source: branches/stable/DIST/DI_save_matr.cxx

Last change on this file was 11464, checked in by westram, 6 years ago
  • un-dummy-fied transaction (renames only)
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 6.3 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : DI_save_matr.cxx                                  //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "di_matr.hxx"
12#include <nds.h>
13
14const char *DI_MATRIX::save(char *filename, enum DI_SAVE_TYPE type)
15{
16    FILE     *out;
17    GB_ERROR  error = 0;
18
19    out = fopen(filename, "w");
20    if (!out) return "Cannot save your File";
21
22    size_t row, col;
23    switch (type) {
24        case DI_SAVE_PHYLIP_COMP:
25            {
26                fprintf(out, "    %zu\n", nentries);
27                for (row = 0; row<nentries; row++) {
28                    fprintf(out, "%-10s ", entries[row]->name);
29                    for (col=0; col<row; col++) {
30                        fprintf(out, "%6f ", matrix->get(row, col));
31                    }
32                    fprintf(out, "\n");
33                }
34            }
35            break;
36        case DI_SAVE_READABLE:
37        case DI_SAVE_TABBED:
38            {
39                GBDATA         *gb_main  = get_gb_main();
40                GB_transaction  ta(gb_main);
41                size_t          app_size = 200;     // maximum width for NDS output (and max. height for vertical one)
42                size_t          maxnds   = 0;
43                bool            tabbed   = (type == DI_SAVE_TABBED);
44                double          min      = matrix->get(1, 0) * 100.0;
45                double          max      = min;
46                double          sum      = 0.0;
47
48                make_node_text_init(gb_main);
49
50                // create all NDS strings
51                char **nds_results = new char*[nentries];
52                for (col=0; col<nentries; col++) {
53                    const char *buf        = entries[col]->name;
54                    GBDATA     *gb_species = GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, buf);
55                    if (gb_species) {
56                        buf = make_node_text_nds(gb_main, gb_species, NDS_OUTPUT_LEAFTEXT, 0, 0);
57                        while (buf[0] == ' ') ++buf;
58                    }
59
60                    nds_results[col] = strdup(buf);
61
62                    size_t slen             = strlen(buf);
63                    if (slen>app_size) slen = app_size;
64                    if (slen>maxnds) maxnds = slen;
65                }
66
67#if defined(DEBUG)
68                fprintf(out, "maxnds=%zu\n", maxnds);
69#endif // DEBUG
70
71                // print column headers :
72                if (tabbed) {
73                    for (col=0; col<nentries; col++) {
74                        if (!tabbed && (col%4) == 0) fputc('\t', out);
75                        fprintf(out, "\t%s", nds_results[col]);
76                    }
77                    fputc('\n', out);
78                }
79                else {
80                    bool *eos_reached = new bool[nentries];
81                    for (col = 0; col<nentries; ++col) eos_reached[col] = false;
82
83                    for (row = 0; row<maxnds; ++row) {
84                        for (col = 0; col<(maxnds+2); ++col) fputc(' ', out);
85
86                        for (col = 0; col<nentries; ++col) {
87                            if (!tabbed && (col%4) == 0) fprintf(out, "  ");
88                            if (!eos_reached[col]) {
89                                char c = nds_results[col][row];
90                                if (c) fprintf(out, "  %c  ", c);
91                                else eos_reached[col] = true;
92                            }
93                        }
94                        fputc('\n', out);
95                    }
96
97                    delete [] eos_reached;
98                }
99
100                // print data lines :
101                for (row = 0; row<nentries; row++) {
102                    if (!tabbed && (row%4) == 0) fprintf(out, "\n"); // empty line after 4 lines of data
103
104                    if (tabbed) {
105                        fprintf(out, "%s", nds_results[row]);
106                    }
107                    else {
108                        char *nds   = nds_results[row];
109                        char  c     = nds[maxnds];
110                        nds[maxnds] = 0;
111                        fprintf(out, "%-*s ", int(maxnds), nds);
112                        nds[maxnds] = c;
113                    }
114
115                    // print the matrix :
116                    for (col=0; col<nentries; col++) {
117                        if (tabbed) {
118                            fputc('\t', out);
119                        }
120                        else if ((col%4) == 0) { // empty column after 4 columns
121                            fprintf(out, "  ");
122                        }
123
124                        double val2 = matrix->get(row, col) * 100.0;
125                        {
126                            char buf[20];
127                            if (val2 > 99.9 || row == col)  sprintf(buf, "%4.0f", val2);
128                            else sprintf(buf, "%4.1f", val2);
129
130                            if (tabbed) { // convert '.' -> ','
131                                char *dot     = strchr(buf, '.');
132                                if (dot) *dot = ',';
133                            }
134                            fputs(buf, out);
135                        }
136
137                        if (!tabbed) fputc(' ', out);
138
139                        if (val2 > max) max = val2;
140                        if (val2 < min) min = val2;
141
142                        sum += val2; // ralf: before this added 'val' (which was included somehow)
143                    }
144                    fprintf(out, "\n");
145                }
146
147                fputc('\n', out);
148
149                fprintf(out, "Minimum:\t%f\n", min);
150                fprintf(out, "Maximum:\t%f\n", max);
151                fprintf(out, "Average:\t%f\n", sum/(nentries*nentries));
152
153                for (col=0; col<nentries; col++) free(nds_results[col]);
154                free(nds_results);
155            }
156            break;
157        default:
158            error = GB_export_error("Unknown Save Type");
159    }
160    fclose(out);
161    return (char *)error;
162}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.