| 1 | // ============================================================= // |
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| 2 | // // |
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| 3 | // File : SQ_ambiguities.cxx // |
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| 4 | // Purpose : // |
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| 6 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 7 | // http://www.arb-home.de/ // |
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| 8 | // // |
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| 9 | // ============================================================= // |
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| 11 | #include "SQ_ambiguities.h" |
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| 12 | #include <arbdb.h> |
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| 14 | using namespace std; |
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| 16 | void SQ_ambiguities::SQ_count_ambiguities(const char *iupac, int length, GBDATA *gb_quality) { |
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| 17 | char c; |
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| 19 | for (int i = 0; i < length; i++) { |
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| 20 | c = iupac[i]; |
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| 21 | switch (c) { |
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| 22 | case 'R': |
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| 23 | number++; |
|---|
| 24 | iupac_value = iupac_value + 2; |
|---|
| 25 | break; |
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| 26 | case 'Y': |
|---|
| 27 | number++; |
|---|
| 28 | iupac_value = iupac_value + 3; |
|---|
| 29 | break; |
|---|
| 30 | case 'M': |
|---|
| 31 | number++; |
|---|
| 32 | iupac_value = iupac_value + 2; |
|---|
| 33 | break; |
|---|
| 34 | case 'K': |
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| 35 | number++; |
|---|
| 36 | iupac_value = iupac_value + 3; |
|---|
| 37 | break; |
|---|
| 38 | case 'W': |
|---|
| 39 | number++; |
|---|
| 40 | iupac_value = iupac_value + 3; |
|---|
| 41 | break; |
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| 42 | case 'S': |
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| 43 | number++; |
|---|
| 44 | iupac_value = iupac_value + 2; |
|---|
| 45 | break; |
|---|
| 46 | case 'B': |
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| 47 | number++; |
|---|
| 48 | iupac_value = iupac_value + 4; |
|---|
| 49 | break; |
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| 50 | case 'D': |
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| 51 | number++; |
|---|
| 52 | iupac_value = iupac_value + 4; |
|---|
| 53 | break; |
|---|
| 54 | case 'H': |
|---|
| 55 | number++; |
|---|
| 56 | iupac_value = iupac_value + 4; |
|---|
| 57 | break; |
|---|
| 58 | case 'V': |
|---|
| 59 | number++; |
|---|
| 60 | iupac_value = iupac_value + 3; |
|---|
| 61 | break; |
|---|
| 62 | case 'N': |
|---|
| 63 | number++; |
|---|
| 64 | iupac_value = iupac_value + 5; |
|---|
| 65 | break; |
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| 66 | } |
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| 67 | } |
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| 68 | percent = (100 * number) / length; |
|---|
| 69 | |
|---|
| 70 | GBDATA *gb_result1 = GB_search(gb_quality, "iupac_value", GB_INT); |
|---|
| 71 | seq_assert(gb_result1); |
|---|
| 72 | GB_write_int(gb_result1, iupac_value); |
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| 73 | } |
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| 74 | |
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