source: trunk/lib/import/older/genbank_prot_from_translation_field.ift

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  • move old import filters into '$ARBHOME/lib/import/older'
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 3.3 KB
Line 
1AUTODETECT      "LOCUS       *\nORIGIN*"
2                #Global settings:
3KEYWIDTH        12
4FILETAG         GB
5
6BEGIN           "LOCUS*"
7
8MATCH           "LOCUS *"
9                SRT "* *=*1"
10                WRITE "name"
11
12MATCH           "ACCESSION *"
13                SRT "\"*\"=*1:No information="
14                ACI "extract_words("0123456789",4.0)"
15                WRITE "acc"
16
17MATCH           "SOURCE *"
18                TAG             "GB"
19                APPEND "source"
20
21MATCH           "     source*organism=*"
22                SRT             "*organism\=\"*\"*=*2"
23                WRITE           "full_name"
24
25MATCH           "  ORGANISM *"
26                SRT "*|*=*1"
27                TAG             "GB"
28                WRITE "db_name"
29
30MATCH           "  AUTHORS *"
31                SRT             "No information*="
32                TAG             "GB"
33                APPEND "author"
34
35MATCH           "  TITLE *"
36                SRT             "No information*="
37                TAG             "GB"
38                APPEND          "title"
39
40MATCH           "  JOURNAL *"
41                SRT             "No information*="
42                TAG             "GB"
43                APPEND          "journal"
44
45MATCH           "  MEDLINE *"
46                SRT             "No information*="
47                TAG             "GB"
48                APPEND          "medline_id"
49
50MATCH           "     source*strain=*"
51                SRT             "*strain\=\"*\"*=*2"
52                WRITE           "strain"
53
54MATCH           "     source*note*"
55                SRT             "*/note\=\"*\"*=*2"
56                TAG             "GB"
57                WRITE           "description"
58
59MATCH           "     Protein*note*"
60                SRT             "*/note\=\"*\"*=*2"
61                TAG             "GB"
62                APPEND          "description"
63
64MATCH           "     Protein*EC_number*"
65                SRT             "*/EC_number\=\"*\"*=*2"
66                TAG             "GB"
67                APPEND          "EC_number"
68
69MATCH           "     Protein*product=*"
70                SRT             "*/product\=\"*\"*=*2"
71                TAG             "GB"
72                APPEND          "gene_prod"
73
74MATCH           "KEYWORDS *"
75                TAG             "GB"
76                WRITE           "keywords"
77
78MATCH           "     CDS*note*"
79                SRT             "*/note\=\"*\"*=*2"
80                TAG             "GB"
81                APPEND          "description"
82
83MATCH           "     CDS*EC_number*"
84                SRT             "*/EC_number\=\"*\"*=*2"
85                TAG             "GB"
86                APPEND          "EC_number"
87
88MATCH           "     CDS*product=*"
89                SRT             "*/product\=\"*\"*=*2"
90                TAG             "GB"
91                APPEND          "gene_prod"
92
93MATCH           "     source*note*"
94                SRT             "*/note\=\"*\"*=*2"
95                TAG             "GB"
96                WRITE           "description"
97
98MATCH           "     source*clone*"
99                SRT             "*/clone\=\"*\"*=*2"
100                TAG             "GB"
101                WRITE           "clone"
102
103SEQUENCESTART   "*translation=*"
104SEQUENCESRT     "*/translation\=\"=*:\"*="
105SEQUENCECOLUMN  21
106SEQUENCEEND     "//"
107CREATE_ACC_FROM_SEQUENCE
108
109END             "//"
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.