source: branches/alilink/ARB_GDE/GDE_HGLfile.cxx

Last change on this file was 16768, checked in by westram, 8 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 6.2 KB
Line 
1#include "GDE_extglob.h"
2
3static void StripSpecial(char *string) {
4    int j, len;
5
6    len = strlen(string);
7    for (j=0; j<len; j++) {
8        if      (string[j] == '"') string[j] = '`';
9        else if (string[j] == '{') string[j] = '(';
10        else if (string[j] == '}') string[j] = ')';
11    }
12}
13
14static void RemoveQuotes(char *string) {
15    int i, j, len;
16
17    len = strlen(string);
18    for (j=0; j<len; j++) {
19        if (string[j] == '"') string[j] = ' ';
20    }
21
22    for (j=0; string[j]==' ' && j<(int)strlen(string); j++) ;
23
24    len = strlen(string);
25    for (i=0; i<len - j; i++) string[i] = string[i+j];
26
27    for (j=strlen(string)-1; j>=0 && (string[j]=='\n'||string[j]==' '); j--) {
28        string[j] = '\0';
29    }
30
31}
32
33int WriteGDE(NA_Alignment& aln, char *filename, int method) {
34    FILE *file = fopen(filename, "w");
35    if (!file) {
36        Warning("Cannot open file for output");
37        return 1;
38    }
39
40    for (size_t j=0; j<aln.numelements; j++) {
41        if (method == ALL) {
42            NA_Sequence *this_elem = &(aln.element[j]);
43            // @@@ code below should be in method of NA_Sequence (far too many 'this_elem->')
44            fprintf(file, "{\n");
45            if (this_elem->short_name[0]) {
46                fprintf(file, "name      \"%s\"\n", this_elem->short_name);
47            }
48            switch (this_elem->elementtype) {
49                case DNA:     fprintf(file, "type              \"DNA\"\n"); break;
50                case RNA:     fprintf(file, "type              \"RNA\"\n"); break;
51                case PROTEIN: fprintf(file, "type              \"PROTEIN\"\n"); break;
52                case MASK:    fprintf(file, "type              \"MASK\"\n"); break;
53                case TEXT:    fprintf(file, "type              \"TEXT\"\n"); break;
54            }
55            if (this_elem->seq_name[0]) fprintf(file, "longname  %s\n", this_elem->seq_name);
56            if (this_elem->id[0])       fprintf(file, "sequence-ID       \"%s\"\n", this_elem->id);
57            RemoveQuotes(this_elem->barcode);
58            RemoveQuotes(this_elem->contig);
59
60            if (this_elem->barcode[0])            fprintf(file, "barcode           \"%s\"\n", this_elem->barcode);
61            if (this_elem->membrane[0])           fprintf(file, "membrane          \"%s\"\n", this_elem->membrane);
62            if (this_elem->contig[0])             fprintf(file, "contig            \"%s\"\n", this_elem->contig);
63            if (this_elem->description[0])        fprintf(file, "descrip           \"%s\"\n", this_elem->description);
64            if (this_elem->authority[0])          fprintf(file, "creator           \"%s\"\n", this_elem->authority);
65            if (this_elem->groupid)               fprintf(file, "group-ID          %zu\n", this_elem->groupid);
66            if (this_elem->offset+aln.rel_offset) fprintf(file, "offset            %d\n", this_elem->offset+aln.rel_offset);
67
68            if (this_elem->t_stamp.origin.mm != 0) {
69                fprintf(file,
70                        "creation-date      %2d/%2d/%2d %2d:%2d:%2d\n",
71                        this_elem->t_stamp.origin.mm,
72                        this_elem->t_stamp.origin.dd,
73                        (this_elem->t_stamp.origin.yy)>1900 ?
74                        (this_elem->t_stamp.origin.yy-1900) :
75                        (this_elem->t_stamp.origin.yy),
76                        this_elem->t_stamp.origin.hr,
77                        this_elem->t_stamp.origin.mn,
78                        this_elem->t_stamp.origin.sc);
79            }
80            if ((this_elem->attr & IS_ORIG_5_TO_3) && ((this_elem->attr & IS_ORIG_3_TO_5) == 0))       fprintf(file, "orig_direction    1\n");
81            if ((this_elem->attr & IS_CIRCULAR))                                                       fprintf(file, "circular  1\n");
82            if ((this_elem->attr & IS_5_TO_3) && ((this_elem->attr & IS_3_TO_5) == 0))                 fprintf(file, "direction 1\n");
83            if ((this_elem->attr & IS_ORIG_3_TO_5) && ((this_elem->attr & IS_ORIG_5_TO_3) == 0))       fprintf(file, "orig_direction    -1\n");
84            if ((this_elem->attr & IS_3_TO_5) && ((this_elem->attr & IS_5_TO_3) == 0))                 fprintf(file, "direction -1\n");
85            if ((this_elem->attr & IS_ORIG_PRIMARY) && ((this_elem->attr & IS_ORIG_SECONDARY) == 0))   fprintf(file, "orig_strand       1\n");
86            if ((this_elem->attr & IS_PRIMARY) && ((this_elem->attr & IS_SECONDARY) == 0))             fprintf(file, "strandedness      1\n");
87            if (((this_elem->attr & IS_ORIG_PRIMARY) == 0) && (this_elem->attr & IS_ORIG_SECONDARY))   fprintf(file, "orig_strand       2\n");
88            if (((this_elem->attr & IS_PRIMARY) == 0) && (this_elem->attr & IS_SECONDARY))             fprintf(file, "strandedness      2\n");
89
90            if (this_elem->comments) {
91                StripSpecial(this_elem->comments);
92                fprintf(file, "comments  \"%s\"\n", this_elem->comments);
93            }
94            if (this_elem->baggage) {
95                if (this_elem->baggage[strlen(this_elem->baggage)-1] == '\n') {
96                    fprintf(file, "%s", this_elem->baggage);
97                }
98                else {
99                    fprintf(file, "%s\n", this_elem->baggage);
100                }
101            }
102            fprintf(file, "sequence  \"");
103            if (this_elem->tmatrix) {
104                for (int k=this_elem->offset; k<this_elem->seqlen+this_elem->offset; k++) {
105                    if (k%60 == 0) putc('\n', file);
106                    putc(this_elem->tmatrix[getelem(this_elem, k)], file);
107                }
108                fprintf(file, "\"\n");
109            }
110            else {
111                for (int k=this_elem->offset; k<this_elem->seqlen+this_elem->offset; k++) {
112                    if (k%60 == 0) putc('\n', file);
113                    putc(getelem(this_elem, k), file);
114                }
115                fprintf(file, "\"\n");
116            }
117            fprintf(file, "}\n");
118        }
119    }
120    fclose(file);
121    return 0;
122}
123
124/* ALWAYS COPY the result from uniqueID() to a char[32],
125 * (strlen(hostname)+1+10).  Memory is lost when the function
126 * is finished.
127 */
128
129char *uniqueID() {
130    static char vname[32];
131    time_t *tp;
132    static int cnt = 0;
133
134    ARB_calloc(tp, 1);
135
136    time(tp);
137    sprintf(vname, "host:%d:%ld", cnt, *tp);
138    cnt++;
139    free(tp);
140    return vname;
141}
142
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.