Context Navigation

blosum.c

Visit:

Last change on this file was 10371, checked in by aboeckma, 11 years ago
updated mafft version. Added extensions (no svn ignore, yet)
File size: 12.8 KB

Line
1	#define DEFAULTGOP_B -1530
2	#define DEFAULTGEP_B -00
3	#define DEFAULTOFS_B -123 /* +10 -- -50 teido ka ? */
4
5	void BLOSUMmtx( int n, double *matrix, double freq, char amino, char amino_grp )
6	{
7	/*
8	char locaminod[26] = "GASTPLIMVDNEQFYWKRHCXXX.-U";
9	*/
10	// char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-U";
11	char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-J";
12	char locgrpd[] =
13	{
14	0, 3, 2, 2, 5, 2, 2, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 4, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 2, 2,
15	6, 6, 6, 1,
16	};
17	double freqd[20] =
18	{
19	0.077,
20	0.051,
21	0.043,
22	0.052,
23	0.020,
24	0.041,
25	0.062,
26	0.074,
27	0.023,
28	0.052,
29	0.091,
30	0.059,
31	0.024,
32	0.040,
33	0.051,
34	0.069,
35	0.059,
36	0.014,
37	0.032,
38	0.066,
39	};
40
41	double tmpmtx30[] =
42	{
43	4,
44	-1, 8,
45	0, -2, 8,
46	0, -1, 1, 9,
47	-3, -2, -1, -3, 17,
48	1, 3, -1, -1, -2, 8,
49	0, -1, -1, 1, 1, 2, 6,
50	0, -2, 0, -1, -4, -2, -2, 8,
51	-2, -1, -1, -2, -5, 0, 0, -3, 14,
52	0, -3, 0, -4, -2, -2, -3, -1, -2, 6,
53	-1, -2, -2, -1, 0, -2, -1, -2, -1, 2, 4,
54	0, 1, 0, 0, -3, 0, 2, -1, -2, -2, -2, 4,
55	1, 0, 0, -3, -2, -1, -1, -2, 2, 1, 2, 2, 6,
56	-2, -1, -1, -5, -3, -3, -4, -3, -3, 0, 2, -1, -2, 10,
57	-1, -1, -3, -1, -3, 0, 1, -1, 1, -3, -3, 1, -4, -4, 11,
58	1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, -2, 0, -2, -1, -1, 4,
59	1, -3, 1, -1, -2, 0, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, -2, 0, 2, 5,
60	-5, 0, -7, -4, -2, -1, -1, 1, -5, -3, -2, -2, -3, 1, -3, -3, -5, 20,
61	-4, 0, -4, -1, -6, -1, -2, -3, 0, -1, 3, -1, -1, 3, -2, -2, -1, 5, 9,
62	1, -1, -2, -2, -2, -3, -3, -3, -3, 4, 1, -2, 0, 1, -4, -1, 1, -3, 1, 5,
63	0, -2, 4, 5, -2, -1, 0, 0, -2, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 0, -5, -3, -2, 5,
64	0, 0, -1, 0, 0, 4, 5, -2, 0, -3, -1, 1, -1, -4, 0, -1, -1, -1, -2, -3, 0, 4,
65	0, -1, 0, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, -1, 0, -1,
66	};
67
68	double tmpmtx45[] =
69	{
70	5,
71	-2, 7,
72	-1, 0, 6,
73	-2, -1, 2, 7,
74	-1, -3, -2, -3, 12,
75	-1, 1, 0, 0, -3, 6,
76	-1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
77	0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 7,
78	-2, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -2, 10,
79	-1, -3, -2, -4, -3, -2, -3, -4, -3, 5,
80	-1, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -3, -2, 2, 5,
81	-1, 3, 0, 0, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -3, 5,
82	-1, -1, -2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, 2, 2, -1, 6,
83	-2, -2, -2, -4, -2, -4, -3, -3, -2, 0, 1, -3, 0, 8,
84	-1, -2, -2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 9,
85	1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -1, 4,
86	0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 2, 5,
87	-2, -2, -4, -4, -5, -2, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, -3, 15,
88	-2, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 3, -3, -2, -1, 3, 8,
89	0, -2, -3, -3, -1, -3, -3, -3, -3, 3, 1, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -3, -1, 5,
90	};
91	double tmpmtx50[] =
92	{
93	5,
94	-2, 7,
95	-1, -1, 7,
96	-2, -2, 2, 8,
97	-1, -4, -2, -4, 13,
98	-1, 1, 0, 0, -3, 7,
99	-1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
100	0, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 8,
101	-2, 0, 1, -1, -3, 1, 0, -2, 10,
102	-1, -4, -3, -4, -2, -3, -4, -4, -4, 5,
103	-2, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -4, -3, 2, 5,
104	-1, 3, 0, -1, -3, 2, 1, -2, 0, -3, -3, 6,
105	-1, -2, -2, -4, -2, 0, -2, -3, -1, 2, 3, -2, 7,
106	-3, -3, -4, -5, -2, -4, -3, -4, -1, 0, 1, -4, 0, 8,
107	-1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -4, -1, -3, -4, 10,
108	1, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -3, 0, -2, -3, -1, 5,
109	0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 2, 5,
110	-3, -3, -4, -5, -5, -1, -3, -3, -3, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -4, -3, 15,
111	-2, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, 0, 4, -3, -2, -2, 2, 8,
112	0, -3, -3, -4, -1, -3, -3, -4, -4, 4, 1, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -3, -1, 5,
113	};
114	double tmpmtx62[] =
115	{
116	6,
117	-2, 8,
118	-2, -1, 8,
119	-3, -2, 2, 9,
120	-1, -5, -4, -5, 13,
121	-1, 1, 0, 0, -4, 8,
122	-1, 0, 0, 2, -5, 3, 7,
123	0, -3, -1, -2, -4, -3, -3, 8,
124	-2, 0, 1, -2, -4, 1, 0, -3, 11,
125	-2, -4, -5, -5, -2, -4, -5, -6, -5, 6,
126	-2, -3, -5, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 2, 6,
127	-1, 3, 0, -1, -5, 2, 1, -2, -1, -4, -4, 7,
128	-1, -2, -3, -5, -2, -1, -3, -4, -2, 2, 3, -2, 8,
129	-3, -4, -4, -5, -4, -5, -5, -5, -2, 0, 1, -5, 0, 9,
130	-1, -3, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -4, -2, -4, -5, 11,
131	2, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -4, -4, 0, -2, -4, -1, 6,
132	0, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -1, -1, -3, -2, 2, 7,
133	-4, -4, -6, -6, -3, -3, -4, -4, -4, -4, -2, -4, -2, 1, -5, -4, -4, 16,
134	-3, -3, -3, -5, -4, -2, -3, -5, 3, -2, -2, -3, -1, 4, -4, -3, -2, 3, 10,
135	0, -4, -4, -5, -1, -3, -4, -5, -5, 4, 1, -3, 1, -1, -4, -2, 0, -4, -2, 6,
136	};
137	double tmpmtx80[] =
138	{
139	7,
140	-3, 9,
141	-3, -1, 9,
142	-3, -3, 2, 10,
143	-1, -6, -5, -7, 13,
144	-2, 1, 0, -1, -5, 9,
145	-2, -1, -1, 2, -7, 3, 8,
146	0, -4, -1, -3, -6, -4, -4, 9,
147	-3, 0, 1, -2, -7, 1, 0, -4, 12,
148	-3, -5, -6, -7, -2, -5, -6, -7, -6, 7,
149	-3, -4, -6, -7, -3, -4, -6, -7, -5, 2, 6,
150	-1, 3, 0, -2, -6, 2, 1, -3, -1, -5, -4, 8,
151	-2, -3, -4, -6, -3, -1, -4, -5, -4, 2, 3, -3, 9,
152	-4, -5, -6, -6, -4, -5, -6, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 10,
153	-1, -3, -4, -3, -6, -3, -2, -5, -4, -5, -5, -2, -4, -6, 12,
154	2, -2, 1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -4, -4, -1, -3, -4, -2, 7,
155	0, -2, 0, -2, -2, -1, -2, -3, -3, -2, -3, -1, -1, -4, -3, 2, 8,
156	-5, -5, -7, -8, -5, -4, -6, -6, -4, -5, -4, -6, -3, 0, -7, -6, -5, 16,
157	-4, -4, -4, -6, -5, -3, -5, -6, 3, -3, -2, -4, -3, 4, -6, -3, -3, 3, 11,
158	-1, -4, -5, -6, -2, -4, -4, -6, -5, 4, 1, -4, 1, -2, -4, -3, 0, -5, -3, 7,
159	};
160	double tmpmtx0[] =
161	{
162	2.4,
163	-0.6, 4.7,
164	-0.3, 0.3, 3.8,
165	-0.3, -0.3, 2.2, 4.7,
166	0.5, -2.2, -1.8, -3.2, 11.5,
167	-0.2, 1.5, 0.7, 0.9, -2.4, 2.7,
168	0.0, 0.4, 0.9, 2.7, -3.0, 1.7, 3.6,
169	0.5, -1.0, 0.4, 0.1, -2.0, -1.0, -0.8, 6.6,
170	-0.8, 0.6, 1.2, 0.4, -1.3, 1.2, 0.4, -1.4, 6.0,
171	-0.8, -2.4, -2.8, -3.8, -1.1, -1.9, -2.7, -4.5, -2.2, 4.0,
172	-1.2, -2.2, -3.0, -4.0, -1.5, -1.6, -2.8, -4.4, -1.9, 2.8, 4.0,
173	-0.4, 2.7, 0.8, 0.5, -2.8, 1.5, 1.2, -1.1, 0.6, -2.1, -2.1, 3.2,
174	-0.7, -1.7, -2.2, -3.0, -0.9, -1.0, -2.0, -3.5, -1.3, 2.5, 2.8, -1.4, 4.3,
175	-2.3, -3.2, -3.1, -4.5, -0.8, -2.6, -3.9, -5.2, -0.1, 1.0, 2.0, -3.3, 1.6, 7.0,
176	0.3, -0.9, -0.9, -0.7, -3.1, -0.2, -0.5, -1.6, -1.1, -2.6, -2.3, -0.6, -2.4, -3.8, 7.6,
177	1.1, -0.2, 0.9, 0.5, 0.1, 0.2, 0.2, 0.4, -0.2, -1.8, -2.1, 0.1, -1.4, -2.8, 0.4, 2.2,
178	0.6, -0.2, 0.5, 0.0, -0.5, 0.0, -0.1, -1.1, -0.3, -0.6, -1.3, 0.1, -0.6, -2.2, 0.1, 1.5, 2.5,
179	-3.6, -1.6, -3.6, -5.2, -1.0, -2.7, -4.3, -4.0, -0.8, -1.8, -0.7, -3.5, -1.0, 3.6, -5.0, -3.3, -3.5, 14.2,
180	-2.2, -1.8, -1.4, -2.8, -0.5, -1.7, -2.7, -4.0, 2.2, -0.7, 0.0, -2.1, -0.2, 5.1, -3.1, -1.9, -1.9, 4.1, 7.8,
181	0.1, -2.0, -2.2, -2.9, 0.0, -1.5, -1.9, -3.3, -2.0, 3.1, 1.8, -1.7, 1.6, 0.1, -1.8, -1.0, 0.0, -2.6, -1.1, 3.4,
182	};
183
184	int i, j, count;
185	double av;
186	double *tmpmtx;
187
188	if( n == 30 ) tmpmtx = tmpmtx30;
189	else if( n == 45 ) tmpmtx = tmpmtx45;
190	else if( n == 50 ) tmpmtx = tmpmtx50;
191	else if( n == 62 ) tmpmtx = tmpmtx62;
192	else if( n == 80 ) tmpmtx = tmpmtx80;
193	else if( n == 0 ) tmpmtx = tmpmtx0;
194	else if( n == -1 ) tmpmtx = loadaamtx();
195	else
196	{
197	fprintf( stderr, "blosum %d ?\n", n );
198	exit( 1 );
199	}
200
201	count = 0;
202	for( i=0; i<20; i++ )
203	{
204	for( j=0; j<=i; j++ )
205	{
206	matrix[i][j] = matrix[j][i] = (double)tmpmtx[count++];
207	}
208	}
209	if( n == -1 && tmpmtx[400] != -1.0 )
210	{
211	for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = tmpmtx[400+i];
212	av = 0.0;
213	for( i=0; i<20; i++ ) av += freq[i];
214	for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] /= av;
215	}
216	else
217	for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = freqd[i];
218
219	#if 0
220	av = 0.0;
221	for( i=0; i<20; i++ )
222	av += matrix[i][i];
223	av /= 20;
224	fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
225
226	for( i=0; i<20; i++ ) for( j=0; j<20; j++ )
227	matrix[i][j] /= av;
228
229	av = wav = 0;
230	count = 0;
231	wcount = 0.0;
232	tmptmp = 0.0;
233	for( i=0; i<20; i++ )
234	{
235	fprintf( stdout, "freq[%d] = %f\n", i, freq[i] );
236	tmptmp += freq[i];
237	for( j=0; j<20; j++ )
238	{
239	av += matrix[i][j];
240	wav += freq[i] * freq[j] * matrix[i][j];
241	count++;
242	wcount += freq[i] * freq[j];
243	}
244	}
245
246	av /= count;
247	wav /= wcount;
248	fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
249	fprintf( stdout, "wav = %f\n", wav );
250	fprintf( stdout, "wcount = %f\n", wcount );
251	fprintf( stdout, "tmptmp = %f\n", tmptmp );
252
253	for( i=0; i<20; i++ )
254	{
255	for( j=0; j<=i; j++ )
256	{
257	fprintf( stderr, "## %d-%d, %f\n", i, j, matrix[i][j] );
258	}
259	}
260
261	exit( 1 );
262	#endif
263
264	for( i=0; i<26; i++ ) amino[i] = locaminod[i];
265	for( i=0; i<26; i++ ) amino_grp[(int)amino[i]] = locgrpd[i];
266	}

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

Context Navigation

source: branches/items/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/blosum.c

Download in other formats: