source: branches/help/UNIT_TESTER/run/impexp/conv.EMBL_2_NEXUS.expected

Last change on this file was 7046, checked in by westram, 14 years ago
File size: 6.4 KB
Line 
1#NEXUS
2[! RDP - the Ribosomal Database Project, (Mon Oct 25 12:26:33 2010).]
3[! To get started, send HELP to rdp@info.mcs.anl.gov ]
4BEGIN DATA;
5   DIMENSIONS
6      NTAX =      5
7      NCHAR =   1546
8      ;
9   FORMAT
10      LABELPOS = LEFT
11      MISSING = .
12      EQUATE = "~=.|><"
13      INTERLEAVE
14      DATATYPE = RNA
15      GAP = -
16      ;
17   OPTIONS
18      GAPMODE = MISSING
19      ;
20   MATRIX
21      'AF375552; cattgtcgcg catgaactgc aactgctgag ggatcaggat aatcatccgc [1 - 50]
22      A1MVRNA2   gtttttatct tttcgcgatt gaaaagataa gtttttcagt ttaatctttt
23      'ER781674_ tggcgccgta gatgcagcgc gactggcccg gcttctcggc gtcgaggtac
24      'AY704744_ gcatcgatga agaacgcagc gaaatgcgat aagtaatgtg aattgcagaa
25      'Y15714;'  agagtttgat nngggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg
26
27      'AF375552; agataaatat aactgctaaa aataatacac aaacttacgc aatggcagcc [51 - 100]
28      A1MVRNA2   caatatgttc actcttttga gatgtctcgg attcggtgtt aatgaaccta
29      'ER781674_ tgcgccacgg ccttggcgct ggccacgtcc gggcagacca cgatgctctt
30      'AY704744_ ttcagtgaat catcgaatct ttgaacgcac attgcgccca ttagtattct
31      'Y15714;'  caagtcgagc ggacagacga ggtgcttgca cctctgaagt cagcggcgga
32
33      'AF375552; taaacagcac catgcgtgcc tgatttttgc tcactgatgg caatttgacg [101 - 150]
34      A1MVRNA2   ctaacacttc ctcatcagag tatgttcccg agtattccgt tgaagagatt
35      'ER781674_ gcgtgagccg gcgacgtgga cgatgccctt ggccagttcg atcatcgtct
36      'AY704744_ agtgggcatg cctgttcgag cgtcatttca acccttaagc ttagcttagt
37      'Y15714;'  cgggtgagta acacgtgggt aacctacctg taagactggg ataacttcgg
38
39      'AF375552; gcctaaactt ttagtcagat acgttgttgt ggaggcttga cgcagcaaaa [151 - 200]
40      A1MVRNA2   tccaacgaag tcgctgaact cgattcagtg gatccattat tccaatgtta
41      'ER781674_ ggtcgttggt gatccgggcg gcgatctcgg cgtcggaata gtccttctcg
42      'AY704744_ attgggaatc tgcttaaccg cagctcctta aatctagttg gcagagcaca
43      'Y15714;'  gaaaccggag ctaataccgg ataatatttt ccacctcatg gtggaatagt
44
45      'AF375552; gagatttaaa gccccgcaaa atgtcgctgt ttgagactgg ctttggcatt [201 - 250]
46      A1MVRNA2   caaacatgtt tttgtatcat tgatgctcgt aagaaagatg actcaagctg
47      'ER781674_ ccggcctcgt tctccgccac ggtcagcgtg gagaagtcga tggagacgcg
48      'AY704744_ gctgtactct gagcgtagta attcattatc tcgctttctg aagacagtcg
49      'Y15714;'  gaaagacggt tttgctgtca cttacagatg gacccgcggc gcattagcta
50
51      'AF375552; ttgttaaatt tgagaaagtc ctatggttgt agacgttgat gtagcaaggt [251 - 300]
52      A1MVRNA2   ccgaagactt cctcgagagt tttgggggag a
53      'ER781674_ gacgaacgcc tgcttggcgg ggcagagcca taccgttggc catgcctcac
54      'AY704744_ tacgatagcc acaaactttg catcttgcaa actttttaat ggttgacctc
55      'Y15714;'  gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga
56
57      'AF375552; gtttggacag [301 - 310]
58      A1MVRNA2
59      'ER781674_ aggatgtcgc ggttgaaggc gaggccctgg aacaggttgg ccatcgccac
60      'AY704744_ ggatcaggta ggaatacccg ctgaacttaa gcatatcaat aagcggagga
61      'Y15714;'  gggtgatcgg ccacactggg actgagacac ggcccagact cctacgggag
62
63      'AF375552;
64      A1MVRNA2
65      'ER781674_
66      'AY704744_
67      'Y15714;'  gcagcagtag ggaatcttcc gcaatggacg aaagtctgac ggagcaacgc [351 - 400]
68
69      'AF375552;
70      A1MVRNA2
71      'ER781674_
72      'AY704744_
73      'Y15714;'  cgcgtgagtg aagaaggtct tcggatcgta aaactctgtt gtaagggaag [401 - 450]
74
75      'AF375552;
76      A1MVRNA2
77      'ER781674_
78      'AY704744_
79      'Y15714;'  aacaagtacg ttagtaactg aacgtacctt gacggtacct taccagaaag [451 - 500]
80
81      'AF375552;
82      A1MVRNA2
83      'ER781674_
84      'AY704744_
85      'Y15714;'  ccacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg [501 - 550]
86
87      'AF375552;
88      A1MVRNA2
89      'ER781674_
90      'AY704744_
91      'Y15714;'  ttatccggaa ttattgggcg taaagcgcgc gtaggcggtt tcttaagtct [551 - 600]
92
93      'AF375552;
94      A1MVRNA2
95      'ER781674_
96      'AY704744_
97      'Y15714;'  gatgtgaaag cccccggctc aaccggggag ggtcattgga aactgggaga [601 - 650]
98
99      'AF375552;
100      A1MVRNA2
101      'ER781674_
102      'AY704744_
103      'Y15714;'  cttgagtgca gaagaggaga gtggaattcc atgtgtagcg gtgaaatgcg [651 - 700]
104
105      'AF375552;
106      A1MVRNA2
107      'ER781674_
108      'AY704744_
109      'Y15714;'  cagagatatg gaggaacacc agtggcgaag gcggctctct ggtctgtaac [701 - 750]
110
111      'AF375552;
112      A1MVRNA2
113      'ER781674_
114      'AY704744_
115      'Y15714;'  tgacgctgag gtgcgaaagc gtggggatca aacaggatta gataccctgg [751 - 800]
116
117      'AF375552;
118      A1MVRNA2
119      'ER781674_
120      'AY704744_
121      'Y15714;'  tagtccacgc cgtaaacgat gagtgctaag tgttgggggg tttccgcccc [801 - 850]
122
123      'AF375552;
124      A1MVRNA2
125      'ER781674_
126      'AY704744_
127      'Y15714;'  tcagtgctgc agctaacgca ttaagcactc cgcctgggga gtacggtcgc [851 - 900]
128
129      'AF375552;
130      A1MVRNA2
131      'ER781674_
132      'AY704744_
133      'Y15714;'  aagactgaaa ctcaaaggaa ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca [901 - 950]
134
135      'AF375552;
136      A1MVRNA2
137      'ER781674_
138      'AY704744_
139      'Y15714;'  tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac cttaccaaat cttgacatcc [951 - 1000]
140
141      'AF375552;
142      A1MVRNA2
143      'ER781674_
144      'AY704744_
145      'Y15714;'  tctgacaact ctggagacag agcgttcccc ttcgggggac agagtgacag [1001 - 1050]
146
147      'AF375552;
148      A1MVRNA2
149      'ER781674_
150      'AY704744_
151      'Y15714;'  gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc [1051 - 1100]
152
153      'AF375552;
154      A1MVRNA2
155      'ER781674_
156      'AY704744_
157      'Y15714;'  cgcaacgagc gcaaccctta tctttagttg ccatcattca gttgggcact [1101 - 1150]
158
159      'AF375552;
160      A1MVRNA2
161      'ER781674_
162      'AY704744_
163      'Y15714;'  ctagagagac tgccggtgac aaaccggagg aaggtgggga tgacgtcaaa [1151 - 1200]
164
165      'AF375552;
166      A1MVRNA2
167      'ER781674_
168      'AY704744_
169      'Y15714;'  tcatcatgcc ccttatgatt tgggctacac acgtgctaca atggatggta [1201 - 1250]
170
171      'AF375552;
172      A1MVRNA2
173      'ER781674_
174      'AY704744_
175      'Y15714;'  caaagggcag caaaaccgcg aggtcaagca aatcccataa aaccattctc [1251 - 1300]
176
177      'AF375552;
178      A1MVRNA2
179      'ER781674_
180      'AY704744_
181      'Y15714;'  agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagctgg aatcgctagt [1301 - 1350]
182
183      'AF375552;
184      A1MVRNA2
185      'ER781674_
186      'AY704744_
187      'Y15714;'  aatcgtagat cagcatgcta cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca [1351 - 1400]
188
189      'AF375552;
190      A1MVRNA2
191      'ER781674_
192      'AY704744_
193      'Y15714;'  ccgcccgtca caccacgaga gtttgtaaca cccgaagccg gtggagtaac [1401 - 1450]
194
195      'AF375552;
196      A1MVRNA2
197      'ER781674_
198      'AY704744_
199      'Y15714;'  ctttacagga gctagccgtc gaaggtggga cagatgattg gggtgaagtc [1451 - 1500]
200
201      'AF375552;
202      A1MVRNA2
203      'ER781674_
204      'AY704744_
205      'Y15714;'  gtaacaaggt agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc tccttt [1501 - 1546]
206      ;
207ENDBLOCK;
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.