| 1 | // =============================================================== // |
|---|
| 2 | // // |
|---|
| 3 | // File : adRevCompl.cxx // |
|---|
| 4 | // Purpose : reverse / complement nucleotide sequences // |
|---|
| 5 | // // |
|---|
| 6 | // Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in January 2001 // |
|---|
| 7 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
|---|
| 8 | // http://www.arb-home.de/ // |
|---|
| 9 | // // |
|---|
| 10 | // =============================================================== // |
|---|
| 11 | |
|---|
| 12 | #include "arbdbt.h" |
|---|
| 13 | #include <cctype> |
|---|
| 14 | |
|---|
| 15 | static char GBT_complementNucleotide(char c, char T_or_U) { |
|---|
| 16 | char n = c; |
|---|
| 17 | |
|---|
| 18 | switch (c) { |
|---|
| 19 | case 'A': n = T_or_U; break; // A <-> TU |
|---|
| 20 | case 'a': n = tolower(T_or_U); break; |
|---|
| 21 | case 'U': |
|---|
| 22 | case 'T': n = 'A'; break; |
|---|
| 23 | case 'u': |
|---|
| 24 | case 't': n = 'a'; break; |
|---|
| 25 | |
|---|
| 26 | case 'C': n = 'G'; break; // C <-> G |
|---|
| 27 | case 'c': n = 'g'; break; |
|---|
| 28 | case 'G': n = 'C'; break; |
|---|
| 29 | case 'g': n = 'c'; break; |
|---|
| 30 | |
|---|
| 31 | case 'M': n = 'K'; break; // M=A/C <-> TU/G=K |
|---|
| 32 | case 'm': n = 'k'; break; |
|---|
| 33 | case 'K': n = 'M'; break; |
|---|
| 34 | case 'k': n = 'm'; break; |
|---|
| 35 | |
|---|
| 36 | case 'R': n = 'Y'; break; // R=A/G <-> TU/C=Y |
|---|
| 37 | case 'r': n = 'y'; break; |
|---|
| 38 | case 'Y': n = 'R'; break; |
|---|
| 39 | case 'y': n = 'r'; break; |
|---|
| 40 | |
|---|
| 41 | case 'V': n = 'B'; break; // V=A/C/G <-> TU/G/C=B |
|---|
| 42 | case 'v': n = 'b'; break; |
|---|
| 43 | case 'B': n = 'V'; break; |
|---|
| 44 | case 'b': n = 'v'; break; |
|---|
| 45 | |
|---|
| 46 | case 'H': n = 'D'; break; // H=A/C/TU <-> TU/G/A=D |
|---|
| 47 | case 'h': n = 'd'; break; |
|---|
| 48 | case 'D': n = 'H'; break; |
|---|
| 49 | case 'd': n = 'h'; break; |
|---|
| 50 | |
|---|
| 51 | case 'S': // S = C/G <-> G/C=S |
|---|
| 52 | case 's': |
|---|
| 53 | case 'W': // W = A/TU <-> TU/A=W |
|---|
| 54 | case 'w': |
|---|
| 55 | case 'N': // N = A/C/G/TU |
|---|
| 56 | case 'n': |
|---|
| 57 | case '.': |
|---|
| 58 | case '-': break; |
|---|
| 59 | |
|---|
| 60 | default: break; |
|---|
| 61 | } |
|---|
| 62 | |
|---|
| 63 | return n; |
|---|
| 64 | } |
|---|
| 65 | |
|---|
| 66 | char *GBT_reverseNucSequence(const char *s, int len) { |
|---|
| 67 | char *n = ARB_alloc<char>(len+1); |
|---|
| 68 | len--; |
|---|
| 69 | |
|---|
| 70 | int p; |
|---|
| 71 | for (p=0; len>=0; p++, len--) { |
|---|
| 72 | n[p] = s[len]; |
|---|
| 73 | } |
|---|
| 74 | n[p] = 0; |
|---|
| 75 | |
|---|
| 76 | return n; |
|---|
| 77 | } |
|---|
| 78 | char *GBT_complementNucSequence(const char *s, int len, char T_or_U) { |
|---|
| 79 | char *n = ARB_alloc<char>(len+1); |
|---|
| 80 | int p; |
|---|
| 81 | |
|---|
| 82 | for (p=0; p<len; p++) { |
|---|
| 83 | n[p] = GBT_complementNucleotide(s[p], T_or_U); |
|---|
| 84 | } |
|---|
| 85 | n[p] = 0; |
|---|
| 86 | |
|---|
| 87 | return n; |
|---|
| 88 | } |
|---|
| 89 | |
|---|
| 90 | NOT4PERL GB_ERROR GBT_determine_T_or_U(GB_alignment_type alignment_type, char *T_or_U, const char *supposed_target) { |
|---|
| 91 | switch (alignment_type) { |
|---|
| 92 | case GB_AT_RNA: *T_or_U = 'U'; break; |
|---|
| 93 | case GB_AT_DNA: *T_or_U = 'T'; break; |
|---|
| 94 | default: { |
|---|
| 95 | *T_or_U = 0; |
|---|
| 96 | return GBS_global_string("%s not available for alignment-type", supposed_target); |
|---|
| 97 | } |
|---|
| 98 | } |
|---|
| 99 | return NULp; |
|---|
| 100 | } |
|---|
| 101 | |
|---|
| 102 | NOT4PERL void GBT_reverseComplementNucSequence(char *seq, long length, char T_or_U) { |
|---|
| 103 | long i, l; |
|---|
| 104 | for (i=0, l=length-1; i <= l; i++, l--) { |
|---|
| 105 | char c = seq[i]; |
|---|
| 106 | |
|---|
| 107 | seq[i] = GBT_complementNucleotide(seq[l], T_or_U); |
|---|
| 108 | seq[l] = GBT_complementNucleotide(c, T_or_U); |
|---|
| 109 | } |
|---|
| 110 | } |
|---|
