Changeset 7044

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25/10/10 18:10:40 (19 months ago)
Author:
westram
Message:
  • fixed include wrappers (merges [7006] [7007])
    • use gcc-style include-wrappers
    • use same convention for local wrappers in TREEGEN as rest of ARB
Location:
trunk
Files:
56 modified

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Unmodified
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  • trunk/ALIV3/a3_seq.hxx

    r6488 r7044  
    1515#include "a3_types.h" 
    1616#endif 
    17 #ifndef _CPP_CSTRING 
     17#ifndef _GLIBCXX_CSTRING 
    1818#include <cstring> 
    1919#endif 
  • trunk/ARBDB/adGene.h

    r6490 r7044  
    1313#define ADGENE_H 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_CSTDLIB 
     15#ifndef _GLIBCXX_CSTDLIB 
    1616#include <cstdlib> 
    1717#endif 
  • trunk/ARBDB/arb_assert.h

    r7040 r7044  
    1515#ifndef ARB_ASSERT_H 
    1616#define ARB_ASSERT_H 
     17 
     18// [WhyIncludeHere] 
     19// need to include all headers needed for unit-tests here [sic] 
     20// if only included inside test_global.h, developing with active unit-tests 
     21// will always break non-unit-test-builds. 
     22 
     23#ifndef _STDARG_H 
     24#include <stdarg.h> 
     25#endif 
     26#ifndef _STDIO_H 
     27#include <stdio.h> 
     28#endif 
     29#ifndef _ERRNO_H 
     30#include <errno.h> 
     31#endif 
     32#ifndef _STRING_H 
     33#include <string.h> 
     34#endif 
    1735 
    1836/* ------------------------------------------------------------ 
  • trunk/ARBDB/arbdb_base.h

    r6490 r7044  
    1414#define ARBDB_BASE_H 
    1515 
    16 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     16#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    1717#include <cstdio> 
    1818#endif 
  • trunk/ARBDB/gb_localdata.h

    r6654 r7044  
    1212#define GB_LOCALDATA_H 
    1313 
    14 #ifndef _CPP_CSTDDEF 
     14#ifndef _GLIBCXX_CSTDDEF 
    1515#include <cstddef> 
    1616#endif 
  • trunk/AWT/awt_hotkeys.hxx

    r6381 r7044  
    1616#define AWT_HOTKEYS_HXX 
    1717 
    18 #ifndef _CPP_STRING 
     18#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    1919#include <string> 
    2020#endif 
    2121 
    2222#if defined(DEBUG) 
    23 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     23#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    2424#include <cstdio> 
    2525#endif 
  • trunk/AWT/awt_input_mask.hxx

    r6434 r7044  
    1616#define AWT_INPUT_MASK_HXX 
    1717 
    18 #ifndef _CPP_STRING 
     18#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    1919#include <string> 
    2020#endif 
  • trunk/AWT/awt_input_mask_internal.hxx

    r6867 r7044  
    2929#endif 
    3030 
    31 #ifndef _CPP_MAP 
     31#ifndef _GLIBCXX_MAP 
    3232#include <map> 
    3333#endif 
    34 #ifndef _CPP_LIST 
     34#ifndef _GLIBCXX_LIST 
    3535#include <list> 
    3636#endif 
    37 #ifndef _CPP_VECTOR 
     37#ifndef _GLIBCXX_VECTOR 
    3838#include <vector> 
    3939#endif 
  • trunk/AWTI/awti_imp_local.hxx

    r6656 r7044  
    1212#define AWTI_IMP_LOCAL_HXX 
    1313 
    14 #ifndef _CPP_STRING 
     14#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    1515#include <string> 
    1616#endif 
  • trunk/BUGEX/bugex.h

    r6704 r7044  
    7474#if defined(BUGEX_DUMPS) 
    7575 
    76 #ifndef _CPP_CCTYPE 
     76#ifndef _GLIBCXX_CCTYPE 
    7777#include <cctype> 
    7878#endif 
  • trunk/DIST/di_clustertree.hxx

    r6483 r7044  
    2020#endif 
    2121 
    22 #ifndef _CPP_CLIMITS 
     22#ifndef _GLIBCXX_CLIMITS 
    2323#include <climits> 
    2424#endif 
    25 #ifndef _CPP_STRING 
     25#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    2626#include <string> 
    2727#endif 
    28 #ifndef _CPP_MAP 
     28#ifndef _GLIBCXX_MAP 
    2929#include <map> 
    3030#endif 
  • trunk/DIST/di_foundclusters.hxx

    r6568 r7044  
    2121 
    2222 
    23 #ifndef _CPP_SET 
     23#ifndef _GLIBCXX_SET 
    2424#include <set> 
    2525#endif 
    26 #ifndef _CPP_MAP 
     26#ifndef _GLIBCXX_MAP 
    2727#include <map> 
    2828#endif 
    29 #ifndef _CPP_VECTOR 
     29#ifndef _GLIBCXX_VECTOR 
    3030#include <vector> 
    3131#endif 
    32 #ifndef _CPP_ALGORITHM 
     32#ifndef _GLIBCXX_ALGORITHM 
    3333#include <algorithm> 
    3434#endif 
    35 #ifndef _CPP_STRING 
     35#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    3636#include <string> 
    3737#endif 
  • trunk/EDIT4/ed4_class.hxx

    r6867 r7044  
    2626#include "ed4_search.hxx" 
    2727#endif 
    28 #ifndef _CPP_SET 
     28#ifndef _GLIBCXX_SET 
    2929#include <set> 
    3030#endif 
  • trunk/GENOM/GEN_gene.hxx

    r6867 r7044  
    2020#endif 
    2121 
    22 #ifndef _CPP_SET 
     22#ifndef _GLIBCXX_SET 
    2323#include <set> 
    2424#endif 
    25 #ifndef _CPP_STRING 
     25#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    2626#include <string> 
    2727#endif 
  • trunk/GENOM_IMPORT/defs.h

    r6385 r7044  
    1212#define DEFS_H 
    1313 
    14 #ifndef _CPP_STRING 
     14#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    1515#include <string> 
    1616#endif 
  • trunk/GENOM_IMPORT/tools.h

    r6385 r7044  
    1515#include "types.h" 
    1616#endif 
    17 #ifndef _CPP_CCTYPE 
     17#ifndef _GLIBCXX_CCTYPE 
    1818#include <cctype> 
    1919#endif 
    20 #ifndef _CPP_ALGORITHM 
     20#ifndef _GLIBCXX_ALGORITHM 
    2121#include <algorithm> 
    2222#endif 
  • trunk/GENOM_IMPORT/types.h

    r5777 r7044  
    1616#endif 
    1717 
    18 #ifndef _CPP_MAP 
     18#ifndef _GLIBCXX_MAP 
    1919#include <map> 
    2020#endif 
    21 #ifndef _CPP_SET 
     21#ifndef _GLIBCXX_SET 
    2222#include <set> 
    2323#endif 
    24 #ifndef _CPP_VECTOR 
     24#ifndef _GLIBCXX_VECTOR 
    2525#include <vector> 
    2626#endif 
  • trunk/NALIGNER/ali_misc.hxx

    r6385 r7044  
    1212#define ALI_MISC_HXX 
    1313 
    14 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     14#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    1515#include <cstdio> 
    1616#endif 
    17 #ifndef _CPP_CSTDLIB 
     17#ifndef _GLIBCXX_CSTDLIB 
    1818#include <cstdlib> 
    1919#endif 
  • trunk/NALIGNER/ali_sequence.hxx

    r6383 r7044  
    1212#define ALI_SEQUENCE_HXX 
    1313 
    14 #ifndef _CPP_CSTRING 
     14#ifndef _GLIBCXX_CSTRING 
    1515#include <cstring> 
    1616#endif 
  • trunk/PARSIMONY/ap_tree_nlen.hxx

    r6385 r7044  
    1313#define AP_TREE_NLEN_HXX 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_IOSTREAM 
     15#ifndef _GLIBCXX_IOSTREAM 
    1616#include <iostream> 
    1717#endif 
    18 #ifndef _CPP_CLIMITS 
     18#ifndef _GLIBCXX_CLIMITS 
    1919#include <climits> 
    2020#endif 
  • trunk/PRIMER_DESIGN/PRD_Globals.hxx

    r6385 r7044  
    22#define PRD_GLOBALS_HXX 
    33 
    4 #ifndef _CPP_CLIMITS 
     4#ifndef _GLIBCXX_CLIMITS 
    55#include <climits> 
    66#endif 
  • trunk/PROBE_DESIGN/SaiProbeVisualization.hxx

    r6656 r7044  
    22#define SAIPROBEVISUALIZATION_HXX 
    33 
    4 #ifndef _CPP_CCTYPE 
     4#ifndef _GLIBCXX_CCTYPE 
    55#include <cctype> 
    66#endif 
    7 #ifndef _CPP_VECTOR 
     7#ifndef _GLIBCXX_VECTOR 
    88#include <vector> 
    99#endif 
  • trunk/PROBE_SET/ps_candidate.hxx

    r6385 r7044  
    2020#endif 
    2121 
    22 #ifndef _CPP_CLIMITS 
     22#ifndef _GLIBCXX_CLIMITS 
    2323#include <climits> 
    2424#endif 
  • trunk/PROBE_SET/ps_defs.hxx

    r6366 r7044  
    22#define PS_DEFS_HXX 
    33 
    4 #ifndef _CPP_MAP 
     4#ifndef _GLIBCXX_MAP 
    55#include <map> 
    66#endif 
    7 #ifndef _CPP_SET 
     7#ifndef _GLIBCXX_SET 
    88#include <set> 
    99#endif 
    10 #ifndef _CPP_VECTOR 
     10#ifndef _GLIBCXX_VECTOR 
    1111#include <vector> 
    1212#endif 
    13 #ifndef _CPP_STRING 
     13#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    1414#include <string> 
    1515#endif 
  • trunk/SECEDIT/SEC_abspos.hxx

    r6385 r7044  
    1313#define SEC_ABSPOS_HXX 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     15#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    1616#include <cstdio> 
    1717#endif 
  • trunk/SECEDIT/SEC_drawn_pos.hxx

    r6385 r7044  
    1313#define SEC_DRAWN_POS_HXX 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_MAP 
     15#ifndef _GLIBCXX_MAP 
    1616#include <map> 
    1717#endif 
  • trunk/SECEDIT/SEC_graphic.hxx

    r6385 r7044  
    1313#define SEC_GRAPHIC_HXX 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_CCTYPE 
     15#ifndef _GLIBCXX_CCTYPE 
    1616#include <cctype> 
    1717#endif 
  • trunk/SECEDIT/SEC_root.hxx

    r6865 r7044  
    1212#define SEC_ROOT_HXX 
    1313 
    14 #ifndef _CPP_IOSFWD 
     14#ifndef _GLIBCXX_IOSFWD 
    1515#include <iosfwd> 
    1616#endif 
  • trunk/SEQ_QUALITY/SQ_GroupData.h

    r6381 r7044  
    1717#define SQ_GROUPDATA_H 
    1818 
    19 #ifndef _CPP_CSTDDEF 
     19#ifndef _GLIBCXX_CSTDDEF 
    2020# include <cstddef> 
    2121#endif 
    22 #ifndef _CPP_IOSTREAM 
     22#ifndef _GLIBCXX_IOSTREAM 
    2323# include <iostream> 
    2424#endif 
  • trunk/SEQ_QUALITY/SQ_helix.h

    r6571 r7044  
    1313//  ==================================================================== // 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_STRING 
     15#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    1616#include <string> 
    1717#endif 
    18 #ifndef _CPP_MAP 
     18#ifndef _GLIBCXX_MAP 
    1919#include <map> 
    2020#endif 
  • trunk/SEQ_QUALITY/SQ_physical_layout.h

    r6381 r7044  
    1313//  ==================================================================== // 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_CMATH 
     15#ifndef _GLIBCXX_CMATH 
    1616#include <cmath> 
    1717#endif 
  • trunk/SL/FILE_BUFFER/FileBuffer.h

    r7037 r7044  
    1616#define FILEBUFFER_H 
    1717 
    18 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     18#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    1919#include <cstdio> 
    2020#endif 
     
    4141#include <arbtools.h> 
    4242#endif 
    43 #ifndef _CPP_STRING 
     43#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    4444#include <string> 
    4545#endif 
  • trunk/SL/REGEXPR/RegExpr.hxx

    r5803 r7044  
    2121#define re_assert(cond) arb_assert(cond) 
    2222 
    23 #ifndef _CPP_STRING 
     23#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    2424#include <string> 
    2525#endif 
  • trunk/STAT/st_ml.hxx

    r6480 r7044  
    1515#include <arbdb_base.h> 
    1616#endif 
    17 #ifndef _CPP_ALGORITHM 
     17#ifndef _GLIBCXX_ALGORITHM 
    1818#include <algorithm> 
    1919#endif 
  • trunk/TEMPLATES/SigHandler.h

    r7042 r7044  
    2424#endif 
    2525 
    26 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     26#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    2727#include <cstdio> 
    2828#endif 
    29 #ifndef _CPP_CERRNO 
     29#ifndef _GLIBCXX_CERRNO 
    3030#include <cerrno> 
    3131#endif 
  • trunk/TEMPLATES/arb_backtrace.h

    r6695 r7044  
    1515#define MAX_BACKTRACE 66 
    1616 
    17 #ifndef _CPP_CSTDLIB 
     17#ifndef _GLIBCXX_CSTDLIB 
    1818#include <cstdlib> 
    1919#endif 
    20 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     20#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    2121#include <cstdio> 
    2222#endif 
  • trunk/TEMPLATES/arb_str.h

    r6813 r7044  
    1313#define ARB_STR_H 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_CSTDDEF 
     15#ifndef _GLIBCXX_CSTDDEF 
    1616#include <cstddef> 
    1717#endif 
    18 #ifndef _CPP_CCTYPE 
     18#ifndef _GLIBCXX_CCTYPE 
    1919#include <cctype> 
    2020#endif 
  • trunk/TEMPLATES/config_parser.h

    r6366 r7044  
    2828 
    2929 
    30 #ifndef _CPP_MAP 
     30#ifndef _GLIBCXX_MAP 
    3131#include <map> 
    3232#endif 
    33 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     33#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    3434#include <cstdio> 
    3535#endif 
    36 #ifndef _CPP_STRING 
     36#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    3737#include <string> 
    3838#endif 
  • trunk/TEMPLATES/dupstr.h

    r6490 r7044  
    2828 
    2929 
    30 #ifndef _CPP_CSTRING 
     30#ifndef _GLIBCXX_CSTRING 
    3131#include <cstring> 
    3232#endif 
    33 #ifndef _CPP_CSTDLIB 
     33#ifndef _GLIBCXX_CSTDLIB 
    3434#include <cstdlib> 
    3535#endif 
  • trunk/TEMPLATES/output.h

    r6381 r7044  
    1616#define OUTPUT_H 
    1717 
    18 #ifndef _CPP_CSTDARG 
     18#ifndef _GLIBCXX_CSTDARG 
    1919#include <cstdarg> 
    2020#endif 
  • trunk/TEMPLATES/perf_timer.h

    r5675 r7044  
    1414#define PERF_TIMER_H 
    1515 
    16 #ifndef _CPP_STRING 
     16#ifndef _GLIBCXX_STRING 
    1717#include <string> 
    1818#endif 
    19 #ifndef _CPP_CSTDIO 
     19#ifndef _GLIBCXX_CSTDIO 
    2020#include <cstdio> 
    2121#endif 
    22 #ifndef _CPP_CTIME 
     22#ifndef _GLIBCXX_CTIME 
    2323#include <ctime> 
    2424#endif 
  • trunk/TREEGEN/base.h

    r6385 r7044  
    1 #ifndef __BASE_H 
    2 #define __BASE_H 
     1#ifndef BASE_H 
     2#define BASE_H 
    33 
    4 #ifndef __DEFINES_H 
     4#ifndef DEFINES_H 
    55#include "defines.h" 
    66#endif 
  • trunk/TREEGEN/defines.h

    r6385 r7044  
    1 #ifndef __DEFINES_H 
    2 #define __DEFINES_H 
     1#ifndef DEFINES_H 
     2#define DEFINES_H 
    33 
    4 #ifndef __STDIO_H 
     4#ifndef _STDIO_H 
    55#include <stdio.h> 
    66#endif 
    7  
    87#ifndef ATTRIBUTES_H 
    98#include <attributes.h> 
  • trunk/TREEGEN/frand.h

    r6385 r7044  
    1 #ifndef __FRAND_H 
    2 #define __FRAND_H 
     1#ifndef FRAND_H 
     2#define FRAND_H 
    33 
    4 #ifndef __DEFINES_H 
     4#ifndef DEFINES_H 
    55#include "defines.h" 
    66#endif 
  • trunk/TREEGEN/readcfg.h

    r6385 r7044  
    1 #ifndef __READCFG_H 
    2 #define __READCFG_H 
     1#ifndef READCFG_H 
     2#define READCFG_H 
    33 
    4 #ifndef __DEFINES_H 
     4#ifndef DEFINES_H 
    55#include "defines.h" 
    66#endif 
  • trunk/TREEGEN/rns.h

    r6385 r7044  
    1 #ifndef __RNS_H 
    2 #define __RNS_H 
     1#ifndef RNS_H 
     2#define RNS_H 
    33 
    4 #ifndef __BASE_H 
     4#ifndef BASE_H 
    55#include "base.h" 
    66#endif 
    7 #ifndef __SIMCFG_H 
     7#ifndef SIMCFG_H 
    88#include "simcfg.h" 
    99#endif 
    10 #ifndef __FRAND_H 
     10#ifndef FRAND_H 
    1111#include "frand.h" 
    1212#endif 
  • trunk/TREEGEN/sim.c

    r6381 r7044  
    1 #ifndef __RNS_H 
    21#include "rns.h" 
    3 #endif 
    4 #ifndef __TIME_H 
    52#include <time.h> 
    6 #endif 
    7 #ifndef __STDLIB_H 
    83#include <stdlib.h> 
    9 #endif 
    104 
    115/* --------------------------------------------------------------------------- */ 
  • trunk/TREEGEN/simcfg.h

    r6385 r7044  
    1 #ifndef __SIMCFG_H 
    2 #define __SIMCFG_H 
     1#ifndef SIMCFG_H 
     2#define SIMCFG_H 
    33 
    4 #ifndef __DEFINES_H 
     4#ifndef DEFINES_H 
    55#include "defines.h" 
    66#endif 
  • trunk/TREEGEN/spreadin.h

    r6385 r7044  
    1 #ifndef __SPREADIN_H 
    2 #define __SPREADIN_H 
     1#ifndef SPREADIN_H 
     2#define SPREADIN_H 
    33 
    4 #ifndef __DEFINES_H 
     4#ifndef DEFINES_H 
    55#include "defines.h" 
    66#endif 
  • trunk/UNIT_TESTER/UnitTester.hxx

    r7041 r7044  
    1313#define UNITTESTER_HXX 
    1414 
    15 #ifndef _CPP_CSTDLIB 
     15#ifndef _GLIBCXX_CSTDLIB 
    1616#include <cstdlib> 
    1717#endif 
  • trunk/UNIT_TESTER/test_global.h

    r7041 r7044  
    1414#define TEST_GLOBAL_H 
    1515 
    16 #ifndef _CPP_CSTDARG 
    17 #include <cstdarg> 
     16// do not include here - just test 
     17// insert includes at ../INCLUDE/arb_assert.h@WhyIncludeHere 
     18#ifndef _STDARG_H 
     19#error Need cstdarg included 
    1820#endif 
    19 #ifndef _CPP_CSTDIO 
    20 #include <cstdio> 
     21#ifndef _STDIO_H 
     22#error Need cstdio included 
    2123#endif 
    22 #ifndef _CPP_CERRNO 
    23 #include <cerrno> 
     24#ifndef _ERRNO_H 
     25#error Need cerrno included 
    2426#endif 
    25 #ifndef _CPP_CSTRING 
    26 #include <cstring> 
     27#ifndef _STRING_H 
     28#error Need cstring included 
    2729#endif 
    2830 
  • trunk/UNIT_TESTER/test_unit.h

    r7041 r7044  
    1616#include <arb_assert.h> 
    1717#endif 
    18 #ifndef _CPP_CSTDARG 
     18#ifndef _GLIBCXX_CSTDARG 
    1919#include <cstdarg> 
    2020#endif 
  • trunk/WINDOW/aw_nawar.hxx

    r6867 r7044  
    1515#include <cb.h> 
    1616#endif 
    17 #ifndef _CPP_CSTDDEF 
     17#ifndef _GLIBCXX_CSTDDEF 
    1818#include <cstddef> 
    1919#endif 
  • trunk/WINDOW/aw_position.hxx

    r6867 r7044  
    1919#include <arb_assert.h> 
    2020#endif 
    21 #ifndef _CPP_CMATH 
     21#ifndef _GLIBCXX_CMATH 
    2222#include <cmath> 
    2323#endif 
  • trunk/XML_IMPORT/IMP_TREE/MySAXHandler.hxx

    r1818 r7044  
    22#include <xercesc/framework/XMLFormatter.hpp> 
    33 
    4 XERCES_CPP_NAMESPACE_USE 
     4XERCES_GLIBCXX_NAMESPACE_USE 
    55 
    66class MySAXHandler : public DefaultHandler, private XMLFormatTarget 
  • trunk/XML_IMPORT/IMP_TREE/sax2Handler.hxx

    r2307 r7044  
    22#include <xercesc/framework/XMLFormatter.hpp> 
    33 
    4 XERCES_CPP_NAMESPACE_USE 
     4XERCES_GLIBCXX_NAMESPACE_USE 
    55 
    66class Sax2Handler : public DefaultHandler, private XMLFormatTarget