| 1 | /* This file is generated by aisc_mkpt. |
|---|
| 2 | * Any changes you make here will be overwritten later! |
|---|
| 3 | */ |
|---|
| 4 | |
|---|
| 5 | #ifndef GDE_PROTO_H |
|---|
| 6 | #define GDE_PROTO_H |
|---|
| 7 | |
|---|
| 8 | /* define ARB attributes: */ |
|---|
| 9 | #ifndef ATTRIBUTES_H |
|---|
| 10 | # include <attributes.h> |
|---|
| 11 | #endif |
|---|
| 12 | |
|---|
| 13 | |
|---|
| 14 | /* GDE.cxx */ |
|---|
| 15 | |
|---|
| 16 | #ifndef GDE_MENU_H |
|---|
| 17 | #include "GDE_menu.h" |
|---|
| 18 | #endif |
|---|
| 19 | |
|---|
| 20 | char *GDE_makeawarname(GmenuItem *gmenuitem, long i); |
|---|
| 21 | char *GDE_maketmpawarname(GmenuItem *gmenuitem, long i); |
|---|
| 22 | void GDE_load_menu(AW_window *awm, AW_active dummy_1x, const char *menulabel); |
|---|
| 23 | GB_ERROR GDE_init(AW_root *aw_root, AW_default aw_def, GBDATA *gb_main, GDE_get_sequences_cb get_sequences, GDE_format_alignment_cb format_ali, gde_window_type window_type); |
|---|
| 24 | |
|---|
| 25 | /* GDE_FileIO.cxx */ |
|---|
| 26 | void LoadData(char *filen, NA_Alignment& dataset); |
|---|
| 27 | void AppendNA(NA_Base *buffer, int len, NA_Sequence *seq); |
|---|
| 28 | void Ascii2NA(char *buffer, int len, int matrix[16]); |
|---|
| 29 | int WriteNA_Flat(NA_Alignment& aln, char *filename, int method); |
|---|
| 30 | void Warning(const char *s); |
|---|
| 31 | void InitNASeq(NA_Sequence *seq, int type); |
|---|
| 32 | void NormalizeOffset(NA_Alignment& aln); |
|---|
| 33 | |
|---|
| 34 | /* GDE_Genbank.cxx */ |
|---|
| 35 | GB_ERROR ReadGen(char *filename, NA_Alignment& dataset); |
|---|
| 36 | int WriteGen(NA_Alignment& aln, char *filename, int method); |
|---|
| 37 | void SetTime(void *b); |
|---|
| 38 | |
|---|
| 39 | /* GDE_HGLfile.cxx */ |
|---|
| 40 | int WriteGDE(NA_Alignment& aln, char *filename, int method); |
|---|
| 41 | char *uniqueID(void); |
|---|
| 42 | |
|---|
| 43 | /* GDE_ParseMenu.cxx */ |
|---|
| 44 | GB_ERROR LoadMenus(void); |
|---|
| 45 | bool Find(const char *target, const char *key); |
|---|
| 46 | int Find2(const char *target, const char *key); |
|---|
| 47 | void splitEntry(const char *input, char *head, char *tail); |
|---|
| 48 | |
|---|
| 49 | /* GDE_arbdb_io.cxx */ |
|---|
| 50 | |
|---|
| 51 | #ifndef GDE_EXTGLOB_H |
|---|
| 52 | #include "GDE_extglob.h" |
|---|
| 53 | #endif |
|---|
| 54 | |
|---|
| 55 | int Arbdb_get_curelem(NA_Alignment& dataset); |
|---|
| 56 | int ReadArbdb2(NA_Alignment& dataset, AP_filter *filter, GapCompression compress, bool cutoff_stop_codon, TypeInfo typeinfo) __ATTR__USERESULT; |
|---|
| 57 | int ReadArbdb(NA_Alignment& dataset, bool marked, AP_filter *filter, GapCompression compress, bool cutoff_stop_codon, TypeInfo typeinfo) __ATTR__USERESULT; |
|---|
| 58 | int getelem(NA_Sequence *a, int b); |
|---|
| 59 | void putelem(NA_Sequence *a, int b, NA_Base c); |
|---|
| 60 | |
|---|
| 61 | /* GDE_event.cxx */ |
|---|
| 62 | void GDE_startaction_cb(AW_window *aw, GmenuItem *gmenuitem); |
|---|
| 63 | |
|---|
| 64 | #else |
|---|
| 65 | #error GDE_proto.h included twice |
|---|
| 66 | #endif /* GDE_PROTO_H */ |
|---|
