source: tags/arb-6.0/GDE/CLUSTALW/matrices.h

Last change on this file was 176, checked in by jobb, 23 years ago

* empty log message *
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 38.9 KB
Line 
1char *amino_acid_order = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ";
2
3short blosum30mt[]={
4  4,
5  0,  5,
6 -3, -2, 17,
7  0,  5, -3,  9,
8  0,  0,  1,  1,  6,
9 -2, -3, -3, -5, -4, 10,
10  0,  0, -4, -1, -2, -3,  8,
11 -2, -2, -5, -2,  0, -3, -3, 14,
12  0, -2, -2, -4, -3,  0, -1, -2,  6,
13  0,  0, -3,  0,  2, -1, -1, -2, -2,  4,
14 -1, -1,  0, -1, -1,  2, -2, -1,  2, -2,  4,
15  1, -2, -2, -3, -1, -2, -2,  2,  1,  2,  2,  6,
16  0,  4, -1,  1, -1, -1,  0, -1,  0,  0, -2,  0,  8,
17 -1, -2, -3, -1,  1, -4, -1,  1, -3,  1, -3, -4, -3, 11,
18  1, -1, -2, -1,  2, -3, -2,  0, -2,  0, -2, -1, -1,  0,  8,
19 -1, -2, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -3,  1, -2,  0, -2, -1,  3,  8,
20  1,  0, -2,  0,  0, -1,  0, -1, -1,  0, -2, -2,  0, -1, -1, -1,  4,
21  1,  0, -2, -1, -2, -2, -2, -2,  0, -1,  0,  0,  1,  0,  0, -3,  2,  5,
22  1, -2, -2, -2, -3,  1, -3, -3,  4, -2,  1,  0, -2, -4, -3, -1, -1,  1,  5,
23 -5, -5, -2, -4, -1,  1,  1, -5, -3, -2, -2, -3, -7, -3, -1,  0, -3, -5, -3, 20,
24  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1,  0, -1,  0,  0,  0, -2, -1,
25 -4, -3, -6, -1, -2,  3, -3,  0, -1, -1,  3, -1, -4, -2, -1,  0, -2, -1,  1,  5, -1,  9,
26  0,  0,  0,  0,  5, -4, -2,  0, -3,  1, -1, -1, -1,  0,  4,  0, -1, -1, -3, -1,  0, -2,  4};
27
28/*
29short blosum35mt[]={
30  5,
31 -1,  5,
32 -2, -2, 15,
33 -1,  5, -3,  8,
34 -1,  0, -1,  2,  6,
35 -2, -2, -4, -3, -3,  8,
36  0,  0, -3, -2, -2, -3,  7,
37 -2,  0, -4,  0, -1, -3, -2, 12,
38 -1, -2, -4, -3, -3,  1, -3, -3,  5,
39  0,  0, -2, -1,  1, -1, -1, -2, -2,  5,
40 -2, -2, -2, -2, -1,  2, -3, -2,  2, -2,  5,
41  0, -2, -4, -3, -2,  0, -1,  1,  1,  0,  3,  6,
42 -1,  4, -1,  1, -1, -1,  1,  1, -1,  0, -2, -1,  7,
43 -2, -1, -4, -1,  0, -4, -2, -1, -1,  0, -3, -3, -2, 10,
44  0,  0, -3, -1,  2, -4, -2, -1, -2,  0, -2, -1,  1,  0,  7,
45 -1, -1, -3, -1, -1, -1, -2, -1, -3,  2, -2,  0, -1, -2,  2,  8,
46  1,  0, -3, -1,  0, -1,  1, -1, -2,  0, -2, -1,  0, -2,  0, -1,  4,
47  0, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1,  0,  0,  0,  0,  0,  0, -2,  2,  5,
48  0, -2, -2, -2, -2,  1, -3, -4,  4, -2,  2,  1, -2, -3, -3, -1, -1,  1,  5,
49 -2, -3, -5, -3, -1,  1, -1, -4, -1,  0,  0,  1, -2, -4, -1,  0, -2, -2, -2, 16,
50  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1, -1, -1,  0,  0,  0, -1, -1,
51 -1, -2, -5, -2, -1,  3, -2,  0,  0, -1,  0,  0, -2, -3,  0,  0, -1, -2,  0,  3, -1,  8,
52 -1,  0, -2,  1,  5, -3, -2, -1, -3,  1, -2, -2,  0,  0,  4,  0,  0, -1, -2, -1,  0, -1,  4};
53*/
54short blosum40mt[]={
55  5,
56 -1,  5,
57 -2, -2, 16,
58 -1,  6, -2,  9,
59 -1,  1, -2,  2,  7,
60 -3, -3, -2, -4, -3,  9,
61  1, -1, -3, -2, -3, -3,  8,
62 -2,  0, -4,  0,  0, -2, -2, 13,
63 -1, -3, -4, -4, -4,  1, -4, -3,  6,
64 -1,  0, -3,  0,  1, -3, -2, -1, -3,  6,
65 -2, -3, -2, -3, -2,  2, -4, -2,  2, -2,  6,
66 -1, -3, -3, -3, -2,  0, -2,  1,  1, -1,  3,  7,
67 -1,  4, -2,  2, -1, -3,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  8,
68 -2, -2, -5, -2,  0, -4, -1, -2, -2, -1, -4, -2, -2, 11,
69  0,  0, -4, -1,  2, -4, -2,  0, -3,  1, -2, -1,  1, -2,  8,
70 -2, -1, -3, -1, -1, -2, -3,  0, -3,  3, -2, -1,  0, -3,  2,  9,
71  1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  1, -1,  5,
72  0,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1,  0, -1, -1,  0,  0, -1, -2,  2,  6,
73  0, -3, -2, -3, -3,  0, -4, -4,  4, -2,  2,  1, -3, -3, -3, -2, -1,  1,  5,
74 -3, -4, -6, -5, -2,  1, -2, -5, -3, -2, -1, -2, -4, -4, -1, -2, -5, -4, -3, 19,
75  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
76 -2, -3, -4, -3, -2,  4, -3,  2,  0, -1,  0,  1, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1,  3, -1,  9,
77 -1,  2, -3,  1,  5, -4, -2,  0, -4,  1, -2, -2,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  5};
78
79short blosum45mt[]={
80  5,
81 -1,  4,
82 -1, -2, 12,
83 -2,  5, -3,  7,
84 -1,  1, -3,  2,  6,
85 -2, -3, -2, -4, -3,  8,
86  0, -1, -3, -1, -2, -3,  7,
87 -2,  0, -3,  0,  0, -2, -2, 10,
88 -1, -3, -3, -4, -3,  0, -4, -3,  5,
89 -1,  0, -3,  0,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
90 -1, -3, -2, -3, -2,  1, -3, -2,  2, -3,  5,
91 -1, -2, -2, -3, -2,  0, -2,  0,  2, -1,  2,  6,
92 -1,  4, -2,  2,  0, -2,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  6,
93 -1, -2, -4, -1,  0, -3, -2, -2, -2, -1, -3, -2, -2,  9,
94 -1,  0, -3,  0,  2, -4, -2,  1, -2,  1, -2,  0,  0, -1,  6,
95 -2, -1, -3, -1,  0, -2, -2,  0, -3,  3, -2, -1,  0, -2,  1,  7,
96  1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2, -1, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  4,
97  0,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  5,
98  0, -3, -1, -3, -3,  0, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -3, -3, -2, -1,  0,  5,
99 -2, -4, -5, -4, -3,  1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15,
100  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
101 -2, -2, -3, -2, -2,  3, -3,  2,  0, -1,  0,  0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1,  3, -1,  8,
102 -1,  2, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -2, -1,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  4};
103
104/*
105short blosum50mt[]={
106  5,
107 -2,  5,
108 -1, -3, 13,
109 -2,  5, -4,  8,
110 -1,  1, -3,  2,  6,
111 -3, -4, -2, -5, -3,  8,
112  0, -1, -3, -1, -3, -4,  8,
113 -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2, 10,
114 -1, -4, -2, -4, -4,  0, -4, -4,  5,
115 -1,  0, -3, -1,  1, -4, -2,  0, -3,  6,
116 -2, -4, -2, -4, -3,  1, -4, -3,  2, -3,  5,
117 -1, -3, -2, -4, -2,  0, -3, -1,  2, -2,  3,  7,
118 -1,  4, -2,  2,  0, -4,  0,  1, -3,  0, -4, -2,  7,
119 -1, -2, -4, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -4, -3, -2, 10,
120 -1,  0, -3,  0,  2, -4, -2,  1, -3,  2, -2,  0,  0, -1,  7,
121 -2, -1, -4, -2,  0, -3, -3,  0, -4,  3, -3, -2, -1, -3,  1,  7,
122  1,  0, -1,  0, -1, -3,  0, -1, -3,  0, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  5,
123  0,  0, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  5,
124  0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  4, -3,  1,  1, -3, -3, -3, -3, -2,  0,  5,
125 -3, -5, -5, -5, -3,  1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -1, -3, -4, -3, -3, 15,
126 -1, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1,  0, -1, -3, -1,
127 -2, -3, -3, -3, -2,  4, -3,  2, -1, -2, -1,  0, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1,  2, -1,  8,
128 -1,  2, -3,  1,  5, -4, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  5};
129
130short blosum55mt[]={
131  5,
132 -2,  5,
133  0, -4, 13,
134 -2,  5, -4,  8,
135 -1,  1, -4,  2,  7,
136 -3, -5, -3, -5, -4,  9,
137  0, -1, -3, -2, -3, -4,  8,
138 -2,  0, -4, -1, -1, -1, -2, 11,
139 -2, -4, -2, -4, -4,  0, -5, -4,  6,
140 -1,  0, -4, -1,  1, -4, -2,  0, -4,  6,
141 -2, -4, -2, -5, -4,  1, -5, -3,  2, -3,  6,
142 -1, -3, -2, -4, -3,  0, -3, -2,  2, -2,  3,  8,
143 -2,  4, -3,  2,  0, -4,  0,  1, -4,  0, -4, -3,  8,
144 -1, -2, -3, -2, -1, -5, -3, -3, -3, -1, -4, -3, -2, 10,
145 -1,  0, -4,  0,  2, -4, -2,  1, -4,  2, -3,  0,  0, -1,  7,
146 -2, -1, -4, -2,  0, -3, -3,  0, -4,  3, -3, -2, -1, -3,  1,  8,
147  2,  0, -1,  0,  0, -3,  0, -1, -3,  0, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  5,
148  0, -1, -1, -1, -1, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  6,
149  0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  4, -3,  1,  1, -4, -3, -3, -3, -2,  0,  5,
150 -4, -5, -4, -5, -3,  2, -3, -3, -3, -4, -3, -2, -5, -5, -2, -3, -4, -3, -4, 15,
151 -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
152 -2, -3, -3, -3, -2,  4, -4,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -1, -2, -2, -2, -2,  3, -1,  9,
153 -1,  2, -4,  1,  5, -4, -3,  0, -4,  1, -3, -2,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -3, -1, -2,  5};
154
155
156short blosum62mt[]={
157  4,
158 -2,  4,
159  0, -3,  9,
160 -2,  4, -3,  6,
161 -1,  1, -4,  2,  5,
162 -2, -3, -2, -3, -3,  6,
163  0, -1, -3, -1, -2, -3,  6,
164 -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  8,
165 -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4,
166 -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
167 -1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  4,
168 -1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  5,
169 -2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  6,
170 -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  7,
171 -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  5,
172 -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  5,
173  1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  4,
174  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,
175  0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  4,
176 -3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11,
177  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
178 -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  7,
179 -1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  4};
180*/
181
182short blosum62mt2[]={
183  8,
184 -4,  8,
185  0, -6, 18,
186 -4,  8, -6, 12,
187 -2,  2, -8,  4, 10,
188 -4, -6, -4, -6, -6, 12,
189  0, -2, -6, -2, -4, -6, 12,
190 -4,  0, -6, -2,  0, -2, -4, 16,
191 -2, -6, -2, -6, -6,  0, -8, -6,  8,
192 -2,  0, -6, -2,  2, -6, -4, -2, -6, 10,
193 -2, -8, -2, -8, -6,  0, -8, -6,  4, -4,  8,
194 -2, -6, -2, -6, -4,  0, -6, -4,  2, -2,  4, 10,
195 -4,  6, -6,  2,  0, -6,  0,  2, -6,  0, -6, -4, 12,
196 -2, -4, -6, -2, -2, -8, -4, -4, -6, -2, -6, -4, -4, 14,
197 -2,  0, -6,  0,  4, -6, -4,  0, -6,  2, -4,  0,  0, -2, 10,
198 -2, -2, -6, -4,  0, -6, -4,  0, -6,  4, -4, -2,  0, -4,  2, 10,
199  2,  0, -2,  0,  0, -4,  0, -2, -4,  0, -4, -2,  2, -2,  0, -2,  8,
200  0, -2, -2, -2, -2, -4, -4, -4, -2, -2, -2, -2,  0, -2, -2, -2,  2, 10,
201  0, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -6,  6, -4,  2,  2, -6, -4, -4, -6, -4,  0,  8,
202 -6, -8, -4, -8, -6,  2, -4, -4, -6, -6, -4, -2, -8, -8, -4, -6, -6, -4, -6, 22,
203  0, -2, -4, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -4, -2, -2,  0,  0, -2, -4, -2,
204 -4, -6, -4, -6, -4,  6, -6,  4, -2, -4, -2, -2, -4, -6, -2, -4, -4, -4, -2,  4, -2, 14,
205 -2,  2, -6,  2,  8, -6, -4,  0, -6,  2, -6, -2,  0, -2,  6,  0,  0, -2, -4, -6, -2, -4,  8};
206
207/*
208short blosum65mt[]={
209  4,
210 -2,  4,
211  0, -3,  9,
212 -2,  4, -4,  6,
213 -1,  1, -4,  2,  5,
214 -2, -3, -2, -4, -3,  6,
215  0, -1, -3, -1, -2, -3,  6,
216 -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  8,
217 -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4,
218 -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
219 -2, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -3,  4,
220 -1, -3, -2, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -2,  2,  6,
221 -2,  3, -3,  1,  0, -3, -1,  1, -3,  0, -4, -2,  6,
222 -1, -2, -3, -2, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -3, -2,  8,
223 -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  1, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  6,
224 -1, -1, -4, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -2,  0, -2,  1,  6,
225  1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  4,
226  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,
227  0, -3, -1, -3, -3, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  4,
228 -3, -4, -2, -5, -3,  1, -3, -2, -2, -3, -2, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -3, -3, 10,
229 -1, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1,
230 -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  7,
231 -1,  1, -4,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -2,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  4};
232
233short blosum70mt[]={
234  4,
235 -2,  4,
236 -1, -4,  9,
237 -2,  4, -4,  6,
238 -1,  1, -4,  1,  5,
239 -2, -4, -2, -4, -4,  6,
240  0, -1, -3, -2, -2, -4,  6,
241 -2, -1, -4, -1,  0, -1, -2,  8,
242 -2, -4, -1, -4, -4,  0, -4, -4,  4,
243 -1, -1, -4, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
244 -2, -4, -2, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -3,  4,
245 -1, -3, -2, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -2,  2,  6,
246 -2,  3, -3,  1,  0, -3, -1,  0, -4,  0, -4, -2,  6,
247 -1, -2, -3, -2, -1, -4, -3, -2, -3, -1, -3, -3, -2,  8,
248 -1,  0, -3, -1,  2, -3, -2,  1, -3,  1, -2,  0,  0, -2,  6,
249 -2, -1, -4, -2,  0, -3, -3,  0, -3,  2, -3, -2, -1, -2,  1,  6,
250  1,  0, -1,  0,  0, -3, -1, -1, -3,  0, -3, -2,  0, -1,  0, -1,  4,
251  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,
252  0, -3, -1, -4, -3, -1, -4, -3,  3, -3,  1,  1, -3, -3, -2, -3, -2,  0,  4,
253 -3, -4, -3, -5, -4,  1, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -3, -3, 11,
254 -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
255 -2, -3, -3, -4, -3,  3, -4,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2,  2, -2,  7,
256 -1,  0, -4,  1,  4, -4, -2,  0, -3,  1, -3, -2,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -3, -3, -1, -2,  4};
257
258short blosum75mt[]={
259  4,
260 -2,  4,
261 -1, -4,  9,
262 -2,  4, -4,  6,
263 -1,  1, -5,  1,  5,
264 -3, -4, -2, -4, -4,  6,
265  0, -1, -3, -2, -3, -4,  6,
266 -2, -1, -4, -1,  0, -2, -2,  8,
267 -2, -4, -1, -4, -4,  0, -5, -4,  4,
268 -1, -1, -4, -1,  1, -4, -2, -1, -3,  5,
269 -2, -4, -2, -4, -4,  0, -4, -3,  1, -3,  4,
270 -1, -3, -2, -4, -2,  0, -3, -2,  1, -2,  2,  6,
271 -2,  3, -3,  1, -1, -4, -1,  0, -4,  0, -4, -3,  6,
272 -1, -2, -4, -2, -1, -4, -3, -2, -3, -1, -3, -3, -3,  8,
273 -1,  0, -3, -1,  2, -4, -2,  1, -3,  1, -3,  0,  0, -2,  6,
274 -2, -1, -4, -2,  0, -3, -3,  0, -3,  2, -3, -2, -1, -2,  1,  6,
275  1,  0, -1, -1,  0, -3, -1, -1, -3,  0, -3, -2,  0, -1,  0, -1,  5,
276  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,
277  0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  3, -3,  1,  1, -3, -3, -2, -3, -2,  0,  4,
278 -3, -5, -3, -5, -4,  1, -3, -2, -3, -4, -2, -2, -4, -5, -2, -3, -3, -3, -3, 11,
279 -1, -2, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
280 -2, -3, -3, -4, -3,  3, -4,  2, -2, -2, -1, -2, -3, -4, -2, -2, -2, -2, -2,  2, -2,  7,
281 -1,  0, -4,  1,  4, -4, -2,  0, -4,  1, -3, -2,  0, -2,  3,  0,  0, -1, -3, -3, -1, -3,  4};
282*/
283
284short blosum80mt[]={
285  7,
286 -3,  6,
287 -1, -6, 13,
288 -3,  6, -7, 10,
289 -2,  1, -7,  2,  8,
290 -4, -6, -4, -6, -6, 10,
291  0, -2, -6, -3, -4, -6,  9,
292 -3, -1, -7, -2,  0, -2, -4, 12,
293 -3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6,  7,
294 -1, -1, -6, -2,  1, -5, -3, -1, -5,  8,
295 -3, -7, -3, -7, -6,  0, -7, -5,  2, -4,  6,
296 -2, -5, -3, -6, -4,  0, -5, -4,  2, -3,  3,  9,
297 -3,  5, -5,  2, -1, -6, -1,  1, -6,  0, -6, -4,  9,
298 -1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -2, -5, -4, -4, 12,
299 -2, -1, -5, -1,  3, -5, -4,  1, -5,  2, -4, -1,  0, -3,  9,
300 -3, -2, -6, -3, -1, -5, -4,  0, -5,  3, -4, -3, -1, -3,  1,  9,
301  2,  0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -1, -4, -3,  1, -2, -1, -2,  7,
302  0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -1, -3, -1,  0, -3, -1, -2,  2,  8,
303 -1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5,  4, -4,  1,  1, -5, -4, -4, -4, -3,  0,  7,
304 -5, -8, -5, -8, -6,  0, -6, -4, -5, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16,
305 -1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2,
306 -4, -5, -5, -6, -5,  4, -6,  3, -3, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3,  3, -3, 11,
307 -2,  0, -7,  1,  6, -6, -4,  0, -6,  1, -5, -3, -1, -2,  5,  0, -1, -2, -4, -5, -1, -4,  6};
308
309/*
310short blosum85mt[]={
311  5,
312 -2,  4,
313 -1, -4,  9,
314 -2,  4, -5,  7,
315 -1,  0, -5,  1,  6,
316 -3, -4, -3, -4, -4,  7,
317  0, -1, -4, -2, -3, -4,  6,
318 -2, -1, -5, -2, -1, -2, -3,  8,
319 -2, -5, -2, -5, -4, -1, -5, -4,  5,
320 -1, -1, -4, -1,  0, -4, -2, -1, -3,  6,
321 -2, -5, -2, -5, -4,  0, -5, -3,  1, -3,  4,
322 -2, -4, -2, -4, -3, -1, -4, -3,  1, -2,  2,  7,
323 -2,  4, -4,  1, -1, -4, -1,  0, -4,  0, -4, -3,  7,
324 -1, -3, -4, -2, -2, -4, -3, -3, -4, -2, -4, -3, -3,  8,
325 -1, -1, -4, -1,  2, -4, -3,  1, -4,  1, -3,  0,  0, -2,  6,
326 -2, -2, -4, -2, -1, -4, -3,  0, -4,  2, -3, -2, -1, -2,  1,  6,
327  1,  0, -2, -1, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -3, -2,  0, -1, -1, -1,  5,
328  0, -1, -2, -2, -1, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -2, -1, -2,  1,  5,
329 -1, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  3, -3,  0,  0, -4, -3, -3, -3, -2,  0,  5,
330 -3, -5, -4, -6, -4,  0, -4, -3, -3, -5, -3, -2, -5, -5, -3, -4, -4, -4, -3, 11,
331 -1, -2, -3, -2, -1, -2, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -3, -2,
332 -3, -4, -3, -4, -4,  3, -5,  2, -2, -3, -2, -2, -3, -4, -2, -3, -2, -2, -2,  2, -2,  7,
333 -1,  0, -5,  1,  4, -4, -3,  0, -4,  1, -4, -2, -1, -2,  4,  0, -1, -1, -3, -4, -1, -3,  4};
334
335short blosum90mt[]={
336  5,
337 -2,  4,
338 -1, -4,  9,
339 -3,  4, -5,  7,
340 -1,  0, -6,  1,  6,
341 -3, -4, -3, -5, -5,  7,
342  0, -2, -4, -2, -3, -5,  6,
343 -2, -1, -5, -2, -1, -2, -3,  8,
344 -2, -5, -2, -5, -4, -1, -5, -4,  5,
345 -1, -1, -4, -1,  0, -4, -2, -1, -4,  6,
346 -2, -5, -2, -5, -4,  0, -5, -4,  1, -3,  5,
347 -2, -4, -2, -4, -3, -1, -4, -3,  1, -2,  2,  7,
348 -2,  4, -4,  1, -1, -4, -1,  0, -4,  0, -4, -3,  7,
349 -1, -3, -4, -3, -2, -4, -3, -3, -4, -2, -4, -3, -3,  8,
350 -1, -1, -4, -1,  2, -4, -3,  1, -4,  1, -3,  0,  0, -2,  7,
351 -2, -2, -5, -3, -1, -4, -3,  0, -4,  2, -3, -2, -1, -3,  1,  6,
352  1,  0, -2, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -3, -2,  0, -2, -1, -1,  5,
353  0, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -2, -1, -2,  1,  6,
354 -1, -4, -2, -5, -3, -2, -5, -4,  3, -3,  0,  0, -4, -3, -3, -3, -2, -1,  5,
355 -4, -6, -4, -6, -5,  0, -4, -3, -4, -5, -3, -2, -5, -5, -3, -4, -4, -4, -3, 11,
356 -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2,
357 -3, -4, -4, -4, -4,  3, -5,  1, -2, -3, -2, -2, -3, -4, -3, -3, -3, -2, -3,  2, -2,  8,
358 -1,  0, -5,  0,  4, -4, -3,  0, -4,  1, -4, -2, -1, -2,  4,  0, -1, -1, -3, -4, -1, -3,  4};
359*/
360
361short pam20mt[]={
362  6,
363 -5,  6,
364 -8,-14, 10,
365 -4,  6,-16,  8,
366 -3,  0,-16,  2,  8,
367 -9,-12,-15,-17,-16,  9,
368 -3, -4,-11, -4, -5,-10,  7,
369 -8, -2, -8, -5, -6, -7,-10,  9,
370 -6, -7, -7, -9, -6, -3,-13,-11,  9,
371 -8, -3,-16, -6, -5,-16, -8, -8, -7,  7,
372 -7,-10,-17,-15,-10, -4,-12, -7, -2, -9,  7,
373 -6,-12,-16,-13, -8, -5,-10,-13, -2, -3,  0, 11,
374 -5,  6,-13,  1, -3,-10, -4, -1, -6, -2, -8,-11,  8,
375 -2, -8, -9, -9, -7,-11, -7, -5,-10, -8, -8, -9, -7,  8,
376 -5, -4,-16, -4,  0,-15, -8,  0, -9, -4, -6, -5, -5, -4,  9,
377 -8, -9, -9,-12,-11,-10,-11, -3, -6, -1,-10, -5, -7, -5, -2,  9,
378 -1, -2, -4, -5, -5, -7, -3, -7, -8, -5, -9, -6, -1, -3, -6, -4,  7,
379 -1, -4, -9, -6, -7,-10, -7, -8, -3, -4, -8, -5, -3, -5, -7, -8,  0,  7,
380 -3, -9, -7, -9, -8, -9, -7, -7,  1,-10, -3, -2, -9, -7, -8, -9, -8, -4,  7,
381-16,-11,-18,-17,-19, -6,-17, -8,-16,-14, -7,-15, -9,-16,-15, -3, -6,-15,-18, 13,
382 -4, -6,-11, -7, -6, -9, -6, -6, -6, -6, -7, -6, -4, -6, -6, -7, -4, -5, -6,-13, -6,
383 -9, -7, -5,-13, -9,  1,-16, -4, -7,-10, -8,-13, -5,-16,-14,-11, -8, -7, -8, -6, -9, 10,
384 -4, -1,-16,  0,  6,-16, -6, -2, -7, -5, -8, -6, -4, -5,  7, -5, -6, -7, -8,-17, -6,-11,  6};
385
386short pam60mt[]={
387  5,
388 -2,  5,
389 -5, -9,  9,
390 -2,  5,-10,  7,
391 -1,  2,-10,  3,  7,
392 -6, -8, -9,-11,-10,  8,
393  0, -2, -7, -2, -2, -7,  6,
394 -5,  0, -6, -2, -3, -4, -6,  8,
395 -3, -4, -4, -5, -4, -1, -7, -6,  7,
396 -5, -1,-10, -2, -3,-10, -5, -4, -4,  6,
397 -4, -7,-11, -9, -7, -1, -8, -4,  0, -6,  6,
398 -3, -6,-10, -7, -5, -2, -6, -7,  1,  0,  2, 10,
399 -2,  5, -7,  2,  0, -6, -1,  1, -4,  0, -5, -6,  6,
400  0, -4, -6, -5, -3, -7, -4, -2, -6, -4, -5, -6, -4,  7,
401 -3, -1,-10, -1,  2, -9, -5,  2, -5, -1, -3, -2, -2, -1,  7,
402 -5, -5, -6, -6, -6, -7, -7,  0, -4,  2, -6, -2, -3, -2,  0,  8,
403  1,  0, -1, -2, -2, -5,  0, -4, -4, -2, -6, -4,  1,  0, -3, -2,  5,
404  1, -2, -5, -3, -4, -6, -3, -5, -1, -2, -5, -2, -1, -2, -4, -4,  1,  6,
405 -1, -5, -4, -6, -4, -5, -4, -5,  3, -6, -1,  0, -5, -4, -5, -5, -4, -1,  6,
406-10, -8,-12,-11,-12, -3,-11, -5,-10, -8, -4, -9, -6,-10, -9,  0, -4, -9,-11, 13,
407 -2, -3, -6, -3, -3, -5, -3, -3, -3, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -4, -2, -2, -3, -8, -3,
408 -6, -5, -2, -8, -7,  3,-10, -2, -4, -7, -5, -7, -3,-10, -8, -8, -5, -5, -5, -3, -5,  9,
409 -2,  1,-10,  2,  5,-10, -3,  0, -4, -2, -5, -4, -1, -2,  6, -2, -3, -4, -5,-11, -3, -7,  5};
410
411short pam120mt[]={
412  3,
413  0,  4,
414 -3, -6,  9,
415  0,  4, -7,  5,
416  0,  3, -7,  3,  5,
417 -4, -5, -6, -7, -7,  8,
418  1,  0, -4,  0, -1, -5,  5,
419 -3,  1, -4,  0, -1, -3, -4,  7,
420 -1, -3, -3, -3, -3,  0, -4, -4,  6,
421 -2,  0, -7, -1, -1, -7, -3, -2, -3,  5,
422 -3, -4, -7, -5, -4,  0, -5, -3,  1, -4,  5,
423 -2, -4, -6, -4, -3, -1, -4, -4,  1,  0,  3,  8,
424 -1,  3, -5,  2,  1, -4,  0,  2, -2,  1, -4, -3,  4,
425  1, -2, -4, -3, -2, -5, -2, -1, -3, -2, -3, -3, -2,  6,
426 -1,  0, -7,  1,  2, -6, -3,  3, -3,  0, -2, -1,  0,  0,  6,
427 -3, -2, -4, -3, -3, -5, -4,  1, -2,  2, -4, -1, -1, -1,  1,  6,
428  1,  0,  0,  0, -1, -3,  1, -2, -2, -1, -4, -2,  1,  1, -2, -1,  3,
429  1,  0, -3, -1, -2, -4, -1, -3,  0, -1, -3, -1,  0, -1, -2, -2,  2,  4,
430  0, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3,  3, -4,  1,  1, -3, -2, -3, -3, -2,  0,  5,
431 -7, -6, -8, -8, -8, -1, -8, -3, -6, -5, -3, -6, -4, -7, -6,  1, -2, -6, -8, 12,
432 -1, -1, -4, -2, -1, -3, -2, -2, -1, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -5, -2,
433 -4, -3, -1, -5, -5,  4, -6, -1, -2, -5, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -2, -3,  8,
434 -1,  2, -7,  3,  4, -6, -2,  1, -3, -1, -3, -2,  0, -1,  4, -1, -1, -2, -3, -7, -1, -5,  4};
435
436/*
437short pam160mt[]={
438  2,
439  0,  3,
440 -2, -4,  9,
441  0,  3, -5,  4,
442  0,  2, -5,  3,  4,
443 -3, -4, -5, -6, -5,  7,
444  1,  0, -3,  0,  0, -4,  4,
445 -2,  1, -3,  0,  0, -2, -3,  6,
446 -1, -2, -2, -3, -2,  0, -3, -3,  5,
447 -2,  0, -5,  0, -1, -5, -2, -1, -2,  4,
448 -2, -4, -6, -4, -3,  1, -4, -2,  2, -3,  5,
449 -1, -3, -5, -3, -2,  0, -3, -3,  2,  0,  3,  7,
450  0,  2, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  3,
451  1, -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -2, -1,  5,
452 -1,  1, -5,  1,  2, -5, -2,  2, -2,  0, -2, -1,  0,  0,  5,
453 -2, -1, -3, -2, -2, -4, -3,  1, -2,  3, -3, -1, -1, -1,  1,  6,
454  1,  0,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -2, -1, -3, -2,  1,  1, -1, -1,  2,
455  1,  0, -2, -1, -1, -3, -1, -2,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,
456  0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -2,  3, -3,  1,  1, -2, -2, -2, -3, -1,  0,  4,
457 -5, -5, -7, -6, -7, -1, -7, -3, -5, -4, -2, -4, -4, -5, -5,  1, -2, -5, -6, 12,
458  0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -4, -1,
459 -3, -3,  0, -4, -4,  5, -5,  0, -2, -4, -2, -3, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -3, -1, -3,  8,
460  0,  2, -5,  2,  3, -5, -1,  1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  3,  0, -1, -1, -2, -6, -1, -4,  3};
461
462short pam250mt[]={
463  2,
464  0,  3,
465 -2, -4, 12,
466  0,  3, -5,  4,
467  0,  3, -5,  3,  4,
468 -3, -4, -4, -6, -5,  9,
469  1,  0, -3,  1,  0, -5,  5,
470 -1,  1, -3,  1,  1, -2, -2,  6,
471 -1, -2, -2, -2, -2,  1, -3, -2,  5,
472 -1,  1, -5,  0,  0, -5, -2,  0, -2,  5,
473 -2, -3, -6, -4, -3,  2, -4, -2,  2, -3,  6,
474 -1, -2, -5, -3, -2,  0, -3, -2,  2,  0,  4,  6,
475  0,  2, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,
476  1, -1, -3, -1, -1, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,
477  0,  1, -5,  2,  2, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  0,  4,
478 -2, -1, -4, -1, -1, -4, -3,  2, -2,  3, -3,  0,  0,  0,  1,  6,
479  1,  0,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1, -1,  0,  2,
480  1,  0, -2,  0,  0, -3,  0, -1,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,
481  0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  2,  2, -2, -1, -2, -2, -1,  0,  4,
482 -6, -5, -8, -7, -7,  0, -7, -3, -5, -3, -2, -4, -4, -6, -5,  2, -2, -5, -6, 17,
483  0, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -4, -1,
484 -3, -3,  0, -4, -4,  7, -5,  0, -1, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2,  0, -2, 10,
485  0,  2, -5,  3,  3, -5,  0,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0,  3,  0,  0, -1, -2, -6, -1, -4,  3};
486*/
487short pam350mt[]={
488  2,
489  1,  3,
490 -2, -5, 18,
491  1,  3, -6,  4,
492  1,  3, -6,  4,  4,
493 -4, -5, -5, -6, -6, 13,
494  2,  1, -4,  1,  1, -6,  5,
495 -1,  1, -4,  1,  1, -2, -2,  7,
496  0, -2, -3, -2, -2,  2, -2, -2,  5,
497 -1,  1, -6,  1,  0, -6, -1,  1, -2,  5,
498 -2, -4, -7, -4, -4,  3, -4, -2,  4, -3,  8,
499 -1, -2, -6, -3, -2,  1, -3, -2,  3,  0,  5,  6,
500  0,  2, -4,  2,  2, -4,  1,  2, -2,  1, -3, -2,  2,
501  1,  0, -3,  0,  0, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,
502  0,  2, -6,  2,  3, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  1,  4,
503 -1,  0, -4, -1,  0, -5, -2,  2, -2,  4, -3,  0,  1,  0,  2,  7,
504  1,  1,  0,  1,  0, -4,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1,  0,  0,  1,
505  1,  0, -2,  0,  0, -3,  1, -1,  0,  0, -2, -1,  1,  1,  0, -1,  1,  2,
506  0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  3,  2, -2, -1, -2, -3, -1,  0,  5,
507 -7, -6,-10, -8, -8,  1, -8, -3, -6, -4, -2, -5, -5, -7, -5,  4, -3, -6, -7, 27,
508  0,  0, -3, -1,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  0,  0,  0,  0, -1,  0,  0,  0, -5, -1,
509 -4, -4,  1, -5, -5, 11, -6,  0,  0, -5,  0, -2, -3, -6, -5, -5, -3, -3, -2,  1, -2, 14,
510  0,  2, -6,  3,  3, -6,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,  0,  3,  1,  0,  0, -2, -7,  0, -5,  3};
511
512/*
513short md_40mt[]={
514  9,
515  0,  0,
516 -7,  0, 16,
517 -6,  0,-13, 11,
518 -5,  0,-15,  3, 11,
519-11,  0, -5,-15,-16, 13,
520 -3,  0, -7, -4, -4,-15, 10,
521 -9,  0, -6, -4, -8, -7,-10, 14,
522 -6,  0,-11,-12,-12, -5,-13,-11, 11,
523 -8,  0,-12, -8, -3,-16, -9, -6,-11, 11,
524 -9,  0,-10,-14,-13, -1,-14, -7, -1,-12,  9,
525 -6,  0, -9,-12,-11, -7,-12, -9,  1, -7,  1, 14,
526 -6,  0, -8,  1, -5,-12, -5,  0, -8, -1,-12, -9, 12,
527 -2,  0,-11,-11,-11,-11, -9, -4,-11,-10, -5,-10, -9, 12,
528 -7,  0,-12, -6,  0,-14, -9,  2,-12, -1, -6, -8, -5, -3, 12,
529 -7,  0, -5,-10, -8,-15, -4,  0,-10,  3, -9, -8, -6, -6,  0, 11,
530  0,  0, -2, -6, -8, -6, -2, -6, -8, -7, -7, -8,  1, -1, -7, -5,  9,
531  1,  0, -7, -8, -8,-11, -7, -7, -2, -5, -9, -2, -2, -4, -7, -6,  1, 10,
532 -1,  0, -7, -9, -8, -6, -8,-12,  4,-12, -2,  0,-10, -9,-11,-11, -7, -4, 10,
533-14,  0, -4,-15,-15, -7, -7,-13,-13,-13, -8,-11,-14,-14,-11, -4, -9,-12,-10, 18,
534  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
535-13,  0, -2, -8,-14,  2,-13,  2, -9,-13, -9,-11, -6,-13, -9,-10, -7,-10,-11, -6,  0, 14,
536  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
537
538short md_120mt[]={
539  6,
540  0,  0,
541 -3,  0, 14,
542 -2,  0, -7,  8,
543 -2,  0, -8,  5,  8,
544 -6,  0, -2, -9,-10, 11,
545  0,  0, -3,  0, -1, -9,  8,
546 -4,  0, -2, -1, -3, -2, -4, 11,
547 -1,  0, -5, -7, -7, -1, -6, -6,  7,
548 -4,  0, -6, -2,  0, -9, -4, -1, -6,  8,
549 -4,  0, -5, -8, -8,  2, -8, -4,  2, -6,  7,
550 -2,  0, -5, -7, -6, -2, -6, -5,  3, -4,  3, 10,
551 -1,  0, -3,  3, -1, -6, -1,  2, -4,  1, -6, -5,  8,
552  0,  0, -5, -5, -5, -5, -4, -1, -5, -4, -2, -5, -3,  9,
553 -3,  0, -6, -1,  2, -7, -4,  4, -6,  2, -3, -4, -1,  0,  9,
554 -3,  0, -2, -4, -3, -8, -1,  2, -6,  4, -5, -4, -2, -2,  2,  8,
555  2,  0,  0, -2, -3, -3,  0, -2, -3, -3, -3, -3,  2,  1, -3, -2,  5,
556  2,  0, -3, -3, -4, -6, -2, -3,  0, -2, -4,  0,  1,  0, -3, -3,  2,  6,
557  1,  0, -3, -5, -5, -2, -4, -6,  5, -6,  1,  2, -5, -4, -6, -6, -3,  0,  7,
558 -8,  0,  0, -9, -9, -3, -3, -6, -7, -6, -4, -6, -8, -8, -6, -1, -5, -7, -6, 17,
559  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
560 -7,  0,  2, -4, -7,  5, -8,  4, -5, -7, -4, -6, -2, -7, -4, -5, -3, -6, -6, -2,  0, 12,
561  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
562
563short md_250mt[]={
564  2,
565  0,  0,
566 -1,  0, 11,
567 -1,  0, -3,  5,
568 -1,  0, -4,  4,  5,
569 -3,  0,  0, -5, -5,  8,
570  1,  0, -1,  1,  1, -5,  5,
571 -2,  0,  0,  0,  0,  0, -2,  6,
572  0,  0, -2, -3, -3,  0, -3, -3,  4,
573 -1,  0, -3,  0,  1, -5, -1,  1, -3,  5,
574 -1,  0, -2, -4, -4,  2, -4, -2,  2, -3,  5,
575  0,  0, -2, -3, -3,  0, -3, -2,  3, -2,  3,  6,
576  0,  0, -1,  2,  1, -3,  0,  1, -2,  1, -3, -2,  3,
577  1,  0, -2, -2, -2, -2, -1,  0, -2, -1,  0, -2, -1,  6,
578 -1,  0, -3,  0,  2, -4, -1,  3, -3,  2, -2, -2,  0,  0,  5,
579 -1,  0, -1, -1,  0, -4,  0,  2, -3,  4, -3, -2,  0, -1,  2,  5,
580  1,  0,  1,  0, -1, -2,  1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  1, -1, -1,  2,
581  2,  0, -1, -1, -1, -2,  0, -1,  1, -1, -1,  0,  1,  1, -1, -1,  1,  2,
582  1,  0, -2, -3, -2,  0, -2, -3,  4, -3,  2,  2, -2, -1, -3, -3, -1,  0,  4,
583 -4,  0,  1, -5, -5, -1, -1, -3, -4, -3, -2, -3, -4, -4, -3,  0, -3, -4, -3, 15,
584  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
585 -3,  0,  2, -2, -4,  5, -4,  4, -2, -3, -1, -3, -1, -3, -2, -2, -1, -3, -3,  0,  0,  9,
586  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
587
588short md_350mt[]={
589  1,
590  0,  0,
591  0,  0,  9,
592  0,  0, -2,  3,
593  0,  0, -2,  3,  3,
594 -2,  0,  1, -3, -4,  6,
595  1,  0,  0,  1,  1, -3,  4,
596 -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1,  3,
597  0,  0, -1, -2, -2,  1, -2, -2,  3,
598 -1,  0, -1,  0,  1, -3,  0,  1, -2,  3,
599 -1,  0, -1, -3, -3,  2, -2, -1,  2, -2,  3,
600  0,  0, -1, -2, -2,  1, -2, -1,  2, -2,  2,  3,
601  0,  0, -1,  1,  1, -2,  0,  1, -1,  1, -2, -1,  2,
602  1,  0, -1, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1,  0, -1,  0,  4,
603 -1,  0, -2,  1,  1, -2,  0,  2, -2,  2, -1, -1,  0,  0,  3,
604 -1,  0,  0,  0,  0, -3,  0,  1, -2,  3, -2, -1,  0,  0,  2,  3,
605  1,  0,  0,  0,  0, -1,  1,  0, -1,  0, -1, -1,  1,  1,  0,  0,  1,
606  1,  0,  0,  0, -1, -1,  0, -1,  0,  0, -1,  0,  0,  1, -1,  0,  1,  1,
607  0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2,  2, -2,  1,  2, -1, -1, -2, -2,  0,  0,  2,
608 -3,  0,  1, -4, -3,  0, -1, -2, -3, -2, -1, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -3, -2, 14,
609  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
610 -2,  0,  2, -2, -2,  5, -3,  3, -1, -2,  0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -2,  0,  0,  7,
611  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
612*/
613
614short idmat[]={
61510,
616 0, 10,
617 0, 0, 10,
618 0, 0, 0, 10,
619 0, 0, 0, 0, 10,
620 0, 0, 0, 0, 0, 10,
621 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
622 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
623 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
624 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
625 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
626 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
627 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
628 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
629 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
630 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
631 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
632 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
633 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
634 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
635 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
636 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
637 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10};
638
639short gon40mt[]={
640  92,
641   0,   0,
642 -31,   0, 163,
643 -56,   0,-135, 111,
644 -37,   0,-140,  16, 105,
645 -92,   0, -64,-152,-143, 126,
646 -32,   0, -91, -51, -76,-152, 105,
647 -65,   0, -67, -41, -40, -50, -81, 145,
648 -76,   0, -87,-150,-106, -39,-158, -94, 104,
649 -54,   0,-132, -47, -13,-127, -79, -34, -86, 103,
650 -68,   0, -85,-155,-108, -13,-141, -85,   5, -85,  89,
651 -45,   0, -63,-130, -80, -16,-114, -60,  10, -57,  16, 140,
652 -62,   0, -83,   6, -38,-104, -40,  -7, -99, -20,-112, -91, 115,
653 -37,   0,-137, -69, -60,-128, -87, -71,-108, -62, -83,-119, -78, 124,
654 -43,   0,-113, -32,  10,-100, -71,   0, -91,   2, -60, -35, -25, -46, 118,
655 -61,   0, -86, -77, -50,-130, -69, -31,-103,  19, -84, -81, -47, -73,  -6, 112,
656   0,   0, -35, -36, -41,-111, -37, -48, -95, -43, -95, -64, -11, -35, -35, -51,  99,
657 -25,   0, -59, -47, -52, -90, -85, -46, -51, -34, -78, -44, -27, -42, -39, -52,  13, 100,
658 -22,   0, -43,-133, -74, -58,-122, -98,  28, -82, -18, -22,-103, -86, -79, -88, -74, -25,  97,
659-120,   0, -68,-171,-131,  -6,-108, -70, -93,-127, -71, -72,-119,-149, -87, -63, -98,-120,-115, 181,
660   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
661 -95,   0, -56, -98,-107,  31,-129,   5, -76, -88, -64, -66, -62,-106, -81, -75, -69, -87, -73,   1,   0, 135,
662   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
663
664short gon80mt[]={
665  75,
666   0,   0,
667 -10,   0, 154,
668 -31,   0, -93,  96,
669 -17,   0, -94,  31,  88,
670 -64,   0, -39,-111,-102, 114,
671 -11,   0, -61, -26, -47,-115,  97,
672 -39,   0, -43, -17, -17, -26, -53, 127,
673 -43,   0, -54,-106, -73, -15,-114, -64,  86,
674 -30,   0, -88, -21,   4, -89, -50, -12, -59,  85,
675 -43,   0, -55,-109, -75,   7,-104, -57,  22, -58,  77,
676 -26,   0, -39, -88, -53,   3, -83, -38,  25, -37,  31, 117,
677 -34,   0, -55,  21, -13, -75, -18,   9, -71,  -2, -79, -62,  97,
678 -16,   0, -93, -42, -35, -93, -58, -45, -75, -37, -58, -78, -48, 114,
679 -22,   0, -76,  -9,  23, -70, -44,  14, -60,  17, -39, -19,  -6, -24,  95,
680 -36,   0, -60, -44, -23, -90, -43, -10, -71,  33, -58, -53, -22, -45,  11,  97,
681  14,   0, -15, -14, -19, -77, -16, -25, -62, -20, -64, -41,   5, -14, -15, -27,  78,
682  -5,   0, -34, -24, -27, -62, -52, -24, -28, -15, -49, -25,  -7, -20, -18, -27,  25,  81,
683  -6,   0, -21, -89, -51, -31, -86, -65,  41, -54,   3,   1, -69, -57, -51, -60, -43,  -9,  80,
684 -87,   0, -43,-124, -98,  16, -81, -43, -63, -89, -44, -45, -86,-112, -62, -41, -72, -87, -80, 173,
685   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
686 -65,   0, -32, -69, -74,  49, -94,  21, -47, -60, -35, -37, -39, -76, -53, -50, -46, -58, -47,  23,   0, 123,
687   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
688
689short gon120mt[]={
690  59,
691   0,   0,
692  -1,   0, 144,
693 -18,   0, -69,  82,
694  -9,   0, -68,  35,  72,
695 -48,   0, -26, -87, -78, 102,
696  -3,   0, -45, -14, -31, -92,  90,
697 -26,   0, -31,  -7,  -6, -14, -37, 110,
698 -27,   0, -36, -80, -55,  -3, -87, -48,  72,
699 -19,   0, -64,  -8,  11, -67, -34,  -2, -44,  69,
700 -30,   0, -39, -82, -57,  15, -82, -42,  28, -44,  66,
701 -17,   0, -26, -64, -40,  11, -65, -28,  29, -27,  34,  95,
702 -20,   0, -41,  26,  -1, -58,  -7,  14, -55,   5, -61, -46,  80,
703  -6,   0, -68, -28, -22, -72, -41, -31, -56, -24, -44, -56, -32, 105,
704 -12,   0, -56,   1,  25, -53, -30,  17, -43,  20, -30, -14,   1, -14,  74,
705 -23,   0, -45, -27, -10, -68, -30,  -1, -53,  36, -44, -38, -10, -30,  16,  83,
706  16,   0,  -7,  -5,  -9, -58,  -6, -14, -44, -10, -47, -29,  10,  -5,  -7, -15,  60,
707   2,   0, -21, -13, -15, -47, -35, -14, -17,  -6, -34, -16,   0, -10,  -9, -16,  26,  64,
708   0,   0, -11, -65, -38, -17, -65, -47,  42, -39,  13,  10, -50, -42, -36, -44, -28,  -3,  65,
709 -68,   0, -29, -96, -78,  27, -66, -28, -46, -68, -29, -31, -68, -89, -49, -30, -57, -67, -59, 166,
710   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
711 -48,   0, -20, -53, -56,  55, -74,  26, -31, -44, -20, -22, -28, -59, -38, -37, -35, -42, -33,  33,   0, 111,
712   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
713
714short gon160mt[]={
715  46,
716   0,   0,
717   3,   0, 135,
718 -11,   0, -53,  70,
719  -4,   0, -52,  34,  59,
720 -38,   0, -18, -70, -62,  91,
721   2,   0, -34,  -7, -21, -76,  82,
722 -18,   0, -23,  -1,  -1,  -7, -27,  93,
723 -18,   0, -25, -62, -43,   3, -70, -37,  59,
724 -12,   0, -48,  -1,  13, -53, -24,   2, -35,  55,
725 -22,   0, -29, -65, -45,  19, -67, -32,  30, -34,  57,
726 -12,   0, -19, -50, -31,  14, -52, -21,  29, -21,  34,  76,
727 -12,   0, -31,  26,   5, -47,  -2,  15, -44,   8, -48, -36,  65,
728  -1,   0, -52, -19, -14, -58, -30, -22, -43, -16, -35, -42, -22,  96,
729  -7,   0, -42,   6,  23, -41, -21,  17, -32,  20, -24, -12,   5,  -8,  56,
730 -16,   0, -35, -16,  -3, -53, -21,   3, -41,  35, -35, -29,  -4, -21,  17,  71,
731  16,   0,  -2,   0,  -3, -45,  -1,  -8, -33,  -4, -36, -23,  11,   0,  -2,  -9,  44,
732   5,   0, -14,  -6,  -8, -36, -24,  -8, -12,  -2, -24, -11,   3,  -4,  -4,  -9,  23,  50,
733   1,   0,  -6, -49, -30,  -8, -52, -35,  40, -30,  17,  14, -38, -32, -27, -34, -20,   0,  53,
734 -55,   0, -21, -78, -64,  32, -55, -19, -34, -54, -20, -22, -55, -74, -40, -24, -47, -54, -45, 158,
735   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
736 -37,   0, -13, -42, -44,  56, -60,  27, -20, -35, -11, -13, -22, -48, -29, -29, -28, -32, -24,  38,   0, 100,
737   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
738
739short gon250mt[]={
740  24,
741   0,   0,
742   5,   0, 115,
743  -3,   0, -32,  47,
744   0,   0, -30,  27,  36,
745 -23,   0,  -8, -45, -39,  70,
746   5,   0, -20,   1,  -8, -52,  66,
747  -8,   0, -13,   4,   4,  -1, -14,  60,
748  -8,   0, -11, -38, -27,  10, -45, -22,  40,
749  -4,   0, -28,   5,  12, -33, -11,   6, -21,  32,
750 -12,   0, -15, -40, -28,  20, -44, -19,  28, -21,  40,
751  -7,   0,  -9, -30, -20,  16, -35, -13,  25, -14,  28,  43,
752  -3,   0, -18,  22,   9, -31,   4,  12, -28,   8, -30, -22,  38,
753   3,   0, -31,  -7,  -5, -38, -16, -11, -26,  -6, -23, -24,  -9,  76,
754  -2,   0, -24,   9,  17, -26, -10,  12, -19,  15, -16, -10,   7,  -2,  27,
755  -6,   0, -22,  -3,   4, -32, -10,   6, -24,  27, -22, -17,   3,  -9,  15,  47,
756  11,   0,   1,   5,   2, -28,   4,  -2, -18,   1, -21, -14,   9,   4,   2,  -2,  22,
757   6,   0,  -5,   0,  -1, -22, -11,  -3,  -6,   1, -13,  -6,   5,   1,   0,  -2,  15,  25,
758   1,   0,   0, -29, -19,   1, -33, -20,  31, -17,  18,  16, -22, -18, -15, -20, -10,   0,  34,
759 -36,   0, -10, -52, -43,  36, -40,  -8, -18, -35,  -7, -10, -36, -50, -27, -16, -33, -35, -26, 142,
760   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
761 -22,   0,  -5, -28, -27,  51, -40,  22,  -7, -21,   0,  -2, -14, -31, -17, -18, -19, -19, -11,  41,   0,  78,
762   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
763
764short gon300mt[]={
765  16,
766   0,   0,
767   5,   0, 104,
768  -1,   0, -24,  37,
769   1,   0, -23,  23,  27,
770 -18,   0,  -5, -37, -31,  60,
771   5,   0, -15,   3,  -4, -42,  58,
772  -6,   0, -10,   5,   4,   0, -10,  45,
773  -6,   0,  -7, -30, -21,  11, -36, -16,  33,
774  -2,   0, -21,   6,  11, -26,  -7,   5, -17,  24,
775  -9,   0, -10, -32, -22,  19, -36, -14,  25, -17,  33,
776  -5,   0,  -6, -24, -16,  15, -28, -10,  22, -11,  24,  31,
777  -1,   0, -14,  18,   9, -25,   5,  10, -22,   8, -24, -17,  27,
778   3,   0, -23,  -4,  -2, -30, -11,  -8, -20,  -3, -18, -19,  -6,  66,
779  -1,   0, -18,   9,  14, -20,  -6,   9, -15,  13, -13,  -8,   7,  -1,  18,
780  -4,   0, -17,   0,   5, -25,  -6,   6, -19,  22, -18, -13,   4,  -6,  13,  37,
781   8,   0,   1,   5,   3, -22,   4,  -1, -14,   2, -17, -11,   7,   4,   2,   0,  15,
782   5,   0,  -3,   1,   1, -17,  -7,  -1,  -4,   2,  -9,  -5,   4,   2,   1,  -1,  11,  17,
783   0,   0,   1, -23, -15,   4, -26, -15,  26, -13,  17,  15, -17, -14, -12, -15,  -8,   0,  26,
784 -29,   0,  -7, -42, -36,  36, -34,  -5, -13, -28,  -4,  -6, -30, -41, -23, -14, -27, -28, -19, 132,
785   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
786 -17,   0,  -3, -22, -22,  46, -33,  18,  -3, -17,   3,   1, -12, -25, -14, -14, -15, -15,  -7,  40,   0,  67,
787   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
788
789short gon350mt[]={
790  10,
791   0,   0,
792   4,   0,  93,
793   0,   0, -19,  29,
794   1,   0, -17,  19,  20,
795 -14,   0,  -3, -30, -25,  51,
796   5,   0, -12,   4,  -2, -35,  51,
797  -4,   0,  -8,   5,   4,   1,  -7,  33,
798  -4,   0,  -5, -24, -17,  11, -29, -13,  27,
799  -1,   0, -16,   6,   9, -21,  -4,   5, -13,  18,
800  -7,   0,  -7, -25, -18,  18, -30, -11,  22, -14,  28,
801  -4,   0,  -4, -19, -13,  14, -23,  -8,  19,  -9,  21,  23,
802   0,   0, -11,  15,   9, -20,   5,   8, -18,   7, -19, -14,  20,
803   3,   0, -18,  -2,   0, -25,  -7,  -5, -16,  -2, -15, -14,  -3,  56,
804   0,   0, -14,   8,  11, -16,  -4,   7, -11,  10, -11,  -7,   6,   0,  12,
805  -2,   0, -13,   2,   6, -20,  -4,   6, -15,  18, -14, -11,   4,  -4,  10,  28,
806   6,   0,   1,   5,   3, -18,   5,   0, -11,   2, -13,  -9,   6,   4,   2,   1,  10,
807   4,   0,  -2,   2,   1, -13,  -5,  -1,  -3,   2,  -7,  -4,   4,   2,   1,   0,   8,  11,
808   0,   0,   2, -18, -12,   5, -21, -11,  22, -10,  16,  14, -13, -11,  -9, -12,  -6,   0,  21,
809 -24,   0,  -4, -35, -29,  35, -30,  -3,  -9, -23,  -1,  -3, -24, -34, -19, -12, -22, -23, -14, 124,
810   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,
811 -14,   0,  -1, -18, -17,  42, -27,  15,  -1, -14,   5,   2, -10, -20, -11, -12, -12, -12,  -4,  39,   0,  57,
812   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0};
813
814
815char *nucleic_acid_order = "ABCDGHKMNRSTUVWXY";
816 
817short clustalvdnamt[]={
818 10,
819  0,  0,
820  0,  0, 10,
821  0,  0,  0,  0,
822  0,  0,  0,  0, 10,
823  0,  0,  0,  0,  0,  0,
824  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
825  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
826  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
827  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
828  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
829  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0, 10,
830  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0, 10,
831  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
832  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
833  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
834  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};
835
836short swgapdnamt[]={
837 10,
838 -9, 10,
839 -9, 10, 10,
840 10, 10, -9, 10,
841 -9, 10, -9, 10, 10,
842 10, 10, 10, 10, -9, 10,
843 -9, 10, -9, 10, 10, 10, 10,
844 10, 10, 10, 10, -9, 10, -9, 10,
845 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10,
846 10, 10, -9, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10,
847 -9, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10,
848 -9, 10, -9, 10, -9, 10, 10, -9, 10, -9, -9, 10,
849 -9, 10, -9, 10, -9, 10, 10, -9, 10, -9, -9, 10, 10,
850 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, -9, -9, 10,
851 10, 10, -9, 10, -9, 10, 10, 10, 10, 10, -9, 10, 10, 10, 10,
852 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10,
853 -9, 10, 10, 10, -9, 10, 10, 10, 10, -9, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10};
854
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.