source: tags/ms_r16q3/GENOM/GEN_interface.cxx

Last change on this file was 15176, checked in by westram, 8 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 37.6 KB
Line 
1// =============================================================  //
2//                                                                //
3//   File      : GEN_interface.cxx                                //
4//   Purpose   :                                                  //
5//                                                                //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in February 2001 //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)      //
8//   http://www.arb-home.de/                                      //
9//                                                                //
10// ============================================================== //
11
12#include "GEN_local.hxx"
13
14#include <db_scanner.hxx>
15#include <db_query.h>
16#include <dbui.h>
17#include <item_sel_list.h>
18#include <awt_sel_boxes.hxx>
19#include <aw_awar_defs.hxx>
20#include <aw_root.hxx>
21#include <aw_awar.hxx>
22#include <aw_msg.hxx>
23#include <aw_question.hxx>
24#include <arbdbt.h>
25#include <adGene.h>
26#include <Location.h>
27#include <arb_strarray.h>
28#include <arb_strbuf.h>
29#include <info_window.h>
30
31using namespace std;
32
33// --------------------------------------------------------------------------------
34
35#define AWAR_GENE_DEST "tmp/gene/dest"
36
37// --------------------------------------------------------------------------------
38
39#if defined(WARN_TODO)
40#warning replace all occurrences of AD_F_ALL by AWM_ALL
41#endif
42
43#define AD_F_ALL AWM_ALL
44
45// --------------------------------------------------------------------------------
46
47static void GEN_select_gene(GBDATA* /* gb_main */, AW_root *aw_root, const char *item_name) {
48    char *organism  = ARB_strdup(item_name);
49    char *gene = strchr(organism, '/');
50
51    if (gene) {
52        *gene++ = 0;
53        aw_root->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->write_string(organism);
54        aw_root->awar(AWAR_GENE_NAME)->write_string(gene);
55    }
56    else if (!item_name[0]) { // accept empty input -> deselect gene/organism
57        aw_root->awar(AWAR_GENE_NAME)->write_string("");
58        aw_root->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->write_string("");
59    }
60    else {
61        aw_message(GBS_global_string("Illegal item_name '%s' in GEN_select_gene()", item_name));
62    }
63    free(organism);
64}
65
66static char *gen_get_gene_id(GBDATA * /* gb_main */, GBDATA *gb_gene) {
67    GBDATA *gb_species = GB_get_grandfather(gb_gene);
68    return GBS_global_string_copy("%s/%s", GBT_read_name(gb_species), GBT_read_name(gb_gene));
69}
70
71static GBDATA *gen_find_gene_by_id(GBDATA *gb_main, const char *id) {
72    char   *organism = ARB_strdup(id);
73    char   *gene     = strchr(organism, '/');
74    GBDATA *result   = 0;
75
76    if (gene) {
77        *gene++ = 0;
78        GBDATA *gb_organism = GEN_find_organism(gb_main, organism);
79        if (gb_organism) {
80            result = GEN_find_gene(gb_organism, gene);
81        }
82    }
83
84    free(organism);
85    return result;
86}
87
88
89GB_ERROR GEN_mark_organism_or_corresponding_organism(GBDATA *gb_species, int */*client_data*/) {
90    GB_ERROR error = 0;
91
92    if (GEN_is_pseudo_gene_species(gb_species)) {
93        GBDATA *gb_organism = GEN_find_origin_organism(gb_species, 0);
94        if (gb_organism) {
95            GB_write_flag(gb_organism, 1);
96        }
97        else {
98            error = GEN_organism_not_found(gb_species);
99        }
100    }
101    else if (GEN_is_organism(gb_species)) {
102        GB_write_flag(gb_species, 1);
103    }
104
105    return error;
106}
107
108static char *old_species_marks = 0; // configuration storing marked species
109
110inline void gen_restore_old_species_marks(GBDATA *gb_main) {
111    if (old_species_marks) {
112        GBT_restore_marked_species(gb_main, old_species_marks);
113        freenull(old_species_marks);
114    }
115}
116
117static GBDATA *GEN_get_first_gene_data(GBDATA *gb_main, AW_root *aw_root, QUERY_RANGE range) {
118    GBDATA   *gb_organism = 0;
119    GB_ERROR  error      = 0;
120
121    gen_restore_old_species_marks(gb_main);
122
123    switch (range) {
124        case QUERY_CURRENT_ITEM: {
125            char *species_name = aw_root->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
126            gb_organism         = GEN_find_organism(gb_main, species_name);
127            free(species_name);
128            break;
129        }
130        case QUERY_MARKED_ITEMS: {
131            gb_organism = GEN_first_marked_organism(gb_main);
132            GBDATA *gb_pseudo   = GEN_first_marked_pseudo_species(gb_main);
133
134            if (gb_pseudo) {    // there are marked pseudo-species..
135                old_species_marks = GBT_store_marked_species(gb_main, true); // store and unmark marked species
136
137                error                   = GBT_with_stored_species(gb_main, old_species_marks, GEN_mark_organism_or_corresponding_organism, 0); // mark organisms related with stored
138                if (!error) gb_organism = GEN_first_marked_organism(gb_main);
139            }
140
141            break;
142        }
143        case QUERY_ALL_ITEMS: {
144            gb_organism = GEN_first_organism(gb_main);
145            break;
146        }
147        default: {
148            gen_assert(0);
149            break;
150        }
151    }
152
153    if (error) GB_export_error(error);
154    return gb_organism ? GEN_expect_gene_data(gb_organism) : 0;
155}
156
157static GBDATA *GEN_get_next_gene_data(GBDATA *gb_gene_data, QUERY_RANGE range) {
158    GBDATA *gb_organism = 0;
159    switch (range) {
160        case QUERY_CURRENT_ITEM: {
161            break;
162        }
163        case QUERY_MARKED_ITEMS: {
164            GBDATA *gb_last_organism = GB_get_father(gb_gene_data);
165            gb_organism              = GEN_next_marked_organism(gb_last_organism);
166
167            if (!gb_organism) gen_restore_old_species_marks(GB_get_root(gb_last_organism)); // got all -> clean up
168
169            break;
170        }
171        case QUERY_ALL_ITEMS: {
172            GBDATA *gb_last_organism = GB_get_father(gb_gene_data);
173            gb_organism              = GEN_next_organism(gb_last_organism);
174            break;
175        }
176        default: {
177            gen_assert(0);
178            break;
179        }
180    }
181
182    return gb_organism ? GEN_expect_gene_data(gb_organism) : 0;
183}
184
185static GBDATA *GEN_get_current_gene(GBDATA *gb_main, AW_root *aw_root) {
186    GBDATA *gb_species = GEN_get_current_organism(gb_main, aw_root);
187    GBDATA *gb_gene    = 0;
188
189    if (gb_species) {
190        char *gene_name = aw_root->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
191        gb_gene         = GEN_find_gene(gb_species, gene_name);
192        free(gene_name);
193    }
194
195    return gb_gene;
196}
197
198static void add_selected_gene_changed_cb(AW_root *aw_root, const RootCallback& cb) {
199    aw_root->awar(AWAR_GENE_NAME)->add_callback(cb);
200    ORGANISM_get_selector().add_selection_changed_cb(aw_root, cb);
201}
202
203static GBDATA *first_gene_in_range(GBDATA *gb_gene_data, QUERY_RANGE range) {
204    GBDATA *gb_first = NULL;
205    switch (range) {
206        case QUERY_ALL_ITEMS:    gb_first = GEN_first_gene_rel_gene_data(gb_gene_data); break;
207        case QUERY_MARKED_ITEMS: gb_first = GB_first_marked(gb_gene_data, "gene"); break;
208        case QUERY_CURRENT_ITEM: gb_first = GEN_get_current_gene(GB_get_root(gb_gene_data), AW_root::SINGLETON); break;
209    }
210    return gb_first;
211}
212static GBDATA *next_gene_in_range(GBDATA *gb_prev, QUERY_RANGE range) {
213    GBDATA *gb_next = NULL;
214    switch (range) {
215        case QUERY_ALL_ITEMS:    gb_next = GEN_next_gene(gb_prev); break;
216        case QUERY_MARKED_ITEMS: gb_next = GEN_next_marked_gene(gb_prev); break;
217        case QUERY_CURRENT_ITEM: gb_next = NULL; break;
218    }
219    return gb_next;
220}
221
222#if defined(WARN_TODO)
223#warning move GEN_item_selector to SL/ITEMS
224#endif
225
226static void refresh_displayed_genes() {
227    GEN_refresh_all_windows();
228}
229
230static struct MutableItemSelector GEN_item_selector = {
231    QUERY_ITEM_GENES,
232    GEN_select_gene,
233    gen_get_gene_id,
234    gen_find_gene_by_id,
235    gene_field_selection_list_update_cb,
236    -1, // unknown
237    CHANGE_KEY_PATH_GENES,
238    "gene",
239    "genes",
240    "name",
241    GEN_get_first_gene_data,
242    GEN_get_next_gene_data,
243    first_gene_in_range,
244    next_gene_in_range,
245    GEN_get_current_gene,
246    add_selected_gene_changed_cb,
247    &ORGANISM_get_selector(), GB_get_grandfather,
248    refresh_displayed_genes,
249};
250
251ItemSelector& GEN_get_selector() { return GEN_item_selector; }
252
253static void GEN_species_name_changed_cb(AW_root *awr, GBDATA *gb_main) {
254    char           *species_name = awr->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->read_string();
255    GB_transaction  ta(gb_main);
256    GBDATA         *gb_species   = GBT_find_species(gb_main, species_name);
257
258    if (gb_species) {
259        if (GEN_is_pseudo_gene_species(gb_species)) {
260            awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->write_string(GEN_origin_organism(gb_species));
261            awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->write_string(GEN_origin_gene(gb_species));
262        }
263        else {
264            awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->write_string(species_name);
265        }
266    }
267    free(species_name);
268}
269
270static void auto_select_pseudo_species(AW_root *awr, GBDATA *gb_main, const char *organism, const char *gene) {
271    GB_transaction  ta(gb_main);
272    GBDATA         *gb_pseudo = GEN_find_pseudo_species(gb_main, organism, gene, 0); // search for pseudo species..
273
274    awr->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->write_string(gb_pseudo
275                                               ? GBT_read_name(gb_pseudo) // .. if found select
276                                               : organism);               // otherwise select organism
277}
278
279static void GEN_update_GENE_CONTENT(GBDATA *gb_main, AW_root *awr) {
280    GB_transaction  ta(gb_main);
281    GBDATA         *gb_gene      = GEN_get_current_gene(gb_main, awr);
282    bool            clear        = true;
283    AW_awar        *awar_content = awr->awar(AWAR_GENE_CONTENT);
284
285    if (gb_gene) {
286        // ignore complement here (to highlight gene in ARB_EDIT4);
287        // separate multiple parts by \n
288        char *gene_content = GBT_read_gene_sequence(gb_gene, false, '\n');
289        if (gene_content) {
290            awar_content->write_string(gene_content);
291            clear = false;
292            free(gene_content);
293        }
294        else {
295            awar_content->write_string(GB_await_error());
296        }
297    }
298    else {
299        char      *gene_name  = awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
300        const int  prefix_len = 10;
301
302        if (strncmp(gene_name, "intergene_", prefix_len) == 0) { // special case (non-gene result from gene pt server)
303            char *start_pos_ptr = gene_name+prefix_len;
304            char *end_pos_ptr   = strchr(start_pos_ptr, '_');
305
306            gen_assert(end_pos_ptr);
307            if (end_pos_ptr) {
308                *end_pos_ptr++ = 0;
309                long start_pos = atol(start_pos_ptr);
310                long end_pos   = atol(end_pos_ptr);
311
312                gen_assert(end_pos >= start_pos);
313
314                GBDATA *gb_organism = GEN_get_current_organism(gb_main, awr);
315                if (gb_organism) {
316                    GBDATA     *gb_seq   = GBT_find_sequence(gb_organism, GENOM_ALIGNMENT);
317                    const char *seq_data = GB_read_char_pntr(gb_seq);
318
319                    long  len    = end_pos-start_pos+1;
320                    char *buffer = ARB_strndup(seq_data+start_pos, len);
321
322                    awar_content->write_string(buffer);
323                    clear = false;
324
325                    free(buffer);
326                }
327            }
328        }
329        free(gene_name);
330    }
331
332    if (clear) {
333        awar_content->write_string(""); // if we did not detect any gene sequence -> clear
334    }
335}
336
337static void GEN_update_combined_cb(AW_root *awr, GBDATA *gb_main) {
338    char       *organism     = awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
339    char       *gene         = awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
340    char       *old_combined = awr->awar(AWAR_COMBINED_GENE_NAME)->read_string();
341    const char *combined     = GBS_global_string("%s/%s", organism, gene);
342
343    if (strcmp(combined, old_combined) != 0) {
344        awr->awar(AWAR_COMBINED_GENE_NAME)->write_string(combined);
345        auto_select_pseudo_species(awr, gb_main, organism, gene);
346        GEN_update_GENE_CONTENT(gb_main, awr);
347    }
348
349    free(old_combined);
350    free(gene);
351    free(organism);
352}
353
354void GEN_create_awars(AW_root *aw_root, AW_default aw_def, GBDATA *gb_main) {
355    aw_root->awar_string(AWAR_COMBINED_GENE_NAME, "", gb_main);
356    aw_root->awar_string(AWAR_GENE_CONTENT,       0,  gb_main);
357
358    RootCallback update_combined_cb = makeRootCallback(GEN_update_combined_cb, gb_main);
359
360    aw_root->awar_string(AWAR_GENE_NAME,     "", gb_main)->add_callback(update_combined_cb);
361    aw_root->awar_string(AWAR_ORGANISM_NAME, "", gb_main)->add_callback(update_combined_cb);
362    aw_root->awar_string(AWAR_SPECIES_NAME,  "", gb_main)->add_callback(makeRootCallback(GEN_species_name_changed_cb, gb_main));
363
364    aw_root->awar_string(AWAR_GENE_DEST, "", aw_def);
365
366    aw_root->awar_string(AWAR_GENE_EXTRACT_ALI, "ali_gene_",    aw_def);
367}
368
369GBDATA *GEN_get_current_organism(GBDATA *gb_main, AW_root *aw_root) {
370    char   *species_name = aw_root->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
371    GBDATA *gb_species   = GBT_find_species(gb_main, species_name);
372    free(species_name);
373    return gb_species;
374}
375
376GBDATA* GEN_get_current_gene_data(GBDATA *gb_main, AW_root *aw_root) {
377    GBDATA *gb_species      = GEN_get_current_organism(gb_main, aw_root);
378    GBDATA *gb_gene_data    = 0;
379
380    if (gb_species) gb_gene_data = GEN_expect_gene_data(gb_species);
381
382    return gb_gene_data;
383}
384
385static QUERY::DbQuery *GLOBAL_gene_query      = 0;
386
387static void gene_rename_cb(AW_window *aww, GBDATA *gb_main) {
388    AW_root *aw_root = aww->get_root();
389    char    *source  = aw_root->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
390    char    *dest    = aw_root->awar(AWAR_GENE_DEST)->read_string();
391
392    if (strcmp(source, dest) != 0) {
393        GB_ERROR error = GB_begin_transaction(gb_main);
394
395        if (!error) {
396            GBDATA *gb_gene_data = GEN_get_current_gene_data(gb_main, aww->get_root());
397
398            if (!gb_gene_data) error = "Please select a species";
399            else {
400                GBDATA *gb_source = GEN_find_gene_rel_gene_data(gb_gene_data, source);
401                GBDATA *gb_dest   = GEN_find_gene_rel_gene_data(gb_gene_data, dest);
402
403                if (!gb_source) error   = "Please select a gene first";
404                else if (gb_dest) error = GB_export_errorf("Gene '%s' already exists", dest);
405                else {
406                    GBDATA *gb_name = GB_search(gb_source, "name", GB_STRING);
407
408                    if (!gb_name) error = GB_await_error();
409                    else {
410                        error = GB_write_string(gb_name, dest);
411                        if (!error) aww->get_root()->awar(AWAR_GENE_NAME)->write_string(dest);
412                    }
413                }
414            }
415        }
416
417        error = GB_end_transaction(gb_main, error);
418        aww->hide_or_notify(error);
419    }
420
421    free(source);
422    free(dest);
423}
424
425static AW_window *create_gene_rename_window(AW_root *root, GBDATA *gb_main) {
426    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
427    aws->init(root, "RENAME_GENE", "GENE RENAME");
428    aws->load_xfig("ad_al_si.fig");
429
430    aws->at("close");
431    aws->callback(AW_POPDOWN);
432    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
433
434    aws->at("label");
435    aws->create_autosize_button(0, "Please enter the new name\nof the gene");
436
437    aws->at("input");
438    aws->create_input_field(AWAR_GENE_DEST, 15);
439    aws->at("ok");
440    aws->callback(makeWindowCallback(gene_rename_cb, gb_main));
441    aws->create_button("GO", "GO", "G");
442
443    return aws;
444}
445
446static void gene_copy_cb(AW_window *aww, GBDATA *gb_main) {
447    char     *source = aww->get_root()->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
448    char     *dest   = aww->get_root()->awar(AWAR_GENE_DEST)->read_string();
449    GB_ERROR  error  = GB_begin_transaction(gb_main);
450
451    if (!error) {
452        GBDATA *gb_gene_data = GEN_get_current_gene_data(gb_main, aww->get_root());
453
454        if (!gb_gene_data) {
455            error = "Please select a species first.";
456        }
457        else {
458            GBDATA *gb_source = GEN_find_gene_rel_gene_data(gb_gene_data, source);
459            GBDATA *gb_dest   = GEN_find_gene_rel_gene_data(gb_gene_data, dest);
460
461            if (!gb_source) error   = "Please select a gene";
462            else if (gb_dest) error = GB_export_errorf("Gene '%s' already exists", dest);
463            else {
464                gb_dest             = GB_create_container(gb_gene_data, "gene");
465                if (!gb_dest) error = GB_await_error();
466                else error          = GB_copy(gb_dest, gb_source);
467
468                if (!error) error = GBT_write_string(gb_dest, "name", dest);
469                if (!error) aww->get_root()->awar(AWAR_GENE_NAME)->write_string(dest);
470            }
471        }
472    }
473
474    error = GB_end_transaction(gb_main, error);
475    aww->hide_or_notify(error);
476
477    free(source);
478    free(dest);
479}
480
481static AW_window *create_gene_copy_window(AW_root *root, GBDATA *gb_main) {
482    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
483    aws->init(root, "COPY_GENE", "GENE COPY");
484    aws->load_xfig("ad_al_si.fig");
485
486    aws->at("close");
487    aws->callback(AW_POPDOWN);
488    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
489
490    aws->at("label");
491    aws->create_autosize_button(0, "Please enter the name\nof the new gene");
492
493    aws->at("input");
494    aws->create_input_field(AWAR_GENE_DEST, 15);
495
496    aws->at("ok");
497    aws->callback(makeWindowCallback(gene_copy_cb, gb_main));
498    aws->create_button("GO", "GO", "G");
499
500    return aws;
501}
502
503
504// -----------------------
505//      LocationEditor
506
507const int NAME_WIDTH = 33;
508const int POS_WIDTH  = NAME_WIDTH;
509const int CER_WIDTH  = POS_WIDTH/2;
510const int LOC_WIDTH  = 53;
511
512#define GLE_POS1       "pos1"
513#define GLE_POS2       "pos2"
514#define GLE_CERT1      "cert1"
515#define GLE_CERT2      "cert2"
516#define GLE_COMPLEMENT "complement"
517#define GLE_JOINABLE   "joinable"
518#define GLE_READABLE   "location"
519#define GLE_STATUS     "status"
520
521class LocationEditor : virtual Noncopyable { // GLE
522    typedef void (*PosChanged_cb)(AW_root *aw_root, LocationEditor *loced);
523
524    char          *tag;
525    AW_root       *aw_root;
526    GBDATA        *gb_main;
527    char          *status;
528    GEN_position  *pos;
529    PosChanged_cb  pos_changed_cb;
530
531    void createAwars();
532
533    void createInputField(AW_window *aws, const char *at, const char *aname, int width) const {
534        aws->at(at);
535        aws->create_input_field(loc_awar_name(aname), width);
536    }
537
538public:
539    LocationEditor(AW_root *aw_root_, GBDATA *gb_main_, const char *tag_)
540        : tag(ARB_strdup(tag_)),
541          aw_root(aw_root_),
542          gb_main(gb_main_), 
543          status(NULL),
544          pos(NULL),
545          pos_changed_cb(NULL)
546    {
547        createAwars();
548        set_status(NULL);
549    }
550    ~LocationEditor() {
551        free(tag);
552        free(status);
553        GEN_free_position(pos);
554    }
555
556    GBDATA *get_gb_main() const { return gb_main; }
557
558    void add_pos_changed_cb(PosChanged_cb cb) { pos_changed_cb = cb; }
559
560    const GEN_position *get_pos() const { return pos; }
561    void set_pos(GEN_position*& pos_) {
562        GEN_free_position(pos);
563        pos  = pos_;
564        pos_ = NULL; // take ownership
565        set_status(status);
566
567        if (pos && pos_changed_cb) {
568            pos_changed_cb(aw_root, this);
569        }
570    }
571    void set_status(const char *status_) {
572        if (status != status_) freedup(status, status_);
573        loc_awar(GLE_STATUS)->write_string(status ? status : (pos ? "Ok" : "No data"));
574    }
575
576    const char *loc_awar_name(const char *aname) const {
577        const int   BUFSIZE = 100;
578        static char buf[BUFSIZE];
579
580        IF_ASSERTION_USED(int printed =) sprintf(buf, "tmp/loc/%s/%s", tag, aname);
581        gen_assert(printed<BUFSIZE);
582
583        return buf;
584    }
585    AW_awar *loc_awar(const char *aname) const { return aw_root->awar(loc_awar_name(aname)); }
586    const char *awar_charp_value(const char *aname) const { return loc_awar(aname)->read_char_pntr(); }
587
588    void createEditFields(AW_window *aws);
589   
590    GEN_position *create_GEN_position_from_fields(GB_ERROR& error);
591    void revcomp() {
592        loc_awar(GLE_READABLE)->write_string(GBS_global_string("complement(%s)", awar_charp_value(GLE_READABLE)));
593    }
594};
595
596inline const char *elemOr(ConstStrArray& a, size_t i, const char *Default) {
597    return i<a.size() ? a[i] : Default;
598}
599inline char elemOr(const char *a, size_t len, size_t i, char Default) {
600    return i<len ? a[i] : Default;
601}
602
603GEN_position *LocationEditor::create_GEN_position_from_fields(GB_ERROR& error) {
604    const char *ipos1  = awar_charp_value(GLE_POS1);
605    const char *ipos2  = awar_charp_value(GLE_POS2);
606    const char *icert1 = awar_charp_value(GLE_CERT1);
607    const char *icert2 = awar_charp_value(GLE_CERT2);
608    const char *icomp  = awar_charp_value(GLE_COMPLEMENT);
609
610    const char *sep = ",; ";
611
612    ConstStrArray pos1, pos2;
613    GBT_split_string(pos1, ipos1, sep, true);
614    GBT_split_string(pos2, ipos2, sep, true);
615
616    size_t clen1 = strlen(icert1);
617    size_t clen2 = strlen(icert2);
618    size_t clen  = strlen(icomp);
619
620    size_t max_size = pos1.size();
621    bool   joinable = loc_awar(GLE_JOINABLE)->read_int();
622
623    GEN_position *gp = NULL;
624    if (max_size>0) {
625        gp = GEN_new_position(max_size, joinable);
626        GEN_use_uncertainties(gp);
627
628        for (size_t i = 0; i<max_size; ++i) {
629            const char *p1c = elemOr(pos1, i, "1");
630            size_t      p1  = atoi(p1c);
631            size_t      p2  = atoi(elemOr(pos2, i, p1c));
632
633            char c  = elemOr(icomp,  clen,  i, '0');
634            char c1 = elemOr(icert1, clen1, i, '=');
635            char c2 = elemOr(icert2, clen2, i, '=');
636
637            gen_assert(c1 && c2);
638
639            gp->start_pos[i]       = p1;
640            gp->stop_pos[i]        = p2;
641            gp->complement[i]      = !!(c-'0');
642            gp->start_uncertain[i] = c1;
643            gp->stop_uncertain[i]  = c2;
644        }
645    }
646    else {
647        error = "No data";
648    }
649
650    return gp;
651}
652
653static int loc_update_running = 0;
654
655inline GB_ERROR update_location_from_GEN_position(LocationEditor *loced, const GEN_position *gp) {
656    GB_ERROR error = NULL;
657    if (gp) {
658        try {
659            LocationPtr loc = to_Location(gp);
660            loced->loc_awar(GLE_READABLE)->write_string(loc->as_string().c_str());
661        }
662        catch (const char *& err) { error = GBS_static_string(err); }
663        catch (string& err) { error = GBS_static_string(err.c_str()); }
664        catch (...) { gen_assert(0); }
665    }
666    return error;
667}
668
669
670static void GLE_update_from_detailFields(AW_root *, LocationEditor *loced) {
671    // update location according to other fields
672    if (!loc_update_running) {
673        loc_update_running++;
674
675        GB_ERROR      error = NULL;
676        GEN_position *gp    = loced->create_GEN_position_from_fields(error);
677
678        if (!error) {
679            error = update_location_from_GEN_position(loced, gp);
680        }
681
682        loced->set_pos(gp);
683        loced->set_status(error);
684
685        loc_update_running--;
686    }
687}
688
689
690static SmartCharPtr sizetarray2string(const size_t *array, int size) {
691    GBS_strstruct out(size*5);
692    for (int i = 0; i<size; ++i) {
693        out.putlong(array[i]);
694        out.put(' ');
695    }
696    out.cut_tail(1);
697    return out.release();
698}
699inline SmartCharPtr dupSizedPart(const unsigned char *in, int size) {
700    const char *in2 = reinterpret_cast<const char*>(in);
701    return ARB_strpartdup(in2, in2+size-1);
702}
703inline SmartCharPtr dupComplement(const unsigned char *in, int size) {
704    char *dup = ARB_alloc<char>(size+1);
705    for (int i = 0; i<size; ++i) {
706        dup[i] = in[i] ? '1' : '0';
707    }
708    dup[size] = 0;
709    return dup;
710}
711
712static void GLE_update_from_location(AW_root *, LocationEditor *loced) {
713    // update other fields according to location
714    if (!loc_update_running) {
715        loc_update_running++;
716
717        GB_ERROR      error  = NULL;
718        const char   *locstr = loced->awar_charp_value(GLE_READABLE);
719        GEN_position *gp     = NULL;
720
721        try {
722            LocationPtr loc = parseLocation(locstr);
723            gp              = loc->create_GEN_position();
724        }
725        catch (const char *& err) { error = GBS_static_string(err); }
726        catch (string& err) { error = GBS_static_string(err.c_str()); }
727        catch (...) { gen_assert(0); }
728
729        if (!error) {
730            loced->loc_awar(GLE_POS1)->write_string(&*sizetarray2string(gp->start_pos, gp->parts));
731            loced->loc_awar(GLE_POS2)->write_string(&*sizetarray2string(gp->stop_pos, gp->parts));
732
733            loced->loc_awar(GLE_CERT1)->write_string(&*dupSizedPart(gp->start_uncertain, gp->parts));
734            loced->loc_awar(GLE_CERT2)->write_string(&*dupSizedPart(gp->stop_uncertain, gp->parts));
735            loced->loc_awar(GLE_COMPLEMENT)->write_string(&*dupComplement(gp->complement, gp->parts));
736
737            loced->loc_awar(GLE_JOINABLE)->write_int(gp->parts>1 ? gp->joinable : 1);
738        }
739
740        loced->set_pos(gp);
741        loced->set_status(error);
742
743        loc_update_running--;
744    }
745}
746
747static void GLE_revcomp_cb(AW_window*, LocationEditor *loced) {
748    loced->revcomp();
749}
750
751void LocationEditor::createAwars() {
752    RootCallback update_from_detail = makeRootCallback(GLE_update_from_detailFields, this);
753
754    aw_root->awar_string(loc_awar_name(GLE_POS1),       "", gb_main)->add_callback(update_from_detail);
755    aw_root->awar_string(loc_awar_name(GLE_POS2),       "", gb_main)->add_callback(update_from_detail);
756    aw_root->awar_string(loc_awar_name(GLE_CERT1),      "", gb_main)->add_callback(update_from_detail);
757    aw_root->awar_string(loc_awar_name(GLE_CERT2),      "", gb_main)->add_callback(update_from_detail);
758    aw_root->awar_string(loc_awar_name(GLE_COMPLEMENT), "", gb_main)->add_callback(update_from_detail);
759    aw_root->awar_int   (loc_awar_name(GLE_JOINABLE),    1, gb_main)->add_callback(update_from_detail);
760    aw_root->awar_string(loc_awar_name(GLE_READABLE),   "", gb_main)->add_callback(makeRootCallback(GLE_update_from_location, this));
761    aw_root->awar_string(loc_awar_name(GLE_STATUS),     "", gb_main);
762}
763
764void LocationEditor::createEditFields(AW_window *aws) {
765    createInputField(aws, "pos1",   GLE_POS1,       POS_WIDTH);
766    createInputField(aws, "cert1",  GLE_CERT1,      CER_WIDTH);
767    createInputField(aws, "pos2",   GLE_POS2,       POS_WIDTH);
768    createInputField(aws, "cert2",  GLE_CERT2,      CER_WIDTH);
769    createInputField(aws, "comp",   GLE_COMPLEMENT, CER_WIDTH);
770    createInputField(aws, "loc",    GLE_READABLE,   LOC_WIDTH);
771    createInputField(aws, "status", GLE_STATUS,     LOC_WIDTH);
772
773    aws->at("rev");
774    aws->callback(makeWindowCallback(GLE_revcomp_cb, this));
775    aws->button_length(8);
776    aws->create_button("REV", "RevComp");
777   
778    aws->at("join");
779    aws->create_toggle(loc_awar_name(GLE_JOINABLE));
780}
781
782static void gene_changed_cb(AW_root *aw_root, LocationEditor *loced) {
783    GBDATA       *gb_gene = GEN_get_current_gene(loced->get_gb_main(), aw_root);
784    GEN_position *pos     = gb_gene ? GEN_read_position(gb_gene) : NULL;
785
786    GB_ERROR error = NULL;
787    if (pos) {
788        GEN_use_uncertainties(pos);
789        error = update_location_from_GEN_position(loced, pos);
790    }
791    loced->set_pos(pos);
792    loced->set_status(error);
793}
794
795static void boundloc_changed_cb(AW_root *aw_root, LocationEditor *loced) {
796    GBDATA*             gb_main = loced->get_gb_main();
797    const GEN_position *pos     = loced->get_pos();
798    gen_assert(pos);
799
800    GB_push_transaction(gb_main);
801    GBDATA   *gb_gene = GEN_get_current_gene(gb_main, aw_root);
802    GB_ERROR  error;
803    if (gb_gene) {
804        error = GEN_write_position(gb_gene, pos, 0);
805    }
806    else {
807        error = "That had no effect (no gene is selected)";
808    }
809    GB_end_transaction_show_error(gb_main, error, aw_message);
810
811    if (error) {
812        gene_changed_cb(aw_root, loced);
813    }
814}
815
816static void gene_create_cb(AW_window *aww, GBDATA *gb_main, LocationEditor *loced) {
817    GB_ERROR error = GB_begin_transaction(gb_main);
818
819    if (!error) {
820        AW_root *aw_root      = aww->get_root();
821        GBDATA  *gb_gene_data = GEN_get_current_gene_data(gb_main, aw_root);
822
823        if (!gb_gene_data) error = "Please select an organism";
824        else {
825            char    *dest    = aw_root->awar(AWAR_GENE_DEST)->read_string();
826            GBDATA  *gb_dest = GEN_find_gene_rel_gene_data(gb_gene_data, dest);
827
828            if (gb_dest) error = GBS_global_string("Gene '%s' already exists", dest);
829            else {
830                const GEN_position *pos = loced->get_pos();
831
832                if (!pos) error = "Won't create a gene with invalid position";
833                else  {
834                    gb_dest             = GEN_find_or_create_gene_rel_gene_data(gb_gene_data, dest);
835                    if (!gb_dest) error = GB_await_error();
836                    else error          = GEN_write_position(gb_dest, pos, 0);
837
838                    if (!error) {
839                        aw_root->awar(AWAR_GENE_NAME)->write_string(dest);
840                        aww->hide();
841                    }
842                }
843            }
844
845            free(dest);
846        }
847    }
848    GB_end_transaction_show_error(gb_main, error, aw_message);
849
850    gen_assert(!GB_have_error());
851}
852
853static AW_window *get_gene_create_or_locationEdit_window(AW_root *root, bool createGene, GBDATA *gb_main) {
854    static AW_window_simple *awa[2] = { NULL, NULL};
855    static LocationEditor   *le[2] = { NULL, NULL};
856
857    AW_window_simple*& aws   = awa[createGene];
858    LocationEditor*&   loced = le[createGene];
859
860    if (!aws) {
861        gen_assert(gb_main);
862
863        aws   = new AW_window_simple;
864        loced = new LocationEditor(root, gb_main, createGene ? "create" : "edit");
865
866        if (createGene) aws->init(root, "CREATE_GENE",   "GENE CREATE");
867        else            aws->init(root, "EDIT_LOCATION", "EDIT LOCATION");
868
869        aws->load_xfig("ad_gen_create.fig");
870
871        aws->at("close");
872        aws->callback(AW_POPDOWN);
873        aws->create_button("CLOSE", "Close", "C");
874
875        aws->at("help");
876        aws->callback(makeHelpCallback("gen_create.hlp"));
877        aws->create_button("HELP", "Help", "H");
878
879        aws->button_length(NAME_WIDTH);
880       
881        aws->at("organism");
882        aws->create_button(NULL, AWAR_ORGANISM_NAME);
883
884        aws->at("gene");
885        if (createGene) {
886            aws->create_input_field(AWAR_GENE_DEST, NAME_WIDTH);
887        }
888        else {
889            aws->create_button(NULL, AWAR_GENE_NAME);
890            AW_awar *awar_cgene = aws->get_root()->awar(AWAR_COMBINED_GENE_NAME);
891            awar_cgene->add_callback(makeRootCallback(gene_changed_cb, loced));
892            awar_cgene->touch();
893
894            loced->add_pos_changed_cb(boundloc_changed_cb);
895        }
896        aws->button_length(0);
897
898        loced->createEditFields(aws);
899
900        if (createGene) {
901            aws->at_shift(0, 30);
902            aws->callback(makeWindowCallback(gene_create_cb, gb_main, loced));
903            aws->create_autosize_button("CREATE", "Create gene", "G");
904        }
905    }
906    return aws;
907}
908static void popup_gene_location_editor(AW_window *aww, GBDATA *gb_main) {
909    AW_window *aws = get_gene_create_or_locationEdit_window(aww->get_root(), false, gb_main);
910    aws->activate();
911}
912static AW_window *create_gene_create_window(AW_root *root, GBDATA *gb_main) {
913    return get_gene_create_or_locationEdit_window(root, true, gb_main);
914}
915
916static void gene_delete_cb(AW_window *aww, GBDATA *gb_main) {
917    if (aw_ask_sure("gene_delete", "Are you sure to delete the gene?")) {
918        GB_transaction  ta(gb_main);
919        GBDATA         *gb_gene = GEN_get_current_gene(gb_main, aww->get_root());
920
921        GB_ERROR error = gb_gene ? GB_delete(gb_gene) : "Please select a gene first";
922        if (error) {
923            error = ta.close(error);
924            aw_message(error);
925        }
926    }
927}
928
929static void GEN_create_field_items(AW_window *aws, GBDATA *gb_main) {
930    static BoundItemSel *bis = new BoundItemSel(gb_main, GEN_get_selector());
931    gen_assert(bis->gb_main == gb_main);
932
933    aws->insert_menu_topic(aws->local_id("gen_reorder_fields"), "Reorder fields ...",    "R", "spaf_reorder.hlp", AD_F_ALL, makeCreateWindowCallback(DBUI::create_fields_reorder_window, bis));
934    aws->insert_menu_topic(aws->local_id("gen_delete_field"),   "Delete/Hide field ...", "D", "spaf_delete.hlp",  AD_F_ALL, makeCreateWindowCallback(DBUI::create_field_delete_window,   bis));
935    aws->insert_menu_topic(aws->local_id("gen_create_field"),   "Create fields ...",     "C", "spaf_create.hlp",  AD_F_ALL, makeCreateWindowCallback(DBUI::create_field_create_window,   bis));
936    aws->sep______________();
937    aws->insert_menu_topic("gen_unhide_fields",  "Show all hidden fields", "S", "scandb.hlp", AD_F_ALL, makeWindowCallback(gene_field_selection_list_unhide_all_cb, gb_main));
938    aws->insert_menu_topic("gen_refresh_fields", "Refresh fields",         "f", "scandb.hlp", AD_F_ALL, makeWindowCallback(gene_field_selection_list_update_cb,     gb_main));
939}
940
941#if defined(WARN_TODO)
942#warning move GEN_popup_gene_infowindow to SL/DB_UI
943#endif
944
945static AW_window *popup_new_gene_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main, int detach_id);
946
947static void popup_detached_gene_window(AW_window *aw_parent, const InfoWindow *infoWin) {
948    const InfoWindow *reusable = InfoWindowRegistry::infowin.find_reusable_of_same_type_as(*infoWin);
949    if (reusable) reusable->reuse();
950    else { // create a new window if none is reusable
951        popup_new_gene_window(aw_parent->get_root(),
952                              infoWin->get_gbmain(),
953                              InfoWindowRegistry::infowin.allocate_detach_id(*infoWin));
954    }
955}
956
957static AW_window *popup_new_gene_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main, int detach_id) { // INFO_WINDOW_CREATOR
958    AW_window_simple_menu *aws      = new AW_window_simple_menu;
959    const ItemSelector&    itemType = GEN_get_selector();
960
961    DBUI::init_info_window(aw_root, aws, itemType, detach_id);
962    aws->load_xfig("ad_spec.fig");
963
964    aws->button_length(8);
965
966    aws->at("close");
967    aws->callback(AW_POPDOWN);
968    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
969
970    aws->at("search");
971    aws->callback(makeCreateWindowCallback(GEN_create_gene_query_window, gb_main));
972    aws->create_button("SEARCH", "SEARCH", "S");
973
974    aws->at("help");
975    aws->callback(makeHelpCallback("gene_info.hlp"));
976    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
977
978    DbScanner         *scanner = create_db_scanner(gb_main, aws, "box", 0, "field", "enable", DB_VIEWER, "mark", itemType);
979    const InfoWindow&  infoWin = InfoWindowRegistry::infowin.registerInfoWindow(aws, scanner, detach_id);
980
981    if (infoWin.is_maininfo()) {
982        aws->create_menu("GENE", "G", AD_F_ALL);
983        aws->insert_menu_topic("gene_delete",  "Delete",             "D", "spa_delete.hlp", AD_F_ALL, makeWindowCallback      (gene_delete_cb,             gb_main));
984        aws->insert_menu_topic("gene_rename",  "Rename ...",         "R", "spa_rename.hlp", AD_F_ALL, makeCreateWindowCallback(create_gene_rename_window,  gb_main));
985        aws->insert_menu_topic("gene_copy",    "Copy ...",           "y", "spa_copy.hlp",   AD_F_ALL, makeCreateWindowCallback(create_gene_copy_window,    gb_main));
986        aws->insert_menu_topic("gene_create",  "Create ...",         "C", "gen_create.hlp", AD_F_ALL, makeCreateWindowCallback(create_gene_create_window,  gb_main));
987        aws->sep______________();
988        aws->insert_menu_topic("gen_edit_loc", "Edit gene location", "l", "gen_create.hlp", AD_F_ALL, makeWindowCallback      (popup_gene_location_editor, gb_main));
989    }
990
991    aws->create_menu("FIELDS", "F", AD_F_ALL);
992    GEN_create_field_items(aws, gb_main);
993
994    aws->at("detach");
995    infoWin.add_detachOrGet_button(popup_detached_gene_window);
996
997    aws->show();
998    infoWin.attach_selected_item();
999
1000    return aws;
1001}
1002
1003void GEN_popup_gene_infowindow(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1004    static AW_window *aws = 0;
1005    if (!aws) {
1006        aws = popup_new_gene_window(aw_root, gb_main, InfoWindow::MAIN_WINDOW);
1007    }
1008    else {
1009        aws->activate();
1010    }
1011}
1012
1013#if defined(WARN_TODO)
1014#warning move GEN_create_gene_query_window to SL/DB_UI
1015#endif
1016
1017AW_window *GEN_create_gene_query_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1018    static AW_window_simple_menu *aws = 0;
1019
1020    if (!aws) {
1021        aws = new AW_window_simple_menu;
1022        aws->init(aw_root, "GEN_QUERY", "Gene SEARCH and QUERY");
1023        aws->create_menu("More functions", "f");
1024        aws->load_xfig("ad_query.fig");
1025
1026        QUERY::query_spec awtqs(GEN_get_selector());
1027
1028        awtqs.gb_main             = gb_main;
1029        awtqs.species_name        = AWAR_SPECIES_NAME;
1030        awtqs.tree_name           = AWAR_TREE;
1031        awtqs.select_bit          = GB_USERFLAG_QUERY;
1032        awtqs.use_menu            = 1;
1033        awtqs.ere_pos_fig         = "ere3";
1034        awtqs.where_pos_fig       = "where3";
1035        awtqs.by_pos_fig          = "by3";
1036        awtqs.qbox_pos_fig        = "qbox";
1037        awtqs.key_pos_fig         = 0;
1038        awtqs.query_pos_fig       = "content";
1039        awtqs.result_pos_fig      = "result";
1040        awtqs.count_pos_fig       = "count";
1041        awtqs.do_query_pos_fig    = "doquery";
1042        awtqs.config_pos_fig      = "doconfig";
1043        awtqs.do_mark_pos_fig     = "domark";
1044        awtqs.do_unmark_pos_fig   = "dounmark";
1045        awtqs.do_delete_pos_fig   = "dodelete";
1046        awtqs.do_set_pos_fig      = "doset";
1047        awtqs.do_refresh_pos_fig  = "dorefresh";
1048        awtqs.open_parser_pos_fig = "openparser";
1049        awtqs.popup_info_window   = GEN_popup_gene_infowindow;
1050
1051        QUERY::DbQuery *query = create_query_box(aws, &awtqs, "gen");
1052        GLOBAL_gene_query     = query;
1053
1054        aws->create_menu("More search",     "s");
1055        aws->insert_menu_topic("gen_search_equal_fields_within_db", "Search For Equal Fields and Mark Duplicates",               "E", "search_duplicates.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(QUERY::search_duplicated_field_content, query, false));
1056        aws->insert_menu_topic("gen_search_equal_words_within_db",  "Search For Equal Words Between Fields and Mark Duplicates", "W", "search_duplicates.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(QUERY::search_duplicated_field_content, query, true));
1057
1058        aws->button_length(7);
1059
1060        aws->at("close");
1061        aws->callback(AW_POPDOWN);
1062        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
1063
1064        aws->at("help");
1065        aws->callback(makeHelpCallback("gene_search.hlp"));
1066        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
1067    }
1068
1069    return aws;
1070}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.