source: trunk/NALIGNER/ali_pt.cxx

Last change on this file was 18730, checked in by westram, 3 years ago
  • remove trailing whitespace from c source.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.1 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ali_pt.cxx                                        //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "ali_pt.hxx"
12
13int ALI_PT::init_communication() {
14    // Initialize the communication with the pt server
15    const char *user = GB_getenvUSER();
16    if (aisc_create(link, PT_MAIN, com,
17                    MAIN_LOCS, PT_LOCS, locs,
18                    LOCS_USER, user,
19                    NULp))
20    {
21        return 1;
22    }
23    return 0;
24}
25
26char *ALI_PT::get_family_member(char *specifiedfamily, unsigned long number) {
27    char *ptr = specifiedfamily;
28    char *end;
29    char *buffer, *dest;
30
31    while (number > 0 && *ptr != '\0' && *ptr != ';') {
32        while (*ptr != '\0' && *ptr != ';' && *ptr != ',')
33            ptr++;
34        if (*ptr == ',')
35            ptr++;
36        number--;
37    }
38
39    if (*ptr != '\0' && *ptr != ';') {
40        end = ptr;
41        while (*end != '\0' && *end != ',' && *end != ';')
42            end++;
43
44        buffer = dest = (char *) CALLOC((unsigned int) (end - ptr) + 1, sizeof(char));
45        ali_out_of_memory_if(!buffer);
46
47        while (ptr != end)
48            *dest++ = *ptr++;
49        *dest = '\0';
50
51        return buffer;
52    }
53    return NULp;
54}
55
56char *ALI_PT::get_extension_member(char *specifiedfamily,    unsigned long number) {
57    char *ptr = specifiedfamily;
58    char *end;
59    char *buffer, *dest;
60
61    while (*ptr != '\0' && *ptr != ';')
62        ptr++;
63    if (*ptr == ';')
64        ptr++;
65
66    while (number > 0 && *ptr != '\0') {
67        while (*ptr != '\0' && *ptr != ',')
68            ptr++;
69        if (*ptr == ',')
70            ptr++;
71        number--;
72    }
73
74    if (*ptr != '\0') {
75        end = ptr;
76        while (*end != '\0' && *end != ',')
77            end++;
78
79        buffer = dest = (char *) CALLOC((unsigned int) (end - ptr) + 1, sizeof(char));
80        ali_out_of_memory_if(!buffer);
81
82        while (ptr != end)
83            *dest++ = *ptr++;
84        *dest = '\0';
85
86        return buffer;
87    }
88
89    return NULp;
90}
91
92
93int ALI_PT::open(char *servername) {
94    if (arb_look_and_start_server(AISC_MAGIC_NUMBER, servername)) {
95        ali_message ("Cannot contact Probe bank server");
96        return -1;
97    }
98
99    const char *socketid = GBS_read_arb_tcp(servername);
100
101    if (!socketid) {
102        ali_message(GB_await_error());
103        return -1;
104    }
105
106    GB_ERROR openerr = NULp;
107    link             = aisc_open(socketid, com, AISC_MAGIC_NUMBER, &openerr);
108
109    if (openerr) {
110        ali_message (openerr);
111        return -1;
112    }
113
114    if (!link) {
115        ali_message ("Cannot contact Probe bank server ");
116        return -1;
117    }
118
119    if (init_communication()) {
120        ali_message ("Cannot contact Probe bank server (2)");
121        return -1;
122    }
123
124    return 0;
125}
126
127void ALI_PT::close() {
128    if (link) aisc_close(link, com);
129    link = NULp;
130}
131
132ALI_PT::ALI_PT(ALI_PT_CONTEXT *context) {
133    link = NULp;
134
135    fam_list_max = context->fam_list_max;
136    ext_list_max = context->ext_list_max;
137    percent_min = context->percent_min;
138    matches_min = context->matches_min;
139
140    family_list    = NULp;
141    extension_list = NULp;
142
143    if (context->use_specified_family) {
144        mode = SpecifiedMode;
145        specified_family = ARB_strdup(context->use_specified_family);
146    }
147    else {
148        mode             = ServerMode;
149        specified_family = NULp;
150
151        ali_message("Connecting to PT server");
152        if (open(context->servername) != 0) {
153            ali_fatal_error("Can't connect to PT server");
154        }
155        ali_message("Connection established");
156    }
157}
158
159ALI_PT::~ALI_PT() {
160    close();
161
162    if (family_list && !family_list->is_empty()) {
163        delete family_list->first();
164        while (family_list->has_next())
165            delete family_list->next();
166        delete family_list;
167    }
168    if (extension_list && !extension_list->is_empty()) {
169        delete extension_list->first();
170        while (extension_list->has_next())
171            delete extension_list->next();
172        delete extension_list;
173    }
174}
175
176
177int ALI_PT::find_family(ALI_SEQUENCE *sequence, int find_type) {
178    unsigned long number;
179    int matches, max_matches;
180    char *seq_name;
181    T_PT_FAMILYLIST f_list;
182    ali_pt_member *pt_member;
183    char *species;
184
185    bytestring bs;
186    bs.data = sequence->string();
187    bs.size = strlen(bs.data)+1;
188
189    family_list = new ALI_TLIST<ali_pt_member *>;
190    extension_list = new ALI_TLIST<ali_pt_member *>;
191    ali_out_of_memory_if(!family_list || !extension_list);
192
193    if (mode == ServerMode) {
194        /* Start find_family() at the PT_SERVER
195         *
196         * Here we have to make a loop, until the match count of the
197         * first member is big enought
198         */
199
200        T_PT_FAMILYFINDER ffinder;
201        if (aisc_create(link, PT_LOCS, locs,
202                        LOCS_FFINDER, PT_FAMILYFINDER, ffinder,
203                        FAMILYFINDER_FIND_TYPE,   (long)find_type,
204                        FAMILYFINDER_FIND_FAMILY, &bs,
205                        NULp))
206        {
207            ali_message ("Communication Error (2)");
208            return -1;
209        }
210
211        // Read family list
212        aisc_get(link, PT_FAMILYFINDER, ffinder,
213                 FAMILYFINDER_FAMILY_LIST, f_list.as_result_param(),
214                 NULp);
215        if (!f_list.exists())
216            ali_error("Family not found in PT Server");
217
218        aisc_get(link, PT_FAMILYLIST, f_list,
219                 FAMILYLIST_NAME,    &seq_name,
220                 FAMILYLIST_MATCHES, &matches,
221                 FAMILYLIST_NEXT,    f_list.as_result_param(),
222                 NULp);
223
224        while (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0) {
225            free(seq_name);
226            if (!f_list.exists())
227                ali_error("Family too small in PT Server");
228            aisc_get(link, PT_FAMILYLIST, f_list,
229                     FAMILYLIST_NAME,    &seq_name,
230                     FAMILYLIST_MATCHES, &matches,
231                     FAMILYLIST_NEXT,    f_list.as_result_param(),
232                     NULp);
233        }
234        // found the first element
235
236        // make the family list
237        max_matches = matches;
238        number = 0;
239        do {
240            pt_member = new ali_pt_member(seq_name, matches);
241            family_list->append_end(pt_member);
242            number++;
243            do {
244                if (!f_list.exists())
245                    ali_error("Family too small in PT Server");
246                aisc_get(link, PT_FAMILYLIST, f_list,
247                         FAMILYLIST_NAME,    &seq_name,
248                         FAMILYLIST_MATCHES, &matches,
249                         FAMILYLIST_NEXT,    f_list.as_result_param(),
250                         NULp);
251                if (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0)
252                    free(seq_name);
253            } while (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0);
254        } while (number < fam_list_max &&
255                 (float) matches / (float) max_matches > percent_min);
256
257        // make the extension list
258        number = 0;
259        while (number < ext_list_max) {
260            pt_member = new ali_pt_member(seq_name, matches);
261            extension_list->append_end(pt_member);
262            number++;
263            do {
264                if (!f_list.exists())
265                    ali_error("Family too small in PT Server");
266                aisc_get(link, PT_FAMILYLIST, f_list,
267                         FAMILYLIST_NAME,    &seq_name,
268                         FAMILYLIST_MATCHES, &matches,
269                         FAMILYLIST_NEXT,    f_list.as_result_param(),
270                         NULp);
271                if (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0)
272                    free(seq_name);
273            } while (strcmp(seq_name, sequence->name()) == 0);
274        }
275    }
276    else {
277        number = 0;
278        while ((species = get_family_member(specified_family, number))) {
279            pt_member = new ali_pt_member(species, matches_min);
280            ali_out_of_memory_if(!pt_member);
281            family_list->append_end(pt_member);
282            number++;
283        }
284
285        if (number == 0)
286            ali_fatal_error("Specified family too small");
287
288        number = 0;
289        while ((species = get_extension_member(specified_family, number))) {
290            pt_member = new ali_pt_member(species, (int) (matches_min * percent_min) - 1);
291            ali_out_of_memory_if(!pt_member);
292            extension_list->append_end(pt_member);
293            number++;
294        }
295    }
296
297    free(bs.data);
298    return 0;
299}
300
301
302ALI_TLIST<ali_pt_member *> *ALI_PT::get_family_list() {
303    ALI_TLIST<ali_pt_member *> *ret;
304
305    ret = family_list;
306    family_list = NULp;
307
308    return ret;
309}
310
311
312ALI_TLIST<ali_pt_member *> *ALI_PT::get_extension_list() {
313    ALI_TLIST<ali_pt_member *> *ret;
314
315    ret = extension_list;
316    extension_list = NULp;
317
318    return ret;
319}
320
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.