source: branches/help/SL/ALILINK/AdminGui.cxx

Last change on this file was 18600, checked in by westram, 4 years ago
  • copy source alignment name (fixes #829).
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.9 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : AdminGui.cxx                                      //
4//   Purpose   : alignment admin GUI                               //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include <AliAdmin.h>
12#include <insdel.h>
13
14#include <awt_sel_boxes.hxx>
15#include <awt_prompt.hxx>
16
17#include <aw_question.hxx>
18#include <aw_msg.hxx>
19
20#include <arbdbt.h>
21
22static void alignment_vars_callback(AW_root *, AliAdmin *admin) {
23    ali_assert(!GB_have_error());
24
25    GBDATA         *gb_main  = admin->get_gb_main();
26    GB_transaction  ta(gb_main);
27    GBDATA         *ali_cont = GBT_get_alignment(gb_main, admin->get_selected_ali());
28
29    if (!ali_cont) {
30        GB_clear_error();
31        admin->type_awar()->unmap();
32        admin->len_awar()->unmap();
33        admin->aligned_awar()->unmap();
34        admin->security_awar()->unmap();
35        admin->remark_awar()->unmap();
36        admin->auto_awar()->unmap();
37    }
38    else {
39        GBDATA *ali_len         = GB_search(ali_cont, "alignment_len",            GB_INT);
40        GBDATA *ali_aligned     = GB_search(ali_cont, "aligned",                  GB_INT);
41        GBDATA *ali_type        = GB_search(ali_cont, "alignment_type",           GB_STRING);
42        GBDATA *ali_security    = GB_search(ali_cont, "alignment_write_security", GB_INT);
43        GBDATA *ali_rem         = GB_search(ali_cont, "alignment_rem",            GB_STRING);
44        GBDATA *ali_auto_format = GB_search(ali_cont, "auto_format",              GB_INT);
45
46        admin->type_awar()    ->map(ali_type);
47        admin->len_awar()     ->map(ali_len);
48        admin->aligned_awar() ->map(ali_aligned);
49        admin->security_awar()->map(ali_security);
50        admin->remark_awar()  ->map(ali_rem);
51        admin->auto_awar()    ->map(ali_auto_format);
52    }
53
54    ali_assert(!GB_have_error());
55}
56
57static void create_admin_awars(AW_root *aw_root, AW_default aw_def, AliAdmin *admin) {
58    aw_root->awar_string(admin->type_name(),   "", aw_def);
59    aw_root->awar_string(admin->remark_name(), "", aw_def);
60
61    aw_root->awar_int(admin->len_name(),      0, aw_def);
62    aw_root->awar_int(admin->aligned_name(),  0, aw_def);
63    aw_root->awar_int(admin->security_name(), 0, aw_def);
64    aw_root->awar_int(admin->auto_name(),     0, aw_def);
65
66    RootCallback rcb = makeRootCallback(alignment_vars_callback, admin);
67    admin->select_awar()->add_callback(rcb);
68    rcb(aw_root);
69}
70
71static void delete_ali_cb(AW_window *, AliAdmin *admin) {
72    if (aw_ask_sure("delete_ali_data", "Are you sure to delete all data belonging to this alignment?")) {
73        GBDATA         *gb_main = admin->get_gb_main();
74        GB_transaction  ta(gb_main);
75        GB_ERROR        error   = GBT_rename_alignment(gb_main, admin->get_selected_ali(), NULp, false, true);
76
77        error = ta.close(error);
78        if (error) aw_message(error);
79    }
80}
81
82static void ali_checklen_cb(AW_window *, AliAdmin *admin) {
83    GBDATA         *gb_main = admin->get_gb_main();
84    GB_transaction  ta(gb_main);
85    GB_ERROR        error   = GBT_check_data(gb_main, admin->get_selected_ali());
86
87    error = ta.close(error);
88    aw_message_if(error);
89}
90
91static void never_auto_format_ali_genom_cb(AW_window *, AliAdmin *admin) {
92    if (strcmp(admin->get_selected_ali(), "ali_genom") == 0) {
93        admin->auto_awar()->write_int(2); // ali_genom is always forced to "skip"
94    }
95}
96
97static void ali_format_cb(AW_window *aww, AliAdmin *admin) {
98    {
99        GB_transaction ta(admin->get_gb_main());
100        GB_ERROR       error = ARB_format_alignment(admin->get_gb_main(), admin->get_selected_ali());
101        aw_message_if(error);
102    }
103    ali_checklen_cb(aww, admin);
104}
105
106enum CopyRenameMode {
107    CRM_RENAME,
108    CRM_COPY,
109};
110
111static GB_ERROR copy_rename_handler(const char *dest, AliAdmin *admin, CopyRenameMode mode) {
112    ali_assert(!GB_have_error());
113
114    GBDATA   *gb_main = admin->get_gb_main();
115    char     *source  = ARB_strdup(admin->get_selected_ali()); // selected ali may change by calling GBT_rename_alignment
116    GB_ERROR  error   = GB_begin_transaction(gb_main);
117
118    if (!error) {
119        bool del_after_copy = mode == CRM_RENAME;
120        error               = GBT_rename_alignment(gb_main, source, dest, true, del_after_copy);
121    }
122    if (!error) {
123        char *nfield = GBS_global_string_copy("%s/data", dest);
124        error        = GBT_add_new_changekey(gb_main, nfield, GB_STRING);
125        free(nfield);
126    }
127
128    error = GB_end_transaction(gb_main, error);
129
130    ali_assert(!GB_have_error());
131    free(source);
132    return error;
133}
134static void copy_rename_cb(AW_window *, AliAdmin *admin, CopyRenameMode mode) {
135    ResultHandler  handler  = makeResultHandler(copy_rename_handler, admin, mode);
136    const char    *old_name = admin->get_selected_ali();
137
138    switch (mode) {
139        case CRM_RENAME:
140            AWT_activate_prompt("Rename alignment", "Enter the new name of the alignment:", old_name, "Rename", handler, NULp, SRT_AUTOCORRECT_ALINAME);
141            break;
142        case CRM_COPY:
143            AWT_activate_prompt("Copy alignment", "Enter the name of the new alignment:", old_name, "Copy", handler, NULp, SRT_AUTOCORRECT_ALINAME);
144            break;
145    }
146}
147
148static GB_ERROR create_ali_handler(const char *name, AliAdmin *admin) {
149    GBDATA   *gb_main = admin->get_gb_main();
150    GB_ERROR  error   = GB_begin_transaction(gb_main);
151    if (!error) {
152        GBDATA *gb_ali = GBT_create_alignment(gb_main, name, 0, 0, 0, "dna");
153
154        if (!gb_ali) error = GB_await_error();
155        else {
156            char *nfield = GBS_global_string_copy("%s/data", name);
157            error        = GBT_add_new_changekey(gb_main, nfield, GB_STRING);
158            free(nfield);
159        }
160    }
161    error = GB_end_transaction(gb_main, error);
162    return error;
163}
164static void create_ali_cb(AW_window *, AliAdmin *admin) {
165    AWT_activate_prompt("Create alignment", "Enter the name of the new alignment:", "", "Create", makeResultHandler(create_ali_handler, admin), NULp, SRT_AUTOCORRECT_ALINAME);
166}
167
168AW_window *ALI_create_admin_window(AW_root *root, AliAdmin *admin) {
169    if (!admin->get_window()) {
170        GBDATA           *gb_main = admin->get_gb_main();
171        AW_window_simple *aws     = new AW_window_simple;
172
173        create_admin_awars(root, AW_ROOT_DEFAULT, admin);
174        admin->store_window(aws);
175
176        admin->window_init(aws, "INFO_OF_%s", "%s information");
177        aws->load_xfig("ad_align.fig");
178
179        aws->at("close");
180        aws->callback(AW_POPDOWN);
181        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
182
183        aws->at("help");
184        aws->callback(makeHelpCallback("ad_align.hlp"));
185        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
186
187        // button column
188        aws->button_length(13);
189
190        aws->at("delete");
191        aws->callback(makeWindowCallback(delete_ali_cb, admin));
192        aws->create_button("DELETE", "DELETE", "D");
193
194        aws->at("rename");
195        aws->callback(makeWindowCallback(copy_rename_cb, admin, CRM_RENAME));
196        aws->create_button("RENAME", "RENAME", "R");
197
198        aws->at("create");
199        aws->callback(makeWindowCallback(create_ali_cb, admin));
200        aws->create_button("CREATE", "CREATE", "N");
201
202        aws->at("copy");
203        aws->callback(makeWindowCallback(copy_rename_cb, admin, CRM_COPY));
204        aws->create_button("COPY", "COPY", "C");
205
206        aws->at("check_len");
207        aws->callback(makeWindowCallback(ali_checklen_cb, admin));
208        aws->create_button("CHECK_LEN", "CHECK LEN", "L");
209
210        aws->at("align");
211        aws->callback(makeWindowCallback(ali_format_cb, admin));
212        aws->create_button("FORMAT", "FORMAT", "F");
213
214        // ali selection list
215        aws->at("list");
216        awt_create_ALI_selection_list(gb_main, aws, admin->select_name(), "*=");
217
218        // alignment settings
219        aws->at("aligned");
220        aws->create_option_menu(admin->aligned_name(), true);
221        aws->callback(makeWindowCallback(ali_checklen_cb, admin)); aws->insert_default_option("not formatted", "n", 0); // @@@ used as OPTIONMENU_SELECT_CB (see #559)
222        aws->callback(makeWindowCallback(ali_format_cb, admin));   aws->insert_option("formatted", "j", 1); // @@@ used as OPTIONMENU_SELECT_CB (see #559)
223        aws->update_option_menu();
224
225        aws->at("len");
226        aws->create_input_field(admin->len_name(), 8);
227
228        aws->at("type");
229        aws->create_option_menu(admin->type_name(), true);
230        aws->insert_option("dna", "d", "dna");
231        aws->insert_option("rna", "r", "rna");
232        aws->insert_option("pro", "p", "ami");
233        aws->insert_default_option("???", "?", "usr");
234        aws->update_option_menu();
235
236        aws->at("security");
237        aws->callback(makeWindowCallback(ali_checklen_cb, admin)); // @@@ used as OPTIONMENU_SELECT_CB (see #559)
238        aws->create_option_menu(admin->security_name(), true);
239        aws->insert_option("0", "0", 0);
240        aws->insert_option("1", "1", 1);
241        aws->insert_option("2", "2", 2);
242        aws->insert_option("3", "3", 3);
243        aws->insert_option("4", "4", 4);
244        aws->insert_option("5", "5", 5);
245        aws->insert_default_option("6", "6", 6);
246        aws->update_option_menu();
247
248        aws->at("auto_format");
249        aws->callback(makeWindowCallback(never_auto_format_ali_genom_cb, admin)); // @@@ used as OPTIONMENU_SELECT_CB (see #559)
250        aws->create_option_menu(admin->auto_name(), true);
251        aws->insert_default_option("ask", "a", 0);
252        aws->insert_option("always", "", 1);
253        aws->insert_option("never", "", 2);
254        aws->update_option_menu();
255
256        aws->at("rem");
257        aws->create_text_field(admin->remark_name());
258    }
259
260    return admin->get_window();
261}
262
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.