source: branches/stable/NALIGNER/ali_pt.cxx

Last change on this file was 11060, checked in by westram, 6 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.3 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ali_pt.cxx                                        //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "ali_pt.hxx"
12
13int ALI_PT::init_communication() {
14    // Initialize the communication with the pt server
15    const char *user = GB_getenvUSER();
16    if (aisc_create(link, PT_MAIN, com,
17                    MAIN_LOCS, PT_LOCS, locs,
18                    LOCS_USER, user,
19                    NULL))
20    {
21        return 1;
22    }
23    return 0;
24}
25
26char *ALI_PT::get_family_member(char *specifiedfamily, unsigned long number)
27{
28    char *ptr = specifiedfamily;
29    char *end;
30    char *buffer, *dest;
31
32    while (number > 0 && *ptr != '\0' && *ptr != ';') {
33        while (*ptr != '\0' && *ptr != ';' && *ptr != ',')
34            ptr++;
35        if (*ptr == ',')
36            ptr++;
37        number--;
38    }
39
40    if (*ptr != '\0' && *ptr != ';') {
41        end = ptr;
42        while (*end != '\0' && *end != ',' && *end != ';')
43            end++;
44
45        buffer = dest = (char *) CALLOC((unsigned int)
46                                        (end - ptr) + 1, sizeof(char));
47        if (buffer == 0)
48            ali_fatal_error("Out of memory");
49
50        while (ptr != end)
51            *dest++ = *ptr++;
52        *dest = '\0';
53
54        return buffer;
55    }
56    return 0;
57}
58
59char *ALI_PT::get_extension_member(char *specifiedfamily,    unsigned long number)
60{
61    char *ptr = specifiedfamily;
62    char *end;
63    char *buffer, *dest;
64
65    while (*ptr != '\0' && *ptr != ';')
66        ptr++;
67    if (*ptr == ';')
68        ptr++;
69
70    while (number > 0 && *ptr != '\0') {
71        while (*ptr != '\0' && *ptr != ',')
72            ptr++;
73        if (*ptr == ',')
74            ptr++;
75        number--;
76    }
77
78    if (*ptr != '\0') {
79        end = ptr;
80        while (*end != '\0' && *end != ',')
81            end++;
82
83        buffer = dest = (char *) CALLOC((unsigned int) (end - ptr) + 1, sizeof(char));
84        if (buffer == 0)
85            ali_fatal_error("Out of memory");
86
87        while (ptr != end)
88            *dest++ = *ptr++;
89        *dest = '\0';
90
91        return buffer;
92    }
93
94    return 0;
95}
96
97
98int ALI_PT::open(char *servername)
99{
100    if (arb_look_and_start_server(AISC_MAGIC_NUMBER, servername)) {
101        ali_message ("Cannot contact Probe bank server");
102        return -1;
103    }
104
105    const char *socketid = GBS_read_arb_tcp(servername);
106
107    if (!socketid) {
108        ali_message(GB_await_error());
109        return -1;
110    }
111
112    GB_ERROR openerr = NULL;
113    link             = aisc_open(socketid, com, AISC_MAGIC_NUMBER, &openerr);
114
115    if (openerr) {
116        ali_message (openerr);
117        return -1;
118    }
119
120    if (!link) {
121        ali_message ("Cannot contact Probe bank server ");
122        return -1;
123    }
124
125    if (init_communication()) {
126        ali_message ("Cannot contact Probe bank server (2)");
127        return -1;
128    }
129
130    return 0;
131}
132
133void ALI_PT::close()
134{
135    if (link) aisc_close(link, com);
136    link = 0;
137}
138
139ALI_PT::ALI_PT(ALI_PT_CONTEXT *context)
140{
141    link = 0;
142
143    fam_list_max = context->fam_list_max;
144    ext_list_max = context->ext_list_max;
145    percent_min = context->percent_min;
146    matches_min = context->matches_min;
147
148    family_list = 0;
149    extension_list = 0;
150
151    if (context->use_specified_family != 0) {
152        mode = SpecifiedMode;
153        specified_family = strdup(context->use_specified_family);
154    }
155    else {
156        mode = ServerMode;
157        specified_family = 0;
158
159        ali_message("Connecting to PT server");
160        if (open(context->servername) != 0) {
161            ali_fatal_error("Can't connect to PT server");
162        }
163        ali_message("Connection established");
164    }
165}
166
167ALI_PT::~ALI_PT()
168{
169    close();
170
171    if (family_list != 0 && !family_list->is_empty()) {
172        delete family_list->first();
173        while (family_list->is_next())
174            delete family_list->next();
175        delete family_list;
176    }
177    if (extension_list != 0 && !extension_list->is_empty()) {
178        delete extension_list->first();
179        while (extension_list->is_next())
180            delete extension_list->next();
181        delete extension_list;
182    }
183}
184
185
186int ALI_PT::find_family(ALI_SEQUENCE *sequence, int find_type)
187{
188    unsigned long number;
189    int matches, max_matches;
190    char *seq_name;
191    T_PT_FAMILYLIST f_list;
192    ali_pt_member *pt_member;
193    char *species;
194
195    bytestring bs;
196    bs.data = sequence->string();
197    bs.size = strlen(bs.data)+1;
198
199    family_list = new ALI_TLIST<ali_pt_member *>;
200    extension_list = new ALI_TLIST<ali_pt_member *>;
201    if (family_list == 0 || extension_list == 0)
202        ali_fatal_error("Out of memory");
203
204    if (mode == ServerMode) {
205        /* Start find_family() at the PT_SERVER
206         *
207         * Here we have to make a loop, until the match count of the
208         * first member is big enought
209         */
210
211        T_PT_FAMILYFINDER ffinder;
212        if (aisc_create(link, PT_LOCS, locs,
213                        LOCS_FFINDER, PT_FAMILYFINDER, ffinder, 
214                        FAMILYFINDER_FIND_TYPE,   find_type,
215                        FAMILYFINDER_FIND_FAMILY, &bs,
216                        NULL))
217        {
218            ali_message ("Communication Error (2)");
219            return -1;
220        }
221
222        // Read family list
223        aisc_get(link, PT_FAMILYFINDER, ffinder,
224                 FAMILYFINDER_FAMILY_LIST, f_list.as_result_param(),
225                 NULL);
226        if (!f_list.exists())
227            ali_error("Family not found in PT Server");
228
229        aisc_get(link, PT_FAMILYLIST, f_list,
230                 FAMILYLIST_NAME,    &seq_name,
231                 FAMILYLIST_MATCHES, &matches,
232                 FAMILYLIST_NEXT,    f_list.as_result_param(),
233                 NULL);
234
235        while (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0) {
236            free(seq_name);
237            if (!f_list.exists())
238                ali_error("Family too small in PT Server");
239            aisc_get(link, PT_FAMILYLIST, f_list,
240                     FAMILYLIST_NAME,    &seq_name,
241                     FAMILYLIST_MATCHES, &matches,
242                     FAMILYLIST_NEXT,    f_list.as_result_param(),
243                     NULL);
244        }
245        // found the first element
246
247        // make the family list
248        max_matches = matches;
249        number = 0;
250        do {
251            pt_member = new ali_pt_member(seq_name, matches);
252            family_list->append_end(pt_member);
253            number++;
254            do {
255                if (!f_list.exists())
256                    ali_error("Family too small in PT Server");
257                aisc_get(link, PT_FAMILYLIST, f_list,
258                         FAMILYLIST_NAME,    &seq_name,
259                         FAMILYLIST_MATCHES, &matches,
260                         FAMILYLIST_NEXT,    f_list.as_result_param(),
261                         NULL);
262                if (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0)
263                    free(seq_name);
264            } while (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0);
265        } while (number < fam_list_max &&
266                 (float) matches / (float) max_matches > percent_min);
267
268        // make the extension list
269        number = 0;
270        while (number < ext_list_max) {
271            pt_member = new ali_pt_member(seq_name, matches);
272            extension_list->append_end(pt_member);
273            number++;
274            do {
275                if (!f_list.exists())
276                    ali_error("Family too small in PT Server");
277                aisc_get(link, PT_FAMILYLIST, f_list,
278                         FAMILYLIST_NAME,    &seq_name,
279                         FAMILYLIST_MATCHES, &matches,
280                         FAMILYLIST_NEXT,    f_list.as_result_param(),
281                         NULL);
282                if (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0)
283                    free(seq_name);
284            } while (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0);
285        }
286    }
287    else {
288        number = 0;
289        while ((species = get_family_member(specified_family, number)) != 0) {
290            pt_member = new ali_pt_member(species, matches_min);
291            if (pt_member == 0)
292                ali_fatal_error("Out of memory");
293            family_list->append_end(pt_member);
294            number++;
295        }
296
297        if (number == 0)
298            ali_fatal_error("Specified family too small");
299
300        number = 0;
301        while ((species = get_extension_member(specified_family, number)) != 0) {
302            pt_member = new ali_pt_member(species,
303                                          (int) (matches_min * percent_min) - 1);
304            if (pt_member == 0)
305                ali_fatal_error("Out of memory");
306            extension_list->append_end(pt_member);
307            number++;
308        }
309    }
310
311    free(bs.data);
312    return 0;
313}
314
315
316ALI_TLIST<ali_pt_member *> *ALI_PT::get_family_list()
317{
318    ALI_TLIST<ali_pt_member *> *ret;
319
320    ret = family_list;
321    family_list = 0;
322
323    return ret;
324}
325
326
327ALI_TLIST<ali_pt_member *> *ALI_PT::get_extension_list()
328{
329    ALI_TLIST<ali_pt_member *> *ret;
330
331    ret = extension_list;
332    extension_list = 0;
333
334    return ret;
335}
336
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.