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| 2 | # Makefile for probcons |
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| 6 | # 1) Choose C++ compiler. |
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| 9 | CXX = g++ |
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| 12 | # 2) Set C++ flags. |
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| 13 | # a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining |
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| 14 | # b) PROFILE mode -- for gprof |
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| 15 | # c) RELEASE mode |
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| 18 | OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=1 -DVERSION="1.10" |
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| 20 | # debug mode |
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| 21 | #CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS) |
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| 23 | # profile mode |
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| 24 | #CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS) |
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| 26 | # release mode |
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| 27 | #CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer |
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| 28 | CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops |
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| 31 | # 3) Dependencies |
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| 34 | TARGETS = probcons |
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| 35 | #compare project makegnuplot |
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| 37 | .PHONY : all |
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| 38 | all : $(TARGETS) |
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| 40 | #probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc |
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| 41 | probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h |
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| 42 | $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc |
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| 43 | |
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| 44 | compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc |
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| 45 | $(CXX) $(CXXFLAGS) -o compare CompareToRef.cc |
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| 46 | |
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| 47 | fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc |
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| 48 | $(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc |
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| 49 | |
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| 50 | project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc |
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| 51 | $(CXX) $(CXXFLAGS) -o project ProjectPairwise.cc |
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| 52 | |
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| 53 | makegnuplot : MakeGnuPlot.cc |
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| 54 | $(CXX) $(CXXFLAGS) -o makegnuplot MakeGnuPlot.cc |
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| 55 | |
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| 56 | .PHONY : clean |
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| 57 | clean: |
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| 58 | rm -f $(TARGETS) |
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