(GBS_strstruct *out, const char *prefix, const char *value) {
677    GBS_strcat(out, GBS_global_string("%-*s: %s\n", 12, prefix, value));
678}
679inline void append_command_output(GBS_strstruct *out, const char *prefix, const char *command) {
680    char *output = stream2str(FROM_PIPE, command);
681    if (output) {
682        removeTrailingNewlines(output);
683        if (strcmp(output, "unknown") != 0) append_named_value(out, prefix, output);
684        free(output);
685    }
686}
687
688static void NT_modify_cb(UNFIXED, AWT_canvas *canvas, AWT_COMMAND_MODE mode) {
689    DBUI::popup_species_info_window(canvas->awr, canvas->gb_main);
690    nt_mode_event(NULL, canvas, mode);
691}
692
693static void NT_primer_cb() {
694    GB_ERROR error = GB_xcmd("arb_primer", true, false);
695    if (error) aw_message(error);
696}
697
698static void NT_mark_duplicates(UNFIXED, AWT_canvas *ntw) {
699    AP_tree *tree_root = AWT_TREE(ntw)->get_root_node();
700    if (tree_root) {
701        GB_transaction ta(ntw->gb_main);
702        NT_mark_all_cb(NULL, ntw, 0);
703
704        tree_root->mark_duplicates();
705        tree_root->compute_tree();
706        ntw->refresh();
707    }
708}
709
710static void NT_justify_branch_lenghs(UNFIXED, AWT_canvas *ntw) {
711    GB_transaction  ta(ntw->gb_main);
712    AP_tree        *tree_root = AWT_TREE(ntw)->get_root_node();
713
714    if (tree_root) {
715        tree_root->justify_branch_lenghs(ntw->gb_main);
716        tree_root->compute_tree();
717        GB_ERROR error = AWT_TREE(ntw)->save(ntw->gb_main, 0, 0, 0);
718        if (error) aw_message(error);
719        ntw->refresh();
720    }
721}
722
723#if defined(DEBUG)
724static void NT_fix_database(AW_window *) {
725    GB_ERROR err = 0;
726    err = GB_fix_database(GLOBAL.gb_main);
727    if (err) aw_message(err);
728}
729#endif
730
731static void relink_pseudo_species_to_organisms(GBDATA *&ref_gb_node, char *&ref_name, GB_HASH *organism_hash) {
732    if (ref_gb_node) {
733        if (GEN_is_pseudo_gene_species(ref_gb_node)) {
734            GBDATA *gb_organism = GEN_find_origin_organism(ref_gb_node, organism_hash);
735
736            if (gb_organism) {
737                char *name = GBT_read_string(gb_organism, "name");
738
739                if (name) {
740                    freeset(ref_name, name);
741                    ref_gb_node = gb_organism;
742                }
743            }
744        }
745    }
746}
747
748static void NT_pseudo_species_to_organism(AW_window *, AW_CL ntwcl) {
749    AWT_canvas     *ntw       = (AWT_canvas *)ntwcl;
750    GB_transaction  ta(ntw->gb_main);
751    AP_tree        *tree_root = AWT_TREE(ntw)->get_root_node();
752
753    if (tree_root) {
754        GB_HASH *organism_hash = GBT_create_organism_hash(ntw->gb_main);
755        tree_root->relink_tree(ntw->gb_main, relink_pseudo_species_to_organisms, organism_hash);
756        tree_root->compute_tree();
757        GB_ERROR error = AWT_TREE(ntw)->save(ntw->gb_main, 0, 0, 0);
758        if (error) aw_message(error);
759        ntw->refresh();
760        GBS_free_hash(organism_hash);
761    }
762}
763
764
765// #########################################
766// #########################################
767// ###                                   ###
768// ##          user mask section          ##
769// ###                                   ###
770// #########################################
771// #########################################
772
773struct nt_item_type_species_selector : public awt_item_type_selector {
774    nt_item_type_species_selector() : awt_item_type_selector(AWT_IT_SPECIES) {}
775    virtual ~nt_item_type_species_selector() OVERRIDE {}
776
777    virtual const char *get_self_awar() const OVERRIDE {
778        return AWAR_SPECIES_NAME;
779    }
780    virtual size_t get_self_awar_content_length() const OVERRIDE {
781        return 12; // should be enough for "nnaammee.999"
782    }
783    virtual GBDATA *current(AW_root *root, GBDATA *gb_main) const OVERRIDE { // give the current item
784        char           *species_name = root->awar(get_self_awar())->read_string();
785        GBDATA         *gb_species   = 0;
786
787        if (species_name[0]) {
788            GB_transaction ta(gb_main);
789            gb_species = GBT_find_species(gb_main, species_name);
790        }
791
792        free(species_name);
793        return gb_species;
794    }
795    virtual const char *getKeyPath() const OVERRIDE { // give the keypath for items
796        return CHANGE_KEY_PATH;
797    }
798};
799
800static nt_item_type_species_selector item_type_species;
801
802static void NT_open_mask_window(AW_window *aww, int id, GBDATA *gb_main) {
803    const awt_input_mask_descriptor *descriptor = AWT_look_input_mask(id);
804    nt_assert(descriptor);
805    if (descriptor) AWT_initialize_input_mask(aww->get_root(), gb_main, &item_type_species, descriptor->get_internal_maskname(), descriptor->is_local_mask());
806}
807
808static void NT_create_mask_submenu(AW_window_menu_modes *awm) {
809    AWT_create_mask_submenu(awm, AWT_IT_SPECIES, NT_open_mask_window, GLOBAL.gb_main);
810}
811static AW_window *create_colorize_species_window(AW_root *aw_root) {
812    return QUERY::create_colorize_items_window(aw_root, GLOBAL.gb_main, SPECIES_get_selector());
813}
814
815static void NT_update_marked_counter(GBDATA*, AW_window* aww) {
816    /*! Updates marked counter and issues redraw on tree if number of marked species changes.
817     * Called on any change of species_information container.
818     */
819    long        count   = GBT_count_marked_species(GLOBAL.gb_main);
820    const char *buffer  = count ? GBS_global_string("%li marked", count) : "";
821    AW_awar    *counter = aww->get_root()->awar(AWAR_MARKED_SPECIES_COUNTER);
822    char       *oldval  = counter->read_string();
823    if (strcmp(oldval, buffer)) {
824        counter->write_string(buffer);
825        aww->get_root()->awar(AWAR_TREE_REFRESH)->touch();
826    }
827    free(oldval);
828}
829
830// --------------------------------------------------------------------------------------------------
831
832static void NT_alltree_remove_leafs(AW_window *, GBT_TreeRemoveType mode, GBDATA *gb_main) {
833    GB_ERROR       error = 0;
834    GB_transaction ta(gb_main);
835
836    ConstStrArray tree_names;
837    GBT_get_tree_names(tree_names, gb_main, false);
838
839    if (!tree_names.empty()) {
840        int treeCount = tree_names.size();
841
842        const char *whats_removed = NULL;
843        switch (mode) {
844            case GBT_REMOVE_ZOMBIES: whats_removed = "zombies"; break;
845            case GBT_REMOVE_MARKED:  whats_removed = "marked";  break;
846            default: nt_assert(0); break;
847        }
848
849        const char *task = GBS_global_string("Deleting %s from %i trees", whats_removed, treeCount);
850
851        arb_progress  progress(task, treeCount);
852        GB_HASH      *species_hash = GBT_create_species_hash(gb_main);
853
854        int modified = 0;
855
856        for (int t = 0; t<treeCount && !error; t++) {
857            progress.subtitle(tree_names[t]);
858            GBT_TREE *tree = GBT_read_tree(gb_main, tree_names[t], GBT_TREE_NodeFactory());
859            if (!tree) {
860                aw_message(GBS_global_string("Can't load tree '%s' - skipped", tree_names[t]));
861            }
862            else {
863                int removed        = 0;
864                int groups_removed = 0;
865
866                tree = GBT_remove_leafs(tree, mode, species_hash, &removed, &groups_removed);
867
868                nt_assert(removed >= groups_removed);
869
870                if (!tree) {
871                    aw_message(GBS_global_string("'%s' would disappear. Please delete tree manually.", tree_names[t]));
872                }
873                else {
874                    if (removed>0) {
875                        error = GBT_write_tree(gb_main, tree_names[t], tree);
876                        if (error) {
877                            aw_message(GBS_global_string("Failed to write '%s' (Reason: %s)", tree_names[t], error));
878                        }
879                        else {
880                            if (groups_removed>0) {
881                                aw_message(GBS_global_string("Removed %i species and %i groups from '%s'", removed, groups_removed, tree_names[t]));
882                            }
883                            else {
884                                aw_message(GBS_global_string("Removed %i species from '%s'", removed, tree_names[t]));
885                            }
886                            modified++;
887                        }
888                    }
889                    delete tree;
890                }
891            }
892            progress.inc_and_check_user_abort(error);
893        }
894
895        if (modified) {
896            aw_message(GBS_global_string("Changed %i of %i trees.", modified, treeCount));
897        }
898        else {
899            aw_message("No tree modified");
900        }
901
902        GBS_free_hash(species_hash);
903    }
904
905    aw_message_if(ta.close(error));
906}
907
908GBT_TREE *NT_get_tree_root_of_canvas(AWT_canvas *ntw) {
909    AWT_graphic_tree *tree = AWT_TREE(ntw);
910    if (tree) {
911        AP_tree *root = tree->get_root_node();
912        if (root) return root;
913    }
914    return NULL;
915}
916
917// --------------------------------------------------------------------------------------------------
918
919static ARB_ERROR mark_referred_species(GBDATA *gb_main, const DBItemSet& referred) {
920    GB_transaction ta(gb_main);
921    GBT_mark_all(gb_main, 0);
922
923    DBItemSetIter end = referred.end();
924    for (DBItemSetIter s = referred.begin(); s != end; ++s) {
925        GB_write_flag(*s, 1);
926    }
927    return ARB_ERROR();
928}
929
930static AW_window *create_mark_by_refentries_window(AW_root *awr, GBDATA *gbmain) {
931    static AW_window *aws = NULL;
932    if (!aws) {
933        static RefEntries::ReferringEntriesHandler reh(gbmain, SPECIES_get_selector());
934        aws = RefEntries::create_refentries_window(awr, &reh, "markbyref", "Mark by reference", "markbyref.hlp", NULL, "Mark referenced", mark_referred_species);
935    }
936    return aws;
937}
938
939// --------------------------------------------------------------------------------------------------
940
941static void merge_from_to(AW_root *awr, const char *db_awar_name, bool merge_to) {
942    const char *db_name = awr->awar(db_awar_name)->read_char_pntr();
943
944    char *cmd = GBS_global_string_copy(
945        merge_to
946        ? "arb_ntree : %s &"
947        : "arb_ntree %s : &",
948        db_name);
949
950    aw_message_if(GBK_system(cmd));
951    free(cmd);
952}
953
954static void merge_from_cb(AW_window *aww, AW_CL cl_awarNamePtr) { merge_from_to(aww->get_root(), *(const char**)cl_awarNamePtr, false); }
955static void merge_into_cb(AW_window *aww, AW_CL cl_awarNamePtr) { merge_from_to(aww->get_root(), *(const char**)cl_awarNamePtr, true); }
956
957static AW_window *NT_create_merge_from_window(AW_root *awr) {
958    static char *awar_name = NULL; // do not free, bound to callback
959    AW_window *aw_from     =
960        awt_create_load_box(awr, "Merge data from", "other ARB database",
961                            ".", ".arb", &awar_name,
962                            makeWindowCallback(merge_from_cb, AW_CL(&awar_name)));
963    return aw_from;
964}
965static AW_window *NT_create_merge_to_window(AW_root *awr) {
966    static char *awar_name = NULL; // do not free, bound to callback
967    AW_window *aw_to       =
968        awt_create_load_box(awr, "Merge data to", "other ARB database",
969                            ".", ".arb", &awar_name,
970                            makeWindowCallback(merge_into_cb, AW_CL(&awar_name)),
971                            makeWindowCallback(AW_POPDOWN), NULL);
972    return aw_to;
973}
974
975// --------------------------------------------------------------------------------------------------
976
977int NT_get_canvas_id(AWT_canvas *ntw) {
978    // return number of canvas [0..MAX_NT_WINDOWS-1]
979
980    const char *tree_awar_name = ntw->user_awar;
981
982    const unsigned LEN = 15;
983#if defined(ASSERTION_USED)
984    const char *EXPECT = "focus/tree_name";
985#endif
986
987    nt_assert(strlen(EXPECT)                      == LEN);
988    nt_assert(memcmp(tree_awar_name, EXPECT, LEN) == 0);
989
990    int id;
991    switch (tree_awar_name[LEN]) {
992        default :
993            nt_assert(0);
994            // NDEBUG: fallback to 0
995        case 0:
996            id = 0;
997            break;
998
999        case '_':
1000            id = atoi(tree_awar_name+LEN+1);
1001            nt_assert(id >= 1);
1002            break;
1003    }
1004    return id;
1005}
1006
1007static void update_main_window_title(AW_root* awr, AW_window_menu_modes* aww, int clone) {
1008    const char* filename = awr->awar(AWAR_DB_NAME)->read_char_pntr();
1009    if (clone) {
1010        aww->set_window_title(GBS_global_string("%s - ARB (%i)",  filename, clone));
1011    }
1012    else {
1013        aww->set_window_title(GBS_global_string("%s - ARB", filename));
1014    }
1015}
1016
1017static void canvas_tree_awar_changed_cb(AW_awar *, bool, AWT_canvas *ntw) {
1018    NT_reload_tree_event(AW_root::SINGLETON, ntw, true);
1019}
1020
1021// ##########################################
1022// ##########################################
1023// ###                                    ###
1024// ##          create main window          ##
1025// ###                                    ###
1026// ##########################################
1027// ##########################################
1028
1029static AW_window *popup_new_main_window(AW_root *awr, int clone) {
1030    GB_push_transaction(GLOBAL.gb_main);
1031
1032    char        window_title[256];
1033    const char *awar_tree = NULL;
1034
1035    if (clone) {
1036        awar_tree = GB_keep_string(GBS_global_string_copy(AWAR_TREE "_%i", clone));
1037        sprintf(window_title, "ARB_NT_%i", clone);
1038    }
1039    else {
1040        awar_tree = AWAR_TREE;
1041        sprintf(window_title, "ARB_NT");
1042    }
1043    AW_window_menu_modes *awm = new AW_window_menu_modes;
1044    awm->init(awr, window_title, window_title, 0, 0);
1045
1046    awr->awar(AWAR_DB_NAME)
1047       ->add_callback(makeRootCallback(update_main_window_title, awm, clone))
1048       ->update();
1049
1050    awm->button_length(5);
1051
1052    if (!clone) AW_init_color_group_defaults("arb_ntree");
1053
1054    AWT_graphic_tree *tree = NT_generate_tree(awr, GLOBAL.gb_main, launch_MapViewer_cb);
1055
1056    AWT_canvas *ntw;
1057    {
1058        AP_tree_display_type old_sort_type = tree->tree_sort;
1059        tree->set_tree_type(AP_LIST_SIMPLE, NULL); // avoid NDS warnings during startup
1060
1061        ntw = new AWT_canvas(GLOBAL.gb_main, awm, "ARB_NT", tree, awar_tree);
1062        tree->set_tree_type(old_sort_type, ntw);
1063        ntw->set_mode(AWT_MODE_SELECT);
1064    }
1065
1066    {
1067        AW_awar    *tree_awar          = awr->awar_string(awar_tree);
1068        const char *tree_name          = tree_awar->read_char_pntr();
1069        const char *existing_tree_name = GBT_existing_tree(GLOBAL.gb_main, tree_name);
1070
1071        if (existing_tree_name) {
1072            tree_awar->write_string(existing_tree_name);
1073            NT_reload_tree_event(awr, ntw, true); // load first tree
1074        }
1075        else {
1076            AW_advice("Your database contains no tree.", AW_ADVICE_TOGGLE_AND_HELP, 0, "no_tree.hlp");
1077            tree->set_tree_type(AP_LIST_NDS, ntw); // no tree -> show NDS list
1078        }
1079
1080        AWT_registerTreeAwarCallback(tree_awar, makeTreeAwarCallback(canvas_tree_awar_changed_cb, ntw), false);
1081    }
1082
1083    awr->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->add_callback(makeRootCallback(TREE_auto_jump_cb, ntw, false));
1084    awr->awar(AWAR_TREE_NAME)->add_callback(makeRootCallback(TREE_auto_jump_cb, ntw, true));
1085
1086    awr->awar(AWAR_DTREE_VERICAL_DIST)->add_callback(makeRootCallback(AWT_resize_cb, ntw));
1087
1088    RootCallback expose_cb = makeRootCallback(AWT_expose_cb, ntw);
1089    awr->awar(AWAR_DTREE_BASELINEWIDTH)  ->add_callback(expose_cb);
1090    awr->awar(AWAR_DTREE_SHOW_CIRCLE)    ->add_callback(expose_cb);
1091    awr->awar(AWAR_DTREE_SHOW_BRACKETS)  ->add_callback(expose_cb);
1092    awr->awar(AWAR_DTREE_CIRCLE_ZOOM)    ->add_callback(expose_cb);
1093    awr->awar(AWAR_DTREE_CIRCLE_MAX_SIZE)->add_callback(expose_cb);
1094    awr->awar(AWAR_DTREE_USE_ELLIPSE)    ->add_callback(expose_cb);
1095
1096    RootCallback reinit_treetype_cb = makeRootCallback(NT_reinit_treetype, ntw);
1097    awr->awar(AWAR_DTREE_RADIAL_ZOOM_TEXT)->add_callback(reinit_treetype_cb);
1098    awr->awar(AWAR_DTREE_RADIAL_XPAD)     ->add_callback(reinit_treetype_cb);
1099    awr->awar(AWAR_DTREE_DENDRO_ZOOM_TEXT)->add_callback(reinit_treetype_cb);
1100    awr->awar(AWAR_DTREE_DENDRO_XPAD)     ->add_callback(reinit_treetype_cb);
1101
1102    awr->awar(AWAR_TREE_REFRESH)->add_callback(expose_cb);
1103    awr->awar(AWAR_COLOR_GROUPS_USE)->add_callback(makeRootCallback(TREE_recompute_cb, ntw));
1104
1105    GBDATA *gb_arb_presets = GB_search(GLOBAL.gb_main, "arb_presets", GB_CREATE_CONTAINER);
1106    GB_add_callback(gb_arb_presets, GB_CB_CHANGED, makeDatabaseCallback(AWT_expose_cb, ntw));
1107
1108    bool is_genome_db = GEN_is_genome_db(GLOBAL.gb_main, 0); //  is this a genome database ? (default = 0 = not a genom db)
1109
1110    WindowCallback popupinfo_wcb = RootAsWindowCallback::simple(DBUI::popup_species_info_window, GLOBAL.gb_main);
1111
1112    // --------------
1113    //      File
1114
1115#if defined(DEBUG)
1116    AWT_create_debug_menu(awm);
1117#endif // DEBUG
1118
1119    bool allow_new_window = (NT_get_canvas_id(ntw)+1) < MAX_NT_WINDOWS;
1120
1121    if (clone) {
1122        awm->create_menu("File", "F", AWM_ALL);
1123        if (allow_new_window) {
1124            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("new_window"), "New window (same database)", "N", "newwindow.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(popup_new_main_window, clone+1));
1125        }
1126        awm->insert_menu_topic("close", "Close", "C", 0, AWM_ALL, (AW_CB)AW_POPDOWN, 0, 0);
1127    }
1128    else {
1129#if defined(DEBUG)
1130        // add more to debug-menu
1131        awm->sep______________();
1132        awm->insert_menu_topic("fix_db",      "Fix database",            "F", 0, AWM_ALL, (AW_CB)NT_fix_database,            0,                                       0);
1133        awm->insert_menu_topic("debug_arbdb", "Print debug information", "d", 0, AWM_ALL, (AW_CB)GB_print_debug_information, (AW_CL)                  GLOBAL.gb_main, 0);
1134        awm->insert_menu_topic("test_compr",  "Test compression",        "T", 0, AWM_ALL, (AW_CB)GBT_compression_test,       (AW_CL)                  GLOBAL.gb_main, 0);
1135#endif // DEBUG
1136
1137        awm->create_menu("File", "F", AWM_ALL);
1138        {
1139            awm->insert_menu_topic("save_changes", "Quicksave changes",          "s", "save.hlp",      AWM_ALL, (AW_CB)NT_save_quick_cb, 0, 0);
1140            awm->insert_menu_topic("save_all_as",  "Save whole database as ...", "w", "save.hlp",      AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(NT_create_save_as, "tmp/nt/arbdb"));
1141            if (allow_new_window) {
1142                awm->sep______________();
1143                awm->insert_menu_topic("new_window", "New window (same database)", "N", "newwindow.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(popup_new_main_window, clone+1));
1144            }
1145            awm->sep______________();
1146            awm->insert_menu_topic("optimize_db",  "Optimize database compression", "O", "optimize.hlp",  AWM_ALL, NT_create_database_optimization_window);
1147            awm->sep______________();
1148
1149            awm->insert_sub_menu("Import",      "I");
1150            {
1151                awm->insert_menu_topic("merge_from", "Merge from other ARB database", "d", "arb_merge_into.hlp", AWM_ALL, NT_create_merge_from_window);
1152                awm->insert_menu_topic("import_seq", "Import from external format",   "I", "arb_import.hlp",     AWM_ALL, NT_import_sequences, 0, 0);
1153                GDE_load_menu(awm, AWM_EXP, "Import");
1154            }
1155            awm->close_sub_menu();
1156
1157            awm->insert_sub_menu("Export",      "E");
1158            {
1159                awm->insert_menu_topic("export_to_ARB", "Merge to (new) ARB database", "A", "arb_merge_outof.hlp", AWM_ALL, NT_create_merge_to_window);
1160                awm->insert_menu_topic("export_seqs",   "Export to external format",   "f", "arb_export.hlp",      AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_AWTC_export_window, GLOBAL.gb_main));
1161                GDE_load_menu(awm, AWM_ALL, "Export");
1162                awm->insert_menu_topic("export_nds",    "Export fields (to calc-sheet using NDS)", "N", "arb_export_nds.hlp",  AWM_ALL, create_nds_export_window);
1163            }
1164            awm->close_sub_menu();
1165            awm->sep______________();
1166
1167            insert_macro_menu_entry(awm, false);
1168
1169            awm->insert_sub_menu("VersionInfo/Bugreport/MailingList", "V");
1170            {
1171                awm->insert_menu_topic("version_info", "Version info (" ARB_VERSION_DETAILED ")", "V", "version.hlp", AWM_ALL, makeHelpCallback  ("version.hlp"));
1172                awm->insert_menu_topic("bug_report",   "Report bug",                              "b", NULL,          AWM_ALL, makeWindowCallback(AWT_openURL, "http://bugs.arb-home.de/wiki/BugReport"));
1173                awm->insert_menu_topic("mailing_list", "Mailing list",                            "M", NULL,          AWM_ALL, makeWindowCallback(AWT_openURL, "http://bugs.arb-home.de/wiki/ArbMailingList"));
1174            }
1175            awm->close_sub_menu();
1176#if 0
1177            awm->sep______________();
1178            awm->insert_menu_topic("undo",      "Undo",      "U", "undo.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)NT_undo_cb,      (AW_CL)GB_UNDO_UNDO, (AW_CL)ntw);
1179            awm->insert_menu_topic("redo",      "Redo",      "d", "undo.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)NT_undo_cb,      (AW_CL)GB_UNDO_REDO, (AW_CL)ntw);
1180            awm->insert_menu_topic("undo_info", "Undo info", "f", "undo.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)NT_undo_info_cb, (AW_CL)GB_UNDO_UNDO, (AW_CL)0);
1181            awm->insert_menu_topic("redo_info", "Redo info", "o", "undo.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)NT_undo_info_cb, (AW_CL)GB_UNDO_REDO, (AW_CL)0);
1182#endif
1183
1184            awm->sep______________();
1185
1186            awm->insert_menu_topic("new_arb",     "Start second database",      "d", "quit.hlp", AWM_ALL, nt_start_2nd_arb, 0);
1187            awm->insert_menu_topic("restart_arb", "Quit + load other database", "l", "quit.hlp", AWM_ALL, nt_start_2nd_arb, 1);
1188            awm->insert_menu_topic("quit",        "Quit",                       "Q", "quit.hlp", AWM_ALL, NT_exit,          EXIT_SUCCESS);
1189        }
1190
1191        // -----------------
1192        //      Species
1193
1194        awm->create_menu("Species", "c", AWM_ALL);
1195        {
1196            awm->insert_menu_topic("species_search", "Search and query",    "q", "sp_search.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(DBUI::create_species_query_window, GLOBAL.gb_main));
1197            awm->insert_menu_topic("species_info",   "Species information", "i", "sp_info.hlp",   AWM_ALL, popupinfo_wcb);
1198
1199            awm->sep______________();
1200
1201            NT_insert_mark_submenus(awm, ntw, 1);
1202            awm->insert_menu_topic("mark_by_ref",     "Mark by reference..", "r", "markbyref.hlp",     AWM_EXP, makeCreateWindowCallback(create_mark_by_refentries_window, GLOBAL.gb_main));
1203            awm->insert_menu_topic("species_colors",  "Set Colors",          "l", "colorize.hlp",   AWM_ALL, create_colorize_species_window);
1204            awm->insert_menu_topic("selection_admin", "Configurations",      "o", "configuration.hlp", AWM_ALL, NT_popup_configuration_admin, (AW_CL)ntw,                              0);
1205
1206            awm->sep______________();
1207
1208            awm->insert_sub_menu("Database fields admin", "f");
1209            DBUI::insert_field_admin_menuitems(awm, GLOBAL.gb_main);
1210            awm->close_sub_menu();
1211            NT_create_mask_submenu(awm);
1212
1213            awm->sep______________();
1214
1215            awm->insert_menu_topic("del_marked",    "Delete Marked Species",    "D", "sp_del_mrkd.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)NT_delete_mark_all_cb,      (AW_CL)ntw, 0);
1216
1217            awm->insert_sub_menu("Sort Species",         "s");
1218            {
1219                awm->insert_menu_topic("$sort_by_field", "According to Database Entries", "D", "sp_sort_fld.hlp",  AWM_ALL, NT_create_resort_window);
1220                awm->insert_menu_topic("$sort_by_tree",  "According to Phylogeny",        "P", "sp_sort_phyl.hlp", AWM_ALL, NT_resort_data_by_phylogeny, (AW_CL)ntw, 0);
1221            }
1222            awm->close_sub_menu();
1223
1224            awm->insert_sub_menu("Merge Species", "g", AWM_EXP);
1225            {
1226                awm->insert_menu_topic("merge_species", "Create merged species from similar species", "m", "sp_merge.hlp",     AWM_EXP, NT_createMergeSimilarSpeciesWindow);
1227                awm->insert_menu_topic("join_marked",   "Join Marked Species",                        "J", "join_species.hlp", AWM_EXP, NT_create_species_join_window);
1228            }
1229            awm->close_sub_menu();
1230
1231            awm->sep______________();
1232
1233            awm->insert_menu_topic("species_submission", "Submit Species", "b", "submission.hlp", AWM_EXP, makeCreateWindowCallback(AWTC_create_submission_window, GLOBAL.gb_main));
1234
1235            awm->sep______________();
1236
1237            awm->insert_menu_topic("new_names", "Synchronize IDs", "e", "sp_rename.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(AWTC_create_rename_window, GLOBAL.gb_main));
1238
1239            awm->insert_sub_menu("Valid Names ...", "V", AWM_EXP);
1240            {
1241                awm->insert_menu_topic("imp_names",    "Import names from file", "I", "vn_import.hlp",  AWM_EXP, NT_importValidNames,  0, 0);
1242                awm->insert_menu_topic("del_names",    "Delete names from DB",   "D", "vn_delete.hlp",  AWM_EXP, NT_deleteValidNames,  0, 0);
1243                awm->insert_menu_topic("sug_names",    "Suggest valid names",    "v", "vn_suggest.hlp", AWM_EXP, NT_suggestValidNames, 0, 0);
1244                awm->insert_menu_topic("search_names", "Search manually",        "m", "vn_search.hlp",  AWM_EXP, NT_create_searchManuallyNames_window);
1245            }
1246            awm->close_sub_menu();
1247        }
1248
1249        // ----------------------------
1250        //      Genes + Experiment
1251
1252        if (is_genome_db) GEN_create_genes_submenu(awm, GLOBAL.gb_main, true);
1253
1254        // ------------------
1255        //      Sequence
1256
1257        awm->create_menu("Sequence", "S", AWM_ALL);
1258        {
1259            awm->insert_menu_topic("seq_admin",   "Sequence/Alignment Admin", "A", "ad_align.hlp",   AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(NT_create_alignment_admin_window, (AW_window*)0));
1260            awm->insert_sub_menu("Insert/delete", "I");
1261            {
1262                awm->insert_menu_topic("ins_del_col", ".. column",     "c", "insdel.hlp",     AWM_ALL, create_insertDeleteColumn_window);
1263                awm->insert_menu_topic("ins_del_sai", ".. using SAI",  "S", "insdel_sai.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_insertDeleteBySAI_window,  GLOBAL.gb_main));
1264            }
1265            awm->close_sub_menu();
1266            awm->sep______________();
1267
1268            awm->insert_sub_menu("Edit Sequences", "E");
1269            {
1270                awm->insert_menu_topic("new_arb_edit4",  "Using marked species and tree", "m", "arb_edit4.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_start_editor_on_tree,  0, ntw));
1271                awm->insert_menu_topic("new2_arb_edit4", "... plus relatives",            "r", "arb_edit4.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_start_editor_on_tree, -1, ntw));
1272                awm->insert_menu_topic("old_arb_edit4",  "Using earlier configuration",   "c", "arb_edit4.hlp", AWM_ALL, NT_create_startEditorOnOldConfiguration_window);
1273            }
1274            awm->close_sub_menu();
1275
1276            awm->sep______________();
1277
1278            awm->insert_sub_menu("Align Sequences",  "S");
1279            {
1280                awm->insert_menu_topic("realign_dna", "Realign DNA according to aligned protein", "R", "realign_dna.hlp", AWM_ALL, NT_create_realign_dna_window);
1281                GDE_load_menu(awm, AWM_ALL, "Align");
1282            }
1283            awm->close_sub_menu();
1284            awm->insert_menu_topic("seq_concat",    "Concatenate Sequences/Alignments", "C", "concatenate_align.hlp", AWM_ALL, NT_createConcatenationWindow);
1285            awm->insert_menu_topic("track_changes", "Track alignment changes",          "k", "track_ali_changes.hlp", AWM_EXP, NT_create_trackAliChanges_window);
1286            awm->sep______________();
1287
1288            awm->insert_menu_topic("dna_2_pro", "Perform translation",      "t", "translate_dna_2_pro.hlp", AWM_ALL, NT_create_dna_2_pro_window);
1289            awm->insert_menu_topic("arb_dist",  "Distance Matrix + ARB NJ", "D", "dist.hlp",                AWM_ALL, (AW_CB)NT_system_cb, (AW_CL)"arb_dist &", 0);
1290            awm->sep______________();
1291
1292            awm->insert_menu_topic("seq_quality",   "Check Sequence Quality", "Q", "seq_quality.hlp",   AWM_EXP, makeCreateWindowCallback(SQ_create_seq_quality_window, GLOBAL.gb_main));
1293            awm->insert_menu_topic("chimera_check", "Chimera Check",          "m", "chimera_check.hlp", AWM_EXP, makeCreateWindowCallback(STAT_create_chimera_check_window, GLOBAL.gb_main));
1294
1295            awm->sep______________();
1296
1297            GDE_load_menu(awm, AWM_ALL, "Print");
1298        }
1299
1300        // -------------
1301        //      SAI
1302
1303        awm->create_menu("SAI", "A", AWM_ALL);
1304        {
1305            awm->insert_menu_topic("sai_admin", "Manage SAIs", "S", "ad_extended.hlp", AWM_ALL, NT_create_extendeds_window);
1306            awm->insert_sub_menu("Create SAI using ...", "C");
1307            {
1308                awm->insert_menu_topic("sai_max_freq",  "Max. Frequency",                                               "M", "max_freq.hlp",     AWM_EXP, AP_create_max_freq_window);
1309                awm->insert_menu_topic("sai_consensus", "Consensus",                                                    "C", "consensus.hlp",    AWM_ALL, AP_create_con_expert_window);
1310                awm->insert_menu_topic("pos_var_pars",  "Positional variability + Column statistic (parsimony method)", "a", "pos_var_pars.hlp", AWM_ALL, AP_create_pos_var_pars_window);
1311                awm->insert_menu_topic("arb_phyl",      "Filter by base frequency",                                     "F", "phylo.hlp",        AWM_ALL, (AW_CB)NT_system_cb,      (AW_CL)"arb_phylo &", 0);
1312                awm->insert_menu_topic("sai_pfold",     "Protein secondary structure (field \"sec_struct\")",           "P", "pfold.hlp",        AWM_EXP, NT_create_sai_from_pfold, (AW_CL)ntw,           0);
1313
1314                GDE_load_menu(awm, AWM_EXP, "SAI");
1315            }
1316            awm->close_sub_menu();
1317
1318            awm->insert_sub_menu("Other functions", "O");
1319            {
1320                awm->insert_menu_topic("count_different_chars", "Count different chars/column",             "C", "count_chars.hlp",    AWM_EXP, NT_count_different_chars, (AW_CL)GLOBAL.gb_main, 0);
1321                awm->insert_menu_topic("corr_mutat_analysis",   "Compute clusters of correlated positions", "m", "",                   AWM_ALL, NT_system_in_xterm_cb,    (AW_CL)"arb_rnacma",   0);
1322                awm->insert_menu_topic("export_pos_var",        "Export Column Statistic (GNUPLOT format)", "E", "csp_2_gnuplot.hlp",  AWM_ALL, NT_create_colstat_2_gnuplot_window);
1323            }
1324            awm->close_sub_menu();
1325        }
1326
1327        // ----------------
1328        //      Probes
1329
1330        awm->create_menu("Probes", "P", AWM_ALL);
1331        {
1332            awm->insert_menu_topic("probe_design", "Design Probes",          "D", "probedesign.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_probe_design_window, GLOBAL.gb_main));
1333            awm->insert_menu_topic("probe_multi",  "Calculate Multi-Probes", "u", "multiprobe.hlp",  AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_multiprobe_window, ntw));
1334            awm->insert_menu_topic("probe_match",  "Match Probes",           "M", "probematch.hlp",  AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_probe_match_window, GLOBAL.gb_main));
1335            awm->sep______________();
1336            awm->insert_menu_topic("primer_design_new", "Design Primers",            "P", "primer_new.hlp", AWM_EXP, makeCreateWindowCallback(create_primer_design_window, GLOBAL.gb_main));
1337            awm->insert_menu_topic("primer_design",     "Design Sequencing Primers", "S", "primer.hlp",     AWM_EXP, (AW_CB)NT_primer_cb, 0, 0);
1338            awm->sep______________();
1339            awm->insert_menu_topic("pt_server_admin",   "PT_SERVER Admin",           "A", "probeadmin.hlp",  AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_probe_admin_window, GLOBAL.gb_main));
1340        }
1341
1342    }
1343
1344    // --------------
1345    //      Tree
1346
1347    awm->create_menu("Tree", "T", AWM_ALL);
1348    {
1349        if (!clone) {
1350            awm->insert_sub_menu("Add Species to Existing Tree", "A");
1351            {
1352                awm->insert_menu_topic("arb_pars_quick",   "ARB Parsimony (Quick add marked)", "Q", "pars.hlp",    AWM_ALL,   (AW_CB)NT_system_cb,    (AW_CL)"arb_pars -add_marked -quit &", 0);
1353                awm->insert_menu_topic("arb_pars",         "ARB Parsimony interactive",        "i", "pars.hlp",    AWM_ALL,   (AW_CB)NT_system_cb,    (AW_CL)"arb_pars &",    0);
1354                GDE_load_menu(awm, AWM_EXP, "Incremental phylogeny");
1355            }
1356            awm->close_sub_menu();
1357        }
1358
1359        awm->insert_sub_menu("Remove Species from Tree",     "R");
1360        {
1361            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_remove_deleted"), "Remove zombies", "z", "trm_del.hlp",    AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_remove_leafs, ntw, AWT_REMOVE_ZOMBIES));
1362            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_remove_marked"),  "Remove marked",  "m", "trm_mrkd.hlp",   AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_remove_leafs, ntw, AWT_REMOVE_MARKED));
1363            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_keep_marked"),    "Keep marked",    "K", "tkeep_mrkd.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_remove_leafs, ntw, AWT_KEEP_MARKED));
1364            awm->sep______________();
1365            awm->insert_menu_topic("all_tree_remove_deleted", "Remove zombies from ALL trees", "A", "trm_del.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_alltree_remove_leafs, GBT_REMOVE_ZOMBIES, GLOBAL.gb_main));
1366            awm->insert_menu_topic("all_tree_remove_marked",  "Remove marked from ALL trees",  "L", "trm_mrkd.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_alltree_remove_leafs, GBT_REMOVE_MARKED,  GLOBAL.gb_main));
1367        }
1368        awm->close_sub_menu();
1369
1370        if (!clone) {
1371            awm->insert_sub_menu("Build tree from sequence data",    "B");
1372            {
1373                awm->insert_sub_menu("Distance matrix methods", "D");
1374                awm->insert_menu_topic("arb_dist", "Distance Matrix + ARB NJ", "J", "dist.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)NT_system_cb, (AW_CL)"arb_dist &", 0);
1375                GDE_load_menu(awm, AWM_ALL, "Phylogeny Distance Matrix");
1376                awm->close_sub_menu();
1377
1378                awm->insert_sub_menu("Maximum Parsimony methods", "P");
1379                GDE_load_menu(awm, AWM_ALL, "Phylogeny max. parsimony");
1380                awm->close_sub_menu();
1381
1382                awm->insert_sub_menu("Maximum Likelihood methods", "L");
1383                GDE_load_menu(awm, AWM_EXP, "Phylogeny max. Likelyhood EXP");
1384                GDE_load_menu(awm, AWM_ALL, "Phylogeny max. Likelyhood");
1385                awm->close_sub_menu();
1386
1387                awm->insert_sub_menu("Other methods", "O", AWM_EXP);
1388                GDE_load_menu(awm, AWM_EXP, "Phylogeny (Other)");
1389                awm->close_sub_menu();
1390            }
1391            awm->close_sub_menu();
1392        }
1393
1394        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("consense_tree"), "Build consensus tree", "c", "consense_tree.hlp", AWM_ALL, NT_create_consense_window);
1395        awm->sep______________();
1396
1397        awm->insert_sub_menu("Reset zoom",         "z");
1398        {
1399            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("reset_logical_zoom"),  "Logical zoom",  "L", "rst_log_zoom.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_reset_lzoom_cb, ntw));
1400            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("reset_physical_zoom"), "Physical zoom", "P", "rst_phys_zoom.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_reset_pzoom_cb, ntw));
1401        }
1402        awm->close_sub_menu();
1403        NT_insert_collapse_submenu(awm, ntw);
1404        awm->insert_sub_menu("Beautify tree", "e");
1405        {
1406            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("beautifyt_tree"),  "#beautifyt.xpm",  "",  "resorttree.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_resort_tree_cb, ntw, BIG_BRANCHES_TO_TOP));
1407            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("beautifyc_tree"),  "#beautifyc.xpm",  "",  "resorttree.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_resort_tree_cb, ntw, BIG_BRANCHES_TO_EDGE));
1408            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("beautifyb_tree"),  "#beautifyb.xpm",  "",  "resorttree.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_resort_tree_cb, ntw, BIG_BRANCHES_TO_BOTTOM));
1409            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("beautifyr_tree"),  "Radial tree (1)", "1", "resorttree.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_resort_tree_cb, ntw, BIG_BRANCHES_TO_CENTER));
1410            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("beautifyr2_tree"), "Radial tree (2)", "2", "resorttree.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_resort_tree_cb, ntw, BIG_BRANCHES_ALTERNATING));
1411            awm->sep______________();
1412            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("sort_by_other"),   "By other tree",   "o", "resortbyother.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(NT_create_sort_tree_by_other_tree_window, ntw));
1413        }
1414        awm->close_sub_menu();
1415        awm->insert_sub_menu("Modify branches", "M");
1416        {
1417            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_remove_remark"),     "Remove bootstraps",      "b", "trm_boot.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_remove_bootstrap,    ntw));
1418            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_toggle_bootstraps"), "Toggle 100% bootstraps", "1", "trm_boot.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_toggle_bootstrap100, ntw));
1419            awm->sep______________();
1420            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_reset_lengths"),     "Reset branchlengths",   "R", "tbl_reset.hlp",   AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_reset_branchlengths,   ntw));
1421            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("justify_branch_lengths"), "Justify branchlengths", "J", "tbl_justify.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_justify_branch_lenghs, ntw));
1422            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_scale_lengths"),     "Scale Branchlengths",   "S", "tbl_scale.hlp",   AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_scale_tree,            ntw));
1423            awm->sep______________();
1424            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_multifurcate"), "Multifurcate...", "M", "multifurcate.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(NT_create_multifurcate_tree_window, ntw));
1425            awm->sep______________();
1426            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_boot2len"), "Bootstraps -> Branchlengths", "l", "tbl_boot2len.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_move_boot_branch, ntw, 0));
1427            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_len2boot"), "Bootstraps <- Branchlengths", "o", "tbl_boot2len.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_move_boot_branch, ntw, 1));
1428
1429        }
1430        awm->close_sub_menu();
1431
1432        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("branch_analysis"), "Branch analysis", "s", "branch_analysis.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(NT_create_branch_analysis_window, ntw));
1433        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("mark_duplicates"), "Mark duplicates", "u", "mark_duplicates.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_mark_duplicates, ntw));
1434
1435        awm->sep______________();
1436
1437        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_select"),        "Select Tree",      "T", 0, AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(NT_create_select_tree_window, awar_tree));
1438        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_select_latest"), "Select Last Tree", "L", 0, AWM_ALL, (AW_CB)NT_select_bottom_tree, (AW_CL)awar_tree, 0);
1439
1440        awm->sep______________();
1441
1442        if (!clone) {
1443            awm->insert_menu_topic("tree_admin", "Tree admin",               "i", "treeadm.hlp",   AWM_ALL, popup_tree_admin_window);
1444            awm->insert_menu_topic("nds",        "NDS (Node display setup)", "N", "props_nds.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(AWT_create_nds_window, GLOBAL.gb_main));
1445        }
1446        awm->sep______________();
1447
1448        awm->insert_menu_topic("transversion",       "Transversion analysis",   "y", "trans_anal.hlp", AWM_EXP, makeHelpCallback("trans_anal.hlp"));
1449
1450        awm->sep______________();
1451
1452        if (!clone) {
1453            awm->insert_menu_topic("print_tree",  "Print tree",          "P", "tree2prt.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(AWT_popup_print_window, ntw));
1454            awm->insert_menu_topic("tree_2_xfig", "Export tree to XFIG", "X", "tree2file.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(AWT_popup_tree_export_window, ntw));
1455            awm->sep______________();
1456        }
1457
1458        if (is_genome_db) {
1459            awm->insert_sub_menu("Other..",  "O", AWM_EXP);
1460            {
1461                awm->insert_menu_topic(awm->local_id("tree_pseudo_species_to_organism"), "Change pseudo species to organisms in tree", "p", "tree_pseudo.hlp",        AWM_EXP, (AW_CB)NT_pseudo_species_to_organism, (AW_CL)ntw, 0);
1462            }
1463            awm->close_sub_menu();
1464        }
1465    }
1466
1467    if (!clone) {
1468        // ---------------
1469        //      Tools
1470
1471        awm->create_menu("Tools", "o", AWM_ALL);
1472        {
1473            awm->insert_menu_topic("names_admin",      "Name server admin (IDs)",    "s", "namesadmin.hlp",  AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(AW_create_namesadmin_window, GLOBAL.gb_main));
1474            awm->insert_sub_menu("DB admin", "D", AWM_EXP);
1475            {
1476                awm->insert_menu_topic("db_admin", "Re-repair DB", "R", "rerepair.hlp", AWM_EXP, NT_rerepair_DB, (AW_CL)GLOBAL.gb_main, 0);
1477            }
1478            awm->close_sub_menu();
1479            awm->insert_sub_menu("Network", "N", AWM_EXP);
1480            {
1481                GDE_load_menu(awm, AWM_EXP, "User");
1482            }
1483            awm->close_sub_menu();
1484            awm->sep______________();
1485
1486            awm->insert_sub_menu("GDE specials", "G", AWM_EXP);
1487            {
1488                GDE_load_menu(awm, AWM_EXP, NULL);
1489            }
1490            awm->close_sub_menu();
1491
1492            awm->insert_sub_menu("WL specials", "W", AWM_EXP);
1493            {
1494                awm->insert_menu_topic(awm->local_id("view_probe_group_result"), "View probe group result", "V", "", AWM_EXP, makeCreateWindowCallback(create_probe_group_result_window, ntw));
1495            }
1496            awm->close_sub_menu();
1497
1498            awm->sep______________();
1499            awm->insert_menu_topic("xterm",         "Start XTERM",             "X", 0,         AWM_ALL, (AW_CB)GB_xterm, 0, 0);
1500        }
1501        // --------------------
1502        //      Properties
1503
1504        awm->create_menu("Properties", "r", AWM_ALL);
1505        {
1506            awm->insert_menu_topic("props_menu",                 "Frame settings",              "F", "props_frame.hlp",      AWM_ALL, AW_preset_window);
1507            awm->insert_menu_topic(awm->local_id("props_tree2"), "Tree options",                "o", "nt_tree_settings.hlp", AWM_ALL, NT_create_tree_settings_window);
1508            awm->insert_menu_topic("props_tree",                 "Tree colors & fonts",         "c", "nt_props_data.hlp",    AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(AW_create_gc_window, ntw->gc_manager));
1509            awm->insert_menu_topic("props_www",                  "Search world wide web (WWW)", "W", "props_www.hlp",        AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(AWT_create_www_window, GLOBAL.gb_main));
1510            awm->sep______________();
1511            awm->insert_menu_topic("!toggle_expert", "Toggle expert mode",         "x", 0, AWM_ALL, NT_toggle_expert_mode,  0, 0);
1512            awm->insert_menu_topic("!toggle_focus",  "Toggle focus follows mouse", "m", 0, AWM_ALL, NT_toggle_focus_policy, 0, 0);
1513            awm->sep______________();
1514            AW_insert_common_property_menu_entries(awm);
1515            awm->sep______________();
1516            awm->insert_menu_topic("save_props", "Save properties (ntree.arb)", "S", "savedef.hlp", AWM_ALL, AW_save_properties);
1517        }
1518    }
1519
1520    awm->insert_help_topic("ARB_NT help",     "N", "arb_ntree.hlp", AWM_ALL, makeHelpCallback("arb_ntree.hlp"));
1521
1522    // ----------------------
1523    //      mode buttons
1524    //
1525    // keep them synchronized as far as possible with those in ARB_PARSIMONY
1526    // see ../PARSIMONY/PARS_main.cxx@keepModesSynchronized
1527
1528    awm->create_mode("mode_select.xpm", "mode_select.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_SELECT));
1529    awm->create_mode("mode_mark.xpm",   "mode_mark.hlp",   AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_MARK));
1530    awm->create_mode("mode_group.xpm",  "mode_group.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_GROUP));
1531    awm->create_mode("mode_zoom.xpm",   "mode_pzoom.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_ZOOM));
1532    awm->create_mode("mode_lzoom.xpm",  "mode_lzoom.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_LZOOM));
1533
1534
1535    awm->create_mode("mode_info.xpm", "mode_info.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(NT_modify_cb,  ntw, AWT_MODE_INFO));
1536    awm->create_mode("mode_www.xpm",  "mode_www.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_WWW));
1537
1538    // topology-modification-modes
1539    awm->create_mode("mode_setroot.xpm",   "mode_setroot.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_SETROOT));
1540    awm->create_mode("mode_swap.xpm",      "mode_swap.hlp",    AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_SWAP));
1541    awm->create_mode("mode_move.xpm",      "mode_move.hlp",    AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_MOVE));
1542    awm->create_mode("mode_length.xpm",    "mode_length.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_LENGTH));
1543    awm->create_mode("mode_multifurc.xpm", "mode_length.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_MULTIFURC));
1544
1545    // layout-modes
1546    awm->create_mode("mode_line.xpm",   "mode_width.hlp",  AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_LINE));
1547    awm->create_mode("mode_rotate.xpm", "mode_rotate.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_ROTATE));
1548    awm->create_mode("mode_spread.xpm", "mode_spread.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(nt_mode_event, ntw, AWT_MODE_SPREAD));
1549
1550    awm->set_info_area_height(250);
1551    awm->at(5, 2);
1552    awm->auto_space(-2, -2);
1553    awm->shadow_width(1);
1554
1555    // -------------------------
1556    //      create top area
1557
1558    int first_liney;
1559    int leftx;
1560    awm->get_at_position(&leftx, &first_liney);
1561
1562    // ---------------------
1563    //      quit + help
1564
1565    awm->button_length(0);
1566
1567    if (clone) {
1568        awm->callback(AW_POPDOWN);
1569        awm->create_button("CLOSE", "#close.xpm");
1570    }
1571    else {
1572        awm->callback(NT_exit, EXIT_SUCCESS);
1573        awm->help_text("quit.hlp");
1574        awm->create_button("QUIT", "#quit.xpm");
1575    }
1576
1577    int db_pathx = awm->get_at_xposition();
1578
1579    // now fetch the yposition for the 2nd button line
1580    awm->at_newline();
1581    int second_liney = awm->get_at_yposition();
1582
1583    awm->callback(AW_help_entry_pressed);
1584    awm->help_text("arb_ntree.hlp");
1585    awm->create_button("?", "#help.xpm");
1586
1587    // --------------------------
1588    //      save + undo/redo
1589
1590    awm->callback(NT_save_quick_cb);
1591    awm->help_text("save.hlp");
1592    awm->create_button("SAVE", "#save.xpm");
1593
1594    awm->callback(makeCreateWindowCallback(NT_create_save_as, "tmp/nt/arbdb"));
1595    awm->help_text("saveas.hlp");
1596    awm->create_button("SAVE_AS", "#saveAs.xpm");
1597
1598    // undo/redo:
1599    awm->callback(NT_undo_cb, (AW_CL)GB_UNDO_UNDO, (AW_CL)ntw);
1600    awm->help_text("undo.hlp");
1601    awm->create_button("UNDO", "#undo.xpm");
1602
1603    awm->callback(NT_undo_cb, (AW_CL)GB_UNDO_REDO, (AW_CL)ntw);
1604    awm->help_text("undo.hlp");
1605    awm->create_button("REDO", "#redo.xpm");
1606
1607    int db_pathx2 = awm->get_at_xposition();
1608
1609    // fetch position for mode help-line:
1610    awm->at_newline();
1611    int third_liney = awm->get_at_yposition();
1612
1613    awm->at(db_pathx, first_liney);
1614    // size of DB-name button is determined by buttons below:
1615    awm->at_set_to(false, false, db_pathx2-db_pathx-1, second_liney-first_liney+1);
1616    awm->callback(makeCreateWindowCallback(NT_create_save_quick_as_window, "tmp/nt/arbdb"));
1617    awm->help_text("saveas.hlp");
1618    awm->create_button("QUICK_SAVE_AS", AWAR_DB_NAME);
1619
1620    // -----------------------------
1621    //      tree + tree display
1622
1623#define TREE_BUTTON_OVERSIZE 6
1624
1625    int db_treex      = awm->get_at_xposition();
1626    int second_uppery = second_liney-TREE_BUTTON_OVERSIZE;
1627
1628    awm->at(db_treex, second_uppery);
1629    awm->button_length(0);
1630
1631    awm->callback(makeWindowCallback(NT_set_tree_style, ntw, AP_TREE_RADIAL));
1632    awm->help_text("tr_type_radial.hlp");
1633    awm->create_button("RADIAL_TREE_TYPE", "#radial.xpm");
1634
1635    awm->callback(makeWindowCallback(NT_set_tree_style, ntw, AP_TREE_NORMAL));
1636    awm->help_text("tr_type_list.hlp");
1637    awm->create_button("LIST_TREE_TYPE", "#dendro.xpm");
1638
1639    awm->callback(makeWindowCallback(NT_set_tree_style, ntw, AP_TREE_IRS));
1640    awm->help_text("tr_type_irs.hlp");
1641    awm->create_button("FOLDED_LIST_TREE_TYPE", "#dendroIrs.xpm");
1642
1643    awm->callback(makeWindowCallback(NT_set_tree_style, ntw, AP_LIST_NDS));
1644    awm->help_text("tr_type_nds.hlp");
1645    awm->create_button("NO_TREE_TYPE", "#listdisp.xpm");
1646
1647    int db_treex2 = awm->get_at_xposition();
1648
1649    awm->at(db_treex, first_liney);
1650    // size of tree-name button is determined by buttons below:
1651    awm->at_set_to(false, false, db_treex2-db_treex-1, second_uppery-first_liney+1);
1652    awm->callback(makeCreateWindowCallback(NT_create_select_tree_window, awar_tree));
1653    awm->help_text("nt_tree_select.hlp");
1654    awm->create_button("SELECT_A_TREE", awar_tree);
1655
1656    // ---------------------------------------------------------------
1657    //      protection, alignment + editor (and maybe Genome Map)
1658
1659    int db_alignx = awm->get_at_xposition();
1660
1661    // editor and genemap buttons have to be 44x24 sized
1662#define EDIT_XSIZE 50
1663#define EDIT_YSIZE 30 // same as 'save as' buttons
1664
1665    // first draw protection:
1666    int protectx = db_alignx + 2*EDIT_XSIZE;
1667
1668    awm->at(protectx+2, first_liney+1);
1669    awm->button_length(0);
1670    awm->create_button(NULL, "#protect.xpm");
1671
1672    awm->at(protectx, second_liney+2);
1673    awm->create_option_menu(AWAR_SECURITY_LEVEL, true);
1674    awm->insert_option("0", 0, 0);
1675    awm->insert_option("1", 0, 1);
1676    awm->insert_option("2", 0, 2);
1677    awm->insert_option("3", 0, 3);
1678    awm->insert_option("4", 0, 4);
1679    awm->insert_option("5", 0, 5);
1680    awm->insert_default_option("6", 0, 6);
1681    awm->update_option_menu();
1682
1683    int db_searchx = awm->get_at_xposition() - 7;
1684
1685    // draw ali/editor buttons AFTER protect menu (to get rid of it's label)
1686    awm->at(db_alignx, second_liney);
1687
1688    awm->at_set_to(false, false, ((2-is_genome_db)*EDIT_XSIZE), EDIT_YSIZE);
1689    awm->callback(makeWindowCallback(NT_start_editor_on_tree, 0, ntw));
1690    awm->help_text("arb_edit4.hlp");
1691    awm->create_button("EDIT_SEQUENCES", is_genome_db ? "#editor_small.xpm" : "#editor.xpm");
1692
1693    if (is_genome_db) {
1694        awm->at_set_to(false, false, EDIT_XSIZE, EDIT_YSIZE);
1695        awm->callback(makeCreateWindowCallback(GEN_create_first_map, GLOBAL.gb_main)); // initial gene map
1696        awm->help_text("gene_map.hlp");
1697        awm->create_button("OPEN_GENE_MAP", "#gen_map.xpm");
1698    }
1699
1700    int db_alignx2 = awm->get_at_xposition();
1701
1702    awm->at(db_alignx, first_liney);
1703    awm->at_set_to(false, false, db_alignx2-db_alignx-1, second_liney-first_liney+1);
1704    awm->callback(NT_create_select_alignment_window);
1705    awm->help_text("nt_align_select.hlp");
1706    awm->create_button("SELECT_AN_ALIGNMENT", AWAR_DEFAULT_ALIGNMENT);
1707
1708    // -------------------------------
1709    //      create mode-help line
1710
1711    awm->at(leftx, third_liney);
1712    awm->button_length(AWAR_FOOTER_MAX_LEN);
1713    awm->create_button(0, AWAR_FOOTER);
1714
1715    awm->at_newline();
1716    int bottomy = awm->get_at_yposition();
1717
1718    // ---------------------------------------
1719    //      Info / marked / Search / Jump
1720
1721    awm->button_length(7);
1722
1723    awm->at(db_searchx, first_liney);
1724    awm->callback(makeCreateWindowCallback(DBUI::create_species_query_window, GLOBAL.gb_main));
1725    awm->help_text("sp_search.hlp");
1726    awm->create_button("SEARCH",  "Search");
1727
1728    awm->at(db_searchx, second_uppery);
1729    awm->callback(makeWindowCallback(NT_jump_cb, ntw, AP_JUMP_BY_BUTTON));
1730    awm->help_text("tr_jump.hlp");
1731    awm->create_button("JUMP", "Jump");
1732
1733    int db_infox = awm->get_at_xposition();
1734
1735    awm->at(db_infox, first_liney);
1736    awm->button_length(13);
1737    awm->callback(popupinfo_wcb);
1738    awm->help_text("sp_search.hlp");
1739    awm->create_button("INFO",  AWAR_INFO_BUTTON_TEXT);
1740
1741    awm->at(db_infox, second_uppery);
1742    awm->button_length(13);
1743    awm->help_text("configuration.hlp");
1744    awm->callback(NT_popup_configuration_admin, (AW_CL)ntw, 0);
1745    awm->create_button("selection_admin2", AWAR_MARKED_SPECIES_COUNTER);
1746    {
1747        GBDATA *gb_species_data = GBT_get_species_data(GLOBAL.gb_main);
1748        GB_add_callback(gb_species_data, GB_CB_CHANGED, makeDatabaseCallback(NT_update_marked_counter, static_cast<AW_window*>(awm)));
1749        NT_update_marked_counter(NULL, awm);
1750    }
1751
1752    // set height of top area:
1753    awm->set_info_area_height(bottomy+2);
1754    awm->set_bottom_area_height(0);
1755
1756    // ------------------------------------
1757    //      Autostarts for development
1758
1759#if defined(DEVEL_RALF)
1760    // if (is_genome_db) GEN_map_first(awr)->show();
1761#endif // DEVEL_RALF
1762
1763    GB_pop_transaction(GLOBAL.gb_main);
1764
1765#if defined(DEBUG)
1766    AWT_check_action_ids(awr, is_genome_db ? "_genome" : "");
1767#endif
1768
1769    return awm;
1770}
1771
1772void NT_create_main_window(AW_root *aw_root) {
1773    GB_ERROR error = GB_request_undo_type(GLOBAL.gb_main, GB_UNDO_NONE);
1774    if (error) aw_message(error);
1775
1776    nt_create_all_awars(aw_root, AW_ROOT_DEFAULT);
1777
1778    AW_window *aww = popup_new_main_window(aw_root, 0);
1779    aww->show();
1780
1781    error = GB_request_undo_type(GLOBAL.gb_main, GB_UNDO_UNDO);
1782    if (error) aw_message(error);
1783}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.