source: branches/items/ARB_GDE/GDE_global.cxx

Last change on this file was 12457, checked in by westram, 11 years ago
  • reintegrates 'fix' into 'trunk'
    • fixes
      • hotfix [12443], by fixing scope of GDE_startaction_cb's locals
      • GBT_get_alignment…
      • GDE_export (when nothing to export)
    • kicks 3k to void
  • adds:
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 4.1 KB
Line 
1// ================================================================ //
2//                                                                  //
3//   File      : GDE_global.cxx                                     //
4//   Purpose   : Global data for GDE interface                      //
5//                                                                  //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)        //
7//   http://www.arb-home.de/                                        //
8//                                                                  //
9// ================================================================ //
10
11int  DataType;
12int  FileFormat;
13char FileName[80];
14
15// Months of the year
16const char *GDEmonth[] = {
17    "-JAN-", "-FEB-", "-MAR-", "-APR-", "-MAY-", "-JUN-",
18    "-JUL-", "-AUG-", "-SEP-", "-OCT-", "-NOV-", "-DEC-"
19};
20
21// Tables for DNA/RNA <--> ASCII translation
22int Default_RNA_Trans[128] = {
23    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper
24    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lower
25    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper select
26    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lwr select
27    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
28    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
29    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
30    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
31};
32
33int Default_DNA_Trans[128] = {
34    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper
35    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lower
36    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper select
37    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lwr select
38    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
39    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
40    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
41    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
42};
43
44int Default_NA_RTrans[128] = {
45    0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
46    0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x10, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
47    // Upper case alpha
48    0x01, 0xe, 0x02, 0x0d, 0, 0, 0x04, 0x0b, 0, 0, 0x0c, 0, 0x03, 0x0f, 0, 0, 0, 0x05, 0x06, 0x08,
49    0x08, 0x07, 0x09, 0x0f, 0xa, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
50    // Lower case alpha
51    0x11, 0x1e, 0x12, 0x1d, 0, 0, 0x14, 0x1b, 0, 0, 0x1c, 0, 0x13, 0x1f, 0, 0, 0, 0x15, 0x16, 0x18,
52    0x18, 0x17, 0x19, 0x1f, 0x1a, 0, 0, 0, 0, 0x10, 0
53};
54
55
56// Character->color lookup table
57
58int Default_NAColor_LKUP[128] = {
59    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
60    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
61    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
62    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
63    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
64    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
65    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
66    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13
67};
68
69int Default_PROColor_LKUP[128] = {
70    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
71    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
72    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
73    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
74    12, 2, 8, 3, 8, 8, 6, 2, 4, 5, 12, 4, 5, 5, 8, 12, 2,
75    8, 4, 2, 2, 12, 5, 6, 12, 6, 8, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
76    2, 8, 3, 8, 8, 6, 2, 4, 5, 12, 4, 5, 5, 8, 12, 2,
77    8, 4, 2, 2, 12, 5, 6, 12, 6, 8, 12, 12, 12, 12, 12
78};
79
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.