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Line 
1#define DEFAULTGOP_N -1530
2#define DEFAULTGEP_N  0
3#define DEFAULTOFS_N -123
4#define DEFAULTPAMN  200
5
6#define DEFAULTRNAGOP_N -1530
7#define DEFAULTRNAGEP_N 0
8#define DEFAULTRNATHR_N 0
9
10//  -h 0.11150 -> all positive
11
12double ribosum4[4][4] = 
13{
14//   a       g       c       t     
15{    2.22,  -1.46,  -1.86,  -1.39, }, // a
16{   -1.46,   1.03,  -2.48,  -1.74, }, // g
17{   -1.86,  -2.48,   1.16,  -1.05, }, // c
18{   -1.39,  -1.74,  -1.05,   1.65, }, // t
19};
20
21double ribosum16[16][16] = 
22{
23//   aa      ag      ac      at      ga      gg      gc      gt      ca      cg      cc      ct      ta      tg      tc      tt   
24{   -2.49,  -8.24,  -7.04,  -4.32,  -6.86,  -8.39,  -5.03,  -5.84,  -8.84,  -4.68, -14.37, -12.64,  -4.01,  -6.16, -11.32,  -9.05, }, // aa
25{   -8.24,  -0.80,  -8.89,  -5.13,  -8.61,  -5.38,  -5.77,  -6.60, -10.41,  -4.57, -14.53, -10.14,  -5.43,  -5.94,  -8.87, -11.07, }, // ag
26{   -7.04,  -8.89,  -2.11,  -2.04,  -9.73, -11.05,  -3.81,  -4.72,  -9.37,  -5.86,  -9.08, -10.45,  -5.33,  -6.93,  -8.67,  -7.83, }, // ac
27{   -4.32,  -5.13,  -2.04,   4.49,  -5.33,  -5.61,   2.70,   0.59,  -5.56,   1.67,  -6.71,  -5.17,   1.61,  -0.51,  -4.81,  -2.98, }, // at
28{   -6.86,  -8.61,  -9.73,  -5.33,  -1.05,  -8.67,  -4.88,  -6.10,  -7.98,  -6.00, -12.43,  -7.71,  -5.85,  -7.55,  -6.63, -11.54, }, // ga
29{   -8.39,  -5.38, -11.05,  -5.61,  -8.67,  -1.98,  -4.13,  -5.77, -11.36,  -4.66, -12.58, -13.69,  -5.75,  -4.27, -12.01, -10.79, }, // gg
30{   -5.03,  -5.77,  -3.81,   2.70,  -4.88,  -4.13,   5.62,   1.21,  -5.95,   2.11,  -3.70,  -5.84,   1.60,  -0.08,  -4.49,  -3.90, }, // gc
31{   -5.84,  -6.60,  -4.72,   0.59,  -6.10,  -5.77,   1.21,   3.47,  -7.93,  -0.27,  -7.88,  -5.61,  -0.57,  -2.09,  -5.30,  -4.45, }, // gt
32{   -8.84, -10.41,  -9.37,  -5.56,  -7.98, -11.36,  -5.95,  -7.93,  -5.13,  -3.57, -10.45,  -8.49,  -2.42,  -5.63,  -7.08,  -8.39, }, // ca
33{   -4.68,  -4.57,  -5.86,   1.67,  -6.00,  -4.66,   2.11,  -0.27,  -3.57,   5.36,  -5.71,  -4.96,   2.75,   1.32,  -4.91,  -3.67, }, // cg
34{  -14.37, -14.53,  -9.08,  -6.71, -12.43, -12.58,  -3.70,  -7.88, -10.45,  -5.71,  -3.59,  -5.77,  -6.88,  -8.41,  -7.40,  -5.41, }, // cc
35{  -12.64, -10.14, -10.45,  -5.17,  -7.71, -13.69,  -5.84,  -5.61,  -8.49,  -4.96,  -5.77,  -2.28,  -4.72,  -7.36,  -3.83,  -5.21, }, // ct
36{   -4.01,  -5.43,  -5.33,   1.61,  -5.85,  -5.75,   1.60,  -0.57,  -2.42,   2.75,  -6.88,  -4.72,   4.97,   1.14,  -2.98,  -3.39, }, // ta
37{   -6.16,  -5.94,  -6.93,  -0.51,  -7.55,  -4.27,  -0.08,  -2.09,  -5.63,   1.32,  -8.41,  -7.36,   1.14,   3.36,  -4.76,  -4.28, }, // tg
38{  -11.32,  -8.87,  -8.67,  -4.81,  -6.63, -12.01,  -4.49,  -5.30,  -7.08,  -4.91,  -7.40,  -3.83,  -2.98,  -4.76,  -3.21,  -5.97, }, // tc
39{   -9.05, -11.07,  -7.83,  -2.98, -11.54, -10.79,  -3.90,  -4.45,  -8.39,  -3.67,  -5.41,  -5.21,  -3.39,  -4.28,  -5.97,  -0.02, }, // tt
40};
41
42int locpenaltyn = -1750;
43char locaminon[] = "agctuAGCTUnNbdhkmnrsvwyx-O";
44char locgrpn[] = 
45{
46        0, 1, 2, 3, 3, 0, 1, 2, 3, 3,
47        4, 4, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 
48        5, 5, 5, 5, 5, 5 
49};
50int exgpn = +00;
51int locn_disn[26][26] = 
52/* u ha constants.c no nakade shori */
53/* 0 - 4 dake yomareru.             */
54        {
55                {
56  1000,   600,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
57     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
58     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
59                },
60
61                {
62   600,  1000,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
63     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
64     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
65                },
66
67                {
68     0,     0,  1000,   600,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
69     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
70     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
71                },
72
73                {
74     0,     0,   600,  1000,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
75     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
76     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
77                },
78
79                {
80     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
81     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
82     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
83                },
84
85                {
86     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
87     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
88     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
89                },
90
91                {
92     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
93     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
94     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
95                },
96
97                {
98     0,   500,   500,     0,     0,     0,   500,   500,     0,     0,
99     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
100     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
101                },
102
103                {
104     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
105     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
106     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
107                },
108
109                {
110     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
111     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
112     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
113                },
114
115                {
116     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
117     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
118     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
119                },
120
121                {
122     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
123     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
124     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
125                },
126
127                {
128     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
129     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
130     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
131                },
132
133                {
134     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
135     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
136     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
137                },
138
139                {
140     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
141     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
142     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
143                },
144
145                {
146     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
147     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
148     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
149                },
150
151                {
152     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
153     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
154     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
155                },
156
157                {
158     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
159     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
160     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
161                },
162
163                {
164     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
165     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
166     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
167                },
168
169                {
170     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
171     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
172     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
173                },
174
175                {
176    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
177    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
178    0,    0,    0,    0,    0, -500,
179                },
180
181                {
182    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
183    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
184    0,    0,    0,    0,    0, -500,
185                },
186
187                {
188    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
189    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
190    0,    0,    0,    0,    0, -500,
191                },
192
193                {
194    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
195    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
196    0,    0,    0,    0,    0, -500,
197                },
198
199                {
200    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
201    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
202    0,    0,    0,    0,    0,    0,
203                },
204
205                {
206 -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500,
207 -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500,
208 -500, -500, -500, -500,    0,  500,
209                },
210     };
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