source: tags/ms_r16q2/PROBE/PT_rangeCheck.h

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1// ============================================================= //
2//                                                               //
3//   File      : PT_rangeCheck.hxx                               //
4//   Purpose   : Check whether probe is inside region            //
5//                                                               //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in March 2011   //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)     //
8//   http://www.arb-home.de/                                     //
9//                                                               //
10// ============================================================= //
11
12#ifndef PT_RANGECHECK_HXX
13#define PT_RANGECHECK_HXX
14
15#ifndef PROBE_TREE_H
16#include "probe_tree.h"
17#endif
18#ifndef _GLIBCXX_MAP
19#include <map>
20#endif
21
22typedef std::map<int, int>   apos_cache;
23typedef apos_cache::iterator apos_iter;
24
25class Range {
26    int start; // -1 or minimum absolute position
27    int end;   // -1 or maximum absolute position
28    int probe_len; // length of checked probe
29
30    mutable const AbsLoc *curr_match;
31    mutable apos_cache    cache;
32
33    int start_pos() const { return curr_match->get_abs_pos(); }
34    int min_end_pos() const { return start_pos()+probe_len-1; } // min abs. probe-end-pos
35
36    int calc_max_abs_pos() const;
37    int max_abs_pos() const {
38        apos_iter found = cache.find(curr_match->get_name());
39        if (found != cache.end()) return found->second;
40
41        return cache[curr_match->get_name()] = calc_max_abs_pos();
42    }
43
44    bool starts_before_start() const { return start != -1 && start_pos() < start; }
45    bool ends_behind_end() const {
46        return end != -1 &&
47            (min_end_pos() > end || // cheap check
48             start > max_abs_pos()); // expensive check
49    }
50
51public:
52    Range(int start_, int end_, int probe_len_)
53        : start(start_),
54          end(end_),
55          probe_len(probe_len_),
56          curr_match(NULL)
57    {}
58    Range(const Range& other)
59        : start(other.start),
60          end(other.end),
61          probe_len(other.probe_len),
62          curr_match(other.curr_match)
63    {}
64    DECLARE_ASSIGNMENT_OPERATOR(Range);
65
66    bool contains(const AbsLoc& match) const {
67        // check if found 'match' of probe is inside the Range
68        curr_match  = &match;
69        bool inside = !starts_before_start() && !ends_behind_end();
70        curr_match  = NULL;
71        return inside;
72    }
73};
74
75#else
76#error PT_rangeCheck.hxx included twice
77#endif // PT_RANGECHECK_HXX
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.