source: branches/help/NALIGNER/ali_arbdb.cxx

Last change on this file was 17982, checked in by westram, 5 years ago
  • reduced use of GB_change_my_security:
    • use GB_securityLevel instead of manually fiddling around with GB_change_my_security.
    • inspected and accepted leftover uses (see comments).
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 4.5 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ali_arbdb.cxx                                     //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "ali_sequence.hxx"
12#include "ali_arbdb.hxx"
13
14
15#define HELIX_PAIRS     "helix_pairs"
16#define HELIX_LINE      "helix_line"
17
18
19ALI_ARBDB::~ALI_ARBDB() {
20    if (gb_main) GB_close(gb_main);
21    freenull(alignment);
22}
23
24int ALI_ARBDB::open(char *name, char *use_alignment) {
25    gb_main = GB_open(name, "rt");
26    if (!gb_main) {
27        GB_print_error();
28        return 1;
29    }
30
31    GB_begin_transaction(gb_main);
32
33    if (use_alignment)
34        alignment = ARB_strdup(use_alignment);
35    else
36        alignment = GBT_get_default_alignment(gb_main);
37
38    GB_commit_transaction(gb_main);
39
40    return 0;
41}
42
43void ALI_ARBDB::close() {
44    GB_close(gb_main);
45    freenull(alignment);
46}
47
48char *ALI_ARBDB::get_sequence_string(char *name, int and_mark) {
49    char   *sequence = NULp;
50    GBDATA *gb_species_data;
51    GBDATA *gb_seq;
52
53    gb_species_data = GBT_get_species_data(gb_main);
54
55    gb_seq = GB_find_string(gb_species_data, "name", name, GB_IGNORE_CASE, SEARCH_GRANDCHILD);
56    if (gb_seq) {
57        if (and_mark) GB_write_flag(GB_get_father(gb_seq), 1);
58        gb_seq = GB_brother(gb_seq, alignment);
59        if (gb_seq) {
60            gb_seq = GB_entry(gb_seq, "data");
61            if (gb_seq)
62                sequence = GB_read_string(gb_seq);
63        }
64    }
65
66    return sequence;
67}
68
69ALI_SEQUENCE *ALI_ARBDB::get_sequence(char *name, int and_mark) {
70    ALI_SEQUENCE *ali_seq;
71    char *sequence = NULp;
72    GBDATA *gb_species_data;
73    GBDATA *gb_seq;
74
75    gb_species_data = GBT_get_species_data(gb_main);
76
77    gb_seq = GB_find_string(gb_species_data, "name", name, GB_IGNORE_CASE, SEARCH_GRANDCHILD);
78    if (gb_seq) {
79        if (and_mark) GB_write_flag(GB_get_father(gb_seq), 1);
80        gb_seq = GB_brother(gb_seq, alignment);
81        if (gb_seq) {
82            gb_seq = GB_entry(gb_seq, "data");
83            if (gb_seq)
84                sequence = GB_read_string(gb_seq);
85        }
86    }
87
88    if (!sequence)
89        return NULp;
90
91    ali_seq = new ALI_SEQUENCE(name, sequence);
92
93    return ali_seq;
94}
95
96char *ALI_ARBDB::get_SAI(char *name) {
97    char   *extended    = NULp;
98    GBDATA *gb_sai_data = GBT_get_SAI_data(gb_main);
99    GBDATA *gb_sai      = GB_find_string(gb_sai_data, "name", name, GB_IGNORE_CASE, SEARCH_GRANDCHILD);
100
101    if (gb_sai) {
102        gb_sai = GB_brother(gb_sai, alignment);
103        if (gb_sai) {
104            gb_sai = GB_entry(gb_sai, "data");
105            if (gb_sai)
106                extended = GB_read_string(gb_sai);
107        }
108    }
109
110    return extended;
111}
112
113
114int ALI_ARBDB::put_sequence_string(char *name, char *sequence) {
115    GB_securityLevel raised(gb_main, 6);
116
117    GBDATA *gb_species_data = GBT_get_species_data(gb_main);
118    GBDATA *gb_seq          = GB_find_string(gb_species_data, "name", name, GB_IGNORE_CASE, SEARCH_GRANDCHILD);
119    if (gb_seq) {
120        GBDATA *gb_ali = GB_brother(gb_seq, alignment);
121        if (gb_ali) {
122            GBDATA *gb_data = GB_search(gb_ali, "data", GB_STRING);
123            GB_write_string(gb_data, sequence);
124            free(sequence);
125        }
126    }
127
128    return 0;
129}
130
131int ALI_ARBDB::put_sequence(char *name, ALI_SEQUENCE *sequence) {
132    GB_securityLevel raised(gb_main, 6);
133
134    GBDATA *gb_species_data = GBT_get_species_data(gb_main);
135    GBDATA *gb_seq          = GB_find_string(gb_species_data, "name", name, GB_IGNORE_CASE, SEARCH_GRANDCHILD);
136    if (gb_seq) {
137        GBDATA *gb_ali = GB_brother(gb_seq, alignment);
138        if (gb_ali) {
139            GBDATA *gb_data = GB_search(gb_ali, "data", GB_STRING);
140            char *String = sequence->string();
141            GB_write_string(gb_data, String);
142            free(String);
143        }
144    }
145
146    return 0;
147}
148
149
150int ALI_ARBDB::put_SAI(const char *name, char *sequence) {
151    GB_securityLevel raised(gb_main, 6);
152
153    GBDATA *gb_extended = GBT_find_or_create_SAI(gb_main, name);
154    GBDATA *gb_data     = GBT_add_data(gb_extended, alignment, "data", GB_STRING);
155    GB_write_string(gb_data, sequence);
156
157    return 0;
158}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.