Changeset 6139 for branches/stable_5.0

Show
Ignore:
Timestamp:
13/08/09 17:56:55 (3 years ago)
Author:
westram
Message:
Location:
branches/stable_5.0
Files:
2 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/stable_5.0/MULTI_PROBE/MP_sonde.cxx

    r5725 r6139  
    6666MO_Mismatch** Sonde::get_matching_species(BOOL match_kompl, int match_weight, int match_mis, char *match_seq, MO_Liste *convert, long *number_of_species) 
    6767{ 
    68     char        *servername, *match_name, *match_mismatches, *match_wmismatches; 
    69     char        toksep[2]; 
    70     T_PT_PDC    pdc; 
    71     T_PT_MATCHLIST  match_list; 
    72     char        *probe = NULL; 
    73     char        *locs_error; 
    74     long        match_list_cnt; 
    75     bytestring  bs; 
    76     MO_Mismatch**   ret_list=NULL; 
    77     int         i = 0; 
    78  
    79     if( !(servername=(char *)MP_probe_pt_look_for_server()) ){ 
    80         return NULL; 
    81     } 
    82  
    83     mp_pd_gl.link = (aisc_com *)aisc_open(servername, &mp_pd_gl.com,AISC_MAGIC_NUMBER); 
    84     freeset(servername, 0); 
    85  
    86     if (!mp_pd_gl.link) { 
    87         aw_message ("Cannot contact Probe bank server "); 
    88         return NULL; 
    89     } 
    90     if (MP_init_local_com_struct() ) { 
    91         aw_message ("Cannot contact Probe bank server (2)"); 
    92         return NULL; 
    93     } 
    94  
    95     aisc_create(mp_pd_gl.link,PT_LOCS, mp_pd_gl.locs,LOCS_PROBE_DESIGN_CONFIG, PT_PDC,  &pdc,   NULL); 
    96  
    97     if (MP_probe_design_send_data(pdc)) { 
    98         aw_message ("Connection to PT_SERVER lost (3)"); 
    99         return NULL; 
    100     } 
    101  
    102     //aw_message("Running DB-query"); 
    103  
    104     if (aisc_put(mp_pd_gl.link,PT_LOCS, mp_pd_gl.locs, 
    105                  LOCS_MATCH_REVERSED,       match_kompl,        // Komplement 
    106                  LOCS_MATCH_SORT_BY,        match_weight,       // Weighted 
    107                  LOCS_MATCH_COMPLEMENT,     0,              // ??? 
    108                  LOCS_MATCH_MAX_MISMATCHES,     match_mis,      // Mismatches 
    109                  LOCS_MATCH_MAX_SPECIES,        100000,         // ??? 
    110                  LOCS_SEARCHMATCH,          match_seq,      // Sequence 
    111                  NULL)){ 
    112         free(probe); 
    113         aw_message ("Connection to PT_SERVER lost (4)"); 
    114         return NULL; 
    115     } 
    116  
    117     bs.data = 0; 
    118     aisc_get( mp_pd_gl.link, PT_LOCS, mp_pd_gl.locs, 
    119               LOCS_MATCH_LIST,  &match_list, 
    120               LOCS_MATCH_LIST_CNT,  &match_list_cnt, 
    121               LOCS_MP_MATCH_STRING, &bs, 
    122               LOCS_ERROR,       &locs_error, 
    123               NULL); 
    124     if (*locs_error) { 
    125         aw_message(locs_error); 
    126     } 
    127     free(locs_error); 
    128  
    129     toksep[0] = 1; 
    130     toksep[1] = 0; 
    131     if (bs.data) 
    132     { 
    133         ret_list = new MO_Mismatch*[match_list_cnt]; 
    134  
    135         match_name = strtok(bs.data, toksep); 
    136         match_mismatches = strtok(0, toksep); 
    137         match_wmismatches = strtok(0, toksep); 
    138  
    139         while (match_name && match_mismatches && match_wmismatches) 
     68    MO_Mismatch **ret_list   = NULL; 
     69    const char   *servername = MP_probe_pt_look_for_server(); 
     70     
     71    if (servername) { 
     72        char           *match_name, *match_mismatches, *match_wmismatches; 
     73        char            toksep[2]; 
     74        T_PT_PDC        pdc; 
     75        T_PT_MATCHLIST  match_list; 
     76        char           *probe    = NULL; 
     77        char           *locs_error; 
     78        long            match_list_cnt; 
     79        bytestring      bs; 
     80        int             i        = 0; 
     81 
     82        mp_pd_gl.link = (aisc_com *)aisc_open(servername, &mp_pd_gl.com,AISC_MAGIC_NUMBER); 
     83 
     84        if (!mp_pd_gl.link) { 
     85            aw_message("Cannot contact Probe bank server "); 
     86            return NULL; 
     87        } 
     88        if (MP_init_local_com_struct() ) { 
     89            aw_message ("Cannot contact Probe bank server (2)"); 
     90            return NULL; 
     91        } 
     92 
     93        aisc_create(mp_pd_gl.link,PT_LOCS, mp_pd_gl.locs,LOCS_PROBE_DESIGN_CONFIG, PT_PDC,  &pdc,   NULL); 
     94 
     95        if (MP_probe_design_send_data(pdc)) { 
     96            aw_message ("Connection to PT_SERVER lost (3)"); 
     97            return NULL; 
     98        } 
     99 
     100        //aw_message("Running DB-query"); 
     101 
     102        if (aisc_put(mp_pd_gl.link,PT_LOCS, mp_pd_gl.locs, 
     103                     LOCS_MATCH_REVERSED,       match_kompl,        // Komplement 
     104                     LOCS_MATCH_SORT_BY,        match_weight,       // Weighted 
     105                     LOCS_MATCH_COMPLEMENT,     0,              // ??? 
     106                     LOCS_MATCH_MAX_MISMATCHES,     match_mis,      // Mismatches 
     107                     LOCS_MATCH_MAX_SPECIES,        100000,         // ??? 
     108                     LOCS_SEARCHMATCH,          match_seq,      // Sequence 
     109                     NULL)){ 
     110            free(probe); 
     111            aw_message ("Connection to PT_SERVER lost (4)"); 
     112            return NULL; 
     113        } 
     114 
     115        bs.data = 0; 
     116        aisc_get( mp_pd_gl.link, PT_LOCS, mp_pd_gl.locs, 
     117                  LOCS_MATCH_LIST,  &match_list, 
     118                  LOCS_MATCH_LIST_CNT,  &match_list_cnt, 
     119                  LOCS_MP_MATCH_STRING, &bs, 
     120                  LOCS_ERROR,       &locs_error, 
     121                  NULL); 
     122        if (*locs_error) { 
     123            aw_message(locs_error); 
     124        } 
     125        free(locs_error); 
     126 
     127        toksep[0] = 1; 
     128        toksep[1] = 0; 
     129        if (bs.data) 
    140130        { 
    141             ret_list[i] = new MO_Mismatch; 
    142             ret_list[i]->nummer = convert->get_index_by_entry(match_name); 
    143             if (match_weight == NON_WEIGHTED) 
    144                 ret_list[i]->mismatch = atof(match_mismatches); 
    145             else                            // WEIGHTED und WEIGHTED_PLUS_POS 
    146                 ret_list[i]->mismatch = atof(match_wmismatches); 
    147  
    148  
    149             match_name = strtok(0, toksep); 
     131            ret_list = new MO_Mismatch*[match_list_cnt]; 
     132 
     133            match_name = strtok(bs.data, toksep); 
    150134            match_mismatches = strtok(0, toksep); 
    151135            match_wmismatches = strtok(0, toksep); 
    152136 
    153             i++; 
    154         } 
    155     } 
    156     else 
    157         aw_message("No matching species found."); 
    158  
    159     *number_of_species = match_list_cnt; 
    160  
    161     aisc_close(mp_pd_gl.link); 
    162     free(bs.data); 
    163  
    164  
    165  
     137            while (match_name && match_mismatches && match_wmismatches) 
     138            { 
     139                ret_list[i] = new MO_Mismatch; 
     140                ret_list[i]->nummer = convert->get_index_by_entry(match_name); 
     141                if (match_weight == NON_WEIGHTED) 
     142                    ret_list[i]->mismatch = atof(match_mismatches); 
     143                else                            // WEIGHTED und WEIGHTED_PLUS_POS 
     144                    ret_list[i]->mismatch = atof(match_wmismatches); 
     145 
     146 
     147                match_name = strtok(0, toksep); 
     148                match_mismatches = strtok(0, toksep); 
     149                match_wmismatches = strtok(0, toksep); 
     150 
     151                i++; 
     152            } 
     153        } 
     154        else 
     155            aw_message("No matching species found."); 
     156 
     157        *number_of_species = match_list_cnt; 
     158 
     159        aisc_close(mp_pd_gl.link); 
     160        free(bs.data); 
     161 
     162    } 
    166163    return ret_list; 
    167164} 

  • branches/stable_5.0/NTREE/ad_trees.cxx

    r6066 r6139  
    228228        if (!old_remark) error = GB_await_error(); 
    229229        else { 
    230             GB_CSTR new_remark = GBS_global_string("%s\n%s", old_remark, add_to_remark); 
    231             error              = GB_write_string(gb_remark, new_remark); 
     230            GBS_strstruct *new_remark = GBS_stropen(2000); 
     231 
     232            GBS_strcat(new_remark, old_remark); 
     233            GBS_chrcat(new_remark, '\n'); 
     234            GBS_strcat(new_remark, add_to_remark); 
     235 
     236            error = GB_write_string(gb_remark, GBS_mempntr(new_remark)); 
     237             
     238            GBS_strforget(new_remark); 
    232239        } 
    233240        free(old_remark);