source: tags/ms_r18q1/EDIT4/ED4_main.cxx

Last change on this file was 16766, checked in by westram, 6 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 22.2 KB
Line 
1// ============================================================= //
2//                                                               //
3//   File      : ED4_main.cxx                                    //
4//   Purpose   :                                                 //
5//                                                               //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)     //
7//   http://www.arb-home.de/                                     //
8//                                                               //
9// ============================================================= //
10
11
12#include "ed4_class.hxx"
13#include "ed4_awars.hxx"
14#include "ed4_edit_string.hxx"
15#include "ed4_nds.hxx"
16#include "ed4_visualizeSAI.hxx"
17#include "ed4_ProteinViewer.hxx"
18#include "ed4_protein_2nd_structure.hxx"
19#include "ed4_dots.hxx"
20#include "ed4_naligner.hxx"
21#include "ed4_seq_colors.hxx"
22#include "graph_aligner_gui.hxx"
23#include <ed4_extern.hxx>
24
25#include <st_window.hxx>
26#include <gde.hxx>
27#include <AW_helix.hxx>
28#include <AP_pro_a_nucs.hxx>
29#include <ad_config.h>
30#include <awt_map_key.hxx>
31#include <awt.hxx>
32
33#include <aw_preset.hxx>
34#include <aw_awars.hxx>
35#include <aw_msg.hxx>
36#include <aw_root.hxx>
37#include <aw_advice.hxx>
38
39#include <arbdbt.h>
40
41#include <arb_defs.h>
42#include <arb_global_defs.h>
43#include <macros.hxx>
44#include <aw_question.hxx>
45
46AW_HEADER_MAIN
47
48ED4_root *ED4_ROOT;
49GBDATA   *GLOBAL_gb_main = NULp; // global gb_main for arb_edit4
50
51int TERMINAL_HEIGHT;
52
53int INFO_TERM_TEXT_YOFFSET;
54int SEQ_TERM_TEXT_YOFFSET;
55
56int MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH; // greatest # of characters in a sequence string terminal
57int MAXNAME_WIDTH;
58int MAXINFO_WIDTH;
59int FLAG_WIDTH;
60
61long ED4_counter = 0;
62
63size_t         not_found_counter; // nr of species which haven't been found
64GBS_strstruct *not_found_message;
65
66long         max_seq_terminal_length; // global maximum of sequence terminal length
67ED4_EDITMODE awar_edit_mode;
68long         awar_edit_rightward;
69bool         move_cursor;             // only needed for editing in consensus
70bool         DRAW;
71
72inline void replaceChars(char *s, char o, char n) {
73    while (1) {
74        char c = *s++;
75        if (!c) {
76            break;
77        }
78        if (c==o) {
79            s[-1] = n;
80        }
81    }
82}
83
84inline void set_and_realloc_gde_array(uchar **&the_names, uchar **&the_sequences, long &allocated, long &numberspecies, long &maxalign,
85                                      const char *name, int name_len, const char *seq, int seq_len)
86{
87    if (allocated==numberspecies) {
88        long new_allocated = (allocated*3)/2;
89
90        ARB_recalloc(the_names, allocated, new_allocated);
91        ARB_recalloc(the_sequences, allocated, new_allocated);
92        allocated = new_allocated;
93    }
94
95    the_names[numberspecies]     = (uchar*)ARB_strndup(name, name_len);
96    the_sequences[numberspecies] = (uchar*)ARB_strndup(seq, seq_len);
97
98    replaceChars((char*)the_names[numberspecies], ' ', '_');
99
100    if (seq_len>maxalign) {
101        maxalign = seq_len;
102    }
103
104    numberspecies++;
105}
106
107static char *add_area_for_gde(ED4_area_manager *area_man, uchar **&the_names, uchar **&the_sequences,
108                              long &allocated, long &numberspecies, long &maxalign,
109                              int show_sequence, int show_SAI, int show_helix, int show_consensus, int show_remark)
110{
111    ED4_terminal *terminal = area_man->get_first_terminal();
112    ED4_terminal *last     = area_man->get_last_terminal();
113
114    for (; terminal;) {
115        if (terminal->is_species_name_terminal()) {
116            ED4_species_manager *species_manager = terminal->get_parent(LEV_SPECIES)->to_species_manager();
117            ED4_species_name_terminal *species_name = species_manager->search_spec_child_rek(LEV_SPECIES_NAME)->to_species_name_terminal();
118            int name_len;
119            char *name = species_name->resolve_pointer_to_string_copy(&name_len);
120            ED4_sequence_terminal *sequence_terminal;
121
122            {
123                ED4_base *sequence_term  = species_manager->search_spec_child_rek(LEV_SEQUENCE_STRING);
124                if (!sequence_term) goto end_of_loop;
125                sequence_terminal = sequence_term->to_sequence_terminal();
126            }
127
128            int show = -1;
129
130            bool is_consensus = false;
131            bool is_SAI       = false;
132
133            if (sequence_terminal->is_consensus_terminal()) {
134                is_consensus = true;
135                show         = show_consensus;
136            }
137            else if (sequence_terminal->is_SAI_terminal()) {
138                is_SAI = true;
139                show   = show_SAI;
140            }
141            else {
142                show = show_sequence;
143            }
144
145            e4_assert(show!=-1);
146
147            if (show) {
148                int   seq_len;
149                char *seq = NULp;
150
151                if (is_consensus) {
152                    ED4_group_manager *group_manager = sequence_terminal->get_parent(LEV_GROUP)->to_group_manager();
153
154                    seq = group_manager->build_consensus_string(&seq_len);
155                    e4_assert(seq && strlen(seq) == size_t(seq_len));
156
157                    ED4_group_manager *folded_group_man = sequence_terminal->is_in_folded_group();
158
159                    if (folded_group_man) { // we are in a folded group
160                        if (folded_group_man==group_manager) { // we are the consensus of the folded group
161                            if (folded_group_man->is_in_folded_group()) { // a folded group inside a folded group -> do not show
162                                freenull(seq);
163                            }
164                            else { // group folded but consensus shown -> add '-' before name
165                                char *new_name = ARB_alloc<char>(name_len+2);
166
167                                sprintf(new_name, "-%s", name);
168                                freeset(name, new_name);
169                                name_len++;
170                            }
171                        }
172                        else { // we are really inside a folded group -> don't show
173                            freenull(seq);
174                        }
175                    }
176                }
177                else { // sequence
178                    if (!sequence_terminal->is_in_folded_group()) {
179                        seq = sequence_terminal->resolve_pointer_to_string_copy(&seq_len);
180                    }
181                }
182
183                if (seq) {
184                    set_and_realloc_gde_array(the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, name, name_len, seq, seq_len);
185                    if (show_helix && !is_SAI && ED4_ROOT->helix->size()) {
186                        char *helix = ED4_ROOT->helix->seq_2_helix(seq, '.');
187                        set_and_realloc_gde_array(the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, name, name_len, helix, seq_len);
188                        free(helix);
189                    }
190                    if (show_remark && !is_consensus) {
191                        ED4_manager *ms_man = sequence_terminal->get_parent(LEV_MULTI_SEQUENCE);
192                        if (ms_man) {
193                            ED4_base *remark_name_term = ms_man->search_ID("remark");
194                            if (remark_name_term) {
195                                ED4_base *remark_term = remark_name_term->get_next_terminal();
196                                e4_assert(remark_term);
197
198                                int remark_len;
199                                char *remark = remark_term->resolve_pointer_to_string_copy(&remark_len);
200
201                                replaceChars(remark, ' ', '_');
202                                set_and_realloc_gde_array(the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, name, name_len, remark, remark_len);
203                                free(remark);
204                            }
205                        }
206                    }
207                    free(seq);
208                }
209            }
210            free(name);
211        }
212    end_of_loop :
213        if (terminal==last) break;
214        terminal = terminal->get_next_terminal();
215    }
216
217    return NULp;
218}
219
220static char *ED4_create_sequences_for_gde(GBDATA **&the_species, uchar **&the_names, uchar **&the_sequences, long &numberspecies, long &maxalign) {
221    int top     = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area")->read_int();
222    int tops    = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area_sai")->read_int();
223    int toph    = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area_helix")->read_int();
224    int topk    = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area_kons")->read_int();
225    int topr    = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/top_area_remark")->read_int();
226    int middle  = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area")->read_int();
227    int middles = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area_sai")->read_int();
228    int middleh = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area_helix")->read_int();
229    int middlek = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area_kons")->read_int();
230    int middler = ED4_ROOT->aw_root->awar("gde/middle_area_remark")->read_int();
231
232    numberspecies = 0;
233    maxalign      = 0;
234
235    long allocated = 100;
236    the_species    = NULp;
237
238    ARB_calloc(the_names,     allocated);
239    ARB_calloc(the_sequences, allocated);
240
241    char *err = add_area_for_gde(ED4_ROOT->top_area_man, the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, top, tops, toph, topk, topr);
242    if (!err) {
243        err = add_area_for_gde(ED4_ROOT->middle_area_man, the_names, the_sequences, allocated, numberspecies, maxalign, middle, middles, middleh, middlek, middler);
244    }
245
246    if (allocated!=(numberspecies+1)) {
247        ARB_recalloc(the_names, allocated, numberspecies+1);
248        ARB_recalloc(the_sequences, allocated, numberspecies+1);
249    }
250
251    return err;
252}
253
254void ED4_setup_gaps_and_alitype(const char *gap_chars, GB_alignment_type alitype) {
255    BaseFrequencies::setup(gap_chars, alitype);
256}
257
258static void ED4_gap_chars_changed(AW_root *root) {
259    char *gap_chars = root->awar_string(ED4_AWAR_GAP_CHARS)->read_string();
260    ED4_setup_gaps_and_alitype(gap_chars, ED4_ROOT->alignment_type);
261    free(gap_chars);
262}
263
264void ED4_with_all_edit_windows(void (*cb)(ED4_window *)) {
265    for (ED4_window *win = ED4_ROOT->first_window; win; win = win->next) {
266        ED4_LocalWinContext uses(win);
267        cb(win);
268    }
269}
270
271static void redraw_cursor(ED4_window *win) { win->cursor.redraw(); }
272static void ED4_edit_direction_changed(AW_root * /* awr */) {
273    ED4_with_all_edit_windows(redraw_cursor);
274}
275
276static void ed4_bind_mainDB_awar_callbacks(AW_root *root) {
277    // callbacks to main DB awars are bound later
278    // (otherwise its easy to crash the editor by clicking around in ARB_NTREE during editor startup)
279
280    root->awar(AWAR_SET_CURSOR_POSITION)->add_callback(ED4_remote_set_cursor_cb);
281    root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->add_callback(ED4_selected_species_changed_cb);
282    root->awar(AWAR_SAI_NAME)->add_callback(ED4_selected_SAI_changed_cb);
283}
284
285static void ed4_create_mainDB_awars(AW_root *root) {
286    // WARNING: do not bind callbacks here -> do it in ed4_bind_mainDB_awar_callbacks()
287
288    root->awar_int(AWAR_CURSOR_POSITION,       info2bio(0), GLOBAL_gb_main);
289    root->awar_int(AWAR_CURSOR_POSITION_LOCAL, 0, GLOBAL_gb_main);
290    root->awar_int(AWAR_SET_CURSOR_POSITION,   1, GLOBAL_gb_main);
291
292    root->awar_string(AWAR_FIELD_CHOSEN, NO_FIELD_SELECTED, GLOBAL_gb_main);
293
294    root->awar_string(AWAR_SPECIES_NAME, "", GLOBAL_gb_main);
295    root->awar_string(AWAR_SAI_NAME,     "", GLOBAL_gb_main);
296    root->awar_string(AWAR_SAI_GLOBAL,   "", GLOBAL_gb_main);
297}
298
299static void ed4_create_all_awars(AW_root *root, const char *config_name) {
300    // Note: cursor awars are created in window constructor
301
302    root->awar_string(AWAR_EDIT_CONFIGURATION, config_name, AW_ROOT_DEFAULT);
303
304    ed4_create_mainDB_awars(root);
305    ED4_create_search_awars(root);
306
307#if defined(DEBUG)
308    AWT_create_db_browser_awars(root, AW_ROOT_DEFAULT);
309#endif // DEBUG
310
311    create_naligner_variables(root, AW_ROOT_DEFAULT);
312    create_sina_variables(root, AW_ROOT_DEFAULT);
313
314    awar_edit_mode = AD_ALIGN;
315
316    int def_sec_level = 0;
317#ifdef DEBUG
318    def_sec_level = 6; // don't nag developers
319#endif
320    root->awar_int(AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL, def_sec_level, AW_ROOT_DEFAULT);
321
322    root->awar_int(AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL_ALIGN,  def_sec_level, AW_ROOT_DEFAULT)->add_callback(ed4_changesecurity);
323    root->awar_int(AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL_CHANGE, def_sec_level, AW_ROOT_DEFAULT)->add_callback(ed4_changesecurity);
324
325    root->awar_int(AWAR_EDIT_MODE,   0)->add_callback(ed4_change_edit_mode);
326    root->awar_int(AWAR_INSERT_MODE, 1)->add_callback(ed4_change_edit_mode);
327
328    root->awar_int(AWAR_EDIT_RIGHTWARD, 1)->add_target_var(&awar_edit_rightward)->add_callback(ED4_edit_direction_changed);
329    root->awar_int(AWAR_EDIT_TITLE_MODE, 0);
330
331    root->awar_int(AWAR_EDIT_HELIX_SPACING,    0) ->set_minmax(-30, 30) ->add_target_var(&ED4_ROOT->helix_add_spacing)    ->add_callback(makeRootCallback(ED4_request_relayout));
332    root->awar_int(AWAR_EDIT_TERMINAL_SPACING, 0) ->set_minmax(-30, 30) ->add_target_var(&ED4_ROOT->terminal_add_spacing) ->add_callback(makeRootCallback(ED4_request_relayout));
333
334    ed4_changesecurity(root);
335
336    root->awar_int(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_GAPS,    0)->add_callback(makeRootCallback(ED4_compression_toggle_changed_cb, false));
337    root->awar_int(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_HIDE,    0)->add_callback(makeRootCallback(ED4_compression_toggle_changed_cb, true));
338    root->awar_int(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_TYPE,    0)->add_callback(ED4_compression_changed_cb);
339    root->awar_int(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_PERCENT, 1)->add_callback(ED4_compression_changed_cb)->set_minmax(1, 99);
340
341    root->awar_int(ED4_AWAR_DIGITS_AS_REPEAT, 0);
342    root->awar_int(ED4_AWAR_FAST_CURSOR_JUMP, 0);
343    root->awar_int(ED4_AWAR_CURSOR_TYPE, (int)ED4_RIGHT_ORIENTED_CURSOR);
344
345    ED4_create_consensus_awars(root);
346    ED4_create_NDS_awars(root);
347
348    root->awar_string(ED4_AWAR_REP_SEARCH_PATTERN, ".");
349    root->awar_string(ED4_AWAR_REP_REPLACE_PATTERN, "-");
350
351    root->awar_int(ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_X, 40);
352    root->awar_int(ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_Y, 20);
353    root->awar_int(ED4_AWAR_SCROLL_MARGIN, 5);
354
355    root->awar_string(ED4_AWAR_SPECIES_TO_CREATE, "");
356
357    root->awar_string(ED4_AWAR_GAP_CHARS, ".-~?")->add_callback(ED4_gap_chars_changed);
358    ED4_gap_chars_changed(root);
359    root->awar_int(ED4_AWAR_ANNOUNCE_CHECKSUM_CHANGES, 0);
360
361    {
362        GB_ERROR gde_err = GDE_init(ED4_ROOT->aw_root, ED4_ROOT->props_db, GLOBAL_gb_main, ED4_create_sequences_for_gde, NULp, GDE_WINDOWTYPE_EDIT4);
363        if (gde_err) GBK_terminatef("Fatal error: %s", gde_err);
364    }
365
366    root->awar_string(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_REPL_EQUAL, "-");
367    root->awar_string(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_REPL_POINT, "?");
368    root->awar_int(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_CREATE_POINTS, 1);
369    root->awar_int(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_ALL_UPPER, 1);
370    root->awar_int(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_DATA_SOURCE, 0);
371
372    ED4_createVisualizeSAI_Awars(root, AW_ROOT_DEFAULT);
373    ED4_create_dot_missing_bases_awars(root, AW_ROOT_DEFAULT);
374
375    // Create Awars To Be Used In Protein Viewer
376    if (ED4_ROOT->alignment_type == GB_AT_DNA) {
377        PV_CreateAwars(root, AW_ROOT_DEFAULT);
378    }
379
380    // create awars to be used for protein secondary structure match
381    if (ED4_ROOT->alignment_type == GB_AT_AA) {
382        root->awar_int(PFOLD_AWAR_ENABLE, 1);
383        root->awar_string(PFOLD_AWAR_SELECTED_SAI, "PFOLD");
384        root->awar_int(PFOLD_AWAR_MATCH_METHOD, SECSTRUCT_SEQUENCE);
385        int pt;
386        char awar[256];
387        for (int i = 0; pfold_match_type_awars[i].name; i++) {
388            e4_assert(i<PFOLD_PAIRS);
389            pt = pfold_match_type_awars[i].value;
390            sprintf(awar, PFOLD_AWAR_PAIR_TEMPLATE, pfold_match_type_awars[i].name);
391            root->awar_string(awar, pfold_pairs[pt])->add_target_var(&pfold_pairs[pt]);
392            sprintf(awar, PFOLD_AWAR_SYMBOL_TEMPLATE, pfold_match_type_awars[i].name);
393            root->awar_string(awar, pfold_pair_chars[pt])->add_target_var(&pfold_pair_chars[pt]);
394        }
395        root->awar_string(PFOLD_AWAR_SYMBOL_TEMPLATE_2, PFOLD_PAIR_CHARS_2);
396        root->awar_string(PFOLD_AWAR_SAI_FILTER, "pfold");
397    }
398
399    GB_ERROR error = ARB_init_global_awars(root, AW_ROOT_DEFAULT, GLOBAL_gb_main);
400    if (error) aw_message(error);
401}
402
403const char *ED4_propertyName(int mode) {
404    // mode == 0 -> alignment specific          (e.g. "edit4_ali_16s.arb")
405    // mode == 1 -> alignment-type specific     (e.g. "edit4_rna.arb")
406    // mode == 2 -> unspecific (normal)         (always "edit4.arb")
407    //
408    // Note : result is only valid until next call
409
410    e4_assert(mode >= 0 && mode <= 2);
411
412    const char *result;
413    if (mode == 2) {
414        result = "edit4.arb";
415    }
416    else {
417        static char *ali_name    = NULp;
418        static char *ali_type    = NULp;
419        static char *result_copy = NULp;
420
421        if (!ali_name) {
422            GB_transaction ta(GLOBAL_gb_main);
423            ali_name = GBT_get_default_alignment(GLOBAL_gb_main);
424            ali_type = GBT_get_alignment_type_string(GLOBAL_gb_main, ali_name);
425            result_copy   = new char[21+strlen(ali_name)];
426        }
427
428        sprintf(result_copy, "edit4_%s.arb", mode == 0 ? ali_name : ali_type);
429        result = result_copy;
430    }
431
432    return result;
433}
434
435static void ED4_postcbcb(AW_window *aww) {
436    ED4_ROOT->announce_useraction_in(aww);
437    ED4_trigger_instant_refresh();
438}
439static void seq_colors_changed_cb() {
440    ED4_ROOT->request_refresh_for_sequence_terminals();
441}
442
443int ARB_main(int argc, char *argv[]) {
444    const char *data_path = ":";
445    char *config_name = NULp;
446
447    if (argc > 1 && ((strcmp(argv[1], "-h") == 0) || (strcmp(argv[1], "--help") == 0))) {
448        fprintf(stderr,
449                "Usage: arb_edit4 [options] database\n"
450                "       database    name of database or ':' to connect to arb-database-server\n"
451                "\n"
452                "       options:\n"
453                "       -c config   loads configuration 'config' (default: '" DEFAULT_CONFIGURATION "')\n"
454            );
455        return EXIT_SUCCESS;
456    }
457
458    if (argc > 1 && strcmp(argv[1], "-c") == 0) {
459        config_name = new char[strlen(argv[2])+1];
460        strcpy(config_name, argv[2]);
461        argc -= 2; argv += 2;
462    }
463    else { // load default configuration if no command line is given
464        config_name = ARB_strdup(DEFAULT_CONFIGURATION);
465        printf("Using '%s'\n", DEFAULT_CONFIGURATION);
466    }
467
468    if (argc>1) {
469        data_path = argv[1];
470        argc--; argv++;
471    }
472
473    aw_initstatus();
474
475    GB_shell  shell;
476    ARB_ERROR error;
477    GLOBAL_gb_main = GB_open(data_path, "rwt");
478    if (!GLOBAL_gb_main) {
479        error = GB_await_error();
480    }
481    else {
482#if defined(DEBUG)
483        AWT_announce_db_to_browser(GLOBAL_gb_main, GBS_global_string("ARB database (%s)", data_path));
484#endif // DEBUG
485
486        ED4_ROOT = new ED4_root(&argc, &argv);
487
488        error = configure_macro_recording(ED4_ROOT->aw_root, "ARB_EDIT4", GLOBAL_gb_main);
489        if (!error) {
490            ED4_ROOT->database = new EDB_root_bact;
491            error              = ED4_ROOT->init_alignment();
492        }
493        if (!error) {
494            ed4_create_all_awars(ED4_ROOT->aw_root, config_name);
495
496            ED4_ROOT->st_ml           = STAT_create_ST_ML(GLOBAL_gb_main);
497            ED4_ROOT->sequence_colors = new ED4_seq_colors(ED4_G_SEQUENCES, seq_colors_changed_cb);
498
499            ED4_ROOT->edk = new ed_key;
500            ED4_ROOT->edk->create_awars(ED4_ROOT->aw_root);
501
502            ED4_ROOT->helix = new AW_helix(ED4_ROOT->aw_root);
503
504            {
505                GB_ERROR warning = NULp;
506                switch (ED4_ROOT->alignment_type) {
507                    case GB_AT_RNA:
508                    case GB_AT_DNA:
509                        warning = ED4_ROOT->helix->init(GLOBAL_gb_main);
510                        break;
511
512                    case GB_AT_AA:
513                        warning = ED4_pfold_set_SAI(&ED4_ROOT->protstruct, GLOBAL_gb_main, ED4_ROOT->alignment_name, &ED4_ROOT->protstruct_len);
514                        break;
515
516                    default:
517                        e4_assert(0);
518                        break;
519                }
520
521                if (warning) aw_message(warning); // write to console
522                ED4_ROOT->create_first_window();
523                if (warning) { aw_message(warning); warning = NULp; } // write again to status window
524            }
525
526            ED4_objspec::init_object_specs();
527            {
528                int found_config = 0;
529                ED4_LocalWinContext uses(ED4_ROOT->first_window);
530
531                if (config_name) {
532                    GB_transaction ta(GLOBAL_gb_main);
533                    GB_ERROR       cfg_error;
534                    GBT_config     cfg(GLOBAL_gb_main, config_name, cfg_error);
535
536                    if (cfg.exists()) {
537                        ED4_ROOT->create_hierarchy(cfg.get_definition(GBT_config::MIDDLE_AREA), cfg.get_definition(GBT_config::TOP_AREA)); // create internal hierarchy
538                        found_config = 1;
539                    }
540                    else {
541                        aw_message(GBS_global_string("Could not find configuration '%s'", config_name));
542                    }
543                }
544
545                if (!found_config) {
546                    // create internal hierarchy
547
548                    char *as_mid = ED4_ROOT->database->make_string();
549                    char *as_top = ED4_ROOT->database->make_top_bot_string();
550
551                    ED4_ROOT->create_hierarchy(as_mid, as_top);
552
553                    delete as_mid;
554                    delete as_top;
555                }
556            }
557
558            // now bind DB depending callbacks
559            ed4_bind_mainDB_awar_callbacks(ED4_ROOT->aw_root);
560
561            // Create Additional sequence (aminoacid) terminals to be used in Protein Viewer
562            if (ED4_ROOT->alignment_type == GB_AT_DNA) {
563                PV_CallBackFunction(ED4_ROOT->aw_root);
564            }
565
566            AWT_install_postcb_cb(ED4_postcbcb);
567            AWT_install_cb_guards();
568            e4_assert(!ED4_WinContext::have_context()); // no global context shall be active
569            ED4_ROOT->aw_root->main_loop(); // enter main-loop
570        }
571
572        shutdown_macro_recording(ED4_ROOT->aw_root);
573        GB_close(GLOBAL_gb_main);
574    }
575
576    bool have_aw_root = ED4_ROOT && ED4_ROOT->aw_root;
577    if (error) {
578        if (have_aw_root) aw_popup_ok(error.deliver());
579        else fprintf(stderr, "arb_edit4: Error: %s\n", error.deliver());
580    }
581    if (have_aw_root) delete ED4_ROOT->aw_root;
582
583    return EXIT_SUCCESS;
584}
585
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.