source: tags/ms_r16q3/SH/arb_phyml

Last change on this file was 11626, checked in by westram, 10 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 3.2 KB
Line 
1#!/bin/bash -x
2
3showinput() {
4    echo '------------------'
5    cat -
6    echo '------------------'
7}
8
9switchmodel() {
10    if [ $1 = 0 ]; then
11        echo ""
12    else
13        echo "m `switchmodel $[$1-1]`"
14    fi
15}
16
17PHYML=$ARBHOME/bin/phyml
18if [ \! -x $PHYML ]; then
19    arb_message 'Error: You have to install phyml and link it into $ARBHOME/bin\n(e.g.: cd ARBHOME/bin; ln -s /path/to/your/phyml .)'
20else
21    INFILE=$1; shift
22    DATATYPE=$1; shift
23    MODEL=$1; shift
24
25    if [ "$DATATYPE" = "DNA" ]; then
26        OPTFREQ=$1; shift
27        BASEFREQEST=$1; shift
28        TSTVRATIO=$1; shift
29        PINVAR=$1; shift
30    else
31        if [ "$DATATYPE" = "AA" ]; then
32            PINVAR=$1; shift
33        else
34            arb_message "Invalid datatype '$DATATYPE'"
35            exit 1
36        fi
37    fi
38    INTERACTIVE=$1; shift
39
40    if [ -z $INTERACTIVE -o \! -z $1 ]; then
41        echo 'Usage: arb_phyml seqfile DNA substmodel optfreq basefreqest tstvratio pinvar interactive'
42        echo 'Usage: arb_phyml seqfile AA  substmodel pinvar interactive'
43    else
44        # echo "INFILE='$INFILE'"
45        # echo "DATATYPE='$DATATYPE'"
46        # echo "MODEL='$MODEL'"
47        # echo "OPTFREQ='$OPTFREQ'"
48        # echo "BASEFREQEST='$BASEFREQEST'"
49        # echo "TSTVRATIO='$TSTVRATIO'"
50        # echo "PINVAR='$PINVAR'"
51        # echo "INTERACTIVE='$INTERACTIVE'"
52       
53        ARGS=$INFILE
54        SETMODEL=`switchmodel $MODEL`
55        if [ "$DATATYPE" = "AA" ]; then
56            ARGS="$ARGS d $SETMODEL"
57            if [ $PINVAR = 1 ]; then
58                ARGS="$ARGS v y"
59            fi
60        else
61            ARGS="$ARGS $SETMODEL"
62            if [ $OPTFREQ = 1 ]; then
63                if [ $MODEL = 4 ]; then
64                    ARGS="$ARGS e"
65                else
66                    arb_message "'Optimize equilibrium frequencies' only applies to 'custom' model. Ignored."
67                fi
68            fi
69            if [ $BASEFREQEST = 1 ]; then
70                if [ $MODEL = 5 -o $MODEL = 6 -o $MODEL = 4 ]; then
71                    arb_message "'Base frequency estimates' does not apply to chosen model. Ignored."
72                else
73                    ARGS="$ARGS e"
74                fi
75            fi
76            if [ $TSTVRATIO = 1 ]; then
77                if [ $MODEL = 3 -o $MODEL = 4 -o $MODEL = 5 -o $MODEL = 7 ]; then
78                    arb_message "'Ts/tv ratio' does not apply to chosen model. Ignored."
79                else
80                    ARGS="$ARGS t y"
81                fi
82            fi
83            if [ $PINVAR = 1 ]; then
84                if [ $MODEL = 4 ]; then
85                    arb_message "'Proportion of invariable sites' does not apply to chosen model. Ignored."
86                else
87                    ARGS="$ARGS v y"
88                fi
89            fi
90        fi
91
92        # PHYML=showinput
93        if [ $INTERACTIVE = 1 ]; then
94            (arb_echo $ARGS; cat -) | $PHYML
95        else
96            arb_echo $ARGS y | $PHYML
97        fi
98       
99        TREEFILE=infile_phyml_tree.txt
100        if [ \! -s $TREEFILE ]; then
101            arb_message "'$TREEFILE' was not generated or is empty"
102            false
103        else
104            echo >arb_read_tree_args
105            mv $TREEFILE outtree
106        fi
107    fi
108fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.