source: branches/profile/lib/import/ebi_silva.ift

Last change on this file was 5992, checked in by westram, 16 years ago
  • new commands for import filters (WRITE_INT, WRITE_FLOAT)
  • Silva-Import-Filters write start, stop, insdc, version as ints
  • see ticket #44

thx to fog and elmar

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 4.4 KB
Line 
1#Modified by FOG, 17.05.2009#
2#field type INT added for start, stop, insdc, version#
3
4AUTODETECT      "ID   *\nFT   rRNA *\nSQ*"
5# Global settings:
6KEYWIDTH        5
7FILETAG         "EBI"
8
9BEGIN           "ID*"
10
11MATCH           "ID *"
12                SRT "* *=*1"
13                WRITE "name"
14
15MATCH           "ID *"
16                SRT "*; SV *;*=*2"
17                WRITE_INT "version"
18
19MATCH           "AC *"
20                ACI "extract_words("0123456789",4.0)"
21                WRITE      "acc"
22
23MATCH           "PR *"
24                SRT "PR   *=*:*\:*=*2:;="
25                WRITE_INT  "insdc"
26
27MATCH           "DT *Created*"
28                SRT "DT   *=*:* \(*=*1;"
29                APPEND      "date"
30
31MATCH           "DT *updated*"
32                SRT "DT   *=*:* \(*=*1:"
33                APPEND      "date"
34
35MATCH           "DE *"
36                SRT             "DE   *=*:;="
37                APPEND          "description"
38
39MATCH           "OS *"
40                SRT "OS   *=*"
41                WRITE "full_name"
42
43MATCH           "OC *"
44                SRT "OC   *=*"
45                APPEND          "tax_embl"
46
47MATCH           "OS *"
48                SRT "OS   *=*"
49                WRITE           "tax_embl_name"
50
51MATCH           "RP *"
52                SRT             "RP   *=*"
53                APPEND          "nuc_rp"
54
55MATCH           "RX   DOI*"
56                SRT             "*DOI*=*2:;=: ="
57                WRITE           "publication_doi"
58
59MATCH           "RX   PUBMED*"
60                SRT             "*PUBMED*=*2:;=: =:.="
61                WRITE           "pubmed_id"
62
63MATCH           "RA *"
64                SRT "RA   *=*:;="
65                APPEND "author"
66
67MATCH           "RT *"
68                SRT "RT   *=*:;=:"="
69                APPEND          "title"
70
71MATCH           "RL *)."
72                SRT "RL   *=*:\).=)"
73                APPEND          "journal"
74
75MATCH           "RL *Submitted*"
76                SRT "RL   *=*:Submitted=:\(*\)*=*1"
77                WRITE           "submit_date"
78
79MATCH           "RL *"
80                SRT "*Submitted*bases.=:*.\n*=*2"
81                APPEND          "submit_author"
82
83MATCH           "FT   source*"
84                SRT "*source*=*2: ="
85                WRITE           "nuc_region"
86
87MATCH           "FT  *clone*"
88                SRT "*clone*=*2:\"=:\=="
89                APPEND          "clone"
90
91MATCH           "FT *db_xref=*taxon*"
92                SRT "*db_xref*=*2:*\:*=*2:\"=:\=="
93                APPEND          "tax_xref_embl"
94
95MATCH           "FT  *isolate=*"
96                SRT "*isolate*=*2:\"=:\=="
97                APPEND          "isolate"
98
99MATCH           "FT *strain*"
100                SRT             "*/strain*=*2:\"=:\=="
101                APPEND          "strain"
102
103MATCH           "FT *isolation_source*"
104                SRT             "*/isolation_source*=*2:\"=:\=="
105                APPEND          "isolation_source"
106
107MATCH           "FT  *country*"
108                SRT             "*/country*=*2:\"=:\=="
109                APPEND          "country"
110
111MATCH           "FT  *lat_lon*"
112                SRT             "*/lat_lon*=*2:\"=:\=="
113                APPEND          "lat_lon"
114
115MATCH           "FT  *specimen_voucher*"
116                SRT             "*/specimen_voucher*=*2:\"=:\=="
117                APPEND          "specimen_voucher"
118
119MATCH           "FT  *specific_host*"
120                SRT             "*/specific_host*=*2:\"=:\=="
121                APPEND          "specific_host"
122
123MATCH           "FT  *collected_by*"
124                SRT             "*/collected_by*=*2:\"=:\=="
125                APPEND          "collected_by"
126
127MATCH           "FT  *collection_date*"
128                SRT             "*/collection_date*=*2:\"=:\=="
129                APPEND          "collection_date"
130
131MATCH           "FT   rRNA*"
132                SRT             "*rRNA*=*2: =:*..*=*1:<=:>="
133
134                WRITE_INT          "start"
135
136MATCH           "FT   rRNA *"
137                SRT             "*rRNA*=*2: =:*..*=*2:<=:>="
138                WRITE_INT          "stop"
139
140MATCH           "FT  *gene*"
141                SRT             "*gene*=*2:\==:"="
142                APPEND          "gene"
143
144MATCH           "FT  *product*"
145                SRT             "*product*=*2:\==:"="
146                APPEND          "product"
147
148SEQUENCEAFTER   "SQ*"
149SEQUENCESRT     "*Check*..*=*3"
150SEQUENCEACI     "remove("0123456789 /")"
151SEQUENCEEND     "//"
152CREATE_ACC_FROM_SEQUENCE
153# DONT_GEN_NAMES
154
155END             "//"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.