source: branches/stable/ARBDB/adChangeKey.cxx

Last change on this file was 18665, checked in by westram, 3 years ago
  • change many WARN_TODO triggered warnings into todo markers.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 10.9 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : adChangeKey.cxx                                   //
4//   Purpose   : Changekey management                              //
5//                                                                 //
6//   Coded by Elmar Pruesse and Ralf Westram in May 2009           //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
8//   http://www.arb-home.de/                                       //
9//                                                                 //
10// =============================================================== //
11
12#include <arbdbt.h>
13#include <arb_global_defs.h>
14#include "gb_local.h"
15
16GBDATA *GBT_get_changekey(GBDATA *gb_main, const char *key, const char *change_key_path) {
17    // get the container of an item key description
18
19    // @@@ check if search for CHANGEKEY_NAME should be case-sensitive!
20    GBDATA *gb_key      = NULp;
21    GBDATA *gb_key_data = GB_search(gb_main, change_key_path,
22                                    GB_CREATE_CONTAINER);
23
24    if (gb_key_data) {
25        GBDATA *gb_key_name = GB_find_string(gb_key_data, CHANGEKEY_NAME, key, GB_IGNORE_CASE, SEARCH_GRANDCHILD);
26        if (gb_key_name) {
27            gb_key = GB_get_father(gb_key_name);
28        }
29    }
30    return gb_key;
31}
32
33GB_TYPES GBT_get_type_of_changekey(GBDATA *gb_main, const char *field_name, const char *change_key_path) {
34    // get the type of an item key
35    GB_TYPES  type = GB_NONE;
36    GBDATA   *gbd  = GBT_get_changekey(gb_main, field_name, change_key_path);
37
38    if (gbd) {
39        long *typePtr     = GBT_read_int(gbd, CHANGEKEY_TYPE);
40        if (typePtr) {
41            type = (GB_TYPES)*typePtr;
42        }
43    }
44
45    return type;
46}
47
48static GB_ERROR gbt_set_type_of_changekey(GBDATA *gb_main, const char *field_name, GB_TYPES type, const char *change_key_path) {
49    GB_ERROR  error = NULp;
50    GBDATA   *gbd   = GBT_get_changekey(gb_main, field_name, change_key_path);
51
52    if (!gbd) {
53        error = GBS_global_string("Can't set type of nonexistent changekey \"%s\"", field_name);
54    }
55    else {
56        error = GBT_write_int(gbd, CHANGEKEY_TYPE, type);
57    }
58    return error;
59}
60
61GBDATA *GBT_searchOrCreate_itemfield_according_to_changekey(GBDATA *gb_item, const char *field_name, const char *change_key_path) {
62    /*! search or create an item entry.
63     * If the entry exists, the result is identical to GB_search(gb_item, field_name, GB_FIND).
64     * If the entry does not exist, an entry with the type stored in the changekey-table will be created.
65     * @return created itemfield or NULp in case of error (which is exported in that case)
66     */
67
68    gb_assert(!GB_have_error());
69    GBDATA *gb_entry = GB_search(gb_item, field_name, GB_FIND);
70    if (!gb_entry) {
71        GB_clear_error();
72
73        GB_TYPES type = GBT_get_type_of_changekey(GB_get_root(gb_item), field_name, change_key_path);
74        if (type == GB_NONE) {
75            GB_export_errorf("Cannot create field '%s' (no type information available)", field_name);
76        }
77        else {
78            gb_entry = GB_search(gb_item, field_name, type);
79        }
80    }
81    gb_assert(gb_entry || GB_have_error());
82    return gb_entry;
83}
84
85
86GB_ERROR GBT_add_new_changekey_to_keypath(GBDATA *gb_main, const char *name, int type, const char *keypath) { // @@@ type should be GB_TYPES (not int)
87    GB_ERROR    error  = NULp;
88    GBDATA     *gb_key = GBT_get_changekey(gb_main, name, keypath);
89    const char *c      = GB_first_non_key_char(name);
90
91    if (c) {
92        char *new_name = ARB_strdup(name);
93
94        *(char*)GB_first_non_key_char(new_name) = 0;
95
96        if   (*c == '/') error = GBT_add_new_changekey(gb_main, new_name, GB_DB);
97        else             error = GBS_global_string("Cannot add '%s' to your key list (illegal character '%c')", name, *c);
98
99        free(new_name);
100    }
101
102    if (!error) {
103        if (!gb_key) {          // create new key
104            GBDATA *gb_key_data = GB_search(gb_main, keypath, GB_CREATE_CONTAINER);
105            gb_key              = gb_key_data ? GB_create_container(gb_key_data, CHANGEKEY) : NULp;
106
107            if (!gb_key) error = GB_await_error();
108            else {
109                error             = GBT_write_string(gb_key, CHANGEKEY_NAME, name);
110                if (!error) error = GBT_write_int(gb_key, CHANGEKEY_TYPE, type);
111            }
112        }
113        else {                  // check type of existing key
114            long *elem_type = GBT_read_int(gb_key, CHANGEKEY_TYPE);
115
116            if (!elem_type)              error = GB_await_error();
117            else if (*elem_type != type) error = GBS_global_string("Key '%s' exists, but has different type", name);
118        }
119    }
120
121    gb_assert(gb_key || error);
122
123    return error;
124}
125
126GB_ERROR GBT_add_new_changekey(GBDATA *gb_main, const char *name, int type) { // @@@ type should be GB_TYPES (not int)
127    return GBT_add_new_changekey_to_keypath(gb_main, name, type, CHANGE_KEY_PATH);
128}
129
130GB_ERROR GBT_add_new_gene_changekey(GBDATA *gb_main, const char *name, int type) {
131    return GBT_add_new_changekey_to_keypath(gb_main, name, type, CHANGE_KEY_PATH_GENES); // @@@ type should be GB_TYPES (not int)
132}
133
134GB_ERROR GBT_add_new_experiment_changekey(GBDATA *gb_main, const char *name, int type) {
135    return GBT_add_new_changekey_to_keypath(gb_main, name, type, CHANGE_KEY_PATH_EXPERIMENTS); // @@@ type should be GB_TYPES (not int)
136}
137
138static GB_ERROR write_int_converted(GBDATA *gbfield, const char *data, bool trimmed, size_t *rounded) {
139    // 'rounded' is incremented each time a float value was
140    // converted to integer (even if float value can convert lossless, e.g. "4.0").
141
142    char          *end   = NULp;
143    unsigned long  i     = strtoul(data, &end, 10);
144    GB_ERROR       error = NULp;
145
146    if (end == data || end[0] != 0) {
147        if (trimmed) {
148            // fallback: convert to double and round
149
150            double d = strtod(data, &end);
151            if (end == data || end[0] != 0) {
152                error = GBS_global_string("cannot convert '%s' to rounded numeric value", data);
153            }
154            else {
155                (*rounded)++;
156                i                = d>0 ? (int)(d+0.5) : (int)(d-0.5);
157                error            = GB_write_int(gbfield, i);
158                if (error) error = GBS_global_string("write error (%s)", error);
159            }
160        }
161        else {
162            char *trimmed_data = GBS_trim(data);
163            error              = write_int_converted(gbfield, trimmed_data, true, rounded);
164            free(trimmed_data);
165        }
166    }
167    else {
168        error = GB_write_int(gbfield, i);
169        if (error) error = GBS_global_string("write error (%s)", error);
170    }
171
172    return error;
173}
174
175static GB_ERROR write_float_converted(GBDATA *gbfield, const char *data, bool trimmed) {
176    char     *end   = NULp;
177    float     f     = strtof(data, &end);
178    GB_ERROR  error = NULp;
179
180    if (end == data || end[0] != 0) {
181        if (trimmed) {
182            error = GBS_global_string("cannot convert '%s' to numeric value", data);
183        }
184        else {
185            char *trimmed_data = GBS_trim(data);
186            error              = write_float_converted(gbfield, trimmed_data, true);
187            free(trimmed_data);
188        }
189    }
190    else {
191        error = GB_write_float(gbfield, f);
192        if (error) error = GBS_global_string("write error (%s)", error);
193    }
194
195    return error;
196}
197
198GB_ERROR GBT_write_int_converted(GBDATA *gb_int_writable, const char *data, size_t *rounded) {
199    // Note: has functional similarities to GB_write_autoconv_string
200    return write_int_converted(gb_int_writable, data, false, rounded);
201}
202GB_ERROR GBT_write_float_converted(GBDATA *gb_float_writable, const char *data) {
203    // Note: has functional similarities to GB_write_autoconv_string
204    return write_float_converted(gb_float_writable, data, false);
205}
206
207GB_ERROR GBT_convert_changekey(GBDATA *gb_main, const char *name, GB_TYPES target_type) {
208    GB_ERROR error        = GB_push_transaction(gb_main);
209    bool     need_convert = true;
210
211    if (!error) {
212        GBDATA *gbkey = GBT_get_changekey(gb_main, name, CHANGE_KEY_PATH);
213        if (gbkey) {
214            GB_TYPES source_type = (GB_TYPES)*GBT_read_int(gbkey, CHANGEKEY_TYPE);
215            if (source_type == target_type) need_convert = false;
216        }
217        else {
218            if (!name[0] || strcmp(name, NO_FIELD_SELECTED) == 0) {
219                error = "Please select field to convert";
220            }
221            else {
222                error = GBS_global_string("Unknown changekey '%s'", name);
223            }
224        }
225    }
226
227    if (!error && need_convert) {
228        GBDATA *gbspec  = GBT_first_species(gb_main);
229        size_t  rounded = 0;
230
231        for (; gbspec; gbspec = GBT_next_species(gbspec)) {
232            GBDATA *gbfield = GB_entry(gbspec, name);
233
234            // If entry does not exist, no need to convert (sparse population is valid => 'NULp' value)
235            if (gbfield) {
236                char *data = GB_read_as_string(gbfield);
237                if (!data) {
238                    error = GBS_global_string("read error (%s)", GB_await_error());
239                }
240                else {
241                    error = GB_delete(gbfield);
242                    if (!error) {
243                        gbfield = GB_create(gbspec, name, target_type);
244                        if (!gbfield) {
245                            error = GBS_global_string("create error (%s)", GB_await_error());
246                        }
247                        else {
248                            switch (target_type) {
249                                case GB_INT:
250                                    error = GBT_write_int_converted(gbfield, data, &rounded);
251                                    break;
252
253                                case GB_FLOAT:
254                                    error = GBT_write_float_converted(gbfield, data);
255                                    break;
256
257                                case GB_STRING:
258                                    error = GB_write_string(gbfield, data);
259                                    if (error) error = GBS_global_string("write error (%s)", error);
260                                    break;
261
262                                default:
263                                    error = "Conversion is not possible";
264                                    break;
265                            }
266                        }
267                    }
268                    free(data);
269                }
270            }
271            if (error) break;
272        }
273
274        if (error && gbspec) {
275            const char *spname = GBT_get_name_or_description(gbspec);
276            error              = GBS_global_string("%s for species '%s'", error, spname);
277        }
278
279        if (!error) error = gbt_set_type_of_changekey(gb_main, name, target_type, CHANGE_KEY_PATH);
280        if (!error && rounded>0) {
281            GB_warningf("%zi values were rounded (loss of precision)", rounded);
282        }
283    }
284
285    if (error) error  = GBS_global_string("GBT_convert: %s", error);
286
287    return GB_end_transaction(gb_main, error);
288}
289
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.