source: branches/ali/GDE/PHYML20130708/phyml/src/draw.c

Last change on this file was 10307, checked in by aboeckma, 11 years ago

added most recent version of phyml
File size: 17.9 KB
Line 
1/*
2
3PHYML :  a program that  computes maximum likelihood  phyLOGenies from
4DNA or AA homoLOGous sequences
5
6Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward
7
8All parts of  the source except where indicated  are distributed under
9the GNU public licence.  See http://www.opensource.org for details.
10
11*/
12
13#include "draw.h"
14
15
16void DR_Draw_Tree(char *file_name, t_tree *tree)
17{
18  FILE *ps_tree;
19 
20  ps_tree = (FILE *)fopen(file_name,"w"); 
21  DR_Print_Postscript_Header(1,ps_tree);
22  tree->ps_tree = DR_Make_Tdraw_Struct(tree);
23  DR_Init_Tdraw_Struct(tree->ps_tree);
24  DR_Get_Tree_Box_Width(tree->ps_tree,tree);
25  Dist_To_Root(tree->n_root,tree);
26  tree->ps_tree->max_dist_to_root = DR_Get_Max_Dist_To_Root(tree);
27  DR_Get_X_Coord(NO,tree->ps_tree,tree);
28  DR_Get_Y_Coord(NO,tree->ps_tree,tree);
29  DR_Print_Tree_Postscript(1,NO,ps_tree,tree);
30  DR_Print_Postscript_EOF(ps_tree);
31  fclose(ps_tree);
32}
33
34//////////////////////////////////////////////////////////////
35//////////////////////////////////////////////////////////////
36
37
38void DR_Get_Tree_Coord(t_tree *tree)
39{
40  DR_Init_Tdraw_Struct(tree->ps_tree);
41  DR_Get_Tree_Box_Width(tree->ps_tree,tree);
42  if(!tree->n_root) 
43    {
44      PhyML_Printf("\n. Adding root before rendering the tree.");
45      Add_Root(tree->a_edges[0],tree);
46    }
47  Dist_To_Root(tree->n_root,tree);
48  tree->ps_tree->max_dist_to_root = DR_Get_Max_Dist_To_Root(tree);
49  DR_Get_X_Coord(NO,tree->ps_tree,tree);
50  DR_Get_Y_Coord(NO,tree->ps_tree,tree);
51}
52
53//////////////////////////////////////////////////////////////
54//////////////////////////////////////////////////////////////
55
56
57void DR_Print_Postscript_Header(int n_pages, FILE *fp)
58{
59  if(!fp)
60    {
61      PhyML_Printf("\n. Failed to open the postscript file.");
62      PhyML_Printf("\n. Did you forget the '--ps' option ?.");
63      Warn_And_Exit("\n");
64    }
65
66  PhyML_Fprintf(fp,"%%!PS-Adobe-3.0\n");
67  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%BoundingBox: 40 40 560 820\n");
68  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%DocumentFonts: Times-Roman Times-Roman\n");
69  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%Creator: Stephane Guindon\n");
70  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%Title: tree\n");
71  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%BeginFeature: *PageSize\n"); 
72  PhyML_Fprintf(fp,"a4\n");
73  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%EndFeature\n");
74  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%EndComments\n");
75  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%Pages: %d\n",n_pages);
76
77  PhyML_Fprintf(fp,"/lt {lineto} bind def\n");
78  PhyML_Fprintf(fp,"/mt {moveto} bind def\n");
79  PhyML_Fprintf(fp,"/sc {setrgbcolor} bind def\n");
80  PhyML_Fprintf(fp,"/ct {curveto} bind def\n");
81  PhyML_Fprintf(fp,"/np {newpath} bind def\n");
82  PhyML_Fprintf(fp,"/cp {closepath} bind def\n");
83  PhyML_Fprintf(fp,"/gs {gsave} bind def\n");
84  PhyML_Fprintf(fp,"/gr {grestore} bind def\n");
85 
86  PhyML_Fprintf(fp,"/Times-Roman findfont\n");
87  PhyML_Fprintf(fp,"14 scalefont\n");
88  PhyML_Fprintf(fp,"setfont\n");
89
90  PhyML_Fprintf(fp,"/clipbox\n");
91  PhyML_Fprintf(fp,"{\n");
92  PhyML_Fprintf(fp,"newpath\n");
93  PhyML_Fprintf(fp,"40 40 mt\n");
94  PhyML_Fprintf(fp,"560 40 lt\n");
95  PhyML_Fprintf(fp,"560 820 lt\n");
96  PhyML_Fprintf(fp,"40 820 lt\n");
97  PhyML_Fprintf(fp,"40 40 lt\n");
98  PhyML_Fprintf(fp,"closepath\n");
99  PhyML_Fprintf(fp,"clip\n");
100  PhyML_Fprintf(fp,"} bind def\n");
101
102}
103
104//////////////////////////////////////////////////////////////
105//////////////////////////////////////////////////////////////
106
107
108void DR_Print_Postscript_EOF(FILE *fp)
109{
110  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%Trailer\n");
111  PhyML_Fprintf(fp,"%%%%EOF\n");
112}
113
114//////////////////////////////////////////////////////////////
115//////////////////////////////////////////////////////////////
116
117
118void DR_Print_Tree_Postscript(int page_num, int render_name, FILE *fp, t_tree *tree)
119{
120  tdraw *draw;
121  t_node *n_root;
122 
123  draw = tree->ps_tree;
124/*   DR_Get_Tree_Coord(tree); */
125  n_root = tree->n_root;
126
127/*   PhyML_Fprintf(fp,"%%%%Page: %d %d\n",page_num,page_num); */
128  PhyML_Fprintf(fp,"0.001 setlinewidth\n");
129/*   PhyML_Fprintf(fp,"0.5 0.5 0.4 sc\n"); */
130  PhyML_Fprintf(fp,"0 0 0 sc\n");
131/*   PhyML_Fprintf(fp,"clipbox\n"); */
132/*   PhyML_Fprintf(fp,"stroke\n"); */
133  PhyML_Fprintf(fp,"0 0 translate\n");
134  PhyML_Fprintf(fp,"newpath\n");
135
136
137  draw->ycoord[n_root->num] = (draw->ycoord[n_root->v[2]->num] + draw->ycoord[n_root->v[1]->num])/2.; 
138  draw->xcoord[n_root->num] = 0.0; 
139  DR_Print_Tree_Postscript_Pre(n_root,n_root->v[2],render_name,fp,draw,tree);
140  DR_Print_Tree_Postscript_Pre(n_root,n_root->v[1],render_name,fp,draw,tree);
141
142
143  PhyML_Fprintf(fp,"closepath\n");
144  PhyML_Fprintf(fp,"0 0 translate\n");
145  PhyML_Fprintf(fp,"stroke\n");
146  PhyML_Fprintf(fp,"showpage\n");
147}
148
149//////////////////////////////////////////////////////////////
150//////////////////////////////////////////////////////////////
151
152
153void DR_Print_Tree_Postscript_Pre(t_node *a, t_node *d, int render_name, FILE *fp, tdraw *w, t_tree *tree)
154{
155  int i;
156  phydbl R, G, B;
157 
158  R = G = B = 0.0;
159
160  PhyML_Fprintf(fp,"gs\n");
161 
162  PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f mt\n",w->xcoord[a->num],w->ycoord[a->num]);
163
164/*   PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f lt\n",w->xcoord[a->num],w->ycoord[d->num]); */
165/*   PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f lt\n",w->xcoord[d->num],w->ycoord[d->num]); */
166
167  phydbl min,max,step,val;
168 
169  min = 0.0;
170  max = 4.;
171 
172  step = (max-min)/13.;
173 
174  /* val = tree->rates->mean_r[d->num] / (phydbl)(tree->mcmc->run/tree->mcmc->sample_interval+1.); */
175  /* val = tree->rates->mean_r[d->num]; */
176  /* val = tree->rates->has_survived[d->num]; */
177  /* if(val > 0.5) {R=1.; G=.0; B=0.;} */
178  val = 0.;
179 
180  if(val <= min+1.*step)
181    {R=.0; G=1.; B=1.;}
182  else if(val > min+1.*step && val <= min+2.*step)
183    {R=.0; G=1.; B=.8;}
184  else if(val > min+2.*step && val <= min+3.*step)
185    {R=.0; G=1.; B=.5;}
186  else if(val > min+3.*step && val <= min+4.*step)
187    {R=.0; G=1.; B=.3;}
188  else if(val > min+4.*step && val <= min+5.*step)
189    {R=.0; G=1.; B=.0;}
190  else if(val > min+5.*step && val <= min+6.*step)
191    {R=.25; G=1.; B=0.;}
192  else if(val > min+6.*step && val <= min+7.*step)
193    {R=.5; G=1.; B=0.;}
194  else if(val > min+7.*step && val <= min+8.*step)
195    {R=.75; G=1.; B=.0;}
196  else if(val > min+8.*step && val <= min+9.*step)
197    {R=1.; G=1.; B=.0;}
198  else if(val > min+9.*step && val <= min+10.*step)
199    {R=1.; G=.75; B=.0;}
200  else if(val > min+10.*step && val <= min+11.*step)
201    {R=1.; G=.5; B=.0;}
202  else if(val > min+11.*step && val <= min+12.*step)
203    {R=1.; G=.25; B=.0;}
204  else if(val > min+12.*step)
205    {R=1.; G=.0; B=0.;}
206
207
208  R = 0.; G = 0.; B = 0.;
209
210  PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f lt\n",w->xcoord[a->num],w->ycoord[d->num]);
211  PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f lt\n",w->xcoord[d->num],w->ycoord[d->num]);
212
213  /* PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f %.1f %.1f %.1f %.1f ct\n", */
214  /*            w->xcoord[a->num], */
215  /*            w->ycoord[d->num], */
216  /*            w->xcoord[d->num], */
217  /*            w->ycoord[d->num], */
218  /*            w->xcoord[d->num], */
219  /*            w->ycoord[d->num]); */
220
221
222   if(tree->rates->has_survived[d->num] == YES)
223    {
224      PhyML_Fprintf(fp," /Helvetica findfont 16 scalefont\n");
225      PhyML_Fprintf(fp,"setfont\n");
226      PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f mt\n",w->xcoord[d->num]-5,w->ycoord[d->num]);
227      PhyML_Fprintf(fp,"0 0 0 sc\n");
228      PhyML_Fprintf(fp,"(*) show \n");     
229    }
230
231  PhyML_Fprintf(fp,"%f %f %f sc\n",R,G,B);
232
233  if(d->tax) 
234    {
235      PhyML_Fprintf(fp,"stroke\n");
236      PhyML_Fprintf(fp,"0 setgray\n");
237      PhyML_Fprintf(fp,"0.1 setlinewidth\n");
238      PhyML_Fprintf(fp,"np %.1f %.1f 1 0 360 arc cp\n",w->xcoord[d->num],w->ycoord[d->num]);
239      PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f %.1f sc fill\n",R,G,B);
240/*       PhyML_Fprintf(fp,"%f setgray fill\n",greylevel); */
241      PhyML_Fprintf(fp,"0 0 0 sc\n");
242
243
244      PhyML_Fprintf(fp," /Helvetica findfont 10 scalefont\n");
245      PhyML_Fprintf(fp,"setfont\n");
246      PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f mt\n",w->xcoord[d->num]+2,w->ycoord[d->num]-6);
247      /* PhyML_Fprintf(fp,"(%d) show \n",d->num); */
248      PhyML_Fprintf(fp,"(%s) show \n",d->name);
249      PhyML_Fprintf(fp," /Helvetica findfont 14 scalefont\n");
250      PhyML_Fprintf(fp,"setfont\n");
251
252
253      PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f mt\n",w->xcoord[d->num] - (w->xcoord[d->num] - w->xcoord[a->num])/2.,w->ycoord[d->num]);
254      PhyML_Fprintf(fp," /Helvetica findfont 10 scalefont\n");
255      PhyML_Fprintf(fp,"setfont\n");
256      PhyML_Fprintf(fp,"([%4.4f,%4.4f]) show \n",
257                    tree->geo->ldscape[tree->geo->loc[d->num]*tree->geo->n_dim+0],
258                    tree->geo->ldscape[tree->geo->loc[d->num]*tree->geo->n_dim+1]);
259     
260
261     
262      /* PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f mt\n",w->xcoord[d->num]+5,w->ycoord[d->num]); */
263      /* PhyML_Fprintf(fp,"(%.10s) show \n",d->name); */
264
265     
266/*       if(render_name) */
267/*      { */
268/*        if(tree->io->long_tax_names) */
269/*          PhyML_Fprintf(fp,"(%s) show \n",tree->io->long_tax_names[d->num]); */
270/*        else */
271/*          PhyML_Fprintf(fp,"(%s) show \n",d->name); */
272/*      } */
273
274      PhyML_Fprintf(fp,"stroke\n");
275      PhyML_Fprintf(fp,"gr\n");
276      PhyML_Fprintf(fp,"0 0 0 sc\n");
277      return;
278    }
279  else
280    {
281      PhyML_Fprintf(fp,"stroke\n");
282      PhyML_Fprintf(fp,"0 setgray\n");
283      PhyML_Fprintf(fp,"0.1 setlinewidth\n");
284      PhyML_Fprintf(fp,"np %.1f %.1f 1 0 360 arc cp\n",w->xcoord[d->num],w->ycoord[d->num]);
285      PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f %.1f sc fill\n",R,G,B);
286/*       PhyML_Fprintf(fp,"%f setgray fill\n",greylevel); */
287      PhyML_Fprintf(fp,"0 0 0 sc\n");
288
289      PhyML_Fprintf(fp," /Helvetica findfont 10 scalefont\n");
290      PhyML_Fprintf(fp,"setfont\n");
291      PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f mt\n",w->xcoord[d->num]+2,w->ycoord[d->num]);
292      /* PhyML_Fprintf(fp,"(%d) show \n",d->num); */
293      PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f mt\n",w->xcoord[d->num],w->ycoord[d->num]);
294      PhyML_Fprintf(fp," /Helvetica findfont 14 scalefont\n");
295      PhyML_Fprintf(fp,"setfont\n");
296
297
298      PhyML_Fprintf(fp,"%.1f %.1f mt\n",w->xcoord[d->num] - (w->xcoord[d->num] - w->xcoord[a->num])/2.,w->ycoord[d->num]);
299      PhyML_Fprintf(fp," /Helvetica findfont 10 scalefont\n");
300      PhyML_Fprintf(fp,"setfont\n");
301      PhyML_Fprintf(fp,"([%4.4f,%4.4f]) show \n",
302                    tree->geo->ldscape[tree->geo->loc[d->num]*tree->geo->n_dim+0],
303                    tree->geo->ldscape[tree->geo->loc[d->num]*tree->geo->n_dim+1]);
304     
305
306
307      PhyML_Fprintf(fp,"stroke\n");
308      PhyML_Fprintf(fp,"gr\n");
309      PhyML_Fprintf(fp,"0 0 0 sc\n");
310      For(i,3)
311        if(d->v[i] != a && d->b[i] != tree->e_root) DR_Print_Tree_Postscript_Pre(d,d->v[i],render_name,fp,w,tree);
312    }
313
314
315
316
317  return;
318}
319
320//////////////////////////////////////////////////////////////
321//////////////////////////////////////////////////////////////
322
323
324void DR_Get_X_Coord_Pre(t_node *a, t_node *d, t_edge *b, tdraw *w, int fixed_tips, t_tree *tree)
325{
326  int i;
327
328  if(!(d->tax && fixed_tips == YES)) w->xcoord[d->num] =  d->dist_to_root * (phydbl)w->tree_box_width/w->max_dist_to_root;
329
330  if(d->tax) return;
331  else
332    {
333      For(i,3)
334        if((d->v[i] != a) && (d->b[i] != tree->e_root)) 
335          DR_Get_X_Coord_Pre(d,d->v[i],d->b[i],w,fixed_tips,tree);
336    }
337}
338
339//////////////////////////////////////////////////////////////
340//////////////////////////////////////////////////////////////
341
342
343void DR_Get_X_Coord(int fixed_tips, tdraw *w, t_tree *tree)
344{
345  if(!(tree->n_root->v[2]->tax && fixed_tips == YES)) w->xcoord[tree->n_root->v[2]->num] = tree->n_root->v[2]->dist_to_root * (phydbl)w->tree_box_width/w->max_dist_to_root;
346  if(!(tree->n_root->v[1]->tax && fixed_tips == YES)) w->xcoord[tree->n_root->v[1]->num] = tree->n_root->v[1]->dist_to_root * (phydbl)w->tree_box_width/w->max_dist_to_root;
347  DR_Get_X_Coord_Pre(tree->n_root,tree->n_root->v[2],NULL,w,fixed_tips,tree);
348  DR_Get_X_Coord_Pre(tree->n_root,tree->n_root->v[1],NULL,w,fixed_tips,tree);
349  w->xcoord[tree->n_root->num] = 0;
350}
351
352
353//////////////////////////////////////////////////////////////
354//////////////////////////////////////////////////////////////
355
356
357void DR_Get_Y_Coord(int fixed_tips, tdraw *w, t_tree *tree)
358{
359  phydbl next_y_slot;
360  next_y_slot = .0;
361  DR_Get_Y_Coord_Post(tree->n_root,tree->n_root->v[2],NULL,&next_y_slot,fixed_tips,w,tree);
362  DR_Get_Y_Coord_Post(tree->n_root,tree->n_root->v[1],NULL,&next_y_slot,fixed_tips,w,tree);
363  w->ycoord[tree->n_root->num] = (int)((w->ycoord[tree->n_root->v[2]->num] + w->ycoord[tree->n_root->v[2]->num]) / 2.);
364}
365
366//////////////////////////////////////////////////////////////
367//////////////////////////////////////////////////////////////
368
369
370void DR_Get_Y_Coord_Post(t_node *a, t_node *d, t_edge *b, phydbl *next_y_slot, int fixed_tips, tdraw *w, t_tree *tree)
371{
372  int i;
373
374  if(d->tax) 
375    {
376      if(!fixed_tips)
377        {
378/*        w->ycoord[d->num] = *next_y_slot + (int)(w->page_height / (2.*tree->n_otu)); */
379          w->ycoord[d->num] = *next_y_slot;
380          (*next_y_slot) += ((phydbl)w->page_height / (phydbl)tree->n_otu);
381        }
382    }
383  else
384    {
385      int d1, d2;
386
387      d1 = d2 = -1;
388      For(i,3)
389        {
390          if(d->v[i] != a && d->b[i] != tree->e_root)
391            {
392              DR_Get_Y_Coord_Post(d,d->v[i],d->b[i],next_y_slot,fixed_tips,w,tree);
393              if(d1<0) d1 = i;
394              else     d2 = i;
395            }
396        }
397      w->ycoord[d->num] = (w->ycoord[d->v[d1]->num] + w->ycoord[d->v[d2]->num])/2.; 
398    }
399}
400
401//////////////////////////////////////////////////////////////
402//////////////////////////////////////////////////////////////
403
404
405tdraw *DR_Make_Tdraw_Struct(t_tree *tree)
406{
407  tdraw *w;
408
409  w = (tdraw *)mCalloc(1,sizeof(tdraw));
410  w->xcoord = (phydbl *)mCalloc(2*tree->n_otu-1,sizeof(phydbl));
411  w->ycoord = (phydbl *)mCalloc(2*tree->n_otu-1,sizeof(phydbl));
412  w->xcoord_s = (phydbl *)mCalloc(2*tree->n_otu-1,sizeof(phydbl));
413  w->ycoord_s = (phydbl *)mCalloc(2*tree->n_otu-1,sizeof(phydbl));
414  w->cdf_mat  = (int *)mCalloc((2*tree->n_otu-2)*(2*tree->n_otu-2),sizeof(int));
415  w->cdf_mat_x  = (phydbl *)mCalloc(2*tree->n_otu-1,sizeof(phydbl));
416  w->cdf_mat_y  = (phydbl *)mCalloc(2*tree->n_otu-1,sizeof(phydbl));
417
418  return w;
419}
420
421//////////////////////////////////////////////////////////////
422//////////////////////////////////////////////////////////////
423
424
425void DR_Init_Tdraw_Struct(tdraw *w)
426{
427  w->page_width  = 510;
428  w->page_height = 760;
429}
430
431//////////////////////////////////////////////////////////////
432//////////////////////////////////////////////////////////////
433
434
435void DR_Get_Tree_Box_Width(tdraw *w, t_tree *tree)
436{
437  int i;
438  int max_name_len, curr_len;
439
440  max_name_len = curr_len = 0;
441  For(i,tree->n_otu)
442    {
443      curr_len = (int)strlen(tree->a_nodes[i]->name);
444      if(curr_len > max_name_len) max_name_len = curr_len;
445    }
446
447  w->tree_box_width = w->page_width - max_name_len * 8.66667;
448}
449
450//////////////////////////////////////////////////////////////
451//////////////////////////////////////////////////////////////
452
453
454phydbl DR_Get_Max_Dist_To_Root(t_tree *tree)
455{
456  phydbl mx;
457  int i;
458
459  mx = .0;
460  For(i,tree->n_otu)
461    {
462      if(tree->a_nodes[i]->dist_to_root > mx)
463        {
464          mx = tree->a_nodes[i]->dist_to_root;
465        }
466    }
467
468  return mx;
469}
470
471//////////////////////////////////////////////////////////////
472//////////////////////////////////////////////////////////////
473
474void DR_Get_Tree_Coord_Scaled(tdraw *w, t_tree *tree)
475{
476  int i;
477  int max_x,min_x;
478  int max_y,min_y;
479 
480  max_x = -INT_MAX;
481  min_x =  INT_MAX;
482
483  For(i,2*tree->n_otu-1)
484    {
485      if(w->xcoord[i] > max_x) max_x = w->xcoord[i];
486      if(w->xcoord[i] < min_x) min_x = w->xcoord[i];
487    }
488
489  max_y = -INT_MAX;
490  min_y =  INT_MAX;
491
492  For(i,2*tree->n_otu-1)
493    {
494      if(w->ycoord[i] > max_y) max_y = w->ycoord[i];
495      if(w->ycoord[i] < min_y) min_y = w->ycoord[i];
496    }
497
498
499  For(i,2*tree->n_otu-1)
500    {
501      w->xcoord_s[i] = (phydbl)(w->xcoord[i] - min_x) / (max_x - min_x);
502      w->ycoord_s[i] = (phydbl)(w->ycoord[i] - min_y) / (max_y - min_y);
503    }
504}
505
506//////////////////////////////////////////////////////////////
507//////////////////////////////////////////////////////////////
508
509void DR_Get_Cdf_Mat(t_tree *tree)
510{
511  int i,j,k;
512  phydbl min_x,max_x,y;
513  phydbl x_mat,y_mat;
514  t_node *d, *a;
515  phydbl eps;
516
517  eps = 1.E-6;
518
519  For(i,2*tree->n_otu-1)  tree->ps_tree->cdf_mat_x[i] = tree->ps_tree->xcoord_s[i];
520  For(i,2*tree->n_otu-1)  tree->ps_tree->cdf_mat_y[i] = tree->ps_tree->ycoord_s[i];
521
522  Qksort(tree->ps_tree->cdf_mat_x,NULL,0,2*tree->n_otu-2);
523  Qksort(tree->ps_tree->cdf_mat_y,NULL,0,2*tree->n_otu-2);
524
525  For(i,2*tree->n_otu-2) /* x coordinates */
526    {
527      For(j,2*tree->n_otu-2) /* y coordinates */
528        {
529          For(k,2*tree->n_otu-2) /* all nodes in the tree */
530            {
531              d = tree->a_nodes[k];
532              a = tree->a_nodes[k]->anc;
533
534              min_x = tree->ps_tree->xcoord_s[a->num];
535              max_x = tree->ps_tree->xcoord_s[d->num];
536
537              y = tree->ps_tree->ycoord_s[d->num];
538
539              x_mat = tree->ps_tree->cdf_mat_x[i];
540              y_mat = tree->ps_tree->cdf_mat_y[j];
541       
542/*            printf("\n. x_mat=%.1f ymat=%.1f min=%.1f max=%.1f y=%.1f", */
543/*                   x_mat,y_mat,min_x,max_x,y); */
544             
545              if((min_x < x_mat + eps) && (max_x > x_mat) && (y > y_mat))
546                {
547                  tree->ps_tree->cdf_mat[j*(2*tree->n_otu-2)+i] += 1;
548/*                PhyML_Printf("\n. Add 1 to [%.1f,%.1f]", */
549/*                             tree->ps_tree->cdf_mat_x[i], */
550/*                             tree->ps_tree->cdf_mat_y[j]); */
551                }
552            }
553        }
554    }
555}
556
557//////////////////////////////////////////////////////////////
558//////////////////////////////////////////////////////////////
559
560//////////////////////////////////////////////////////////////
561//////////////////////////////////////////////////////////////
562
563//////////////////////////////////////////////////////////////
564//////////////////////////////////////////////////////////////
565
566//////////////////////////////////////////////////////////////
567//////////////////////////////////////////////////////////////
568
569//////////////////////////////////////////////////////////////
570//////////////////////////////////////////////////////////////
571
572//////////////////////////////////////////////////////////////
573//////////////////////////////////////////////////////////////
574
575//////////////////////////////////////////////////////////////
576//////////////////////////////////////////////////////////////
577
578//////////////////////////////////////////////////////////////
579//////////////////////////////////////////////////////////////
580
581//////////////////////////////////////////////////////////////
582//////////////////////////////////////////////////////////////
583
584//////////////////////////////////////////////////////////////
585//////////////////////////////////////////////////////////////
586
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.