source: tags/arb-6.0/ARB_GDE/GDE_global.cxx

Last change on this file was 11886, checked in by westram, 10 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 4.2 KB
Line 
1// ================================================================ //
2//                                                                  //
3//   File      : GDE_global.cxx                                     //
4//   Purpose   : Global data for GDE interface                      //
5//                                                                  //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)        //
7//   http://www.arb-home.de/                                        //
8//                                                                  //
9// ================================================================ //
10
11#include "GDE_extglob.h"
12
13int  DataType;
14int  FileFormat;
15char FileName[80];
16
17// Months of the year
18const char *GDEmonth[] = {
19    "-JAN-", "-FEB-", "-MAR-", "-APR-", "-MAY-", "-JUN-",
20    "-JUL-", "-AUG-", "-SEP-", "-OCT-", "-NOV-", "-DEC-"
21};
22
23// Tables for DNA/RNA <--> ASCII translation
24int Default_RNA_Trans[128] = {
25    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper
26    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lower
27    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper select
28    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lwr select
29    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
30    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
31    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
32    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
33};
34
35int Default_DNA_Trans[128] = {
36    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper
37    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lower
38    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper select
39    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lwr select
40    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
41    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
42    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
43    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
44};
45
46int Default_NA_RTrans[128] = {
47    0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
48    0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x10, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
49    // Upper case alpha
50    0x01, 0xe, 0x02, 0x0d, 0, 0, 0x04, 0x0b, 0, 0, 0x0c, 0, 0x03, 0x0f, 0, 0, 0, 0x05, 0x06, 0x08,
51    0x08, 0x07, 0x09, 0x0f, 0xa, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
52    // Lower case alpha
53    0x11, 0x1e, 0x12, 0x1d, 0, 0, 0x14, 0x1b, 0, 0, 0x1c, 0, 0x13, 0x1f, 0, 0, 0, 0x15, 0x16, 0x18,
54    0x18, 0x17, 0x19, 0x1f, 0x1a, 0, 0, 0, 0, 0x10, 0
55};
56
57
58// Character->color lookup table
59
60int Default_NAColor_LKUP[128] = {
61    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
62    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
63    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
64    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
65    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
66    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
67    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
68    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13
69};
70
71int Default_PROColor_LKUP[128] = {
72    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
73    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
74    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
75    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
76    12, 2, 8, 3, 8, 8, 6, 2, 4, 5, 12, 4, 5, 5, 8, 12, 2,
77    8, 4, 2, 2, 12, 5, 6, 12, 6, 8, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
78    2, 8, 3, 8, 8, 6, 2, 4, 5, 12, 4, 5, 5, 8, 12, 2,
79    8, 4, 2, 2, 12, 5, 6, 12, 6, 8, 12, 12, 12, 12, 12
80};
81
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.