source: branches/lib/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/Halignmm.c

Last change on this file was 10371, checked in by aboeckma, 12 years ago

updated mafft version. Added extensions (no svn ignore, yet)
File size: 37.8 KB
Line 
1#include "mltaln.h"
2#include "dp.h"
3
4#define MACHIGAI 0
5#define OUTGAP0TRY 1
6#define DEBUG 0
7#define XXXXXXX    0
8#define USE_PENALTY_EX  0
9#define FASTMATCHCALC 1
10
11static TLS float **impmtx = NULL;
12
13#if 0 // by D.Mathog
14static float countnocountxx( Gappat *pat1, float diaf1, Gappat *pat2, int offset1, int offset2 )
15{
16//      return( 0.0 );
17        float gclose;
18        float gmatch;
19        Gappat *pat1bk = pat1;
20        Gappat *pat2bk = pat2;
21
22        gmatch = 0.0;
23        for( pat2=pat2bk+1; pat2->len != 0; pat2++ ) // excl. len=0
24        {
25                if( pat2->len + offset2 == offset1 )
26                {
27                        gmatch = diaf1 * pat2->freq;
28                }
29        }
30        for( pat1=pat1bk+1; pat1->len != 0; pat1++ ) // excl. len=0
31        {
32                for( pat2=pat2bk+1; pat2->len != 0; pat2++ ) // excl. len=0
33                {
34                        if( pat1->len + offset1 == pat2->len + offset2 )
35                        {
36                                gmatch += pat1->freq * pat2->freq;
37//                              if( r ) fprintf( stderr, "match1!!, len=%d, gmatch=%f * %f\n", pat2->len, pat1->freq, pat2->freq );
38                        }
39                }
40        }
41        return( gmatch );
42}
43#endif
44
45static float countnocountmatchx( Gappat *pat1, Gappat *pat2, int offset1, int offset2, int r )
46{
47        Gappat *pat1bk = pat1;
48        Gappat *pat2bk = pat2;
49        float val = 0.0;
50        // pat1[][0] ha total gap.
51        for( pat1=pat1bk+1; pat1->len != 0; pat1++ )
52        {
53                for( pat2=pat2bk+1; pat2->len != 0; pat2++ )
54                {
55                        if( pat1->len + offset1 == pat2->len + offset2 )
56                        {
57                                val += pat1->freq * pat2->freq;
58                                if( r ) fprintf( stderr, "y %d-%d, len=%d,%d, val = %f\n", (int)(pat1-pat1bk), (int)(pat2-pat2bk), pat1->len, pat2->len, val ); // 070405
59//                              if( r ) fprintf( stderr, "y %d-%d, len=%d,%d, val = %f\n", pat1-pat1bk, pat2-pat2bk, pat1->len, pat2->len, val );
60                        }
61                } 
62        }
63        if( r ) fprintf( stderr, "nocountmatch=%f\n", val );
64        return( val );
65}
66
67#if 0 // by D.Mathog
68static float countnocountmatch( Gappat *pat1, Gappat *pat2, int r )
69{
70//      return( 0.0 );
71        Gappat *pat1bk = pat1;
72        Gappat *pat2bk = pat2;
73        float val = 0.0;
74        // pat1[][0] ha total gap.
75        for( pat1=pat1bk+1; pat1->len != 0; pat1++ )
76        {
77//              if( r ) fprintf( stderr, "b %d-%d, len=%d,%d\n", pat1-pat1bk, pat2-pat2bk, pat1->len, pat2->len );
78                for( pat2=pat2bk+1; pat2->len != 0; pat2++ )
79                {
80                        if( pat1->len == pat2->len )
81                        {
82//                              if( r ) fprintf( stderr, " x%d-%d, len=%d,%d\n", pat1-pat1bk, pat2-pat2bk, pat1->len, pat2->len );
83                                val += pat1->freq * pat2->freq;
84//                              if( r ) fprintf( stderr, "y %d-%d, val = %f\n", pat1-pat1bk, pat2-pat2bk,val );
85//                              if( r ) fprintf( stderr, "z tsugi, %d-%d, len=%d,%d\n", pat1-pat1bk+1, pat2-pat2bk+1, (pat1+1)->len, (pat2+1)->len );
86                        }
87//                      if( r ) fprintf( stderr, "a %d-%d, len=%d,%d\n", pat1-pat1bk, pat2-pat2bk, pat1->len, pat2->len );
88                }
89        }
90//      fprintf( stderr, "nocountmatch=%f\n", val );
91        return( val );
92}
93#endif
94
95static float countnocountx( Gappat *pat1, float diaf1, Gappat *pat2, int offset1, int r )
96{
97//      return( 0.0 );
98        float gmatch;
99        Gappat *pat1bk = pat1;
100        Gappat *pat2bk = pat2;
101
102        gmatch = 0.0;
103        for( pat2=pat2bk+1; pat2->len != 0; pat2++ ) // excl. len=0
104        {
105                if( pat2->len == offset1 )
106                {
107                        gmatch = diaf1 * pat2->freq;
108//                      if( r ) fprintf( stderr, "match0!!, len=%d, gmatch=%f * %f\n", pat2->len, diaf1, pat2->freq );
109                }
110        }
111        for( pat1=pat1bk+1; pat1->len != 0; pat1++ ) // excl. len=0
112        {
113                for( pat2=pat2bk+1; pat2->len != 0; pat2++ ) // excl. len=0
114                {
115                        if( pat1->len + offset1 == pat2->len )
116                        {
117                                gmatch += pat1->freq * pat2->freq;
118//                              if( r ) fprintf( stderr, "match1!!, len=%d, gmatch=%f * %f\n", pat2->len, pat1->freq, pat2->freq );
119                        }
120                }
121        }
122        return( gmatch );
123}
124
125#if 0 // by D.Mathog
126static float countnocount( Gappat *pat1, Gappat *pat2, int offset1, int offset2 ) //osoi
127{
128//      return( 0.0 );
129        Gappat *pat1bk = pat1;
130        Gappat *pat2bk = pat2;
131        float val = 0.0;
132        // pat1[][0] ha total gap.
133        for( pat1=pat1bk+1; pat1->len != -1; pat1++ )
134        {
135                for( pat2=pat2bk+1; pat2->len != -1; pat2++ )
136                {
137                        if( pat1->len+offset1 == pat2->len+offset2 )
138                        {
139                                val += pat1->freq * pat2->freq;
140                        }
141                }
142        }
143//      fprintf( stderr, "nocount=%f\n", val );
144        return( val );
145}
146#endif
147
148
149
150#if 1 // tditeration
151float imp_match_out_scH( int i1, int j1 )
152{
153//      fprintf( stderr, "imp+match = %f\n", impmtx[i1][j1] * fastathreshold );
154//      fprintf( stderr, "val = %f\n", impmtx[i1][j1] );
155        return( impmtx[i1][j1] );
156}
157#endif
158
159static void imp_match_out_veadH( float *imp, int i1, int lgth2 )
160{
161#if FASTMATCHCALC
162        float *pt = impmtx[i1];
163        while( lgth2-- )
164                *imp++ += *pt++;
165#else
166        int j;
167        float *pt = impmtx[i1];
168        for( j=0; j<lgth2; j++ )
169                *imp++ += pt[j];
170#endif
171}
172static void imp_match_out_vead_tateH( float *imp, int j1, int lgth1 )
173{
174        int i;
175        for( i=0; i<lgth1; i++ )
176                *imp++ += impmtx[i][j1];
177}
178
179#if 1 // tbfast.c kara yobareru.
180void imp_match_init_strictH( float *imp, int clus1, int clus2, int lgth1, int lgth2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, LocalHom ***localhom, int forscore )
181{
182        int i, j, k1, k2, tmpint, start1, start2, end1, end2;
183        static TLS int impalloclen = 0;
184        float effij;
185        double effijx;
186        char *pt, *pt1, *pt2;
187        static TLS char *nocount1 = NULL;
188        static TLS char *nocount2 = NULL;
189        LocalHom *tmpptr;
190
191        if( impalloclen < lgth1 + 2 || impalloclen < lgth2 + 2 )
192        {
193                if( impmtx ) FreeFloatMtx( impmtx );
194                if( nocount1 ) free( nocount1 );
195                if( nocount2 ) free( nocount2 );
196                impalloclen = MAX( lgth1, lgth2 ) + 2;
197                impmtx = AllocateFloatMtx( impalloclen, impalloclen );
198                nocount1 = AllocateCharVec( impalloclen );
199                nocount2 = AllocateCharVec( impalloclen );
200        }
201
202        for( i=0; i<lgth1; i++ )
203        {
204                for( j=0; j<clus1; j++ )
205                        if( seq1[j][i] == '-' ) break;
206                if( j != clus1 ) nocount1[i] = 1; 
207                else                     nocount1[i] = 0;
208        }
209        for( i=0; i<lgth2; i++ )
210        {
211                for( j=0; j<clus2; j++ )
212                        if( seq2[j][i] == '-' ) break;
213                if( j != clus2 ) nocount2[i] = 1;
214                else                     nocount2[i] = 0;
215        }
216
217#if 0
218fprintf( stderr, "nocount2 =\n" );
219for( i = 0; i<impalloclen; i++ )
220{
221        fprintf( stderr, "nocount2[%d] = %d (%c)\n", i, nocount2[i], seq2[0][i] );
222}
223#endif
224
225
226
227#if 0
228        fprintf( stderr, "eff1 in _init_strict = \n" );
229        for( i=0; i<clus1; i++ )
230                fprintf( stderr, "eff1[] = %f\n", eff1[i] );
231        for( i=0; i<clus2; i++ )
232                fprintf( stderr, "eff2[] = %f\n", eff2[i] );
233#endif
234
235        for( i=0; i<lgth1; i++ ) for( j=0; j<lgth2; j++ )
236                impmtx[i][j] = 0.0;
237        effijx =  fastathreshold;
238        for( i=0; i<clus1; i++ )
239        {
240                for( j=0; j<clus2; j++ )
241                {
242                        effij = (float)( eff1[i] * eff2[j] * effijx );
243                        tmpptr = localhom[i][j];
244                        while( tmpptr )
245                        {
246//                              fprintf( stderr, "start1 = %d\n", tmpptr->start1 );
247//                              fprintf( stderr, "end1   = %d\n", tmpptr->end1   );
248//                              fprintf( stderr, "i = %d, seq1 = \n%s\n", i, seq1[i] );
249//                              fprintf( stderr, "j = %d, seq2 = \n%s\n", j, seq2[j] );
250                                pt = seq1[i];
251                                tmpint = -1;
252                                while( *pt != 0 )
253                                {
254                                        if( *pt++ != '-' ) tmpint++;
255                                        if( tmpint == tmpptr->start1 ) break;
256                                }
257                                start1 = pt - seq1[i] - 1;
258       
259                                if( tmpptr->start1 == tmpptr->end1 ) end1 = start1;
260                                else
261                                {
262#if MACHIGAI
263                                        while( *pt != 0 )
264                                        {
265//                                              fprintf( stderr, "tmpint = %d, end1 = %d pos = %d\n", tmpint, tmpptr->end1, pt-seq1[i] );
266                                                if( tmpint == tmpptr->end1 ) break;
267                                                if( *pt++ != '-' ) tmpint++;
268                                        }
269                                        end1 = pt - seq1[i] - 0;
270#else
271                                        while( *pt != 0 )
272                                        {
273//                                              fprintf( stderr, "tmpint = %d, end1 = %d pos = %d\n", tmpint, tmpptr->end1, pt-seq1[i] );
274                                                if( *pt++ != '-' ) tmpint++;
275                                                if( tmpint == tmpptr->end1 ) break;
276                                        }
277                                        end1 = pt - seq1[i] - 1;
278#endif
279                                }
280       
281                                pt = seq2[j];
282                                tmpint = -1;
283                                while( *pt != 0 )
284                                {
285                                        if( *pt++ != '-' ) tmpint++;
286                                        if( tmpint == tmpptr->start2 ) break;
287                                }
288                                start2 = pt - seq2[j] - 1;
289                                if( tmpptr->start2 == tmpptr->end2 ) end2 = start2;
290                                else
291                                {
292#if MACHIGAI
293                                        while( *pt != 0 )
294                                        {
295                                                if( tmpint == tmpptr->end2 ) break;
296                                                if( *pt++ != '-' ) tmpint++;
297                                        }
298                                        end2 = pt - seq2[j] - 0;
299#else
300                                        while( *pt != 0 )
301                                        {
302                                                if( *pt++ != '-' ) tmpint++;
303                                                if( tmpint == tmpptr->end2 ) break;
304                                        }
305                                        end2 = pt - seq2[j] - 1;
306#endif
307                                }
308//                              fprintf( stderr, "start1 = %d (%c), end1 = %d (%c), start2 = %d (%c), end2 = %d (%c)\n", start1, seq1[i][start1], end1, seq1[i][end1], start2, seq2[j][start2], end2, seq2[j][end2] );
309//                              fprintf( stderr, "step 0\n" );
310                                if( end1 - start1 != end2 - start2 )
311                                {
312//                                      fprintf( stderr, "CHUUI!!, start1 = %d, end1 = %d, start2 = %d, end2 = %d\n", start1, end1, start2, end2 );
313                                }
314
315#if 1
316                                k1 = start1; k2 = start2;
317                                pt1 = seq1[i] + k1;
318                                pt2 = seq2[j] + k2;
319                                while( *pt1 && *pt2 )
320                                {
321                                        if( *pt1 != '-' && *pt2 != '-' )
322                                        {
323// œÅ€ß€òÆóœÅ€Ë€«€±€Ê€€€è€Š€ËÃí°Õ€·€Æ²Œ€µ€€¡£
324//                                              impmtx[k1][k2] += tmpptr->wimportance * fastathreshold;
325//                                              impmtx[k1][k2] += tmpptr->importance * effij;
326                                                impmtx[k1][k2] += tmpptr->fimportance * effij;
327//                                              fprintf( stderr, "#### impmtx[k1][k2] = %f, tmpptr->fimportance=%f, effij=%f\n", impmtx[k1][k2], tmpptr->fimportance, effij );
328//                                              fprintf( stderr, "mark, %d (%c) - %d (%c) \n", k1, *pt1, k2, *pt2 );
329//                                              fprintf( stderr, "%d (%c) - %d (%c)  - %f\n", k1, *pt1, k2, *pt2, tmpptr->fimportance * effij );
330                                                k1++; k2++;
331                                                pt1++; pt2++;
332                                        }
333                                        else if( *pt1 != '-' && *pt2 == '-' )
334                                        {
335//                                              fprintf( stderr, "skip, %d (%c) - %d (%c) \n", k1, *pt1, k2, *pt2 );
336                                                k2++; pt2++;
337                                        }
338                                        else if( *pt1 == '-' && *pt2 != '-' )
339                                        {
340//                                              fprintf( stderr, "skip, %d (%c) - %d (%c) \n", k1, *pt1, k2, *pt2 );
341                                                k1++; pt1++;
342                                        }
343                                        else if( *pt1 == '-' && *pt2 == '-' )
344                                        {
345//                                              fprintf( stderr, "skip, %d (%c) - %d (%c) \n", k1, *pt1, k2, *pt2 );
346                                                k1++; pt1++;
347                                                k2++; pt2++;
348                                        }
349                                        if( k1 > end1 || k2 > end2 ) break;
350                                }
351#else
352                                while( k1 <= end1 && k2 <= end2 )
353                                {
354                                        fprintf( stderr, "k1,k2=%d,%d - ", k1, k2 );
355                                        if( !nocount1[k1] && !nocount2[k2] )
356                                        {
357                                                impmtx[k1][k2] += tmpptr->wimportance * eff1[i] * eff2[j]  * fastathreshold;
358                                                fprintf( stderr, "marked\n" );
359                                        }
360                                        else
361                                                fprintf( stderr, "no count\n" );
362                                        k1++; k2++;
363                                }
364#endif
365                                tmpptr = tmpptr->next;
366                        }
367                }
368        }
369#if 0
370        if( clus1 == 1 && clus2 == 6 )
371        {
372                fprintf( stderr, "\n" );
373                fprintf( stderr, "seq1[0] =  %s\n", seq1[0] );
374                fprintf( stderr, "seq2[0] =  %s\n", seq2[0] );
375                fprintf( stderr, "impmtx = \n" );
376                for( k2=0; k2<lgth2; k2++ )
377                        fprintf( stderr, "%6.3f ", (double)k2 );
378                fprintf( stderr, "\n" );
379                for( k1=0; k1<lgth1; k1++ )
380                {
381                        fprintf( stderr, "%d ", k1 );
382                        for( k2=0; k2<3; k2++ )
383                                fprintf( stderr, "%2.1f ", impmtx[k1][k2] );
384                        fprintf( stderr, "\n" );
385                }
386                exit( 1 );
387        }
388#endif
389}
390#endif
391
392
393static void match_calc( float *match, float **cpmx1, float **cpmx2, int i1, int lgth2, float **floatwork, int **intwork, int initialize )
394{
395#if FASTMATCHCALC
396        int j, l;
397        float scarr[26];
398        float **cpmxpd = floatwork;
399        int **cpmxpdn = intwork;
400        float *matchpt, *cpmxpdpt, **cpmxpdptpt;
401        int *cpmxpdnpt, **cpmxpdnptpt;
402        if( initialize )
403        {
404                int count = 0;
405                for( j=0; j<lgth2; j++ )
406                {
407                        count = 0;
408                        for( l=0; l<26; l++ )
409                        {
410                                if( cpmx2[l][j] )
411                                {
412                                        cpmxpd[j][count] = cpmx2[l][j];
413                                        cpmxpdn[j][count] = l;
414                                        count++;
415                                }
416                        }
417                        cpmxpdn[j][count] = -1;
418                }
419        }
420
421        {
422                for( l=0; l<26; l++ )
423                {
424                        scarr[l] = 0.0;
425                        for( j=0; j<26; j++ )
426                                scarr[l] += n_dis[j][l] * cpmx1[j][i1];
427                }
428                matchpt = match;
429                cpmxpdnptpt = cpmxpdn;
430                cpmxpdptpt = cpmxpd;
431                while( lgth2-- )
432                {
433                        *matchpt = 0.0;
434                        cpmxpdnpt = *cpmxpdnptpt++;
435                        cpmxpdpt = *cpmxpdptpt++;
436                        while( *cpmxpdnpt>-1 )
437                                *matchpt += scarr[*cpmxpdnpt++] * *cpmxpdpt++;
438                        matchpt++;
439                } 
440        }
441#else
442        int j, k, l;
443        float scarr[26];
444        float **cpmxpd = floatwork;
445        int **cpmxpdn = intwork;
446// simple
447        if( initialize )
448        {
449                int count = 0;
450                for( j=0; j<lgth2; j++ )
451                {
452                        count = 0;
453                        for( l=0; l<26; l++ )
454                        {
455                                if( cpmx2[l][j] )
456                                {
457                                        cpmxpd[count][j] = cpmx2[l][j];
458                                        cpmxpdn[count][j] = l;
459                                        count++;
460                                }
461                        }
462                        cpmxpdn[count][j] = -1;
463                }
464        }
465        for( l=0; l<26; l++ )
466        {
467                scarr[l] = 0.0;
468                for( k=0; k<26; k++ )
469                        scarr[l] += n_dis[k][l] * cpmx1[k][i1];
470        }
471        for( j=0; j<lgth2; j++ )
472        {
473                match[j] = 0.0;
474                for( k=0; cpmxpdn[k][j]>-1; k++ )
475                        match[j] += scarr[cpmxpdn[k][j]] * cpmxpd[k][j];
476        } 
477#endif
478}
479
480static void Atracking_localhom( float *impwmpt, float *lasthorizontalw, float *lastverticalw, 
481                                                char **seq1, char **seq2, 
482                        char **mseq1, char **mseq2, 
483                        float **cpmx1, float **cpmx2, 
484                        int **ijp, int icyc, int jcyc )
485{
486        int i, j, l, iin, jin, ifi, jfi, lgth1, lgth2, k;
487        float wm;
488        char *gaptable1, *gt1bk;
489        char *gaptable2, *gt2bk;
490        lgth1 = strlen( seq1[0] );
491        lgth2 = strlen( seq2[0] );
492        gt1bk = AllocateCharVec( lgth1+lgth2+1 );
493        gt2bk = AllocateCharVec( lgth1+lgth2+1 );
494
495#if 0
496        for( i=0; i<lgth1; i++ )
497        {
498                fprintf( stderr, "lastverticalw[%d] = %f\n", i, lastverticalw[i] );
499        }
500#endif
501 
502        if( outgap == 1 )
503                ;
504        else
505        {
506                wm = lastverticalw[0];
507                for( i=0; i<lgth1; i++ )
508                {
509                        if( lastverticalw[i] >= wm )
510                        {
511                                wm = lastverticalw[i];
512                                iin = i; jin = lgth2-1;
513                                ijp[lgth1][lgth2] = +( lgth1 - i );
514                        }
515                }
516                for( j=0; j<lgth2; j++ )
517                {
518                        if( lasthorizontalw[j] >= wm )
519                        {
520                                wm = lasthorizontalw[j];
521                                iin = lgth1-1; jin = j;
522                                ijp[lgth1][lgth2] = -( lgth2 - j );
523                        }
524                }
525        }
526
527    for( i=0; i<lgth1+1; i++ ) 
528    {
529        ijp[i][0] = i + 1;
530    }
531    for( j=0; j<lgth2+1; j++ ) 
532    {
533        ijp[0][j] = -( j + 1 );
534    }
535
536        gaptable1 = gt1bk + lgth1+lgth2;
537        *gaptable1 = 0;
538        gaptable2 = gt2bk + lgth1+lgth2;
539        *gaptable2 = 0;
540
541        iin = lgth1; jin = lgth2;
542        *impwmpt = 0.0;
543        for( k=0; k<=lgth1+lgth2; k++ ) 
544        {
545                if( ijp[iin][jin] < 0 ) 
546                {
547                        ifi = iin-1; jfi = jin+ijp[iin][jin];
548                }
549                else if( ijp[iin][jin] > 0 )
550                {
551                        ifi = iin-ijp[iin][jin]; jfi = jin-1;
552                }
553                else
554                {
555                        ifi = iin-1; jfi = jin-1;
556                }
557                l = iin - ifi;
558                while( --l ) 
559                {
560                        *--gaptable1 = 'o';
561                        *--gaptable2 = '-';
562                        k++;
563                }
564                l= jin - jfi;
565                while( --l )
566                {
567                        *--gaptable1 = '-';
568                        *--gaptable2 = 'o';
569                        k++;
570                }
571                if( iin == lgth1 || jin == lgth2 )
572                        ;
573                else
574                {
575                        *impwmpt += imp_match_out_scH( iin, jin );
576
577//              fprintf( stderr, "impwm = %f (iin=%d, jin=%d) seq1=%c, seq2=%c\n", *impwmpt, iin, jin, seq1[0][iin], seq2[0][jin] );
578                }
579                if( iin <= 0 || jin <= 0 ) break;
580                *--gaptable1 = 'o';
581                *--gaptable2 = 'o';
582                k++;
583                iin = ifi; jin = jfi;
584        }
585
586        for( i=0; i<icyc; i++ ) gapireru( mseq1[i], seq1[i], gaptable1 );
587        for( j=0; j<jcyc; j++ ) gapireru( mseq2[j], seq2[j], gaptable2 );
588
589        free( gt1bk );
590        free( gt2bk );
591}
592
593static float Atracking( float *lasthorizontalw, float *lastverticalw, 
594                                                char **seq1, char **seq2, 
595                        char **mseq1, char **mseq2, 
596                        float **cpmx1, float **cpmx2, 
597                        int **ijp, int icyc, int jcyc )
598{
599        int i, j, l, iin, jin, ifi, jfi, lgth1, lgth2, k;
600        float wm;
601        char *gaptable1, *gt1bk;
602        char *gaptable2, *gt2bk;
603        lgth1 = strlen( seq1[0] );
604        lgth2 = strlen( seq2[0] );
605
606        gt1bk = AllocateCharVec( lgth1+lgth2+1 );
607        gt2bk = AllocateCharVec( lgth1+lgth2+1 );
608
609#if 0
610        for( i=0; i<lgth1; i++ )
611        {
612                fprintf( stderr, "lastverticalw[%d] = %f\n", i, lastverticalw[i] );
613        }
614#endif
615 
616        if( outgap == 1 )
617                ;
618        else
619        {
620                wm = lastverticalw[0];
621                for( i=0; i<lgth1; i++ )
622                {
623                        if( lastverticalw[i] >= wm )
624                        {
625                                wm = lastverticalw[i];
626                                iin = i; jin = lgth2-1;
627                                ijp[lgth1][lgth2] = +( lgth1 - i );
628                        }
629                }
630                for( j=0; j<lgth2; j++ )
631                {
632                        if( lasthorizontalw[j] >= wm )
633                        {
634                                wm = lasthorizontalw[j];
635                                iin = lgth1-1; jin = j;
636                                ijp[lgth1][lgth2] = -( lgth2 - j );
637                        }
638                }
639        }
640
641    for( i=0; i<lgth1+1; i++ ) 
642    {
643        ijp[i][0] = i + 1;
644    }
645    for( j=0; j<lgth2+1; j++ ) 
646    {
647        ijp[0][j] = -( j + 1 );
648    }
649
650        gaptable1 = gt1bk + lgth1+lgth2;
651        *gaptable1 = 0;
652        gaptable2 = gt2bk + lgth1+lgth2;
653        *gaptable2 = 0;
654
655        iin = lgth1; jin = lgth2;
656        for( k=0; k<=lgth1+lgth2; k++ ) 
657        {
658                if( ijp[iin][jin] < 0 ) 
659                {
660                        ifi = iin-1; jfi = jin+ijp[iin][jin];
661                }
662                else if( ijp[iin][jin] > 0 )
663                {
664                        ifi = iin-ijp[iin][jin]; jfi = jin-1;
665                }
666                else
667                {
668                        ifi = iin-1; jfi = jin-1;
669                }
670                l = iin - ifi;
671                while( --l ) 
672                {
673                        *--gaptable1 = 'o';
674                        *--gaptable2 = '-';
675                        k++;
676                }
677                l= jin - jfi;
678                while( --l )
679                {
680                        *--gaptable1 = '-';
681                        *--gaptable2 = 'o';
682                        k++;
683                }
684                if( iin <= 0 || jin <= 0 ) break;
685                *--gaptable1 = 'o';
686                *--gaptable2 = 'o';
687                k++;
688                iin = ifi; jin = jfi;
689        }
690
691        for( i=0; i<icyc; i++ ) gapireru( mseq1[i], seq1[i], gaptable1 );
692        for( j=0; j<jcyc; j++ ) gapireru( mseq2[j], seq2[j], gaptable2 );
693
694        free( gt1bk );
695        free( gt2bk );
696
697        return( 0.0 );
698}
699
700float H__align( char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int icyc, int jcyc, int alloclen, LocalHom ***localhom, float *impmatch, char *sgap1, char *sgap2, char *egap1, char *egap2 )
701/* score no keisan no sai motokaraaru gap no atukai ni mondai ga aru */
702{
703//      int k;
704        register int i, j;
705        int lasti, lastj;      /* outgap == 0 -> lgth1, outgap == 1 -> lgth1+1 */
706        int lgth1, lgth2;
707        int resultlen;
708        float wm = 0.0;   /* int ?????? */
709        float g;
710        float *currentw, *previousw;
711//      float fpenalty = (float)penalty;
712#if USE_PENALTY_EX
713        float fpenalty_ex = (float)penalty_ex;
714#endif
715#if 1
716        float *wtmp;
717        int *ijppt;
718        float *mjpt, *prept, *curpt;
719        int *mpjpt;
720#endif
721        static TLS float mi, *m;
722        static TLS int **ijp;
723        static TLS int mpi, *mp;
724        static TLS float *w1, *w2;
725        static TLS float *match;
726        static TLS float *initverticalw;    /* kufuu sureba iranai */
727        static TLS float *lastverticalw;    /* kufuu sureba iranai */
728        static TLS char **mseq1;
729        static TLS char **mseq2;
730        static TLS char **mseq;
731        static TLS Gappat **gappat1;
732        static TLS Gappat **gappat2;
733        static TLS float *digf1;
734        static TLS float *digf2;
735        static TLS float *diaf1;
736        static TLS float *diaf2;
737        static TLS float *gapz1;
738        static TLS float *gapz2;
739        static TLS float *gapf1;
740        static TLS float *gapf2;
741        static TLS float *ogcp1g;
742        static TLS float *ogcp2g;
743        static TLS float *fgcp1g;
744        static TLS float *fgcp2g;
745        static TLS float *ogcp1;
746        static TLS float *ogcp2;
747        static TLS float *fgcp1;
748        static TLS float *fgcp2;
749        static TLS float **cpmx1;
750        static TLS float **cpmx2;
751        static TLS int **intwork;
752        static TLS float **floatwork;
753        static TLS int orlgth1 = 0, orlgth2 = 0;
754        float fpenalty = (float)penalty;
755        float tmppenal;
756        float cumpenal;
757        float *fgcp2pt;
758        float *ogcp2pt;
759        float fgcp1va;
760        float ogcp1va;
761        int maegap;
762
763
764
765#if 0
766        fprintf( stderr, "####  eff in SA+++align\n" );
767        fprintf( stderr, "####  seq1[0] = %s\n", seq1[0] );
768        fprintf( stderr, "####  strlen( seq1[0] ) = %d\n", strlen( seq1[0] ) );
769        for( i=0; i<icyc; i++ ) fprintf( stderr, "eff1[%d] = %f\n", i, eff1[i] );
770#endif
771        if( orlgth1 == 0 )
772        {
773                mseq1 = AllocateCharMtx( njob, 0 );
774                mseq2 = AllocateCharMtx( njob, 0 );
775        }
776
777
778        lgth1 = strlen( seq1[0] );
779        lgth2 = strlen( seq2[0] );
780#if 0
781        if( lgth1 == 0 || lgth2 == 0 )
782        {
783                fprintf( stderr, "WARNING (Aalignmm): lgth1=%d, lgth2=%d\n", lgth1, lgth2 );
784        }
785#endif
786
787        if( lgth1 > orlgth1 || lgth2 > orlgth2 )
788        {
789                int ll1, ll2;
790
791                if( orlgth1 > 0 && orlgth2 > 0 )
792                {
793                        FreeFloatVec( w1 );
794                        FreeFloatVec( w2 );
795                        FreeFloatVec( match );
796                        FreeFloatVec( initverticalw );
797                        FreeFloatVec( lastverticalw );
798
799                        FreeFloatVec( m );
800                        FreeIntVec( mp );
801
802                        FreeCharMtx( mseq );
803
804                        free( gappat1 );
805                        free( gappat2 );
806                        FreeFloatVec( digf1 );
807                        FreeFloatVec( digf2 );
808                        FreeFloatVec( diaf1 );
809                        FreeFloatVec( diaf2 );
810                        FreeFloatVec( gapz1 );
811                        FreeFloatVec( gapz2 );
812                        FreeFloatVec( gapf1 );
813                        FreeFloatVec( gapf2 );
814                        FreeFloatVec( ogcp1 );
815                        FreeFloatVec( ogcp2 );
816                        FreeFloatVec( fgcp1 );
817                        FreeFloatVec( fgcp2 );
818                        FreeFloatVec( ogcp1g );
819                        FreeFloatVec( ogcp2g );
820                        FreeFloatVec( fgcp1g );
821                        FreeFloatVec( fgcp2g );
822
823
824                        FreeFloatMtx( cpmx1 );
825                        FreeFloatMtx( cpmx2 );
826
827                        FreeFloatMtx( floatwork );
828                        FreeIntMtx( intwork );
829                }
830
831                ll1 = MAX( (int)(1.3*lgth1), orlgth1 ) + 100;
832                ll2 = MAX( (int)(1.3*lgth2), orlgth2 ) + 100;
833
834#if DEBUG
835                fprintf( stderr, "\ntrying to allocate (%d+%d)xn matrices ... ", ll1, ll2 );
836#endif
837
838                w1 = AllocateFloatVec( ll2+2 );
839                w2 = AllocateFloatVec( ll2+2 );
840                match = AllocateFloatVec( ll2+2 );
841
842                initverticalw = AllocateFloatVec( ll1+2 );
843                lastverticalw = AllocateFloatVec( ll1+2 );
844
845                m = AllocateFloatVec( ll2+2 );
846                mp = AllocateIntVec( ll2+2 );
847
848                mseq = AllocateCharMtx( njob, ll1+ll2 );
849
850                digf1 = AllocateFloatVec( ll1+2 );
851                digf2 = AllocateFloatVec( ll2+2 );
852                diaf1 = AllocateFloatVec( ll1+2 );
853                diaf2 = AllocateFloatVec( ll2+2 );
854                gappat1 = (Gappat **)calloc( ll1+2, sizeof( Gappat * ) );
855                gappat2 = (Gappat **)calloc( ll2+2, sizeof( Gappat * ) );
856                gapz1 = AllocateFloatVec( ll1+2 );
857                gapz2 = AllocateFloatVec( ll2+2 );
858                gapf1 = AllocateFloatVec( ll1+2 );
859                gapf2 = AllocateFloatVec( ll2+2 );
860                ogcp1 = AllocateFloatVec( ll1+2 );
861                ogcp2 = AllocateFloatVec( ll2+2 );
862                fgcp1 = AllocateFloatVec( ll1+2 );
863                fgcp2 = AllocateFloatVec( ll2+2 );
864                ogcp1g = AllocateFloatVec( ll1+2 );
865                ogcp2g = AllocateFloatVec( ll2+2 );
866                fgcp1g = AllocateFloatVec( ll1+2 );
867                fgcp2g = AllocateFloatVec( ll2+2 );
868
869                cpmx1 = AllocateFloatMtx( 26, ll1+2 );
870                cpmx2 = AllocateFloatMtx( 26, ll2+2 );
871
872#if FASTMATCHCALC
873                floatwork = AllocateFloatMtx( MAX( ll1, ll2 )+2, 26 ); 
874                intwork = AllocateIntMtx( MAX( ll1, ll2 )+2, 27 ); 
875#else
876                floatwork = AllocateFloatMtx( 26, MAX( ll1, ll2 )+2 ); 
877                intwork = AllocateIntMtx( 26, MAX( ll1, ll2 )+2 ); 
878#endif
879
880#if DEBUG
881                fprintf( stderr, "succeeded\n" );
882#endif
883
884                orlgth1 = ll1 - 100;
885                orlgth2 = ll2 - 100;
886        }
887
888
889        for( i=0; i<icyc; i++ )
890        {
891                mseq1[i] = mseq[i];
892                seq1[i][lgth1] = 0;
893        }
894        for( j=0; j<jcyc; j++ )
895        {
896                mseq2[j] = mseq[icyc+j];
897                seq2[j][lgth2] = 0;
898        }
899
900
901        if( orlgth1 > commonAlloc1 || orlgth2 > commonAlloc2 )
902        {
903                int ll1, ll2;
904
905                if( commonAlloc1 && commonAlloc2 )
906                {
907                        FreeIntMtx( commonIP );
908                }
909
910                ll1 = MAX( orlgth1, commonAlloc1 );
911                ll2 = MAX( orlgth2, commonAlloc2 );
912
913#if DEBUG
914                fprintf( stderr, "\n\ntrying to allocate %dx%d matrices ... ", ll1+1, ll2+1 );
915#endif
916
917                commonIP = AllocateIntMtx( ll1+10, ll2+10 );
918
919#if DEBUG
920                fprintf( stderr, "succeeded\n\n" );
921#endif
922
923                commonAlloc1 = ll1;
924                commonAlloc2 = ll2;
925        }
926        ijp = commonIP;
927
928#if 0
929        {
930                float t = 0.0;
931                for( i=0; i<icyc; i++ )
932                        t += eff1[i];
933        fprintf( stderr, "## totaleff = %f\n", t );
934        }
935#endif
936
937        cpmx_calc_new( seq1, cpmx1, eff1, lgth1, icyc );
938        cpmx_calc_new( seq2, cpmx2, eff2, lgth2, jcyc );
939
940        if( sgap1 )
941        {
942                new_OpeningGapCount_zure( ogcp1g, icyc, seq1, eff1, lgth1, sgap1, egap1 );
943                new_OpeningGapCount_zure( ogcp2g, jcyc, seq2, eff2, lgth2, sgap2, egap1 );
944                new_FinalGapCount_zure( fgcp1g, icyc, seq1, eff1, lgth1, sgap1, egap1 );
945                new_FinalGapCount_zure( fgcp2g, jcyc, seq2, eff2, lgth2, sgap1, egap2 );
946                getdigapfreq_part( digf1, icyc, seq1, eff1, lgth1, sgap1, egap1 ); // sgap1 ha iranai ?
947                getdigapfreq_part( digf2, jcyc, seq2, eff2, lgth2, sgap2, egap2 ); // sgap1 ha iranai ?
948                getdiaminofreq_part( diaf1, icyc, seq1, eff1, lgth1, sgap1, egap1 ); // sgap1 ha iranai ?
949                getdiaminofreq_part( diaf2, jcyc, seq2, eff2, lgth2, sgap1, egap2 ); // sgap1 ha iranai ?
950                getgapfreq( gapf1, icyc, seq1, eff1, lgth1 ); // atode
951                getgapfreq( gapf2, jcyc, seq2, eff2, lgth2 ); // atode
952                getgapfreq_zure( gapz1, icyc, seq1, eff1, lgth1 ); // atode
953                getgapfreq_zure( gapz2, jcyc, seq2, eff2, lgth2 ); // atode
954        }
955        else
956        {
957                st_OpeningGapCount( ogcp1g, icyc, seq1, eff1, lgth1 );
958                st_OpeningGapCount( ogcp2g, jcyc, seq2, eff2, lgth2 );
959                st_FinalGapCount_zure( fgcp1g, icyc, seq1, eff1, lgth1 );
960                st_FinalGapCount_zure( fgcp2g, jcyc, seq2, eff2, lgth2 );
961                st_getGapPattern( gappat1, icyc, seq1, eff1, lgth1 );
962                st_getGapPattern( gappat2, jcyc, seq2, eff2, lgth2 );
963                getdigapfreq_st( digf1, icyc, seq1, eff1, lgth1 );
964                getdigapfreq_st( digf2, jcyc, seq2, eff2, lgth2 );
965                getdiaminofreq_x( diaf1, icyc, seq1, eff1, lgth1 );
966                getdiaminofreq_x( diaf2, jcyc, seq2, eff2, lgth2 );
967                getgapfreq( gapf1, icyc, seq1, eff1, lgth1 );
968                getgapfreq( gapf2, jcyc, seq2, eff2, lgth2 );
969                getgapfreq_zure( gapz1, icyc, seq1, eff1, lgth1 );
970                getgapfreq_zure( gapz2, jcyc, seq2, eff2, lgth2 );
971        }
972
973#if 0
974        for( i=0; i<lgth1; i++ )
975                fprintf( stderr, "ogcp1[%d]=%f\n", i, ogcp1[i] );
976#endif
977
978        currentw = w1;
979        previousw = w2;
980
981        match_calc( initverticalw, cpmx2, cpmx1, 0, lgth1, floatwork, intwork, 1 );
982        if( localhom )
983                imp_match_out_vead_tateH( initverticalw, 0, lgth1 ); // 060306
984
985        match_calc( currentw, cpmx1, cpmx2, 0, lgth2, floatwork, intwork, 1 );
986        if( localhom )
987                imp_match_out_veadH( currentw, 0, lgth2 ); // 060306
988
989
990#if 0 // -> tbfast.c
991        if( localhom )
992                imp_match_calc( currentw, icyc, jcyc, lgth1, lgth2, seq1, seq2, eff1, eff2, localhom, 1, 0 );
993
994#endif
995
996        if( outgap == 1 )
997        {
998//              if( g ) fprintf( stderr, "init-match penal1=%f, %c-%c\n", g, seq1[0][0], seq2[0][0] );
999//              initverticalw[0] += g;
1000//              currentw[0] += g;
1001
1002//              if( g ) fprintf( stderr, "init-match penal2=%f, %c-%c\n", g, seq1[0][0], seq2[0][0] );
1003//              initverticalw[0] += g;
1004//              currentw[0] += g;
1005
1006                for( i=1; i<lgth1+1; i++ )
1007                {
1008//                      initverticalw[i] += ( ogcp1[0] + fgcp1[i-1] ) ;
1009
1010                        tmppenal = 0.0;
1011//                      tmppenal = ( (1.0-gapf2[j-1])*(1.0-ogcp1g[i]+fgcp1g[i]) + gapf2[j-1]*(1.0-digf1[i]-diaf1[i]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1012//                      tmppenal = ( (1.0-gapz2[0])*(1.0-ogcp1g[0]+0.0) + gapz2[0]*(1.0-digf1[0] - diaf1[0]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1013//                      tmppenal = ( (1.0-0.0)*(1.0-ogcp1g[0]+0.0) + 0.0*(1.0-0.0-0.0) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1014//                      tmppenal = 0.5 * fpenalty;
1015//                      tmppenal -= ( (1.0-0.0) * (1.0-diaf1[0]) + 0.0 ) * 0.5 * fpenalty; // 0.
1016//                      tmppenal -= ( (1.0-gapf2[j-1]) * ogcp1g[i] + gapf2[j-1] ) * 0.5 * fpenalty;
1017//                      fprintf( stderr, "0,0<-%d,%d, tmppenal 1 = %f\n", i, 0, tmppenal );
1018                        initverticalw[i] += tmppenal;
1019
1020                        tmppenal = diaf1[i] * ( 1.0 - gapf2[0] ) * fpenalty;
1021                        if( gappat1[i][0].freq )
1022                        {
1023                                tmppenal += ( gappat1[i][0].freq ) * ( 1.0 - gapf2[0] ) * fpenalty;
1024                                tmppenal -= ( countnocountx( gappat2[0], diaf2[0], gappat1[i], i, 1 ) ) * fpenalty;
1025                        }
1026//                      tmppenal = ( (1.0-gapf2[j])*(1.0-fgcp1g[i]+ogcp1g[i]) + gapf2[j]*(1.0-digf1[i]-diaf1[i]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1027//                      tmppenal = ( (1.0-gapz2[1])*(1.0-fgcp1g[i]+ogcp1g[i]) + gapz2[1]*(1.0-digf1[i]-diaf1[i]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1028//                      tmppenal = ( (1.0-gapf2[0])*(1.0-fgcp1g[i]+ogcp1g[i]) + gapf2[0]*(1.0-digf1[i]-diaf1[i]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1029//                      tmppenal = 0.5 * fpenalty;
1030//                      tmppenal -= ( (1.0-gapf2[0]) * (1.0-diaf1[i]) + gapf2[0] ) * 0.5 * fpenalty;
1031//                      tmppenal -= ( (1.0-gapf2[j]) * fgcp1g[i] + gapf2[j] ) * 0.5 * fpenalty;
1032                        initverticalw[i] += tmppenal;
1033//                      fprintf( stderr, "0,0<-%d,%d, tmppenal 2 = %f, cumpenal=%f, fgcp1g[i]=%f, ogcp1g[i]=%f\n", i, 0, tmppenal, cumpenal, fgcp1g[i], ogcp1g[i] );
1034
1035                }
1036                cumpenal = 0.0;
1037                for( j=1; j<lgth2+1; j++ )
1038                {
1039//                      currentw[j] += ( ogcp2[0] + fgcp2[j-1] ) ;
1040
1041                        tmppenal = 0.0;
1042//                      tmppenal = ( (1.0-gapf1[i-1])*(1.0-ogcp2g[j]+fgcp2g[j]) + gapf1[i-1]*(1.0-digf2[j]-diaf2[j]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1043//                      tmppenal = ( (1.0-gapz1[0])*(1.0-ogcp2g[0]+0.0) + gapz1[0]*(1.0-digf2[j]-diaf2[j]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1044//                      tmppenal = ( (1.0-0.0)*(1.0-ogcp2g[0]+0.0) + 0.0*(1.0-0.0-0.0) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1045//                      tmppenal = 0.5 * fpenalty;
1046//                      tmppenal -= ( (1.0-0.0) * (1.0-diaf2[0]) + 0.0 ) * 0.5 * fpenalty; // 0.
1047//                      tmppenal -= ( (1.0-gapf1[0]) * fgcp2g[j] + gapf1[0] ) * 0.5 * fpenalty;
1048//                      fprintf( stderr, "0,0<-%d,%d, tmppenal 3 = %f\n", 0, j, tmppenal );
1049                        currentw[j] += tmppenal;
1050
1051                        tmppenal = diaf2[j] * ( 1.0 - gapf1[0] ) * fpenalty;
1052                        if( gappat2[j][0].freq )
1053                        {
1054                                tmppenal += ( gappat2[j][0].freq ) * ( 1.0 - gapf1[0] ) * fpenalty;
1055                                tmppenal -= ( countnocountx( gappat1[0], diaf1[0], gappat2[j], j, 1 ) ) * fpenalty;
1056                        }
1057//                      tmppenal = ( (1.0-gapf1[i])*(1.0-fgcp2g[j]+ogcp2g[j]) + gapf1[i]*(1.0-digf2[j]-diaf2[j]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1058//                      tmppenal = ( (1.0-gapz1[1])*(1.0-fgcp2g[j]+ogcp2g[j]) + gapz1[1]*(1.0-digf2[j]-diaf2[j]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1059//                      tmppenal = ( (1.0-gapf1[0])*(1.0-fgcp2g[j]+ogcp2g[j]) + gapf1[0]*(1.0-digf2[j]-diaf2[j]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1060//                      tmppenal = 0.5 * fpenalty;
1061//                      tmppenal -= ( (1.0-gapf1[0]) * (1.0-diaf2[j]) + gapf1[0] ) * 0.5 * fpenalty;
1062//                      tmppenal -= ( (1.0-gapf1[0]) * ogcp2g[j] + gapf1[i-1] ) * 0.5 * fpenalty;
1063//                      fprintf( stderr, "0,0<-%d,%d, tmppenal 4 = %f\n", 0, j, tmppenal );
1064                        currentw[j] += tmppenal;
1065                }
1066        }
1067#if OUTGAP0TRY
1068        else
1069        {
1070                for( j=1; j<lgth2+1; j++ )
1071                        currentw[j] -= offset * j / 2.0;
1072                for( i=1; i<lgth1+1; i++ )
1073                        initverticalw[i] -= offset * i / 2.0;
1074        }
1075#endif
1076
1077        m[0] = 0.0; // iranai
1078        for( j=1; j<lgth2+1; ++j ) 
1079        {
1080//              m[j] = currentw[j-1] + ogcp1[1];
1081                mp[j] = 0;
1082
1083                tmppenal = 0.0;
1084//              tmppenal = ( (1.0-gapz2[j])*(1.0-ogcp1g[1]+fgcp1g[1]) + gapz2[j]*(1.0-digf1[1]-diaf1[1]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1085//              tmppenal = ( (1.0-gapf2[j-1])*(1.0-ogcp1g[1]+fgcp1g[1]) + gapf2[j-1]*(1.0-digf1[1]-diaf1[1]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1086//              tmppenal = ( (1.0-gapf2[j-1])*(1.0-ogcp1g[i]+fgcp1g[i]) + gapf2[j-1]*(1.0-digf1[i]-diaf1[i]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1087//              tmppenal = 0.5 * fpenalty;
1088//              tmppenal -= ( (1.0-0.0) * (1.0-0.0) + 0.0 ) * 0.5 * fpenalty;
1089//              tmppenal -= ( (1.0-gapf2[-1]) * (1.0-diaf1[0]) + gapf2[-1] ) * 0.5 * fpenalty;
1090//              if( tmppenal ) fprintf( stderr, "%c=%c, end j tmppenal=%f\n", seq1[0][0], seq2[0][j-1], tmppenal );
1091                m[j] = currentw[j-1] + tmppenal + fpenalty * 10000; 
1092//              m[j] = currentw[j-1] + ogcp1[1];
1093        }
1094        if( lgth2 == 0 )
1095                lastverticalw[0] = 0.0; // Falign kara yobaretatoki kounarukanousei ari
1096        else
1097                lastverticalw[0] = currentw[lgth2-1];
1098
1099        if( outgap ) lasti = lgth1+1; else lasti = lgth1;
1100
1101#if XXXXXXX
1102fprintf( stderr, "currentw = \n" );
1103for( i=0; i<lgth1+1; i++ )
1104{
1105        fprintf( stderr, "%5.2f ", currentw[i] );
1106}
1107fprintf( stderr, "\n" );
1108fprintf( stderr, "initverticalw = \n" );
1109for( i=0; i<lgth2+1; i++ )
1110{
1111        fprintf( stderr, "%5.2f ", initverticalw[i] );
1112}
1113fprintf( stderr, "\n" );
1114fprintf( stderr, "fcgp\n" );
1115for( i=0; i<lgth1; i++ ) 
1116        fprintf( stderr, "fgcp1[%d]=%f\n", i, ogcp1[i] );
1117for( i=0; i<lgth2; i++ ) 
1118        fprintf( stderr, "fgcp2[%d]=%f\n", i, ogcp2[i] );
1119#endif
1120
1121        for( i=1; i<lasti; i++ )
1122        {
1123                wtmp = previousw; 
1124                previousw = currentw;
1125                currentw = wtmp;
1126
1127                previousw[0] = initverticalw[i-1];
1128
1129                match_calc( currentw, cpmx1, cpmx2, i, lgth2, floatwork, intwork, 0 );
1130#if XXXXXXX
1131fprintf( stderr, "\n" );
1132fprintf( stderr, "i=%d\n", i );
1133fprintf( stderr, "currentw = \n" );
1134for( j=0; j<lgth2; j++ )
1135{
1136        fprintf( stderr, "%5.2f ", currentw[j] );
1137}
1138fprintf( stderr, "\n" );
1139#endif
1140                if( localhom )
1141                {
1142//                      fprintf( stderr, "Calling imp_match_calc (o) lgth = %d, i = %d\n", lgth1, i );
1143#if  0
1144                        imp_match_out_veadH( currentw, i, lgth2 );
1145#else
1146                        imp_match_out_veadH( currentw, i, lgth2 );
1147#endif
1148                }
1149#if XXXXXXX
1150fprintf( stderr, "\n" );
1151fprintf( stderr, "i=%d\n", i );
1152fprintf( stderr, "currentw = \n" );
1153for( j=0; j<lgth2; j++ )
1154{
1155        fprintf( stderr, "%5.2f ", currentw[j] );
1156}
1157fprintf( stderr, "\n" );
1158#endif
1159                currentw[0] = initverticalw[i];
1160
1161
1162//              mi = previousw[0] + ogcp2[1];  // machigai
1163                tmppenal = 0.0;
1164//              tmppenal = ( (1.0-gapz1[i])*(1.0-ogcp2g[1]+fgcp2g[1]) + gapz1[i]*(1.0-digf2[1]-diaf2[1]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1165//              tmppenal = ( (1.0-gapf1[i-1])*(1.0-ogcp2g[1]+fgcp2g[1]) + gapf1[i-1]*(1.0-digf2[1]-diaf2[1]) ) * 0.5 * fpenalty; // mada
1166//              fprintf( stderr, "%c=%c, end i tmppenal=%f, ogcp2g[1]=%f\n", seq1[0][i-1], seq2[0][0], tmppenal, ogcp2g[1] );
1167//              mi = previousw[0] + tmppenal;
1168                mi = previousw[0] + tmppenal + fpenalty * 10000;
1169
1170                mpi = 0;
1171                ijppt = ijp[i] + 1;
1172                mjpt = m + 1;
1173                prept = previousw;
1174                curpt = currentw + 1;
1175                mpjpt = mp + 1;
1176                fgcp2pt = fgcp2;
1177                ogcp2pt = ogcp2 + 1;
1178                fgcp1va = fgcp1[i-1];
1179                ogcp1va = ogcp1[i];
1180                lastj = lgth2+1;
1181                for( j=1; j<lastj; j++ )
1182                {
1183                        wm = *prept;
1184
1185                        if( gappat2[j][0].freq )
1186                        {
1187                                g = diaf1[i] * gappat2[j][0].freq * fpenalty;
1188//                              if( seq1[0][i] == 'D' && seq2[0][j] == 'D' )
1189//                              if( g ) fprintf( stderr, "match penal1=%f, %c-%c\n", g/fpenalty, seq1[0][i], seq2[0][j] );
1190                                wm += g;
1191                        }
1192
1193                        if( gappat1[i][0].freq )
1194                        {
1195                                g = diaf2[j] * gappat1[i][0].freq * fpenalty;
1196//                              if( seq1[0][i] == 'D' && seq2[0][j] == 'D' )
1197//                              if( g ) fprintf( stderr, "match penal2=%f, %c-%c\n", g/fpenalty, seq1[0][i], seq2[0][j] );
1198                                wm += g;
1199                        }
1200                        {
1201                                g = ( (gappat1[i][0].freq) * (gappat2[j][0].freq) ) * fpenalty;
1202//                              if( seq1[0][i] == 'D' && seq2[0][j] == 'D' )
1203//                              if( g ) fprintf( stderr, "match penal3=%f, %c-%c\n", g/fpenalty, seq1[0][i], seq2[0][j] );
1204                                wm += g;
1205                        }
1206                        if( 0 )
1207                        {
1208                                maegap = ijp[i-1][j-1];
1209//                              if( seq1[0][i] == 'Y' && seq2[0][j] == 'Y' )
1210//                                      fprintf( stderr, "i,j=%d,%d, maegap=%d\n", i, j, maegap );
1211                                maegap = 0;
1212
1213                                if( maegap == 0 )
1214                                {
1215                                        g = ( countnocountmatchx( gappat1[i], gappat2[j], 0, 0, 0 ) ) * fpenalty;
1216//                                      if( seq1[0][i] == 'D' && seq2[0][j] == 'D' )
1217//                                              fprintf( stderr, "kanwa0 %c-%c, i,j=%d,%d, g/fpenalty=%f, nocount=%f\n", seq1[0][i], seq2[0][j], i, j, g/fpenalty, countnocountmatchx( gappat1[i], gappat2[j], 0, -maegap, 1 ) );
1218                                }
1219#if 0 // atta houga yoi hazu
1220                                else if( maegap < 0 ) // i jump
1221                                {
1222                                        g = ( countnocountmatchx( gappat1[i], gappat2[j], 0, -maegap, 0 ) ) * fpenalty;
1223                                        if( seq1[0][i] == 'Y' && seq2[0][j] == 'Y' )
1224                                        {
1225                                                fprintf( stderr, "i-jumped, offset1=%d\n", maegap );
1226                                                fprintf( stderr, "kanwa1 %c-%c, i,j=%d,%d, g/fpenalty=%f, nocount=%f, nocount=%f\n", seq1[0][i], seq2[0][j], i, j, g/fpenalty, countnocountmatchx( gappat1[i], gappat2[j], 0, -maegap, 0 ) );
1227                                        }
1228                                }
1229                                else                  // j jump
1230                                {
1231                                        g = ( countnocountmatchx( gappat1[i], gappat2[j], maegap, 0, 0 ) ) * fpenalty;
1232                                        if( seq1[0][i] == 'Y' && seq2[0][j] == 'Y' )
1233                                        {
1234                                                fprintf( stderr, "j-jumped, offset1=%d\n", maegap );
1235                                                fprintf( stderr, "kanwa2, %c-%c, i,j=%d,%d, g/fpenalty=%f, nocount=%f\n", seq1[0][i], seq2[0][j], i, j, g/fpenalty, countnocountmatchx( gappat1[i], gappat2[j], 0, -maegap, 1 ) );
1236                                        }
1237                                }
1238#endif
1239                                wm -= g;
1240                        }
1241
1242                        *ijppt = 0;
1243
1244#if 0
1245                        fprintf( stderr, "%5.0f->", wm );
1246#endif
1247#if 0
1248                        fprintf( stderr, "%5.0f?", g );
1249#endif
1250//                      tmppenal = fpenalty;
1251                        tmppenal = diaf2[j] * ( 1.0 - gapf1[i] ) * fpenalty;
1252                        if( gappat2[j][0].freq )
1253                        {
1254                                tmppenal += ( gappat2[j][0].freq ) * ( 1.0 - gapf1[i] ) * fpenalty;
1255//                              tmppenal -= ( countnocountx( gappat1[i], diaf1[i], gappat2[j], j-mpi-1, 0 ) ) * fpenalty;
1256                                maegap = ijp[i-1][mpi];
1257                                maegap = 0;
1258                                if( maegap == 0 )
1259                                {
1260                                        tmppenal -= ( countnocountx( gappat1[i], diaf1[i], gappat2[j], j-mpi-1, 0 ) ) * fpenalty;
1261                                }
1262#if 0 // attahouga yoi hazu
1263                                else if( maegap < 0 ) // i jump
1264                                {
1265                                        maegap = -maegap;
1266                                        tmppenal -= ( countnocountxx( gappat1[i], diaf1[i], gappat2[j], j-mpi-1+maegap, 0 ) ) * fpenalty;
1267                                }
1268                                else                  // j jump
1269                                {
1270                                        tmppenal -= ( countnocountxx( gappat1[i], diaf1[i], gappat2[j], j-mpi-1, maegap ) ) * fpenalty;
1271                                }
1272#endif
1273                        }
1274                        if( (g=mi+tmppenal) > wm )
1275                        {
1276//                              if( seq1[0][i] == 'A' && seq2[0][j] == 'A' ) fprintf( stderr, "jump i start=%f (i,j=%d,%d, *ijppt=%d, digf2[j]=%f, diaf2[j]=%f), %c-%c\n", g-mi, i, j, -(j-mpi), digf2[j], diaf2[j], seq1[0][i], seq2[0][j] );
1277                                wm = g;
1278                                *ijppt = -( j - mpi );
1279                        }
1280                        if( (g=*prept) >= mi )
1281                        {
1282//                              fprintf( stderr, "jump i end=%f, %c-%c\n", g-*prept, seq1[0][i-1], seq2[0][j-1] );
1283                                mi = g;
1284                                mpi = j-1;
1285                        }
1286                        else if( j != 1 )
1287                        {
1288//                              mi += ( ogcp2g[j-0] + fgcp2g[j] ) * fpenalty * 0.5;
1289//                              fprintf( stderr, "%c%c/%c%c exp, og=%f,fg=%f\n", '=', '=', seq2[0][j-1], seq2[0][j], ogcp2g[j-0] * fpenalty*0.5, fgcp2g[j] * fpenalty*0.5 );
1290                        }
1291#if USE_PENALTY_EX
1292                                mi += fpenalty_ex;
1293#endif
1294
1295#if 0 
1296                        fprintf( stderr, "%5.0f?", g );
1297#endif
1298
1299//                      tmppenal = fpenalty;
1300                        tmppenal = diaf1[i] * ( 1.0 - gapf2[j] ) * fpenalty;
1301                        if( gappat1[i][0].freq )
1302                        {
1303                                tmppenal += ( gappat1[i][0].freq ) * ( 1.0 - gapf2[j] ) * fpenalty;
1304//                              tmppenal -= ( countnocountx( gappat2[j], diaf2[j], gappat1[i], i-*mpjpt-1, 1 ) ) * fpenalty;
1305                                maegap = ijp[*mpjpt][j-1];
1306                                if( maegap == 0 )
1307                                {
1308                                        tmppenal -= ( countnocountx( gappat2[j], diaf2[j], gappat1[i], i-*mpjpt-1, 1 ) ) * fpenalty;
1309                                }
1310#if 0 // attahouga yoi hazu
1311                                else if( maegap > 0 ) // j jump
1312                                {
1313                                        tmppenal -= ( countnocountxx( gappat2[j], diaf2[j], gappat1[i], i-*mpjpt-1+maegap, 0 ) ) * fpenalty;
1314                                }
1315                                else                  // i jump
1316                                {
1317                                        maegap = -maegap;
1318                                        tmppenal -= ( countnocountxx( gappat2[j], diaf2[j], gappat1[i], i-*mpjpt-1, maegap ) ) * fpenalty;
1319                                }
1320#endif
1321                        }
1322                        if( (g=*mjpt+tmppenal) > wm )
1323                        {
1324//                              if( seq1[0][i] == 'S' && seq2[0][j] == 'S' ) fprintf( stderr, "jump j start at %d, %d, g=%f, %c-%c\n", i, j, g-*mjpt, seq1[0][i], seq2[0][j] );
1325                                wm = g;
1326                                *ijppt = +( i - *mpjpt );
1327                        }
1328                        if( (g=*prept) >= *mjpt )
1329                        {
1330//                              fprintf( stderr, "jump j end=%f, %c-%c\n", g-*prept, seq1[0][i-1], seq2[0][j-1] );
1331                                *mjpt = g;
1332                                *mpjpt = i-1;
1333                        }
1334                        else if( i != 1 )
1335                        {
1336//                              m[j] += ( ogcp1g[i-0] + fgcp1g[i] ) * fpenalty * 0.5;
1337//                              fprintf( stderr, "%c%c/%c%c exp, og=%f,fg=%f\n", seq1[0][i-1], seq1[0][i], '=', '=', ogcp1g[i-0] * fpenalty*0.5, fgcp1g[i] * fpenalty*0.5 );
1338                        }
1339#if USE_PENALTY_EX
1340                        m[j] += fpenalty_ex;
1341#endif
1342
1343#if 0
1344                        fprintf( stderr, "%5.0f ", wm );
1345#endif
1346                        *curpt++ += wm;
1347                        ijppt++;
1348                        mjpt++;
1349                        prept++;
1350                        mpjpt++;
1351                        fgcp2pt++;
1352                        ogcp2pt++;
1353                }
1354                lastverticalw[i] = currentw[lgth2-1];
1355        }
1356
1357//      fprintf( stderr, "wm = %f\n", wm );
1358
1359#if OUTGAP0TRY
1360        if( !outgap )
1361        {
1362                for( j=1; j<lgth2+1; j++ )
1363                        currentw[j] -= offset * ( lgth2 - j ) / 2.0;
1364                for( i=1; i<lgth1+1; i++ )
1365                        lastverticalw[i] -= offset * ( lgth1 - i  / 2.0);
1366        }
1367#endif
1368               
1369        /*
1370        fprintf( stderr, "\n" );
1371        for( i=0; i<icyc; i++ ) fprintf( stderr,"%s\n", seq1[i] );
1372        fprintf( stderr, "#####\n" );
1373        for( j=0; j<jcyc; j++ ) fprintf( stderr,"%s\n", seq2[j] );
1374        fprintf( stderr, "====>" );
1375        for( i=0; i<icyc; i++ ) strcpy( mseq1[i], seq1[i] );
1376        for( j=0; j<jcyc; j++ ) strcpy( mseq2[j], seq2[j] );
1377        */
1378        if( localhom )
1379        {
1380                Atracking_localhom( impmatch, currentw, lastverticalw, seq1, seq2, mseq1, mseq2, cpmx1, cpmx2, ijp, icyc, jcyc );
1381        }
1382        else
1383                Atracking( currentw, lastverticalw, seq1, seq2, mseq1, mseq2, cpmx1, cpmx2, ijp, icyc, jcyc );
1384
1385//      fprintf( stderr, "### impmatch = %f\n", *impmatch );
1386
1387        resultlen = strlen( mseq1[0] );
1388        if( alloclen < resultlen || resultlen > N )
1389        {
1390                fprintf( stderr, "alloclen=%d, resultlen=%d, N=%d\n", alloclen, resultlen, N );
1391                ErrorExit( "LENGTH OVER!\n" );
1392        }
1393
1394
1395        for( i=0; i<icyc; i++ ) strcpy( seq1[i], mseq1[i] );
1396        for( j=0; j<jcyc; j++ ) strcpy( seq2[j], mseq2[j] );
1397        /*
1398        fprintf( stderr, "\n" );
1399        for( i=0; i<icyc; i++ ) fprintf( stderr, "%s\n", mseq1[i] );
1400        fprintf( stderr, "#####\n" );
1401        for( j=0; j<jcyc; j++ ) fprintf( stderr, "%s\n", mseq2[j] );
1402        */
1403
1404        fprintf( stderr, "wm = %f\n", wm );
1405
1406        for( i=0; i<lgth1+1; i++ ) 
1407        {
1408                free( gappat1[i] );
1409                gappat1[i] = NULL;
1410        }
1411        for( i=0; i<lgth2+1; i++ ) 
1412        {
1413                free( gappat2[i] );
1414                gappat2[i] = NULL;
1415        }
1416
1417        return( wm );
1418}
1419
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.