| 1 | // =============================================================== // |
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| 2 | // // |
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| 3 | // File : AP_pos_var_pars.h // |
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| 4 | // Purpose : // |
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| 6 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 7 | // http://www.arb-home.de/ // |
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| 8 | // // |
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| 9 | // =============================================================== // |
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| 11 | #ifndef AP_POS_VAR_PARS_H |
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| 12 | #define AP_POS_VAR_PARS_H |
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| 13 | |
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| 14 | #ifndef ARBDB_BASE_H |
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| 15 | #include <arbdb_base.h> |
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| 16 | #endif |
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| 17 | #ifndef ARBTOOLS_H |
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| 18 | #include <arbtools.h> |
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| 19 | #endif |
|---|
| 20 | #ifndef NT_LOCAL_PROTO_H |
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| 21 | #include "NT_local_proto.h" |
|---|
| 22 | #endif |
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| 23 | |
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| 24 | class AW_window; |
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| 25 | class AW_root; |
|---|
| 26 | |
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| 27 | #define AWAR_PVP_SAI "tmp/pos_var_pars/sai" |
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| 28 | #define AWAR_PVP_TREE "tmp/pos_var_pars/tree" |
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| 29 | |
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| 30 | class arb_progress; |
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| 31 | |
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| 32 | class AP_pos_var : virtual Noncopyable { |
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| 33 | GBDATA *gb_main; |
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| 34 | long treesize; // max value for slider |
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| 35 | arb_progress *progress; |
|---|
| 36 | GB_UINT4 *frequencies[256]; // count every occurrence |
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| 37 | GB_UINT4 *transitions; // minimum transitions |
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| 38 | GB_UINT4 *transversions; // minimum transversions (dna only) |
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| 39 | unsigned char char_2_freq[256]; // mapper (~ toupper) |
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| 40 | long char_2_transition[256]; // a->1 c->2 g->4 ... |
|---|
| 41 | long char_2_transversion[256]; // y->1 r->2 |
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| 42 | |
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| 43 | long getsize(GBT_TREE *tree); // size of tree |
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| 44 | long ali_len; // max len of alignment |
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| 45 | long is_dna; |
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| 46 | char *ali_name; |
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| 47 | char *tree_name; |
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| 48 | |
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| 49 | const char *parsimony(GBT_TREE *tree, GB_UINT4 *bases = 0, GB_UINT4 *ltbases = 0); |
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| 51 | public: |
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| 52 | |
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| 53 | AP_pos_var(GBDATA *gb_main, char *ali_name, long ali_len, int isdna, char *tree_name); |
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| 54 | ~AP_pos_var(); |
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| 55 | |
|---|
| 56 | GB_ERROR retrieve(GBT_TREE *tree); |
|---|
| 57 | GB_ERROR delete_old_sai(const char *sai_name); |
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| 58 | GB_ERROR save_sai(const char *sai_name); |
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| 59 | }; |
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| 60 | |
|---|
| 61 | #else |
|---|
| 62 | #error AP_pos_var_pars.h included twice |
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| 63 | #endif // AP_POS_VAR_PARS_H |
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