| 1 | #include "mltaln.h" |
|---|
| 2 | |
|---|
| 3 | |
|---|
| 4 | void profilealignment2( int n0, int n2, char **aln0, char **aln2, int alloclen, char alg ) // n1 ha allgap |
|---|
| 5 | { |
|---|
| 6 | int i, newlen; |
|---|
| 7 | double *effarr0, *effarr2; |
|---|
| 8 | float dumfl; |
|---|
| 9 | double eff; |
|---|
| 10 | effarr0 = AllocateDoubleVec( n0 ); |
|---|
| 11 | effarr2 = AllocateDoubleVec( n2 ); |
|---|
| 12 | |
|---|
| 13 | commongappick( n0, aln0 ); |
|---|
| 14 | commongappick( n2, aln2 ); |
|---|
| 15 | |
|---|
| 16 | eff = 1.0 / (double)n0; for( i=0; i<n0; i++ ) effarr0[i] = eff; |
|---|
| 17 | eff = 1.0 / (double)n2; for( i=0; i<n2; i++ ) effarr2[i] = eff; |
|---|
| 18 | |
|---|
| 19 | newgapstr = "-"; |
|---|
| 20 | if( alg == 'M' ) |
|---|
| 21 | MSalignmm( aln0, aln2, effarr0, effarr2, n0, n2, alloclen, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, 0, NULL, 0, 0 ); //outgap=1?? |
|---|
| 22 | else |
|---|
| 23 | A__align( aln0, aln2, effarr0, effarr2, n0, n2, alloclen, NULL, &dumfl, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, 0, NULL, 0, 0 ); //outgap=1?? |
|---|
| 24 | |
|---|
| 25 | newlen = strlen( aln0[0] ); |
|---|
| 26 | |
|---|
| 27 | #if 0 // tabun hitsuyou |
|---|
| 28 | for( j=0; j<newlen; j++ ) |
|---|
| 29 | { |
|---|
| 30 | // fprintf( stderr, "j=%d\n", j ); |
|---|
| 31 | for( i=0; i<n0; i++ ) |
|---|
| 32 | { |
|---|
| 33 | if( aln0[i][j] != '-' ) break; |
|---|
| 34 | } |
|---|
| 35 | if( i == n0 ) |
|---|
| 36 | { |
|---|
| 37 | for( i=0; i<n1; i++ ) |
|---|
| 38 | { |
|---|
| 39 | if( aln1[i][j] != '-' ) break; |
|---|
| 40 | } |
|---|
| 41 | } |
|---|
| 42 | else i = -1; |
|---|
| 43 | |
|---|
| 44 | if( i == n1 ) |
|---|
| 45 | { |
|---|
| 46 | for( i=0; i<n1; i++ ) aln1[i][j] = '='; |
|---|
| 47 | } |
|---|
| 48 | } |
|---|
| 49 | fprintf( stderr, "in profilealignment,\n" ); |
|---|
| 50 | for( i=0; i<n0; i++ ) fprintf( stderr, "\n>aln0[%d] = \n%s\n", i, aln0[i] ); |
|---|
| 51 | for( i=0; i<n1; i++ ) fprintf( stderr, "\n>aln1[%d] = \n%s\n", i, aln1[i] ); |
|---|
| 52 | for( i=0; i<n2; i++ ) fprintf( stderr, "\n>aln2[%d] = \n%s\n", i, aln2[i] ); |
|---|
| 53 | #endif |
|---|
| 54 | |
|---|
| 55 | free( effarr0 ); |
|---|
| 56 | free( effarr2 ); |
|---|
| 57 | } |
|---|
| 58 | |
|---|
| 59 | void profilealignment( int n0, int n1, int n2, char **aln0, char **aln1, char **aln2, int alloclen, char alg ) // n1 ha allgap |
|---|
| 60 | { |
|---|
| 61 | int i, j, newlen; |
|---|
| 62 | double *effarr0, *effarr2; |
|---|
| 63 | float dumfl; |
|---|
| 64 | double eff; |
|---|
| 65 | effarr0 = AllocateDoubleVec( n0 ); |
|---|
| 66 | effarr2 = AllocateDoubleVec( n2 ); |
|---|
| 67 | |
|---|
| 68 | commongappick( n0, aln0 ); |
|---|
| 69 | commongappick( n2, aln2 ); |
|---|
| 70 | |
|---|
| 71 | eff = 1.0 / (double)n0; for( i=0; i<n0; i++ ) effarr0[i] = eff; |
|---|
| 72 | eff = 1.0 / (double)n2; for( i=0; i<n2; i++ ) effarr2[i] = eff; |
|---|
| 73 | |
|---|
| 74 | newgapstr = "-"; |
|---|
| 75 | if( alg == 'M' ) |
|---|
| 76 | MSalignmm( aln0, aln2, effarr0, effarr2, n0, n2, alloclen, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, 0, NULL, 0, 0 ); //outgap=1?? |
|---|
| 77 | else |
|---|
| 78 | A__align( aln0, aln2, effarr0, effarr2, n0, n2, alloclen, NULL, &dumfl, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, 0, NULL, 0, 0 ); //outgap=1?? |
|---|
| 79 | |
|---|
| 80 | newlen = strlen( aln0[0] ); |
|---|
| 81 | |
|---|
| 82 | for( i=0; i<newlen; i++ ) aln1[0][i] = '-'; |
|---|
| 83 | aln1[0][i] = 0; |
|---|
| 84 | for( i=1; i<n1; i++ ) strcpy( aln1[i], aln1[0] ); |
|---|
| 85 | |
|---|
| 86 | for( j=0; j<newlen; j++ ) |
|---|
| 87 | { |
|---|
| 88 | // fprintf( stderr, "j=%d\n", j ); |
|---|
| 89 | for( i=0; i<n0; i++ ) |
|---|
| 90 | { |
|---|
| 91 | if( aln0[i][j] != '-' ) break; |
|---|
| 92 | } |
|---|
| 93 | if( i == n0 ) |
|---|
| 94 | { |
|---|
| 95 | for( i=0; i<n1; i++ ) |
|---|
| 96 | { |
|---|
| 97 | if( aln1[i][j] != '-' ) break; |
|---|
| 98 | } |
|---|
| 99 | } |
|---|
| 100 | else i = -1; |
|---|
| 101 | |
|---|
| 102 | if( i == n1 ) |
|---|
| 103 | { |
|---|
| 104 | for( i=0; i<n1; i++ ) aln1[i][j] = '='; |
|---|
| 105 | } |
|---|
| 106 | } |
|---|
| 107 | #if 0 |
|---|
| 108 | fprintf( stderr, "in profilealignment,\n" ); |
|---|
| 109 | for( i=0; i<n0; i++ ) fprintf( stderr, "\n>aln0[%d] = \n%s\n", i, aln0[i] ); |
|---|
| 110 | for( i=0; i<n1; i++ ) fprintf( stderr, "\n>aln1[%d] = \n%s\n", i, aln1[i] ); |
|---|
| 111 | for( i=0; i<n2; i++ ) fprintf( stderr, "\n>aln2[%d] = \n%s\n", i, aln2[i] ); |
|---|
| 112 | #endif |
|---|
| 113 | |
|---|
| 114 | free( effarr0 ); |
|---|
| 115 | free( effarr2 ); |
|---|
| 116 | } |
|---|
| 117 | |
|---|
| 118 | void eq2dash( char *s ) |
|---|
| 119 | { |
|---|
| 120 | while( *s ) |
|---|
| 121 | { |
|---|
| 122 | if( *s == '=' ) *s = '-'; |
|---|
| 123 | s++; |
|---|
| 124 | } |
|---|
| 125 | } |
|---|
| 126 | |
|---|
| 127 | void findnewgaps( int n, int rep, char **seq, int *gaplen ) |
|---|
| 128 | { |
|---|
| 129 | int i, pos, len, len1; |
|---|
| 130 | |
|---|
| 131 | len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 132 | // for( i=0; i<len; i++ ) gaplen[i] = 0; // calloc de shokika sareteirukara hontou ha iranai |
|---|
| 133 | len1 = len + 1; |
|---|
| 134 | for( i=0; i<len1; i++ ) gaplen[i] = 0; // reallo de shokika sareteirukara iru! |
|---|
| 135 | |
|---|
| 136 | pos = 0; |
|---|
| 137 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 138 | { |
|---|
| 139 | if( seq[rep][i] == '=' ) |
|---|
| 140 | { |
|---|
| 141 | // fprintf( stderr, "Newgap! pos = %d\n", pos ); |
|---|
| 142 | gaplen[pos]++; |
|---|
| 143 | } |
|---|
| 144 | else |
|---|
| 145 | pos++; |
|---|
| 146 | } |
|---|
| 147 | } |
|---|
| 148 | |
|---|
| 149 | void findcommongaps( int n, char **seq, int *gaplen ) |
|---|
| 150 | { |
|---|
| 151 | int i, j, pos, len, len1; |
|---|
| 152 | len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 153 | len1 = len+1; |
|---|
| 154 | |
|---|
| 155 | // fprintf( stderr, "seq[0] = %s\n", seq[0] ); |
|---|
| 156 | for( i=0; i<len1; i++ ) gaplen[i] = 0; |
|---|
| 157 | |
|---|
| 158 | pos = 0; |
|---|
| 159 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 160 | { |
|---|
| 161 | for( j=0; j<n; j++ ) |
|---|
| 162 | if( seq[j][i] != '-' ) break; |
|---|
| 163 | |
|---|
| 164 | if( j == n ) gaplen[pos]++; |
|---|
| 165 | else |
|---|
| 166 | pos++; |
|---|
| 167 | } |
|---|
| 168 | #if 0 |
|---|
| 169 | for( i=0; i<pos; i++ ) |
|---|
| 170 | { |
|---|
| 171 | fprintf( stderr, "vec[%d] = %d\n", i, gaplen[i] ); |
|---|
| 172 | } |
|---|
| 173 | #endif |
|---|
| 174 | } |
|---|
| 175 | |
|---|
| 176 | void adjustgapmap( int newlen, int *gapmap, char *seq ) |
|---|
| 177 | { |
|---|
| 178 | int j; |
|---|
| 179 | int pos; |
|---|
| 180 | int newlen1 = newlen+1; |
|---|
| 181 | int *tmpmap; |
|---|
| 182 | |
|---|
| 183 | |
|---|
| 184 | tmpmap = AllocateIntVec( newlen+2 ); |
|---|
| 185 | j = 0; |
|---|
| 186 | pos = 0; |
|---|
| 187 | while( *seq ) |
|---|
| 188 | { |
|---|
| 189 | // fprintf( stderr, "j=%d *seq = %c\n", j, *seq ); |
|---|
| 190 | if( *seq++ == '=' ) |
|---|
| 191 | tmpmap[j++] = 0; |
|---|
| 192 | else |
|---|
| 193 | { |
|---|
| 194 | tmpmap[j++] = gapmap[pos++]; |
|---|
| 195 | } |
|---|
| 196 | } |
|---|
| 197 | tmpmap[j++] = gapmap[pos]; |
|---|
| 198 | |
|---|
| 199 | for(j=0; j<newlen1; j++) |
|---|
| 200 | gapmap[j] = tmpmap[j]; |
|---|
| 201 | |
|---|
| 202 | free( tmpmap ); |
|---|
| 203 | } |
|---|
| 204 | |
|---|
| 205 | static void strncpy0( char *s1, char *s2, int n ) |
|---|
| 206 | { |
|---|
| 207 | while( n-- ) *s1++ = *s2++; |
|---|
| 208 | *s1 = 0; |
|---|
| 209 | } |
|---|
| 210 | |
|---|
| 211 | static int countnogaplen( int *gaplen, int *term ) |
|---|
| 212 | { |
|---|
| 213 | int v = 0; |
|---|
| 214 | while( gaplen < term ) |
|---|
| 215 | { |
|---|
| 216 | if( *gaplen++ == 0 ) v++; |
|---|
| 217 | else break; |
|---|
| 218 | } |
|---|
| 219 | return( v ); |
|---|
| 220 | } |
|---|
| 221 | |
|---|
| 222 | void insertnewgaps( int njob, int *alreadyaligned, char **seq, int *ex1, int *ex2, int *gaplen, int *gapmap, int alloclen, char alg, char gapchar ) |
|---|
| 223 | { |
|---|
| 224 | int *mar; |
|---|
| 225 | char *gaps; |
|---|
| 226 | char *cptr; |
|---|
| 227 | int i, j, k, len, rep, len0, lp, blocklen; |
|---|
| 228 | char **mseq2, **mseq0, **mseq1; |
|---|
| 229 | char **aseq, *newchar; |
|---|
| 230 | int ngroup2, ngroup0, ngroup1; |
|---|
| 231 | int *list0, *list1, *list2; |
|---|
| 232 | int posin12, gapshift, newpos; |
|---|
| 233 | int mlen1, mlen0, mlen2; |
|---|
| 234 | int tmptmptmpmark = 0; |
|---|
| 235 | |
|---|
| 236 | mar = calloc( njob, sizeof( int ) ); |
|---|
| 237 | list0 = calloc( njob, sizeof( int ) ); |
|---|
| 238 | list1 = calloc( njob, sizeof( int ) ); |
|---|
| 239 | list2 = calloc( njob, sizeof( int ) ); |
|---|
| 240 | |
|---|
| 241 | for( i=0; i<njob; i++ ) mar[i] = 0; |
|---|
| 242 | for( i=0; i<njob; i++ ) |
|---|
| 243 | { |
|---|
| 244 | if( alreadyaligned[i]==0 ) mar[i] = 3; |
|---|
| 245 | } |
|---|
| 246 | for( i=0; (k=ex1[i])>-1; i++ ) |
|---|
| 247 | { |
|---|
| 248 | mar[k] = 1; |
|---|
| 249 | // fprintf( stderr, "excluding %d\n", ex1[i] ); |
|---|
| 250 | } |
|---|
| 251 | for( i=0; (k=ex2[i])>-1; i++ ) |
|---|
| 252 | { |
|---|
| 253 | mar[k] = 2; |
|---|
| 254 | // fprintf( stderr, "excluding %d\n", ex2[i] ); |
|---|
| 255 | } |
|---|
| 256 | |
|---|
| 257 | ngroup2 = ngroup1 = ngroup0 = 0; |
|---|
| 258 | for( i=0; i<njob; i++ ) |
|---|
| 259 | { |
|---|
| 260 | if( mar[i] == 2 ) |
|---|
| 261 | { |
|---|
| 262 | list2[ngroup2] = i; |
|---|
| 263 | ngroup2++; |
|---|
| 264 | } |
|---|
| 265 | if( mar[i] == 1 ) |
|---|
| 266 | { |
|---|
| 267 | list1[ngroup1] = i; |
|---|
| 268 | ngroup1++; |
|---|
| 269 | } |
|---|
| 270 | if( mar[i] == 0 ) |
|---|
| 271 | { |
|---|
| 272 | list0[ngroup0] = i; |
|---|
| 273 | // fprintf( stderr, "inserting new gaps to %d\n", i ); |
|---|
| 274 | ngroup0++; |
|---|
| 275 | } |
|---|
| 276 | } |
|---|
| 277 | list0[ngroup0] = list1[ngroup1] = list2[ngroup2] = -1; |
|---|
| 278 | if( ngroup0 == 0 ) |
|---|
| 279 | { |
|---|
| 280 | // fprintf( stderr, "Nothing to do\n" ); |
|---|
| 281 | free( mar ); |
|---|
| 282 | free( list0 ); |
|---|
| 283 | free( list1 ); |
|---|
| 284 | free( list2 ); |
|---|
| 285 | return; |
|---|
| 286 | } |
|---|
| 287 | |
|---|
| 288 | for( i=0; i<njob; i++ ) if( mar[i] == 0 ) break; |
|---|
| 289 | rep = i; |
|---|
| 290 | len = strlen( seq[rep] ); |
|---|
| 291 | len0 = len+1; |
|---|
| 292 | |
|---|
| 293 | // |
|---|
| 294 | // if( i == njob ) |
|---|
| 295 | // { |
|---|
| 296 | //// fprintf( stderr, "Nothing to do\n" ); |
|---|
| 297 | // free( mar ); |
|---|
| 298 | // return; |
|---|
| 299 | // } |
|---|
| 300 | |
|---|
| 301 | mseq2 = AllocateCharMtx( ngroup2, alloclen ); |
|---|
| 302 | mseq1 = AllocateCharMtx( ngroup1, alloclen ); |
|---|
| 303 | mseq0 = AllocateCharMtx( ngroup0, alloclen ); |
|---|
| 304 | aseq = AllocateCharMtx( njob, alloclen ); |
|---|
| 305 | gaps = calloc( alloclen, sizeof( char ) ); |
|---|
| 306 | |
|---|
| 307 | |
|---|
| 308 | for( i=0; i<njob; i++ ) aseq[i][0] = 0; |
|---|
| 309 | newpos = 0; |
|---|
| 310 | posin12 = 0; |
|---|
| 311 | // fprintf( stderr, "\ngaplen[] = \n" ); |
|---|
| 312 | // for(i=0; i<len0; i++ ) fprintf( stderr, "%d ", gaplen[i] ); |
|---|
| 313 | // fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 314 | |
|---|
| 315 | for( j=0; j<len0; j++ ) |
|---|
| 316 | { |
|---|
| 317 | // fprintf( stderr, "\nj=%d, gaplen[%d]=%d\n", j, j, gaplen[j] ); |
|---|
| 318 | if( gaplen[j] ) |
|---|
| 319 | { |
|---|
| 320 | // fprintf( stderr, "j=%d GAP!\n", j ); |
|---|
| 321 | tmptmptmpmark = 1; |
|---|
| 322 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) mseq0[i][0] = 0; |
|---|
| 323 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) mseq1[i][0] = 0; |
|---|
| 324 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) mseq2[i][0] = 0; |
|---|
| 325 | mlen0 = mlen1 = mlen2 = 0; |
|---|
| 326 | |
|---|
| 327 | gapshift = gaplen[j]; |
|---|
| 328 | cptr = gaps; |
|---|
| 329 | while( gapshift-- ) *cptr++ = gapchar; |
|---|
| 330 | *cptr = 0; |
|---|
| 331 | gapshift = gaplen[j]; |
|---|
| 332 | |
|---|
| 333 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) strncpy0( mseq0[i]+mlen0, gaps, gapshift ); |
|---|
| 334 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) strncpy0( mseq1[i]+mlen1, seq[list1[i]]+posin12, gapshift ); |
|---|
| 335 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) strncpy0( mseq2[i]+mlen2, seq[list2[i]]+posin12, gapshift ); |
|---|
| 336 | posin12 += gapshift; |
|---|
| 337 | mlen0 += gapshift; |
|---|
| 338 | mlen1 += gapshift; |
|---|
| 339 | mlen2 += gapshift; |
|---|
| 340 | |
|---|
| 341 | gapshift = gapmap[posin12]; |
|---|
| 342 | // fprintf( stderr, "gapmap[%d] kouho = %d\n", posin12, gapmap[posin12] ); |
|---|
| 343 | |
|---|
| 344 | |
|---|
| 345 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) strncpy0( mseq0[i]+mlen0, seq[list0[i]]+j, gapshift ); |
|---|
| 346 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) strncpy0( mseq1[i]+mlen1, seq[list1[i]]+posin12, gapshift ); |
|---|
| 347 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) strncpy0( mseq2[i]+mlen2, seq[list2[i]]+posin12, gapshift ); |
|---|
| 348 | mlen0 += gapshift; |
|---|
| 349 | mlen1 += gapshift; |
|---|
| 350 | mlen2 += gapshift; |
|---|
| 351 | #if 0 |
|---|
| 352 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) fprintf( stderr, "### mseq0[%d] = %s\n", i, mseq0[i] ); |
|---|
| 353 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) fprintf( stderr, "### mseq1[%d] = %s\n", i, mseq1[i] ); |
|---|
| 354 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) fprintf( stderr, "### mseq2[%d] = %s\n", i, mseq2[i] ); |
|---|
| 355 | #endif |
|---|
| 356 | |
|---|
| 357 | if( gapshift ) |
|---|
| 358 | profilealignment( ngroup0, ngroup1, ngroup2, mseq0, mseq1, mseq2, alloclen, alg ); |
|---|
| 359 | |
|---|
| 360 | j += gapshift; |
|---|
| 361 | posin12 += gapshift; |
|---|
| 362 | |
|---|
| 363 | newpos = strlen( aseq[rep] ); // kufuu? |
|---|
| 364 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) strcpy( aseq[list0[i]]+newpos, mseq0[i] ); |
|---|
| 365 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) strcpy( aseq[list1[i]]+newpos, mseq1[i] ); |
|---|
| 366 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) strcpy( aseq[list2[i]]+newpos, mseq2[i] ); |
|---|
| 367 | |
|---|
| 368 | // fprintf( stderr, "gapshift = %d\n", gapshift ); |
|---|
| 369 | } |
|---|
| 370 | blocklen = 1 + countnogaplen( gaplen+j+1, gaplen+len0 ); |
|---|
| 371 | // fprintf( stderr, "\nj=%d, blocklen=%d, len0=%d\n", j, blocklen, len0 ); |
|---|
| 372 | // blocklen = 1; |
|---|
| 373 | // if( tmptmptmpmark ) exit( 1 ); |
|---|
| 374 | |
|---|
| 375 | newpos = strlen( aseq[rep] ); |
|---|
| 376 | |
|---|
| 377 | #if 0 |
|---|
| 378 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) aseq[list0[i]][newpos] = seq[list0[i]][j]; |
|---|
| 379 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) aseq[list1[i]][newpos] = seq[list1[i]][posin12]; |
|---|
| 380 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) aseq[list2[i]][newpos] = seq[list2[i]][posin12]; |
|---|
| 381 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) aseq[list0[i]][newpos+1] = 0; |
|---|
| 382 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) aseq[list1[i]][newpos+1] = 0; |
|---|
| 383 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) aseq[list2[i]][newpos+1] = 0; |
|---|
| 384 | #else |
|---|
| 385 | |
|---|
| 386 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) |
|---|
| 387 | { |
|---|
| 388 | lp = list0[i]; |
|---|
| 389 | newchar = aseq[lp] + newpos; |
|---|
| 390 | strncpy0( newchar, seq[lp]+j, blocklen ); |
|---|
| 391 | } |
|---|
| 392 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) |
|---|
| 393 | { |
|---|
| 394 | lp = list1[i]; |
|---|
| 395 | newchar = aseq[lp] + newpos; |
|---|
| 396 | strncpy0( newchar, seq[lp]+posin12, blocklen ); |
|---|
| 397 | } |
|---|
| 398 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) |
|---|
| 399 | { |
|---|
| 400 | lp = list2[i]; |
|---|
| 401 | newchar = aseq[lp] + newpos; |
|---|
| 402 | strncpy0( newchar, seq[lp]+posin12, blocklen ); |
|---|
| 403 | } |
|---|
| 404 | // fprintf( stderr, "### aseq[l0] = %s\n", aseq[list0[0]] ); |
|---|
| 405 | // fprintf( stderr, "### aseq[l1] = %s\n", aseq[list1[0]] ); |
|---|
| 406 | // fprintf( stderr, "### aseq[l2] = %s\n", aseq[list2[0]] ); |
|---|
| 407 | // exit( 1 ); |
|---|
| 408 | #endif |
|---|
| 409 | |
|---|
| 410 | // fprintf( stderr, "j=%d -> %d\n", j, j+blocklen-1 ); |
|---|
| 411 | j += (blocklen-1); |
|---|
| 412 | |
|---|
| 413 | |
|---|
| 414 | posin12 += (blocklen-1); |
|---|
| 415 | |
|---|
| 416 | |
|---|
| 417 | posin12++; |
|---|
| 418 | } |
|---|
| 419 | #if 0 |
|---|
| 420 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 421 | fprintf( stderr, " seq[l0] = %s\n", seq[list0[0]] ); |
|---|
| 422 | fprintf( stderr, " seq[l1] = %s\n", seq[list1[0]] ); |
|---|
| 423 | fprintf( stderr, " seq[l2] = %s\n", seq[list2[0]] ); |
|---|
| 424 | fprintf( stderr, "=====>\n" ); |
|---|
| 425 | fprintf( stderr, "aseq[l0] = %s\n", aseq[list0[0]] ); |
|---|
| 426 | fprintf( stderr, "aseq[l1] = %s\n", aseq[list1[0]] ); |
|---|
| 427 | fprintf( stderr, "aseq[l2] = %s\n", aseq[list2[0]] ); |
|---|
| 428 | //if( tmptmptmpmark ) exit( 1 ); |
|---|
| 429 | #endif |
|---|
| 430 | |
|---|
| 431 | // for( i=0; i<njob; i++ ) if( mar[i] != 3 ) strcpy( seq[i], aseq[i] ); |
|---|
| 432 | for( i=0; i<ngroup0; i++ ) strcpy( seq[list0[i]], aseq[list0[i]] ); |
|---|
| 433 | for( i=0; i<ngroup1; i++ ) strcpy( seq[list1[i]], aseq[list1[i]] ); |
|---|
| 434 | for( i=0; i<ngroup2; i++ ) strcpy( seq[list2[i]], aseq[list2[i]] ); |
|---|
| 435 | |
|---|
| 436 | |
|---|
| 437 | free( mar ); |
|---|
| 438 | free( gaps ); |
|---|
| 439 | free( list0 ); |
|---|
| 440 | free( list1 ); |
|---|
| 441 | free( list2 ); |
|---|
| 442 | FreeCharMtx( mseq2 ); |
|---|
| 443 | FreeCharMtx( mseq1 ); // ? added 2012/02/12 |
|---|
| 444 | FreeCharMtx( mseq0 ); |
|---|
| 445 | FreeCharMtx( aseq ); // ? added 2012/02/12 |
|---|
| 446 | } |
|---|
| 447 | |
|---|
| 448 | |
|---|
| 449 | void restorecommongaps( int njob, char **seq, int *ex1, int *ex2, int *gaplen, int alloclen, char gapchar ) |
|---|
| 450 | { |
|---|
| 451 | int *mar; |
|---|
| 452 | char *tmpseq; |
|---|
| 453 | char *cptr; |
|---|
| 454 | int *iptr; |
|---|
| 455 | int *tmpgaplen; |
|---|
| 456 | int i, j, k, len, rep, len1; |
|---|
| 457 | |
|---|
| 458 | mar = calloc( njob, sizeof( int ) ); |
|---|
| 459 | tmpseq = calloc( alloclen, sizeof( char ) ); |
|---|
| 460 | tmpgaplen = calloc( alloclen, sizeof( int ) ); |
|---|
| 461 | // tmpseq = calloc( alloclen+2, sizeof( char ) ); |
|---|
| 462 | // tmpgaplen = calloc( alloclen+2, sizeof( int ) ); |
|---|
| 463 | |
|---|
| 464 | |
|---|
| 465 | for( i=0; i<njob; i++ ) mar[i] = 0; |
|---|
| 466 | for( i=0; (k=ex1[i])>-1; i++ ) |
|---|
| 467 | { |
|---|
| 468 | mar[k] = 1; |
|---|
| 469 | // fprintf( stderr, "excluding %d\n", ex1[i] ); |
|---|
| 470 | } |
|---|
| 471 | for( i=0; (k=ex2[i])>-1; i++ ) |
|---|
| 472 | { |
|---|
| 473 | mar[k] = 1; |
|---|
| 474 | // fprintf( stderr, "excluding %d\n", ex2[i] ); |
|---|
| 475 | } |
|---|
| 476 | |
|---|
| 477 | for( i=0; i<njob; i++ ) |
|---|
| 478 | if( mar[i] ) break; |
|---|
| 479 | |
|---|
| 480 | if( i == njob ) |
|---|
| 481 | { |
|---|
| 482 | // fprintf( stderr, "Nothing to do\n" ); |
|---|
| 483 | free( mar ); |
|---|
| 484 | free( tmpseq ); |
|---|
| 485 | free( tmpgaplen ); |
|---|
| 486 | return; |
|---|
| 487 | } |
|---|
| 488 | rep = i; |
|---|
| 489 | len = strlen( seq[rep] ); |
|---|
| 490 | len1 = len+1; |
|---|
| 491 | |
|---|
| 492 | |
|---|
| 493 | for( i=0; i<njob; i++ ) |
|---|
| 494 | { |
|---|
| 495 | if( mar[i] == 0 ) continue; |
|---|
| 496 | cptr = tmpseq; |
|---|
| 497 | for( j=0; j<len1; j++ ) |
|---|
| 498 | { |
|---|
| 499 | for( k=0; k<gaplen[j]; k++ ) |
|---|
| 500 | *(cptr++) = gapchar; // ??? |
|---|
| 501 | *(cptr++) = seq[i][j]; |
|---|
| 502 | } |
|---|
| 503 | *cptr = 0; |
|---|
| 504 | strcpy( seq[i], tmpseq ); |
|---|
| 505 | } |
|---|
| 506 | |
|---|
| 507 | iptr = tmpgaplen; |
|---|
| 508 | for( j=0; j<len1; j++ ) |
|---|
| 509 | { |
|---|
| 510 | *(iptr++) = gaplen[j]; |
|---|
| 511 | for( k=0; k<gaplen[j]; k++ ) |
|---|
| 512 | *(iptr++) = 0; |
|---|
| 513 | } |
|---|
| 514 | *iptr = -1; |
|---|
| 515 | |
|---|
| 516 | iptr = tmpgaplen; |
|---|
| 517 | while( *iptr != -1 ) *gaplen++ = *iptr++; |
|---|
| 518 | |
|---|
| 519 | free( mar ); |
|---|
| 520 | free( tmpseq ); |
|---|
| 521 | free( tmpgaplen ); |
|---|
| 522 | } |
|---|
