source: tags/ms_r16q2/EDIT4/ED4_main.cxx

Last change on this file was 14786, checked in by westram, 8 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 22.7 KB
Line 
1// ============================================================= //
2//                                                               //
3//   File      : ED4_main.cxx                                    //
4//   Purpose   :                                                 //
5//                                                               //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)     //
7//   http://www.arb-home.de/                                     //
8//                                                               //
9// ============================================================= //
10
11
12#include "ed4_class.hxx"
13#include "ed4_awars.hxx"
14#include "ed4_edit_string.hxx"
15#include "ed4_nds.hxx"
16#include "ed4_visualizeSAI.hxx"
17#include "ed4_ProteinViewer.hxx"
18#include "ed4_protein_2nd_structure.hxx"
19#include "ed4_dots.hxx"
20#include "ed4_naligner.hxx"
21#include "ed4_seq_colors.hxx"
22#include "graph_aligner_gui.hxx"
23#include <ed4_extern.hxx>
24
25#include <st_window.hxx>
26#include <gde.hxx>
27#include <AW_helix.hxx>
28#include <AP_pro_a_nucs.hxx>
29#include <ad_config.h>
30#include <awt_map_key.hxx>
31#include <awt.hxx>
32
33#include <aw_preset.hxx>
34#include <aw_awars.hxx>
35#include <aw_msg.hxx>
36#include <aw_root.hxx>
37#include <aw_advice.hxx>
38
39#include <arbdbt.h>
40
41#include <arb_defs.h>
42#include <arb_global_defs.h>
43#include <macros.hxx>
44#include <aw_question.hxx>
45
46AW_HEADER_MAIN
47
48ED4_root *ED4_ROOT;
49GBDATA   *GLOBAL_gb_main = NULL; // global gb_main for arb_edit4
50
51int TERMINALHEIGHT;
52
53int INFO_TERM_TEXT_YOFFSET;
54int SEQ_TERM_TEXT_YOFFSET;
55
56int MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH; // greatest # of characters in a sequence string terminal
57int MAXSPECIESWIDTH;
58int MAXINFOWIDTH;               // # of pixels used to display sequence info ("CONS", "4data", etc.)
59
60long ED4_counter = 0;
61
62size_t         not_found_counter; // nr of species which haven't been found
63GBS_strstruct *not_found_message;
64
65long         max_seq_terminal_length; // global maximum of sequence terminal length
66ED4_EDITMODE awar_edit_mode;
67long         awar_edit_rightward;
68bool         move_cursor;             // only needed for editing in consensus
69bool         DRAW;
70
71inline void replaceChars(char *s, char o, char n) {
72    while (1) {
73        char c = *s++;
74        if (!c) {
75            break;
76        }
77        if (c==o) {
78            s[-1] = n;
79        }
80    }
81}
82
83inline void set_and_realloc_gde_array(uchar **&the_names, uchar **&the_sequences, long &allocated, long &numberspecies, long &maxalign,
84                                      const char *name, int name_len, const char *seq, int seq_len)
85{
86    if (allocated==numberspecies)
87    {
88        long new_allocated = (allocated*3)/2;
89
90        the_names = (uchar**)GB_recalloc(the_names, allocated, new_allocated, sizeof(*the_names));
91        the_sequences = (uchar**)GB_recalloc(the_sequences, allocated, new_allocated, sizeof(*the_sequences));
92        allocated = new_allocated;
93    }
94
95    the_names[numberspecies] = (uchar*)GB_calloc(name_len+1, sizeof(char));
96    memcpy(the_names[numberspecies], name, name_len);
97    the_names[numberspecies][name_len] = 0;
98    replaceChars((char*)the_names[numberspecies], ' ', '_');
99
100    the_sequences[numberspecies] = (uchar*)GB_calloc(seq_len+1, sizeof(char));
101    memcpy(the_sequences[numberspecies], seq, seq_len);
102    the_sequences[numberspecies][seq_len] = 0;
103
104    if (seq_len>maxalign) {
105        maxalign = seq_len;
106    }
107
108    numberspecies++;
109}
110
111static char *add_area_for_gde(ED4_area_manager *area_man, uchar **&the_names, uchar **&the_sequences,
112                              long &allocated, long &numberspecies, long &maxalign,
113                              int show_sequence, int show_SAI, int show_helix, int show_consensus, int show_remark)
114{
115    ED4_terminal *terminal = area_man->get_first_terminal();
116    ED4_terminal *last     = area_man->get_last_terminal();
117
118    for (; terminal;) {
119        if (terminal->is_species_name_terminal()) {
120            ED4_species_manager *species_manager = terminal->get_parent(ED4_L_SPECIES)->to_species_manager();
121            ED4_species_name_terminal *species_name = species_manager->search_spec_child_rek(ED4_L_SPECIES_NAME)->to_species_name_terminal();
122            int name_len;
123            char *name = species_name->resolve_pointer_to_string_copy(&name_len);
124            ED4_sequence_terminal *sequence_terminal;
125
126            {
127                ED4_base *sequence_term  = species_manager->search_spec_child_rek(ED4_L_SEQUENCE_STRING);
128                if (!sequence_term) goto end_of_loop;
129                sequence_terminal = sequence_term->to_sequence_terminal();
130            }
131
132            int show = -1;
133
134            bool is_consensus = false;
135            bool is_SAI       = false;
136
137            if (terminal->is_consensus_terminal()) {
138                is_consensus = true;
139                show         = show_consensus;
140            }
141            else if (terminal->is_SAI_terminal()) {
142                is_SAI = true;
143                show   = show_SAI;
144            }
145            else {
146                show = show_sequence;
147            }
148
149            e4_assert(show!=-1);
150
151            if (show) {
152                int seq_len;
153                char *seq = 0;
154
155                if (is_consensus) {
156                    ED4_group_manager *group_manager = sequence_terminal->get_parent(ED4_L_GROUP)->to_group_manager();
157
158                    group_manager->build_consensus_string(&seq_len);
159                    e4_assert(strlen(seq) == size_t(seq_len));
160
161                    ED4_group_manager *folded_group_man = sequence_terminal->is_in_folded_group();
162
163                    if (folded_group_man) { // we are in a folded group
164                        if (folded_group_man==group_manager) { // we are the consensus of the folded group
165                            if (folded_group_man->is_in_folded_group()) { // a folded group inside a folded group -> do not show
166                                freenull(seq);
167                            }
168                            else { // group folded but consensus shown -> add '-' before name
169                                char *new_name = (char*)GB_calloc(name_len+2, sizeof(char));
170
171                                sprintf(new_name, "-%s", name);
172                                freeset(name, new_name);
173                                name_len++;
174                            }
175                        }
176                        else { // we are really inside a folded group -> don't show
177                            freenull(seq);
178                        }
179                    }
180                }
181                else { // sequence
182                    if (!sequence_terminal->is_in_folded_group()) {
183                        seq = sequence_terminal->resolve_pointer_to_string_copy(&seq_len);
184                    }
185                }
186
187                if (seq) {
188                    set_and_realloc_gde_array(the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, name, name_len, seq, seq_len);
189                    if (show_helix && !is_SAI && ED4_ROOT->helix->size()) {
190                        char *helix = ED4_ROOT->helix->seq_2_helix(seq, '.');
191                        set_and_realloc_gde_array(the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, name, name_len, helix, seq_len);
192                        free(helix);
193                    }
194                    if (show_remark && !is_consensus) {
195                        ED4_multi_sequence_manager *ms_man = sequence_terminal->get_parent(ED4_L_MULTI_SEQUENCE)->to_multi_sequence_manager();
196                        ED4_base *remark_name_term = ms_man->search_ID("remark");
197                        if (remark_name_term) {
198                            ED4_base *remark_term = remark_name_term->get_next_terminal();
199                            e4_assert(remark_term);
200
201                            int remark_len;
202                            char *remark = remark_term->resolve_pointer_to_string_copy(&remark_len);
203
204                            replaceChars(remark, ' ', '_');
205                            set_and_realloc_gde_array(the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, name, name_len, remark, remark_len);
206                            free(remark);
207                        }
208                    }
209                    free(seq);
210                }
211            }
212            free(name);
213        }
214    end_of_loop :
215        if (terminal==last) break;
216        terminal = terminal->get_next_terminal();
217    }
218
219    return 0;
220}
221
222static char *ED4_create_sequences_for_gde(GBDATA **&the_species, uchar **&the_names, uchar **&the_sequences, long &numberspecies, long &maxalign) {
223    int top     = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area")->read_int();
224    int tops    = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area_sai")->read_int();
225    int toph    = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area_helix")->read_int();
226    int topk    = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area_kons")->read_int();
227    int topr    = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area_remark")->read_int();
228    int middle  = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area")->read_int();
229    int middles = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area_sai")->read_int();
230    int middleh = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area_helix")->read_int();
231    int middlek = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area_kons")->read_int();
232    int middler = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area_remark")->read_int();
233
234    numberspecies = 0;
235    maxalign = 0;
236
237    long allocated = 100;
238    the_species = 0;
239    the_names = (uchar**)GB_calloc(allocated, sizeof(*the_names));
240    the_sequences = (uchar**)GB_calloc(allocated, sizeof(*the_sequences));
241
242    char *err = add_area_for_gde(ED4_ROOT->top_area_man, the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, top, tops, toph, topk, topr);
243    if (!err) {
244        err = add_area_for_gde(ED4_ROOT->middle_area_man, the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, middle, middles, middleh, middlek, middler);
245    }
246
247    if (allocated!=(numberspecies+1)) {
248        the_names = (uchar**)GB_recalloc(the_names, allocated, numberspecies+1, sizeof(*the_names));
249        the_sequences = (uchar**)GB_recalloc(the_sequences, allocated, numberspecies+1, sizeof(*the_sequences));
250    }
251
252    return err;
253}
254
255void ED4_setup_gaps_and_alitype(const char *gap_chars, GB_alignment_type alitype) {
256    BaseFrequencies::setup(gap_chars, alitype);
257}
258
259static void ED4_gap_chars_changed(AW_root *root) {
260    char *gap_chars = root->awar_string(ED4_AWAR_GAP_CHARS)->read_string();
261    ED4_setup_gaps_and_alitype(gap_chars, ED4_ROOT->alignment_type);
262    free(gap_chars);
263}
264
265void ED4_with_all_edit_windows(void (*cb)(ED4_window *)) {
266    for (ED4_window *win = ED4_ROOT->first_window; win; win = win->next) {
267        ED4_LocalWinContext uses(win);
268        cb(win);
269    }
270}
271
272static void redraw_cursor(ED4_window *win) { win->cursor.redraw(); }
273static void ED4_edit_direction_changed(AW_root * /* awr */) {
274    ED4_with_all_edit_windows(redraw_cursor);
275}
276
277static void ed4_bind_mainDB_awar_callbacks(AW_root *root) {
278    // callbacks to main DB awars are bound later
279    // (otherwise its easy to crash the editor by clicking around in ARB_NTREE during editor startup)
280
281    root->awar(AWAR_SET_CURSOR_POSITION)->add_callback(ED4_remote_set_cursor_cb);
282    root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->add_callback(ED4_selected_species_changed_cb);
283    root->awar(AWAR_SAI_NAME)->add_callback(ED4_selected_SAI_changed_cb);
284}
285
286static void ed4_create_mainDB_awars(AW_root *root) {
287    // WARNING: do not bind callbacks here -> do it in ed4_bind_mainDB_awar_callbacks()
288
289    root->awar_string(AWAR_ITARGET_STRING, "", GLOBAL_gb_main);
290
291    root->awar_int(AWAR_CURSOR_POSITION,       info2bio(0), GLOBAL_gb_main);
292    root->awar_int(AWAR_CURSOR_POSITION_LOCAL, 0, GLOBAL_gb_main);
293    root->awar_int(AWAR_SET_CURSOR_POSITION,   1, GLOBAL_gb_main);
294
295    root->awar_string(AWAR_FIELD_CHOSEN, NO_FIELD_SELECTED, GLOBAL_gb_main);
296
297    root->awar_string(AWAR_SPECIES_NAME, "", GLOBAL_gb_main);
298    root->awar_string(AWAR_SAI_NAME,     "", GLOBAL_gb_main);
299    root->awar_string(AWAR_SAI_GLOBAL,   "", GLOBAL_gb_main);
300}
301
302static void ed4_create_all_awars(AW_root *root, const char *config_name) {
303    // Note: cursor awars are created in window constructor
304
305    root->awar_string(AWAR_EDIT_CONFIGURATION, config_name, AW_ROOT_DEFAULT);
306
307    ed4_create_mainDB_awars(root);
308    ED4_create_search_awars(root);
309
310#if defined(DEBUG)
311    AWT_create_db_browser_awars(root, AW_ROOT_DEFAULT);
312#endif // DEBUG
313
314    create_naligner_variables(root, AW_ROOT_DEFAULT);
315    create_sina_variables(root, AW_ROOT_DEFAULT);
316
317    awar_edit_mode = AD_ALIGN;
318
319    int def_sec_level = 0;
320#ifdef DEBUG
321    def_sec_level = 6; // don't nag developers
322#endif
323    root->awar_int(AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL, def_sec_level, AW_ROOT_DEFAULT);
324
325    root->awar_int(AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL_ALIGN,  def_sec_level, AW_ROOT_DEFAULT)->add_callback(ed4_changesecurity);
326    root->awar_int(AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL_CHANGE, def_sec_level, AW_ROOT_DEFAULT)->add_callback(ed4_changesecurity);
327
328    root->awar_int(AWAR_EDIT_MODE,   0)->add_callback(ed4_change_edit_mode);
329    root->awar_int(AWAR_INSERT_MODE, 1)->add_callback(ed4_change_edit_mode);
330
331    root->awar_int(AWAR_EDIT_RIGHTWARD, 1)->add_target_var(&awar_edit_rightward)->add_callback(ED4_edit_direction_changed);
332    root->awar_int(AWAR_EDIT_TITLE_MODE, 0);
333
334    root->awar_int(AWAR_EDIT_HELIX_SPACING,    0) ->set_minmax(-30, 30) ->add_target_var(&ED4_ROOT->helix_add_spacing)    ->add_callback(makeRootCallback(ED4_request_relayout));
335    root->awar_int(AWAR_EDIT_TERMINAL_SPACING, 0) ->set_minmax(-30, 30) ->add_target_var(&ED4_ROOT->terminal_add_spacing) ->add_callback(makeRootCallback(ED4_request_relayout));
336
337    ed4_changesecurity(root);
338
339    root->awar_int(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_GAPS,    0)->add_callback(makeRootCallback(ED4_compression_toggle_changed_cb, false));
340    root->awar_int(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_HIDE,    0)->add_callback(makeRootCallback(ED4_compression_toggle_changed_cb, true));
341    root->awar_int(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_TYPE,    0)->add_callback(ED4_compression_changed_cb);
342    root->awar_int(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_PERCENT, 1)->add_callback(ED4_compression_changed_cb)->set_minmax(1, 99);
343
344    root->awar_int(ED4_AWAR_DIGITS_AS_REPEAT, 0);
345    root->awar_int(ED4_AWAR_FAST_CURSOR_JUMP, 0);
346    root->awar_int(ED4_AWAR_CURSOR_TYPE, (int)ED4_RIGHT_ORIENTED_CURSOR);
347
348    ED4_create_consensus_awars(root);
349    ED4_create_NDS_awars(root);
350
351    root->awar_string(ED4_AWAR_REP_SEARCH_PATTERN, ".");
352    root->awar_string(ED4_AWAR_REP_REPLACE_PATTERN, "-");
353
354    root->awar_int(ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_X, 40);
355    root->awar_int(ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_Y, 20);
356    root->awar_int(ED4_AWAR_SCROLL_MARGIN, 5);
357
358    root->awar_string(ED4_AWAR_SPECIES_TO_CREATE, "");
359
360    root->awar_string(ED4_AWAR_GAP_CHARS, ".-~?")->add_callback(ED4_gap_chars_changed);
361    ED4_gap_chars_changed(root);
362    root->awar_int(ED4_AWAR_ANNOUNCE_CHECKSUM_CHANGES, 0);
363
364    {
365        GB_ERROR gde_err = GDE_init(ED4_ROOT->aw_root, ED4_ROOT->props_db, GLOBAL_gb_main, ED4_create_sequences_for_gde, 0, GDE_WINDOWTYPE_EDIT4);
366        if (gde_err) GBK_terminatef("Fatal error: %s", gde_err);
367    }
368
369    root->awar_string(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_REPL_EQUAL, "-");
370    root->awar_string(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_REPL_POINT, "?");
371    root->awar_int(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_CREATE_POINTS, 1);
372    root->awar_int(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_ALL_UPPER, 1);
373    root->awar_int(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_DATA_SOURCE, 0);
374
375    ED4_createVisualizeSAI_Awars(root, AW_ROOT_DEFAULT);
376    ED4_create_dot_missing_bases_awars(root, AW_ROOT_DEFAULT);
377
378    // Create Awars To Be Used In Protein Viewer
379    if (ED4_ROOT->alignment_type == GB_AT_DNA) {
380        PV_CreateAwars(root, AW_ROOT_DEFAULT);
381    }
382
383    // create awars to be used for protein secondary structure match
384    if (ED4_ROOT->alignment_type == GB_AT_AA) {
385        root->awar_int(PFOLD_AWAR_ENABLE, 1);
386        root->awar_string(PFOLD_AWAR_SELECTED_SAI, "PFOLD");
387        root->awar_int(PFOLD_AWAR_MATCH_METHOD, SECSTRUCT_SEQUENCE);
388        int pt;
389        char awar[256];
390        for (int i = 0; pfold_match_type_awars[i].name; i++) {
391            e4_assert(i<PFOLD_PAIRS);
392            pt = pfold_match_type_awars[i].value;
393            sprintf(awar, PFOLD_AWAR_PAIR_TEMPLATE, pfold_match_type_awars[i].name);
394            root->awar_string(awar, pfold_pairs[pt])->add_target_var(&pfold_pairs[pt]);
395            sprintf(awar, PFOLD_AWAR_SYMBOL_TEMPLATE, pfold_match_type_awars[i].name);
396            root->awar_string(awar, pfold_pair_chars[pt])->add_target_var(&pfold_pair_chars[pt]);
397        }
398        root->awar_string(PFOLD_AWAR_SYMBOL_TEMPLATE_2, PFOLD_PAIR_CHARS_2);
399        root->awar_string(PFOLD_AWAR_SAI_FILTER, "pfold");
400    }
401
402    GB_ERROR error = ARB_init_global_awars(root, AW_ROOT_DEFAULT, GLOBAL_gb_main);
403    if (error) aw_message(error);
404}
405
406const char *ED4_propertyName(int mode) {
407    // mode == 0 -> alignment specific          (e.g. "edit4_ali_16s.arb")
408    // mode == 1 -> alignment-type specific     (e.g. "edit4_rna.arb")
409    // mode == 2 -> unspecific (normal)         (always "edit4.arb")
410    //
411    // Note : result is only valid until next call
412
413    e4_assert(mode >= 0 && mode <= 2);
414
415    const char *result;
416    if (mode == 2) {
417        result = "edit4.arb";
418    }
419    else {
420        static char *ali_name = 0;
421        static char *ali_type = 0;
422        static char *result_copy = 0;
423
424        if (!ali_name) {
425            GB_transaction ta(GLOBAL_gb_main);
426            ali_name = GBT_get_default_alignment(GLOBAL_gb_main);
427            ali_type = GBT_get_alignment_type_string(GLOBAL_gb_main, ali_name);
428            result_copy   = new char[21+strlen(ali_name)];
429        }
430
431        sprintf(result_copy, "edit4_%s.arb", mode == 0 ? ali_name : ali_type);
432        result = result_copy;
433    }
434
435    return result;
436}
437
438static void ED4_postcbcb(AW_window *aww) {
439    ED4_ROOT->announce_useraction_in(aww);
440    ED4_trigger_instant_refresh();
441}
442static void seq_colors_changed_cb() {
443    ED4_ROOT->request_refresh_for_sequence_terminals();
444}
445
446int ARB_main(int argc, char *argv[]) {
447    const char *data_path = ":";
448    char *config_name = NULL;
449
450    if (argc > 1 && ((strcmp(argv[1], "-h") == 0) || (strcmp(argv[1], "--help") == 0))) {
451        fprintf(stderr,
452                "Usage: arb_edit4 [options] database\n"
453                "       database    name of database or ':' to connect to arb-database-server\n"
454                "\n"
455                "       options:\n"
456                "       -c config   loads configuration 'config' (default: '" DEFAULT_CONFIGURATION "')\n"
457            );
458        return EXIT_SUCCESS;
459    }
460
461    if (argc > 1 && strcmp(argv[1], "-c") == 0) {
462        config_name = new char[strlen(argv[2])+1];
463        strcpy(config_name, argv[2]);
464        argc -= 2; argv += 2;
465    }
466    else { // load default configuration if no command line is given
467        config_name = strdup(DEFAULT_CONFIGURATION);
468        printf("Using '%s'\n", DEFAULT_CONFIGURATION);
469    }
470
471    if (argc>1) {
472        data_path = argv[1];
473        argc--; argv++;
474    }
475
476    aw_initstatus();
477
478    GB_shell  shell;
479    ARB_ERROR error;
480    GLOBAL_gb_main = GB_open(data_path, "rwt");
481    if (!GLOBAL_gb_main) {
482        error = GB_await_error();
483    }
484    else {
485#if defined(DEBUG)
486        AWT_announce_db_to_browser(GLOBAL_gb_main, GBS_global_string("ARB database (%s)", data_path));
487#endif // DEBUG
488
489        ED4_ROOT = new ED4_root(&argc, &argv);
490
491        error = configure_macro_recording(ED4_ROOT->aw_root, "ARB_EDIT4", GLOBAL_gb_main);
492        if (!error) {
493            ED4_ROOT->database = new EDB_root_bact;
494            error              = ED4_ROOT->init_alignment();
495        }
496        if (!error) {
497            ed4_create_all_awars(ED4_ROOT->aw_root, config_name);
498
499            ED4_ROOT->st_ml           = STAT_create_ST_ML(GLOBAL_gb_main);
500            ED4_ROOT->sequence_colors = new ED4_seq_colors(ED4_G_SEQUENCES, seq_colors_changed_cb);
501
502            ED4_ROOT->edk = new ed_key;
503            ED4_ROOT->edk->create_awars(ED4_ROOT->aw_root);
504
505            ED4_ROOT->helix = new AW_helix(ED4_ROOT->aw_root);
506
507            {
508                GB_ERROR warning = NULL;
509                switch (ED4_ROOT->alignment_type) {
510                    case GB_AT_RNA:
511                    case GB_AT_DNA:
512                        warning = ED4_ROOT->helix->init(GLOBAL_gb_main);
513                        break;
514
515                    case GB_AT_AA:
516                        warning = ED4_pfold_set_SAI(&ED4_ROOT->protstruct, GLOBAL_gb_main, ED4_ROOT->alignment_name, &ED4_ROOT->protstruct_len);
517                        break;
518
519                    default:
520                        e4_assert(0);
521                        break;
522                }
523
524                if (warning) aw_message(warning); // write to console
525                ED4_ROOT->create_new_window(); // create first editor window
526                if (warning) { aw_message(warning); warning = 0; } // write again to status window
527            }
528
529            ED4_objspec::init_object_specs();
530            {
531                int found_config = 0;
532                ED4_LocalWinContext uses(ED4_ROOT->first_window);
533
534                if (config_name)
535                {
536                    GB_transaction ta(GLOBAL_gb_main);
537                    GB_ERROR       cfg_error;
538                    GBT_config     cfg(GLOBAL_gb_main, config_name, cfg_error);
539
540                    if (cfg.exists()) {
541                        ED4_ROOT->create_hierarchy(cfg.get_definition(GBT_config::MIDDLE_AREA), cfg.get_definition(GBT_config::TOP_AREA)); // create internal hierarchy
542                        found_config = 1;
543                    }
544                    else {
545                        aw_message(GBS_global_string("Could not find configuration '%s'", config_name));
546                    }
547                }
548
549                if (!found_config) {
550                    // create internal hierarchy
551
552                    char *as_mid = ED4_ROOT->database->make_string();
553                    char *as_top = ED4_ROOT->database->make_top_bot_string();
554
555                    ED4_ROOT->create_hierarchy(as_mid, as_top);
556
557                    delete as_mid;
558                    delete as_top;
559                }
560            }
561
562            // now bind DB depending callbacks
563            ed4_bind_mainDB_awar_callbacks(ED4_ROOT->aw_root);
564
565            // Create Additional sequence (aminoacid) terminals to be used in Protein Viewer
566            if (ED4_ROOT->alignment_type == GB_AT_DNA) {
567                PV_CallBackFunction(ED4_ROOT->aw_root);
568            }
569
570            AWT_install_postcb_cb(ED4_postcbcb);
571            AWT_install_cb_guards();
572            e4_assert(!ED4_WinContext::have_context()); // no global context shall be active
573            ED4_ROOT->aw_root->main_loop(); // enter main-loop
574        }
575
576        shutdown_macro_recording(ED4_ROOT->aw_root);
577        GB_close(GLOBAL_gb_main);
578    }
579
580    bool have_aw_root = ED4_ROOT && ED4_ROOT->aw_root;
581    if (error) {
582        if (have_aw_root) aw_popup_ok(error.deliver());
583        else fprintf(stderr, "arb_edit4: Error: %s\n", error.deliver());
584    }
585    if (have_aw_root) delete ED4_ROOT->aw_root;
586
587    return EXIT_SUCCESS;
588}
589
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.