source: branches/items/GDE/PROBCONS/probcons/Makefile

Last change on this file was 18729, checked in by westram, 3 years ago
  • eliminate trailing whitespace from Makefiles.
File size: 2.2 KB
Line 
1################################################################################
2# Makefile for probcons
3# Modified for ARB by Arne Boeckmann (aboeckma@mpi-bremen.de)
4################################################################################
5
6################################################################################
7# 1) Choose C++ compiler.
8################################################################################
9
10CXX = $(A_CXX)
11
12################################################################################
13# 2) Set C++ flags.
14#    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
15#    b) PROFILE mode -- for gprof
16#    c) RELEASE mode
17################################################################################
18
19OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=2 -DVERSION="1.12"
20
21# debug mode
22#CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)
23
24# profile mode
25#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)
26
27# release mode
28#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer
29#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
30CXXFLAGS = -O3 -w -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
31
32################################################################################
33# 3) Dependencies
34################################################################################
35
36TARGETS = probcons compare project makegnuplot
37
38.PHONY : all
39all : $(TARGETS)
40
41probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
42        $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc
43
44compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc
45        $(CXX) $(CXXFLAGS) -o compare CompareToRef.cc
46
47fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc
48        $(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc
49
50project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc
51        $(CXX) $(CXXFLAGS) -o project ProjectPairwise.cc
52
53makegnuplot : MakeGnuPlot.cc
54        $(CXX) $(CXXFLAGS) -o makegnuplot MakeGnuPlot.cc
55
56.PHONY : clean
57clean:
58        rm -f $(TARGETS)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.