source: branches/lib/EDIT4/ED4_no_class.cxx

Last change on this file was 19218, checked in by westram, 3 years ago
  • rename "select" → "highlight" (part II)
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 86.6 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ED4_no_class.cxx                                  //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include <ed4_extern.hxx>
12
13#include "ed4_awars.hxx"
14#include "ed4_class.hxx"
15#include "ed4_edit_string.hxx"
16#include "ed4_nds.hxx"
17#include "ed4_list.hxx"
18#include "ed4_seq_colors.hxx"
19#include "ed4_flags.hxx"
20
21#include <iupac.h>
22#include <consensus_config.h>
23#include <item_sel_list.h>
24#include <macros.hxx>
25
26#include <awt.hxx>
27#include <awt_config_manager.hxx>
28#include <awt_misc.hxx>
29#include <awt_sel_boxes.hxx>
30
31#include <aw_awars.hxx>
32#include <AW_helix.hxx>
33#include <aw_msg.hxx>
34#include <AW_rename.hxx>
35#include <aw_root.hxx>
36
37#include <ad_config.h>
38
39#include <arb_defs.h>
40#include <arb_global_defs.h>
41#include <arb_progress.h>
42
43#include <cctype>
44#include <limits.h>
45
46#include <vector>
47
48using namespace std;
49
50struct group_folding {
51    int max_depth;    // maximum group level (root-group has level 0)
52    int max_visible;  // max visible group level (even if folded)
53    int max_unfolded; // max visible unfolded group level
54
55    group_folding() :
56        max_depth(0),
57        max_visible(0),
58        max_unfolded(0)
59    {}
60};
61
62static ARB_ERROR update_group_folding(ED4_base *base, group_folding *folding) {
63    if (base->is_group_manager()) {
64        int group_level = base->calc_group_depth()+1;
65        folding->max_depth = std::max(folding->max_depth, group_level);
66
67        bool is_folded = base->has_property(PROP_IS_FOLDED);
68        if (group_level>folding->max_visible || (group_level>folding->max_unfolded && !is_folded)) { // may change other maxima?
69            bool is_visible = !base->is_hidden();
70            if (is_visible) {
71                folding->max_visible = std::max(folding->max_visible, group_level);
72                if (!is_folded) {
73                    folding->max_unfolded = std::max(folding->max_unfolded, group_level);
74                }
75            }
76        }
77    }
78    return NULp;
79}
80
81static void calculate_group_folding(group_folding& folding) {
82    if (ED4_ROOT->main_manager) {
83        ED4_ROOT->main_manager->route_down_hierarchy(makeED4_route_cb(update_group_folding, &folding)).expect_no_error();
84    }
85}
86
87void ED4_calc_terminal_extentions() {
88    ED4_ROOT->recalc_font_group();
89
90    AW_device *device = ED4_ROOT->first_window->get_device(); // any device
91
92    const AW_font_group&  font_group       = ED4_ROOT->font_group;
93    const AW_font_limits& seq_font_limits  = font_group.get_limits(ED4_G_SEQUENCES);
94    const AW_font_limits& seq_equal_limits = device->get_font_limits(ED4_G_SEQUENCES, '=');
95    const AW_font_limits& info_font_limits = font_group.get_limits(ED4_G_STANDARD);
96
97    int info_char_width = info_font_limits.width;
98    int seq_term_descent;
99
100    if (ED4_ROOT->helix->is_enabled() || ED4_ROOT->protstruct) { // display helix ?
101        ED4_ROOT->helix_spacing =
102            seq_equal_limits.ascent // the ascent of '='
103            + ED4_ROOT->helix_add_spacing; // xtra user-defined spacing
104
105        seq_term_descent = ED4_ROOT->helix_spacing;
106    }
107    else {
108        ED4_ROOT->helix_spacing = 0;
109        seq_term_descent  = seq_font_limits.descent;
110    }
111
112    // for wanted_seq_term_height ignore descent, because it additionally allocates 'ED4_ROOT->helix_spacing' space:
113    int wanted_seq_term_height = seq_font_limits.ascent + seq_term_descent + ED4_ROOT->terminal_add_spacing;
114    int wanted_seq_info_height = info_font_limits.get_height() + ED4_ROOT->terminal_add_spacing;
115
116    TERMINAL_HEIGHT = (wanted_seq_term_height>wanted_seq_info_height) ? wanted_seq_term_height : wanted_seq_info_height;
117
118    {
119        group_folding folding;
120        calculate_group_folding(folding);
121
122        int maxbrackets = folding.max_unfolded;
123        int maxchars    = ED4_get_NDS_width();
124
125#if defined(DEBUG)
126        fprintf(stderr, "maxbrackets=%i\n", maxbrackets);
127#endif
128
129        MAXNAME_WIDTH =
130            (maxchars+1+1)*info_char_width + // width defined in NDS window (+ 1 char for marked-box; + 1 extra char to avoid truncation)
131            maxbrackets*BRACKET_WIDTH;       // brackets defined in NDS window
132    }
133
134    {
135        SpeciesFlags& flags     = SpeciesFlags::mutable_instance();
136        int           headerlen = flags.get_header_length();
137
138        if (headerlen) {
139            flags.calculate_header_dimensions(device, ED4_G_FLAG_INFO);
140            FLAG_WIDTH = flags.get_pixel_width();
141        }
142        else {
143            FLAG_WIDTH = 0;
144        }
145    }
146
147    MAXINFO_WIDTH =
148        CHARACTEROFFSET +
149        info_char_width*ED4_ROOT->aw_root->awar(ED4_AWAR_NDS_INFO_WIDTH)->read_int() +
150        1; // + 1 extra char to avoid truncation
151
152    INFO_TERM_TEXT_YOFFSET = info_font_limits.ascent - 1;
153    SEQ_TERM_TEXT_YOFFSET  = seq_font_limits.ascent - 1;
154
155    if (INFO_TERM_TEXT_YOFFSET<SEQ_TERM_TEXT_YOFFSET) INFO_TERM_TEXT_YOFFSET = SEQ_TERM_TEXT_YOFFSET;
156
157#if defined(DEBUG) && 0
158    printf("seq_term_descent = %i\n", seq_term_descent);
159    printf("TERMINAL_HEIGHT  = %i\n", TERMINAL_HEIGHT);
160    printf("MAXNAME_WIDTH    = %i\n", MAXNAME_WIDTH);
161    printf("FLAG_WIDTH       = %i\n", FLAG_WIDTH);
162    printf("MAXINFO_WIDTH    = %i\n", MAXINFO_WIDTH);
163    printf("INFO_TERM_TEXT_YOFFSET= %i\n", INFO_TERM_TEXT_YOFFSET);
164    printf(" SEQ_TERM_TEXT_YOFFSET= %i\n", SEQ_TERM_TEXT_YOFFSET);
165#endif // DEBUG
166}
167
168bool ED4_flag_header_terminal::set_dynamic_size() {
169    return extension.set_size_does_change(WIDTH, FLAG_WIDTH);
170}
171bool ED4_flag_terminal::set_dynamic_size() {
172    return extension.set_size_does_change(WIDTH, FLAG_WIDTH);
173}
174bool ED4_species_name_terminal::set_dynamic_size() {
175    return extension.set_size_does_change(WIDTH, MAXNAME_WIDTH - BRACKET_WIDTH * calc_group_depth());
176}
177bool ED4_sequence_info_terminal::set_dynamic_size() {
178    return extension.set_size_does_change(WIDTH, MAXINFO_WIDTH);
179}
180bool ED4_line_terminal::set_dynamic_size() {
181    // dynamically adapt to ref_terminals
182
183    AW_pos overall_width =
184        TREE_TERMINAL_WIDTH +
185        MAXNAME_WIDTH +
186        ED4_ROOT->ref_terminals.sequence_info()->extension.size[WIDTH] +
187        ED4_ROOT->ref_terminals.sequence()->extension.size[WIDTH];
188
189    return extension.set_size_does_change(WIDTH, overall_width);
190}
191bool ED4_spacer_terminal::set_dynamic_size() {
192    if (!has_property(PROP_DYNA_RESIZE)) return false; // some spacer terminals never change their size (eg. bottom-spacer)
193
194    AW_pos new_height = SPACER_HEIGHT;
195
196    if (parent->is_device_manager()) {
197        if (this == ED4_ROOT->main_manager->get_top_middle_spacer_terminal()) {
198            ED4_terminal *top_middle_line_terminal = ED4_ROOT->main_manager->get_top_middle_line_terminal();
199
200            // top-middle spacer + top-middle line >= font-size (otherwise scrolling relicts!)
201            new_height = TERMINAL_HEIGHT - top_middle_line_terminal->extension.size[HEIGHT];
202        }
203        else {
204            new_height = 1; // use minimal height for other top-group spacers
205        }
206    }
207    else {
208        ED4_manager *grandpa = parent->parent;
209        e4_assert(grandpa);
210
211        if (grandpa->is_group_manager()) {
212            ED4_group_manager *group_man = grandpa->to_group_manager();
213            if (group_man->has_property(PROP_IS_FOLDED)) {
214                if (!AW_root::SINGLETON->awar(ED4_AWAR_CONSENSUS_SHOW)->read_int()) {
215                    new_height = SPACER_NOCONS_HEIGHT;
216                }
217            }
218        }
219    }
220
221    return extension.set_size_does_change(HEIGHT, new_height);
222}
223
224static ARB_ERROR update_extension_size(ED4_base *base) {
225    base->resize_dynamic();
226    return NULp; // doesn't fail
227}
228
229void ED4_resize_all_extensions() { // @@@ pass flag to force resize-request? (eg. for initial-call?)
230    ED4_calc_terminal_extentions();
231
232    // @@@ below calculations have to be done at startup as well (are they done somewhere else or not done?)
233
234    ED4_ROOT->ref_terminals.sequence()->extension.size[HEIGHT]      = TERMINAL_HEIGHT;
235    ED4_ROOT->ref_terminals.sequence_info()->extension.size[HEIGHT] = TERMINAL_HEIGHT;
236    ED4_ROOT->ref_terminals.sequence_info()->extension.size[WIDTH]  = MAXINFO_WIDTH;
237
238    int screenwidth = ED4_ROOT->root_group_man->remap()->shown_sequence_to_screen(MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH);
239    while (1) {
240        ED4_ROOT->ref_terminals.sequence()->extension.size[WIDTH] = ED4_ROOT->font_group.get_width(ED4_G_SEQUENCES) * (screenwidth+3);
241
242        ED4_ROOT->main_manager->route_down_hierarchy(makeED4_route_cb(update_extension_size)).expect_no_error();
243
244        ED4_ROOT->resize_all_requesting_childs(); // Note: may change mapping
245
246        int new_screenwidth = ED4_ROOT->root_group_man->remap()->shown_sequence_to_screen(MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH);
247        if (new_screenwidth == screenwidth) { // mapping did not change
248            break;
249        }
250        screenwidth = new_screenwidth;
251    }
252}
253
254// only needed for editing in consensus:
255static bool track_cursor      = false;
256static long tracked_cursorpos = -1;
257
258static ARB_ERROR call_edit(ED4_base *object, const ED4_work_info *work_info) {
259    // called after editing consensus to edit single sequences
260    GB_ERROR error = NULp;
261
262    if (object->is_species_seq_terminal()) {
263        int expected_prop = PROP_CURSOR_ALLOWED|PROP_ALIGNMENT_DATA;
264
265        if ((object->dynamic_prop & expected_prop) == expected_prop) {
266            ED4_work_info new_work_info;
267
268            new_work_info.event            = work_info->event;
269            new_work_info.char_position    = work_info->char_position;
270            new_work_info.out_seq_position = work_info->out_seq_position;
271            new_work_info.refresh_needed   = false;
272            new_work_info.cursor_jump      = ED4_JUMP_KEEP_VISIBLE;
273            new_work_info.out_string       = NULp;
274            new_work_info.mode             = work_info->mode;
275            new_work_info.rightward        = work_info->rightward;
276            new_work_info.cannot_handle    = false;
277            new_work_info.is_sequence      = work_info->is_sequence;
278            new_work_info.working_terminal = object->to_terminal();
279
280            if (object->get_species_pointer()) {
281                new_work_info.gb_data   = object->get_species_pointer();
282                new_work_info.string    = NULp;
283            }
284            else {
285                new_work_info.gb_data = NULp;
286                new_work_info.string  = object->id; // @@@ looks obsolete (see [8402] for previous code)
287                e4_assert(0); // assume we never come here
288            }
289
290            new_work_info.repeat_count = 1;
291
292            {
293                ED4_Edit_String editString;
294                error = editString.edit(&new_work_info);
295            }
296
297            e4_assert(error || !new_work_info.out_string);
298
299            if (new_work_info.refresh_needed) {
300                object->request_refresh();
301                if (object->is_sequence_terminal()) {
302                    ED4_sequence_terminal *seq_term = object->to_sequence_terminal();
303                    seq_term->results().searchAgain();
304                }
305            }
306
307            if (track_cursor) {
308                if (new_work_info.out_seq_position != work_info->out_seq_position) { // edit command resulted in changed cursor position
309                    tracked_cursorpos = new_work_info.out_seq_position; // use that as new position
310                    track_cursor = false; // further tracking should normally lead to same results (so we skip that here)
311                }
312            }
313        }
314    }
315    return error;
316}
317
318static int get_max_slider_xpos() {
319    const AW_screen_area& rect = current_device()->get_area_size();
320
321    AW_pos x, y;
322    ED4_base *horizontal_link = ED4_ROOT->scroll_links.link_for_hor_slider;
323    horizontal_link->calc_world_coords(&x, &y);
324
325    AW_pos max_xpos = horizontal_link->extension.size[WIDTH] // overall width of virtual scrolling area
326        - (rect.r - x); // minus width of visible scroll-area (== relative width of horizontal scrollbar)
327
328    if (max_xpos<0) max_xpos = 0; // happens when window-content is smaller than window (e.g. if (folded) alignment is narrow)
329    return int(max_xpos+0.5);
330}
331
332static int get_max_slider_ypos() {
333    const AW_screen_area& rect = current_device()->get_area_size();
334
335    AW_pos x, y;
336    ED4_base *vertical_link = ED4_ROOT->scroll_links.link_for_ver_slider;
337    vertical_link->calc_world_coords(&x, &y);
338
339    AW_pos max_ypos = vertical_link->extension.size[HEIGHT] // overall height of virtual scrolling area
340        - (rect.b - y); // minus height of visible scroll-area (== relative height of vertical scrollbar)
341
342    if (max_ypos<0) max_ypos = 0; // happens when window-content is smaller than window (e.g. if ARB_EDIT4 is not filled)
343    return int(max_ypos+0.5);
344}
345
346static void ed4_scroll(AW_window *aww, int xdiff, int ydiff, bool use_scroll_speed) {
347    if (use_scroll_speed) {
348        xdiff = xdiff * ED4_ROOT->aw_root->awar(ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_X)->read_int() / 10;
349        ydiff = ydiff * ED4_ROOT->aw_root->awar(ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_Y)->read_int() / 10;
350    }
351
352    int new_xpos = aww->slider_pos_horizontal + xdiff;
353    int new_ypos = aww->slider_pos_vertical   + ydiff;
354
355    if (xdiff<0) { // scroll left
356        if (new_xpos<0) new_xpos = 0;
357    }
358    else if (xdiff>0) { // scroll right
359        int max_xpos = get_max_slider_xpos();
360        if (max_xpos<0) max_xpos = 0;
361        if (new_xpos>max_xpos) new_xpos = max_xpos;
362    }
363
364    if (ydiff<0) { // scroll up
365        if (new_ypos<0) new_ypos = 0;
366    }
367    else if (ydiff>0) { // scroll down
368        int max_ypos = get_max_slider_ypos();
369        if (max_ypos<0) max_ypos = 0;
370        if (new_ypos>max_ypos) new_ypos = max_ypos;
371    }
372
373    if (new_xpos!=aww->slider_pos_horizontal) {
374        aww->set_horizontal_scrollbar_position(new_xpos);
375        ED4_horizontal_change_cb(aww);
376    }
377
378    if (new_ypos!=aww->slider_pos_vertical) {
379        aww->set_vertical_scrollbar_position(new_ypos);
380        ED4_vertical_change_cb(aww);
381    }
382}
383
384static void scrollHalfPage(bool backwards, bool horizontal) {
385    ED4_window    *e4w          = current_ed4w();
386    AW::Rectangle  scrolledArea = e4w->scrolled_rect.get_window_rect();
387
388    double fdist = horizontal ? scrolledArea.width() : scrolledArea.height();
389    int    dist  = int(fdist/2 + 0.5);
390
391    if (backwards) dist = -dist;
392
393    ed4_scroll(e4w->aww, horizontal ? dist : 0, horizontal ? 0 : dist, false);
394}
395
396static void executeKeystroke(AW_event *event, int repeatCount) {
397    e4_assert(repeatCount>0);
398
399    if (event->keycode == AW_KEY_PGUP || event->keycode == AW_KEY_PGDN) {
400        scrollHalfPage(event->keycode == AW_KEY_PGUP, event->keymodifier & AW_KEYMODE_ALT);
401    }
402    else if (event->keycode!=AW_KEY_NONE) {
403        ED4_cursor *cursor = &current_cursor();
404        if (cursor->owner_of_cursor && !cursor->owner_of_cursor->flag.hidden) {
405            GBDATA *gb_main = ED4_ROOT->get_gb_main();
406            if (event->keycode == AW_KEY_UP || event->keycode == AW_KEY_DOWN ||
407                ((event->keymodifier & AW_KEYMODE_CONTROL) &&
408                 (event->keycode == AW_KEY_HOME || event->keycode == AW_KEY_END)))
409            {
410                GB_transaction ta(gb_main);
411                while (repeatCount--) {
412                    cursor->move_cursor(event);
413                }
414            }
415            else {
416                // @@@ move into separate function?
417
418                ED4_work_info work_info;
419
420                work_info.cannot_handle    = false;
421                work_info.event            = *event;
422                work_info.char_position    = cursor->get_screen_pos();
423                work_info.out_seq_position = cursor->get_sequence_pos();
424                work_info.refresh_needed   = false;
425                work_info.cursor_jump      = ED4_JUMP_KEEP_VISIBLE;
426                work_info.out_string       = NULp;         // nur falls new malloc
427                work_info.repeat_count     = repeatCount;
428
429                ED4_terminal *terminal = cursor->owner_of_cursor;
430                e4_assert(terminal->is_text_terminal());
431
432                work_info.working_terminal = terminal;
433
434                if (terminal->is_sequence_terminal()) {
435                    work_info.mode        = awar_edit_mode;
436                    work_info.rightward   = awar_edit_rightward;
437                    work_info.is_sequence = 1;
438                }
439                else {
440                    work_info.rightward   = true;
441                    work_info.is_sequence = 0;
442
443                    if (terminal->is_pure_text_terminal()) {
444                        work_info.mode = awar_edit_mode;
445                    }
446                    else if (terminal->is_columnStat_terminal()) {
447                        work_info.mode = AD_NOWRITE;
448                    }
449                    else {
450                        e4_assert(0);
451                    }
452                }
453
454                work_info.string  = NULp;
455                work_info.gb_data = NULp;
456
457                if (terminal->get_species_pointer()) {
458                    work_info.gb_data = terminal->get_species_pointer();
459                }
460                else if (terminal->is_columnStat_terminal()) {
461                    work_info.gb_data = terminal->to_columnStat_terminal()->corresponding_sequence_terminal()->get_species_pointer();
462                }
463                else {
464                    e4_assert(terminal->is_consensus_terminal());
465                    ED4_consensus_sequence_terminal *cterm = terminal->to_consensus_sequence_terminal();
466                    work_info.string                      = cterm->temp_cons_seq;
467                }
468
469                ED4_Edit_String editString;
470                ARB_ERROR       error      = NULp;
471
472                GB_push_transaction(gb_main);
473
474                if (terminal->is_consensus_terminal()) {
475                    ED4_consensus_sequence_terminal *cterm         = terminal->to_consensus_sequence_terminal();
476                    ED4_group_manager               *group_manager = terminal->get_parent(LEV_GROUP)->to_group_manager();
477
478                    e4_assert(!cterm->temp_cons_seq);
479                    work_info.string = cterm->temp_cons_seq = group_manager->build_consensus_string();
480
481                    error = editString.edit(&work_info);
482
483                    long wanted_cursorpos = work_info.out_seq_position;
484
485                    work_info.string = NULp;
486
487                    if (work_info.cannot_handle) {
488                        e4_assert(!error); // see ED4_Edit_String::edit()
489
490                        track_cursor      = true;
491                        tracked_cursorpos = -1;
492
493                        error = group_manager->route_down_hierarchy(makeED4_route_cb(call_edit, &work_info));
494                        group_manager->rebuild_consensi(group_manager, ED4_U_UP_DOWN);
495
496                        if (tracked_cursorpos>=0) {
497                            wanted_cursorpos = tracked_cursorpos;
498                        }
499                        track_cursor = false;
500                    }
501
502                    ED4_ROOT->root_group_man->update_remap(); // if mapping is out-of-date, cursor positioning below will misbehave
503                    cursor->jump_sequence_pos(wanted_cursorpos, ED4_JUMP_KEEP_VISIBLE);
504
505                    freenull(cterm->temp_cons_seq);
506                }
507                else {
508                    error = editString.edit(&work_info);
509
510                    ED4_ROOT->root_group_man->update_remap(); // if mapping is out-of-date, cursor positioning below will misbehave
511                    cursor->jump_sequence_pos(work_info.out_seq_position, work_info.cursor_jump);
512                }
513
514                editString.finish_edit();
515
516                if (error) work_info.refresh_needed = true;
517
518                GB_end_transaction_show_error(gb_main, error, aw_message);
519
520                if (work_info.refresh_needed) {
521                    GB_transaction ta(gb_main);
522
523                    terminal->request_refresh();
524                    if (terminal->is_sequence_terminal()) {
525                        ED4_sequence_terminal *seq_term = terminal->to_sequence_terminal();
526                        seq_term->results().searchAgain();
527                    }
528                }
529            }
530        }
531    }
532}
533
534void ED4_remote_event(AW_event *faked_event) { // keystrokes forwarded from SECEDIT
535    ED4_MostRecentWinContext context;
536    executeKeystroke(faked_event, 1);
537}
538
539void ED4_input_cb(AW_window *aww) {
540    AW_event event;
541    static AW_event lastEvent;
542    static int repeatCount;
543
544    ED4_LocalWinContext uses(aww);
545
546    aww->get_event(&event);
547
548
549#if defined(DEBUG) && 0
550    printf("event.type=%i event.keycode=%i event.character='%c' event.keymodifier=%i\n", event.type, event.keycode, event.character, event.keymodifier);
551#endif
552
553    switch (event.type) {
554        case AW_Keyboard_Press: {
555            if (repeatCount==0) { // first key event?
556                lastEvent = event;
557                repeatCount = 1;
558            }
559            else {
560                if (lastEvent.keycode==event.keycode &&
561                    lastEvent.character==event.character &&
562                    lastEvent.keymodifier==event.keymodifier) { // same key as last?
563                    repeatCount++;
564                }
565                else { // other key => execute now
566                    executeKeystroke(&lastEvent, repeatCount);
567                    lastEvent = event;
568                    repeatCount = 1;
569                }
570            }
571
572            if (repeatCount) {
573#if defined(DARWIN) || 1
574                // sth goes wrong with OSX -> always execute keystroke
575                // Xfree 4.3 has problems as well, so repeat counting is disabled completely
576                executeKeystroke(&lastEvent, repeatCount);
577                repeatCount                       = 0;
578#else
579                AW_ProcessEventType nextEventType = ED4_ROOT->aw_root->peek_key_event(aww);
580
581                if (nextEventType!=KEY_RELEASED) { // no key waiting => execute now
582                    executeKeystroke(&lastEvent, repeatCount);
583                    repeatCount = 0;
584                }
585#endif
586            }
587            break;
588        }
589        case AW_Keyboard_Release: {
590            AW_ProcessEventType nextEventType = ED4_ROOT->aw_root->peek_key_event(aww);
591
592            if (nextEventType!=KEY_PRESSED && repeatCount) { // no key follows => execute keystrokes (if any)
593                executeKeystroke(&lastEvent, repeatCount);
594                repeatCount = 0;
595            }
596
597            break;
598        }
599        default: {
600            if (event.button == AW_WHEEL_UP || event.button == AW_WHEEL_DOWN) {
601                if (event.type == AW_Mouse_Press) {
602                    bool horizontal = event.keymodifier & AW_KEYMODE_ALT;
603                    int  direction  = event.button == AW_WHEEL_UP ? -1 : 1;
604
605                    int dx = horizontal ? direction*ED4_ROOT->font_group.get_max_width() : 0;
606                    int dy = horizontal ? 0 : direction*ED4_ROOT->font_group.get_max_height();
607
608                    ed4_scroll(aww, dx, dy, true);
609                }
610                return;
611            }
612
613            if (event.button == AW_BUTTON_MIDDLE) {
614                if (event.type == AW_Mouse_Press) {
615                    ED4_ROOT->scroll_picture.scroll = 1;
616                    ED4_ROOT->scroll_picture.old_y = event.y;
617                    ED4_ROOT->scroll_picture.old_x = event.x;
618                    return;
619                }
620                if (event.type == AW_Mouse_Release) {
621                    ED4_ROOT->scroll_picture.scroll = 0;
622                    return;
623                }
624            }
625
626#if defined(DEBUG) && 0
627            if (event.button==AW_BUTTON_LEFT) {
628                printf("[ED4_input_cb]  type=%i x=%i y=%i ", (int)event.type, (int)event.x, (int)event.y);
629            }
630#endif
631
632            AW_pos win_x = event.x;
633            AW_pos win_y = event.y;
634            current_ed4w()->win_to_world_coords(&(win_x), &(win_y));
635            event.x = (int) win_x;
636            event.y = (int) win_y;
637
638#if defined(DEBUG) && 0
639            if (event.button==AW_BUTTON_LEFT) {
640                printf("-> x=%i y=%i\n", (int)event.type, (int)event.x, (int)event.y);
641            }
642#endif
643
644            GB_transaction ta(ED4_ROOT->get_gb_main());
645            ED4_ROOT->main_manager->event_sent_by_parent(&event, aww);
646            break;
647        }
648    }
649
650    ED4_trigger_instant_refresh();
651}
652
653void ED4_vertical_change_cb(AW_window *aww) {
654    ED4_LocalWinContext uses(aww);
655
656    ED4_window *win = current_ed4w();
657    {
658        GB_transaction ta(ED4_ROOT->get_gb_main());
659
660        int old_slider_pos = win->slider_pos_vertical;
661
662        { // correct slider_pos if necessary
663            int max_slider_ypos = get_max_slider_ypos();
664
665            if (aww->slider_pos_vertical>max_slider_ypos) aww->set_vertical_scrollbar_position(max_slider_ypos);
666            if (aww->slider_pos_vertical<0)               aww->set_vertical_scrollbar_position(0);
667        }
668
669        int slider_diff = aww->slider_pos_vertical - old_slider_pos;
670
671        win->coords.window_upper_clip_point += slider_diff;
672        win->coords.window_lower_clip_point += slider_diff;
673
674        win->scroll_rectangle(0, -slider_diff);
675        win->slider_pos_vertical = aww->slider_pos_vertical;
676    }
677    win->update_window_coords();
678}
679
680void ED4_horizontal_change_cb(AW_window *aww) {
681    ED4_LocalWinContext uses(aww);
682
683    ED4_window *win = current_ed4w();
684    {
685        GB_transaction ta(ED4_ROOT->get_gb_main());
686
687        int old_slider_pos = win->slider_pos_horizontal;
688
689        { // correct slider_pos if necessary
690            int max_slider_xpos = get_max_slider_xpos();
691
692            if (aww->slider_pos_horizontal>max_slider_xpos) aww->set_horizontal_scrollbar_position(max_slider_xpos);
693            if (aww->slider_pos_horizontal<0)               aww->set_horizontal_scrollbar_position(0);
694        }
695
696        int slider_diff = aww->slider_pos_horizontal - old_slider_pos;
697
698        win->coords.window_left_clip_point  += slider_diff;
699        win->coords.window_right_clip_point += slider_diff;
700
701        win->scroll_rectangle(-slider_diff, 0);
702        win->slider_pos_horizontal = aww->slider_pos_horizontal;
703    }
704    win->update_window_coords();
705}
706
707void ED4_scrollbar_change_cb(AW_window *aww) {
708    ED4_LocalWinContext uses(aww);
709
710    ED4_window *win = current_ed4w();
711    {
712        GB_transaction ta(ED4_ROOT->get_gb_main());
713
714
715        int old_hslider_pos = win->slider_pos_horizontal;
716        int old_vslider_pos = win->slider_pos_vertical;
717
718        {
719            // correct slider_pos if necessary
720            int max_slider_xpos = get_max_slider_xpos();
721            int max_slider_ypos = get_max_slider_ypos();
722
723            if (aww->slider_pos_horizontal>max_slider_xpos) aww->set_horizontal_scrollbar_position(max_slider_xpos);
724            if (aww->slider_pos_horizontal<0)               aww->set_horizontal_scrollbar_position(0);
725
726            if (aww->slider_pos_vertical>max_slider_ypos) aww->set_vertical_scrollbar_position(max_slider_ypos);
727            if (aww->slider_pos_vertical<0)               aww->set_vertical_scrollbar_position(0);
728        }
729
730        int slider_hdiff = aww->slider_pos_horizontal - old_hslider_pos;
731        int slider_vdiff = aww->slider_pos_vertical   - old_vslider_pos;
732
733        ED4_coords *coords = &win->coords;
734        coords->window_left_clip_point  += slider_hdiff;
735        coords->window_right_clip_point += slider_hdiff;
736        coords->window_upper_clip_point += slider_vdiff;
737        coords->window_lower_clip_point += slider_vdiff;
738
739        win->scroll_rectangle(-slider_hdiff, -slider_vdiff);
740
741        win->slider_pos_vertical   = aww->slider_pos_vertical;
742        win->slider_pos_horizontal = aww->slider_pos_horizontal;
743    }
744    win->update_window_coords();
745}
746
747void ED4_motion_cb(AW_window *aww) {
748    AW_event event;
749
750    ED4_LocalWinContext uses(aww);
751
752    aww->get_event(&event);
753
754    if (event.type == AW_Mouse_Drag && event.button == AW_BUTTON_MIDDLE) {
755        if (ED4_ROOT->scroll_picture.scroll) {
756            int xdiff = ED4_ROOT->scroll_picture.old_x - event.x;
757            int ydiff = ED4_ROOT->scroll_picture.old_y - event.y;
758
759            ed4_scroll(aww, xdiff, ydiff, true);
760
761            ED4_ROOT->scroll_picture.old_x = event.x;
762            ED4_ROOT->scroll_picture.old_y = event.y;
763        }
764    }
765    else {
766
767#if defined(DEBUG) && 0
768        if (event.button==AW_BUTTON_LEFT) {
769            printf("[ED4_motion_cb] type=%i x=%i y=%i ", (int)event.type, (int)event.x, (int)event.y);
770        }
771#endif
772
773        AW_pos win_x = event.x;
774        AW_pos win_y = event.y;
775        current_ed4w()->win_to_world_coords(&win_x, &win_y);
776        event.x = (int) win_x;
777        event.y = (int) win_y;
778
779#if defined(DEBUG) && 0
780        if (event.button==AW_BUTTON_LEFT) {
781            printf("-> x=%i y=%i\n", (int)event.type, (int)event.x, (int)event.y);
782        }
783#endif
784
785        GB_transaction ta(ED4_ROOT->get_gb_main());
786        ED4_ROOT->main_manager->event_sent_by_parent(&event, aww);
787    }
788}
789
790void ED4_remote_set_cursor_cb(AW_root *awr) {
791    AW_awar *awar = awr->awar(AWAR_SET_CURSOR_POSITION);
792    long     pos  = awar->read_int();
793
794    if (pos != -1) {
795        ED4_MostRecentWinContext context;
796        ED4_cursor *cursor = &current_cursor();
797        cursor->jump_sequence_pos(pos, ED4_JUMP_CENTERED);
798        awar->write_int(-1);
799    }
800}
801
802void ED4_jump_to_cursor_position(AW_window *aww, const char *awar_name, PositionType posType) {
803    ED4_LocalWinContext  uses(aww);
804    ED4_cursor          *cursor = &current_cursor();
805    GB_ERROR             error  = NULp;
806
807    long pos = aww->get_root()->awar(awar_name)->read_int();
808
809    if (pos>0) pos = bio2info(pos);
810    else if (pos<0) { // jump negative (count from back)
811        int last_pos = -1; // [1..]
812
813        switch (posType) {
814            case ED4_POS_SEQUENCE: {
815                last_pos = MAXSEQUENCECHARACTERLENGTH;
816                break;
817            }
818            case ED4_POS_ECOLI: {
819                BI_ecoli_ref *ecoli = ED4_ROOT->ecoli_ref;
820                if (ecoli->gotData()) {
821                    last_pos = ecoli->abs_2_rel(INT_MAX);
822                }
823                else {
824                    last_pos = 0; // doesnt matter (error below)
825                }
826                break;
827            }
828            case ED4_POS_BASE: {
829                last_pos = cursor->sequence2base_position(INT_MAX);
830                break;
831            }
832        }
833
834        e4_assert(last_pos != -1);
835        pos = bio2info(last_pos+1+pos);
836    }
837
838    switch (posType) {
839        case ED4_POS_SEQUENCE: {
840            e4_assert(strcmp(awar_name, current_ed4w()->awar_path_for_cursor)==0);
841            break;
842        }
843        case ED4_POS_ECOLI: {
844            e4_assert(strcmp(awar_name, current_ed4w()->awar_path_for_Ecoli)==0);
845
846            BI_ecoli_ref *ecoli = ED4_ROOT->ecoli_ref;
847            if (ecoli->gotData()) pos = ecoli->rel_2_abs(pos);
848            else error = "No ecoli reference";
849            break;
850        }
851        case ED4_POS_BASE: {
852            e4_assert(strcmp(awar_name, current_ed4w()->awar_path_for_basePos)==0);
853            pos = cursor->base2sequence_position(pos);
854            break;
855        }
856    }
857
858    // now position is absolute [0..N-1]
859
860    // limit to screen
861    {
862        ED4_remap *remap = ED4_ROOT->root_group_man->remap();
863        long       max   = remap->screen_to_sequence(remap->get_max_screen_pos());
864
865        if (pos > max) pos  = max;
866        else if (pos<0) pos = 0;
867    }
868
869    if (error) {
870        aw_message(error);
871    }
872    else {
873        cursor->jump_sequence_pos(pos, ED4_JUMP_CENTERED);
874    }
875}
876
877void ED4_set_helixnr(AW_window *aww, const char *awar_name) {
878    ED4_LocalWinContext uses(aww);
879    ED4_cursor *cursor = &current_cursor();
880
881    if (cursor->owner_of_cursor) {
882        AW_root  *root     = aww->get_root();
883        char     *helix_nr = root->awar(awar_name)->read_string();
884        BI_helix *helix    = ED4_ROOT->helix;
885
886        if (helix->has_entries()) {
887            long pos = helix->first_position(helix_nr);
888
889            if (pos == -1) {
890                aw_message(GBS_global_string("No helix '%s' found", helix_nr));
891            }
892            else {
893                cursor->jump_sequence_pos(pos, ED4_JUMP_CENTERED);
894            }
895        }
896        else {
897            aw_message("Got no helix information");
898        }
899        free(helix_nr);
900    }
901}
902
903void ED4_set_iupac(AW_window *aww, const char *awar_name) {
904    ED4_LocalWinContext uses(aww);
905    ED4_cursor *cursor = &current_cursor();
906
907    if (cursor->owner_of_cursor) {
908        if (cursor->in_consensus_terminal()) {
909            aw_message("You cannot change the consensus");
910        }
911        else {
912            int   len;
913            char *seq     = cursor->owner_of_cursor->resolve_pointer_to_string_copy(&len);
914            int   seq_pos = cursor->get_sequence_pos();
915
916            e4_assert(seq);
917
918            if (seq_pos<len) {
919                char *iupac    = ED4_ROOT->aw_root->awar(awar_name)->read_string();
920                char  new_char = iupac::encode(iupac, ED4_ROOT->alignment_type);
921
922                seq[seq_pos] = new_char;
923                cursor->owner_of_cursor->write_sequence(seq, len);
924
925                free(iupac);
926            }
927
928            free(seq);
929        }
930    }
931}
932
933void ED4_exit() {
934    // @@@ most of the code here could be placed in ED4_ROOT-dtor
935
936    GBDATA *gb_main = ED4_ROOT->get_gb_main();
937    ED4_ROOT->aw_root->unlink_awars_from_DB(gb_main);
938
939    ED4_window *ed4w = ED4_ROOT->first_window;
940
941    while (ed4w) {
942        ed4w->aww->hide();
943        ed4w->cursor.prepare_shutdown(); // removes any callbacks
944        ed4w = ed4w->next;
945    }
946
947    while (ED4_ROOT->first_window) {
948        ED4_ROOT->first_window->delete_window(ED4_ROOT->first_window);
949    }
950
951    shutdown_macro_recording(ED4_ROOT->aw_root);
952    delete ED4_ROOT;
953
954#if defined(DEBUG)
955    AWT_browser_forget_db(gb_main);
956#endif // DEBUG
957    GB_close(gb_main);
958
959    ::exit(EXIT_SUCCESS);
960}
961
962void ED4_quit_editor(AW_window *aww) {
963    ED4_LocalWinContext uses(aww); // @@@ dont use context here
964
965    if (ED4_ROOT->first_window == current_ed4w()) { // quit button has been pressed in first window
966        ED4_exit();
967    }
968    // case : in another window close has been pressed
969    current_aww()->hide();
970    current_ed4w()->is_hidden = true;
971}
972
973static int timer_calls           = 0;
974static int timer_calls_triggered = 0;
975
976static unsigned ED4_timer(AW_root *) {
977    timer_calls++;
978
979#if defined(TRACE_REFRESH)
980    fprintf(stderr, "ED4_timer\n"); fflush(stderr);
981#endif
982    GBDATA *gb_main = ED4_ROOT->get_gb_main();
983
984    // get all changes from server
985    GB_begin_transaction(gb_main);
986    GB_tell_server_dont_wait(gb_main);
987    GB_commit_transaction(gb_main);
988
989    ED4_ROOT->refresh_all_windows(0);
990
991    if (timer_calls == timer_calls_triggered) {
992        timer_calls_triggered++;
993        return 2000; // trigger callback after 2s
994    }
995    return 0; // do not trigger callback
996}
997
998void ED4_trigger_instant_refresh() {
999#if defined(TRACE_REFRESH)
1000    fprintf(stderr, "ED4_trigger_instant_refresh\n"); fflush(stderr);
1001#endif
1002    timer_calls_triggered++;
1003    ED4_ROOT->aw_root->add_timed_callback(1, makeTimedCallback(ED4_timer)); // trigger instant callback
1004}
1005void ED4_request_full_refresh() {
1006    ED4_ROOT->main_manager->request_refresh();
1007}
1008void ED4_request_full_instant_refresh() {
1009    ED4_request_full_refresh();
1010    ED4_trigger_instant_refresh();
1011}
1012
1013void ED4_request_relayout() {
1014    ED4_resize_all_extensions();
1015    ED4_ROOT->main_manager->request_resize();
1016    ED4_trigger_instant_refresh();
1017}
1018
1019#define SIGNIFICANT_FIELD_CHARS 30 // length used to compare field contents (in createGroupFromSelected)
1020
1021static void createGroupFromSelected(GB_CSTR group_name, GB_CSTR field_name, GB_CSTR field_content) {
1022    // creates a new group named group_name
1023    // if field_name==0 -> all selected species & subgroups are moved to this new group
1024    // if field_name!=0 -> all selected species containing field_content in field field_name are moved to this new group
1025
1026    ED4_multi_species_manager *top_multi_species_manager = ED4_ROOT->top_area_man->get_multi_species_manager();
1027    ED4_multi_species_manager *group_content_manager;
1028    ED4_group_manager         *new_group_manager         = ED4_build_group_manager_start(top_multi_species_manager, group_name, 1, false, ED4_ROOT->ref_terminals, group_content_manager);
1029    ED4_build_group_manager_end(group_content_manager);
1030
1031    group_content_manager->update_requested_by_child();
1032
1033    ED4_counter++;
1034    ED4_base::touch_world_cache();
1035
1036    bool lookingForNoContent = !field_content || field_content[0]==0;
1037
1038    ED4_highlighted_elem *list_elem = ED4_ROOT->highlighted_objects->head();
1039    while (list_elem) {
1040        ED4_base *object = list_elem->elem()->object;
1041        object = object->get_parent(LEV_SPECIES);
1042
1043        bool move_object = true;
1044        if (object->is_consensus_manager()) {
1045            object = object->get_parent(LEV_GROUP);
1046            if (field_name) move_object = false; // don't move groups if moving by field_name
1047        }
1048        else {
1049            e4_assert(object->is_species_manager());
1050            if (field_name) {
1051                GBDATA *gb_species = object->get_species_pointer();
1052                GBDATA *gb_field = GB_search(gb_species, field_name, GB_FIND);
1053
1054                move_object = lookingForNoContent;
1055                if (gb_field) { // field was found
1056                    char *found_content = GB_read_as_string(gb_field);
1057                    if (found_content) {
1058                        move_object = strncmp(found_content, field_content, SIGNIFICANT_FIELD_CHARS)==0;
1059                        free(found_content);
1060                    }
1061                }
1062            }
1063        }
1064
1065        if (move_object) {
1066            ED4_base *base = object->get_parent(LEV_MULTI_SPECIES);
1067            if (base && base->is_multi_species_manager()) {
1068                ED4_multi_species_manager *old_multi = base->to_multi_species_manager();
1069                old_multi->invalidate_species_counters();
1070            }
1071
1072            object->parent->remove_member(object);
1073            group_content_manager->append_member(object);
1074
1075            object->parent = group_content_manager;
1076            object->set_width();
1077        }
1078
1079        list_elem = list_elem->next();
1080    }
1081
1082    new_group_manager->create_consensus(new_group_manager, NULp);
1083    group_content_manager->invalidate_species_counters();
1084
1085    new_group_manager->fold();
1086
1087    group_content_manager->resize_requested_by_child();
1088}
1089
1090static void group_species(bool use_field, AW_window *use_as_main_window) {
1091    GB_ERROR error = NULp;
1092    GBDATA *gb_main = ED4_ROOT->get_gb_main();
1093    GB_push_transaction(gb_main);
1094
1095    ED4_LocalWinContext uses(use_as_main_window);
1096
1097    if (!use_field) {
1098        char *group_name = aw_input("Enter name for new group:");
1099
1100        if (group_name) {
1101            if (strlen(group_name)>GB_GROUP_NAME_MAX) {
1102                group_name[GB_GROUP_NAME_MAX] = 0;
1103                aw_message("Truncated overlong group name");
1104            }
1105            createGroupFromSelected(group_name, NULp, NULp);
1106            free(group_name);
1107        }
1108    }
1109    else {
1110        char   *field_name   = ED4_ROOT->aw_root->awar(AWAR_FIELD_CHOSEN)->read_string();
1111        char   *doneContents = ARB_strdup(";");
1112        size_t  doneLen      = 1;
1113
1114        bool tryAgain     = true;
1115        bool foundField   = false;
1116        bool foundSpecies = false;
1117
1118        if (strcmp(field_name, NO_FIELD_SELECTED) == 0) {
1119            error = "Please select a field to use for grouping.";
1120        }
1121
1122        while (tryAgain && !error) {
1123            tryAgain = false;
1124            ED4_highlighted_elem *list_elem = ED4_ROOT->highlighted_objects->head();
1125            while (list_elem && !error) {
1126                ED4_base *object = list_elem->elem()->object;
1127                object = object->get_parent(LEV_SPECIES);
1128                if (!object->is_consensus_manager()) {
1129                    GBDATA *gb_species = object->get_species_pointer();
1130                    GBDATA *gb_field   = NULp;
1131
1132                    if (gb_species) {
1133                        foundSpecies = true;
1134                        gb_field     = GB_search(gb_species, field_name, GB_FIND);
1135                    }
1136
1137                    error = GB_incur_error_if(!gb_field);
1138                    if (!error) {
1139                        e4_assert(gb_field);
1140                        char *field_content = GB_read_as_string(gb_field);
1141                        if (field_content) {
1142                            size_t field_content_len = strlen(field_content);
1143
1144                            foundField = true;
1145                            if (field_content_len>SIGNIFICANT_FIELD_CHARS) {
1146                                field_content[SIGNIFICANT_FIELD_CHARS] = 0;
1147                                field_content_len                      = SIGNIFICANT_FIELD_CHARS;
1148                            }
1149
1150                            char with_semi[SIGNIFICANT_FIELD_CHARS+2+1];
1151                            sprintf(with_semi, ";%s;", field_content);
1152
1153                            if (!strstr(doneContents, with_semi)) { // field_content was not used yet
1154                                createGroupFromSelected(field_content, field_name, field_content);
1155                                tryAgain = true;
1156
1157                                int   newlen  = doneLen + field_content_len + 1;
1158                                char *newDone = ARB_alloc<char>(newlen+1);
1159
1160                                GBS_global_string_to_buffer(newDone, newlen+1, "%s%s;", doneContents, field_content);
1161                                freeset(doneContents, newDone);
1162                                doneLen = newlen;
1163                            }
1164                            free(field_content);
1165                        }
1166                        else {
1167                            error = "Incompatible field type";
1168                        }
1169                    }
1170                }
1171                list_elem = list_elem->next();
1172            }
1173        }
1174
1175        if (!error) {
1176            if      (!foundSpecies) error = "Please select some species in order to insert them into new groups";
1177            else if (!foundField)   error = GBS_global_string("Field not found: '%s'%s", field_name, error ? GBS_global_string(" (Reason: %s)", error) : "");
1178        }
1179
1180        free(doneContents);
1181        free(field_name);
1182    }
1183
1184    GB_end_transaction_show_error(gb_main, error, aw_message);
1185}
1186
1187static void group_species_by_field_content(AW_window*, AW_window *use_as_main_window, AW_window *window_to_hide) {
1188    group_species(true, use_as_main_window);
1189    window_to_hide->hide();
1190}
1191
1192static AW_window *create_group_species_by_field_window(AW_root *aw_root, AW_window *use_as_main_window) {
1193    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
1194
1195    aws->init(aw_root, "CREATE_GROUP_USING_FIELD_CONTENT", "Create groups using field");
1196    aws->auto_space(10, 10);
1197
1198    aws->button_length(10);
1199    aws->at_newline();
1200
1201    aws->callback(AW_POPDOWN);
1202    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
1203
1204    aws->callback(makeHelpCallback("group_by_field.hlp"));
1205    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
1206
1207    aws->at_newline();
1208    aws->label("Use content of field");
1209    create_itemfield_selection_button(aws, FieldSelDef(AWAR_FIELD_CHOSEN, ED4_ROOT->get_gb_main(), SPECIES_get_selector(), FIELD_FILTER_STRING_READABLE, "group-field"), NULp);
1210
1211    aws->at_newline();
1212    aws->callback(makeWindowCallback(group_species_by_field_content, use_as_main_window, static_cast<AW_window*>(aws)));
1213    aws->create_autosize_button("USE_FIELD", "Group selected species by content", "");
1214
1215    return aws;
1216}
1217
1218void group_species_cb(AW_window *aww, bool use_fields) {
1219    if (!use_fields) {
1220        group_species(false, aww);
1221    }
1222    else {
1223        static AW_window *ask_field_window;
1224
1225        if (!ask_field_window) ask_field_window = create_group_species_by_field_window(ED4_ROOT->aw_root, aww);
1226        ask_field_window->activate();
1227    }
1228}
1229
1230static GB_ERROR ED4_load_new_config(char *name) {
1231    GB_ERROR error;
1232    GBT_config cfg(ED4_ROOT->get_gb_main(), name, error);
1233    if (cfg.exists()) {
1234        ED4_ROOT->main_manager->clear_whole_background();
1235
1236        max_seq_terminal_length = 0;
1237
1238        ED4_init_notFoundMessage();
1239
1240        if (ED4_ROOT->highlighted_objects->size() > 0) {
1241            ED4_ROOT->deselect_all();
1242        }
1243
1244        ED4_ROOT->remove_all_callbacks();
1245
1246        ED4_ROOT->scroll_picture.scroll = 0;
1247        ED4_ROOT->scroll_picture.old_x  = 0;
1248        ED4_ROOT->scroll_picture.old_y  = 0;
1249
1250        ED4_ROOT->ref_terminals.clear();
1251
1252        for (ED4_window *window = ED4_ROOT->first_window; window; window=window->next) {
1253            window->cursor.init();
1254            window->aww->set_horizontal_scrollbar_position (0);
1255            window->aww->set_vertical_scrollbar_position (0);
1256        }
1257
1258        ED4_ROOT->scroll_links.link_for_hor_slider = NULp;
1259        ED4_ROOT->scroll_links.link_for_ver_slider = NULp;
1260        ED4_ROOT->middle_area_man                  = NULp;
1261        ED4_ROOT->top_area_man                     = NULp;
1262
1263        delete ED4_ROOT->main_manager;
1264        ED4_ROOT->main_manager = NULp;
1265        delete ED4_ROOT->ecoli_ref;
1266
1267        ED4_ROOT->first_window->reset_all_for_new_config();
1268        ED4_ROOT->create_hierarchy(cfg.get_definition(GBT_config::MIDDLE_AREA), cfg.get_definition(GBT_config::TOP_AREA));
1269    }
1270
1271    return error;
1272}
1273
1274static ED4_EDITMODE ED4_get_edit_mode(AW_root *root) {
1275    if (!root->awar(AWAR_EDIT_MODE)->read_int()) return AD_ALIGN;
1276    return root->awar(AWAR_INSERT_MODE)->read_int() ? AD_INSERT : AD_REPLACE;
1277}
1278
1279void ed4_changesecurity(AW_root *root) {
1280    ED4_EDITMODE  mode      = ED4_get_edit_mode(root);
1281    const char   *awar_name = NULp;
1282
1283    switch (mode) {
1284        case AD_ALIGN:
1285            awar_name = AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL_ALIGN;
1286            break;
1287        default:
1288            awar_name = AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL_CHANGE;
1289    }
1290
1291    ED4_ROOT->aw_root->awar(AWAR_EDIT_SECURITY_LEVEL)->map(awar_name);
1292
1293    long level = ED4_ROOT->aw_root->awar(awar_name)->read_int();
1294    GB_change_my_security(ED4_ROOT->get_gb_main(), level); // change user security in EDIT4
1295}
1296
1297void ed4_change_edit_mode(AW_root *root) {
1298    awar_edit_mode = ED4_get_edit_mode(root);
1299    ed4_changesecurity(root);
1300}
1301
1302ARB_ERROR rebuild_consensus(ED4_base *object) {
1303    if (object->is_consensus_manager()) {
1304        ED4_species_manager *spec_man = object->to_species_manager();
1305        spec_man->do_callbacks();
1306
1307        ED4_base *sequence_data_terminal = spec_man->search_spec_child_rek(LEV_SEQUENCE_STRING);
1308        sequence_data_terminal->request_refresh();
1309    }
1310    return NULp; // needed by route_down_hierarchy
1311}
1312
1313void ED4_new_editor_window(AW_window *aww) {
1314    ED4_LocalWinContext uses(aww);
1315
1316    AW_device  *device;
1317    ED4_window *new_window = NULp;
1318
1319    if (ED4_ROOT->generate_window(&device, &new_window) != ED4_R_BREAK) {
1320        ED4_LocalWinContext now_uses(new_window);
1321
1322        new_window->set_scrolled_rectangle(ED4_ROOT->scroll_links.link_for_hor_slider,
1323                                           ED4_ROOT->scroll_links.link_for_ver_slider,
1324                                           ED4_ROOT->scroll_links.link_for_hor_slider,
1325                                           ED4_ROOT->scroll_links.link_for_ver_slider);
1326
1327        new_window->aww->show();
1328        new_window->update_scrolled_rectangle();
1329    }
1330}
1331
1332
1333
1334static void ED4_start_editor_on_configuration(AW_window *aww) {
1335    aww->hide();
1336
1337    GB_ERROR error;
1338    {
1339        char *name = aww->get_root()->awar(AWAR_EDIT_CONFIGURATION)->read_string();
1340        error      = ED4_load_new_config(name);
1341        free(name);
1342    }
1343
1344    if (error) {
1345        aw_message(error);
1346        aww->show(); // show old window
1347    }
1348}
1349
1350struct cursorpos {
1351    RefPtr<ED4_cursor> cursor;
1352    int screen_rel;
1353    int seq;
1354
1355    cursorpos(ED4_window *win)
1356        : cursor(&win->cursor),
1357          screen_rel(cursor->get_screen_relative_pos()),
1358          seq(cursor->get_sequence_pos())
1359    {}
1360};
1361
1362
1363void ED4_compression_changed_cb(AW_root *awr) {
1364    ED4_remap_mode mode    = (ED4_remap_mode)awr->awar(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_TYPE)->read_int();
1365    int            percent = awr->awar(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_PERCENT)->read_int();
1366    GB_transaction ta(ED4_ROOT->get_gb_main());
1367
1368    if (ED4_ROOT->root_group_man) {
1369        vector<cursorpos> pos;
1370
1371        for (ED4_window *win = ED4_ROOT->first_window; win; win = win->next) {
1372            pos.push_back(cursorpos(win));
1373        }
1374
1375        ED4_ROOT->root_group_man->remap()->set_mode(mode, percent);
1376        ED4_resize_all_extensions();
1377
1378        for (vector<cursorpos>::iterator i = pos.begin(); i != pos.end(); ++i) {
1379            ED4_cursor  *cursor = i->cursor;
1380            ED4_window  *win    = cursor->window();
1381
1382            win->update_scrolled_rectangle(); // @@@ needed ?
1383
1384            cursor->jump_sequence_pos(i->seq, ED4_JUMP_KEEP_POSITION);
1385            cursor->set_screen_relative_pos(i->screen_rel);
1386        }
1387
1388        ED4_request_full_instant_refresh();
1389    }
1390}
1391
1392void ED4_compression_toggle_changed_cb(AW_root *root, bool hideChanged) {
1393    int gaps = root->awar(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_GAPS)->read_int();
1394    int hide = root->awar(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_HIDE)->read_int();
1395
1396    ED4_remap_mode mode = ED4_remap_mode(root->awar(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_TYPE)->read_int()); // @@@ mode is overwritten below
1397
1398    if (hideChanged) {
1399        // ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_HIDE changed
1400        if (hide!=0 && gaps!=2) {
1401            root->awar(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_GAPS)->write_int(2);
1402            return;
1403        }
1404    }
1405    else {
1406        // ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_GAPS changed
1407        if (gaps!=2 && hide!=0) {
1408            root->awar(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_HIDE)->write_int(0);
1409            return;
1410        }
1411    }
1412
1413    mode = ED4_RM_NONE;
1414    switch (gaps) {
1415        case 0: mode = ED4_RM_NONE; break;
1416        case 1: mode = ED4_RM_DYNAMIC_GAPS; break;
1417        case 2: {
1418            switch (hide) {
1419                case 0: mode = ED4_RM_MAX_ALIGN; break;
1420                case 1: mode = ED4_RM_SHOW_ABOVE; break;
1421                default: e4_assert(0); break;
1422            }
1423            break;
1424        }
1425        default: e4_assert(0); break;
1426    }
1427
1428    root->awar(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_TYPE)->write_int(int(mode));
1429}
1430
1431static AWT_config_mapping_def editor_options_config_mapping[] = {
1432    { ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_GAPS,    "compressgaps" },
1433    { ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_HIDE,    "hidenucs" },
1434    { ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_PERCENT, "hidepercent" },
1435    { AWAR_EDIT_HELIX_SPACING,            "helixspacing" },
1436    { AWAR_EDIT_TERMINAL_SPACING,         "terminalspacing" },
1437    { ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_X,            "scrollspeedx" },
1438    { ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_Y,            "scrollspeedy" },
1439    { ED4_AWAR_SCROLL_MARGIN,             "scrollmargin" },
1440    { ED4_AWAR_GAP_CHARS,                 "gapchars" },
1441    { ED4_AWAR_DIGITS_AS_REPEAT,          "digitsasrepeat" },
1442    { ED4_AWAR_FAST_CURSOR_JUMP,          "fastcursorjump" },
1443    { ED4_AWAR_ANNOUNCE_CHECKSUM_CHANGES, "announcechecksumchanges" },
1444
1445    { NULp, NULp }
1446};
1447
1448AW_window *ED4_create_editor_options_window(AW_root *root) {
1449    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
1450
1451    aws->init(root, "EDIT4_PROPS", "EDIT4 Options");
1452    aws->load_xfig("edit4/options.fig");
1453
1454    aws->auto_space(5, 5);
1455
1456    const int SCALEDCOLUMNS = 4;
1457    const int SCALERLEN     = 200;
1458
1459    aws->callback(AW_POPDOWN);
1460    aws->at("close");
1461    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
1462
1463    aws->callback(makeHelpCallback("e4_options.hlp"));
1464    aws->at("help");
1465    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
1466
1467    //  -----------------------------------
1468    //      Online Sequence Compression
1469
1470    aws->at("gaps");
1471    aws->create_toggle_field(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_GAPS);
1472    aws->insert_default_toggle("Show all gaps", "A", 0);
1473    aws->insert_toggle("Show some gaps", "S", 1);
1474    aws->insert_toggle("Hide all gaps", "H", 2);
1475    aws->update_toggle_field();
1476
1477    aws->at("hide");
1478    aws->create_toggle_field(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_HIDE);
1479    aws->insert_default_toggle("Hide no Nucleotides", "0", 0);
1480    aws->insert_toggle("Hide columns with less than...", "1", 1);
1481    aws->update_toggle_field();
1482
1483    aws->at("percent");
1484    aws->create_input_field_with_scaler(ED4_AWAR_COMPRESS_SEQUENCE_PERCENT, SCALEDCOLUMNS, SCALERLEN, AW_SCALER_LINEAR);
1485
1486    //  --------------
1487    //      Layout
1488
1489    aws->at("seq_helix"); aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_EDIT_HELIX_SPACING,    SCALEDCOLUMNS, SCALERLEN, AW_SCALER_EXP_CENTER);
1490    aws->at("seq_seq");   aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_EDIT_TERMINAL_SPACING, SCALEDCOLUMNS, SCALERLEN, AW_SCALER_EXP_CENTER);
1491
1492    //  --------------------
1493    //      Scroll-Speed
1494
1495    aws->at("scroll_x");
1496    aws->create_input_field(ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_X);
1497
1498    aws->at("scroll_y");
1499    aws->create_input_field(ED4_AWAR_SCROLL_SPEED_Y);
1500
1501    aws->at("margin");
1502    aws->create_input_field(ED4_AWAR_SCROLL_MARGIN);
1503
1504    //  ---------------
1505    //      Editing
1506
1507    aws->at("gapchars");
1508    aws->create_input_field(ED4_AWAR_GAP_CHARS);
1509
1510    aws->at("repeat");
1511    aws->create_toggle(ED4_AWAR_DIGITS_AS_REPEAT);
1512
1513    aws->at("fast");
1514    aws->create_toggle(ED4_AWAR_FAST_CURSOR_JUMP);
1515
1516    aws->at("checksum");
1517    aws->create_toggle(ED4_AWAR_ANNOUNCE_CHECKSUM_CHANGES);
1518
1519    aws->at("config");
1520    AWT_insert_config_manager(aws, AW_ROOT_DEFAULT, "options", editor_options_config_mapping);
1521
1522    return aws;
1523}
1524
1525static AWT_config_mapping_def consensus_config_mapping[] = {
1526    { ED4_AWAR_CONSENSUS_COUNTGAPS,   CONSENSUS_CONFIG_COUNTGAPS },
1527    { ED4_AWAR_CONSENSUS_GAPBOUND,    CONSENSUS_CONFIG_GAPBOUND },
1528    { ED4_AWAR_CONSENSUS_GROUP,       CONSENSUS_CONFIG_GROUP },
1529    { ED4_AWAR_CONSENSUS_CONSIDBOUND, CONSENSUS_CONFIG_CONSIDBOUND },
1530    { ED4_AWAR_CONSENSUS_UPPER,       CONSENSUS_CONFIG_UPPER },
1531    { ED4_AWAR_CONSENSUS_LOWER,       CONSENSUS_CONFIG_LOWER },
1532
1533    { NULp, NULp }
1534};
1535
1536static AWT_predefined_config predefined_consensus_config[] = {
1537    { "*create_species_from_consensus", "Consensus settings to create a new species \nfrom group consensus using\n\"Create/Create new species from consensus\"", "considbound='30';countgaps='0';gapbound='60';group='0';lower='0';upper='0'" },
1538    { NULp, NULp, NULp }
1539};
1540
1541AW_window *ED4_create_consensus_definition_window(AW_root *root) {
1542    // keep in sync with ../NTREE/AP_consensus.cxx@AP_create_con_expert_window
1543
1544    static AW_window_simple *aws = NULp;
1545
1546    if (!aws) {
1547        aws = new AW_window_simple;
1548
1549        aws->init(root, "EDIT4_CONSENSUS_DEFm", "EDIT4 Consensus Definition");
1550        aws->load_xfig("edit4/consensus.fig");
1551
1552        aws->auto_space(5, 5);
1553
1554        const int SCALEDCOLUMNS = 3;
1555        const int SCALERSIZE    = 150;
1556
1557        // top part of window:
1558        aws->button_length(9);
1559
1560        aws->callback(AW_POPDOWN);
1561        aws->at("close");
1562        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
1563
1564        aws->callback(makeHelpCallback("e4_consensus.hlp"));
1565        aws->at("help");
1566        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
1567
1568        // center part of window (same as in NTREE):
1569        aws->at("countgaps");
1570        aws->create_toggle_field(ED4_AWAR_CONSENSUS_COUNTGAPS);
1571        aws->insert_toggle("on", "1", 1);
1572        aws->insert_default_toggle("off", "0", 0);
1573        aws->update_toggle_field();
1574
1575        aws->at("gapbound");
1576        aws->create_input_field_with_scaler(ED4_AWAR_CONSENSUS_GAPBOUND, SCALEDCOLUMNS, SCALERSIZE, AW_SCALER_LINEAR);
1577
1578        aws->at("group");
1579        aws->create_toggle_field(ED4_AWAR_CONSENSUS_GROUP);
1580        aws->insert_toggle("on", "1", 1);
1581        aws->insert_default_toggle("off", "0", 0);
1582        aws->update_toggle_field();
1583
1584        aws->at("considbound");
1585        aws->create_input_field_with_scaler(ED4_AWAR_CONSENSUS_CONSIDBOUND, SCALEDCOLUMNS, SCALERSIZE, AW_SCALER_LINEAR);
1586
1587        aws->at("showgroups");
1588        aws->callback(AWT_create_IUPAC_info_window);
1589        aws->create_autosize_button("SHOW_IUPAC", "Show IUPAC groups", "S");
1590
1591        aws->at("upper");
1592        aws->create_input_field_with_scaler(ED4_AWAR_CONSENSUS_UPPER, SCALEDCOLUMNS, SCALERSIZE, AW_SCALER_LINEAR);
1593
1594        aws->at("lower");
1595        aws->create_input_field_with_scaler(ED4_AWAR_CONSENSUS_LOWER, SCALEDCOLUMNS, SCALERSIZE, AW_SCALER_LINEAR);
1596
1597        // bottom part of window:
1598        aws->at("show");
1599        aws->label("Display consensus?");
1600        aws->create_toggle(ED4_AWAR_CONSENSUS_SHOW);
1601
1602        aws->at("config");
1603        AWT_insert_config_manager(aws, AW_ROOT_DEFAULT, CONSENSUS_CONFIG_ID, consensus_config_mapping, NULp, predefined_consensus_config);
1604    }
1605
1606    return aws;
1607}
1608
1609static void consensus_upper_lower_changed_cb(AW_root *awr, bool upper_changed) {
1610    AW_awar *awar_lower = awr->awar(ED4_AWAR_CONSENSUS_LOWER);
1611    AW_awar *awar_upper = awr->awar(ED4_AWAR_CONSENSUS_UPPER);
1612
1613    int lower = awar_lower->read_int();
1614    int upper = awar_upper->read_int();
1615
1616    if (upper<lower) {
1617        if (upper_changed) awar_lower->write_int(upper);
1618        else               awar_upper->write_int(lower);
1619    }
1620    ED4_consensus_definition_changed(awr);
1621}
1622
1623void ED4_create_consensus_awars(AW_root *aw_root) {
1624    GB_transaction ta(ED4_ROOT->get_gb_main());
1625
1626    aw_root->awar_int(ED4_AWAR_CONSENSUS_COUNTGAPS,   1) ->add_callback(ED4_consensus_definition_changed);
1627    aw_root->awar_int(ED4_AWAR_CONSENSUS_GROUP,       1) ->add_callback(ED4_consensus_definition_changed);
1628    aw_root->awar_int(ED4_AWAR_CONSENSUS_GAPBOUND,    60)->set_minmax(0, 100)->add_callback(ED4_consensus_definition_changed);
1629    aw_root->awar_int(ED4_AWAR_CONSENSUS_CONSIDBOUND, 30)->set_minmax(0, 100)->add_callback(ED4_consensus_definition_changed);
1630    aw_root->awar_int(ED4_AWAR_CONSENSUS_UPPER,       95)->set_minmax(0, 100)->add_callback(makeRootCallback(consensus_upper_lower_changed_cb, true));
1631    aw_root->awar_int(ED4_AWAR_CONSENSUS_LOWER,       70)->set_minmax(0, 100)->add_callback(makeRootCallback(consensus_upper_lower_changed_cb, false));
1632
1633    AW_awar *cons_show = aw_root->awar_int(ED4_AWAR_CONSENSUS_SHOW, 1);
1634
1635    cons_show->write_int(1);
1636    cons_show->add_callback(ED4_consensus_display_changed);
1637}
1638
1639void ED4_reloadConfiguration(AW_window *aww) {
1640    ED4_start_editor_on_configuration(aww);
1641}
1642
1643AW_window *ED4_create_loadConfiguration_window(AW_root *awr) {
1644    static AW_window_simple *aws = NULp;
1645    if (!aws) {
1646        aws = new AW_window_simple;
1647        aws->init(awr, "LOAD_CONFIGURATION", "Load existing configuration");
1648        aws->load_xfig("edit4/load_config.fig");
1649
1650        aws->at("close");
1651        aws->callback(AW_POPDOWN);
1652        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
1653
1654        aws->at("help");
1655        aws->callback(makeHelpCallback("species_configs_saveload.hlp"));
1656        aws->create_button("HELP", "HELP");
1657
1658        aws->at("confs");
1659        awt_create_CONFIG_selection_list(ED4_ROOT->get_gb_main(), aws, AWAR_EDIT_CONFIGURATION);
1660
1661        aws->at("go");
1662        aws->callback(ED4_start_editor_on_configuration);
1663        aws->create_button("LOAD", "LOAD");
1664
1665        aws->window_fit();
1666    }
1667    return aws;
1668}
1669
1670void ED4_saveConfiguration(AW_window *aww, bool hide_aww) {
1671    if (hide_aww) aww->hide();
1672
1673    char *name = aww->get_root()->awar(AWAR_EDIT_CONFIGURATION)->read_string();
1674    EDB_root_bact::save_current_config(name);
1675    free(name);
1676}
1677
1678AW_window *ED4_create_saveConfigurationAs_window(AW_root *awr) {
1679    static AW_window_simple *aws = NULp;
1680    if (!aws) {
1681        aws = new AW_window_simple;
1682        aws->init(awr, "SAVE_CONFIGURATION", "Save current configuration as");
1683        aws->load_xfig("edit4/save_config.fig");
1684
1685        aws->at("close");
1686        aws->callback(AW_POPDOWN);
1687        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE");
1688
1689        aws->at("help");
1690        aws->callback(makeHelpCallback("species_configs_saveload.hlp"));
1691        aws->create_button("HELP", "HELP");
1692
1693        aws->at("save");
1694        aws->create_input_field(AWAR_EDIT_CONFIGURATION);
1695
1696        aws->at("confs");
1697        awt_create_CONFIG_selection_list(ED4_ROOT->get_gb_main(), aws, AWAR_EDIT_CONFIGURATION);
1698
1699        aws->at("go");
1700        aws->callback(makeWindowCallback(ED4_saveConfiguration, true));
1701        aws->create_button("SAVE", "SAVE");
1702    }
1703    return aws;
1704}
1705
1706static char *filter_loadable_SAIs(GBDATA *gb_sai) {
1707    GBDATA *gb_ali = GB_search(gb_sai, ED4_ROOT->get_alignment_name(), GB_FIND);
1708    if (gb_ali) {
1709        GBDATA *gb_data = GB_search(gb_ali, "data", GB_FIND);
1710        if (gb_data) {
1711            const char *sai_name = GBT_get_name(gb_sai);
1712            if (sai_name && !ED4_find_SAI_name_terminal(sai_name)) { // if not loaded yet
1713                return ARB_strdup(sai_name);
1714            }
1715        }
1716    }
1717    return NULp;
1718}
1719
1720AW_window *ED4_create_loadSAI_window(AW_root *awr) {
1721    static AW_window_simple *aws = NULp;
1722    if (!aws) {
1723        aws = new AW_window_simple;
1724        aws->init(awr, "LOAD_SAI", "Load additional SAI");
1725        aws->load_xfig("edit4/load_sai.fig");
1726
1727        aws->at("close");
1728        aws->callback(AW_POPDOWN);
1729        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE");
1730
1731        aws->at("help");
1732        aws->callback(makeHelpCallback("e4_get_species.hlp"));
1733        aws->create_button("HELP", "HELP");
1734
1735        aws->at("sai");
1736        awt_create_SAI_selection_list(ED4_ROOT->get_gb_main(), aws, AWAR_SAI_NAME, makeSaiSelectionlistFilterCallback(filter_loadable_SAIs));
1737        ED4_ROOT->loadable_SAIs = LSAI_UPTODATE;
1738
1739        aws->at("go");
1740        aws->callback(ED4_get_and_jump_to_selected_SAI);
1741        aws->create_button("LOAD", "LOAD");
1742    }
1743    return aws;
1744}
1745
1746static GB_ERROR createDataFromConsensus(GBDATA *gb_species, ED4_group_manager *group_man) {
1747    GB_ERROR error = NULp;
1748
1749    int   len;
1750    char *consensus = group_man->build_consensus_string(&len);
1751
1752    char *equal_to = ED4_ROOT->aw_root->awar(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_REPL_EQUAL)->read_string();
1753    char *point_to = ED4_ROOT->aw_root->awar(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_REPL_POINT)->read_string();
1754    int   allUpper = ED4_ROOT->aw_root->awar(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_ALL_UPPER)->read_int();
1755
1756    for (int p=0; p<len; p++) {
1757        switch (consensus[p]) {
1758            case '=': consensus[p] = equal_to[0]; break;
1759            case '.': consensus[p] = point_to[0]; break;
1760            default: {
1761                if (allUpper) {
1762                    consensus[p] = toupper(consensus[p]);
1763                }
1764                break;
1765            }
1766        }
1767    }
1768
1769    if (ED4_ROOT->aw_root->awar(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_CREATE_POINTS)) { // points at start & end of sequence?
1770        for (int p=0; p<len; p++) {
1771            if (!ED4_is_gap_character(consensus[p])) break;
1772            consensus[p] = '.';
1773        }
1774        for (int p=len-1; p>=0; p--) {
1775            if (!ED4_is_gap_character(consensus[p])) break;
1776            consensus[p] = '.';
1777        }
1778    }
1779
1780    GB_CSTR  ali    = ED4_ROOT->get_alignment_name();
1781    GBDATA  *gb_ali = GB_search(gb_species, ali, GB_DB);
1782    if (gb_ali) {
1783        GBDATA *gb_data = GB_search(gb_ali, "data", GB_STRING);
1784        error = GB_write_pntr(gb_data, consensus, len+1, len);
1785    }
1786    else {
1787        error = GB_export_errorf("Can't find alignment '%s'", ali);
1788    }
1789    free(consensus);
1790    return error;
1791}
1792
1793// --------------------------------------------------------------------------------
1794
1795struct SpeciesMergeList {
1796    GBDATA *species;
1797    char   *species_name;
1798
1799    SpeciesMergeList *next;
1800};
1801
1802static ARB_ERROR add_species_to_merge_list(ED4_base *base, SpeciesMergeList **smlp, GBDATA *gb_species_data) {
1803    GB_ERROR error = NULp;
1804
1805    if (base->is_species_name_terminal()) {
1806        ED4_species_name_terminal *name_term = base->to_species_name_terminal();
1807
1808        if (!name_term->inside_consensus_manager()) {
1809            char   *species_name    = name_term->resolve_pointer_to_string_copy();
1810            GBDATA *gb_species      = GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, species_name);
1811
1812            if (gb_species) {
1813                SpeciesMergeList *sml = new SpeciesMergeList;
1814
1815                sml->species      = gb_species;
1816                sml->species_name = ARB_strdup(species_name);
1817                sml->next         = *smlp;
1818                *smlp             = sml;
1819            }
1820            else {
1821                error = GB_append_exportedError(GBS_global_string("can't find species '%s'", species_name));
1822            }
1823
1824            free(species_name);
1825        }
1826    }
1827    return error;
1828}
1829static int SpeciesMergeListLength(SpeciesMergeList *sml) {
1830    int length = 0;
1831
1832    while (sml) {
1833        length++;
1834        sml = sml->next;
1835    }
1836
1837    return length;
1838}
1839static void freeSpeciesMergeList(SpeciesMergeList *sml) {
1840    while (sml) {
1841        free(sml->species_name);
1842        freeset(sml, sml->next);
1843    }
1844}
1845
1846// --------------------------------------------------------------------------------
1847
1848inline bool nameIsUnique(const char *short_name, GBDATA *gb_species_data) {
1849    return !GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, short_name);
1850}
1851
1852
1853static void create_new_species(AW_window *, SpeciesCreationMode creation_mode) {
1854    char      *new_species_full_name = ED4_ROOT->aw_root->awar(ED4_AWAR_SPECIES_TO_CREATE)->read_string(); // this contains the full_name now!
1855    ARB_ERROR  error                 = NULp;
1856
1857    e4_assert(creation_mode>=0 && creation_mode<=2);
1858
1859    if (!new_species_full_name || new_species_full_name[0]==0) {
1860        error = "Please enter a full_name for the new species";
1861    }
1862    else {
1863        ED4_MostRecentWinContext context;
1864
1865        GBDATA *gb_main = ED4_ROOT->get_gb_main();
1866        error = GB_begin_transaction(gb_main);
1867
1868        GBDATA *gb_species_data  = GBT_get_species_data(gb_main);
1869        char   *new_species_name = NULp;
1870        char   *acc              = NULp;
1871        char   *addid            = NULp;
1872
1873        enum e_dataSource { MERGE_FIELDS, COPY_FIELDS } dataSource = (enum e_dataSource)ED4_ROOT->aw_root ->awar(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_DATA_SOURCE)->read_int();
1874        enum { NOWHERE, ON_SPECIES, ON_CONSENSUS } where_we_are = NOWHERE;
1875        ED4_terminal *cursor_terminal = NULp;
1876
1877        if (!error) {
1878            if (creation_mode==CREATE_FROM_CONSENSUS || creation_mode==COPY_SPECIES) {
1879                ED4_cursor *cursor = &current_cursor();
1880
1881                if (cursor->owner_of_cursor) {
1882                    cursor_terminal = cursor->owner_of_cursor;
1883                    where_we_are    = cursor_terminal->is_consensus_terminal() ? ON_CONSENSUS : ON_SPECIES;
1884                }
1885            }
1886
1887            if (creation_mode==COPY_SPECIES || (creation_mode==CREATE_FROM_CONSENSUS && dataSource==COPY_FIELDS)) {
1888                if (where_we_are==ON_SPECIES) {
1889                    ED4_species_name_terminal *spec_name   = cursor_terminal->to_sequence_terminal()->corresponding_species_name_terminal();
1890                    const char                *source_name = spec_name->resolve_pointer_to_char_pntr();
1891                    GBDATA                    *gb_source   = GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, source_name);
1892
1893                    if (!gb_source) error = GBS_global_string("No such species: '%s'", source_name);
1894                    else {
1895                        GBDATA *gb_acc  = GB_search(gb_source, "acc", GB_FIND);
1896                        if (gb_acc) acc = GB_read_string(gb_acc); // if has accession
1897
1898                        const char *add_field = AW_get_nameserver_addid(gb_main);
1899                        GBDATA     *gb_addid  = add_field[0] ? GB_search(gb_source, add_field, GB_FIND) : NULp;
1900                        if (gb_addid) addid   = GB_read_as_string(gb_addid);
1901                    }
1902                }
1903                else {
1904                    error = "Please place cursor on a species";
1905                }
1906            }
1907        }
1908
1909        if (!error) {
1910            UniqueNameDetector *existingNames = NULp;
1911
1912            if (creation_mode==0) {
1913                error = "It's no good idea to create the short-name for a new species using the nameserver! (has no acc yet)";
1914            }
1915            else {
1916                error = AWTC_generate_one_name(gb_main, new_species_full_name, acc, addid, new_species_name);
1917                if (!error) {   // name was created
1918                    if (!nameIsUnique(new_species_name, gb_species_data)) {
1919                        if (!existingNames) existingNames = new UniqueNameDetector(gb_species_data);
1920                        freeset(new_species_name, AWTC_makeUniqueShortName(new_species_name, *existingNames));
1921                        if (!new_species_name) error = GB_await_error();
1922                    }
1923                }
1924            }
1925
1926            if (error) {        // try to make a random name
1927                const char *msg = GBS_global_string("%s\nGenerating a random name instead.", error.deliver());
1928                aw_message(msg);
1929                error           = NULp;
1930
1931                if (!existingNames) existingNames = new UniqueNameDetector(gb_species_data);
1932                new_species_name = AWTC_generate_random_name(*existingNames);
1933
1934                if (!new_species_name) {
1935                    error = GBS_global_string("Failed to create a new name for '%s'", new_species_full_name);
1936                }
1937            }
1938
1939            if (existingNames) delete existingNames;
1940        }
1941
1942        if (!error) {
1943            if (!error) {
1944                if (creation_mode==CREATE_NEW_SPECIES) {
1945                    GBDATA *gb_created_species = GBT_find_or_create_species(gb_main, new_species_name, true);
1946                    if (!gb_created_species) {
1947                        error = GBS_global_string("Failed to create new species '%s'", new_species_name);
1948                    }
1949                    else {
1950                        GB_CSTR  ali    = ED4_ROOT->get_alignment_name();
1951                        GBDATA  *gb_ali = GB_search(gb_created_species, ali, GB_DB);
1952
1953                        if (gb_ali) error = GBT_write_string(gb_ali, "data", ".......");
1954                        else error        = GBS_global_string("Can't create alignment '%s' (Reason: %s)", ali, GB_await_error());
1955                    }
1956                    if (!error) error = GBT_write_string(gb_created_species, "full_name", new_species_full_name);
1957                }
1958                else if (creation_mode==CREATE_FROM_CONSENSUS && dataSource==MERGE_FIELDS) {
1959                    // create from consensus (merge fields from all species in container)
1960                    if (where_we_are==NOWHERE) {
1961                        error = "Please place cursor on any sequence/consensus of group";
1962                    }
1963                    else {
1964                        ED4_group_manager *group_man = cursor_terminal->get_parent(LEV_GROUP)->to_group_manager();
1965                        SpeciesMergeList  *sml       = NULp; // list of species in group
1966
1967                        error = group_man->route_down_hierarchy(makeED4_route_cb(add_species_to_merge_list, &sml, gb_species_data));
1968                        if (!error && !sml) {
1969                            error = "Please choose a none empty group!";
1970                        }
1971
1972                        GBDATA *gb_new_species = NULp;
1973                        if (!error) {
1974                            GBDATA *gb_source = sml->species;
1975                            gb_new_species = GB_create_container(gb_species_data, "species");
1976                            error = GB_copy_dropProtectMarksAndTempstate(gb_new_species, gb_source); // copy first found species to create a new species
1977                        }
1978                        if (!error) error = GBT_write_string(gb_new_species, "name", new_species_name); // insert new 'name'
1979                        if (!error) error = GBT_write_string(gb_new_species, "full_name", new_species_full_name); // insert new 'full_name'
1980                        if (!error) error = createDataFromConsensus(gb_new_species, group_man); // insert consensus as 'data'
1981
1982                        if (!error) {
1983                            char             *doneFields = ARB_strdup(";name;full_name;"); // all fields which are already merged
1984                            int               doneLen    = strlen(doneFields);
1985                            SpeciesMergeList *sl         = sml;
1986                            int               sl_length  = SpeciesMergeListLength(sml);
1987                            int              *fieldStat  = new int[sl_length];         // 0 = not used yet ; -1 = don't has field ; 1..n = field content, same number means same content
1988
1989                            arb_progress progress("Merging fields", long(sl_length));
1990
1991                            while (sl && !error) { // with all species do..
1992                                char *newFields = GB_get_subfields(sl->species);
1993                                char *fieldStart = newFields; // points to ; before next field
1994
1995                                while (fieldStart[1] && !error) { // with all subfields of the species do..
1996                                    char *fieldEnd = strchr(fieldStart+1, ';');
1997
1998                                    e4_assert(fieldEnd);
1999                                    char behind = fieldEnd[1];
2000                                    fieldEnd[1] = 0;
2001
2002                                    if (!strstr(doneFields, fieldStart)) { // field is not merged yet
2003                                        char *fieldName = fieldStart+1;
2004                                        int fieldLen = int(fieldEnd-fieldName);
2005
2006                                        e4_assert(fieldEnd[0]==';');
2007                                        fieldEnd[0] = 0;
2008
2009                                        GBDATA *gb_field = GB_search(sl->species, fieldName, GB_FIND);
2010                                        e4_assert(gb_field); // field has to exist, cause it was found before
2011
2012                                        GB_TYPES type = GB_read_type(gb_field);
2013                                        if (type==GB_STRING) { // we only merge string fields
2014                                            int i;
2015                                            int doneSpecies = 0;
2016                                            int nextStat = 1;
2017
2018                                            for (i=0; i<sl_length; i++) { // clear field status
2019                                                fieldStat[i] = 0;
2020                                            }
2021
2022                                            while (doneSpecies<sl_length) { // since all species in list were handled
2023                                                SpeciesMergeList *sl2 = sml;
2024                                                i = 0;
2025
2026                                                while (sl2) {
2027                                                    if (fieldStat[i]==0) {
2028                                                        gb_field = GB_search(sl2->species, fieldName, GB_FIND);
2029                                                        if (gb_field) {
2030                                                            char *content = GB_read_as_string(gb_field);
2031                                                            SpeciesMergeList *sl3 = sl2->next;
2032
2033                                                            fieldStat[i] = nextStat;
2034                                                            doneSpecies++;
2035                                                            int j = i+1;
2036                                                            while (sl3) {
2037                                                                if (fieldStat[j]==0) {
2038                                                                    gb_field = GB_search(sl3->species, fieldName, GB_FIND);
2039                                                                    if (gb_field) {
2040                                                                        char *content2 = GB_read_as_string(gb_field);
2041
2042                                                                        if (strcmp(content, content2)==0) { // if contents are the same, they get the same status
2043                                                                            fieldStat[j] = nextStat;
2044                                                                            doneSpecies++;
2045                                                                        }
2046                                                                        free(content2);
2047                                                                    }
2048                                                                    else {
2049                                                                        fieldStat[j] = -1;
2050                                                                        doneSpecies++;
2051                                                                    }
2052                                                                }
2053                                                                sl3 = sl3->next;
2054                                                                j++;
2055                                                            }
2056
2057                                                            free(content);
2058                                                            nextStat++;
2059                                                        }
2060                                                        else {
2061                                                            fieldStat[i] = -1; // field does not exist here
2062                                                            doneSpecies++;
2063                                                        }
2064                                                    }
2065                                                    sl2 = sl2->next;
2066                                                    i++;
2067                                                }
2068                                            }
2069
2070                                            e4_assert(nextStat!=1); // this would mean that none of the species contained the field
2071
2072                                            {
2073                                                char *new_content     = NULp;
2074                                                int   new_content_len = 0;
2075
2076                                                if (nextStat==2) { // all species contain same field content or do not have the field
2077                                                    SpeciesMergeList *sl2 = sml;
2078
2079                                                    while (sl2) {
2080                                                        gb_field = GB_search(sl2->species, fieldName, GB_FIND);
2081                                                        if (gb_field) {
2082                                                            new_content = GB_read_as_string(gb_field);
2083                                                            new_content_len = strlen(new_content); // @@@ new_content_len never used
2084                                                            break;
2085                                                        }
2086                                                        sl2 = sl2->next;
2087                                                    }
2088                                                }
2089                                                else { // different field contents
2090                                                    int currStat;
2091                                                    for (currStat=1; currStat<nextStat; currStat++) {
2092                                                        int names_len = 1; // open bracket
2093                                                        SpeciesMergeList *sl2 = sml;
2094                                                        i = 0;
2095                                                        char *content = NULp;
2096
2097                                                        while (sl2) {
2098                                                            if (fieldStat[i]==currStat) {
2099                                                                names_len += strlen(sl2->species_name)+1;
2100                                                                if (!content) {
2101                                                                    gb_field = GB_search(sl2->species, fieldName, GB_FIND);
2102                                                                    e4_assert(gb_field);
2103                                                                    content = GB_read_as_string(gb_field);
2104                                                                }
2105                                                            }
2106                                                            sl2 = sl2->next;
2107                                                            i++;
2108                                                        }
2109
2110                                                        e4_assert(content);
2111                                                        int add_len = names_len+1+strlen(content);
2112                                                        char *whole = ARB_alloc<char>(new_content_len+1+add_len+1);
2113                                                        e4_assert(whole);
2114                                                        char *add = new_content ? whole+sprintf(whole, "%s ", new_content) : whole;
2115                                                        sl2 = sml;
2116                                                        i = 0;
2117                                                        int first = 1;
2118                                                        while (sl2) {
2119                                                            if (fieldStat[i]==currStat) {
2120                                                                add += sprintf(add, "%c%s", first ? '{' : ';', sl2->species_name);
2121                                                                first = 0;
2122                                                            }
2123                                                            sl2 = sl2->next;
2124                                                            i++;
2125                                                        }
2126                                                        add += sprintf(add, "} %s", content);
2127
2128                                                        free(content);
2129
2130                                                        freeset(new_content, whole);
2131                                                        new_content_len = strlen(new_content);
2132                                                    }
2133                                                }
2134
2135                                                if (new_content) {
2136                                                    error = GBT_write_string(gb_new_species, fieldName, new_content);
2137                                                    free(new_content);
2138                                                }
2139                                            }
2140                                        }
2141
2142                                        // mark field as done:
2143                                        char *new_doneFields = ARB_alloc<char>(doneLen+fieldLen+1+1);
2144                                        sprintf(new_doneFields, "%s%s;", doneFields, fieldName);
2145                                        doneLen += fieldLen+1;
2146                                        freeset(doneFields, new_doneFields);
2147
2148                                        fieldEnd[0] = ';';
2149                                    }
2150
2151                                    fieldEnd[1] = behind;
2152                                    fieldStart = fieldEnd;
2153                                }
2154                                free(newFields);
2155                                sl = sl->next;
2156                                progress.inc_and_check_user_abort(error);
2157                            }
2158                            free(doneFields);
2159                            delete [] fieldStat;
2160                        }
2161                        freeSpeciesMergeList(sml); sml = NULp;
2162                    }
2163                }
2164                else { // copy species or create from consensus (copy fields from one species)
2165                    e4_assert(where_we_are==ON_SPECIES);
2166
2167                    ED4_species_name_terminal *spec_name   = cursor_terminal->to_sequence_terminal()->corresponding_species_name_terminal();
2168                    const char                *source_name = spec_name->resolve_pointer_to_char_pntr();
2169                    GBDATA                    *gb_source   = GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, source_name);
2170
2171                    if (gb_source) {
2172                        GBDATA *gb_new_species = GB_create_container(gb_species_data, "species");
2173                        error                  = GB_copy_dropProtectMarksAndTempstate(gb_new_species, gb_source);
2174                        if (!error) error      = GBT_write_string(gb_new_species, "name", new_species_name);
2175                        if (!error) error      = GBT_write_string(gb_new_species, "full_name", new_species_full_name); // insert new 'full_name'
2176                        if (!error && creation_mode==CREATE_FROM_CONSENSUS) {
2177                            ED4_group_manager *group_man = cursor_terminal->get_parent(LEV_GROUP)->to_group_manager();
2178                            error = createDataFromConsensus(gb_new_species, group_man);
2179                        }
2180                    }
2181                    else {
2182                        error = GBS_global_string("Can't find species '%s'", source_name);
2183                    }
2184                }
2185            }
2186
2187            error = GB_end_transaction(gb_main, error);
2188            if (!error) ED4_get_and_jump_to_species(new_species_name);
2189        }
2190        else {
2191            GB_abort_transaction(gb_main);
2192        }
2193
2194        free(addid);
2195        free(acc);
2196        free(new_species_name);
2197    }
2198
2199    aw_message_if(error);
2200    free(new_species_full_name);
2201}
2202
2203AW_window *ED4_create_new_seq_window(AW_root *root, SpeciesCreationMode creation_mode) {
2204    e4_assert(valid(creation_mode));
2205
2206    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
2207    switch (creation_mode) {
2208        case CREATE_NEW_SPECIES:    aws->init(root, "create_species",                "Create species");                break;
2209        case CREATE_FROM_CONSENSUS: aws->init(root, "create_species_from_consensus", "Create species from consensus"); break;
2210        case COPY_SPECIES:          aws->init(root, "copy_species",                  "Copy current species");          break;
2211    }
2212
2213    if (creation_mode==CREATE_FROM_CONSENSUS) {
2214        aws->load_xfig("edit4/create_seq_fc.fig");
2215    }
2216    else {
2217        aws->load_xfig("edit4/create_seq.fig");
2218    }
2219
2220    aws->callback(AW_POPDOWN);
2221    aws->at("close");
2222    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
2223
2224    aws->at("label");
2225    aws->create_autosize_button(NULp, "Please enter the FULL_NAME\nof the new species");
2226
2227    aws->at("input");
2228    aws->create_input_field(ED4_AWAR_SPECIES_TO_CREATE, 30);
2229
2230    aws->at("ok");
2231    aws->callback(makeWindowCallback(create_new_species, creation_mode));
2232    aws->create_button("GO", "GO", "g");
2233
2234    if (creation_mode==CREATE_FROM_CONSENSUS) {
2235        aws->at("replace_equal");
2236        aws->label("Replace '=' by ");
2237        aws->create_input_field(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_REPL_EQUAL, 1);
2238
2239        aws->at("replace_point");
2240        aws->label("Replace '.' by ");
2241        aws->create_input_field(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_REPL_POINT, 1);
2242
2243        aws->at("replace_start_end");
2244        aws->label("Create ... at ends of sequence?");
2245        aws->create_toggle(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_CREATE_POINTS);
2246
2247        aws->at("upper");
2248        aws->label("Convert all chars to upper?");
2249        aws->create_toggle(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_ALL_UPPER);
2250
2251        aws->at("data");
2252        aws->label("Other fields");
2253        aws->create_option_menu(ED4_AWAR_CREATE_FROM_CONS_DATA_SOURCE);
2254        aws->insert_default_option("Merge from all in group", "", 0);
2255        aws->insert_option("Copy from current species", "", 1);
2256        aws->update_option_menu();
2257    }
2258
2259    return aws;
2260}
2261
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.