| 1 | #include "mltaln.h" |
|---|
| 2 | |
|---|
| 3 | #define DEBUG 0 |
|---|
| 4 | |
|---|
| 5 | #if 0 |
|---|
| 6 | int seqlen( char *seq ) |
|---|
| 7 | { |
|---|
| 8 | int val = 0; |
|---|
| 9 | while( *seq ) |
|---|
| 10 | if( *seq++ != '-' ) val++; |
|---|
| 11 | return( val ); |
|---|
| 12 | } |
|---|
| 13 | #else |
|---|
| 14 | int seqlen( char *seq ) |
|---|
| 15 | { |
|---|
| 16 | int val = 0; |
|---|
| 17 | if( *newgapstr == '-' ) |
|---|
| 18 | { |
|---|
| 19 | while( *seq ) |
|---|
| 20 | if( *seq++ != '-' ) val++; |
|---|
| 21 | } |
|---|
| 22 | else |
|---|
| 23 | { |
|---|
| 24 | while( *seq ) |
|---|
| 25 | { |
|---|
| 26 | if( *seq != '-' && *seq != *newgapstr ) val++; |
|---|
| 27 | seq++; |
|---|
| 28 | } |
|---|
| 29 | } |
|---|
| 30 | return( val ); |
|---|
| 31 | } |
|---|
| 32 | #endif |
|---|
| 33 | |
|---|
| 34 | int intlen( int *num ) |
|---|
| 35 | { |
|---|
| 36 | int value = 0; |
|---|
| 37 | while( *num++ != -1 ) value++; |
|---|
| 38 | return( value ); |
|---|
| 39 | } |
|---|
| 40 | |
|---|
| 41 | char seqcheck( char **seq ) |
|---|
| 42 | { |
|---|
| 43 | int i, len; |
|---|
| 44 | char **seqbk = seq; |
|---|
| 45 | while( *seq ) |
|---|
| 46 | { |
|---|
| 47 | len = strlen( *seq ); |
|---|
| 48 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 49 | { |
|---|
| 50 | if( amino_n[(int)(*seq)[i]] == -1 ) |
|---|
| 51 | { |
|---|
| 52 | |
|---|
| 53 | fprintf( stderr, "========================================================================= \n" ); |
|---|
| 54 | fprintf( stderr, "========================================================================= \n" ); |
|---|
| 55 | fprintf( stderr, "=== \n" ); |
|---|
| 56 | fprintf( stderr, "=== Alphabet '%c' is unknown.\n", (*seq)[i] ); |
|---|
| 57 | fprintf( stderr, "=== Please check site %d in sequence %d.\n", i+1, (int)(seq-seqbk+1) ); |
|---|
| 58 | fprintf( stderr, "=== \n" ); |
|---|
| 59 | fprintf( stderr, "=== To make an alignment having unusual characters (U, @, #, etc), try\n" ); |
|---|
| 60 | fprintf( stderr, "=== %% mafft --anysymbol input > output\n" ); |
|---|
| 61 | fprintf( stderr, "=== \n" ); |
|---|
| 62 | fprintf( stderr, "========================================================================= \n" ); |
|---|
| 63 | fprintf( stderr, "========================================================================= \n" ); |
|---|
| 64 | return( (int)(*seq)[i] ); |
|---|
| 65 | } |
|---|
| 66 | } |
|---|
| 67 | seq++; |
|---|
| 68 | } |
|---|
| 69 | return( 0 ); |
|---|
| 70 | } |
|---|
| 71 | |
|---|
| 72 | void scmx_calc( int icyc, char **aseq, double *effarr, float **scmx ) |
|---|
| 73 | { |
|---|
| 74 | int i, j, lgth; |
|---|
| 75 | |
|---|
| 76 | lgth = strlen( aseq[0] ); |
|---|
| 77 | for( j=0; j<lgth; j++ ) |
|---|
| 78 | { |
|---|
| 79 | for( i=0; i<26; i++ ) |
|---|
| 80 | { |
|---|
| 81 | scmx[i][j] = 0; |
|---|
| 82 | } |
|---|
| 83 | } |
|---|
| 84 | for( i=0; i<icyc+1; i++ ) |
|---|
| 85 | { |
|---|
| 86 | int id; |
|---|
| 87 | id = amino_n[(int)aseq[i][0]]; |
|---|
| 88 | scmx[id][0] += (float)effarr[i]; |
|---|
| 89 | } |
|---|
| 90 | for( j=1; j<lgth-1; j++ ) |
|---|
| 91 | { |
|---|
| 92 | for( i=0; i<icyc+1; i++ ) |
|---|
| 93 | { |
|---|
| 94 | int id; |
|---|
| 95 | id = amino_n[(int)aseq[i][j]]; |
|---|
| 96 | scmx[id][j] += (float)effarr[i]; |
|---|
| 97 | } |
|---|
| 98 | } |
|---|
| 99 | for( i=0; i<icyc+1; i++ ) |
|---|
| 100 | { |
|---|
| 101 | int id; |
|---|
| 102 | id = amino_n[(int)aseq[i][lgth-1]]; |
|---|
| 103 | scmx[id][lgth-1] += (float)effarr[i]; |
|---|
| 104 | } |
|---|
| 105 | } |
|---|
| 106 | |
|---|
| 107 | void exitall( char arr[] ) |
|---|
| 108 | { |
|---|
| 109 | fprintf( stderr, "%s\n", arr ); |
|---|
| 110 | exit( 1 ); |
|---|
| 111 | } |
|---|
| 112 | |
|---|
| 113 | void display( char **seq, int nseq ) |
|---|
| 114 | { |
|---|
| 115 | int i, imax; |
|---|
| 116 | char b[121]; |
|---|
| 117 | |
|---|
| 118 | if( !disp ) return; |
|---|
| 119 | if( nseq > DISPSEQF ) imax = DISPSEQF; |
|---|
| 120 | else imax = nseq; |
|---|
| 121 | fprintf( stderr, " ....,....+....,....+....,....+....,....+....,....+....,....+....,....+....,....+....,....+....,....+....,....+....,....+\n" ); |
|---|
| 122 | for( i=0; i<+imax; i++ ) |
|---|
| 123 | { |
|---|
| 124 | strncpy( b, seq[i]+DISPSITEI, 120 ); |
|---|
| 125 | b[120] = 0; |
|---|
| 126 | fprintf( stderr, "%3d %s\n", i+1, b ); |
|---|
| 127 | } |
|---|
| 128 | } |
|---|
| 129 | #if 0 |
|---|
| 130 | double intergroup_score( char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int clus1, int clus2, int len ) |
|---|
| 131 | { |
|---|
| 132 | int i, j, k; |
|---|
| 133 | double score; |
|---|
| 134 | double tmpscore; |
|---|
| 135 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 136 | double efficient; |
|---|
| 137 | char xxx[100]; |
|---|
| 138 | |
|---|
| 139 | // totaleff1 = 0.0; for( i=0; i<clus1; i++ ) totaleff1 += eff1[i]; |
|---|
| 140 | // totaleff2 = 0.0; for( i=0; i<clus2; i++ ) totaleff2 += eff2[i]; |
|---|
| 141 | |
|---|
| 142 | score = 0.0; |
|---|
| 143 | for( i=0; i<clus1; i++ ) for( j=0; j<clus2; j++ ) |
|---|
| 144 | { |
|---|
| 145 | efficient = eff1[i] * eff2[j]; |
|---|
| 146 | mseq1 = seq1[i]; |
|---|
| 147 | mseq2 = seq2[j]; |
|---|
| 148 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 149 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 150 | { |
|---|
| 151 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 152 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 153 | |
|---|
| 154 | if( mseq1[k] == '-' ) |
|---|
| 155 | { |
|---|
| 156 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 157 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 158 | while( mseq1[++k] == '-' ) |
|---|
| 159 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 160 | k--; |
|---|
| 161 | if( k >len-2 ) break; |
|---|
| 162 | continue; |
|---|
| 163 | } |
|---|
| 164 | if( mseq2[k] == '-' ) |
|---|
| 165 | { |
|---|
| 166 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 167 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 168 | while( mseq2[++k] == '-' ) |
|---|
| 169 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 170 | k--; |
|---|
| 171 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 172 | continue; |
|---|
| 173 | } |
|---|
| 174 | } |
|---|
| 175 | score += (double)tmpscore * efficient; |
|---|
| 176 | #if 1 |
|---|
| 177 | sprintf( xxx, "%f", score ); |
|---|
| 178 | // fprintf( stderr, "## score in intergroup_score = %f\n", score ); |
|---|
| 179 | #endif |
|---|
| 180 | } |
|---|
| 181 | #if 0 |
|---|
| 182 | fprintf( stderr, "###score = %f\n", score ); |
|---|
| 183 | #endif |
|---|
| 184 | #if 0 |
|---|
| 185 | fprintf( stderr, "## score in intergroup_score = %f\n", score ); |
|---|
| 186 | #endif |
|---|
| 187 | return( score ); |
|---|
| 188 | } |
|---|
| 189 | #endif |
|---|
| 190 | |
|---|
| 191 | void intergroup_score_consweight( char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int clus1, int clus2, int len, double *value ) |
|---|
| 192 | { |
|---|
| 193 | int i, j, k; |
|---|
| 194 | int len2 = len - 2; |
|---|
| 195 | int ms1, ms2; |
|---|
| 196 | double tmpscore; |
|---|
| 197 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 198 | double efficient; |
|---|
| 199 | |
|---|
| 200 | // totaleff1 = 0.0; for( i=0; i<clus1; i++ ) totaleff1 += eff1[i]; |
|---|
| 201 | // totaleff2 = 0.0; for( i=0; i<clus2; i++ ) totaleff2 += eff2[i]; |
|---|
| 202 | |
|---|
| 203 | |
|---|
| 204 | |
|---|
| 205 | *value = 0.0; |
|---|
| 206 | for( i=0; i<clus1; i++ ) |
|---|
| 207 | { |
|---|
| 208 | for( j=0; j<clus2; j++ ) |
|---|
| 209 | { |
|---|
| 210 | efficient = eff1[i] * eff2[j]; /* $B$J$<$+G[Ns$r;H$o$J$$$H$*$+$7$/$J$k(B, $BB?J,%P%0(B */ |
|---|
| 211 | mseq1 = seq1[i]; |
|---|
| 212 | mseq2 = seq2[j]; |
|---|
| 213 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 214 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 215 | { |
|---|
| 216 | ms1 = (int)mseq1[k]; |
|---|
| 217 | ms2 = (int)mseq2[k]; |
|---|
| 218 | if( ms1 == (int)'-' && ms2 == (int)'-' ) continue; |
|---|
| 219 | tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 220 | |
|---|
| 221 | if( ms1 == (int)'-' ) |
|---|
| 222 | { |
|---|
| 223 | tmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 224 | tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 225 | while( (ms1=(int)mseq1[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 226 | ; |
|---|
| 227 | // tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 228 | k--; |
|---|
| 229 | if( k >len2 ) break; |
|---|
| 230 | continue; |
|---|
| 231 | } |
|---|
| 232 | if( ms2 == (int)'-' ) |
|---|
| 233 | { |
|---|
| 234 | tmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 235 | tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 236 | while( (ms2=(int)mseq2[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 237 | ; |
|---|
| 238 | // tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 239 | k--; |
|---|
| 240 | if( k > len2 ) break; |
|---|
| 241 | continue; |
|---|
| 242 | } |
|---|
| 243 | } |
|---|
| 244 | *value += (double)tmpscore * (double)efficient; |
|---|
| 245 | // fprintf( stderr, "val in _gapnomi = %f\n", *value ); |
|---|
| 246 | } |
|---|
| 247 | } |
|---|
| 248 | #if 0 |
|---|
| 249 | fprintf( stdout, "###score = %f\n", score ); |
|---|
| 250 | #endif |
|---|
| 251 | #if DEBUG |
|---|
| 252 | fprintf( stderr, "score in intergroup_score = %f\n", score ); |
|---|
| 253 | #endif |
|---|
| 254 | // return( score ); |
|---|
| 255 | } |
|---|
| 256 | void intergroup_score_gapnomi( char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int clus1, int clus2, int len, double *value ) |
|---|
| 257 | { |
|---|
| 258 | int i, j, k; |
|---|
| 259 | int len2 = len - 2; |
|---|
| 260 | int ms1, ms2; |
|---|
| 261 | double tmpscore; |
|---|
| 262 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 263 | double efficient; |
|---|
| 264 | |
|---|
| 265 | // totaleff1 = 0.0; for( i=0; i<clus1; i++ ) totaleff1 += eff1[i]; |
|---|
| 266 | // totaleff2 = 0.0; for( i=0; i<clus2; i++ ) totaleff2 += eff2[i]; |
|---|
| 267 | |
|---|
| 268 | |
|---|
| 269 | |
|---|
| 270 | *value = 0.0; |
|---|
| 271 | for( i=0; i<clus1; i++ ) |
|---|
| 272 | { |
|---|
| 273 | for( j=0; j<clus2; j++ ) |
|---|
| 274 | { |
|---|
| 275 | efficient = eff1[i] * eff2[j]; /* $B$J$<$+G[Ns$r;H$o$J$$$H$*$+$7$/$J$k(B, $BB?J,%P%0(B */ |
|---|
| 276 | mseq1 = seq1[i]; |
|---|
| 277 | mseq2 = seq2[j]; |
|---|
| 278 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 279 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 280 | { |
|---|
| 281 | ms1 = (int)mseq1[k]; |
|---|
| 282 | ms2 = (int)mseq2[k]; |
|---|
| 283 | if( ms1 == (int)'-' && ms2 == (int)'-' ) continue; |
|---|
| 284 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 285 | |
|---|
| 286 | if( ms1 == (int)'-' ) |
|---|
| 287 | { |
|---|
| 288 | tmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 289 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 290 | while( (ms1=(int)mseq1[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 291 | ; |
|---|
| 292 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 293 | k--; |
|---|
| 294 | if( k >len2 ) break; |
|---|
| 295 | continue; |
|---|
| 296 | } |
|---|
| 297 | if( ms2 == (int)'-' ) |
|---|
| 298 | { |
|---|
| 299 | tmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 300 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 301 | while( (ms2=(int)mseq2[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 302 | ; |
|---|
| 303 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 304 | k--; |
|---|
| 305 | if( k > len2 ) break; |
|---|
| 306 | continue; |
|---|
| 307 | } |
|---|
| 308 | } |
|---|
| 309 | *value += (double)tmpscore * (double)efficient; |
|---|
| 310 | // fprintf( stderr, "val in _gapnomi = %f\n", *value ); |
|---|
| 311 | } |
|---|
| 312 | } |
|---|
| 313 | #if 0 |
|---|
| 314 | fprintf( stdout, "###score = %f\n", score ); |
|---|
| 315 | #endif |
|---|
| 316 | #if DEBUG |
|---|
| 317 | fprintf( stderr, "score in intergroup_score = %f\n", score ); |
|---|
| 318 | #endif |
|---|
| 319 | // return( score ); |
|---|
| 320 | } |
|---|
| 321 | |
|---|
| 322 | void intergroup_score( char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int clus1, int clus2, int len, double *value ) |
|---|
| 323 | { |
|---|
| 324 | int i, j, k; |
|---|
| 325 | int len2 = len - 2; |
|---|
| 326 | int ms1, ms2; |
|---|
| 327 | double tmpscore; |
|---|
| 328 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 329 | double efficient; |
|---|
| 330 | |
|---|
| 331 | double gaptmpscore; |
|---|
| 332 | double gapscore = 0.0; |
|---|
| 333 | |
|---|
| 334 | // fprintf( stderr, "#### in intergroup_score\n" ); |
|---|
| 335 | |
|---|
| 336 | // totaleff1 = 0.0; for( i=0; i<clus1; i++ ) totaleff1 += eff1[i]; |
|---|
| 337 | // totaleff2 = 0.0; for( i=0; i<clus2; i++ ) totaleff2 += eff2[i]; |
|---|
| 338 | |
|---|
| 339 | *value = 0.0; |
|---|
| 340 | for( i=0; i<clus1; i++ ) |
|---|
| 341 | { |
|---|
| 342 | for( j=0; j<clus2; j++ ) |
|---|
| 343 | { |
|---|
| 344 | efficient = eff1[i] * eff2[j]; /* $B$J$<$+G[Ns$r;H$o$J$$$H$*$+$7$/$J$k(B, $BB?J,%P%0(B */ |
|---|
| 345 | mseq1 = seq1[i]; |
|---|
| 346 | mseq2 = seq2[j]; |
|---|
| 347 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 348 | gaptmpscore = 0.0; |
|---|
| 349 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 350 | { |
|---|
| 351 | ms1 = (int)mseq1[k]; |
|---|
| 352 | ms2 = (int)mseq2[k]; |
|---|
| 353 | if( ms1 == (int)'-' && ms2 == (int)'-' ) continue; |
|---|
| 354 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 355 | tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 356 | |
|---|
| 357 | if( ms1 == (int)'-' ) |
|---|
| 358 | { |
|---|
| 359 | tmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 360 | gaptmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 361 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 362 | tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 363 | while( (ms1=(int)mseq1[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 364 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 365 | tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 366 | k--; |
|---|
| 367 | if( k >len2 ) break; |
|---|
| 368 | continue; |
|---|
| 369 | } |
|---|
| 370 | if( ms2 == (int)'-' ) |
|---|
| 371 | { |
|---|
| 372 | tmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 373 | gaptmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 374 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 375 | tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 376 | while( (ms2=(int)mseq2[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 377 | // tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 378 | tmpscore += (double)amino_dis_consweight_multi[ms1][ms2]; |
|---|
| 379 | k--; |
|---|
| 380 | if( k > len2 ) break; |
|---|
| 381 | continue; |
|---|
| 382 | } |
|---|
| 383 | } |
|---|
| 384 | *value += (double)tmpscore * (double)efficient; |
|---|
| 385 | gapscore += (double)gaptmpscore * (double)efficient; |
|---|
| 386 | } |
|---|
| 387 | } |
|---|
| 388 | #if 0 |
|---|
| 389 | fprintf( stderr, "###gapscore = %f\n", gapscore ); |
|---|
| 390 | #endif |
|---|
| 391 | #if DEBUG |
|---|
| 392 | fprintf( stderr, "score in intergroup_score = %f\n", score ); |
|---|
| 393 | #endif |
|---|
| 394 | // return( score ); |
|---|
| 395 | } |
|---|
| 396 | void intergroup_score_new( char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int clus1, int clus2, int len, double *value ) |
|---|
| 397 | { |
|---|
| 398 | int i, j, k; |
|---|
| 399 | int len2 = len - 2; |
|---|
| 400 | int ms1, ms2; |
|---|
| 401 | double tmpscore; |
|---|
| 402 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 403 | static double efficient[1]; |
|---|
| 404 | |
|---|
| 405 | // totaleff1 = 0.0; for( i=0; i<clus1; i++ ) totaleff1 += eff1[i]; |
|---|
| 406 | // totaleff2 = 0.0; for( i=0; i<clus2; i++ ) totaleff2 += eff2[i]; |
|---|
| 407 | |
|---|
| 408 | *value = 0.0; |
|---|
| 409 | for( i=0; i<clus1; i++ ) |
|---|
| 410 | { |
|---|
| 411 | for( j=0; j<clus2; j++ ) |
|---|
| 412 | { |
|---|
| 413 | *efficient = eff1[i] * eff2[j]; /* $B$J$<$+G[Ns$r;H$o$J$$$H$*$+$7$/$J$k(B, $BB?J,%P%0(B */ |
|---|
| 414 | mseq1 = seq1[i]; |
|---|
| 415 | mseq2 = seq2[j]; |
|---|
| 416 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 417 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 418 | { |
|---|
| 419 | ms1 = (int)mseq1[k]; |
|---|
| 420 | ms2 = (int)mseq2[k]; |
|---|
| 421 | if( ms1 == (int)'-' && ms2 == (int)'-' ) continue; |
|---|
| 422 | tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 423 | |
|---|
| 424 | if( ms1 == (int)'-' ) |
|---|
| 425 | { |
|---|
| 426 | tmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 427 | tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 428 | while( (ms1=(int)mseq1[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 429 | tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 430 | k--; |
|---|
| 431 | if( k >len2 ) break; |
|---|
| 432 | continue; |
|---|
| 433 | } |
|---|
| 434 | if( ms2 == (int)'-' ) |
|---|
| 435 | { |
|---|
| 436 | tmpscore += (double)penalty; |
|---|
| 437 | tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 438 | while( (ms2=(int)mseq2[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 439 | tmpscore += (double)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 440 | k--; |
|---|
| 441 | if( k > len2 ) break; |
|---|
| 442 | continue; |
|---|
| 443 | } |
|---|
| 444 | } |
|---|
| 445 | *value += (double)tmpscore * (double)*efficient; |
|---|
| 446 | } |
|---|
| 447 | } |
|---|
| 448 | #if 0 |
|---|
| 449 | fprintf( stdout, "###score = %f\n", score ); |
|---|
| 450 | #endif |
|---|
| 451 | #if DEBUG |
|---|
| 452 | fprintf( stderr, "score in intergroup_score = %f\n", score ); |
|---|
| 453 | #endif |
|---|
| 454 | // return( score ); |
|---|
| 455 | } |
|---|
| 456 | |
|---|
| 457 | |
|---|
| 458 | double score_calc5( char **seq, int s, double **eff, int ex ) /* method 3 deha nai */ |
|---|
| 459 | { |
|---|
| 460 | int i, j, k; |
|---|
| 461 | double c; |
|---|
| 462 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 463 | double score; |
|---|
| 464 | double tmpscore; |
|---|
| 465 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 466 | double efficient; |
|---|
| 467 | #if DEBUG |
|---|
| 468 | FILE *fp; |
|---|
| 469 | #endif |
|---|
| 470 | |
|---|
| 471 | score = 0.0; |
|---|
| 472 | c = 0.0; |
|---|
| 473 | |
|---|
| 474 | for( i=0; i<s; i++ ) |
|---|
| 475 | { |
|---|
| 476 | |
|---|
| 477 | if( i == ex ) continue; |
|---|
| 478 | efficient = eff[i][ex]; |
|---|
| 479 | mseq1 = seq[i]; |
|---|
| 480 | mseq2 = seq[ex]; |
|---|
| 481 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 482 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 483 | { |
|---|
| 484 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 485 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 486 | |
|---|
| 487 | if( mseq1[k] == '-' ) |
|---|
| 488 | { |
|---|
| 489 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 490 | while( mseq1[++k] == '-' ) |
|---|
| 491 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 492 | k--; |
|---|
| 493 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 494 | continue; |
|---|
| 495 | } |
|---|
| 496 | if( mseq2[k] == '-' ) |
|---|
| 497 | { |
|---|
| 498 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 499 | while( mseq2[++k] == '-' ) |
|---|
| 500 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 501 | k--; |
|---|
| 502 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 503 | continue; |
|---|
| 504 | } |
|---|
| 505 | } |
|---|
| 506 | score += (double)tmpscore * efficient; |
|---|
| 507 | /* |
|---|
| 508 | fprintf( stdout, "%d-%d tmpscore = %f, eff = %f, tmpscore*eff = %f\n", i, ex, tmpscore, efficient, tmpscore*efficient ); |
|---|
| 509 | */ |
|---|
| 510 | } |
|---|
| 511 | /* |
|---|
| 512 | fprintf( stdout, "total score = %f\n", score ); |
|---|
| 513 | */ |
|---|
| 514 | |
|---|
| 515 | for( i=0; i<s-1; i++ ) |
|---|
| 516 | { |
|---|
| 517 | for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 518 | { |
|---|
| 519 | if( i == ex || j == ex ) continue; |
|---|
| 520 | |
|---|
| 521 | efficient = eff[i][j]; |
|---|
| 522 | mseq1 = seq[i]; |
|---|
| 523 | mseq2 = seq[j]; |
|---|
| 524 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 525 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 526 | { |
|---|
| 527 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 528 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 529 | |
|---|
| 530 | if( mseq1[k] == '-' ) |
|---|
| 531 | { |
|---|
| 532 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 533 | while( mseq1[++k] == '-' ) |
|---|
| 534 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 535 | k--; |
|---|
| 536 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 537 | continue; |
|---|
| 538 | } |
|---|
| 539 | if( mseq2[k] == '-' ) |
|---|
| 540 | { |
|---|
| 541 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 542 | while( mseq2[++k] == '-' ) |
|---|
| 543 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 544 | k--; |
|---|
| 545 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 546 | continue; |
|---|
| 547 | } |
|---|
| 548 | } |
|---|
| 549 | score += (double)tmpscore * efficient; |
|---|
| 550 | } |
|---|
| 551 | } |
|---|
| 552 | /* |
|---|
| 553 | fprintf( stderr, "score in score_calc5 = %f\n", score ); |
|---|
| 554 | */ |
|---|
| 555 | return( (double)score ); |
|---|
| 556 | /* |
|---|
| 557 | |
|---|
| 558 | fprintf( trap_g, "score by fast = %f\n", (float)score ); |
|---|
| 559 | |
|---|
| 560 | tmpscore = score = 0.0; |
|---|
| 561 | for( i=0; i<s; i++ ) |
|---|
| 562 | { |
|---|
| 563 | if( i == ex ) continue; |
|---|
| 564 | tmpscore = Cscore_m_1( seq, i, eff ); |
|---|
| 565 | fprintf( stdout, "%d %f\n", i, tmpscore ); |
|---|
| 566 | |
|---|
| 567 | score += tmpscore; |
|---|
| 568 | } |
|---|
| 569 | tmpscore = Cscore_m_1( seq, ex, eff ); |
|---|
| 570 | fprintf( stdout, "ex%d %f\n", i, tmpscore ); |
|---|
| 571 | score += tmpscore; |
|---|
| 572 | |
|---|
| 573 | return( score ); |
|---|
| 574 | */ |
|---|
| 575 | } |
|---|
| 576 | |
|---|
| 577 | |
|---|
| 578 | |
|---|
| 579 | double score_calc4( char **seq, int s, double **eff, int ex ) /* method 3 deha nai */ |
|---|
| 580 | { |
|---|
| 581 | int i, j, k; |
|---|
| 582 | double c; |
|---|
| 583 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 584 | double score; |
|---|
| 585 | long tmpscore; |
|---|
| 586 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 587 | double efficient; |
|---|
| 588 | |
|---|
| 589 | score = 0.0; |
|---|
| 590 | c = 0.0; |
|---|
| 591 | /* |
|---|
| 592 | printf( "in score_calc4\n" ); |
|---|
| 593 | for( i=0; i<s; i++ ) |
|---|
| 594 | { |
|---|
| 595 | for( j=0; j<s; j++ ) |
|---|
| 596 | { |
|---|
| 597 | printf( "% 5.3f", eff[i][j] ); |
|---|
| 598 | } |
|---|
| 599 | printf( "\n" ); |
|---|
| 600 | |
|---|
| 601 | } |
|---|
| 602 | */ |
|---|
| 603 | for( i=0; i<s-1; i++ ) |
|---|
| 604 | { |
|---|
| 605 | for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 606 | { |
|---|
| 607 | efficient = eff[i][j]; |
|---|
| 608 | if( mix == 1 ) efficient = 1.0; |
|---|
| 609 | /* |
|---|
| 610 | printf( "weight for %d v.s. %d = %f\n", i, j, efficient ); |
|---|
| 611 | */ |
|---|
| 612 | mseq1 = seq[i]; |
|---|
| 613 | mseq2 = seq[j]; |
|---|
| 614 | tmpscore = 0; |
|---|
| 615 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 616 | { |
|---|
| 617 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 618 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]] + 400 * !scoremtx ; |
|---|
| 619 | |
|---|
| 620 | c += efficient; |
|---|
| 621 | |
|---|
| 622 | if( mseq1[k] == '-' ) |
|---|
| 623 | { |
|---|
| 624 | tmpscore += penalty - n_dis[24][0]; |
|---|
| 625 | while( mseq1[++k] == '-' ) |
|---|
| 626 | ; |
|---|
| 627 | k--; |
|---|
| 628 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 629 | continue; |
|---|
| 630 | } |
|---|
| 631 | if( mseq2[k] == '-' ) |
|---|
| 632 | { |
|---|
| 633 | tmpscore += penalty - n_dis[24][0]; |
|---|
| 634 | while( mseq2[++k] == '-' ) |
|---|
| 635 | ; |
|---|
| 636 | k--; |
|---|
| 637 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 638 | continue; |
|---|
| 639 | } |
|---|
| 640 | } |
|---|
| 641 | /* |
|---|
| 642 | if( x == 65 ) printf( "i=%d j=%d tmpscore=%d l=%d\n", i, j, tmpscore, len ); |
|---|
| 643 | */ |
|---|
| 644 | score += (double)tmpscore * efficient; |
|---|
| 645 | } |
|---|
| 646 | } |
|---|
| 647 | score /= c; |
|---|
| 648 | return( (double)score ); |
|---|
| 649 | } |
|---|
| 650 | |
|---|
| 651 | |
|---|
| 652 | |
|---|
| 653 | void upg2( int nseq, double **eff, int ***topol, double **len ) |
|---|
| 654 | { |
|---|
| 655 | int i, j, k; |
|---|
| 656 | double tmplen[M]; |
|---|
| 657 | |
|---|
| 658 | static char **pair = NULL; |
|---|
| 659 | |
|---|
| 660 | if( !pair ) |
|---|
| 661 | { |
|---|
| 662 | pair = AllocateCharMtx( njob, njob ); |
|---|
| 663 | } |
|---|
| 664 | |
|---|
| 665 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 666 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) pair[i][j] = 0; |
|---|
| 667 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[i][i] = 1; |
|---|
| 668 | |
|---|
| 669 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 670 | { |
|---|
| 671 | float minscore = 9999.0; |
|---|
| 672 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 673 | int count; |
|---|
| 674 | |
|---|
| 675 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 676 | { |
|---|
| 677 | if( eff[i][j] < minscore ) |
|---|
| 678 | { |
|---|
| 679 | minscore = eff[i][j]; |
|---|
| 680 | im = i; jm = j; |
|---|
| 681 | } |
|---|
| 682 | } |
|---|
| 683 | for( i=0, count=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 684 | if( pair[im][i] > 0 ) |
|---|
| 685 | { |
|---|
| 686 | topol[k][0][count] = i; |
|---|
| 687 | count++; |
|---|
| 688 | } |
|---|
| 689 | topol[k][0][count] = -1; |
|---|
| 690 | for( i=0, count=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 691 | if( pair[jm][i] > 0 ) |
|---|
| 692 | { |
|---|
| 693 | topol[k][1][count] = i; |
|---|
| 694 | count++; |
|---|
| 695 | } |
|---|
| 696 | topol[k][1][count] = -1; |
|---|
| 697 | |
|---|
| 698 | len[k][0] = minscore / 2.0 - tmplen[im]; |
|---|
| 699 | len[k][1] = minscore / 2.0 - tmplen[jm]; |
|---|
| 700 | |
|---|
| 701 | tmplen[im] = minscore / 2.0; |
|---|
| 702 | |
|---|
| 703 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[im][i] += ( pair[jm][i] > 0 ); |
|---|
| 704 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[jm][i] = 0; |
|---|
| 705 | |
|---|
| 706 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 707 | { |
|---|
| 708 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 709 | { |
|---|
| 710 | eff[MIN(i,im)][MAX(i,im)] = |
|---|
| 711 | ( eff[MIN(i,im)][MAX(i,im)] + eff[MIN(i,jm)][MAX(i,jm)] ) / 2.0; |
|---|
| 712 | eff[MIN(i,jm)][MAX(i,jm)] = 9999.0; |
|---|
| 713 | } |
|---|
| 714 | eff[im][jm] = 9999.0; |
|---|
| 715 | } |
|---|
| 716 | #if DEBUG |
|---|
| 717 | printf( "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 718 | printf( "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 719 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) printf( " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 720 | printf( "\n" ); |
|---|
| 721 | printf( "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 722 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) printf( " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 723 | printf( "\n" ); |
|---|
| 724 | #endif |
|---|
| 725 | } |
|---|
| 726 | } |
|---|
| 727 | |
|---|
| 728 | static void setnearest( int nseq, Bchain *acpt, float **eff, float *mindisfrompt, int *nearestpt, int pos ) |
|---|
| 729 | { |
|---|
| 730 | int j; |
|---|
| 731 | float tmpfloat; |
|---|
| 732 | float mindisfrom; |
|---|
| 733 | int nearest; |
|---|
| 734 | // float **effptpt; |
|---|
| 735 | Bchain *acptj; |
|---|
| 736 | |
|---|
| 737 | mindisfrom = 999.9; |
|---|
| 738 | nearest = -1; |
|---|
| 739 | |
|---|
| 740 | // if( (acpt+pos)->next ) effpt = eff[pos]+(acpt+pos)->next->pos-pos; |
|---|
| 741 | |
|---|
| 742 | // for( j=pos+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 743 | for( acptj=(acpt+pos)->next; acptj!=NULL; acptj=acptj->next ) |
|---|
| 744 | { |
|---|
| 745 | j = acptj->pos; |
|---|
| 746 | // if( (tmpfloat=*effpt++) < *mindisfrompt ) |
|---|
| 747 | if( (tmpfloat=eff[pos][j-pos]) < mindisfrom ) |
|---|
| 748 | { |
|---|
| 749 | mindisfrom = tmpfloat; |
|---|
| 750 | nearest = j; |
|---|
| 751 | } |
|---|
| 752 | } |
|---|
| 753 | // effptpt = eff; |
|---|
| 754 | // for( j=0; j<pos; j++ ) |
|---|
| 755 | for( acptj=acpt; (acptj&&acptj->pos!=pos); acptj=acptj->next ) |
|---|
| 756 | { |
|---|
| 757 | j = acptj->pos; |
|---|
| 758 | // if( (tmpfloat=(*effptpt++)[pos-j]) < *mindisfrompt ) |
|---|
| 759 | if( (tmpfloat=eff[j][pos-j]) < mindisfrom ) |
|---|
| 760 | { |
|---|
| 761 | mindisfrom = tmpfloat; |
|---|
| 762 | nearest = j; |
|---|
| 763 | } |
|---|
| 764 | } |
|---|
| 765 | |
|---|
| 766 | *mindisfrompt = mindisfrom; |
|---|
| 767 | *nearestpt = nearest; |
|---|
| 768 | } |
|---|
| 769 | |
|---|
| 770 | static void setnearest_double_fullmtx( int nseq, Bchain *acpt, double **eff, double *mindisfrompt, int *nearestpt, int pos ) |
|---|
| 771 | { |
|---|
| 772 | int j; |
|---|
| 773 | double tmpfloat; |
|---|
| 774 | double **effptpt; |
|---|
| 775 | Bchain *acptj; |
|---|
| 776 | |
|---|
| 777 | *mindisfrompt = 999.9; |
|---|
| 778 | *nearestpt = -1; |
|---|
| 779 | |
|---|
| 780 | // if( (acpt+pos)->next ) effpt = eff[pos]+(acpt+pos)->next->pos-pos; |
|---|
| 781 | |
|---|
| 782 | // for( j=pos+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 783 | for( acptj=(acpt+pos)->next; acptj!=NULL; acptj=acptj->next ) |
|---|
| 784 | { |
|---|
| 785 | j = acptj->pos; |
|---|
| 786 | // if( (tmpfloat=*effpt++) < *mindisfrompt ) |
|---|
| 787 | if( (tmpfloat=eff[pos][j]) < *mindisfrompt ) |
|---|
| 788 | { |
|---|
| 789 | *mindisfrompt = tmpfloat; |
|---|
| 790 | *nearestpt = j; |
|---|
| 791 | } |
|---|
| 792 | } |
|---|
| 793 | effptpt = eff; |
|---|
| 794 | // for( j=0; j<pos; j++ ) |
|---|
| 795 | for( acptj=acpt; (acptj&&acptj->pos!=pos); acptj=acptj->next ) |
|---|
| 796 | { |
|---|
| 797 | j = acptj->pos; |
|---|
| 798 | // if( (tmpfloat=(*effptpt++)[pos-j]) < *mindisfrompt ) |
|---|
| 799 | if( (tmpfloat=eff[j][pos]) < *mindisfrompt ) |
|---|
| 800 | { |
|---|
| 801 | *mindisfrompt = tmpfloat; |
|---|
| 802 | *nearestpt = j; |
|---|
| 803 | } |
|---|
| 804 | } |
|---|
| 805 | } |
|---|
| 806 | |
|---|
| 807 | |
|---|
| 808 | |
|---|
| 809 | static void loadtreeoneline( int *ar, float *len, FILE *fp ) |
|---|
| 810 | { |
|---|
| 811 | static char gett[1000]; |
|---|
| 812 | int res; |
|---|
| 813 | char *p; |
|---|
| 814 | |
|---|
| 815 | p = fgets( gett, 999, fp ); |
|---|
| 816 | if( p == NULL ) |
|---|
| 817 | { |
|---|
| 818 | fprintf( stderr, "\n\nFormat error (1) in the tree? It has to be a bifurcated and rooted tree.\n" ); |
|---|
| 819 | fprintf( stderr, "Please use newick2mafft.rb to generate a tree file from a newick tree.\n\n" ); |
|---|
| 820 | exit( 1 ); |
|---|
| 821 | } |
|---|
| 822 | |
|---|
| 823 | |
|---|
| 824 | res = sscanf( gett, "%d %d %f %f", ar, ar+1, len, len+1 ); |
|---|
| 825 | if( res != 4 ) |
|---|
| 826 | { |
|---|
| 827 | fprintf( stderr, "\n\nFormat error (2) in the tree? It has to be a bifurcated and rooted tree.\n" ); |
|---|
| 828 | fprintf( stderr, "Please use newick2mafft.rb to generate a tree file from a newick tree.\n\n" ); |
|---|
| 829 | exit( 1 ); |
|---|
| 830 | } |
|---|
| 831 | |
|---|
| 832 | ar[0]--; |
|---|
| 833 | ar[1]--; |
|---|
| 834 | |
|---|
| 835 | if( ar[0] >= ar[1] ) |
|---|
| 836 | { |
|---|
| 837 | fprintf( stderr, "\n\nIncorrect guide tree\n" ); |
|---|
| 838 | fprintf( stderr, "Please use newick2mafft.rb to generate a tree file from a newick tree.\n\n" ); |
|---|
| 839 | exit( 1 ); |
|---|
| 840 | } |
|---|
| 841 | |
|---|
| 842 | |
|---|
| 843 | // fprintf( stderr, "ar[0] = %d, ar[1] = %d\n", ar[0], ar[1] ); |
|---|
| 844 | // fprintf( stderr, "len[0] = %f, len[1] = %f\n", len[0], len[1] ); |
|---|
| 845 | } |
|---|
| 846 | |
|---|
| 847 | void loadtree( int nseq, int ***topol, float **len, char **name, int *nlen, Treedep *dep ) |
|---|
| 848 | { |
|---|
| 849 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 850 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 851 | int *hist = NULL; |
|---|
| 852 | Bchain *ac = NULL; |
|---|
| 853 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 854 | Bchain *acjmnext, *acjmprev; |
|---|
| 855 | int prevnode; |
|---|
| 856 | Bchain *acpti; |
|---|
| 857 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 858 | int *nmemar; |
|---|
| 859 | int nmemim, nmemjm; |
|---|
| 860 | char **tree; |
|---|
| 861 | char *treetmp; |
|---|
| 862 | char *nametmp, *nameptr, *tmpptr; |
|---|
| 863 | char namec; |
|---|
| 864 | FILE *fp; |
|---|
| 865 | int node[2]; |
|---|
| 866 | |
|---|
| 867 | fp = fopen( "_guidetree", "r" ); |
|---|
| 868 | if( !fp ) |
|---|
| 869 | { |
|---|
| 870 | fprintf( stderr, "cannot open _guidetree\n" ); |
|---|
| 871 | exit( 1 ); |
|---|
| 872 | } |
|---|
| 873 | |
|---|
| 874 | if( !hist ) |
|---|
| 875 | { |
|---|
| 876 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 877 | ac = (Bchain *)malloc( njob * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 878 | nmemar = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 879 | // treetmp = AllocateCharVec( njob*50 ); |
|---|
| 880 | treetmp = NULL; |
|---|
| 881 | nametmp = AllocateCharVec( 1000 ); // nagasugi |
|---|
| 882 | // tree = AllocateCharMtx( njob, njob*50 ); |
|---|
| 883 | tree = AllocateCharMtx( njob, 0 ); |
|---|
| 884 | } |
|---|
| 885 | |
|---|
| 886 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 887 | { |
|---|
| 888 | for( j=0; j<999; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 889 | for( j=0; j<999; j++ ) |
|---|
| 890 | { |
|---|
| 891 | namec = name[i][j]; |
|---|
| 892 | if( namec == 0 ) |
|---|
| 893 | break; |
|---|
| 894 | else if( isalnum( namec ) || namec == '/' || namec == '=' || namec == '-' || namec == '{' || namec == '}' ) |
|---|
| 895 | nametmp[j] = namec; |
|---|
| 896 | else |
|---|
| 897 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 898 | } |
|---|
| 899 | nametmp[j] = 0; |
|---|
| 900 | // sprintf( tree[i], "%d_l=%d_%.20s", i+1, nlen[i], nametmp+1 ); |
|---|
| 901 | if( outnumber ) |
|---|
| 902 | nameptr = strstr( nametmp, "_numo_e" ) + 8; |
|---|
| 903 | else |
|---|
| 904 | nameptr = nametmp + 1; |
|---|
| 905 | |
|---|
| 906 | if( (tmpptr=strstr( nameptr, "_oe_" )) ) nameptr = tmpptr + 4; // = -> _ no tame |
|---|
| 907 | |
|---|
| 908 | tree[i] = calloc( strlen( nametmp )+100, sizeof( char ) ); // suuji no bun de +100 |
|---|
| 909 | if( tree[i] == NULL ) |
|---|
| 910 | { |
|---|
| 911 | fprintf( stderr, "Cannot allocate tree!\n" ); |
|---|
| 912 | exit( 1 ); |
|---|
| 913 | } |
|---|
| 914 | sprintf( tree[i], "\n%d_%.900s\n", i+1, nameptr ); |
|---|
| 915 | } |
|---|
| 916 | |
|---|
| 917 | |
|---|
| 918 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 919 | { |
|---|
| 920 | ac[i].next = ac+i+1; |
|---|
| 921 | ac[i].prev = ac+i-1; |
|---|
| 922 | ac[i].pos = i; |
|---|
| 923 | } |
|---|
| 924 | ac[nseq-1].next = NULL; |
|---|
| 925 | |
|---|
| 926 | |
|---|
| 927 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 928 | { |
|---|
| 929 | hist[i] = -1; |
|---|
| 930 | nmemar[i] = 1; |
|---|
| 931 | } |
|---|
| 932 | |
|---|
| 933 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 934 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 935 | { |
|---|
| 936 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "\r% 5d / %d", k, nseq ); |
|---|
| 937 | #if 0 |
|---|
| 938 | minscore = 999.9; |
|---|
| 939 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 940 | { |
|---|
| 941 | i = acpti->pos; |
|---|
| 942 | // fprintf( stderr, "k=%d i=%d\n", k, i ); |
|---|
| 943 | if( mindisfrom[i] < minscore ) // muscle |
|---|
| 944 | { |
|---|
| 945 | im = i; |
|---|
| 946 | minscore = mindisfrom[i]; |
|---|
| 947 | } |
|---|
| 948 | } |
|---|
| 949 | jm = nearest[im]; |
|---|
| 950 | if( jm < im ) |
|---|
| 951 | { |
|---|
| 952 | j=jm; jm=im; im=j; |
|---|
| 953 | } |
|---|
| 954 | #else |
|---|
| 955 | len[k][0] = len[k][1] = -1.0; |
|---|
| 956 | loadtreeoneline( node, len[k], fp ); |
|---|
| 957 | im = node[0]; |
|---|
| 958 | jm = node[1]; |
|---|
| 959 | |
|---|
| 960 | if( im > nseq-1 || jm > nseq-1 || tree[im] == NULL || tree[jm] == NULL ) |
|---|
| 961 | { |
|---|
| 962 | fprintf( stderr, "\n\nCheck the guide tree.\n" ); |
|---|
| 963 | fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d\n", im+1, jm+1 ); |
|---|
| 964 | fprintf( stderr, "Please use newick2mafft.rb to generate a tree file from a newick tree.\n\n" ); |
|---|
| 965 | exit( 1 ); |
|---|
| 966 | } |
|---|
| 967 | |
|---|
| 968 | |
|---|
| 969 | if( len[k][0] == -1.0 || len[k][1] == -1.0 ) |
|---|
| 970 | { |
|---|
| 971 | fprintf( stderr, "\n\nERROR: Branch length is not given.\n" ); |
|---|
| 972 | exit( 1 ); |
|---|
| 973 | } |
|---|
| 974 | |
|---|
| 975 | if( len[k][0] < 0.0 ) len[k][0] = 0.0; |
|---|
| 976 | if( len[k][1] < 0.0 ) len[k][1] = 0.0; |
|---|
| 977 | |
|---|
| 978 | #endif |
|---|
| 979 | |
|---|
| 980 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 981 | if( dep ) dep[k].child0 = prevnode; |
|---|
| 982 | nmemim = nmemar[im]; |
|---|
| 983 | |
|---|
| 984 | // fprintf( stderr, "prevnode = %d, nmemim = %d\n", prevnode, nmemim ); |
|---|
| 985 | |
|---|
| 986 | intpt = topol[k][0] = (int *)realloc( topol[k][0], ( nmemim + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 987 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 988 | { |
|---|
| 989 | *intpt++ = im; |
|---|
| 990 | *intpt = -1; |
|---|
| 991 | } |
|---|
| 992 | else |
|---|
| 993 | { |
|---|
| 994 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 995 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 996 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 997 | { |
|---|
| 998 | pt11 = pt2; |
|---|
| 999 | pt22 = pt1; |
|---|
| 1000 | } |
|---|
| 1001 | else |
|---|
| 1002 | { |
|---|
| 1003 | pt11 = pt1; |
|---|
| 1004 | pt22 = pt2; |
|---|
| 1005 | } |
|---|
| 1006 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1007 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1008 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1009 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1010 | *intpt = -1; |
|---|
| 1011 | } |
|---|
| 1012 | |
|---|
| 1013 | |
|---|
| 1014 | nmemjm = nmemar[jm]; |
|---|
| 1015 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 1016 | if( dep ) dep[k].child1 = prevnode; |
|---|
| 1017 | |
|---|
| 1018 | // fprintf( stderr, "prevnode = %d, nmemjm = %d\n", prevnode, nmemjm ); |
|---|
| 1019 | |
|---|
| 1020 | intpt = topol[k][1] = (int *)realloc( topol[k][1], ( nmemjm + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 1021 | if( !intpt ) |
|---|
| 1022 | { |
|---|
| 1023 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate topol\n" ); |
|---|
| 1024 | exit( 1 ); |
|---|
| 1025 | } |
|---|
| 1026 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 1027 | { |
|---|
| 1028 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 1029 | *intpt = -1; |
|---|
| 1030 | } |
|---|
| 1031 | else |
|---|
| 1032 | { |
|---|
| 1033 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 1034 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 1035 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 1036 | { |
|---|
| 1037 | pt11 = pt2; |
|---|
| 1038 | pt22 = pt1; |
|---|
| 1039 | } |
|---|
| 1040 | else |
|---|
| 1041 | { |
|---|
| 1042 | pt11 = pt1; |
|---|
| 1043 | pt22 = pt2; |
|---|
| 1044 | } |
|---|
| 1045 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1046 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1047 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1048 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1049 | *intpt = -1; |
|---|
| 1050 | } |
|---|
| 1051 | |
|---|
| 1052 | |
|---|
| 1053 | // len[k][0] = ( minscore - tmptmplen[im] ); |
|---|
| 1054 | // len[k][1] = ( minscore - tmptmplen[jm] ); |
|---|
| 1055 | // len[k][0] = -1; |
|---|
| 1056 | // len[k][1] = -1; |
|---|
| 1057 | |
|---|
| 1058 | |
|---|
| 1059 | hist[im] = k; |
|---|
| 1060 | nmemar[im] = nmemim + nmemjm; |
|---|
| 1061 | |
|---|
| 1062 | // mindisfrom[im] = 999.9; |
|---|
| 1063 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1064 | { |
|---|
| 1065 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1066 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 1067 | { |
|---|
| 1068 | if( i < im ) |
|---|
| 1069 | { |
|---|
| 1070 | miniim = i; |
|---|
| 1071 | maxiim = im; |
|---|
| 1072 | minijm = i; |
|---|
| 1073 | maxijm = jm; |
|---|
| 1074 | } |
|---|
| 1075 | else if( i < jm ) |
|---|
| 1076 | { |
|---|
| 1077 | miniim = im; |
|---|
| 1078 | maxiim = i; |
|---|
| 1079 | minijm = i; |
|---|
| 1080 | maxijm = jm; |
|---|
| 1081 | } |
|---|
| 1082 | else |
|---|
| 1083 | { |
|---|
| 1084 | miniim = im; |
|---|
| 1085 | maxiim = i; |
|---|
| 1086 | minijm = jm; |
|---|
| 1087 | maxijm = i; |
|---|
| 1088 | } |
|---|
| 1089 | } |
|---|
| 1090 | } |
|---|
| 1091 | |
|---|
| 1092 | |
|---|
| 1093 | treetmp = realloc( treetmp, strlen( tree[im] ) + strlen( tree[jm] ) + 100 ); // 22 de juubunn (:%7,:%7) %7 ha minus kamo |
|---|
| 1094 | if( !treetmp ) |
|---|
| 1095 | { |
|---|
| 1096 | fprintf( stderr, "Cannot allocate treetmp\n" ); |
|---|
| 1097 | exit( 1 ); |
|---|
| 1098 | } |
|---|
| 1099 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 1100 | free( tree[im] ); |
|---|
| 1101 | free( tree[jm] ); |
|---|
| 1102 | tree[im] = calloc( strlen( treetmp )+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 1103 | tree[jm] = NULL; |
|---|
| 1104 | if( tree[im] == NULL ) |
|---|
| 1105 | { |
|---|
| 1106 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate tree!\n" ); |
|---|
| 1107 | exit( 1 ); |
|---|
| 1108 | } |
|---|
| 1109 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 1110 | |
|---|
| 1111 | // fprintf( stderr, "im,jm=%d,%d\n", im, jm ); |
|---|
| 1112 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 1113 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 1114 | acjmprev->next = acjmnext; |
|---|
| 1115 | if( acjmnext != NULL ) |
|---|
| 1116 | acjmnext->prev = acjmprev; |
|---|
| 1117 | // free( (void *)eff[jm] ); eff[jm] = NULL; |
|---|
| 1118 | |
|---|
| 1119 | #if 0 // muscle seems to miss this. |
|---|
| 1120 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1121 | { |
|---|
| 1122 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1123 | if( nearest[i] == im ) |
|---|
| 1124 | { |
|---|
| 1125 | // fprintf( stderr, "calling setnearest\n" ); |
|---|
| 1126 | // setnearest( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); |
|---|
| 1127 | } |
|---|
| 1128 | } |
|---|
| 1129 | #endif |
|---|
| 1130 | |
|---|
| 1131 | |
|---|
| 1132 | #if 0 |
|---|
| 1133 | fprintf( stdout, "vSTEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 1134 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 1135 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i]+1 ); |
|---|
| 1136 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 1137 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 1138 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i]+1 ); |
|---|
| 1139 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 1140 | #endif |
|---|
| 1141 | } |
|---|
| 1142 | fclose( fp ); |
|---|
| 1143 | fp = fopen( "infile.tree", "w" ); |
|---|
| 1144 | fprintf( fp, "%s\n", treetmp ); |
|---|
| 1145 | fprintf( fp, "#by loadtree\n" ); |
|---|
| 1146 | fclose( fp ); |
|---|
| 1147 | |
|---|
| 1148 | FreeCharMtx( tree ); |
|---|
| 1149 | free( treetmp ); |
|---|
| 1150 | free( nametmp ); |
|---|
| 1151 | free( hist ); |
|---|
| 1152 | free( (char *)ac ); |
|---|
| 1153 | free( (void *)nmemar ); |
|---|
| 1154 | |
|---|
| 1155 | |
|---|
| 1156 | } |
|---|
| 1157 | |
|---|
| 1158 | static float sueff1, sueff05; |
|---|
| 1159 | static double sueff1_double, sueff05_double; |
|---|
| 1160 | |
|---|
| 1161 | static float cluster_mix_float( float d1, float d2 ) |
|---|
| 1162 | { |
|---|
| 1163 | return( MIN( d1, d2 ) * sueff1 + ( d1 + d2 ) * sueff05 ); |
|---|
| 1164 | } |
|---|
| 1165 | static float cluster_average_float( float d1, float d2 ) |
|---|
| 1166 | { |
|---|
| 1167 | return( ( d1 + d2 ) * 0.5 ); |
|---|
| 1168 | } |
|---|
| 1169 | static float cluster_minimum_float( float d1, float d2 ) |
|---|
| 1170 | { |
|---|
| 1171 | return( MIN( d1, d2 ) ); |
|---|
| 1172 | } |
|---|
| 1173 | static double cluster_mix_double( double d1, double d2 ) |
|---|
| 1174 | { |
|---|
| 1175 | return( MIN( d1, d2 ) * sueff1_double + ( d1 + d2 ) * sueff05_double ); |
|---|
| 1176 | } |
|---|
| 1177 | static double cluster_average_double( double d1, double d2 ) |
|---|
| 1178 | { |
|---|
| 1179 | return( ( d1 + d2 ) * 0.5 ); |
|---|
| 1180 | } |
|---|
| 1181 | static double cluster_minimum_double( double d1, double d2 ) |
|---|
| 1182 | { |
|---|
| 1183 | return( MIN( d1, d2 ) ); |
|---|
| 1184 | } |
|---|
| 1185 | |
|---|
| 1186 | |
|---|
| 1187 | void fixed_supg_float_realloc_nobk_halfmtx_treeout_constrained( int nseq, float **eff, int ***topol, float **len, char **name, int *nlen, Treedep *dep, int ngroup, int **groups ) |
|---|
| 1188 | { |
|---|
| 1189 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 1190 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 1191 | float tmpfloat; |
|---|
| 1192 | float eff1, eff0; |
|---|
| 1193 | float *tmptmplen = NULL; //static? |
|---|
| 1194 | int *hist = NULL; //static? |
|---|
| 1195 | Bchain *ac = NULL; //static? |
|---|
| 1196 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 1197 | Bchain *acjmnext, *acjmprev; |
|---|
| 1198 | int prevnode; |
|---|
| 1199 | Bchain *acpti, *acptj; |
|---|
| 1200 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 1201 | int *nmemar; //static? |
|---|
| 1202 | int nmemim, nmemjm; |
|---|
| 1203 | float minscore; |
|---|
| 1204 | int *nearest = NULL; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 1205 | float *mindisfrom = NULL; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 1206 | char **tree; //static? |
|---|
| 1207 | char *treetmp; //static? |
|---|
| 1208 | char *nametmp, *nameptr, *tmpptr; //static? |
|---|
| 1209 | FILE *fp; |
|---|
| 1210 | float (*clusterfuncpt[1])(float,float); |
|---|
| 1211 | char namec; |
|---|
| 1212 | int *testtopol, **inconsistent; |
|---|
| 1213 | int **inconsistentpairlist; |
|---|
| 1214 | int ninconsistentpairs; |
|---|
| 1215 | int *warned; |
|---|
| 1216 | int allinconsistent; |
|---|
| 1217 | int firsttime; |
|---|
| 1218 | |
|---|
| 1219 | |
|---|
| 1220 | sueff1 = 1 - SUEFF; |
|---|
| 1221 | sueff05 = SUEFF * 0.5; |
|---|
| 1222 | if ( treemethod == 'X' ) |
|---|
| 1223 | clusterfuncpt[0] = cluster_mix_float; |
|---|
| 1224 | else if ( treemethod == 'E' ) |
|---|
| 1225 | clusterfuncpt[0] = cluster_average_float; |
|---|
| 1226 | else if ( treemethod == 'q' ) |
|---|
| 1227 | clusterfuncpt[0] = cluster_minimum_float; |
|---|
| 1228 | else |
|---|
| 1229 | { |
|---|
| 1230 | fprintf( stderr, "Unknown treemethod, %c\n", treemethod ); |
|---|
| 1231 | exit( 1 ); |
|---|
| 1232 | } |
|---|
| 1233 | |
|---|
| 1234 | if( !hist ) |
|---|
| 1235 | { |
|---|
| 1236 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 1237 | tmptmplen = AllocateFloatVec( njob ); |
|---|
| 1238 | ac = (Bchain *)malloc( njob * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 1239 | nmemar = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 1240 | mindisfrom = AllocateFloatVec( njob ); |
|---|
| 1241 | nearest = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 1242 | // treetmp = AllocateCharVec( njob * ( B + 100 ) ); // nagasugi? |
|---|
| 1243 | treetmp = NULL; // kentou 2013/06/12 |
|---|
| 1244 | nametmp = AllocateCharVec( 1000 ); // nagasugi |
|---|
| 1245 | // tree = AllocateCharMtx( njob, njob*600 ); |
|---|
| 1246 | tree = AllocateCharMtx( njob, 0 ); |
|---|
| 1247 | testtopol = AllocateIntVec( njob + 1 ); |
|---|
| 1248 | inconsistent = AllocateIntMtx( njob, njob ); // muda |
|---|
| 1249 | inconsistentpairlist = AllocateIntMtx( njob*(njob-1)/2+1, 2 ); // muda |
|---|
| 1250 | warned = AllocateIntVec( ngroup ); |
|---|
| 1251 | } |
|---|
| 1252 | |
|---|
| 1253 | |
|---|
| 1254 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 1255 | { |
|---|
| 1256 | for( j=0; j<999; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 1257 | for( j=0; j<999; j++ ) |
|---|
| 1258 | { |
|---|
| 1259 | namec = name[i][j]; |
|---|
| 1260 | if( namec == 0 ) |
|---|
| 1261 | break; |
|---|
| 1262 | else if( isalnum( namec ) || namec == '/' || namec == '=' || namec == '-' || namec == '{' || namec == '}' ) |
|---|
| 1263 | nametmp[j] = namec; |
|---|
| 1264 | else |
|---|
| 1265 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 1266 | } |
|---|
| 1267 | nametmp[j] = 0; |
|---|
| 1268 | // sprintf( tree[i], "%d_l=%d_%.20s", i+1, nlen[i], nametmp+1 ); |
|---|
| 1269 | if( outnumber ) |
|---|
| 1270 | nameptr = strstr( nametmp, "_numo_e" ) + 8; |
|---|
| 1271 | else |
|---|
| 1272 | nameptr = nametmp + 1; |
|---|
| 1273 | |
|---|
| 1274 | if( (tmpptr=strstr( nameptr, "_oe_" )) ) nameptr = tmpptr + 4; // = -> _ no tame |
|---|
| 1275 | |
|---|
| 1276 | tree[i] = calloc( strlen( nametmp )+100, sizeof( char ) ); // suuji no bun de +100 |
|---|
| 1277 | if( tree[i] == NULL ) |
|---|
| 1278 | { |
|---|
| 1279 | fprintf( stderr, "Cannot allocate tree!\n" ); |
|---|
| 1280 | exit( 1 ); |
|---|
| 1281 | } |
|---|
| 1282 | sprintf( tree[i], "\n%d_%.900s\n", i+1, nameptr ); |
|---|
| 1283 | } |
|---|
| 1284 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 1285 | { |
|---|
| 1286 | ac[i].next = ac+i+1; |
|---|
| 1287 | ac[i].prev = ac+i-1; |
|---|
| 1288 | ac[i].pos = i; |
|---|
| 1289 | } |
|---|
| 1290 | ac[nseq-1].next = NULL; |
|---|
| 1291 | |
|---|
| 1292 | for( i=0; i<nseq; i++ ) setnearest( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); // muscle |
|---|
| 1293 | |
|---|
| 1294 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 1295 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 1296 | { |
|---|
| 1297 | hist[i] = -1; |
|---|
| 1298 | nmemar[i] = 1; |
|---|
| 1299 | } |
|---|
| 1300 | |
|---|
| 1301 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 1302 | ninconsistentpairs = 0; |
|---|
| 1303 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 1304 | { |
|---|
| 1305 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "\r% 5d / %d", k, nseq ); |
|---|
| 1306 | |
|---|
| 1307 | for( i=0; i<ninconsistentpairs; i++ ) inconsistent[inconsistentpairlist[i][0]][inconsistentpairlist[i][1]] = 0; |
|---|
| 1308 | // for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) for( acptj=acpti->next; acptj!=NULL; acptj=acptj->next ) inconsistent[acpti->pos][acptj->pos] = 0; // osoi!!! |
|---|
| 1309 | ninconsistentpairs = 0; |
|---|
| 1310 | firsttime = 1; |
|---|
| 1311 | while( 1 ) |
|---|
| 1312 | { |
|---|
| 1313 | if( firsttime ) |
|---|
| 1314 | { |
|---|
| 1315 | firsttime = 0; |
|---|
| 1316 | minscore = 999.9; |
|---|
| 1317 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1318 | { |
|---|
| 1319 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1320 | // fprintf( stderr, "k=%d i=%d\n", k, i ); |
|---|
| 1321 | if( mindisfrom[i] < minscore ) // muscle |
|---|
| 1322 | { |
|---|
| 1323 | im = i; |
|---|
| 1324 | minscore = mindisfrom[i]; |
|---|
| 1325 | } |
|---|
| 1326 | } |
|---|
| 1327 | jm = nearest[im]; |
|---|
| 1328 | if( jm < im ) |
|---|
| 1329 | { |
|---|
| 1330 | j=jm; jm=im; im=j; |
|---|
| 1331 | } |
|---|
| 1332 | } |
|---|
| 1333 | else |
|---|
| 1334 | { |
|---|
| 1335 | minscore = 999.9; |
|---|
| 1336 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1337 | { |
|---|
| 1338 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1339 | // fprintf( stderr, "k=%d i=%d\n", k, i ); |
|---|
| 1340 | for( acptj=acpti->next; acptj!=NULL; acptj=acptj->next ) |
|---|
| 1341 | { |
|---|
| 1342 | j = acptj->pos; |
|---|
| 1343 | if( !inconsistent[i][j] && (tmpfloat=eff[i][j-i]) < minscore ) |
|---|
| 1344 | { |
|---|
| 1345 | minscore = tmpfloat; |
|---|
| 1346 | im = i; jm = j; |
|---|
| 1347 | } |
|---|
| 1348 | } |
|---|
| 1349 | for( acptj=ac; (acptj&&acptj->pos!=i); acptj=acptj->next ) |
|---|
| 1350 | { |
|---|
| 1351 | j = acptj->pos; |
|---|
| 1352 | if( !inconsistent[j][i] && (tmpfloat=eff[j][i-j]) < minscore ) |
|---|
| 1353 | { |
|---|
| 1354 | minscore = tmpfloat; |
|---|
| 1355 | im = j; jm = i; |
|---|
| 1356 | } |
|---|
| 1357 | } |
|---|
| 1358 | } |
|---|
| 1359 | } |
|---|
| 1360 | |
|---|
| 1361 | |
|---|
| 1362 | allinconsistent = 1; |
|---|
| 1363 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1364 | { |
|---|
| 1365 | for( acptj=acpti->next; acptj!=NULL; acptj=acptj->next ) |
|---|
| 1366 | { |
|---|
| 1367 | if( inconsistent[acpti->pos][acptj->pos] == 0 ) |
|---|
| 1368 | { |
|---|
| 1369 | allinconsistent = 0; |
|---|
| 1370 | goto exitloop_f; |
|---|
| 1371 | } |
|---|
| 1372 | } |
|---|
| 1373 | } |
|---|
| 1374 | exitloop_f: |
|---|
| 1375 | |
|---|
| 1376 | if( allinconsistent ) |
|---|
| 1377 | { |
|---|
| 1378 | fprintf( stderr, "\n\n\nPlease check whether the grouping is possible.\n\n\n" ); |
|---|
| 1379 | exit( 1 ); |
|---|
| 1380 | } |
|---|
| 1381 | #if 1 |
|---|
| 1382 | intpt = testtopol; |
|---|
| 1383 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 1384 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 1385 | { |
|---|
| 1386 | *intpt++ = im; |
|---|
| 1387 | } |
|---|
| 1388 | else |
|---|
| 1389 | { |
|---|
| 1390 | for( intpt2=topol[prevnode][0]; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1391 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1392 | for( intpt2=topol[prevnode][1]; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1393 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1394 | } |
|---|
| 1395 | |
|---|
| 1396 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 1397 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 1398 | { |
|---|
| 1399 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 1400 | } |
|---|
| 1401 | else |
|---|
| 1402 | { |
|---|
| 1403 | for( intpt2=topol[prevnode][0]; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1404 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1405 | for( intpt2=topol[prevnode][1]; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1406 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1407 | } |
|---|
| 1408 | *intpt = -1; |
|---|
| 1409 | // fprintf( stderr, "testtopol = \n" ); |
|---|
| 1410 | // for( i=0; testtopol[i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, " %03d", testtopol[i]+1 ); |
|---|
| 1411 | // fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 1412 | #endif |
|---|
| 1413 | for( i=0; i<ngroup; i++ ) |
|---|
| 1414 | { |
|---|
| 1415 | // fprintf( stderr, "groups[%d] = \n", i ); |
|---|
| 1416 | // for( j=0; groups[i][j]>-1; j++ ) fprintf( stderr, " %03d", groups[i][j]+1 ); |
|---|
| 1417 | // fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 1418 | if( overlapmember( groups[i], testtopol ) ) |
|---|
| 1419 | { |
|---|
| 1420 | if( !includemember( testtopol, groups[i] ) && !includemember( groups[i], testtopol ) ) |
|---|
| 1421 | { |
|---|
| 1422 | if( !warned[i] ) |
|---|
| 1423 | { |
|---|
| 1424 | warned[i] = 1; |
|---|
| 1425 | fprintf( stderr, "\n###################################################################\n" ); |
|---|
| 1426 | fprintf( stderr, "# WARNING: Group %d is forced to be a monophyletic cluster.\n", i+1 ); |
|---|
| 1427 | fprintf( stderr, "###################################################################\n" ); |
|---|
| 1428 | } |
|---|
| 1429 | inconsistent[im][jm] = 1; |
|---|
| 1430 | inconsistentpairlist[ninconsistentpairs][0] = im; |
|---|
| 1431 | inconsistentpairlist[ninconsistentpairs][1] = jm; |
|---|
| 1432 | ninconsistentpairs++; |
|---|
| 1433 | break; |
|---|
| 1434 | } |
|---|
| 1435 | } |
|---|
| 1436 | } |
|---|
| 1437 | if( i == ngroup ) |
|---|
| 1438 | { |
|---|
| 1439 | // fprintf( stderr, "OK\n" ); |
|---|
| 1440 | break; |
|---|
| 1441 | } |
|---|
| 1442 | } |
|---|
| 1443 | |
|---|
| 1444 | |
|---|
| 1445 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 1446 | if( dep ) dep[k].child0 = prevnode; |
|---|
| 1447 | nmemim = nmemar[im]; |
|---|
| 1448 | intpt = topol[k][0] = (int *)realloc( topol[k][0], ( nmemim + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 1449 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 1450 | { |
|---|
| 1451 | *intpt++ = im; |
|---|
| 1452 | *intpt = -1; |
|---|
| 1453 | } |
|---|
| 1454 | else |
|---|
| 1455 | { |
|---|
| 1456 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 1457 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 1458 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 1459 | { |
|---|
| 1460 | pt11 = pt2; |
|---|
| 1461 | pt22 = pt1; |
|---|
| 1462 | } |
|---|
| 1463 | else |
|---|
| 1464 | { |
|---|
| 1465 | pt11 = pt1; |
|---|
| 1466 | pt22 = pt2; |
|---|
| 1467 | } |
|---|
| 1468 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1469 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1470 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1471 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1472 | *intpt = -1; |
|---|
| 1473 | } |
|---|
| 1474 | |
|---|
| 1475 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 1476 | if( dep ) dep[k].child1 = prevnode; |
|---|
| 1477 | nmemjm = nmemar[jm]; |
|---|
| 1478 | intpt = topol[k][1] = (int *)realloc( topol[k][1], ( nmemjm + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 1479 | if( !intpt ) |
|---|
| 1480 | { |
|---|
| 1481 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate topol\n" ); |
|---|
| 1482 | exit( 1 ); |
|---|
| 1483 | } |
|---|
| 1484 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 1485 | { |
|---|
| 1486 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 1487 | *intpt = -1; |
|---|
| 1488 | } |
|---|
| 1489 | else |
|---|
| 1490 | { |
|---|
| 1491 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 1492 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 1493 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 1494 | { |
|---|
| 1495 | pt11 = pt2; |
|---|
| 1496 | pt22 = pt1; |
|---|
| 1497 | } |
|---|
| 1498 | else |
|---|
| 1499 | { |
|---|
| 1500 | pt11 = pt1; |
|---|
| 1501 | pt22 = pt2; |
|---|
| 1502 | } |
|---|
| 1503 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1504 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1505 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1506 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1507 | *intpt = -1; |
|---|
| 1508 | } |
|---|
| 1509 | |
|---|
| 1510 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 1511 | |
|---|
| 1512 | len[k][0] = ( minscore - tmptmplen[im] ); |
|---|
| 1513 | len[k][1] = ( minscore - tmptmplen[jm] ); |
|---|
| 1514 | |
|---|
| 1515 | if( dep ) dep[k].distfromtip = minscore; |
|---|
| 1516 | // fprintf( stderr, "\n##### dep[%d].distfromtip = %f\n", k, minscore ); |
|---|
| 1517 | |
|---|
| 1518 | tmptmplen[im] = minscore; |
|---|
| 1519 | |
|---|
| 1520 | hist[im] = k; |
|---|
| 1521 | nmemar[im] = nmemim + nmemjm; |
|---|
| 1522 | |
|---|
| 1523 | mindisfrom[im] = 999.9; |
|---|
| 1524 | eff[im][jm-im] = 999.9; |
|---|
| 1525 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1526 | { |
|---|
| 1527 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1528 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 1529 | { |
|---|
| 1530 | if( i < im ) |
|---|
| 1531 | { |
|---|
| 1532 | miniim = i; |
|---|
| 1533 | maxiim = im; |
|---|
| 1534 | minijm = i; |
|---|
| 1535 | maxijm = jm; |
|---|
| 1536 | } |
|---|
| 1537 | else if( i < jm ) |
|---|
| 1538 | { |
|---|
| 1539 | miniim = im; |
|---|
| 1540 | maxiim = i; |
|---|
| 1541 | minijm = i; |
|---|
| 1542 | maxijm = jm; |
|---|
| 1543 | } |
|---|
| 1544 | else |
|---|
| 1545 | { |
|---|
| 1546 | miniim = im; |
|---|
| 1547 | maxiim = i; |
|---|
| 1548 | minijm = jm; |
|---|
| 1549 | maxijm = i; |
|---|
| 1550 | } |
|---|
| 1551 | eff0 = eff[miniim][maxiim-miniim]; |
|---|
| 1552 | eff1 = eff[minijm][maxijm-minijm]; |
|---|
| 1553 | #if 0 |
|---|
| 1554 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim-miniim] = |
|---|
| 1555 | MIN( eff0, eff1 ) * sueff1 + ( eff0 + eff1 ) * sueff05; |
|---|
| 1556 | #else |
|---|
| 1557 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim-miniim] = |
|---|
| 1558 | (clusterfuncpt[0])( eff0, eff1 ); |
|---|
| 1559 | #endif |
|---|
| 1560 | #if 1 |
|---|
| 1561 | if( tmpfloat < mindisfrom[i] ) |
|---|
| 1562 | { |
|---|
| 1563 | mindisfrom[i] = tmpfloat; |
|---|
| 1564 | nearest[i] = im; |
|---|
| 1565 | } |
|---|
| 1566 | if( tmpfloat < mindisfrom[im] ) |
|---|
| 1567 | { |
|---|
| 1568 | mindisfrom[im] = tmpfloat; |
|---|
| 1569 | nearest[im] = i; |
|---|
| 1570 | } |
|---|
| 1571 | if( nearest[i] == jm ) |
|---|
| 1572 | { |
|---|
| 1573 | nearest[i] = im; |
|---|
| 1574 | } |
|---|
| 1575 | #endif |
|---|
| 1576 | } |
|---|
| 1577 | } |
|---|
| 1578 | |
|---|
| 1579 | treetmp = realloc( treetmp, strlen( tree[im] ) + strlen( tree[jm] ) + 100 ); // 22 de juubunn (:%7,:%7) %7 ha minus kamo |
|---|
| 1580 | if( !treetmp ) |
|---|
| 1581 | { |
|---|
| 1582 | fprintf( stderr, "Cannot allocate treetmp\n" ); |
|---|
| 1583 | exit( 1 ); |
|---|
| 1584 | } |
|---|
| 1585 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 1586 | free( tree[im] ); |
|---|
| 1587 | free( tree[jm] ); |
|---|
| 1588 | tree[im] = calloc( strlen( treetmp )+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 1589 | tree[jm] = NULL; |
|---|
| 1590 | if( tree[im] == NULL ) |
|---|
| 1591 | { |
|---|
| 1592 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate tree!\n" ); |
|---|
| 1593 | exit( 1 ); |
|---|
| 1594 | } |
|---|
| 1595 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 1596 | |
|---|
| 1597 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 1598 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 1599 | acjmprev->next = acjmnext; |
|---|
| 1600 | if( acjmnext != NULL ) |
|---|
| 1601 | acjmnext->prev = acjmprev; |
|---|
| 1602 | free( (void *)eff[jm] ); eff[jm] = NULL; |
|---|
| 1603 | |
|---|
| 1604 | #if 1 // muscle seems to miss this. |
|---|
| 1605 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1606 | { |
|---|
| 1607 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1608 | if( nearest[i] == im ) |
|---|
| 1609 | { |
|---|
| 1610 | // fprintf( stderr, "calling setnearest\n" ); |
|---|
| 1611 | setnearest( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); |
|---|
| 1612 | } |
|---|
| 1613 | } |
|---|
| 1614 | #endif |
|---|
| 1615 | |
|---|
| 1616 | |
|---|
| 1617 | #if 0 |
|---|
| 1618 | fprintf( stderr, "\noSTEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 1619 | fprintf( stderr, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 1620 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, " %03d", topol[k][0][i]+1 ); |
|---|
| 1621 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 1622 | fprintf( stderr, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 1623 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, " %03d", topol[k][1][i]+1 ); |
|---|
| 1624 | fprintf( stderr, "\n\n" ); |
|---|
| 1625 | #endif |
|---|
| 1626 | } |
|---|
| 1627 | fp = fopen( "infile.tree", "w" ); |
|---|
| 1628 | fprintf( fp, "%s\n", treetmp ); |
|---|
| 1629 | fclose( fp ); |
|---|
| 1630 | |
|---|
| 1631 | free( tree[0] ); |
|---|
| 1632 | free( tree ); |
|---|
| 1633 | free( treetmp ); |
|---|
| 1634 | free( nametmp ); |
|---|
| 1635 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 1636 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 1637 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 1638 | free( (void *)nmemar ); nmemar = NULL; |
|---|
| 1639 | free( mindisfrom ); |
|---|
| 1640 | free( nearest ); |
|---|
| 1641 | free( testtopol ); |
|---|
| 1642 | FreeIntMtx( inconsistent ); |
|---|
| 1643 | FreeIntMtx( inconsistentpairlist ); |
|---|
| 1644 | free( warned ); |
|---|
| 1645 | } |
|---|
| 1646 | |
|---|
| 1647 | void fixed_musclesupg_float_realloc_nobk_halfmtx_treeout( int nseq, float **eff, int ***topol, float **len, char **name, int *nlen, Treedep *dep ) |
|---|
| 1648 | { |
|---|
| 1649 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 1650 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 1651 | float tmpfloat; |
|---|
| 1652 | float eff1, eff0; |
|---|
| 1653 | float *tmptmplen = NULL; //static? |
|---|
| 1654 | int *hist = NULL; //static? |
|---|
| 1655 | Bchain *ac = NULL; //static? |
|---|
| 1656 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 1657 | Bchain *acjmnext, *acjmprev; |
|---|
| 1658 | int prevnode; |
|---|
| 1659 | Bchain *acpti; |
|---|
| 1660 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 1661 | int *nmemar; //static? |
|---|
| 1662 | int nmemim, nmemjm; |
|---|
| 1663 | float minscore; |
|---|
| 1664 | int *nearest = NULL; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 1665 | float *mindisfrom = NULL; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 1666 | char **tree; //static? |
|---|
| 1667 | char *treetmp; //static? |
|---|
| 1668 | char *nametmp, *nameptr, *tmpptr; //static? |
|---|
| 1669 | FILE *fp; |
|---|
| 1670 | float (*clusterfuncpt[1])(float,float); |
|---|
| 1671 | char namec; |
|---|
| 1672 | |
|---|
| 1673 | |
|---|
| 1674 | sueff1 = 1 - SUEFF; |
|---|
| 1675 | sueff05 = SUEFF * 0.5; |
|---|
| 1676 | if ( treemethod == 'X' ) |
|---|
| 1677 | clusterfuncpt[0] = cluster_mix_float; |
|---|
| 1678 | else if ( treemethod == 'E' ) |
|---|
| 1679 | clusterfuncpt[0] = cluster_average_float; |
|---|
| 1680 | else if ( treemethod == 'q' ) |
|---|
| 1681 | clusterfuncpt[0] = cluster_minimum_float; |
|---|
| 1682 | else |
|---|
| 1683 | { |
|---|
| 1684 | fprintf( stderr, "Unknown treemethod, %c\n", treemethod ); |
|---|
| 1685 | exit( 1 ); |
|---|
| 1686 | } |
|---|
| 1687 | |
|---|
| 1688 | if( !hist ) |
|---|
| 1689 | { |
|---|
| 1690 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 1691 | tmptmplen = AllocateFloatVec( njob ); |
|---|
| 1692 | ac = (Bchain *)malloc( njob * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 1693 | nmemar = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 1694 | mindisfrom = AllocateFloatVec( njob ); |
|---|
| 1695 | nearest = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 1696 | // treetmp = AllocateCharVec( njob * ( B + 100 ) ); // nagasugi? |
|---|
| 1697 | treetmp = NULL; // kentou 2013/06/12 |
|---|
| 1698 | nametmp = AllocateCharVec( 1000 ); // nagasugi |
|---|
| 1699 | // tree = AllocateCharMtx( njob, njob*600 ); |
|---|
| 1700 | tree = AllocateCharMtx( njob, 0 ); |
|---|
| 1701 | } |
|---|
| 1702 | |
|---|
| 1703 | |
|---|
| 1704 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 1705 | { |
|---|
| 1706 | for( j=0; j<999; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 1707 | for( j=0; j<999; j++ ) |
|---|
| 1708 | { |
|---|
| 1709 | namec = name[i][j]; |
|---|
| 1710 | if( namec == 0 ) |
|---|
| 1711 | break; |
|---|
| 1712 | else if( isalnum( namec ) || namec == '/' || namec == '=' || namec == '-' || namec == '{' || namec == '}' ) |
|---|
| 1713 | nametmp[j] = namec; |
|---|
| 1714 | else |
|---|
| 1715 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 1716 | } |
|---|
| 1717 | nametmp[j] = 0; |
|---|
| 1718 | // sprintf( tree[i], "%d_l=%d_%.20s", i+1, nlen[i], nametmp+1 ); |
|---|
| 1719 | if( outnumber ) |
|---|
| 1720 | nameptr = strstr( nametmp, "_numo_e" ) + 8; |
|---|
| 1721 | else |
|---|
| 1722 | nameptr = nametmp + 1; |
|---|
| 1723 | |
|---|
| 1724 | if( (tmpptr=strstr( nameptr, "_oe_" )) ) nameptr = tmpptr + 4; // = -> _ no tame |
|---|
| 1725 | |
|---|
| 1726 | tree[i] = calloc( strlen( nametmp )+100, sizeof( char ) ); // suuji no bun de +100 |
|---|
| 1727 | if( tree[i] == NULL ) |
|---|
| 1728 | { |
|---|
| 1729 | fprintf( stderr, "Cannot allocate tree!\n" ); |
|---|
| 1730 | exit( 1 ); |
|---|
| 1731 | } |
|---|
| 1732 | sprintf( tree[i], "\n%d_%.900s\n", i+1, nameptr ); |
|---|
| 1733 | } |
|---|
| 1734 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 1735 | { |
|---|
| 1736 | ac[i].next = ac+i+1; |
|---|
| 1737 | ac[i].prev = ac+i-1; |
|---|
| 1738 | ac[i].pos = i; |
|---|
| 1739 | } |
|---|
| 1740 | ac[nseq-1].next = NULL; |
|---|
| 1741 | |
|---|
| 1742 | for( i=0; i<nseq; i++ ) setnearest( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); // muscle |
|---|
| 1743 | |
|---|
| 1744 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 1745 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 1746 | { |
|---|
| 1747 | hist[i] = -1; |
|---|
| 1748 | nmemar[i] = 1; |
|---|
| 1749 | } |
|---|
| 1750 | |
|---|
| 1751 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 1752 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 1753 | { |
|---|
| 1754 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "\r% 5d / %d", k, nseq ); |
|---|
| 1755 | |
|---|
| 1756 | minscore = 999.9; |
|---|
| 1757 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1758 | { |
|---|
| 1759 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1760 | // fprintf( stderr, "k=%d i=%d\n", k, i ); |
|---|
| 1761 | if( mindisfrom[i] < minscore ) // muscle |
|---|
| 1762 | { |
|---|
| 1763 | im = i; |
|---|
| 1764 | minscore = mindisfrom[i]; |
|---|
| 1765 | } |
|---|
| 1766 | } |
|---|
| 1767 | jm = nearest[im]; |
|---|
| 1768 | if( jm < im ) |
|---|
| 1769 | { |
|---|
| 1770 | j=jm; jm=im; im=j; |
|---|
| 1771 | } |
|---|
| 1772 | |
|---|
| 1773 | |
|---|
| 1774 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 1775 | if( dep ) dep[k].child0 = prevnode; |
|---|
| 1776 | nmemim = nmemar[im]; |
|---|
| 1777 | intpt = topol[k][0] = (int *)realloc( topol[k][0], ( nmemim + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 1778 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 1779 | { |
|---|
| 1780 | *intpt++ = im; |
|---|
| 1781 | *intpt = -1; |
|---|
| 1782 | } |
|---|
| 1783 | else |
|---|
| 1784 | { |
|---|
| 1785 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 1786 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 1787 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 1788 | { |
|---|
| 1789 | pt11 = pt2; |
|---|
| 1790 | pt22 = pt1; |
|---|
| 1791 | } |
|---|
| 1792 | else |
|---|
| 1793 | { |
|---|
| 1794 | pt11 = pt1; |
|---|
| 1795 | pt22 = pt2; |
|---|
| 1796 | } |
|---|
| 1797 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1798 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1799 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1800 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1801 | *intpt = -1; |
|---|
| 1802 | } |
|---|
| 1803 | |
|---|
| 1804 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 1805 | if( dep ) dep[k].child1 = prevnode; |
|---|
| 1806 | nmemjm = nmemar[jm]; |
|---|
| 1807 | intpt = topol[k][1] = (int *)realloc( topol[k][1], ( nmemjm + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 1808 | if( !intpt ) |
|---|
| 1809 | { |
|---|
| 1810 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate topol\n" ); |
|---|
| 1811 | exit( 1 ); |
|---|
| 1812 | } |
|---|
| 1813 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 1814 | { |
|---|
| 1815 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 1816 | *intpt = -1; |
|---|
| 1817 | } |
|---|
| 1818 | else |
|---|
| 1819 | { |
|---|
| 1820 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 1821 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 1822 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 1823 | { |
|---|
| 1824 | pt11 = pt2; |
|---|
| 1825 | pt22 = pt1; |
|---|
| 1826 | } |
|---|
| 1827 | else |
|---|
| 1828 | { |
|---|
| 1829 | pt11 = pt1; |
|---|
| 1830 | pt22 = pt2; |
|---|
| 1831 | } |
|---|
| 1832 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1833 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1834 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 1835 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 1836 | *intpt = -1; |
|---|
| 1837 | } |
|---|
| 1838 | |
|---|
| 1839 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 1840 | |
|---|
| 1841 | len[k][0] = ( minscore - tmptmplen[im] ); |
|---|
| 1842 | len[k][1] = ( minscore - tmptmplen[jm] ); |
|---|
| 1843 | |
|---|
| 1844 | if( dep ) dep[k].distfromtip = minscore; |
|---|
| 1845 | // fprintf( stderr, "\n##### dep[%d].distfromtip = %f\n", k, minscore ); |
|---|
| 1846 | |
|---|
| 1847 | tmptmplen[im] = minscore; |
|---|
| 1848 | |
|---|
| 1849 | hist[im] = k; |
|---|
| 1850 | nmemar[im] = nmemim + nmemjm; |
|---|
| 1851 | |
|---|
| 1852 | mindisfrom[im] = 999.9; |
|---|
| 1853 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1854 | { |
|---|
| 1855 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1856 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 1857 | { |
|---|
| 1858 | if( i < im ) |
|---|
| 1859 | { |
|---|
| 1860 | miniim = i; |
|---|
| 1861 | maxiim = im; |
|---|
| 1862 | minijm = i; |
|---|
| 1863 | maxijm = jm; |
|---|
| 1864 | } |
|---|
| 1865 | else if( i < jm ) |
|---|
| 1866 | { |
|---|
| 1867 | miniim = im; |
|---|
| 1868 | maxiim = i; |
|---|
| 1869 | minijm = i; |
|---|
| 1870 | maxijm = jm; |
|---|
| 1871 | } |
|---|
| 1872 | else |
|---|
| 1873 | { |
|---|
| 1874 | miniim = im; |
|---|
| 1875 | maxiim = i; |
|---|
| 1876 | minijm = jm; |
|---|
| 1877 | maxijm = i; |
|---|
| 1878 | } |
|---|
| 1879 | eff0 = eff[miniim][maxiim-miniim]; |
|---|
| 1880 | eff1 = eff[minijm][maxijm-minijm]; |
|---|
| 1881 | #if 0 |
|---|
| 1882 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim-miniim] = |
|---|
| 1883 | MIN( eff0, eff1 ) * sueff1 + ( eff0 + eff1 ) * sueff05; |
|---|
| 1884 | #else |
|---|
| 1885 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim-miniim] = |
|---|
| 1886 | (clusterfuncpt[0])( eff0, eff1 ); |
|---|
| 1887 | #endif |
|---|
| 1888 | if( tmpfloat < mindisfrom[i] ) |
|---|
| 1889 | { |
|---|
| 1890 | mindisfrom[i] = tmpfloat; |
|---|
| 1891 | nearest[i] = im; |
|---|
| 1892 | } |
|---|
| 1893 | if( tmpfloat < mindisfrom[im] ) |
|---|
| 1894 | { |
|---|
| 1895 | mindisfrom[im] = tmpfloat; |
|---|
| 1896 | nearest[im] = i; |
|---|
| 1897 | } |
|---|
| 1898 | if( nearest[i] == jm ) |
|---|
| 1899 | { |
|---|
| 1900 | nearest[i] = im; |
|---|
| 1901 | } |
|---|
| 1902 | } |
|---|
| 1903 | } |
|---|
| 1904 | |
|---|
| 1905 | treetmp = realloc( treetmp, strlen( tree[im] ) + strlen( tree[jm] ) + 100 ); // 22 de juubunn (:%7,:%7) %7 ha minus kamo |
|---|
| 1906 | if( !treetmp ) |
|---|
| 1907 | { |
|---|
| 1908 | fprintf( stderr, "Cannot allocate treetmp\n" ); |
|---|
| 1909 | exit( 1 ); |
|---|
| 1910 | } |
|---|
| 1911 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 1912 | free( tree[im] ); |
|---|
| 1913 | free( tree[jm] ); |
|---|
| 1914 | tree[im] = calloc( strlen( treetmp )+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 1915 | tree[jm] = NULL; |
|---|
| 1916 | if( tree[im] == NULL ) |
|---|
| 1917 | { |
|---|
| 1918 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate tree!\n" ); |
|---|
| 1919 | exit( 1 ); |
|---|
| 1920 | } |
|---|
| 1921 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 1922 | |
|---|
| 1923 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 1924 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 1925 | acjmprev->next = acjmnext; |
|---|
| 1926 | if( acjmnext != NULL ) |
|---|
| 1927 | acjmnext->prev = acjmprev; |
|---|
| 1928 | free( (void *)eff[jm] ); eff[jm] = NULL; |
|---|
| 1929 | |
|---|
| 1930 | #if 1 // muscle seems to miss this. |
|---|
| 1931 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 1932 | { |
|---|
| 1933 | i = acpti->pos; |
|---|
| 1934 | if( nearest[i] == im ) |
|---|
| 1935 | { |
|---|
| 1936 | // fprintf( stderr, "calling setnearest\n" ); |
|---|
| 1937 | setnearest( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); |
|---|
| 1938 | } |
|---|
| 1939 | } |
|---|
| 1940 | #endif |
|---|
| 1941 | |
|---|
| 1942 | |
|---|
| 1943 | #if 0 |
|---|
| 1944 | fprintf( stderr, "\nooSTEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 1945 | fprintf( stderr, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 1946 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, " %03d", topol[k][0][i]+1 ); |
|---|
| 1947 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 1948 | fprintf( stderr, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 1949 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, " %03d", topol[k][1][i]+1 ); |
|---|
| 1950 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 1951 | #endif |
|---|
| 1952 | } |
|---|
| 1953 | fp = fopen( "infile.tree", "w" ); |
|---|
| 1954 | fprintf( fp, "%s\n", treetmp ); |
|---|
| 1955 | fclose( fp ); |
|---|
| 1956 | |
|---|
| 1957 | free( tree[0] ); |
|---|
| 1958 | free( tree ); |
|---|
| 1959 | free( treetmp ); |
|---|
| 1960 | free( nametmp ); |
|---|
| 1961 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 1962 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 1963 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 1964 | free( (void *)nmemar ); nmemar = NULL; |
|---|
| 1965 | free( mindisfrom ); |
|---|
| 1966 | free( nearest ); |
|---|
| 1967 | } |
|---|
| 1968 | |
|---|
| 1969 | void fixed_musclesupg_double_treeout( int nseq, double **eff, int ***topol, double **len, char **name ) |
|---|
| 1970 | { |
|---|
| 1971 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 1972 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 1973 | double tmpfloat; |
|---|
| 1974 | double eff1, eff0; |
|---|
| 1975 | static double *tmptmplen = NULL; |
|---|
| 1976 | static int *hist = NULL; |
|---|
| 1977 | static Bchain *ac = NULL; |
|---|
| 1978 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 1979 | Bchain *acjmnext, *acjmprev; |
|---|
| 1980 | int prevnode; |
|---|
| 1981 | Bchain *acpti; |
|---|
| 1982 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 1983 | static int *nmemar; |
|---|
| 1984 | int nmemim, nmemjm; |
|---|
| 1985 | double minscore; |
|---|
| 1986 | int *nearest = NULL; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 1987 | double *mindisfrom = NULL; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 1988 | static char **tree; |
|---|
| 1989 | static char *treetmp; |
|---|
| 1990 | static char *nametmp, *nameptr, *tmpptr; |
|---|
| 1991 | FILE *fp; |
|---|
| 1992 | double (*clusterfuncpt[1])(double,double); |
|---|
| 1993 | char namec; |
|---|
| 1994 | |
|---|
| 1995 | |
|---|
| 1996 | sueff1_double = 1 - SUEFF; |
|---|
| 1997 | sueff05_double = SUEFF * 0.5; |
|---|
| 1998 | if ( treemethod == 'X' ) |
|---|
| 1999 | clusterfuncpt[0] = cluster_mix_double; |
|---|
| 2000 | else if ( treemethod == 'E' ) |
|---|
| 2001 | clusterfuncpt[0] = cluster_average_double; |
|---|
| 2002 | else if ( treemethod == 'q' ) |
|---|
| 2003 | clusterfuncpt[0] = cluster_minimum_double; |
|---|
| 2004 | else |
|---|
| 2005 | { |
|---|
| 2006 | fprintf( stderr, "Unknown treemethod, %c\n", treemethod ); |
|---|
| 2007 | exit( 1 ); |
|---|
| 2008 | } |
|---|
| 2009 | |
|---|
| 2010 | |
|---|
| 2011 | |
|---|
| 2012 | |
|---|
| 2013 | |
|---|
| 2014 | #if 0 |
|---|
| 2015 | if( !hist ) |
|---|
| 2016 | { |
|---|
| 2017 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2018 | tmptmplen = AllocateDoubleVec( njob ); |
|---|
| 2019 | ac = (Bchain *)malloc( njob * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 2020 | nmemar = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2021 | mindisfrom = AllocateDoubleVec( njob ); |
|---|
| 2022 | nearest = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2023 | treetmp = AllocateCharVec( njob*150 ); |
|---|
| 2024 | nametmp = AllocateCharVec( 91 ); |
|---|
| 2025 | tree = AllocateCharMtx( njob, njob*150 ); |
|---|
| 2026 | } |
|---|
| 2027 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2028 | { |
|---|
| 2029 | for( j=0; j<90; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 2030 | for( j=0; j<90; j++ ) |
|---|
| 2031 | { |
|---|
| 2032 | if( name[i][j] == 0 ) |
|---|
| 2033 | break; |
|---|
| 2034 | else if( isalnum( name[i][j] ) ) |
|---|
| 2035 | nametmp[j] = name[i][j]; |
|---|
| 2036 | else |
|---|
| 2037 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 2038 | } |
|---|
| 2039 | nametmp[90] = 0; |
|---|
| 2040 | // sprintf( tree[i], "%d_%.60s", i+1, nametmp+1 ); |
|---|
| 2041 | if( outnumber ) |
|---|
| 2042 | nameptr = strstr( nametmp, "_numo_e" ) + 8; |
|---|
| 2043 | else |
|---|
| 2044 | nameptr = nametmp + 1; |
|---|
| 2045 | |
|---|
| 2046 | if( (tmpptr=strstr( nameptr, "_oe_" )) ) nameptr = tmpptr + 4; // = -> _ no tame |
|---|
| 2047 | |
|---|
| 2048 | sprintf( tree[i], "\n%d_%.60s\n", i+1, nameptr ); |
|---|
| 2049 | } |
|---|
| 2050 | |
|---|
| 2051 | #else |
|---|
| 2052 | |
|---|
| 2053 | if( !hist ) |
|---|
| 2054 | { |
|---|
| 2055 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2056 | tmptmplen = AllocateDoubleVec( njob ); |
|---|
| 2057 | ac = (Bchain *)malloc( njob * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 2058 | nmemar = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2059 | mindisfrom = AllocateDoubleVec( njob ); |
|---|
| 2060 | nearest = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2061 | // treetmp = AllocateCharVec( njob * ( B + 100 ) ); // nagasugi? |
|---|
| 2062 | treetmp = NULL; // kentou 2013/06/12 |
|---|
| 2063 | nametmp = AllocateCharVec( 1000 ); // nagasugi |
|---|
| 2064 | // tree = AllocateCharMtx( njob, njob*600 ); |
|---|
| 2065 | tree = AllocateCharMtx( njob, 0 ); |
|---|
| 2066 | } |
|---|
| 2067 | |
|---|
| 2068 | |
|---|
| 2069 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2070 | { |
|---|
| 2071 | for( j=0; j<999; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 2072 | for( j=0; j<999; j++ ) |
|---|
| 2073 | { |
|---|
| 2074 | namec = name[i][j]; |
|---|
| 2075 | if( namec == 0 ) |
|---|
| 2076 | break; |
|---|
| 2077 | else if( isalnum( namec ) || namec == '/' || namec == '=' || namec == '-' || namec == '{' || namec == '}' ) |
|---|
| 2078 | nametmp[j] = namec; |
|---|
| 2079 | else |
|---|
| 2080 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 2081 | } |
|---|
| 2082 | nametmp[j] = 0; |
|---|
| 2083 | // sprintf( tree[i], "%d_l=%d_%.20s", i+1, nlen[i], nametmp+1 ); |
|---|
| 2084 | if( outnumber ) |
|---|
| 2085 | nameptr = strstr( nametmp, "_numo_e" ) + 8; |
|---|
| 2086 | else |
|---|
| 2087 | nameptr = nametmp + 1; |
|---|
| 2088 | |
|---|
| 2089 | if( (tmpptr=strstr( nameptr, "_oe_" )) ) nameptr = tmpptr + 4; // = -> _ no tame |
|---|
| 2090 | |
|---|
| 2091 | tree[i] = calloc( strlen( nametmp )+100, sizeof( char ) ); // suuji no bun de +100 |
|---|
| 2092 | if( tree[i] == NULL ) |
|---|
| 2093 | { |
|---|
| 2094 | fprintf( stderr, "Cannot allocate tree!\n" ); |
|---|
| 2095 | exit( 1 ); |
|---|
| 2096 | } |
|---|
| 2097 | sprintf( tree[i], "\n%d_%.900s\n", i+1, nameptr ); |
|---|
| 2098 | } |
|---|
| 2099 | |
|---|
| 2100 | #endif |
|---|
| 2101 | |
|---|
| 2102 | |
|---|
| 2103 | |
|---|
| 2104 | |
|---|
| 2105 | |
|---|
| 2106 | |
|---|
| 2107 | |
|---|
| 2108 | |
|---|
| 2109 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2110 | { |
|---|
| 2111 | ac[i].next = ac+i+1; |
|---|
| 2112 | ac[i].prev = ac+i-1; |
|---|
| 2113 | ac[i].pos = i; |
|---|
| 2114 | } |
|---|
| 2115 | ac[nseq-1].next = NULL; |
|---|
| 2116 | |
|---|
| 2117 | for( i=0; i<nseq; i++ ) setnearest_double_fullmtx( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); // muscle |
|---|
| 2118 | |
|---|
| 2119 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 2120 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2121 | { |
|---|
| 2122 | hist[i] = -1; |
|---|
| 2123 | nmemar[i] = 1; |
|---|
| 2124 | } |
|---|
| 2125 | |
|---|
| 2126 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 2127 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 2128 | { |
|---|
| 2129 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "\r% 5d / %d", k, nseq ); |
|---|
| 2130 | |
|---|
| 2131 | minscore = 999.9; |
|---|
| 2132 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2133 | { |
|---|
| 2134 | i = acpti->pos; |
|---|
| 2135 | // fprintf( stderr, "k=%d i=%d\n", k, i ); |
|---|
| 2136 | if( mindisfrom[i] < minscore ) // muscle |
|---|
| 2137 | { |
|---|
| 2138 | im = i; |
|---|
| 2139 | minscore = mindisfrom[i]; |
|---|
| 2140 | } |
|---|
| 2141 | } |
|---|
| 2142 | jm = nearest[im]; |
|---|
| 2143 | if( jm < im ) |
|---|
| 2144 | { |
|---|
| 2145 | j=jm; jm=im; im=j; |
|---|
| 2146 | } |
|---|
| 2147 | |
|---|
| 2148 | |
|---|
| 2149 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 2150 | nmemim = nmemar[im]; |
|---|
| 2151 | // intpt = topol[k][0] = (int *)realloc( topol[k][0], ( nmemim + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 2152 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 2153 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 2154 | { |
|---|
| 2155 | *intpt++ = im; |
|---|
| 2156 | *intpt = -1; |
|---|
| 2157 | } |
|---|
| 2158 | else |
|---|
| 2159 | { |
|---|
| 2160 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 2161 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 2162 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 2163 | { |
|---|
| 2164 | pt11 = pt2; |
|---|
| 2165 | pt22 = pt1; |
|---|
| 2166 | } |
|---|
| 2167 | else |
|---|
| 2168 | { |
|---|
| 2169 | pt11 = pt1; |
|---|
| 2170 | pt22 = pt2; |
|---|
| 2171 | } |
|---|
| 2172 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2173 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2174 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2175 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2176 | *intpt = -1; |
|---|
| 2177 | } |
|---|
| 2178 | |
|---|
| 2179 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 2180 | nmemjm = nmemar[jm]; |
|---|
| 2181 | // intpt = topol[k][1] = (int *)realloc( topol[k][1], ( nmemjm + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 2182 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 2183 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 2184 | { |
|---|
| 2185 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 2186 | *intpt = -1; |
|---|
| 2187 | } |
|---|
| 2188 | else |
|---|
| 2189 | { |
|---|
| 2190 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 2191 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 2192 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 2193 | { |
|---|
| 2194 | pt11 = pt2; |
|---|
| 2195 | pt22 = pt1; |
|---|
| 2196 | } |
|---|
| 2197 | else |
|---|
| 2198 | { |
|---|
| 2199 | pt11 = pt1; |
|---|
| 2200 | pt22 = pt2; |
|---|
| 2201 | } |
|---|
| 2202 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2203 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2204 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2205 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2206 | *intpt = -1; |
|---|
| 2207 | } |
|---|
| 2208 | |
|---|
| 2209 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 2210 | |
|---|
| 2211 | len[k][0] = ( minscore - tmptmplen[im] ); |
|---|
| 2212 | len[k][1] = ( minscore - tmptmplen[jm] ); |
|---|
| 2213 | |
|---|
| 2214 | |
|---|
| 2215 | tmptmplen[im] = minscore; |
|---|
| 2216 | |
|---|
| 2217 | hist[im] = k; |
|---|
| 2218 | nmemar[im] = nmemim + nmemjm; |
|---|
| 2219 | |
|---|
| 2220 | mindisfrom[im] = 999.9; |
|---|
| 2221 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2222 | { |
|---|
| 2223 | i = acpti->pos; |
|---|
| 2224 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 2225 | { |
|---|
| 2226 | if( i < im ) |
|---|
| 2227 | { |
|---|
| 2228 | miniim = i; |
|---|
| 2229 | maxiim = im; |
|---|
| 2230 | minijm = i; |
|---|
| 2231 | maxijm = jm; |
|---|
| 2232 | } |
|---|
| 2233 | else if( i < jm ) |
|---|
| 2234 | { |
|---|
| 2235 | miniim = im; |
|---|
| 2236 | maxiim = i; |
|---|
| 2237 | minijm = i; |
|---|
| 2238 | maxijm = jm; |
|---|
| 2239 | } |
|---|
| 2240 | else |
|---|
| 2241 | { |
|---|
| 2242 | miniim = im; |
|---|
| 2243 | maxiim = i; |
|---|
| 2244 | minijm = jm; |
|---|
| 2245 | maxijm = i; |
|---|
| 2246 | } |
|---|
| 2247 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 2248 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 2249 | #if 0 |
|---|
| 2250 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 2251 | MIN( eff0, eff1 ) * sueff1 + ( eff0 + eff1 ) * sueff05; |
|---|
| 2252 | #else |
|---|
| 2253 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 2254 | (clusterfuncpt[0])( eff0, eff1 ); |
|---|
| 2255 | #endif |
|---|
| 2256 | if( tmpfloat < mindisfrom[i] ) |
|---|
| 2257 | { |
|---|
| 2258 | mindisfrom[i] = tmpfloat; |
|---|
| 2259 | nearest[i] = im; |
|---|
| 2260 | } |
|---|
| 2261 | if( tmpfloat < mindisfrom[im] ) |
|---|
| 2262 | { |
|---|
| 2263 | mindisfrom[im] = tmpfloat; |
|---|
| 2264 | nearest[im] = i; |
|---|
| 2265 | } |
|---|
| 2266 | if( nearest[i] == jm ) |
|---|
| 2267 | { |
|---|
| 2268 | nearest[i] = im; |
|---|
| 2269 | } |
|---|
| 2270 | } |
|---|
| 2271 | } |
|---|
| 2272 | #if 0 |
|---|
| 2273 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 2274 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 2275 | #else |
|---|
| 2276 | treetmp = realloc( treetmp, strlen( tree[im] ) + strlen( tree[jm] ) + 100 ); // 22 de juubunn (:%7,:%7) %7 ha minus kamo |
|---|
| 2277 | if( !treetmp ) |
|---|
| 2278 | { |
|---|
| 2279 | fprintf( stderr, "Cannot allocate treetmp\n" ); |
|---|
| 2280 | exit( 1 ); |
|---|
| 2281 | } |
|---|
| 2282 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 2283 | free( tree[im] ); |
|---|
| 2284 | free( tree[jm] ); |
|---|
| 2285 | tree[im] = calloc( strlen( treetmp )+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 2286 | tree[jm] = NULL; |
|---|
| 2287 | if( tree[im] == NULL ) |
|---|
| 2288 | { |
|---|
| 2289 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate tree!\n" ); |
|---|
| 2290 | exit( 1 ); |
|---|
| 2291 | } |
|---|
| 2292 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 2293 | #endif |
|---|
| 2294 | |
|---|
| 2295 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 2296 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 2297 | acjmprev->next = acjmnext; |
|---|
| 2298 | if( acjmnext != NULL ) |
|---|
| 2299 | acjmnext->prev = acjmprev; |
|---|
| 2300 | // free( (void *)eff[jm] ); eff[jm] = NULL; |
|---|
| 2301 | |
|---|
| 2302 | #if 1 // muscle seems to miss this. |
|---|
| 2303 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2304 | { |
|---|
| 2305 | i = acpti->pos; |
|---|
| 2306 | if( nearest[i] == im ) |
|---|
| 2307 | { |
|---|
| 2308 | // fprintf( stderr, "calling setnearest\n" ); |
|---|
| 2309 | setnearest_double_fullmtx( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); |
|---|
| 2310 | } |
|---|
| 2311 | } |
|---|
| 2312 | #endif |
|---|
| 2313 | |
|---|
| 2314 | |
|---|
| 2315 | #if 0 |
|---|
| 2316 | fprintf( stdout, "\nvSTEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 2317 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 2318 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i]+1 ); |
|---|
| 2319 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 2320 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 2321 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i]+1 ); |
|---|
| 2322 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 2323 | #endif |
|---|
| 2324 | } |
|---|
| 2325 | fp = fopen( "infile.tree", "w" ); |
|---|
| 2326 | fprintf( fp, "%s\n", treetmp ); |
|---|
| 2327 | fclose( fp ); |
|---|
| 2328 | #if 0 |
|---|
| 2329 | FreeCharMtx( tree ); |
|---|
| 2330 | #else |
|---|
| 2331 | free( tree[0] ); |
|---|
| 2332 | free( tree ); |
|---|
| 2333 | #endif |
|---|
| 2334 | free( treetmp ); |
|---|
| 2335 | free( nametmp ); |
|---|
| 2336 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 2337 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 2338 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 2339 | free( (void *)nmemar ); nmemar = NULL; |
|---|
| 2340 | free( mindisfrom ); |
|---|
| 2341 | free( nearest ); |
|---|
| 2342 | } |
|---|
| 2343 | |
|---|
| 2344 | void fixed_supg_double_treeout_constrained( int nseq, double **eff, int ***topol, double **len, char **name, int ngroup, int **groups ) |
|---|
| 2345 | { |
|---|
| 2346 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 2347 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 2348 | double tmpfloat; |
|---|
| 2349 | double eff1, eff0; |
|---|
| 2350 | static double *tmptmplen = NULL; |
|---|
| 2351 | static int *hist = NULL; |
|---|
| 2352 | static Bchain *ac = NULL; |
|---|
| 2353 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 2354 | Bchain *acjmnext, *acjmprev; |
|---|
| 2355 | int prevnode; |
|---|
| 2356 | Bchain *acpti, *acptj; |
|---|
| 2357 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 2358 | static int *nmemar; |
|---|
| 2359 | int nmemim, nmemjm; |
|---|
| 2360 | double minscore; |
|---|
| 2361 | int *nearest = NULL; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 2362 | double *mindisfrom = NULL; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 2363 | static char **tree; |
|---|
| 2364 | static char *treetmp; |
|---|
| 2365 | static char *nametmp, *nameptr, *tmpptr; |
|---|
| 2366 | FILE *fp; |
|---|
| 2367 | double (*clusterfuncpt[1])(double,double); |
|---|
| 2368 | char namec; |
|---|
| 2369 | int *testtopol, **inconsistent; |
|---|
| 2370 | int **inconsistentpairlist; |
|---|
| 2371 | int ninconsistentpairs; |
|---|
| 2372 | int *warned; |
|---|
| 2373 | int allinconsistent; |
|---|
| 2374 | int firsttime; |
|---|
| 2375 | |
|---|
| 2376 | |
|---|
| 2377 | sueff1_double = 1 - SUEFF; |
|---|
| 2378 | sueff05_double = SUEFF * 0.5; |
|---|
| 2379 | if ( treemethod == 'X' ) |
|---|
| 2380 | clusterfuncpt[0] = cluster_mix_double; |
|---|
| 2381 | else if ( treemethod == 'E' ) |
|---|
| 2382 | clusterfuncpt[0] = cluster_average_double; |
|---|
| 2383 | else if ( treemethod == 'q' ) |
|---|
| 2384 | clusterfuncpt[0] = cluster_minimum_double; |
|---|
| 2385 | else |
|---|
| 2386 | { |
|---|
| 2387 | fprintf( stderr, "Unknown treemethod, %c\n", treemethod ); |
|---|
| 2388 | exit( 1 ); |
|---|
| 2389 | } |
|---|
| 2390 | |
|---|
| 2391 | |
|---|
| 2392 | |
|---|
| 2393 | |
|---|
| 2394 | |
|---|
| 2395 | #if 0 |
|---|
| 2396 | if( !hist ) |
|---|
| 2397 | { |
|---|
| 2398 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2399 | tmptmplen = AllocateDoubleVec( njob ); |
|---|
| 2400 | ac = (Bchain *)malloc( njob * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 2401 | nmemar = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2402 | mindisfrom = AllocateDoubleVec( njob ); |
|---|
| 2403 | nearest = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2404 | treetmp = AllocateCharVec( njob*150 ); |
|---|
| 2405 | nametmp = AllocateCharVec( 91 ); |
|---|
| 2406 | tree = AllocateCharMtx( njob, njob*150 ); |
|---|
| 2407 | } |
|---|
| 2408 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2409 | { |
|---|
| 2410 | for( j=0; j<90; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 2411 | for( j=0; j<90; j++ ) |
|---|
| 2412 | { |
|---|
| 2413 | if( name[i][j] == 0 ) |
|---|
| 2414 | break; |
|---|
| 2415 | else if( isalnum( name[i][j] ) ) |
|---|
| 2416 | nametmp[j] = name[i][j]; |
|---|
| 2417 | else |
|---|
| 2418 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 2419 | } |
|---|
| 2420 | nametmp[90] = 0; |
|---|
| 2421 | // sprintf( tree[i], "%d_%.60s", i+1, nametmp+1 ); |
|---|
| 2422 | if( outnumber ) |
|---|
| 2423 | nameptr = strstr( nametmp, "_numo_e" ) + 8; |
|---|
| 2424 | else |
|---|
| 2425 | nameptr = nametmp + 1; |
|---|
| 2426 | |
|---|
| 2427 | if( (tmpptr=strstr( nameptr, "_oe_" )) ) nameptr = tmpptr + 4; // = -> _ no tame |
|---|
| 2428 | |
|---|
| 2429 | sprintf( tree[i], "\n%d_%.60s\n", i+1, nameptr ); |
|---|
| 2430 | } |
|---|
| 2431 | |
|---|
| 2432 | #else |
|---|
| 2433 | |
|---|
| 2434 | if( !hist ) |
|---|
| 2435 | { |
|---|
| 2436 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2437 | tmptmplen = AllocateDoubleVec( njob ); |
|---|
| 2438 | ac = (Bchain *)malloc( njob * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 2439 | nmemar = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2440 | mindisfrom = AllocateDoubleVec( njob ); |
|---|
| 2441 | nearest = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2442 | // treetmp = AllocateCharVec( njob * ( B + 100 ) ); // nagasugi? |
|---|
| 2443 | treetmp = NULL; // kentou 2013/06/12 |
|---|
| 2444 | nametmp = AllocateCharVec( 1000 ); // nagasugi |
|---|
| 2445 | // tree = AllocateCharMtx( njob, njob*600 ); |
|---|
| 2446 | tree = AllocateCharMtx( njob, 0 ); |
|---|
| 2447 | testtopol = AllocateIntVec( njob + 1 ); |
|---|
| 2448 | inconsistent = AllocateIntMtx( njob, njob ); // muda |
|---|
| 2449 | inconsistentpairlist = AllocateIntMtx( njob*(njob-1)/2+1, 2 ); // muda |
|---|
| 2450 | warned = AllocateIntVec( ngroup ); |
|---|
| 2451 | } |
|---|
| 2452 | |
|---|
| 2453 | |
|---|
| 2454 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2455 | { |
|---|
| 2456 | for( j=0; j<999; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 2457 | for( j=0; j<999; j++ ) |
|---|
| 2458 | { |
|---|
| 2459 | namec = name[i][j]; |
|---|
| 2460 | if( namec == 0 ) |
|---|
| 2461 | break; |
|---|
| 2462 | else if( isalnum( namec ) || namec == '/' || namec == '=' || namec == '-' || namec == '{' || namec == '}' ) |
|---|
| 2463 | nametmp[j] = namec; |
|---|
| 2464 | else |
|---|
| 2465 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 2466 | } |
|---|
| 2467 | nametmp[j] = 0; |
|---|
| 2468 | // sprintf( tree[i], "%d_l=%d_%.20s", i+1, nlen[i], nametmp+1 ); |
|---|
| 2469 | if( outnumber ) |
|---|
| 2470 | nameptr = strstr( nametmp, "_numo_e" ) + 8; |
|---|
| 2471 | else |
|---|
| 2472 | nameptr = nametmp + 1; |
|---|
| 2473 | |
|---|
| 2474 | if( (tmpptr=strstr( nameptr, "_oe_" )) ) nameptr = tmpptr + 4; // = -> _ no tame |
|---|
| 2475 | |
|---|
| 2476 | tree[i] = calloc( strlen( nametmp )+100, sizeof( char ) ); // suuji no bun de +100 |
|---|
| 2477 | if( tree[i] == NULL ) |
|---|
| 2478 | { |
|---|
| 2479 | fprintf( stderr, "Cannot allocate tree!\n" ); |
|---|
| 2480 | exit( 1 ); |
|---|
| 2481 | } |
|---|
| 2482 | sprintf( tree[i], "\n%d_%.900s\n", i+1, nameptr ); |
|---|
| 2483 | } |
|---|
| 2484 | |
|---|
| 2485 | #endif |
|---|
| 2486 | |
|---|
| 2487 | |
|---|
| 2488 | |
|---|
| 2489 | |
|---|
| 2490 | |
|---|
| 2491 | |
|---|
| 2492 | |
|---|
| 2493 | |
|---|
| 2494 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2495 | { |
|---|
| 2496 | ac[i].next = ac+i+1; |
|---|
| 2497 | ac[i].prev = ac+i-1; |
|---|
| 2498 | ac[i].pos = i; |
|---|
| 2499 | } |
|---|
| 2500 | ac[nseq-1].next = NULL; |
|---|
| 2501 | |
|---|
| 2502 | for( i=0; i<nseq; i++ ) setnearest_double_fullmtx( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); // muscle |
|---|
| 2503 | |
|---|
| 2504 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 2505 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2506 | { |
|---|
| 2507 | hist[i] = -1; |
|---|
| 2508 | nmemar[i] = 1; |
|---|
| 2509 | } |
|---|
| 2510 | |
|---|
| 2511 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 2512 | ninconsistentpairs = 0; |
|---|
| 2513 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 2514 | { |
|---|
| 2515 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "\r% 5d / %d", k, nseq ); |
|---|
| 2516 | |
|---|
| 2517 | |
|---|
| 2518 | |
|---|
| 2519 | // for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) for( acptj=acpti->next; acptj!=NULL; acptj=acptj->next ) inconsistent[acpti->pos][acptj->pos] = 0; |
|---|
| 2520 | for( i=0; i<ninconsistentpairs; i++ ) inconsistent[inconsistentpairlist[i][0]][inconsistentpairlist[i][1]] = 0; |
|---|
| 2521 | ninconsistentpairs = 0; |
|---|
| 2522 | firsttime = 1; |
|---|
| 2523 | while( 1 ) |
|---|
| 2524 | { |
|---|
| 2525 | if( firsttime ) |
|---|
| 2526 | { |
|---|
| 2527 | firsttime = 0; |
|---|
| 2528 | minscore = 999.9; |
|---|
| 2529 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2530 | { |
|---|
| 2531 | i = acpti->pos; |
|---|
| 2532 | // fprintf( stderr, "k=%d i=%d\n", k, i ); |
|---|
| 2533 | if( mindisfrom[i] < minscore ) // muscle |
|---|
| 2534 | { |
|---|
| 2535 | im = i; |
|---|
| 2536 | minscore = mindisfrom[i]; |
|---|
| 2537 | } |
|---|
| 2538 | } |
|---|
| 2539 | jm = nearest[im]; |
|---|
| 2540 | if( jm < im ) |
|---|
| 2541 | { |
|---|
| 2542 | j=jm; jm=im; im=j; |
|---|
| 2543 | } |
|---|
| 2544 | } |
|---|
| 2545 | else |
|---|
| 2546 | { |
|---|
| 2547 | minscore = 999.9; |
|---|
| 2548 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2549 | { |
|---|
| 2550 | i = acpti->pos; |
|---|
| 2551 | // fprintf( stderr, "k=%d i=%d\n", k, i ); |
|---|
| 2552 | for( acptj=acpti->next; acptj!=NULL; acptj=acptj->next ) |
|---|
| 2553 | { |
|---|
| 2554 | j = acptj->pos; |
|---|
| 2555 | if( !inconsistent[i][j] && (tmpfloat=eff[i][j]) < minscore ) |
|---|
| 2556 | { |
|---|
| 2557 | minscore = tmpfloat; |
|---|
| 2558 | im = i; jm = j; |
|---|
| 2559 | } |
|---|
| 2560 | } |
|---|
| 2561 | for( acptj=ac; (acptj&&acptj->pos!=i); acptj=acptj->next ) |
|---|
| 2562 | { |
|---|
| 2563 | j = acptj->pos; |
|---|
| 2564 | if( !inconsistent[j][i] && (tmpfloat=eff[j][i]) < minscore ) |
|---|
| 2565 | { |
|---|
| 2566 | minscore = tmpfloat; |
|---|
| 2567 | im = j; jm = i; |
|---|
| 2568 | } |
|---|
| 2569 | } |
|---|
| 2570 | } |
|---|
| 2571 | } |
|---|
| 2572 | |
|---|
| 2573 | allinconsistent = 1; |
|---|
| 2574 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2575 | { |
|---|
| 2576 | for( acptj=acpti->next; acptj!=NULL; acptj=acptj->next ) |
|---|
| 2577 | { |
|---|
| 2578 | if( inconsistent[acpti->pos][acptj->pos] == 0 ) |
|---|
| 2579 | { |
|---|
| 2580 | allinconsistent = 0; |
|---|
| 2581 | goto exitloop_d; |
|---|
| 2582 | } |
|---|
| 2583 | } |
|---|
| 2584 | } |
|---|
| 2585 | exitloop_d: |
|---|
| 2586 | |
|---|
| 2587 | if( allinconsistent ) |
|---|
| 2588 | { |
|---|
| 2589 | fprintf( stderr, "\n\n\nPlease check whether the grouping is possible.\n\n\n" ); |
|---|
| 2590 | exit( 1 ); |
|---|
| 2591 | } |
|---|
| 2592 | #if 1 |
|---|
| 2593 | intpt = testtopol; |
|---|
| 2594 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 2595 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 2596 | { |
|---|
| 2597 | *intpt++ = im; |
|---|
| 2598 | } |
|---|
| 2599 | else |
|---|
| 2600 | { |
|---|
| 2601 | for( intpt2=topol[prevnode][0]; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2602 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2603 | for( intpt2=topol[prevnode][1]; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2604 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2605 | } |
|---|
| 2606 | |
|---|
| 2607 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 2608 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 2609 | { |
|---|
| 2610 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 2611 | } |
|---|
| 2612 | else |
|---|
| 2613 | { |
|---|
| 2614 | for( intpt2=topol[prevnode][0]; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2615 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2616 | for( intpt2=topol[prevnode][1]; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2617 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2618 | } |
|---|
| 2619 | *intpt = -1; |
|---|
| 2620 | // fprintf( stderr, "testtopol = \n" ); |
|---|
| 2621 | // for( i=0; testtopol[i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, " %03d", testtopol[i]+1 ); |
|---|
| 2622 | // fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 2623 | #endif |
|---|
| 2624 | for( i=0; i<ngroup; i++ ) |
|---|
| 2625 | { |
|---|
| 2626 | // fprintf( stderr, "groups[%d] = \n", i ); |
|---|
| 2627 | // for( j=0; groups[i][j]>-1; j++ ) fprintf( stderr, " %03d", groups[i][j]+1 ); |
|---|
| 2628 | // fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 2629 | if( overlapmember( testtopol, groups[i] ) ) |
|---|
| 2630 | { |
|---|
| 2631 | if( !includemember( testtopol, groups[i] ) && !includemember( groups[i], testtopol ) ) |
|---|
| 2632 | { |
|---|
| 2633 | if( !warned[i] ) |
|---|
| 2634 | { |
|---|
| 2635 | warned[i] = 1; |
|---|
| 2636 | fprintf( stderr, "\n###################################################################\n" ); |
|---|
| 2637 | fprintf( stderr, "# WARNING: Group %d is forced to be a monophyletic cluster.\n", i+1 ); |
|---|
| 2638 | fprintf( stderr, "###################################################################\n" ); |
|---|
| 2639 | } |
|---|
| 2640 | inconsistent[im][jm] = 1; |
|---|
| 2641 | inconsistentpairlist[ninconsistentpairs][0] = im; |
|---|
| 2642 | inconsistentpairlist[ninconsistentpairs][1] = jm; |
|---|
| 2643 | ninconsistentpairs++; |
|---|
| 2644 | break; |
|---|
| 2645 | } |
|---|
| 2646 | } |
|---|
| 2647 | } |
|---|
| 2648 | if( i == ngroup ) |
|---|
| 2649 | { |
|---|
| 2650 | // fprintf( stderr, "OK\n" ); |
|---|
| 2651 | break; |
|---|
| 2652 | } |
|---|
| 2653 | } |
|---|
| 2654 | |
|---|
| 2655 | |
|---|
| 2656 | |
|---|
| 2657 | |
|---|
| 2658 | |
|---|
| 2659 | |
|---|
| 2660 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 2661 | nmemim = nmemar[im]; |
|---|
| 2662 | // intpt = topol[k][0] = (int *)realloc( topol[k][0], ( nmemim + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 2663 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 2664 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 2665 | { |
|---|
| 2666 | *intpt++ = im; |
|---|
| 2667 | *intpt = -1; |
|---|
| 2668 | } |
|---|
| 2669 | else |
|---|
| 2670 | { |
|---|
| 2671 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 2672 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 2673 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 2674 | { |
|---|
| 2675 | pt11 = pt2; |
|---|
| 2676 | pt22 = pt1; |
|---|
| 2677 | } |
|---|
| 2678 | else |
|---|
| 2679 | { |
|---|
| 2680 | pt11 = pt1; |
|---|
| 2681 | pt22 = pt2; |
|---|
| 2682 | } |
|---|
| 2683 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2684 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2685 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2686 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2687 | *intpt = -1; |
|---|
| 2688 | } |
|---|
| 2689 | |
|---|
| 2690 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 2691 | nmemjm = nmemar[jm]; |
|---|
| 2692 | // intpt = topol[k][1] = (int *)realloc( topol[k][1], ( nmemjm + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 2693 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 2694 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 2695 | { |
|---|
| 2696 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 2697 | *intpt = -1; |
|---|
| 2698 | } |
|---|
| 2699 | else |
|---|
| 2700 | { |
|---|
| 2701 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 2702 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 2703 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 2704 | { |
|---|
| 2705 | pt11 = pt2; |
|---|
| 2706 | pt22 = pt1; |
|---|
| 2707 | } |
|---|
| 2708 | else |
|---|
| 2709 | { |
|---|
| 2710 | pt11 = pt1; |
|---|
| 2711 | pt22 = pt2; |
|---|
| 2712 | } |
|---|
| 2713 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2714 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2715 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2716 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2717 | *intpt = -1; |
|---|
| 2718 | } |
|---|
| 2719 | |
|---|
| 2720 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 2721 | |
|---|
| 2722 | len[k][0] = ( minscore - tmptmplen[im] ); |
|---|
| 2723 | len[k][1] = ( minscore - tmptmplen[jm] ); |
|---|
| 2724 | |
|---|
| 2725 | |
|---|
| 2726 | tmptmplen[im] = minscore; |
|---|
| 2727 | |
|---|
| 2728 | hist[im] = k; |
|---|
| 2729 | nmemar[im] = nmemim + nmemjm; |
|---|
| 2730 | |
|---|
| 2731 | mindisfrom[im] = 999.9; |
|---|
| 2732 | eff[im][jm] = 999.9; |
|---|
| 2733 | // eff[im][jm-im] = 999.9; // bug?? |
|---|
| 2734 | |
|---|
| 2735 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2736 | { |
|---|
| 2737 | i = acpti->pos; |
|---|
| 2738 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 2739 | { |
|---|
| 2740 | if( i < im ) |
|---|
| 2741 | { |
|---|
| 2742 | miniim = i; |
|---|
| 2743 | maxiim = im; |
|---|
| 2744 | minijm = i; |
|---|
| 2745 | maxijm = jm; |
|---|
| 2746 | } |
|---|
| 2747 | else if( i < jm ) |
|---|
| 2748 | { |
|---|
| 2749 | miniim = im; |
|---|
| 2750 | maxiim = i; |
|---|
| 2751 | minijm = i; |
|---|
| 2752 | maxijm = jm; |
|---|
| 2753 | } |
|---|
| 2754 | else |
|---|
| 2755 | { |
|---|
| 2756 | miniim = im; |
|---|
| 2757 | maxiim = i; |
|---|
| 2758 | minijm = jm; |
|---|
| 2759 | maxijm = i; |
|---|
| 2760 | } |
|---|
| 2761 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 2762 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 2763 | #if 0 |
|---|
| 2764 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 2765 | MIN( eff0, eff1 ) * sueff1 + ( eff0 + eff1 ) * sueff05; |
|---|
| 2766 | #else |
|---|
| 2767 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 2768 | (clusterfuncpt[0])( eff0, eff1 ); |
|---|
| 2769 | #endif |
|---|
| 2770 | |
|---|
| 2771 | #if 1 |
|---|
| 2772 | if( tmpfloat < mindisfrom[i] ) |
|---|
| 2773 | { |
|---|
| 2774 | mindisfrom[i] = tmpfloat; |
|---|
| 2775 | nearest[i] = im; |
|---|
| 2776 | } |
|---|
| 2777 | if( tmpfloat < mindisfrom[im] ) |
|---|
| 2778 | { |
|---|
| 2779 | mindisfrom[im] = tmpfloat; |
|---|
| 2780 | nearest[im] = i; |
|---|
| 2781 | } |
|---|
| 2782 | if( nearest[i] == jm ) |
|---|
| 2783 | { |
|---|
| 2784 | nearest[i] = im; |
|---|
| 2785 | } |
|---|
| 2786 | #endif |
|---|
| 2787 | } |
|---|
| 2788 | } |
|---|
| 2789 | #if 0 |
|---|
| 2790 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 2791 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 2792 | #else |
|---|
| 2793 | treetmp = realloc( treetmp, strlen( tree[im] ) + strlen( tree[jm] ) + 100 ); // 22 de juubunn (:%7,:%7) %7 ha minus kamo |
|---|
| 2794 | if( !treetmp ) |
|---|
| 2795 | { |
|---|
| 2796 | fprintf( stderr, "Cannot allocate treetmp\n" ); |
|---|
| 2797 | exit( 1 ); |
|---|
| 2798 | } |
|---|
| 2799 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 2800 | free( tree[im] ); |
|---|
| 2801 | free( tree[jm] ); |
|---|
| 2802 | tree[im] = calloc( strlen( treetmp )+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 2803 | tree[jm] = NULL; |
|---|
| 2804 | if( tree[im] == NULL ) |
|---|
| 2805 | { |
|---|
| 2806 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate tree!\n" ); |
|---|
| 2807 | exit( 1 ); |
|---|
| 2808 | } |
|---|
| 2809 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 2810 | #endif |
|---|
| 2811 | |
|---|
| 2812 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 2813 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 2814 | acjmprev->next = acjmnext; |
|---|
| 2815 | if( acjmnext != NULL ) |
|---|
| 2816 | acjmnext->prev = acjmprev; |
|---|
| 2817 | // free( (void *)eff[jm] ); eff[jm] = NULL; |
|---|
| 2818 | |
|---|
| 2819 | #if 1 // muscle seems to miss this. |
|---|
| 2820 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2821 | { |
|---|
| 2822 | i = acpti->pos; |
|---|
| 2823 | if( nearest[i] == im ) |
|---|
| 2824 | { |
|---|
| 2825 | // fprintf( stderr, "calling setnearest\n" ); |
|---|
| 2826 | setnearest_double_fullmtx( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); |
|---|
| 2827 | } |
|---|
| 2828 | } |
|---|
| 2829 | #endif |
|---|
| 2830 | |
|---|
| 2831 | |
|---|
| 2832 | #if 0 |
|---|
| 2833 | fprintf( stdout, "\ncSTEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 2834 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 2835 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i]+1 ); |
|---|
| 2836 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 2837 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 2838 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i]+1 ); |
|---|
| 2839 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 2840 | #endif |
|---|
| 2841 | } |
|---|
| 2842 | fp = fopen( "infile.tree", "w" ); |
|---|
| 2843 | fprintf( fp, "%s\n", treetmp ); |
|---|
| 2844 | fclose( fp ); |
|---|
| 2845 | #if 0 |
|---|
| 2846 | FreeCharMtx( tree ); |
|---|
| 2847 | #else |
|---|
| 2848 | free( tree[0] ); |
|---|
| 2849 | free( tree ); |
|---|
| 2850 | #endif |
|---|
| 2851 | free( treetmp ); |
|---|
| 2852 | free( nametmp ); |
|---|
| 2853 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 2854 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 2855 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 2856 | free( (void *)nmemar ); nmemar = NULL; |
|---|
| 2857 | free( mindisfrom ); |
|---|
| 2858 | free( nearest ); |
|---|
| 2859 | free( testtopol ); |
|---|
| 2860 | FreeIntMtx( inconsistent ); |
|---|
| 2861 | FreeIntMtx( inconsistentpairlist ); |
|---|
| 2862 | free( warned ); |
|---|
| 2863 | } |
|---|
| 2864 | |
|---|
| 2865 | void fixed_musclesupg_float_realloc_nobk_halfmtx( int nseq, float **eff, int ***topol, float **len, Treedep *dep, int progressout ) |
|---|
| 2866 | { |
|---|
| 2867 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 2868 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 2869 | float tmpfloat; |
|---|
| 2870 | float eff1, eff0; |
|---|
| 2871 | float *tmptmplen = NULL; // static TLS -> local, 2012/02/25 |
|---|
| 2872 | int *hist = NULL; // static TLS -> local, 2012/02/25 |
|---|
| 2873 | Bchain *ac = NULL; // static TLS -> local, 2012/02/25 |
|---|
| 2874 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 2875 | Bchain *acjmnext, *acjmprev; |
|---|
| 2876 | int prevnode; |
|---|
| 2877 | Bchain *acpti; |
|---|
| 2878 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 2879 | int *nmemar; // static TLS -> local, 2012/02/25 |
|---|
| 2880 | int nmemim, nmemjm; |
|---|
| 2881 | float minscore; |
|---|
| 2882 | // float sueff1 = 1 - SUEFF; |
|---|
| 2883 | // float sueff05 = SUEFF * 0.5; |
|---|
| 2884 | int *nearest = NULL; // by Mathog, a guess |
|---|
| 2885 | float *mindisfrom = NULL; // by Mathog, a guess |
|---|
| 2886 | float (*clusterfuncpt[1])(float,float); |
|---|
| 2887 | |
|---|
| 2888 | |
|---|
| 2889 | sueff1 = 1 - SUEFF; |
|---|
| 2890 | sueff05 = SUEFF * 0.5; |
|---|
| 2891 | if ( treemethod == 'X' ) |
|---|
| 2892 | clusterfuncpt[0] = cluster_mix_float; |
|---|
| 2893 | else if ( treemethod == 'E' ) |
|---|
| 2894 | clusterfuncpt[0] = cluster_average_float; |
|---|
| 2895 | else if ( treemethod == 'q' ) |
|---|
| 2896 | clusterfuncpt[0] = cluster_minimum_float; |
|---|
| 2897 | else |
|---|
| 2898 | { |
|---|
| 2899 | fprintf( stderr, "Unknown treemethod, %c\n", treemethod ); |
|---|
| 2900 | exit( 1 ); |
|---|
| 2901 | } |
|---|
| 2902 | |
|---|
| 2903 | if( !hist ) |
|---|
| 2904 | { |
|---|
| 2905 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2906 | tmptmplen = AllocateFloatVec( njob ); |
|---|
| 2907 | ac = (Bchain *)malloc( njob * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 2908 | nmemar = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2909 | mindisfrom = AllocateFloatVec( njob ); |
|---|
| 2910 | nearest = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 2911 | } |
|---|
| 2912 | |
|---|
| 2913 | |
|---|
| 2914 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2915 | { |
|---|
| 2916 | ac[i].next = ac+i+1; |
|---|
| 2917 | ac[i].prev = ac+i-1; |
|---|
| 2918 | ac[i].pos = i; |
|---|
| 2919 | } |
|---|
| 2920 | ac[nseq-1].next = NULL; |
|---|
| 2921 | |
|---|
| 2922 | for( i=0; i<nseq; i++ ) setnearest( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); // muscle |
|---|
| 2923 | |
|---|
| 2924 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 2925 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 2926 | { |
|---|
| 2927 | hist[i] = -1; |
|---|
| 2928 | nmemar[i] = 1; |
|---|
| 2929 | } |
|---|
| 2930 | |
|---|
| 2931 | if( progressout ) fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 2932 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 2933 | { |
|---|
| 2934 | if( progressout && k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "\r% 5d / %d", k, nseq ); |
|---|
| 2935 | |
|---|
| 2936 | minscore = 999.9; |
|---|
| 2937 | for( acpti=ac; acpti->next!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 2938 | { |
|---|
| 2939 | i = acpti->pos; |
|---|
| 2940 | // fprintf( stderr, "k=%d i=%d\n", k, i ); |
|---|
| 2941 | if( mindisfrom[i] < minscore ) // muscle |
|---|
| 2942 | { |
|---|
| 2943 | im = i; |
|---|
| 2944 | minscore = mindisfrom[i]; |
|---|
| 2945 | } |
|---|
| 2946 | } |
|---|
| 2947 | jm = nearest[im]; |
|---|
| 2948 | if( jm < im ) |
|---|
| 2949 | { |
|---|
| 2950 | j=jm; jm=im; im=j; |
|---|
| 2951 | } |
|---|
| 2952 | |
|---|
| 2953 | |
|---|
| 2954 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 2955 | if( dep ) dep[k].child0 = prevnode; |
|---|
| 2956 | nmemim = nmemar[im]; |
|---|
| 2957 | intpt = topol[k][0] = (int *)realloc( topol[k][0], ( nmemim + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 2958 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 2959 | { |
|---|
| 2960 | *intpt++ = im; |
|---|
| 2961 | *intpt = -1; |
|---|
| 2962 | } |
|---|
| 2963 | else |
|---|
| 2964 | { |
|---|
| 2965 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 2966 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 2967 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 2968 | { |
|---|
| 2969 | pt11 = pt2; |
|---|
| 2970 | pt22 = pt1; |
|---|
| 2971 | } |
|---|
| 2972 | else |
|---|
| 2973 | { |
|---|
| 2974 | pt11 = pt1; |
|---|
| 2975 | pt22 = pt2; |
|---|
| 2976 | } |
|---|
| 2977 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2978 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2979 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 2980 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 2981 | *intpt = -1; |
|---|
| 2982 | } |
|---|
| 2983 | |
|---|
| 2984 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 2985 | if( dep ) dep[k].child1 = prevnode; |
|---|
| 2986 | nmemjm = nmemar[jm]; |
|---|
| 2987 | intpt = topol[k][1] = (int *)realloc( topol[k][1], ( nmemjm + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 2988 | if( !intpt ) |
|---|
| 2989 | { |
|---|
| 2990 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate topol\n" ); |
|---|
| 2991 | exit( 1 ); |
|---|
| 2992 | } |
|---|
| 2993 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 2994 | { |
|---|
| 2995 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 2996 | *intpt = -1; |
|---|
| 2997 | } |
|---|
| 2998 | else |
|---|
| 2999 | { |
|---|
| 3000 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3001 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3002 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3003 | { |
|---|
| 3004 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3005 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3006 | } |
|---|
| 3007 | else |
|---|
| 3008 | { |
|---|
| 3009 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3010 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3011 | } |
|---|
| 3012 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3013 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3014 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3015 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3016 | *intpt = -1; |
|---|
| 3017 | } |
|---|
| 3018 | |
|---|
| 3019 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 3020 | |
|---|
| 3021 | len[k][0] = ( minscore - tmptmplen[im] ); |
|---|
| 3022 | len[k][1] = ( minscore - tmptmplen[jm] ); |
|---|
| 3023 | |
|---|
| 3024 | if( dep ) dep[k].distfromtip = minscore; |
|---|
| 3025 | |
|---|
| 3026 | tmptmplen[im] = minscore; |
|---|
| 3027 | |
|---|
| 3028 | hist[im] = k; |
|---|
| 3029 | nmemar[im] = nmemim + nmemjm; |
|---|
| 3030 | |
|---|
| 3031 | mindisfrom[im] = 999.9; |
|---|
| 3032 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 3033 | { |
|---|
| 3034 | i = acpti->pos; |
|---|
| 3035 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 3036 | { |
|---|
| 3037 | if( i < im ) |
|---|
| 3038 | { |
|---|
| 3039 | miniim = i; |
|---|
| 3040 | maxiim = im; |
|---|
| 3041 | minijm = i; |
|---|
| 3042 | maxijm = jm; |
|---|
| 3043 | } |
|---|
| 3044 | else if( i < jm ) |
|---|
| 3045 | { |
|---|
| 3046 | miniim = im; |
|---|
| 3047 | maxiim = i; |
|---|
| 3048 | minijm = i; |
|---|
| 3049 | maxijm = jm; |
|---|
| 3050 | } |
|---|
| 3051 | else |
|---|
| 3052 | { |
|---|
| 3053 | miniim = im; |
|---|
| 3054 | maxiim = i; |
|---|
| 3055 | minijm = jm; |
|---|
| 3056 | maxijm = i; |
|---|
| 3057 | } |
|---|
| 3058 | eff0 = eff[miniim][maxiim-miniim]; |
|---|
| 3059 | eff1 = eff[minijm][maxijm-minijm]; |
|---|
| 3060 | tmpfloat = eff[miniim][maxiim-miniim] = |
|---|
| 3061 | #if 0 |
|---|
| 3062 | MIN( eff0, eff1 ) * sueff1 + ( eff0 + eff1 ) * sueff05; |
|---|
| 3063 | #else |
|---|
| 3064 | (clusterfuncpt[0])( eff0, eff1 ); |
|---|
| 3065 | #endif |
|---|
| 3066 | if( tmpfloat < mindisfrom[i] ) |
|---|
| 3067 | { |
|---|
| 3068 | mindisfrom[i] = tmpfloat; |
|---|
| 3069 | nearest[i] = im; |
|---|
| 3070 | } |
|---|
| 3071 | if( tmpfloat < mindisfrom[im] ) |
|---|
| 3072 | { |
|---|
| 3073 | mindisfrom[im] = tmpfloat; |
|---|
| 3074 | nearest[im] = i; |
|---|
| 3075 | } |
|---|
| 3076 | if( nearest[i] == jm ) |
|---|
| 3077 | { |
|---|
| 3078 | nearest[i] = im; |
|---|
| 3079 | } |
|---|
| 3080 | } |
|---|
| 3081 | } |
|---|
| 3082 | |
|---|
| 3083 | // fprintf( stderr, "im,jm=%d,%d\n", im, jm ); |
|---|
| 3084 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 3085 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 3086 | acjmprev->next = acjmnext; |
|---|
| 3087 | if( acjmnext != NULL ) |
|---|
| 3088 | acjmnext->prev = acjmprev; |
|---|
| 3089 | free( (void *)eff[jm] ); eff[jm] = NULL; |
|---|
| 3090 | |
|---|
| 3091 | #if 1 // muscle seems to miss this. |
|---|
| 3092 | for( acpti=ac; acpti!=NULL; acpti=acpti->next ) |
|---|
| 3093 | { |
|---|
| 3094 | i = acpti->pos; |
|---|
| 3095 | if( nearest[i] == im ) |
|---|
| 3096 | { |
|---|
| 3097 | // fprintf( stderr, "calling setnearest\n" ); |
|---|
| 3098 | setnearest( nseq, ac, eff, mindisfrom+i, nearest+i, i ); |
|---|
| 3099 | } |
|---|
| 3100 | } |
|---|
| 3101 | #endif |
|---|
| 3102 | |
|---|
| 3103 | |
|---|
| 3104 | #if 0 |
|---|
| 3105 | fprintf( stdout, "vSTEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 3106 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 3107 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i]+1 ); |
|---|
| 3108 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 3109 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 3110 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i]+1 ); |
|---|
| 3111 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 3112 | #endif |
|---|
| 3113 | } |
|---|
| 3114 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 3115 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 3116 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 3117 | free( (void *)nmemar ); nmemar = NULL; |
|---|
| 3118 | free( mindisfrom ); |
|---|
| 3119 | free( nearest ); |
|---|
| 3120 | } |
|---|
| 3121 | |
|---|
| 3122 | |
|---|
| 3123 | |
|---|
| 3124 | |
|---|
| 3125 | |
|---|
| 3126 | |
|---|
| 3127 | |
|---|
| 3128 | |
|---|
| 3129 | |
|---|
| 3130 | void veryfastsupg_double_loadtree( int nseq, double **eff, int ***topol, double **len, char **name ) |
|---|
| 3131 | { |
|---|
| 3132 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 3133 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 3134 | double eff1, eff0; |
|---|
| 3135 | int *hist = NULL; |
|---|
| 3136 | Achain *ac = NULL; |
|---|
| 3137 | double minscore; |
|---|
| 3138 | char **tree; |
|---|
| 3139 | char *treetmp; |
|---|
| 3140 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 3141 | int prevnode, acjmnext, acjmprev; |
|---|
| 3142 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 3143 | FILE *fp; |
|---|
| 3144 | int node[2]; |
|---|
| 3145 | float lenfl[2]; |
|---|
| 3146 | char *nametmp, *nameptr, *tmpptr; //static? |
|---|
| 3147 | char namec; |
|---|
| 3148 | |
|---|
| 3149 | fp = fopen( "_guidetree", "r" ); |
|---|
| 3150 | if( !fp ) |
|---|
| 3151 | { |
|---|
| 3152 | fprintf( stderr, "cannot open _guidetree\n" ); |
|---|
| 3153 | exit( 1 ); |
|---|
| 3154 | } |
|---|
| 3155 | |
|---|
| 3156 | |
|---|
| 3157 | if( !hist ) |
|---|
| 3158 | { |
|---|
| 3159 | // treetmp = AllocateCharVec( njob*50 ); |
|---|
| 3160 | treetmp = NULL; |
|---|
| 3161 | // tree = AllocateCharMtx( njob, njob*50 ); |
|---|
| 3162 | tree = AllocateCharMtx( njob, 0 ); |
|---|
| 3163 | nametmp = AllocateCharVec( 1000 ); // nagasugi |
|---|
| 3164 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 3165 | ac = (Achain *)malloc( njob * sizeof( Achain ) ); |
|---|
| 3166 | } |
|---|
| 3167 | |
|---|
| 3168 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3169 | { |
|---|
| 3170 | for( j=0; j<999; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 3171 | for( j=0; j<999; j++ ) |
|---|
| 3172 | { |
|---|
| 3173 | namec = name[i][j]; |
|---|
| 3174 | if( namec == 0 ) |
|---|
| 3175 | break; |
|---|
| 3176 | else if( isalnum( namec ) || namec == '/' || namec == '=' || namec == '-' || namec == '{' || namec == '}' ) |
|---|
| 3177 | nametmp[j] = namec; |
|---|
| 3178 | else |
|---|
| 3179 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 3180 | } |
|---|
| 3181 | nametmp[j] = 0; |
|---|
| 3182 | // sprintf( tree[i], "%d_l=%d_%.20s", i+1, nlen[i], nametmp+1 ); |
|---|
| 3183 | if( outnumber ) |
|---|
| 3184 | nameptr = strstr( nametmp, "_numo_e" ) + 8; |
|---|
| 3185 | else |
|---|
| 3186 | nameptr = nametmp + 1; |
|---|
| 3187 | |
|---|
| 3188 | if( (tmpptr=strstr( nameptr, "_oe_" )) ) nameptr = tmpptr + 4; // = -> _ no tame |
|---|
| 3189 | |
|---|
| 3190 | tree[i] = calloc( strlen( nametmp )+100, sizeof( char ) ); // suuji no bun de +100 |
|---|
| 3191 | if( tree[i] == NULL ) |
|---|
| 3192 | { |
|---|
| 3193 | fprintf( stderr, "Cannot allocate tree!\n" ); |
|---|
| 3194 | exit( 1 ); |
|---|
| 3195 | } |
|---|
| 3196 | sprintf( tree[i], "\n%d_%.900s\n", i+1, nameptr ); |
|---|
| 3197 | } |
|---|
| 3198 | |
|---|
| 3199 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3200 | { |
|---|
| 3201 | ac[i].next = i+1; |
|---|
| 3202 | ac[i].prev = i-1; |
|---|
| 3203 | // ac[i].curr = i; |
|---|
| 3204 | } |
|---|
| 3205 | ac[nseq-1].next = -1; |
|---|
| 3206 | |
|---|
| 3207 | for( i=0; i<nseq; i++ ) hist[i] = -1; |
|---|
| 3208 | |
|---|
| 3209 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 3210 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 3211 | { |
|---|
| 3212 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "%d / %d\r", k, nseq ); |
|---|
| 3213 | |
|---|
| 3214 | #if 0 |
|---|
| 3215 | minscore = 99999.9; |
|---|
| 3216 | for( i=0; ac[i].next!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 3217 | { |
|---|
| 3218 | for( j=ac[i].next; j!=-1; j=ac[j].next ) |
|---|
| 3219 | { |
|---|
| 3220 | tmpdouble = eff[i][j]; |
|---|
| 3221 | if( tmpdouble < minscore ) |
|---|
| 3222 | { |
|---|
| 3223 | minscore = tmpdouble; |
|---|
| 3224 | im = i; jm = j; |
|---|
| 3225 | } |
|---|
| 3226 | } |
|---|
| 3227 | } |
|---|
| 3228 | #else |
|---|
| 3229 | lenfl[0] = lenfl[1] = -1.0; |
|---|
| 3230 | loadtreeoneline( node, lenfl, fp ); |
|---|
| 3231 | im = node[0]; |
|---|
| 3232 | jm = node[1]; |
|---|
| 3233 | minscore = eff[im][jm]; |
|---|
| 3234 | |
|---|
| 3235 | if( im > nseq-1 || jm > nseq-1 || tree[im] == NULL || tree[jm] == NULL ) |
|---|
| 3236 | { |
|---|
| 3237 | fprintf( stderr, "\n\nCheck the guide tree.\n" ); |
|---|
| 3238 | fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d\n", im+1, jm+1 ); |
|---|
| 3239 | fprintf( stderr, "Please use newick2mafft.rb to generate a tree file from a newick tree.\n\n" ); |
|---|
| 3240 | exit( 1 ); |
|---|
| 3241 | } |
|---|
| 3242 | |
|---|
| 3243 | |
|---|
| 3244 | // fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d, minscore = %f\n", im, jm, minscore ); |
|---|
| 3245 | |
|---|
| 3246 | |
|---|
| 3247 | if( lenfl[0] == -1.0 || lenfl[1] == -1.0 ) |
|---|
| 3248 | { |
|---|
| 3249 | fprintf( stderr, "\n\nWARNING: Branch length is not given.\n" ); |
|---|
| 3250 | exit( 1 ); |
|---|
| 3251 | } |
|---|
| 3252 | |
|---|
| 3253 | if( lenfl[0] < 0.0 ) lenfl[0] = 0.0; |
|---|
| 3254 | if( lenfl[1] < 0.0 ) lenfl[1] = 0.0; |
|---|
| 3255 | #endif |
|---|
| 3256 | |
|---|
| 3257 | // fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d\n", im, jm ); |
|---|
| 3258 | |
|---|
| 3259 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 3260 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 3261 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 3262 | { |
|---|
| 3263 | *intpt++ = im; |
|---|
| 3264 | *intpt = -1; |
|---|
| 3265 | } |
|---|
| 3266 | else |
|---|
| 3267 | { |
|---|
| 3268 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3269 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3270 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3271 | { |
|---|
| 3272 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3273 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3274 | } |
|---|
| 3275 | else |
|---|
| 3276 | { |
|---|
| 3277 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3278 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3279 | } |
|---|
| 3280 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3281 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3282 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3283 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3284 | *intpt = -1; |
|---|
| 3285 | } |
|---|
| 3286 | |
|---|
| 3287 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 3288 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 3289 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 3290 | { |
|---|
| 3291 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 3292 | *intpt = -1; |
|---|
| 3293 | } |
|---|
| 3294 | else |
|---|
| 3295 | { |
|---|
| 3296 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3297 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3298 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3299 | { |
|---|
| 3300 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3301 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3302 | } |
|---|
| 3303 | else |
|---|
| 3304 | { |
|---|
| 3305 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3306 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3307 | } |
|---|
| 3308 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3309 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3310 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3311 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3312 | *intpt = -1; |
|---|
| 3313 | } |
|---|
| 3314 | |
|---|
| 3315 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 3316 | |
|---|
| 3317 | #if 0 |
|---|
| 3318 | len[k][0] = minscore - tmptmplen[im]; |
|---|
| 3319 | len[k][1] = minscore - tmptmplen[jm]; |
|---|
| 3320 | #else |
|---|
| 3321 | len[k][0] = lenfl[0]; |
|---|
| 3322 | len[k][1] = lenfl[1]; |
|---|
| 3323 | #endif |
|---|
| 3324 | |
|---|
| 3325 | |
|---|
| 3326 | hist[im] = k; |
|---|
| 3327 | |
|---|
| 3328 | for( i=0; i!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 3329 | { |
|---|
| 3330 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 3331 | { |
|---|
| 3332 | if( i < im ) |
|---|
| 3333 | { |
|---|
| 3334 | miniim = i; |
|---|
| 3335 | maxiim = im; |
|---|
| 3336 | minijm = i; |
|---|
| 3337 | maxijm = jm; |
|---|
| 3338 | } |
|---|
| 3339 | else if( i < jm ) |
|---|
| 3340 | { |
|---|
| 3341 | miniim = im; |
|---|
| 3342 | maxiim = i; |
|---|
| 3343 | minijm = i; |
|---|
| 3344 | maxijm = jm; |
|---|
| 3345 | } |
|---|
| 3346 | else |
|---|
| 3347 | { |
|---|
| 3348 | miniim = im; |
|---|
| 3349 | maxiim = i; |
|---|
| 3350 | minijm = jm; |
|---|
| 3351 | maxijm = i; |
|---|
| 3352 | } |
|---|
| 3353 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 3354 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 3355 | eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 3356 | MIN( eff0, eff1 ) * ( 1.0 - SUEFF ) + |
|---|
| 3357 | ( eff0 + eff1 ) * 0.5 * SUEFF; |
|---|
| 3358 | } |
|---|
| 3359 | } |
|---|
| 3360 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 3361 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 3362 | ac[acjmprev].next = acjmnext; |
|---|
| 3363 | if( acjmnext != -1 ) |
|---|
| 3364 | ac[acjmnext].prev = acjmprev; |
|---|
| 3365 | |
|---|
| 3366 | |
|---|
| 3367 | treetmp = realloc( treetmp, strlen( tree[im] ) + strlen( tree[jm] ) + 100 ); // 22 de juubunn (:%7,:%7) %7 ha minus kamo |
|---|
| 3368 | if( !treetmp ) |
|---|
| 3369 | { |
|---|
| 3370 | fprintf( stderr, "Cannot allocate treetmp\n" ); |
|---|
| 3371 | exit( 1 ); |
|---|
| 3372 | } |
|---|
| 3373 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 3374 | free( tree[im] ); |
|---|
| 3375 | free( tree[jm] ); |
|---|
| 3376 | tree[im] = calloc( strlen( treetmp )+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 3377 | tree[jm] = NULL; |
|---|
| 3378 | if( tree[im] == NULL ) |
|---|
| 3379 | { |
|---|
| 3380 | fprintf( stderr, "Cannot reallocate tree!\n" ); |
|---|
| 3381 | exit( 1 ); |
|---|
| 3382 | } |
|---|
| 3383 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 3384 | |
|---|
| 3385 | // sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 3386 | // strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 3387 | |
|---|
| 3388 | #if 0 |
|---|
| 3389 | fprintf( stdout, "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 3390 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 3391 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 3392 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 3393 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 3394 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 3395 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 3396 | #endif |
|---|
| 3397 | } |
|---|
| 3398 | fclose( fp ); |
|---|
| 3399 | |
|---|
| 3400 | |
|---|
| 3401 | fp = fopen( "infile.tree", "w" ); |
|---|
| 3402 | fprintf( fp, "%s\n", treetmp ); |
|---|
| 3403 | // fprintf( fp, "by veryfastsupg_double_loadtree\n" ); |
|---|
| 3404 | fclose( fp ); |
|---|
| 3405 | |
|---|
| 3406 | #if 1 |
|---|
| 3407 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 3408 | free( hist ); |
|---|
| 3409 | free( (char *)ac ); |
|---|
| 3410 | FreeCharMtx( tree ); |
|---|
| 3411 | free( treetmp ); |
|---|
| 3412 | free( nametmp ); |
|---|
| 3413 | #endif |
|---|
| 3414 | |
|---|
| 3415 | |
|---|
| 3416 | } |
|---|
| 3417 | |
|---|
| 3418 | #if 0 |
|---|
| 3419 | void veryfastsupg_double( int nseq, double **eff, int ***topol, double **len ) |
|---|
| 3420 | { |
|---|
| 3421 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 3422 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 3423 | double tmpdouble; |
|---|
| 3424 | double eff1, eff0; |
|---|
| 3425 | static double *tmptmplen = NULL; |
|---|
| 3426 | static int *hist = NULL; |
|---|
| 3427 | static Achain *ac = NULL; |
|---|
| 3428 | double minscore; |
|---|
| 3429 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 3430 | int prevnode, acjmnext, acjmprev; |
|---|
| 3431 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 3432 | if( !hist ) |
|---|
| 3433 | { |
|---|
| 3434 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 3435 | tmptmplen = (double *)malloc( njob * sizeof( double ) ); |
|---|
| 3436 | ac = (Achain *)malloc( njob * sizeof( Achain ) ); |
|---|
| 3437 | } |
|---|
| 3438 | |
|---|
| 3439 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3440 | { |
|---|
| 3441 | ac[i].next = i+1; |
|---|
| 3442 | ac[i].prev = i-1; |
|---|
| 3443 | // ac[i].curr = i; |
|---|
| 3444 | } |
|---|
| 3445 | ac[nseq-1].next = -1; |
|---|
| 3446 | |
|---|
| 3447 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 3448 | for( i=0; i<nseq; i++ ) hist[i] = -1; |
|---|
| 3449 | |
|---|
| 3450 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 3451 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 3452 | { |
|---|
| 3453 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "%d / %d\r", k, nseq ); |
|---|
| 3454 | |
|---|
| 3455 | minscore = 99999.9; |
|---|
| 3456 | for( i=0; ac[i].next!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 3457 | { |
|---|
| 3458 | for( j=ac[i].next; j!=-1; j=ac[j].next ) |
|---|
| 3459 | { |
|---|
| 3460 | tmpdouble = eff[i][j]; |
|---|
| 3461 | if( tmpdouble < minscore ) |
|---|
| 3462 | { |
|---|
| 3463 | minscore = tmpdouble; |
|---|
| 3464 | im = i; jm = j; |
|---|
| 3465 | } |
|---|
| 3466 | } |
|---|
| 3467 | } |
|---|
| 3468 | |
|---|
| 3469 | // fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d\n", im, jm ); |
|---|
| 3470 | |
|---|
| 3471 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 3472 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 3473 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 3474 | { |
|---|
| 3475 | *intpt++ = im; |
|---|
| 3476 | *intpt = -1; |
|---|
| 3477 | } |
|---|
| 3478 | else |
|---|
| 3479 | { |
|---|
| 3480 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3481 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3482 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3483 | { |
|---|
| 3484 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3485 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3486 | } |
|---|
| 3487 | else |
|---|
| 3488 | { |
|---|
| 3489 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3490 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3491 | } |
|---|
| 3492 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3493 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3494 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3495 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3496 | *intpt = -1; |
|---|
| 3497 | } |
|---|
| 3498 | |
|---|
| 3499 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 3500 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 3501 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 3502 | { |
|---|
| 3503 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 3504 | *intpt = -1; |
|---|
| 3505 | } |
|---|
| 3506 | else |
|---|
| 3507 | { |
|---|
| 3508 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3509 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3510 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3511 | { |
|---|
| 3512 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3513 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3514 | } |
|---|
| 3515 | else |
|---|
| 3516 | { |
|---|
| 3517 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3518 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3519 | } |
|---|
| 3520 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3521 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3522 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3523 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3524 | *intpt = -1; |
|---|
| 3525 | } |
|---|
| 3526 | |
|---|
| 3527 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 3528 | |
|---|
| 3529 | len[k][0] = minscore - tmptmplen[im]; |
|---|
| 3530 | len[k][1] = minscore - tmptmplen[jm]; |
|---|
| 3531 | |
|---|
| 3532 | tmptmplen[im] = minscore; |
|---|
| 3533 | |
|---|
| 3534 | hist[im] = k; |
|---|
| 3535 | |
|---|
| 3536 | for( i=0; i!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 3537 | { |
|---|
| 3538 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 3539 | { |
|---|
| 3540 | if( i < im ) |
|---|
| 3541 | { |
|---|
| 3542 | miniim = i; |
|---|
| 3543 | maxiim = im; |
|---|
| 3544 | minijm = i; |
|---|
| 3545 | maxijm = jm; |
|---|
| 3546 | } |
|---|
| 3547 | else if( i < jm ) |
|---|
| 3548 | { |
|---|
| 3549 | miniim = im; |
|---|
| 3550 | maxiim = i; |
|---|
| 3551 | minijm = i; |
|---|
| 3552 | maxijm = jm; |
|---|
| 3553 | } |
|---|
| 3554 | else |
|---|
| 3555 | { |
|---|
| 3556 | miniim = im; |
|---|
| 3557 | maxiim = i; |
|---|
| 3558 | minijm = jm; |
|---|
| 3559 | maxijm = i; |
|---|
| 3560 | } |
|---|
| 3561 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 3562 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 3563 | eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 3564 | MIN( eff0, eff1 ) * ( 1.0 - SUEFF ) + |
|---|
| 3565 | ( eff0 + eff1 ) * 0.5 * SUEFF; |
|---|
| 3566 | } |
|---|
| 3567 | } |
|---|
| 3568 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 3569 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 3570 | ac[acjmprev].next = acjmnext; |
|---|
| 3571 | if( acjmnext != -1 ) |
|---|
| 3572 | ac[acjmnext].prev = acjmprev; |
|---|
| 3573 | #if 0 |
|---|
| 3574 | fprintf( stdout, "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 3575 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 3576 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 3577 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 3578 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 3579 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 3580 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 3581 | #endif |
|---|
| 3582 | } |
|---|
| 3583 | #if 1 |
|---|
| 3584 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 3585 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 3586 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 3587 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 3588 | #endif |
|---|
| 3589 | } |
|---|
| 3590 | #endif |
|---|
| 3591 | |
|---|
| 3592 | void veryfastsupg_double_outtree( int nseq, double **eff, int ***topol, double **len, char **name ) // not used |
|---|
| 3593 | { |
|---|
| 3594 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 3595 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 3596 | double tmpdouble; |
|---|
| 3597 | double eff1, eff0; |
|---|
| 3598 | static double *tmptmplen = NULL; |
|---|
| 3599 | static int *hist = NULL; |
|---|
| 3600 | static Achain *ac = NULL; |
|---|
| 3601 | double minscore; |
|---|
| 3602 | static char **tree; |
|---|
| 3603 | static char *treetmp; |
|---|
| 3604 | static char *nametmp; |
|---|
| 3605 | FILE *fpout; |
|---|
| 3606 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 3607 | int prevnode, acjmnext, acjmprev; |
|---|
| 3608 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 3609 | double (*clusterfuncpt[1])(double,double); |
|---|
| 3610 | |
|---|
| 3611 | |
|---|
| 3612 | sueff1_double = 1 - SUEFF; |
|---|
| 3613 | sueff05_double = SUEFF * 0.5; |
|---|
| 3614 | if ( treemethod == 'X' ) |
|---|
| 3615 | clusterfuncpt[0] = cluster_mix_double; |
|---|
| 3616 | else if ( treemethod == 'E' ) |
|---|
| 3617 | clusterfuncpt[0] = cluster_average_double; |
|---|
| 3618 | else if ( treemethod == 'q' ) |
|---|
| 3619 | clusterfuncpt[0] = cluster_minimum_double; |
|---|
| 3620 | else |
|---|
| 3621 | { |
|---|
| 3622 | fprintf( stderr, "Unknown treemethod, %c\n", treemethod ); |
|---|
| 3623 | exit( 1 ); |
|---|
| 3624 | } |
|---|
| 3625 | |
|---|
| 3626 | if( !hist ) |
|---|
| 3627 | { |
|---|
| 3628 | treetmp = AllocateCharVec( njob*50 ); |
|---|
| 3629 | tree = AllocateCharMtx( njob, njob*50 ); |
|---|
| 3630 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 3631 | tmptmplen = (double *)malloc( njob * sizeof( double ) ); |
|---|
| 3632 | ac = (Achain *)malloc( njob * sizeof( Achain ) ); |
|---|
| 3633 | nametmp = AllocateCharVec( 31 ); |
|---|
| 3634 | } |
|---|
| 3635 | |
|---|
| 3636 | // for( i=0; i<nseq; i++ ) sprintf( tree[i], "%d", i+1 ); |
|---|
| 3637 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3638 | { |
|---|
| 3639 | for( j=0; j<30; j++ ) nametmp[j] = 0; |
|---|
| 3640 | for( j=0; j<30; j++ ) |
|---|
| 3641 | { |
|---|
| 3642 | if( isalnum( name[i][j] ) ) |
|---|
| 3643 | nametmp[j] = name[i][j]; |
|---|
| 3644 | else |
|---|
| 3645 | nametmp[j] = '_'; |
|---|
| 3646 | } |
|---|
| 3647 | nametmp[30] = 0; |
|---|
| 3648 | sprintf( tree[i], "%d_%.20s", i+1, nametmp+1 ); |
|---|
| 3649 | } |
|---|
| 3650 | |
|---|
| 3651 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3652 | { |
|---|
| 3653 | ac[i].next = i+1; |
|---|
| 3654 | ac[i].prev = i-1; |
|---|
| 3655 | // ac[i].curr = i; |
|---|
| 3656 | } |
|---|
| 3657 | ac[nseq-1].next = -1; |
|---|
| 3658 | |
|---|
| 3659 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 3660 | for( i=0; i<nseq; i++ ) hist[i] = -1; |
|---|
| 3661 | |
|---|
| 3662 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 3663 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 3664 | { |
|---|
| 3665 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "%d / %d\r", k, nseq ); |
|---|
| 3666 | |
|---|
| 3667 | minscore = 99999.9; |
|---|
| 3668 | for( i=0; ac[i].next!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 3669 | { |
|---|
| 3670 | for( j=ac[i].next; j!=-1; j=ac[j].next ) |
|---|
| 3671 | { |
|---|
| 3672 | tmpdouble = eff[i][j]; |
|---|
| 3673 | if( tmpdouble < minscore ) |
|---|
| 3674 | { |
|---|
| 3675 | minscore = tmpdouble; |
|---|
| 3676 | im = i; jm = j; |
|---|
| 3677 | } |
|---|
| 3678 | } |
|---|
| 3679 | } |
|---|
| 3680 | |
|---|
| 3681 | // fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d\n", im, jm ); |
|---|
| 3682 | |
|---|
| 3683 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 3684 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 3685 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 3686 | { |
|---|
| 3687 | *intpt++ = im; |
|---|
| 3688 | *intpt = -1; |
|---|
| 3689 | } |
|---|
| 3690 | else |
|---|
| 3691 | { |
|---|
| 3692 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3693 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3694 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3695 | { |
|---|
| 3696 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3697 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3698 | } |
|---|
| 3699 | else |
|---|
| 3700 | { |
|---|
| 3701 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3702 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3703 | } |
|---|
| 3704 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3705 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3706 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3707 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3708 | *intpt = -1; |
|---|
| 3709 | } |
|---|
| 3710 | |
|---|
| 3711 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 3712 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 3713 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 3714 | { |
|---|
| 3715 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 3716 | *intpt = -1; |
|---|
| 3717 | } |
|---|
| 3718 | else |
|---|
| 3719 | { |
|---|
| 3720 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3721 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3722 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3723 | { |
|---|
| 3724 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3725 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3726 | } |
|---|
| 3727 | else |
|---|
| 3728 | { |
|---|
| 3729 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3730 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3731 | } |
|---|
| 3732 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3733 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3734 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3735 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3736 | *intpt = -1; |
|---|
| 3737 | } |
|---|
| 3738 | |
|---|
| 3739 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 3740 | |
|---|
| 3741 | len[k][0] = minscore - tmptmplen[im]; |
|---|
| 3742 | len[k][1] = minscore - tmptmplen[jm]; |
|---|
| 3743 | |
|---|
| 3744 | tmptmplen[im] = minscore; |
|---|
| 3745 | |
|---|
| 3746 | hist[im] = k; |
|---|
| 3747 | |
|---|
| 3748 | for( i=0; i!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 3749 | { |
|---|
| 3750 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 3751 | { |
|---|
| 3752 | if( i < im ) |
|---|
| 3753 | { |
|---|
| 3754 | miniim = i; |
|---|
| 3755 | maxiim = im; |
|---|
| 3756 | minijm = i; |
|---|
| 3757 | maxijm = jm; |
|---|
| 3758 | } |
|---|
| 3759 | else if( i < jm ) |
|---|
| 3760 | { |
|---|
| 3761 | miniim = im; |
|---|
| 3762 | maxiim = i; |
|---|
| 3763 | minijm = i; |
|---|
| 3764 | maxijm = jm; |
|---|
| 3765 | } |
|---|
| 3766 | else |
|---|
| 3767 | { |
|---|
| 3768 | miniim = im; |
|---|
| 3769 | maxiim = i; |
|---|
| 3770 | minijm = jm; |
|---|
| 3771 | maxijm = i; |
|---|
| 3772 | } |
|---|
| 3773 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 3774 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 3775 | #if 0 |
|---|
| 3776 | eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 3777 | MIN( eff0, eff1 ) * ( 1.0 - SUEFF ) + |
|---|
| 3778 | ( eff0 + eff1 ) * 0.5 * SUEFF; |
|---|
| 3779 | #else |
|---|
| 3780 | eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 3781 | (clusterfuncpt[0])( eff0, eff1 ); |
|---|
| 3782 | #endif |
|---|
| 3783 | } |
|---|
| 3784 | } |
|---|
| 3785 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 3786 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 3787 | ac[acjmprev].next = acjmnext; |
|---|
| 3788 | if( acjmnext != -1 ) |
|---|
| 3789 | ac[acjmnext].prev = acjmprev; |
|---|
| 3790 | |
|---|
| 3791 | sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], len[k][0], tree[jm], len[k][1] ); |
|---|
| 3792 | strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 3793 | #if 0 |
|---|
| 3794 | fprintf( stdout, "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 3795 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 3796 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 3797 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 3798 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 3799 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 3800 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 3801 | #endif |
|---|
| 3802 | } |
|---|
| 3803 | fpout = fopen( "infile.tree", "w" ); |
|---|
| 3804 | fprintf( fpout, "%s\n", treetmp ); |
|---|
| 3805 | // fprintf( fpout, "by veryfastsupg_double_outtree\n" ); |
|---|
| 3806 | fclose( fpout ); |
|---|
| 3807 | #if 1 |
|---|
| 3808 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 3809 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 3810 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 3811 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 3812 | FreeCharMtx( tree ); |
|---|
| 3813 | free( treetmp ); |
|---|
| 3814 | free( nametmp ); |
|---|
| 3815 | #endif |
|---|
| 3816 | } |
|---|
| 3817 | |
|---|
| 3818 | void veryfastsupg( int nseq, double **oeff, int ***topol, double **len ) |
|---|
| 3819 | { |
|---|
| 3820 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 3821 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 3822 | int tmpint; |
|---|
| 3823 | int eff1, eff0; |
|---|
| 3824 | static double *tmptmplen = NULL; |
|---|
| 3825 | static int **eff = NULL; |
|---|
| 3826 | static int *hist = NULL; |
|---|
| 3827 | static Achain *ac = NULL; |
|---|
| 3828 | int minscore; |
|---|
| 3829 | double minscoref; |
|---|
| 3830 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 3831 | int prevnode, acjmnext, acjmprev; |
|---|
| 3832 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 3833 | if( !eff ) |
|---|
| 3834 | { |
|---|
| 3835 | eff = AllocateIntMtx( njob, njob ); |
|---|
| 3836 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 3837 | tmptmplen = (double *)malloc( njob * sizeof( double ) ); |
|---|
| 3838 | ac = (Achain *)malloc( njob * sizeof( Achain ) ); |
|---|
| 3839 | } |
|---|
| 3840 | |
|---|
| 3841 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3842 | { |
|---|
| 3843 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 3844 | { |
|---|
| 3845 | eff[i][j] = (int)( oeff[i][j] * INTMTXSCALE + 0.5 ); |
|---|
| 3846 | } |
|---|
| 3847 | } |
|---|
| 3848 | |
|---|
| 3849 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3850 | { |
|---|
| 3851 | ac[i].next = i+1; |
|---|
| 3852 | ac[i].prev = i-1; |
|---|
| 3853 | // ac[i].curr = i; |
|---|
| 3854 | } |
|---|
| 3855 | ac[nseq-1].next = -1; |
|---|
| 3856 | |
|---|
| 3857 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 3858 | for( i=0; i<nseq; i++ ) hist[i] = -1; |
|---|
| 3859 | |
|---|
| 3860 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 3861 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 3862 | { |
|---|
| 3863 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "%d / %d\r", k, nseq ); |
|---|
| 3864 | |
|---|
| 3865 | minscore = INTMTXSCALE*4; |
|---|
| 3866 | for( i=0; ac[i].next!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 3867 | { |
|---|
| 3868 | for( j=ac[i].next; j!=-1; j=ac[j].next ) |
|---|
| 3869 | { |
|---|
| 3870 | tmpint = eff[i][j]; |
|---|
| 3871 | if( tmpint < minscore ) |
|---|
| 3872 | { |
|---|
| 3873 | minscore = tmpint; |
|---|
| 3874 | im = i; jm = j; |
|---|
| 3875 | } |
|---|
| 3876 | } |
|---|
| 3877 | } |
|---|
| 3878 | minscoref = (double)minscore * 0.5 / ( INTMTXSCALE ); |
|---|
| 3879 | |
|---|
| 3880 | // fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d\n", im, jm ); |
|---|
| 3881 | |
|---|
| 3882 | #if 1 |
|---|
| 3883 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 3884 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 3885 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 3886 | { |
|---|
| 3887 | *intpt++ = im; |
|---|
| 3888 | *intpt = -1; |
|---|
| 3889 | } |
|---|
| 3890 | else |
|---|
| 3891 | { |
|---|
| 3892 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3893 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3894 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3895 | { |
|---|
| 3896 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3897 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3898 | } |
|---|
| 3899 | else |
|---|
| 3900 | { |
|---|
| 3901 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3902 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3903 | } |
|---|
| 3904 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3905 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3906 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3907 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3908 | *intpt = -1; |
|---|
| 3909 | } |
|---|
| 3910 | |
|---|
| 3911 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 3912 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 3913 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 3914 | { |
|---|
| 3915 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 3916 | *intpt = -1; |
|---|
| 3917 | } |
|---|
| 3918 | else |
|---|
| 3919 | { |
|---|
| 3920 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 3921 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 3922 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 3923 | { |
|---|
| 3924 | pt11 = pt2; |
|---|
| 3925 | pt22 = pt1; |
|---|
| 3926 | } |
|---|
| 3927 | else |
|---|
| 3928 | { |
|---|
| 3929 | pt11 = pt1; |
|---|
| 3930 | pt22 = pt2; |
|---|
| 3931 | } |
|---|
| 3932 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3933 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3934 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 3935 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 3936 | *intpt = -1; |
|---|
| 3937 | } |
|---|
| 3938 | #else |
|---|
| 3939 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 3940 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3941 | if( pair[im][i] > -2 ) |
|---|
| 3942 | *intpt++ = i; |
|---|
| 3943 | *intpt = -1; |
|---|
| 3944 | |
|---|
| 3945 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 3946 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 3947 | if( pair[jm][i] > -2 ) |
|---|
| 3948 | *intpt++ = i; |
|---|
| 3949 | *intpt = -1; |
|---|
| 3950 | #endif |
|---|
| 3951 | |
|---|
| 3952 | len[k][0] = minscoref - tmptmplen[im]; |
|---|
| 3953 | len[k][1] = minscoref - tmptmplen[jm]; |
|---|
| 3954 | |
|---|
| 3955 | tmptmplen[im] = minscoref; |
|---|
| 3956 | |
|---|
| 3957 | hist[im] = k; |
|---|
| 3958 | |
|---|
| 3959 | for( i=0; i!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 3960 | { |
|---|
| 3961 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 3962 | { |
|---|
| 3963 | if( i < im ) |
|---|
| 3964 | { |
|---|
| 3965 | miniim = i; |
|---|
| 3966 | maxiim = im; |
|---|
| 3967 | minijm = i; |
|---|
| 3968 | maxijm = jm; |
|---|
| 3969 | } |
|---|
| 3970 | else if( i < jm ) |
|---|
| 3971 | { |
|---|
| 3972 | miniim = im; |
|---|
| 3973 | maxiim = i; |
|---|
| 3974 | minijm = i; |
|---|
| 3975 | maxijm = jm; |
|---|
| 3976 | } |
|---|
| 3977 | else |
|---|
| 3978 | { |
|---|
| 3979 | miniim = im; |
|---|
| 3980 | maxiim = i; |
|---|
| 3981 | minijm = jm; |
|---|
| 3982 | maxijm = i; |
|---|
| 3983 | } |
|---|
| 3984 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 3985 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 3986 | eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 3987 | MIN( eff0, eff1 ) * ( 1.0 - SUEFF ) + |
|---|
| 3988 | ( eff0 + eff1 ) * 0.5 * SUEFF; |
|---|
| 3989 | } |
|---|
| 3990 | } |
|---|
| 3991 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 3992 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 3993 | ac[acjmprev].next = acjmnext; |
|---|
| 3994 | if( acjmnext != -1 ) |
|---|
| 3995 | ac[acjmnext].prev = acjmprev; |
|---|
| 3996 | #if 0 |
|---|
| 3997 | fprintf( stdout, "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 3998 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 3999 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 4000 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 4001 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 4002 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 4003 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 4004 | #endif |
|---|
| 4005 | } |
|---|
| 4006 | #if 1 |
|---|
| 4007 | FreeIntMtx( eff ); eff = NULL; |
|---|
| 4008 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 4009 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 4010 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 4011 | #endif |
|---|
| 4012 | } |
|---|
| 4013 | void veryfastsupg_int( int nseq, int **oeff, int ***topol, double **len ) |
|---|
| 4014 | /* len$B$O!"(B oeff$B$,@0?t!#(Blen$B$b<B$O@0?t!#(B |
|---|
| 4015 | $BI,MW$K1~$8$F3d$C$F;H$&!#(B */ |
|---|
| 4016 | { |
|---|
| 4017 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 4018 | int *intpt, *intpt2; |
|---|
| 4019 | int tmpint; |
|---|
| 4020 | int eff1, eff0; |
|---|
| 4021 | static int *tmptmplen = NULL; |
|---|
| 4022 | static int **eff = NULL; |
|---|
| 4023 | static int *hist = NULL; |
|---|
| 4024 | static Achain *ac = NULL; |
|---|
| 4025 | int minscore; |
|---|
| 4026 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 4027 | int prevnode, acjmnext, acjmprev; |
|---|
| 4028 | int *pt1, *pt2, *pt11, *pt22; |
|---|
| 4029 | |
|---|
| 4030 | |
|---|
| 4031 | if( !eff ) |
|---|
| 4032 | { |
|---|
| 4033 | eff = AllocateIntMtx( njob, njob ); |
|---|
| 4034 | hist = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 4035 | tmptmplen = AllocateIntVec( njob ); |
|---|
| 4036 | ac = (Achain *)malloc( njob * sizeof( Achain ) ); |
|---|
| 4037 | } |
|---|
| 4038 | |
|---|
| 4039 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4040 | { |
|---|
| 4041 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4042 | { |
|---|
| 4043 | eff[i][j] = ( oeff[i][j] ); |
|---|
| 4044 | } |
|---|
| 4045 | } |
|---|
| 4046 | |
|---|
| 4047 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4048 | { |
|---|
| 4049 | ac[i].next = i+1; |
|---|
| 4050 | ac[i].prev = i-1; |
|---|
| 4051 | // ac[i].curr = i; |
|---|
| 4052 | } |
|---|
| 4053 | ac[nseq-1].next = -1; |
|---|
| 4054 | |
|---|
| 4055 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmptmplen[i] = 0; |
|---|
| 4056 | for( i=0; i<nseq; i++ ) hist[i] = -1; |
|---|
| 4057 | |
|---|
| 4058 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 4059 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 4060 | { |
|---|
| 4061 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "%d / %d\r", k, nseq ); |
|---|
| 4062 | |
|---|
| 4063 | minscore = INTMTXSCALE*4; |
|---|
| 4064 | for( i=0; ac[i].next!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 4065 | { |
|---|
| 4066 | for( j=ac[i].next; j!=-1; j=ac[j].next ) |
|---|
| 4067 | { |
|---|
| 4068 | tmpint = eff[i][j]; |
|---|
| 4069 | if( tmpint < minscore ) |
|---|
| 4070 | { |
|---|
| 4071 | minscore = tmpint; |
|---|
| 4072 | im = i; jm = j; |
|---|
| 4073 | } |
|---|
| 4074 | } |
|---|
| 4075 | } |
|---|
| 4076 | |
|---|
| 4077 | // fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d\n", im, jm ); |
|---|
| 4078 | |
|---|
| 4079 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 4080 | prevnode = hist[im]; |
|---|
| 4081 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 4082 | { |
|---|
| 4083 | *intpt++ = im; |
|---|
| 4084 | *intpt = -1; |
|---|
| 4085 | } |
|---|
| 4086 | else |
|---|
| 4087 | { |
|---|
| 4088 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 4089 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 4090 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 4091 | { |
|---|
| 4092 | pt11 = pt2; |
|---|
| 4093 | pt22 = pt1; |
|---|
| 4094 | } |
|---|
| 4095 | else |
|---|
| 4096 | { |
|---|
| 4097 | pt11 = pt1; |
|---|
| 4098 | pt22 = pt2; |
|---|
| 4099 | } |
|---|
| 4100 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 4101 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 4102 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 4103 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 4104 | *intpt = -1; |
|---|
| 4105 | } |
|---|
| 4106 | |
|---|
| 4107 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 4108 | prevnode = hist[jm]; |
|---|
| 4109 | if( prevnode == -1 ) |
|---|
| 4110 | { |
|---|
| 4111 | *intpt++ = jm; |
|---|
| 4112 | *intpt = -1; |
|---|
| 4113 | } |
|---|
| 4114 | else |
|---|
| 4115 | { |
|---|
| 4116 | pt1 = topol[prevnode][0]; |
|---|
| 4117 | pt2 = topol[prevnode][1]; |
|---|
| 4118 | if( *pt1 > *pt2 ) |
|---|
| 4119 | { |
|---|
| 4120 | pt11 = pt2; |
|---|
| 4121 | pt22 = pt1; |
|---|
| 4122 | } |
|---|
| 4123 | else |
|---|
| 4124 | { |
|---|
| 4125 | pt11 = pt1; |
|---|
| 4126 | pt22 = pt2; |
|---|
| 4127 | } |
|---|
| 4128 | for( intpt2=pt11; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 4129 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 4130 | for( intpt2=pt22; *intpt2!=-1; ) |
|---|
| 4131 | *intpt++ = *intpt2++; |
|---|
| 4132 | *intpt = -1; |
|---|
| 4133 | } |
|---|
| 4134 | |
|---|
| 4135 | minscore *= 0.5; |
|---|
| 4136 | |
|---|
| 4137 | len[k][0] = (double)( minscore - tmptmplen[im] ); |
|---|
| 4138 | len[k][1] = (double)( minscore - tmptmplen[jm] ); |
|---|
| 4139 | |
|---|
| 4140 | tmptmplen[im] = minscore; |
|---|
| 4141 | |
|---|
| 4142 | #if 0 |
|---|
| 4143 | free( tmptmplen ); |
|---|
| 4144 | tmptmplen = AllocateIntVec( nseq ); |
|---|
| 4145 | #endif |
|---|
| 4146 | |
|---|
| 4147 | |
|---|
| 4148 | hist[im] = k; |
|---|
| 4149 | |
|---|
| 4150 | for( i=0; i!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 4151 | { |
|---|
| 4152 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 4153 | { |
|---|
| 4154 | if( i < im ) |
|---|
| 4155 | { |
|---|
| 4156 | miniim = i; |
|---|
| 4157 | maxiim = im; |
|---|
| 4158 | minijm = i; |
|---|
| 4159 | maxijm = jm; |
|---|
| 4160 | } |
|---|
| 4161 | else if( i < jm ) |
|---|
| 4162 | { |
|---|
| 4163 | miniim = im; |
|---|
| 4164 | maxiim = i; |
|---|
| 4165 | minijm = i; |
|---|
| 4166 | maxijm = jm; |
|---|
| 4167 | } |
|---|
| 4168 | else |
|---|
| 4169 | { |
|---|
| 4170 | miniim = im; |
|---|
| 4171 | maxiim = i; |
|---|
| 4172 | minijm = jm; |
|---|
| 4173 | maxijm = i; |
|---|
| 4174 | } |
|---|
| 4175 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 4176 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 4177 | eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 4178 | (int) ( (float)MIN( eff0, eff1 ) * ( 1.0 - SUEFF ) + (float)( eff0 + eff1 ) * 0.5 * SUEFF ); |
|---|
| 4179 | } |
|---|
| 4180 | } |
|---|
| 4181 | acjmprev = ac[jm].prev; |
|---|
| 4182 | acjmnext = ac[jm].next; |
|---|
| 4183 | ac[acjmprev].next = acjmnext; |
|---|
| 4184 | if( acjmnext != -1 ) |
|---|
| 4185 | ac[acjmnext].prev = acjmprev; |
|---|
| 4186 | #if 0 |
|---|
| 4187 | fprintf( stdout, "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 4188 | fprintf( stdout, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 4189 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 4190 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 4191 | fprintf( stdout, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 4192 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stdout, " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 4193 | fprintf( stdout, "\n" ); |
|---|
| 4194 | #endif |
|---|
| 4195 | } |
|---|
| 4196 | FreeIntMtx( eff ); eff = NULL; |
|---|
| 4197 | free( (void *)tmptmplen ); tmptmplen = NULL; |
|---|
| 4198 | free( hist ); hist = NULL; |
|---|
| 4199 | free( (char *)ac ); ac = NULL; |
|---|
| 4200 | } |
|---|
| 4201 | void fastsupg( int nseq, double **oeff, int ***topol, double **len ) |
|---|
| 4202 | { |
|---|
| 4203 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 4204 | #if 0 |
|---|
| 4205 | double eff[nseq][nseq]; |
|---|
| 4206 | char pair[njob][njob]; |
|---|
| 4207 | #else |
|---|
| 4208 | static float *tmplen; |
|---|
| 4209 | int *intpt; |
|---|
| 4210 | float tmpfloat; |
|---|
| 4211 | float eff1, eff0; |
|---|
| 4212 | static float **eff = NULL; |
|---|
| 4213 | static char **pair = NULL; |
|---|
| 4214 | static Achain *ac; |
|---|
| 4215 | float minscore; |
|---|
| 4216 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 4217 | if( !eff ) |
|---|
| 4218 | { |
|---|
| 4219 | eff = AllocateFloatMtx( njob, njob ); |
|---|
| 4220 | pair = AllocateCharMtx( njob, njob ); |
|---|
| 4221 | tmplen = AllocateFloatVec( njob ); |
|---|
| 4222 | ac = (Achain *)calloc( njob, sizeof( Achain ) ); |
|---|
| 4223 | } |
|---|
| 4224 | #endif |
|---|
| 4225 | |
|---|
| 4226 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4227 | { |
|---|
| 4228 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4229 | { |
|---|
| 4230 | eff[i][j] = (float)oeff[i][j]; |
|---|
| 4231 | } |
|---|
| 4232 | } |
|---|
| 4233 | |
|---|
| 4234 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4235 | { |
|---|
| 4236 | ac[i].next = i+1; |
|---|
| 4237 | ac[i].prev = i-1; |
|---|
| 4238 | // ac[i].curr = i; |
|---|
| 4239 | } |
|---|
| 4240 | ac[nseq-1].next = -1; |
|---|
| 4241 | |
|---|
| 4242 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 4243 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) pair[i][j] = 0; |
|---|
| 4244 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[i][i] = 1; |
|---|
| 4245 | |
|---|
| 4246 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 4247 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 4248 | { |
|---|
| 4249 | if( k % 10 == 0 ) fprintf( stderr, "%d / %d\r", k, nseq ); |
|---|
| 4250 | |
|---|
| 4251 | minscore = 9999.0; |
|---|
| 4252 | for( i=0; ac[i].next!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 4253 | // for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 4254 | { |
|---|
| 4255 | for( j=ac[i].next; j!=-1; j=ac[j].next ) |
|---|
| 4256 | // for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4257 | { |
|---|
| 4258 | tmpfloat = eff[i][j]; |
|---|
| 4259 | if( tmpfloat < minscore ) |
|---|
| 4260 | { |
|---|
| 4261 | minscore = tmpfloat; |
|---|
| 4262 | im = i; jm = j; |
|---|
| 4263 | } |
|---|
| 4264 | } |
|---|
| 4265 | } |
|---|
| 4266 | |
|---|
| 4267 | // fprintf( stderr, "im=%d, jm=%d\n", im, jm ); |
|---|
| 4268 | |
|---|
| 4269 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 4270 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4271 | if( pair[im][i] > 0 ) |
|---|
| 4272 | *intpt++ = i; |
|---|
| 4273 | *intpt = -1; |
|---|
| 4274 | |
|---|
| 4275 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 4276 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4277 | if( pair[jm][i] > 0 ) |
|---|
| 4278 | *intpt++ = i; |
|---|
| 4279 | *intpt = -1; |
|---|
| 4280 | |
|---|
| 4281 | minscore /= 2.0; |
|---|
| 4282 | |
|---|
| 4283 | len[k][0] = (double)minscore - tmplen[im]; |
|---|
| 4284 | len[k][1] = (double)minscore - tmplen[jm]; |
|---|
| 4285 | |
|---|
| 4286 | tmplen[im] = (double)minscore; |
|---|
| 4287 | |
|---|
| 4288 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[im][i] += ( pair[jm][i] > 0 ); |
|---|
| 4289 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[jm][i] = 0; |
|---|
| 4290 | |
|---|
| 4291 | // for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4292 | for( i=0; i!=-1; i=ac[i].next ) |
|---|
| 4293 | { |
|---|
| 4294 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 4295 | { |
|---|
| 4296 | if( i < im ) |
|---|
| 4297 | { |
|---|
| 4298 | miniim = i; |
|---|
| 4299 | maxiim = im; |
|---|
| 4300 | minijm = i; |
|---|
| 4301 | maxijm = jm; |
|---|
| 4302 | } |
|---|
| 4303 | else if( i < jm ) |
|---|
| 4304 | { |
|---|
| 4305 | miniim = im; |
|---|
| 4306 | maxiim = i; |
|---|
| 4307 | minijm = i; |
|---|
| 4308 | maxijm = jm; |
|---|
| 4309 | } |
|---|
| 4310 | else |
|---|
| 4311 | { |
|---|
| 4312 | miniim = im; |
|---|
| 4313 | maxiim = i; |
|---|
| 4314 | minijm = jm; |
|---|
| 4315 | maxijm = i; |
|---|
| 4316 | } |
|---|
| 4317 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 4318 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 4319 | eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 4320 | MIN( eff0, eff1 ) * ( 1.0 - SUEFF ) + |
|---|
| 4321 | ( eff0 + eff1 ) * 0.5 * SUEFF; |
|---|
| 4322 | // eff[minijm][maxijm] = 9999.0; |
|---|
| 4323 | } |
|---|
| 4324 | } |
|---|
| 4325 | ac[ac[jm].prev].next = ac[jm].next; |
|---|
| 4326 | ac[ac[jm].next].prev = ac[jm].prev; |
|---|
| 4327 | // eff[im][jm] = 9999.0; |
|---|
| 4328 | #if 0 |
|---|
| 4329 | fprintf( stderr, "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 4330 | fprintf( stderr, "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 4331 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 4332 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 4333 | fprintf( stderr, "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 4334 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 4335 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 4336 | #endif |
|---|
| 4337 | } |
|---|
| 4338 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 4339 | |
|---|
| 4340 | // FreeFloatMtx( eff ); |
|---|
| 4341 | // FreeCharMtx( pair ); |
|---|
| 4342 | // FreeFloatVec( tmplen ); |
|---|
| 4343 | // free( ac ); |
|---|
| 4344 | } |
|---|
| 4345 | void supg( int nseq, double **oeff, int ***topol, double **len ) |
|---|
| 4346 | { |
|---|
| 4347 | int i, j, k, miniim, maxiim, minijm, maxijm; |
|---|
| 4348 | #if 0 |
|---|
| 4349 | double eff[nseq][nseq]; |
|---|
| 4350 | char pair[njob][njob]; |
|---|
| 4351 | #else |
|---|
| 4352 | static float *tmplen; |
|---|
| 4353 | int *intpt; |
|---|
| 4354 | float **floatptpt; |
|---|
| 4355 | float *floatpt; |
|---|
| 4356 | float tmpfloat; |
|---|
| 4357 | float eff1, eff0; |
|---|
| 4358 | static float **eff = NULL; |
|---|
| 4359 | static char **pair = NULL; |
|---|
| 4360 | if( !eff ) |
|---|
| 4361 | { |
|---|
| 4362 | eff = AllocateFloatMtx( njob, njob ); |
|---|
| 4363 | pair = AllocateCharMtx( njob, njob ); |
|---|
| 4364 | tmplen = AllocateFloatVec( njob ); |
|---|
| 4365 | } |
|---|
| 4366 | #endif |
|---|
| 4367 | |
|---|
| 4368 | |
|---|
| 4369 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4370 | { |
|---|
| 4371 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4372 | { |
|---|
| 4373 | eff[i][j] = (float)oeff[i][j]; |
|---|
| 4374 | } |
|---|
| 4375 | } |
|---|
| 4376 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 4377 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) pair[i][j] = 0; |
|---|
| 4378 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[i][i] = 1; |
|---|
| 4379 | |
|---|
| 4380 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 4381 | { |
|---|
| 4382 | float minscore = 9999.0; |
|---|
| 4383 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 4384 | |
|---|
| 4385 | |
|---|
| 4386 | floatptpt = eff; |
|---|
| 4387 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 4388 | { |
|---|
| 4389 | floatpt = *floatptpt++ + i + 1; |
|---|
| 4390 | for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4391 | { |
|---|
| 4392 | tmpfloat = *floatpt++; |
|---|
| 4393 | if( tmpfloat < minscore ) |
|---|
| 4394 | { |
|---|
| 4395 | minscore = tmpfloat; |
|---|
| 4396 | im = i; jm = j; |
|---|
| 4397 | } |
|---|
| 4398 | } |
|---|
| 4399 | } |
|---|
| 4400 | intpt = topol[k][0]; |
|---|
| 4401 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4402 | if( pair[im][i] > 0 ) |
|---|
| 4403 | *intpt++ = i; |
|---|
| 4404 | *intpt = -1; |
|---|
| 4405 | |
|---|
| 4406 | intpt = topol[k][1]; |
|---|
| 4407 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4408 | if( pair[jm][i] > 0 ) |
|---|
| 4409 | *intpt++ = i; |
|---|
| 4410 | *intpt = -1; |
|---|
| 4411 | |
|---|
| 4412 | len[k][0] = (double)minscore / 2.0 - tmplen[im]; |
|---|
| 4413 | len[k][1] = (double)minscore / 2.0 - tmplen[jm]; |
|---|
| 4414 | |
|---|
| 4415 | tmplen[im] = (double)minscore / 2.0; |
|---|
| 4416 | |
|---|
| 4417 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[im][i] += ( pair[jm][i] > 0 ); |
|---|
| 4418 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[jm][i] = 0; |
|---|
| 4419 | |
|---|
| 4420 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4421 | { |
|---|
| 4422 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 4423 | { |
|---|
| 4424 | #if 1 |
|---|
| 4425 | if( i < im ) |
|---|
| 4426 | { |
|---|
| 4427 | miniim = i; |
|---|
| 4428 | maxiim = im; |
|---|
| 4429 | minijm = i; |
|---|
| 4430 | maxijm = jm; |
|---|
| 4431 | } |
|---|
| 4432 | else if( i < jm ) |
|---|
| 4433 | { |
|---|
| 4434 | miniim = im; |
|---|
| 4435 | maxiim = i; |
|---|
| 4436 | minijm = i; |
|---|
| 4437 | maxijm = jm; |
|---|
| 4438 | } |
|---|
| 4439 | else |
|---|
| 4440 | { |
|---|
| 4441 | miniim = im; |
|---|
| 4442 | maxiim = i; |
|---|
| 4443 | minijm = jm; |
|---|
| 4444 | maxijm = i; |
|---|
| 4445 | } |
|---|
| 4446 | #else |
|---|
| 4447 | miniim = MIN( i, im ); |
|---|
| 4448 | maxiim = MAX( i, im ); |
|---|
| 4449 | minijm = MIN( i, jm ); |
|---|
| 4450 | maxijm = MAX( i, jm ); |
|---|
| 4451 | #endif |
|---|
| 4452 | #if 1 |
|---|
| 4453 | eff0 = eff[miniim][maxiim]; |
|---|
| 4454 | eff1 = eff[minijm][maxijm]; |
|---|
| 4455 | eff[miniim][maxiim] = |
|---|
| 4456 | MIN( eff0, eff1 ) * ( 1.0 - SUEFF ) + |
|---|
| 4457 | ( eff0 + eff1 ) * 0.5 * SUEFF; |
|---|
| 4458 | #else |
|---|
| 4459 | MIN( eff[miniim][maxiim], eff[minijm][maxijm] ) * ( 1.0 - SUEFF ) + |
|---|
| 4460 | ( eff[miniim][maxiim] + eff[minijm][maxijm] ) * 0.5 * SUEFF; |
|---|
| 4461 | #endif |
|---|
| 4462 | eff[minijm][maxijm] = 9999.0; |
|---|
| 4463 | eff[im][jm] = 9999.0; |
|---|
| 4464 | } |
|---|
| 4465 | } |
|---|
| 4466 | #if DEBUG |
|---|
| 4467 | printf( "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 4468 | printf( "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 4469 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) printf( " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 4470 | printf( "\n" ); |
|---|
| 4471 | printf( "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 4472 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) printf( " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 4473 | printf( "\n" ); |
|---|
| 4474 | #endif |
|---|
| 4475 | } |
|---|
| 4476 | } |
|---|
| 4477 | |
|---|
| 4478 | void spg( int nseq, double **oeff, int ***topol, double **len ) |
|---|
| 4479 | { |
|---|
| 4480 | int i, j, k; |
|---|
| 4481 | double tmplen[M]; |
|---|
| 4482 | #if 0 |
|---|
| 4483 | double eff[nseq][nseq]; |
|---|
| 4484 | char pair[njob][njob]; |
|---|
| 4485 | #else |
|---|
| 4486 | double **eff = NULL; |
|---|
| 4487 | char **pair = NULL; |
|---|
| 4488 | if( !eff ) |
|---|
| 4489 | { |
|---|
| 4490 | eff = AllocateDoubleMtx( njob, njob ); |
|---|
| 4491 | pair = AllocateCharMtx( njob, njob ); |
|---|
| 4492 | } |
|---|
| 4493 | #endif |
|---|
| 4494 | |
|---|
| 4495 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) eff[i][j] = oeff[i][j]; |
|---|
| 4496 | for( i=0; i<nseq; i++ ) tmplen[i] = 0.0; |
|---|
| 4497 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) pair[i][j] = 0; |
|---|
| 4498 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[i][i] = 1; |
|---|
| 4499 | |
|---|
| 4500 | for( k=0; k<nseq-1; k++ ) |
|---|
| 4501 | { |
|---|
| 4502 | float minscore = 9999.0; |
|---|
| 4503 | int im = -1, jm = -1; |
|---|
| 4504 | int count; |
|---|
| 4505 | |
|---|
| 4506 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4507 | { |
|---|
| 4508 | if( eff[i][j] < minscore ) |
|---|
| 4509 | { |
|---|
| 4510 | minscore = eff[i][j]; |
|---|
| 4511 | im = i; jm = j; |
|---|
| 4512 | } |
|---|
| 4513 | } |
|---|
| 4514 | for( i=0, count=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4515 | if( pair[im][i] > 0 ) |
|---|
| 4516 | { |
|---|
| 4517 | topol[k][0][count] = i; |
|---|
| 4518 | count++; |
|---|
| 4519 | } |
|---|
| 4520 | topol[k][0][count] = -1; |
|---|
| 4521 | for( i=0, count=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4522 | if( pair[jm][i] > 0 ) |
|---|
| 4523 | { |
|---|
| 4524 | topol[k][1][count] = i; |
|---|
| 4525 | count++; |
|---|
| 4526 | } |
|---|
| 4527 | topol[k][1][count] = -1; |
|---|
| 4528 | |
|---|
| 4529 | len[k][0] = minscore / 2.0 - tmplen[im]; |
|---|
| 4530 | len[k][1] = minscore / 2.0 - tmplen[jm]; |
|---|
| 4531 | |
|---|
| 4532 | tmplen[im] = minscore / 2.0; |
|---|
| 4533 | |
|---|
| 4534 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[im][i] += ( pair[jm][i] > 0 ); |
|---|
| 4535 | for( i=0; i<nseq; i++ ) pair[jm][i] = 0; |
|---|
| 4536 | |
|---|
| 4537 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4538 | { |
|---|
| 4539 | if( i != im && i != jm ) |
|---|
| 4540 | { |
|---|
| 4541 | eff[MIN(i,im)][MAX(i,im)] = |
|---|
| 4542 | MIN( eff[MIN(i,im)][MAX(i,im)], eff[MIN(i,jm)][MAX(i,jm)] ); |
|---|
| 4543 | eff[MIN(i,jm)][MAX(i,jm)] = 9999.0; |
|---|
| 4544 | } |
|---|
| 4545 | eff[im][jm] = 9999.0; |
|---|
| 4546 | } |
|---|
| 4547 | #if DEBUG |
|---|
| 4548 | printf( "STEP-%03d:\n", k+1 ); |
|---|
| 4549 | printf( "len0 = %f\n", len[k][0] ); |
|---|
| 4550 | for( i=0; topol[k][0][i]>-1; i++ ) printf( " %03d", topol[k][0][i] ); |
|---|
| 4551 | printf( "\n" ); |
|---|
| 4552 | printf( "len1 = %f\n", len[k][1] ); |
|---|
| 4553 | for( i=0; topol[k][1][i]>-1; i++ ) printf( " %03d", topol[k][1][i] ); |
|---|
| 4554 | printf( "\n" ); |
|---|
| 4555 | #endif |
|---|
| 4556 | } |
|---|
| 4557 | } |
|---|
| 4558 | |
|---|
| 4559 | double ipower( double x, int n ) /* n > 0 */ |
|---|
| 4560 | { |
|---|
| 4561 | double r; |
|---|
| 4562 | |
|---|
| 4563 | r = 1; |
|---|
| 4564 | while( n != 0 ) |
|---|
| 4565 | { |
|---|
| 4566 | if( n & 1 ) r *= x; |
|---|
| 4567 | x *= x; n >>= 1; |
|---|
| 4568 | } |
|---|
| 4569 | return( r ); |
|---|
| 4570 | } |
|---|
| 4571 | |
|---|
| 4572 | void countnode( int nseq, int ***topol, double **node ) /* node[j][i] != node[i][j] */ |
|---|
| 4573 | { |
|---|
| 4574 | int i, j, k, s1, s2; |
|---|
| 4575 | static double rootnode[M]; |
|---|
| 4576 | |
|---|
| 4577 | if( nseq-2 < 0 ) |
|---|
| 4578 | { |
|---|
| 4579 | fprintf( stderr, "Too few sequence for countnode: nseq = %d\n", nseq ); |
|---|
| 4580 | exit( 1 ); |
|---|
| 4581 | } |
|---|
| 4582 | |
|---|
| 4583 | for( i=0; i<nseq; i++ ) rootnode[i] = 0; |
|---|
| 4584 | for( i=0; i<nseq-2; i++ ) |
|---|
| 4585 | { |
|---|
| 4586 | for( j=0; topol[i][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4587 | rootnode[topol[i][0][j]]++; |
|---|
| 4588 | for( j=0; topol[i][1][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4589 | rootnode[topol[i][1][j]]++; |
|---|
| 4590 | for( j=0; topol[i][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4591 | { |
|---|
| 4592 | s1 = topol[i][0][j]; |
|---|
| 4593 | for( k=0; topol[i][1][k]>-1; k++ ) |
|---|
| 4594 | { |
|---|
| 4595 | s2 = topol[i][1][k]; |
|---|
| 4596 | node[MIN(s1,s2)][MAX(s1,s2)] = rootnode[s1] + rootnode[s2] - 1; |
|---|
| 4597 | } |
|---|
| 4598 | } |
|---|
| 4599 | } |
|---|
| 4600 | for( j=0; topol[nseq-2][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4601 | { |
|---|
| 4602 | s1 = topol[nseq-2][0][j]; |
|---|
| 4603 | for( k=0; topol[nseq-2][1][k]>-1; k++ ) |
|---|
| 4604 | { |
|---|
| 4605 | s2 = topol[nseq-2][1][k]; |
|---|
| 4606 | node[MIN(s1,s2)][MAX(s1,s2)] = rootnode[s1] + rootnode[s2]; |
|---|
| 4607 | } |
|---|
| 4608 | } |
|---|
| 4609 | } |
|---|
| 4610 | |
|---|
| 4611 | void countnode_int( int nseq, int ***topol, int **node ) /* node[i][j] == node[j][i] */ |
|---|
| 4612 | { |
|---|
| 4613 | int i, j, k, s1, s2; |
|---|
| 4614 | int rootnode[M]; |
|---|
| 4615 | |
|---|
| 4616 | for( i=0; i<nseq; i++ ) rootnode[i] = 0; |
|---|
| 4617 | for( i=0; i<nseq-2; i++ ) |
|---|
| 4618 | { |
|---|
| 4619 | for( j=0; topol[i][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4620 | rootnode[topol[i][0][j]]++; |
|---|
| 4621 | for( j=0; topol[i][1][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4622 | rootnode[topol[i][1][j]]++; |
|---|
| 4623 | for( j=0; topol[i][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4624 | { |
|---|
| 4625 | s1 = topol[i][0][j]; |
|---|
| 4626 | for( k=0; topol[i][1][k]>-1; k++ ) |
|---|
| 4627 | { |
|---|
| 4628 | s2 = topol[i][1][k]; |
|---|
| 4629 | node[MIN(s1,s2)][MAX(s1,s2)] = rootnode[s1] + rootnode[s2] - 1; |
|---|
| 4630 | } |
|---|
| 4631 | } |
|---|
| 4632 | } |
|---|
| 4633 | for( j=0; topol[nseq-2][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4634 | { |
|---|
| 4635 | s1 = topol[nseq-2][0][j]; |
|---|
| 4636 | for( k=0; topol[nseq-2][1][k]>-1; k++ ) |
|---|
| 4637 | { |
|---|
| 4638 | s2 = topol[nseq-2][1][k]; |
|---|
| 4639 | node[MIN(s1,s2)][MAX(s1,s2)] = rootnode[s1] + rootnode[s2]; |
|---|
| 4640 | } |
|---|
| 4641 | } |
|---|
| 4642 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4643 | node[j][i] = node[i][j]; |
|---|
| 4644 | #if DEBUG |
|---|
| 4645 | fprintf( stderr, "node[][] in countnode_int" ); |
|---|
| 4646 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4647 | { |
|---|
| 4648 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4649 | { |
|---|
| 4650 | fprintf( stderr, "%#3d", node[i][j] ); |
|---|
| 4651 | } |
|---|
| 4652 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 4653 | } |
|---|
| 4654 | #endif |
|---|
| 4655 | } |
|---|
| 4656 | |
|---|
| 4657 | void counteff_simple_float( int nseq, int ***topol, float **len, double *node ) |
|---|
| 4658 | { |
|---|
| 4659 | int i, j, s1, s2; |
|---|
| 4660 | double total; |
|---|
| 4661 | static double rootnode[M]; |
|---|
| 4662 | static double eff[M]; |
|---|
| 4663 | |
|---|
| 4664 | #if DEBUG |
|---|
| 4665 | for( i=0; i<nseq; i++ ){ |
|---|
| 4666 | fprintf( stderr, "len0 = %f\n", len[i][0] ); |
|---|
| 4667 | fprintf( stderr, "len1 = %f\n", len[i][1] ); |
|---|
| 4668 | } |
|---|
| 4669 | #endif |
|---|
| 4670 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4671 | { |
|---|
| 4672 | rootnode[i] = 0.0; |
|---|
| 4673 | eff[i] = 1.0; |
|---|
| 4674 | /* |
|---|
| 4675 | rootnode[i] = 1.0; |
|---|
| 4676 | */ |
|---|
| 4677 | } |
|---|
| 4678 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 4679 | { |
|---|
| 4680 | for( j=0; (s1=topol[i][0][j]) > -1; j++ ) |
|---|
| 4681 | { |
|---|
| 4682 | rootnode[s1] += (double)len[i][0] * eff[s1]; |
|---|
| 4683 | eff[s1] *= 0.5; |
|---|
| 4684 | /* |
|---|
| 4685 | rootnode[s1] *= 0.5; |
|---|
| 4686 | */ |
|---|
| 4687 | |
|---|
| 4688 | } |
|---|
| 4689 | for( j=0; (s2=topol[i][1][j]) > -1; j++ ) |
|---|
| 4690 | { |
|---|
| 4691 | rootnode[s2] += (double)len[i][1] * eff[s2]; |
|---|
| 4692 | eff[s2] *= 0.5; |
|---|
| 4693 | /* |
|---|
| 4694 | rootnode[s2] *= 0.5; |
|---|
| 4695 | */ |
|---|
| 4696 | |
|---|
| 4697 | } |
|---|
| 4698 | } |
|---|
| 4699 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4700 | { |
|---|
| 4701 | #if 1 /* 97.9.29 */ |
|---|
| 4702 | rootnode[i] += GETA3; |
|---|
| 4703 | #endif |
|---|
| 4704 | #if 0 |
|---|
| 4705 | fprintf( stderr, "### rootnode for %d = %f\n", i, rootnode[i] ); |
|---|
| 4706 | #endif |
|---|
| 4707 | } |
|---|
| 4708 | #if 1 |
|---|
| 4709 | total = 0.0; |
|---|
| 4710 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4711 | { |
|---|
| 4712 | total += rootnode[i]; |
|---|
| 4713 | } |
|---|
| 4714 | #else |
|---|
| 4715 | total = 1.0; |
|---|
| 4716 | #endif |
|---|
| 4717 | |
|---|
| 4718 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4719 | { |
|---|
| 4720 | node[i] = rootnode[i] / total; |
|---|
| 4721 | } |
|---|
| 4722 | |
|---|
| 4723 | #if 0 |
|---|
| 4724 | fprintf( stderr, "weight array in counteff_simple\n" ); |
|---|
| 4725 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4726 | fprintf( stderr, "%f\n", node[i] ); |
|---|
| 4727 | printf( "\n" ); |
|---|
| 4728 | exit( 1 ); |
|---|
| 4729 | #endif |
|---|
| 4730 | } |
|---|
| 4731 | |
|---|
| 4732 | |
|---|
| 4733 | void counteff_simple_float_nostatic( int nseq, int ***topol, float **len, double *node ) |
|---|
| 4734 | { |
|---|
| 4735 | int i, j, s1, s2; |
|---|
| 4736 | double total; |
|---|
| 4737 | double *rootnode; |
|---|
| 4738 | double *eff; |
|---|
| 4739 | |
|---|
| 4740 | rootnode = AllocateDoubleVec( nseq ); |
|---|
| 4741 | eff = AllocateDoubleVec( nseq ); |
|---|
| 4742 | |
|---|
| 4743 | #if DEBUG |
|---|
| 4744 | for( i=0; i<nseq; i++ ){ |
|---|
| 4745 | fprintf( stderr, "len0 = %f\n", len[i][0] ); |
|---|
| 4746 | fprintf( stderr, "len1 = %f\n", len[i][1] ); |
|---|
| 4747 | } |
|---|
| 4748 | #endif |
|---|
| 4749 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4750 | { |
|---|
| 4751 | rootnode[i] = 0.0; |
|---|
| 4752 | eff[i] = 1.0; |
|---|
| 4753 | /* |
|---|
| 4754 | rootnode[i] = 1.0; |
|---|
| 4755 | */ |
|---|
| 4756 | } |
|---|
| 4757 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 4758 | { |
|---|
| 4759 | for( j=0; (s1=topol[i][0][j]) > -1; j++ ) |
|---|
| 4760 | { |
|---|
| 4761 | rootnode[s1] += (double)len[i][0] * eff[s1]; |
|---|
| 4762 | eff[s1] *= 0.5; |
|---|
| 4763 | /* |
|---|
| 4764 | rootnode[s1] *= 0.5; |
|---|
| 4765 | */ |
|---|
| 4766 | |
|---|
| 4767 | } |
|---|
| 4768 | for( j=0; (s2=topol[i][1][j]) > -1; j++ ) |
|---|
| 4769 | { |
|---|
| 4770 | rootnode[s2] += (double)len[i][1] * eff[s2]; |
|---|
| 4771 | eff[s2] *= 0.5; |
|---|
| 4772 | /* |
|---|
| 4773 | rootnode[s2] *= 0.5; |
|---|
| 4774 | */ |
|---|
| 4775 | |
|---|
| 4776 | } |
|---|
| 4777 | } |
|---|
| 4778 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4779 | { |
|---|
| 4780 | #if 1 /* 97.9.29 */ |
|---|
| 4781 | rootnode[i] += GETA3; |
|---|
| 4782 | #endif |
|---|
| 4783 | #if 0 |
|---|
| 4784 | fprintf( stderr, "### rootnode for %d = %f\n", i, rootnode[i] ); |
|---|
| 4785 | #endif |
|---|
| 4786 | } |
|---|
| 4787 | #if 1 |
|---|
| 4788 | total = 0.0; |
|---|
| 4789 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4790 | { |
|---|
| 4791 | total += rootnode[i]; |
|---|
| 4792 | } |
|---|
| 4793 | #else |
|---|
| 4794 | total = 1.0; |
|---|
| 4795 | #endif |
|---|
| 4796 | |
|---|
| 4797 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4798 | { |
|---|
| 4799 | node[i] = rootnode[i] / total; |
|---|
| 4800 | } |
|---|
| 4801 | |
|---|
| 4802 | #if 0 |
|---|
| 4803 | fprintf( stderr, "weight array in counteff_simple\n" ); |
|---|
| 4804 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4805 | fprintf( stderr, "%f\n", node[i] ); |
|---|
| 4806 | printf( "\n" ); |
|---|
| 4807 | exit( 1 ); |
|---|
| 4808 | #endif |
|---|
| 4809 | free( rootnode ); |
|---|
| 4810 | free( eff ); |
|---|
| 4811 | } |
|---|
| 4812 | |
|---|
| 4813 | void counteff_simple( int nseq, int ***topol, double **len, double *node ) |
|---|
| 4814 | { |
|---|
| 4815 | int i, j, s1, s2; |
|---|
| 4816 | double total; |
|---|
| 4817 | #if 0 |
|---|
| 4818 | static double rootnode[M]; |
|---|
| 4819 | static double eff[M]; |
|---|
| 4820 | #else |
|---|
| 4821 | double *rootnode; |
|---|
| 4822 | double *eff; |
|---|
| 4823 | rootnode = AllocateDoubleVec( nseq ); |
|---|
| 4824 | eff = AllocateDoubleVec( nseq ); |
|---|
| 4825 | #endif |
|---|
| 4826 | |
|---|
| 4827 | #if DEBUG |
|---|
| 4828 | for( i=0; i<nseq; i++ ){ |
|---|
| 4829 | fprintf( stderr, "len0 = %f\n", len[i][0] ); |
|---|
| 4830 | fprintf( stderr, "len1 = %f\n", len[i][1] ); |
|---|
| 4831 | } |
|---|
| 4832 | #endif |
|---|
| 4833 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4834 | { |
|---|
| 4835 | rootnode[i] = 0.0; |
|---|
| 4836 | eff[i] = 1.0; |
|---|
| 4837 | /* |
|---|
| 4838 | rootnode[i] = 1.0; |
|---|
| 4839 | */ |
|---|
| 4840 | } |
|---|
| 4841 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 4842 | { |
|---|
| 4843 | for( j=0; (s1=topol[i][0][j]) > -1; j++ ) |
|---|
| 4844 | { |
|---|
| 4845 | rootnode[s1] += len[i][0] * eff[s1]; |
|---|
| 4846 | eff[s1] *= 0.5; |
|---|
| 4847 | /* |
|---|
| 4848 | rootnode[s1] *= 0.5; |
|---|
| 4849 | */ |
|---|
| 4850 | |
|---|
| 4851 | } |
|---|
| 4852 | for( j=0; (s2=topol[i][1][j]) > -1; j++ ) |
|---|
| 4853 | { |
|---|
| 4854 | rootnode[s2] += len[i][1] * eff[s2]; |
|---|
| 4855 | eff[s2] *= 0.5; |
|---|
| 4856 | /* |
|---|
| 4857 | rootnode[s2] *= 0.5; |
|---|
| 4858 | */ |
|---|
| 4859 | |
|---|
| 4860 | } |
|---|
| 4861 | } |
|---|
| 4862 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4863 | { |
|---|
| 4864 | #if 1 /* 97.9.29 */ |
|---|
| 4865 | rootnode[i] += GETA3; |
|---|
| 4866 | #endif |
|---|
| 4867 | #if 0 |
|---|
| 4868 | fprintf( stderr, "### rootnode for %d = %f\n", i, rootnode[i] ); |
|---|
| 4869 | #endif |
|---|
| 4870 | } |
|---|
| 4871 | #if 1 |
|---|
| 4872 | total = 0.0; |
|---|
| 4873 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4874 | { |
|---|
| 4875 | total += rootnode[i]; |
|---|
| 4876 | } |
|---|
| 4877 | #else |
|---|
| 4878 | total = 1.0; |
|---|
| 4879 | #endif |
|---|
| 4880 | |
|---|
| 4881 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4882 | { |
|---|
| 4883 | node[i] = rootnode[i] / total; |
|---|
| 4884 | } |
|---|
| 4885 | |
|---|
| 4886 | #if 0 |
|---|
| 4887 | fprintf( stderr, "weight array in counteff_simple\n" ); |
|---|
| 4888 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4889 | fprintf( stderr, "%f\n", node[i] ); |
|---|
| 4890 | printf( "\n" ); |
|---|
| 4891 | exit( 1 ); |
|---|
| 4892 | #endif |
|---|
| 4893 | #if 1 |
|---|
| 4894 | free( rootnode ); |
|---|
| 4895 | free( eff ); |
|---|
| 4896 | #endif |
|---|
| 4897 | } |
|---|
| 4898 | |
|---|
| 4899 | |
|---|
| 4900 | void counteff( int nseq, int ***topol, double **len, double **node ) |
|---|
| 4901 | { |
|---|
| 4902 | int i, j, k, s1, s2; |
|---|
| 4903 | double rootnode[M]; |
|---|
| 4904 | double eff[M]; |
|---|
| 4905 | |
|---|
| 4906 | if( mix ) |
|---|
| 4907 | { |
|---|
| 4908 | switch( weight ) |
|---|
| 4909 | { |
|---|
| 4910 | case( 2 ): |
|---|
| 4911 | weight = 3; |
|---|
| 4912 | break; |
|---|
| 4913 | case( 3 ): |
|---|
| 4914 | weight = 2; |
|---|
| 4915 | break; |
|---|
| 4916 | default: |
|---|
| 4917 | ErrorExit( "mix error" ); |
|---|
| 4918 | break; |
|---|
| 4919 | } |
|---|
| 4920 | } |
|---|
| 4921 | |
|---|
| 4922 | if( weight == 2 ) |
|---|
| 4923 | { |
|---|
| 4924 | for( i=0; i<nseq; i++ ) rootnode[i] = 0; |
|---|
| 4925 | for( i=0; i<nseq-2; i++ ) |
|---|
| 4926 | { |
|---|
| 4927 | for( j=0; topol[i][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4928 | rootnode[topol[i][0][j]]++; |
|---|
| 4929 | for( j=0; topol[i][1][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4930 | rootnode[topol[i][1][j]]++; |
|---|
| 4931 | for( j=0; topol[i][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4932 | { |
|---|
| 4933 | s1 = topol[i][0][j]; |
|---|
| 4934 | for( k=0; topol[i][1][k]>-1; k++ ) |
|---|
| 4935 | { |
|---|
| 4936 | s2 = topol[i][1][k]; |
|---|
| 4937 | node[MIN(s1,s2)][MAX(s1,s2)] = rootnode[s1] + rootnode[s2] - 1; |
|---|
| 4938 | } |
|---|
| 4939 | } |
|---|
| 4940 | } |
|---|
| 4941 | for( j=0; topol[nseq-2][0][j]>-1; j++ ) |
|---|
| 4942 | { |
|---|
| 4943 | s1 = topol[nseq-2][0][j]; |
|---|
| 4944 | for( k=0; topol[nseq-2][1][k]>-1; k++ ) |
|---|
| 4945 | { |
|---|
| 4946 | s2 = topol[nseq-2][1][k]; |
|---|
| 4947 | node[MIN(s1,s2)][MAX(s1,s2)] = rootnode[s1] + rootnode[s2]; |
|---|
| 4948 | } |
|---|
| 4949 | } |
|---|
| 4950 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4951 | node[i][j] = ipower( 0.5, (int)node[i][j] ) + geta2; |
|---|
| 4952 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 4953 | node[j][i] = node[i][j]; |
|---|
| 4954 | } |
|---|
| 4955 | |
|---|
| 4956 | if( weight == 3 ) |
|---|
| 4957 | { |
|---|
| 4958 | #if DEBUG |
|---|
| 4959 | for( i=0; i<nseq; i++ ){ |
|---|
| 4960 | fprintf( stderr, "len0 = %f\n", len[i][0] ); |
|---|
| 4961 | fprintf( stderr, "len1 = %f\n", len[i][1] ); |
|---|
| 4962 | } |
|---|
| 4963 | #endif |
|---|
| 4964 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4965 | { |
|---|
| 4966 | rootnode[i] = 0.0; |
|---|
| 4967 | eff[i] = 1.0; |
|---|
| 4968 | /* |
|---|
| 4969 | rootnode[i] = 1.0; |
|---|
| 4970 | */ |
|---|
| 4971 | } |
|---|
| 4972 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 4973 | { |
|---|
| 4974 | for( j=0; (s1=topol[i][0][j]) > -1; j++ ) |
|---|
| 4975 | { |
|---|
| 4976 | rootnode[s1] += len[i][0] * eff[s1]; |
|---|
| 4977 | eff[s1] *= 0.5; |
|---|
| 4978 | /* |
|---|
| 4979 | rootnode[s1] *= 0.5; |
|---|
| 4980 | */ |
|---|
| 4981 | |
|---|
| 4982 | } |
|---|
| 4983 | for( j=0; (s2=topol[i][1][j]) > -1; j++ ) |
|---|
| 4984 | { |
|---|
| 4985 | rootnode[s2] += len[i][1] * eff[s2]; |
|---|
| 4986 | eff[s2] *= 0.5; |
|---|
| 4987 | /* |
|---|
| 4988 | rootnode[s2] *= 0.5; |
|---|
| 4989 | */ |
|---|
| 4990 | |
|---|
| 4991 | } |
|---|
| 4992 | } |
|---|
| 4993 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 4994 | { |
|---|
| 4995 | #if 1 /* 97.9.29 */ |
|---|
| 4996 | rootnode[i] += GETA3; |
|---|
| 4997 | #endif |
|---|
| 4998 | #if DEBUG |
|---|
| 4999 | fprintf( stderr, "rootnode for %d = %f\n", i, rootnode[i] ); |
|---|
| 5000 | #endif |
|---|
| 5001 | } |
|---|
| 5002 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 5003 | { |
|---|
| 5004 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5005 | if( j != i ) |
|---|
| 5006 | node[i][j] = (double)rootnode[i] * rootnode[j]; |
|---|
| 5007 | else node[i][i] = rootnode[i]; |
|---|
| 5008 | } |
|---|
| 5009 | } |
|---|
| 5010 | |
|---|
| 5011 | #if 0 |
|---|
| 5012 | printf( "weight matrix in counteff\n" ); |
|---|
| 5013 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 5014 | { |
|---|
| 5015 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5016 | { |
|---|
| 5017 | printf( "%f ", node[i][j] ); |
|---|
| 5018 | } |
|---|
| 5019 | printf( "\n" ); |
|---|
| 5020 | } |
|---|
| 5021 | #endif |
|---|
| 5022 | } |
|---|
| 5023 | |
|---|
| 5024 | float score_calcp( char *seq1, char *seq2, int len ) |
|---|
| 5025 | { |
|---|
| 5026 | int k; |
|---|
| 5027 | int ms1, ms2; |
|---|
| 5028 | float tmpscore; |
|---|
| 5029 | int len2 = len - 2; |
|---|
| 5030 | |
|---|
| 5031 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 5032 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5033 | { |
|---|
| 5034 | ms1 = (int)seq1[k]; |
|---|
| 5035 | ms2 = (int)seq2[k]; |
|---|
| 5036 | if( ms1 == (int)'-' && ms2 == (int)'-' ) continue; |
|---|
| 5037 | tmpscore += (float)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 5038 | |
|---|
| 5039 | if( ms1 == (int)'-' ) |
|---|
| 5040 | { |
|---|
| 5041 | tmpscore += (float)penalty; |
|---|
| 5042 | tmpscore += (float)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 5043 | while( (ms1=(int)seq1[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 5044 | tmpscore += (float)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 5045 | k--; |
|---|
| 5046 | if( k >len2 ) break; |
|---|
| 5047 | continue; |
|---|
| 5048 | } |
|---|
| 5049 | if( ms2 == (int)'-' ) |
|---|
| 5050 | { |
|---|
| 5051 | tmpscore += (float)penalty; |
|---|
| 5052 | tmpscore += (float)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 5053 | while( (ms2=(int)seq2[++k]) == (int)'-' ) |
|---|
| 5054 | tmpscore += (float)amino_dis[ms1][ms2]; |
|---|
| 5055 | k--; |
|---|
| 5056 | if( k > len2 ) break; |
|---|
| 5057 | continue; |
|---|
| 5058 | } |
|---|
| 5059 | } |
|---|
| 5060 | return( tmpscore ); |
|---|
| 5061 | } |
|---|
| 5062 | |
|---|
| 5063 | float score_calc1( char *seq1, char *seq2 ) /* method 1 */ |
|---|
| 5064 | { |
|---|
| 5065 | int k; |
|---|
| 5066 | float score = 0.0; |
|---|
| 5067 | int count = 0; |
|---|
| 5068 | int len = strlen( seq1 ); |
|---|
| 5069 | |
|---|
| 5070 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5071 | { |
|---|
| 5072 | if( seq1[k] != '-' && seq2[k] != '-' ) |
|---|
| 5073 | { |
|---|
| 5074 | score += (float)amino_dis[(int)seq1[k]][(int)seq2[k]]; |
|---|
| 5075 | count++; |
|---|
| 5076 | } |
|---|
| 5077 | } |
|---|
| 5078 | if( count ) score /= (float)count; |
|---|
| 5079 | else score = 1.0; |
|---|
| 5080 | return( score ); |
|---|
| 5081 | } |
|---|
| 5082 | |
|---|
| 5083 | float substitution_nid( char *seq1, char *seq2 ) |
|---|
| 5084 | { |
|---|
| 5085 | int k; |
|---|
| 5086 | float s12; |
|---|
| 5087 | int len = strlen( seq1 ); |
|---|
| 5088 | |
|---|
| 5089 | s12 = 0.0; |
|---|
| 5090 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5091 | if( seq1[k] != '-' && seq2[k] != '-' ) |
|---|
| 5092 | s12 += ( seq1[k] == seq2[k] ); |
|---|
| 5093 | |
|---|
| 5094 | // fprintf( stdout, "s12 = %f\n", s12 ); |
|---|
| 5095 | return( s12 ); |
|---|
| 5096 | } |
|---|
| 5097 | |
|---|
| 5098 | float substitution_score( char *seq1, char *seq2 ) |
|---|
| 5099 | { |
|---|
| 5100 | int k; |
|---|
| 5101 | float s12; |
|---|
| 5102 | int len = strlen( seq1 ); |
|---|
| 5103 | |
|---|
| 5104 | s12 = 0.0; |
|---|
| 5105 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5106 | if( seq1[k] != '-' && seq2[k] != '-' ) |
|---|
| 5107 | s12 += amino_dis[(int)seq1[k]][(int)seq2[k]]; |
|---|
| 5108 | |
|---|
| 5109 | // fprintf( stdout, "s12 = %f\n", s12 ); |
|---|
| 5110 | return( s12 ); |
|---|
| 5111 | } |
|---|
| 5112 | |
|---|
| 5113 | float substitution_hosei( char *seq1, char *seq2 ) /* method 1 */ |
|---|
| 5114 | #if 0 |
|---|
| 5115 | { |
|---|
| 5116 | int k; |
|---|
| 5117 | float score = 0.0; |
|---|
| 5118 | int count = 0; |
|---|
| 5119 | int len = strlen( seq1 ); |
|---|
| 5120 | |
|---|
| 5121 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5122 | { |
|---|
| 5123 | if( seq1[k] != '-' && seq2[k] != '-' ) |
|---|
| 5124 | { |
|---|
| 5125 | score += (float)( seq1[k] != seq2[k] ); |
|---|
| 5126 | count++; |
|---|
| 5127 | } |
|---|
| 5128 | } |
|---|
| 5129 | if( count ) score /= (float)count; |
|---|
| 5130 | else score = 1.0; |
|---|
| 5131 | if( score < 0.95 ) score = - log( 1.0 - score ); |
|---|
| 5132 | else score = 3.0; |
|---|
| 5133 | return( score ); |
|---|
| 5134 | } |
|---|
| 5135 | #else |
|---|
| 5136 | { |
|---|
| 5137 | int count = 0; |
|---|
| 5138 | float score; |
|---|
| 5139 | int iscore = 0; |
|---|
| 5140 | char s1, s2; |
|---|
| 5141 | |
|---|
| 5142 | while( (s1=*seq1++) ) |
|---|
| 5143 | { |
|---|
| 5144 | s2 = *seq2++; |
|---|
| 5145 | if( s1 == '-' ) continue; |
|---|
| 5146 | if( s2 == '-' ) continue; |
|---|
| 5147 | iscore += ( s1 != s2 ); |
|---|
| 5148 | count++; |
|---|
| 5149 | } |
|---|
| 5150 | if( count ) score = (float)iscore / count; |
|---|
| 5151 | else score = 1.0; |
|---|
| 5152 | if( score < 0.95 ) score = - log( 1.0 - score ); |
|---|
| 5153 | else score = 3.0; |
|---|
| 5154 | return( score ); |
|---|
| 5155 | } |
|---|
| 5156 | #endif |
|---|
| 5157 | |
|---|
| 5158 | float substitution( char *seq1, char *seq2 ) /* method 1 */ |
|---|
| 5159 | { |
|---|
| 5160 | int k; |
|---|
| 5161 | float score = 0.0; |
|---|
| 5162 | int count = 0; |
|---|
| 5163 | int len = strlen( seq1 ); |
|---|
| 5164 | |
|---|
| 5165 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5166 | { |
|---|
| 5167 | if( seq1[k] != '-' && seq2[k] != '-' ) |
|---|
| 5168 | { |
|---|
| 5169 | score += (float)( seq1[k] != seq2[k] ); |
|---|
| 5170 | count++; |
|---|
| 5171 | } |
|---|
| 5172 | } |
|---|
| 5173 | if( count ) score /= (float)count; |
|---|
| 5174 | else score = 1.0; |
|---|
| 5175 | return( score ); |
|---|
| 5176 | } |
|---|
| 5177 | |
|---|
| 5178 | |
|---|
| 5179 | void treeconstruction( char **seq, int nseq, int ***topol, double **len, double **eff ) |
|---|
| 5180 | { |
|---|
| 5181 | int i, j; |
|---|
| 5182 | |
|---|
| 5183 | if( weight > 1 ) |
|---|
| 5184 | { |
|---|
| 5185 | if( utree == 0 ) |
|---|
| 5186 | { |
|---|
| 5187 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5188 | { |
|---|
| 5189 | /* |
|---|
| 5190 | eff[i][j] = (double)score_calc1( seq[i], seq[j] ); |
|---|
| 5191 | */ |
|---|
| 5192 | eff[i][j] = (double)substitution_hosei( seq[i], seq[j] ); |
|---|
| 5193 | /* |
|---|
| 5194 | fprintf( stderr, "%f\n", eff[i][j] ); |
|---|
| 5195 | */ |
|---|
| 5196 | } |
|---|
| 5197 | /* |
|---|
| 5198 | fprintf( stderr, "distance matrix\n" ); |
|---|
| 5199 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 5200 | { |
|---|
| 5201 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5202 | { |
|---|
| 5203 | fprintf( stderr, "%f ", eff[i][j] ); |
|---|
| 5204 | } |
|---|
| 5205 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 5206 | } |
|---|
| 5207 | */ |
|---|
| 5208 | /* |
|---|
| 5209 | upg( nseq, eff, topol, len ); |
|---|
| 5210 | upg2( nseq, eff, topol, len ); |
|---|
| 5211 | */ |
|---|
| 5212 | spg( nseq, eff, topol, len ); |
|---|
| 5213 | counteff( nseq, topol, len, eff ); |
|---|
| 5214 | } |
|---|
| 5215 | } |
|---|
| 5216 | else |
|---|
| 5217 | { |
|---|
| 5218 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5219 | eff[i][j] = 1.0; |
|---|
| 5220 | } |
|---|
| 5221 | /* |
|---|
| 5222 | fprintf( stderr, "weight matrix\n" ); |
|---|
| 5223 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 5224 | { |
|---|
| 5225 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5226 | { |
|---|
| 5227 | fprintf( stderr, "%f ", eff[i][j] ); |
|---|
| 5228 | } |
|---|
| 5229 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 5230 | } |
|---|
| 5231 | */ |
|---|
| 5232 | } |
|---|
| 5233 | |
|---|
| 5234 | float bscore_calc( char **seq, int s, double **eff ) /* algorithm B */ |
|---|
| 5235 | { |
|---|
| 5236 | int i, j, k; |
|---|
| 5237 | int gb1, gb2, gc1, gc2; |
|---|
| 5238 | int cob; |
|---|
| 5239 | int nglen; |
|---|
| 5240 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5241 | long score; |
|---|
| 5242 | |
|---|
| 5243 | score = 0; |
|---|
| 5244 | nglen = 0; |
|---|
| 5245 | for( i=0; i<s-1; i++ ) for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 5246 | { |
|---|
| 5247 | double efficient = eff[i][j]; |
|---|
| 5248 | |
|---|
| 5249 | gc1 = 0; |
|---|
| 5250 | gc2 = 0; |
|---|
| 5251 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5252 | { |
|---|
| 5253 | gb1 = gc1; |
|---|
| 5254 | gb2 = gc2; |
|---|
| 5255 | |
|---|
| 5256 | gc1 = ( seq[i][k] == '-' ); |
|---|
| 5257 | gc2 = ( seq[j][k] == '-' ); |
|---|
| 5258 | |
|---|
| 5259 | cob = |
|---|
| 5260 | !gb1 * gc1 |
|---|
| 5261 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5262 | |
|---|
| 5263 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5264 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5265 | |
|---|
| 5266 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5267 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5268 | |
|---|
| 5269 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5270 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5271 | |
|---|
| 5272 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5273 | * gb2 * gc2 *BEFF |
|---|
| 5274 | |
|---|
| 5275 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5276 | * gb2 * !gc2 *BEFF |
|---|
| 5277 | ; |
|---|
| 5278 | score += (long)cob * penalty * efficient; |
|---|
| 5279 | score += (long)amino_dis[(int)seq[i][k]][(int)seq[j][k]] * efficient; |
|---|
| 5280 | nglen += ( !gc1 * !gc2 ); |
|---|
| 5281 | } |
|---|
| 5282 | } |
|---|
| 5283 | return( (float)score / nglen + 400.0 * !scoremtx ); |
|---|
| 5284 | } |
|---|
| 5285 | |
|---|
| 5286 | void AllocateTmpSeqs( char ***mseq2pt, char **mseq1pt, int locnlenmax ) |
|---|
| 5287 | { |
|---|
| 5288 | *mseq2pt = AllocateCharMtx( njob, locnlenmax+1 ); |
|---|
| 5289 | *mseq1pt = AllocateCharVec( locnlenmax+1 ); |
|---|
| 5290 | } |
|---|
| 5291 | |
|---|
| 5292 | void FreeTmpSeqs( char **mseq2, char *mseq1 ) |
|---|
| 5293 | { |
|---|
| 5294 | FreeCharMtx( mseq2 ); |
|---|
| 5295 | free( (char *)mseq1 ); |
|---|
| 5296 | } |
|---|
| 5297 | |
|---|
| 5298 | |
|---|
| 5299 | void gappick0( char *aseq, char *seq ) |
|---|
| 5300 | { |
|---|
| 5301 | for( ; *seq != 0; seq++ ) |
|---|
| 5302 | { |
|---|
| 5303 | if( *seq != '-' ) |
|---|
| 5304 | *aseq++ = *seq; |
|---|
| 5305 | } |
|---|
| 5306 | *aseq = 0; |
|---|
| 5307 | |
|---|
| 5308 | } |
|---|
| 5309 | |
|---|
| 5310 | void gappick( int nseq, int s, char **aseq, char **mseq2, |
|---|
| 5311 | double **eff, double *effarr ) |
|---|
| 5312 | { |
|---|
| 5313 | int i, j, count, countjob, len, allgap; |
|---|
| 5314 | len = strlen( aseq[0] ); |
|---|
| 5315 | for( i=0, count=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 5316 | { |
|---|
| 5317 | allgap = 1; |
|---|
| 5318 | for( j=0; j<nseq; j++ ) if( j != s ) allgap *= ( aseq[j][i] == '-' ); |
|---|
| 5319 | if( allgap == 0 ) |
|---|
| 5320 | { |
|---|
| 5321 | for( j=0, countjob=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5322 | { |
|---|
| 5323 | if( j != s ) |
|---|
| 5324 | { |
|---|
| 5325 | mseq2[countjob][count] = aseq[j][i]; |
|---|
| 5326 | countjob++; |
|---|
| 5327 | } |
|---|
| 5328 | } |
|---|
| 5329 | count++; |
|---|
| 5330 | } |
|---|
| 5331 | } |
|---|
| 5332 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) mseq2[i][count] = 0; |
|---|
| 5333 | |
|---|
| 5334 | for( i=0, countjob=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 5335 | { |
|---|
| 5336 | if( i != s ) |
|---|
| 5337 | { |
|---|
| 5338 | effarr[countjob] = eff[s][i]; |
|---|
| 5339 | countjob++; |
|---|
| 5340 | } |
|---|
| 5341 | } |
|---|
| 5342 | /* |
|---|
| 5343 | fprintf( stdout, "effarr in gappick s = %d\n", s+1 ); |
|---|
| 5344 | for( i=0; i<countjob; i++ ) |
|---|
| 5345 | fprintf( stdout, " %f", effarr[i] ); |
|---|
| 5346 | printf( "\n" ); |
|---|
| 5347 | */ |
|---|
| 5348 | } |
|---|
| 5349 | |
|---|
| 5350 | void commongappick_record( int nseq, char **seq, int *map ) |
|---|
| 5351 | { |
|---|
| 5352 | int i, j, count; |
|---|
| 5353 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5354 | |
|---|
| 5355 | |
|---|
| 5356 | for( i=0, count=0; i<=len; i++ ) |
|---|
| 5357 | { |
|---|
| 5358 | /* |
|---|
| 5359 | allgap = 1; |
|---|
| 5360 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5361 | allgap *= ( seq[j][i] == '-' ); |
|---|
| 5362 | if( !allgap ) |
|---|
| 5363 | */ |
|---|
| 5364 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5365 | if( seq[j][i] != '-' ) break; |
|---|
| 5366 | if( j != nseq ) |
|---|
| 5367 | { |
|---|
| 5368 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5369 | { |
|---|
| 5370 | seq[j][count] = seq[j][i]; |
|---|
| 5371 | } |
|---|
| 5372 | map[count] = i; |
|---|
| 5373 | count++; |
|---|
| 5374 | } |
|---|
| 5375 | } |
|---|
| 5376 | } |
|---|
| 5377 | |
|---|
| 5378 | void commongappick( int nseq, char **seq ) |
|---|
| 5379 | { |
|---|
| 5380 | int i, j, count; |
|---|
| 5381 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5382 | |
|---|
| 5383 | for( i=0, count=0; i<=len; i++ ) |
|---|
| 5384 | { |
|---|
| 5385 | /* |
|---|
| 5386 | allgap = 1; |
|---|
| 5387 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5388 | allgap *= ( seq[j][i] == '-' ); |
|---|
| 5389 | if( !allgap ) |
|---|
| 5390 | */ |
|---|
| 5391 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5392 | if( seq[j][i] != '-' ) break; |
|---|
| 5393 | if( j != nseq ) |
|---|
| 5394 | { |
|---|
| 5395 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5396 | { |
|---|
| 5397 | seq[j][count] = seq[j][i]; |
|---|
| 5398 | } |
|---|
| 5399 | count++; |
|---|
| 5400 | } |
|---|
| 5401 | } |
|---|
| 5402 | } |
|---|
| 5403 | |
|---|
| 5404 | double score_calc0( char **seq, int s, double **eff, int ex ) |
|---|
| 5405 | { |
|---|
| 5406 | double tmp; |
|---|
| 5407 | |
|---|
| 5408 | if( scmtd == 4 ) tmp = score_calc4( seq, s, eff, ex ); |
|---|
| 5409 | if( scmtd == 5 ) tmp = score_calc5( seq, s, eff, ex ); |
|---|
| 5410 | else tmp = score_calc5( seq, s, eff, ex ); |
|---|
| 5411 | |
|---|
| 5412 | return( tmp ); |
|---|
| 5413 | |
|---|
| 5414 | } |
|---|
| 5415 | |
|---|
| 5416 | /* |
|---|
| 5417 | float score_m_1( char **seq, int ex, double **eff ) |
|---|
| 5418 | { |
|---|
| 5419 | int i, j, k; |
|---|
| 5420 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5421 | int gb1, gb2, gc1, gc2; |
|---|
| 5422 | int cob; |
|---|
| 5423 | int nglen; |
|---|
| 5424 | double score; |
|---|
| 5425 | |
|---|
| 5426 | score = 0.0; |
|---|
| 5427 | nglen = 0; |
|---|
| 5428 | for( i=0; i<njob; i++ ) |
|---|
| 5429 | { |
|---|
| 5430 | double efficient = eff[MIN(i,ex)][MAX(i,ex)]; |
|---|
| 5431 | if( i == ex ) continue; |
|---|
| 5432 | |
|---|
| 5433 | gc1 = 0; |
|---|
| 5434 | gc2 = 0; |
|---|
| 5435 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5436 | { |
|---|
| 5437 | gb1 = gc1; |
|---|
| 5438 | gb2 = gc2; |
|---|
| 5439 | |
|---|
| 5440 | gc1 = ( seq[i][k] == '-' ); |
|---|
| 5441 | gc2 = ( seq[ex][k] == '-' ); |
|---|
| 5442 | |
|---|
| 5443 | cob = |
|---|
| 5444 | !gb1 * gc1 |
|---|
| 5445 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5446 | |
|---|
| 5447 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5448 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5449 | |
|---|
| 5450 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5451 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5452 | |
|---|
| 5453 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5454 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5455 | |
|---|
| 5456 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5457 | * gb2 * gc2 *BEFF |
|---|
| 5458 | |
|---|
| 5459 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5460 | * gb2 * !gc2 *BEFF |
|---|
| 5461 | ; |
|---|
| 5462 | score += (double)cob * penalty * efficient; |
|---|
| 5463 | score += (double)amino_dis[seq[i][k]][seq[ex][k]] * efficient; |
|---|
| 5464 | * |
|---|
| 5465 | nglen += ( !gc1 * !gc2 ); |
|---|
| 5466 | * |
|---|
| 5467 | if( !gc1 && !gc2 ) fprintf( stdout, "%f\n", score ); |
|---|
| 5468 | } |
|---|
| 5469 | } |
|---|
| 5470 | return( (float)score / nglen + 400.0 * !scoremtx ); |
|---|
| 5471 | } |
|---|
| 5472 | */ |
|---|
| 5473 | |
|---|
| 5474 | #if 0 |
|---|
| 5475 | void sitescore( char **seq, double **eff, char sco1[], char sco2[], char sco3[] ) |
|---|
| 5476 | { |
|---|
| 5477 | int i, j, k; |
|---|
| 5478 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5479 | double tmp; |
|---|
| 5480 | double count; |
|---|
| 5481 | int ch; |
|---|
| 5482 | double sco[N]; |
|---|
| 5483 | |
|---|
| 5484 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 5485 | { |
|---|
| 5486 | tmp = 0.0; count = 0; |
|---|
| 5487 | for( j=0; j<njob-1; j++ ) for( k=j+1; k<njob; k++ ) |
|---|
| 5488 | { |
|---|
| 5489 | /* |
|---|
| 5490 | if( seq[j][i] != '-' && seq[k][i] != '-' ) |
|---|
| 5491 | */ |
|---|
| 5492 | { |
|---|
| 5493 | tmp += amino_dis[seq[j][i]][seq[k][i]] + 400 * !scoremtx; |
|---|
| 5494 | count++; |
|---|
| 5495 | } |
|---|
| 5496 | } |
|---|
| 5497 | if( count > 0.0 ) tmp /= count; |
|---|
| 5498 | else( tmp = 0.0 ); |
|---|
| 5499 | ch = (int)( tmp/100.0 - 0.000001 ); |
|---|
| 5500 | sprintf( sco1+i, "%c", ch+0x61 ); |
|---|
| 5501 | } |
|---|
| 5502 | sco1[len] = 0; |
|---|
| 5503 | |
|---|
| 5504 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 5505 | { |
|---|
| 5506 | tmp = 0.0; count = 0; |
|---|
| 5507 | for( j=0; j<njob-1; j++ ) for( k=j+1; k<njob; k++ ) |
|---|
| 5508 | { |
|---|
| 5509 | /* |
|---|
| 5510 | if( seq[j][i] != '-' && seq[k][i] != '-' ) |
|---|
| 5511 | */ |
|---|
| 5512 | { |
|---|
| 5513 | tmp += eff[j][k] * ( amino_dis[seq[j][i]][seq[k][i]] + 400 * !scoremtx ); |
|---|
| 5514 | count += eff[j][k]; |
|---|
| 5515 | } |
|---|
| 5516 | } |
|---|
| 5517 | if( count > 0.0 ) tmp /= count; |
|---|
| 5518 | else( tmp = 0.0 ); |
|---|
| 5519 | tmp = ( tmp - 400 * !scoremtx ) * 2; |
|---|
| 5520 | if( tmp < 0 ) tmp = 0; |
|---|
| 5521 | ch = (int)( tmp/100.0 - 0.000001 ); |
|---|
| 5522 | sprintf( sco2+i, "%c", ch+0x61 ); |
|---|
| 5523 | sco[i] = tmp; |
|---|
| 5524 | } |
|---|
| 5525 | sco2[len] = 0; |
|---|
| 5526 | |
|---|
| 5527 | for( i=WIN; i<len-WIN; i++ ) |
|---|
| 5528 | { |
|---|
| 5529 | tmp = 0.0; |
|---|
| 5530 | for( j=i-WIN; j<=i+WIN; j++ ) |
|---|
| 5531 | { |
|---|
| 5532 | tmp += sco[j]; |
|---|
| 5533 | } |
|---|
| 5534 | for( j=0; j<njob; j++ ) |
|---|
| 5535 | { |
|---|
| 5536 | if( seq[j][i] == '-' ) |
|---|
| 5537 | { |
|---|
| 5538 | tmp = 0.0; |
|---|
| 5539 | break; |
|---|
| 5540 | } |
|---|
| 5541 | } |
|---|
| 5542 | tmp /= WIN * 2 + 1; |
|---|
| 5543 | ch = (int)( tmp/100.0 - 0.0000001 ); |
|---|
| 5544 | sprintf( sco3+i, "%c", ch+0x61 ); |
|---|
| 5545 | } |
|---|
| 5546 | for( i=0; i<WIN; i++ ) sco3[i] = '-'; |
|---|
| 5547 | for( i=len-WIN; i<len; i++ ) sco3[i] = '-'; |
|---|
| 5548 | sco3[len] = 0; |
|---|
| 5549 | } |
|---|
| 5550 | #endif |
|---|
| 5551 | |
|---|
| 5552 | void strins( char *str1, char *str2 ) |
|---|
| 5553 | { |
|---|
| 5554 | char *bk; |
|---|
| 5555 | int len1 = strlen( str1 ); |
|---|
| 5556 | int len2 = strlen( str2 ); |
|---|
| 5557 | |
|---|
| 5558 | bk = str2; |
|---|
| 5559 | str2 += len1+len2; |
|---|
| 5560 | str1 += len1-1; |
|---|
| 5561 | |
|---|
| 5562 | while( str2 >= bk+len1 ) { *str2 = *(str2-len1); str2--;} // by D.Mathog |
|---|
| 5563 | while( str2 >= bk ) { *str2-- = *str1--; } |
|---|
| 5564 | } |
|---|
| 5565 | |
|---|
| 5566 | int isaligned( int nseq, char **seq ) |
|---|
| 5567 | { |
|---|
| 5568 | int i; |
|---|
| 5569 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5570 | for( i=1; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 5571 | { |
|---|
| 5572 | if( strlen( seq[i] ) != len ) return( 0 ); |
|---|
| 5573 | } |
|---|
| 5574 | return( 1 ); |
|---|
| 5575 | } |
|---|
| 5576 | |
|---|
| 5577 | double score_calc_for_score( int nseq, char **seq ) |
|---|
| 5578 | { |
|---|
| 5579 | int i, j, k, c; |
|---|
| 5580 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5581 | double score; |
|---|
| 5582 | double tmpscore; |
|---|
| 5583 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 5584 | |
|---|
| 5585 | score = 0.0; |
|---|
| 5586 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 5587 | { |
|---|
| 5588 | for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 5589 | { |
|---|
| 5590 | mseq1 = seq[i]; |
|---|
| 5591 | mseq2 = seq[j]; |
|---|
| 5592 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 5593 | c = 0; |
|---|
| 5594 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5595 | { |
|---|
| 5596 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 5597 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 5598 | c++; |
|---|
| 5599 | if( mseq1[k] == '-' ) |
|---|
| 5600 | { |
|---|
| 5601 | tmpscore += penalty - n_dis[0][24]; |
|---|
| 5602 | while( mseq1[++k] == '-' ) |
|---|
| 5603 | ; |
|---|
| 5604 | k--; |
|---|
| 5605 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 5606 | continue; |
|---|
| 5607 | } |
|---|
| 5608 | if( mseq2[k] == '-' ) |
|---|
| 5609 | { |
|---|
| 5610 | tmpscore += penalty - n_dis[0][24]; |
|---|
| 5611 | while( mseq2[++k] == '-' ) |
|---|
| 5612 | ; |
|---|
| 5613 | k--; |
|---|
| 5614 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 5615 | continue; |
|---|
| 5616 | } |
|---|
| 5617 | } |
|---|
| 5618 | score += (double)tmpscore / (double)c; |
|---|
| 5619 | #if DEBUG |
|---|
| 5620 | printf( "tmpscore in mltaln9.c = %f\n", tmpscore ); |
|---|
| 5621 | printf( "tmpscore / c = %f\n", tmpscore/(double)c ); |
|---|
| 5622 | #endif |
|---|
| 5623 | } |
|---|
| 5624 | } |
|---|
| 5625 | fprintf( stderr, "raw score = %f\n", score ); |
|---|
| 5626 | score /= (double)nseq * ( nseq-1.0 ) / 2.0; |
|---|
| 5627 | score += 400.0; |
|---|
| 5628 | #if DEBUG |
|---|
| 5629 | printf( "score in mltaln9.c = %f\n", score ); |
|---|
| 5630 | #endif |
|---|
| 5631 | return( (double)score ); |
|---|
| 5632 | } |
|---|
| 5633 | |
|---|
| 5634 | void floatncpy( float *vec1, float *vec2, int len ) |
|---|
| 5635 | { |
|---|
| 5636 | while( len-- ) |
|---|
| 5637 | *vec1++ = *vec2++; |
|---|
| 5638 | } |
|---|
| 5639 | |
|---|
| 5640 | float score_calc_a( char **seq, int s, double **eff ) /* algorithm A+ */ |
|---|
| 5641 | { |
|---|
| 5642 | int i, j, k; |
|---|
| 5643 | int gb1, gb2, gc1, gc2; |
|---|
| 5644 | int cob; |
|---|
| 5645 | int nglen; |
|---|
| 5646 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5647 | float score; |
|---|
| 5648 | |
|---|
| 5649 | score = 0; |
|---|
| 5650 | nglen = 0; |
|---|
| 5651 | for( i=0; i<s-1; i++ ) for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 5652 | { |
|---|
| 5653 | double efficient = eff[i][j]; |
|---|
| 5654 | |
|---|
| 5655 | gc1 = 0; |
|---|
| 5656 | gc2 = 0; |
|---|
| 5657 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5658 | { |
|---|
| 5659 | gb1 = gc1; |
|---|
| 5660 | gb2 = gc2; |
|---|
| 5661 | |
|---|
| 5662 | gc1 = ( seq[i][k] == '-' ); |
|---|
| 5663 | gc2 = ( seq[j][k] == '-' ); |
|---|
| 5664 | |
|---|
| 5665 | cob = |
|---|
| 5666 | !gb1 * gc1 |
|---|
| 5667 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5668 | |
|---|
| 5669 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5670 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5671 | |
|---|
| 5672 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5673 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5674 | |
|---|
| 5675 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5676 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5677 | |
|---|
| 5678 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5679 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5680 | |
|---|
| 5681 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5682 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5683 | |
|---|
| 5684 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5685 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5686 | |
|---|
| 5687 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5688 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5689 | |
|---|
| 5690 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5691 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5692 | |
|---|
| 5693 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5694 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5695 | ; |
|---|
| 5696 | score += 0.5 * (float)cob * penalty * efficient; |
|---|
| 5697 | score += (float)amino_dis[(int)seq[i][k]][(int)seq[j][k]] * (float)efficient; |
|---|
| 5698 | nglen += ( !gc1 * !gc2 ); |
|---|
| 5699 | } |
|---|
| 5700 | } |
|---|
| 5701 | return( (float)score / nglen + 400.0 * !scoremtx ); |
|---|
| 5702 | } |
|---|
| 5703 | |
|---|
| 5704 | |
|---|
| 5705 | float score_calc_s( char **seq, int s, double **eff ) /* algorithm S, not used */ |
|---|
| 5706 | { |
|---|
| 5707 | int i, j, k; |
|---|
| 5708 | int gb1, gb2, gc1, gc2; |
|---|
| 5709 | int cob; |
|---|
| 5710 | int nglen; |
|---|
| 5711 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5712 | float score; |
|---|
| 5713 | |
|---|
| 5714 | score = 0; |
|---|
| 5715 | nglen = 0; |
|---|
| 5716 | for( i=0; i<s-1; i++ ) for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 5717 | { |
|---|
| 5718 | double efficient = eff[i][j]; |
|---|
| 5719 | |
|---|
| 5720 | gc1 = 0; |
|---|
| 5721 | gc2 = 0; |
|---|
| 5722 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5723 | { |
|---|
| 5724 | gb1 = gc1; |
|---|
| 5725 | gb2 = gc2; |
|---|
| 5726 | |
|---|
| 5727 | gc1 = ( seq[i][k] == '-' ); |
|---|
| 5728 | gc2 = ( seq[j][k] == '-' ); |
|---|
| 5729 | |
|---|
| 5730 | cob = |
|---|
| 5731 | !gb1 * gc1 |
|---|
| 5732 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5733 | |
|---|
| 5734 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5735 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5736 | |
|---|
| 5737 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5738 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5739 | |
|---|
| 5740 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5741 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5742 | |
|---|
| 5743 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5744 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5745 | |
|---|
| 5746 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5747 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5748 | |
|---|
| 5749 | #if 0 |
|---|
| 5750 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5751 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5752 | |
|---|
| 5753 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5754 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5755 | |
|---|
| 5756 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5757 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5758 | |
|---|
| 5759 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5760 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5761 | #endif |
|---|
| 5762 | ; |
|---|
| 5763 | score += 0.5 * (float)cob * penalty * efficient; |
|---|
| 5764 | score += (float)amino_dis[(int)seq[i][k]][(int)seq[j][k]] * (float)efficient; |
|---|
| 5765 | nglen += ( !gc1 * !gc2 ); |
|---|
| 5766 | } |
|---|
| 5767 | } |
|---|
| 5768 | return( (float)score / nglen + 400.0 ); |
|---|
| 5769 | } |
|---|
| 5770 | |
|---|
| 5771 | double score_calc_for_score_s( int s, char **seq ) /* algorithm S */ |
|---|
| 5772 | { |
|---|
| 5773 | int i, j, k; |
|---|
| 5774 | int gb1, gb2, gc1, gc2; |
|---|
| 5775 | int cob; |
|---|
| 5776 | int nglen; |
|---|
| 5777 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5778 | float score; |
|---|
| 5779 | |
|---|
| 5780 | score = 0; |
|---|
| 5781 | nglen = 0; |
|---|
| 5782 | for( i=0; i<s-1; i++ ) for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 5783 | { |
|---|
| 5784 | |
|---|
| 5785 | gc1 = 0; |
|---|
| 5786 | gc2 = 0; |
|---|
| 5787 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5788 | { |
|---|
| 5789 | gb1 = gc1; |
|---|
| 5790 | gb2 = gc2; |
|---|
| 5791 | |
|---|
| 5792 | gc1 = ( seq[i][k] == '-' ); |
|---|
| 5793 | gc2 = ( seq[j][k] == '-' ); |
|---|
| 5794 | |
|---|
| 5795 | cob = |
|---|
| 5796 | !gb1 * gc1 |
|---|
| 5797 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5798 | |
|---|
| 5799 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5800 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5801 | |
|---|
| 5802 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5803 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5804 | |
|---|
| 5805 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5806 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5807 | |
|---|
| 5808 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5809 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5810 | |
|---|
| 5811 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5812 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5813 | |
|---|
| 5814 | #if 0 |
|---|
| 5815 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5816 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5817 | |
|---|
| 5818 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5819 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5820 | |
|---|
| 5821 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5822 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5823 | |
|---|
| 5824 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5825 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5826 | #endif |
|---|
| 5827 | ; |
|---|
| 5828 | score += 0.5 * (float)cob * penalty; |
|---|
| 5829 | score += (float)amino_dis[(int)seq[i][k]][(int)seq[j][k]]; |
|---|
| 5830 | nglen += ( !gc1 * !gc2 ); |
|---|
| 5831 | } |
|---|
| 5832 | #if 0 |
|---|
| 5833 | fprintf( stderr, "i = %d, j=%d\n", i+1, j+1 ); |
|---|
| 5834 | fprintf( stderr, "score = %f\n", score ); |
|---|
| 5835 | #endif |
|---|
| 5836 | } |
|---|
| 5837 | return( (double)score / nglen + 400.0 ); |
|---|
| 5838 | } |
|---|
| 5839 | |
|---|
| 5840 | double SSPscore___( int s, char **seq, int ex ) /* algorithm S */ |
|---|
| 5841 | { |
|---|
| 5842 | int i, j, k; |
|---|
| 5843 | int gb1, gb2, gc1, gc2; |
|---|
| 5844 | int cob; |
|---|
| 5845 | int nglen; |
|---|
| 5846 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5847 | float score; |
|---|
| 5848 | |
|---|
| 5849 | score = 0; |
|---|
| 5850 | nglen = 0; |
|---|
| 5851 | i=ex; for( j=0; j<s; j++ ) |
|---|
| 5852 | { |
|---|
| 5853 | |
|---|
| 5854 | if( j == ex ) continue; |
|---|
| 5855 | |
|---|
| 5856 | gc1 = 0; |
|---|
| 5857 | gc2 = 0; |
|---|
| 5858 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5859 | { |
|---|
| 5860 | gb1 = gc1; |
|---|
| 5861 | gb2 = gc2; |
|---|
| 5862 | |
|---|
| 5863 | gc1 = ( seq[i][k] == '-' ); |
|---|
| 5864 | gc2 = ( seq[j][k] == '-' ); |
|---|
| 5865 | |
|---|
| 5866 | cob = |
|---|
| 5867 | !gb1 * gc1 |
|---|
| 5868 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5869 | |
|---|
| 5870 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5871 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5872 | |
|---|
| 5873 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5874 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5875 | |
|---|
| 5876 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5877 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5878 | |
|---|
| 5879 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5880 | * gb2 * !gc2 * 2.0 |
|---|
| 5881 | |
|---|
| 5882 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5883 | * !gb2 * gc2 * 2.0 |
|---|
| 5884 | |
|---|
| 5885 | #if 0 |
|---|
| 5886 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5887 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5888 | |
|---|
| 5889 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5890 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5891 | |
|---|
| 5892 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5893 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5894 | |
|---|
| 5895 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5896 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5897 | #endif |
|---|
| 5898 | ; |
|---|
| 5899 | score += 0.5 * (float)cob * penalty; |
|---|
| 5900 | score += (float)amino_dis[(int)seq[i][k]][(int)seq[j][k]]; |
|---|
| 5901 | nglen += ( !gc1 * !gc2 ); /* tsukawanai */ |
|---|
| 5902 | } |
|---|
| 5903 | #if 0 |
|---|
| 5904 | fprintf( stderr, "i = %d, j=%d\n", i+1, j+1 ); |
|---|
| 5905 | fprintf( stderr, "score = %f\n", score ); |
|---|
| 5906 | #endif |
|---|
| 5907 | } |
|---|
| 5908 | return( (double)score ); |
|---|
| 5909 | } |
|---|
| 5910 | |
|---|
| 5911 | double SSPscore( int s, char **seq ) /* algorithm S */ |
|---|
| 5912 | { |
|---|
| 5913 | int i, j, k; |
|---|
| 5914 | int gb1, gb2, gc1, gc2; |
|---|
| 5915 | int cob; |
|---|
| 5916 | int nglen; |
|---|
| 5917 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5918 | float score; |
|---|
| 5919 | |
|---|
| 5920 | score = 0; |
|---|
| 5921 | nglen = 0; |
|---|
| 5922 | for( i=0; i<s-1; i++ ) for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 5923 | { |
|---|
| 5924 | |
|---|
| 5925 | gc1 = 0; |
|---|
| 5926 | gc2 = 0; |
|---|
| 5927 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 5928 | { |
|---|
| 5929 | gb1 = gc1; |
|---|
| 5930 | gb2 = gc2; |
|---|
| 5931 | |
|---|
| 5932 | gc1 = ( seq[i][k] == '-' ); |
|---|
| 5933 | gc2 = ( seq[j][k] == '-' ); |
|---|
| 5934 | |
|---|
| 5935 | cob = |
|---|
| 5936 | !gb1 * gc1 |
|---|
| 5937 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5938 | |
|---|
| 5939 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5940 | * !gb2 * !gc2 |
|---|
| 5941 | |
|---|
| 5942 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5943 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5944 | |
|---|
| 5945 | + !gb1 * !gc1 |
|---|
| 5946 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5947 | |
|---|
| 5948 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5949 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5950 | |
|---|
| 5951 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5952 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5953 | |
|---|
| 5954 | #if 0 |
|---|
| 5955 | + gb1 * !gc1 |
|---|
| 5956 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5957 | |
|---|
| 5958 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5959 | * gb2 * !gc2 |
|---|
| 5960 | |
|---|
| 5961 | + !gb1 * gc1 |
|---|
| 5962 | * gb2 * gc2 |
|---|
| 5963 | |
|---|
| 5964 | + gb1 * gc1 |
|---|
| 5965 | * !gb2 * gc2 |
|---|
| 5966 | #endif |
|---|
| 5967 | ; |
|---|
| 5968 | score += 0.5 * (float)cob * penalty; |
|---|
| 5969 | score += (float)amino_dis[(int)seq[i][k]][(int)seq[j][k]]; |
|---|
| 5970 | nglen += ( !gc1 * !gc2 ); /* tsukawanai */ |
|---|
| 5971 | } |
|---|
| 5972 | #if 0 |
|---|
| 5973 | fprintf( stderr, "i = %d, j=%d\n", i+1, j+1 ); |
|---|
| 5974 | fprintf( stderr, "score = %f\n", score ); |
|---|
| 5975 | #endif |
|---|
| 5976 | } |
|---|
| 5977 | return( (double)score ); |
|---|
| 5978 | } |
|---|
| 5979 | |
|---|
| 5980 | |
|---|
| 5981 | |
|---|
| 5982 | double DSPscore( int s, char **seq ) /* method 3 deha nai */ |
|---|
| 5983 | { |
|---|
| 5984 | int i, j, k; |
|---|
| 5985 | double c; |
|---|
| 5986 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 5987 | double score; |
|---|
| 5988 | double tmpscore; |
|---|
| 5989 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 5990 | #if DEBUG |
|---|
| 5991 | FILE *fp; |
|---|
| 5992 | #endif |
|---|
| 5993 | |
|---|
| 5994 | score = 0.0; |
|---|
| 5995 | c = 0.0; |
|---|
| 5996 | |
|---|
| 5997 | for( i=0; i<s-1; i++ ) |
|---|
| 5998 | { |
|---|
| 5999 | for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 6000 | { |
|---|
| 6001 | mseq1 = seq[i]; |
|---|
| 6002 | mseq2 = seq[j]; |
|---|
| 6003 | tmpscore = 0.0; |
|---|
| 6004 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 6005 | { |
|---|
| 6006 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 6007 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 6008 | |
|---|
| 6009 | if( mseq1[k] == '-' ) |
|---|
| 6010 | { |
|---|
| 6011 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 6012 | while( mseq1[++k] == '-' ) |
|---|
| 6013 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 6014 | k--; |
|---|
| 6015 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 6016 | continue; |
|---|
| 6017 | } |
|---|
| 6018 | if( mseq2[k] == '-' ) |
|---|
| 6019 | { |
|---|
| 6020 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 6021 | while( mseq2[++k] == '-' ) |
|---|
| 6022 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 6023 | k--; |
|---|
| 6024 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 6025 | continue; |
|---|
| 6026 | } |
|---|
| 6027 | } |
|---|
| 6028 | score += (double)tmpscore; |
|---|
| 6029 | } |
|---|
| 6030 | } |
|---|
| 6031 | |
|---|
| 6032 | return( score ); |
|---|
| 6033 | } |
|---|
| 6034 | |
|---|
| 6035 | |
|---|
| 6036 | #define SEGMENTSIZE 150 |
|---|
| 6037 | |
|---|
| 6038 | int searchAnchors( int nseq, char **seq, Segment *seg ) |
|---|
| 6039 | { |
|---|
| 6040 | int i, j, k, kcyc; |
|---|
| 6041 | int status; |
|---|
| 6042 | double score; |
|---|
| 6043 | int value = 0; |
|---|
| 6044 | int len; |
|---|
| 6045 | int length; |
|---|
| 6046 | static double *stra = NULL; |
|---|
| 6047 | static int alloclen = 0; |
|---|
| 6048 | double cumscore; |
|---|
| 6049 | static double threshold; |
|---|
| 6050 | |
|---|
| 6051 | len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 6052 | if( alloclen < len ) |
|---|
| 6053 | { |
|---|
| 6054 | if( alloclen ) |
|---|
| 6055 | { |
|---|
| 6056 | FreeDoubleVec( stra ); |
|---|
| 6057 | } |
|---|
| 6058 | else |
|---|
| 6059 | { |
|---|
| 6060 | threshold = (int)divThreshold / 100.0 * 600.0 * divWinSize; |
|---|
| 6061 | } |
|---|
| 6062 | stra = AllocateDoubleVec( len ); |
|---|
| 6063 | alloclen = len; |
|---|
| 6064 | } |
|---|
| 6065 | |
|---|
| 6066 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 6067 | { |
|---|
| 6068 | #if 0 |
|---|
| 6069 | /* make prf */ |
|---|
| 6070 | for( j=0; j<26; j++ ) |
|---|
| 6071 | { |
|---|
| 6072 | prf[j] = 0.0; |
|---|
| 6073 | } |
|---|
| 6074 | for( j=0; j<nseq; j++ ) prf[amino_n[seq[j][i]]] += 1.0; |
|---|
| 6075 | |
|---|
| 6076 | /* make hat */ |
|---|
| 6077 | pre = 26; |
|---|
| 6078 | for( j=25; j>=0; j-- ) |
|---|
| 6079 | { |
|---|
| 6080 | if( prf[j] ) |
|---|
| 6081 | { |
|---|
| 6082 | hat[pre] = j; |
|---|
| 6083 | pre = j; |
|---|
| 6084 | } |
|---|
| 6085 | } |
|---|
| 6086 | hat[pre] = -1; |
|---|
| 6087 | |
|---|
| 6088 | /* make site score */ |
|---|
| 6089 | stra[i] = 0.0; |
|---|
| 6090 | for( k=hat[26]; k!=-1; k=hat[k] ) |
|---|
| 6091 | for( j=hat[26]; j!=-1; j=hat[j] ) |
|---|
| 6092 | stra[i] += n_dis[k][j] * prf[k] * prf[j]; |
|---|
| 6093 | #else |
|---|
| 6094 | stra[i] = 0.0; |
|---|
| 6095 | kcyc = nseq-1; |
|---|
| 6096 | for( k=0; k<kcyc; k++ ) for( j=k+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6097 | stra[i] += n_dis[(int)amino_n[(int)seq[k][i]]][(int)amino_n[(int)seq[j][i]]]; |
|---|
| 6098 | stra[i] /= (double)nseq * ( nseq-1 ) / 2; |
|---|
| 6099 | #endif |
|---|
| 6100 | } |
|---|
| 6101 | |
|---|
| 6102 | (seg+0)->skipForeward = 0; |
|---|
| 6103 | (seg+1)->skipBackward = 0; |
|---|
| 6104 | status = 0; |
|---|
| 6105 | cumscore = 0.0; |
|---|
| 6106 | score = 0.0; |
|---|
| 6107 | length = 0; /* modified at 01/09/11 */ |
|---|
| 6108 | for( j=0; j<divWinSize; j++ ) score += stra[j]; |
|---|
| 6109 | for( i=1; i<len-divWinSize; i++ ) |
|---|
| 6110 | { |
|---|
| 6111 | score = score - stra[i-1] + stra[i+divWinSize-1]; |
|---|
| 6112 | #if DEBUG |
|---|
| 6113 | fprintf( stderr, "%d %f ? %f", i, score, threshold ); |
|---|
| 6114 | if( score > threshold ) fprintf( stderr, "YES\n" ); |
|---|
| 6115 | else fprintf( stderr, "NO\n" ); |
|---|
| 6116 | #endif |
|---|
| 6117 | |
|---|
| 6118 | if( score > threshold ) |
|---|
| 6119 | { |
|---|
| 6120 | if( !status ) |
|---|
| 6121 | { |
|---|
| 6122 | status = 1; |
|---|
| 6123 | seg->start = i; |
|---|
| 6124 | length = 0; |
|---|
| 6125 | cumscore = 0.0; |
|---|
| 6126 | } |
|---|
| 6127 | length++; |
|---|
| 6128 | cumscore += score; |
|---|
| 6129 | } |
|---|
| 6130 | if( score <= threshold || length > SEGMENTSIZE ) |
|---|
| 6131 | { |
|---|
| 6132 | if( status ) |
|---|
| 6133 | { |
|---|
| 6134 | seg->end = i; |
|---|
| 6135 | seg->center = ( seg->start + seg->end + divWinSize ) / 2 ; |
|---|
| 6136 | seg->score = cumscore; |
|---|
| 6137 | #if DEBUG |
|---|
| 6138 | fprintf( stderr, "%d-%d length = %d\n", seg->start, seg->end, length ); |
|---|
| 6139 | #endif |
|---|
| 6140 | if( length > SEGMENTSIZE ) |
|---|
| 6141 | { |
|---|
| 6142 | (seg+0)->skipForeward = 1; |
|---|
| 6143 | (seg+1)->skipBackward = 1; |
|---|
| 6144 | } |
|---|
| 6145 | else |
|---|
| 6146 | { |
|---|
| 6147 | (seg+0)->skipForeward = 0; |
|---|
| 6148 | (seg+1)->skipBackward = 0; |
|---|
| 6149 | } |
|---|
| 6150 | length = 0; |
|---|
| 6151 | cumscore = 0.0; |
|---|
| 6152 | status = 0; |
|---|
| 6153 | value++; |
|---|
| 6154 | seg++; |
|---|
| 6155 | if( value > MAXSEG - 3 ) ErrorExit( "TOO MANY SEGMENTS!"); |
|---|
| 6156 | } |
|---|
| 6157 | } |
|---|
| 6158 | } |
|---|
| 6159 | if( status ) |
|---|
| 6160 | { |
|---|
| 6161 | seg->end = i; |
|---|
| 6162 | seg->center = ( seg->start + seg->end + divWinSize ) / 2 ; |
|---|
| 6163 | seg->score = cumscore; |
|---|
| 6164 | #if DEBUG |
|---|
| 6165 | fprintf( stderr, "%d-%d length = %d\n", seg->start, seg->end, length ); |
|---|
| 6166 | #endif |
|---|
| 6167 | value++; |
|---|
| 6168 | } |
|---|
| 6169 | return( value ); |
|---|
| 6170 | } |
|---|
| 6171 | |
|---|
| 6172 | void dontcalcimportance( int nseq, double *eff, char **seq, LocalHom **localhom ) |
|---|
| 6173 | { |
|---|
| 6174 | int i, j; |
|---|
| 6175 | LocalHom *ptr; |
|---|
| 6176 | int *nogaplen; |
|---|
| 6177 | |
|---|
| 6178 | nogaplen = AllocateIntVec( nseq ); |
|---|
| 6179 | |
|---|
| 6180 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6181 | { |
|---|
| 6182 | nogaplen[i] = seqlen( seq[i] ); |
|---|
| 6183 | // fprintf( stderr, "nogaplen[%d] = %d\n", i, nogaplen[i] ); |
|---|
| 6184 | } |
|---|
| 6185 | |
|---|
| 6186 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6187 | { |
|---|
| 6188 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6189 | { |
|---|
| 6190 | for( ptr=localhom[i]+j; ptr; ptr=ptr->next ) |
|---|
| 6191 | { |
|---|
| 6192 | // fprintf( stderr, "i,j=%d,%d,ptr=%p\n", i, j, ptr ); |
|---|
| 6193 | #if 1 |
|---|
| 6194 | ptr->importance = ptr->opt / ptr->overlapaa; |
|---|
| 6195 | ptr->fimportance = (float)ptr->importance; |
|---|
| 6196 | #else |
|---|
| 6197 | ptr->importance = ptr->opt / MIN( nogaplen[i], nogaplen[j] ); |
|---|
| 6198 | #endif |
|---|
| 6199 | } |
|---|
| 6200 | } |
|---|
| 6201 | } |
|---|
| 6202 | free( nogaplen ); |
|---|
| 6203 | } |
|---|
| 6204 | |
|---|
| 6205 | void dontcalcimportance_firstone( int nseq, double *eff, char **seq, LocalHom **localhom ) |
|---|
| 6206 | { |
|---|
| 6207 | int i, j, nseq1; |
|---|
| 6208 | LocalHom *ptr; |
|---|
| 6209 | #if 1 |
|---|
| 6210 | #else |
|---|
| 6211 | int *nogaplen; |
|---|
| 6212 | nogaplen = AllocateIntVec( nseq ); |
|---|
| 6213 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6214 | { |
|---|
| 6215 | nogaplen[i] = seqlen( seq[i] ); |
|---|
| 6216 | // fprintf( stderr, "nogaplen[%d] = %d\n", i, nogaplen[i] ); |
|---|
| 6217 | } |
|---|
| 6218 | #endif |
|---|
| 6219 | |
|---|
| 6220 | nseq1 = nseq - 1; |
|---|
| 6221 | for( i=0; i<nseq1; i++ ) |
|---|
| 6222 | { |
|---|
| 6223 | j=0; |
|---|
| 6224 | { |
|---|
| 6225 | for( ptr=localhom[i]+j; ptr; ptr=ptr->next ) |
|---|
| 6226 | { |
|---|
| 6227 | // fprintf( stderr, "i,j=%d,%d,ptr=%p\n", i, j, ptr ); |
|---|
| 6228 | #if 1 |
|---|
| 6229 | // ptr->importance = ptr->opt / ptr->overlapaa; |
|---|
| 6230 | ptr->importance = ptr->opt * 0.5; // tekitou |
|---|
| 6231 | ptr->fimportance = (float)ptr->importance; |
|---|
| 6232 | // fprintf( stderr, "i=%d, j=%d, importance = %f, opt=%f\n", i, j, ptr->fimportance, ptr->opt ); |
|---|
| 6233 | #else |
|---|
| 6234 | ptr->importance = ptr->opt / MIN( nogaplen[i], nogaplen[j] ); |
|---|
| 6235 | #endif |
|---|
| 6236 | } |
|---|
| 6237 | } |
|---|
| 6238 | } |
|---|
| 6239 | #if 1 |
|---|
| 6240 | #else |
|---|
| 6241 | free( nogaplen ); |
|---|
| 6242 | #endif |
|---|
| 6243 | } |
|---|
| 6244 | |
|---|
| 6245 | void calcimportance( int nseq, double *eff, char **seq, LocalHom **localhom ) |
|---|
| 6246 | { |
|---|
| 6247 | int i, j, pos, len; |
|---|
| 6248 | double *importance; // static -> local, 2012/02/25 |
|---|
| 6249 | double tmpdouble; |
|---|
| 6250 | double *ieff, totaleff; // counteff_simple_float ni utsusu kamo |
|---|
| 6251 | int *nogaplen; // static -> local, 2012/02/25 |
|---|
| 6252 | LocalHom *tmpptr; |
|---|
| 6253 | |
|---|
| 6254 | importance = AllocateDoubleVec( nlenmax ); |
|---|
| 6255 | nogaplen = AllocateIntVec( nseq ); |
|---|
| 6256 | ieff = AllocateDoubleVec( nseq ); |
|---|
| 6257 | |
|---|
| 6258 | totaleff = 0.0; |
|---|
| 6259 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6260 | { |
|---|
| 6261 | nogaplen[i] = seqlen( seq[i] ); |
|---|
| 6262 | // fprintf( stderr, "nogaplen[] = %d\n", nogaplen[i] ); |
|---|
| 6263 | if( nogaplen[i] == 0 ) ieff[i] = 0.0; |
|---|
| 6264 | else ieff[i] = eff[i]; |
|---|
| 6265 | totaleff += ieff[i]; |
|---|
| 6266 | } |
|---|
| 6267 | for( i=0; i<nseq; i++ ) ieff[i] /= totaleff; |
|---|
| 6268 | // for( i=0; i<nseq; i++ ) fprintf( stderr, "eff[%d] = %f\n", i, ieff[i] ); |
|---|
| 6269 | |
|---|
| 6270 | #if 0 |
|---|
| 6271 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6272 | { |
|---|
| 6273 | tmpptr = localhom[i]+j; |
|---|
| 6274 | fprintf( stderr, "%d-%d\n", i, j ); |
|---|
| 6275 | do |
|---|
| 6276 | { |
|---|
| 6277 | fprintf( stderr, "reg1=%d-%d, reg2=%d-%d, opt=%f\n", tmpptr->start1, tmpptr->end1, tmpptr->start2, tmpptr->end2, tmpptr->opt ); |
|---|
| 6278 | } while( tmpptr=tmpptr->next ); |
|---|
| 6279 | } |
|---|
| 6280 | #endif |
|---|
| 6281 | |
|---|
| 6282 | |
|---|
| 6283 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6284 | { |
|---|
| 6285 | // fprintf( stderr, "i = %d\n", i ); |
|---|
| 6286 | for( pos=0; pos<nlenmax; pos++ ) |
|---|
| 6287 | importance[pos] = 0.0; |
|---|
| 6288 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6289 | { |
|---|
| 6290 | if( i == j ) continue; |
|---|
| 6291 | tmpptr = localhom[i]+j; |
|---|
| 6292 | for( tmpptr = localhom[i]+j; tmpptr; tmpptr=tmpptr->next ) |
|---|
| 6293 | { |
|---|
| 6294 | if( tmpptr->opt == -1 ) continue; |
|---|
| 6295 | for( pos=tmpptr->start1; pos<=tmpptr->end1; pos++ ) |
|---|
| 6296 | #if 1 |
|---|
| 6297 | importance[pos] += ieff[j]; |
|---|
| 6298 | #else |
|---|
| 6299 | importance[pos] += ieff[j] * tmpptr->opt / MIN( nogaplen[i], nogaplen[j] ); |
|---|
| 6300 | importance[pos] += ieff[j] * tmpptr->opt / tmpptr->overlapaa; |
|---|
| 6301 | #endif |
|---|
| 6302 | } |
|---|
| 6303 | } |
|---|
| 6304 | #if 0 |
|---|
| 6305 | fprintf( stderr, "position specific importance of seq %d:\n", i ); |
|---|
| 6306 | for( pos=0; pos<nlenmax; pos++ ) |
|---|
| 6307 | fprintf( stderr, "%d: %f\n", pos, importance[pos] ); |
|---|
| 6308 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6309 | #endif |
|---|
| 6310 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6311 | { |
|---|
| 6312 | // fprintf( stderr, "i=%d, j=%d\n", i, j ); |
|---|
| 6313 | if( i == j ) continue; |
|---|
| 6314 | if( localhom[i][j].opt == -1.0 ) continue; |
|---|
| 6315 | #if 1 |
|---|
| 6316 | for( tmpptr = localhom[i]+j; tmpptr; tmpptr=tmpptr->next ) |
|---|
| 6317 | { |
|---|
| 6318 | if( tmpptr->opt == -1.0 ) continue; |
|---|
| 6319 | tmpdouble = 0.0; |
|---|
| 6320 | len = 0; |
|---|
| 6321 | for( pos=tmpptr->start1; pos<=tmpptr->end1; pos++ ) |
|---|
| 6322 | { |
|---|
| 6323 | tmpdouble += importance[pos]; |
|---|
| 6324 | len++; |
|---|
| 6325 | } |
|---|
| 6326 | |
|---|
| 6327 | tmpdouble /= (double)len; |
|---|
| 6328 | |
|---|
| 6329 | tmpptr->importance = tmpdouble * tmpptr->opt; |
|---|
| 6330 | tmpptr->fimportance = (float)tmpptr->importance; |
|---|
| 6331 | } |
|---|
| 6332 | #else |
|---|
| 6333 | tmpdouble = 0.0; |
|---|
| 6334 | len = 0; |
|---|
| 6335 | for( tmpptr = localhom[i]+j; tmpptr; tmpptr=tmpptr->next ) |
|---|
| 6336 | { |
|---|
| 6337 | if( tmpptr->opt == -1.0 ) continue; |
|---|
| 6338 | for( pos=tmpptr->start1; pos<=tmpptr->end1; pos++ ) |
|---|
| 6339 | { |
|---|
| 6340 | tmpdouble += importance[pos]; |
|---|
| 6341 | len++; |
|---|
| 6342 | } |
|---|
| 6343 | } |
|---|
| 6344 | |
|---|
| 6345 | tmpdouble /= (double)len; |
|---|
| 6346 | |
|---|
| 6347 | for( tmpptr = localhom[i]+j; tmpptr; tmpptr=tmpptr->next ) |
|---|
| 6348 | { |
|---|
| 6349 | if( tmpptr->opt == -1.0 ) continue; |
|---|
| 6350 | tmpptr->importance = tmpdouble * tmpptr->opt; |
|---|
| 6351 | // tmpptr->importance = tmpptr->opt / tmpptr->overlapaa; //$B$J$+$C$?$3$H$K$9$k(B |
|---|
| 6352 | } |
|---|
| 6353 | #endif |
|---|
| 6354 | |
|---|
| 6355 | // fprintf( stderr, "importance of match between %d - %d = %f\n", i, j, tmpdouble ); |
|---|
| 6356 | } |
|---|
| 6357 | } |
|---|
| 6358 | |
|---|
| 6359 | #if 0 |
|---|
| 6360 | fprintf( stderr, "before averaging:\n" ); |
|---|
| 6361 | |
|---|
| 6362 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6363 | { |
|---|
| 6364 | fprintf( stderr, "%d-%d\n", i, j ); |
|---|
| 6365 | for( tmpptr = localhom[i]+j; tmpptr; tmpptr=tmpptr->next ) |
|---|
| 6366 | { |
|---|
| 6367 | fprintf( stderr, "reg1=%d-%d, reg2=%d-%d, imp=%f -> %f opt=%f\n", tmpptr->start1, tmpptr->end1, tmpptr->start2, tmpptr->end2, tmpptr->opt / tmpptr->overlapaa, eff[i] * tmpptr->importance, tmpptr->opt ); |
|---|
| 6368 | } |
|---|
| 6369 | } |
|---|
| 6370 | #endif |
|---|
| 6371 | |
|---|
| 6372 | #if 1 |
|---|
| 6373 | // fprintf( stderr, "average?\n" ); |
|---|
| 6374 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6375 | { |
|---|
| 6376 | double imp; |
|---|
| 6377 | LocalHom *tmpptr1, *tmpptr2; |
|---|
| 6378 | |
|---|
| 6379 | // fprintf( stderr, "i=%d, j=%d\n", i, j ); |
|---|
| 6380 | |
|---|
| 6381 | tmpptr1 = localhom[i]+j; tmpptr2 = localhom[j]+i; |
|---|
| 6382 | for( ; tmpptr1 && tmpptr2; tmpptr1 = tmpptr1->next, tmpptr2 = tmpptr2->next) |
|---|
| 6383 | { |
|---|
| 6384 | if( tmpptr1->opt == -1.0 || tmpptr2->opt == -1.0 ) |
|---|
| 6385 | { |
|---|
| 6386 | // fprintf( stderr, "WARNING: i=%d, j=%d, tmpptr1->opt=%f, tmpptr2->opt=%f\n", i, j, tmpptr1->opt, tmpptr2->opt ); |
|---|
| 6387 | continue; |
|---|
| 6388 | } |
|---|
| 6389 | // fprintf( stderr, "## importances = %f, %f\n", tmpptr1->importance, tmpptr2->importance ); |
|---|
| 6390 | imp = 0.5 * ( tmpptr1->importance + tmpptr2->importance ); |
|---|
| 6391 | tmpptr1->importance = tmpptr2->importance = imp; |
|---|
| 6392 | tmpptr1->fimportance = tmpptr2->fimportance = (float)imp; |
|---|
| 6393 | |
|---|
| 6394 | // fprintf( stderr, "## importance = %f\n", tmpptr1->importance ); |
|---|
| 6395 | |
|---|
| 6396 | } |
|---|
| 6397 | |
|---|
| 6398 | #if 0 // commented out, 2012/02/10 |
|---|
| 6399 | if( ( tmpptr1 && !tmpptr2 ) || ( !tmpptr1 && tmpptr2 ) ) |
|---|
| 6400 | { |
|---|
| 6401 | fprintf( stderr, "ERROR: i=%d, j=%d\n", i, j ); |
|---|
| 6402 | exit( 1 ); |
|---|
| 6403 | } |
|---|
| 6404 | #endif |
|---|
| 6405 | } |
|---|
| 6406 | #endif |
|---|
| 6407 | #if 0 |
|---|
| 6408 | fprintf( stderr, "after averaging:\n" ); |
|---|
| 6409 | |
|---|
| 6410 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6411 | { |
|---|
| 6412 | for( tmpptr = localhom[i]+j; tmpptr; tmpptr=tmpptr->next ) |
|---|
| 6413 | { |
|---|
| 6414 | if( tmpptr->end1 ) |
|---|
| 6415 | fprintf( stderr, "%d-%d, reg1=%d-%d, reg2=%d-%d, imp=%f -> %f opt=%f\n", i, j, tmpptr->start1, tmpptr->end1, tmpptr->start2, tmpptr->end2, tmpptr->opt / tmpptr->overlapaa, tmpptr->importance, tmpptr->opt ); |
|---|
| 6416 | } |
|---|
| 6417 | } |
|---|
| 6418 | #endif |
|---|
| 6419 | free( importance ); |
|---|
| 6420 | free( nogaplen ); |
|---|
| 6421 | free( ieff ); |
|---|
| 6422 | } |
|---|
| 6423 | |
|---|
| 6424 | |
|---|
| 6425 | |
|---|
| 6426 | #if 0 |
|---|
| 6427 | void weightimportance( int nseq, double **eff, LocalHom **localhom ) |
|---|
| 6428 | { |
|---|
| 6429 | int i, j, pos, len; |
|---|
| 6430 | static double *importance; |
|---|
| 6431 | double tmpdouble; |
|---|
| 6432 | LocalHom *tmpptr, *tmpptr1, *tmpptr2; |
|---|
| 6433 | if( importance == NULL ) |
|---|
| 6434 | importance = AllocateDoubleVec( nlenmax ); |
|---|
| 6435 | |
|---|
| 6436 | |
|---|
| 6437 | fprintf( stderr, "effmtx = :\n" ); |
|---|
| 6438 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6439 | { |
|---|
| 6440 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6441 | { |
|---|
| 6442 | fprintf( stderr, "%6.3f ", eff[i][j] ); |
|---|
| 6443 | } |
|---|
| 6444 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6445 | } |
|---|
| 6446 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6447 | { |
|---|
| 6448 | for( pos=0; pos<nlenmax; pos++ ) |
|---|
| 6449 | importance[pos] = 0.0; |
|---|
| 6450 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6451 | { |
|---|
| 6452 | |
|---|
| 6453 | if( i == j ) continue; |
|---|
| 6454 | tmpptr = localhom[i]+j; |
|---|
| 6455 | while( 1 ) |
|---|
| 6456 | { |
|---|
| 6457 | fprintf( stderr, "i=%d, j=%d\n", i, j ); |
|---|
| 6458 | for( pos=tmpptr->start1; pos<=tmpptr->end1; pos++ ) |
|---|
| 6459 | // importance[pos] += eff[i][j] * tmpptr->importance; |
|---|
| 6460 | importance[pos] += eff[i][j] / (double)nseq * tmpptr->importance / 1.0; |
|---|
| 6461 | fprintf( stderr, "eff[][] = %f, localhom[i][j].importance = %f \n", eff[i][j], tmpptr->importance ); |
|---|
| 6462 | tmpptr = tmpptr->next; |
|---|
| 6463 | if( tmpptr == NULL ) break; |
|---|
| 6464 | } |
|---|
| 6465 | |
|---|
| 6466 | } |
|---|
| 6467 | #if 0 |
|---|
| 6468 | fprintf( stderr, "position specific importance of seq %d:\n", i ); |
|---|
| 6469 | for( pos=0; pos<nlenmax; pos++ ) |
|---|
| 6470 | fprintf( stderr, "%d: %f\n", pos, importance[pos] ); |
|---|
| 6471 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6472 | #endif |
|---|
| 6473 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6474 | { |
|---|
| 6475 | fprintf( stderr, "i=%d, j=%d\n", i, j ); |
|---|
| 6476 | if( i == j ) continue; |
|---|
| 6477 | tmpptr = localhom[i]+j; |
|---|
| 6478 | do |
|---|
| 6479 | { |
|---|
| 6480 | tmpdouble = 0.0; |
|---|
| 6481 | len = 0; |
|---|
| 6482 | for( pos=tmpptr->start1; pos<=tmpptr->end1; pos++ ) |
|---|
| 6483 | { |
|---|
| 6484 | tmpdouble += importance[pos]; |
|---|
| 6485 | len++; |
|---|
| 6486 | } |
|---|
| 6487 | tmpdouble /= (double)len; |
|---|
| 6488 | tmpptr->importance = tmpdouble; |
|---|
| 6489 | fprintf( stderr, "importance of match between %d - %d = %f\n", i, j, tmpdouble ); |
|---|
| 6490 | tmpptr = tmpptr->next; |
|---|
| 6491 | } while( tmpptr ); |
|---|
| 6492 | } |
|---|
| 6493 | } |
|---|
| 6494 | #if 1 |
|---|
| 6495 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6496 | { |
|---|
| 6497 | fprintf( stderr, "i = %d, j=%d\n", i, j ); |
|---|
| 6498 | tmpptr1 = localhom[i]+j; |
|---|
| 6499 | tmpptr2 = localhom[j]+i; |
|---|
| 6500 | while( tmpptr1 && tmpptr2 ) |
|---|
| 6501 | { |
|---|
| 6502 | tmpptr1->importance += tmpptr2->importance; |
|---|
| 6503 | tmpptr1->importance *= 0.5; |
|---|
| 6504 | tmpptr2->importance *= tmpptr1->importance; |
|---|
| 6505 | fprintf( stderr, "%d-%d: s1=%d, e1=%d, s2=%d, e2=%d, importance=%f\n", i, j, tmpptr1->start1, tmpptr1->end1, tmpptr1->start2, tmpptr1->end2, tmpptr1->importance ); |
|---|
| 6506 | tmpptr1 = tmpptr1->next; |
|---|
| 6507 | tmpptr2 = tmpptr2->next; |
|---|
| 6508 | fprintf( stderr, "tmpptr1 = %p, tmpptr2 = %p\n", tmpptr1, tmpptr2 ); |
|---|
| 6509 | } |
|---|
| 6510 | } |
|---|
| 6511 | #endif |
|---|
| 6512 | } |
|---|
| 6513 | |
|---|
| 6514 | void weightimportance2( int nseq, double *eff, LocalHom **localhom ) |
|---|
| 6515 | { |
|---|
| 6516 | int i, j, pos, len; |
|---|
| 6517 | static double *wimportance; |
|---|
| 6518 | double tmpdouble; |
|---|
| 6519 | if( wimportance == NULL ) |
|---|
| 6520 | wimportance = AllocateDoubleVec( nlenmax ); |
|---|
| 6521 | |
|---|
| 6522 | |
|---|
| 6523 | fprintf( stderr, "effmtx = :\n" ); |
|---|
| 6524 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6525 | { |
|---|
| 6526 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6527 | { |
|---|
| 6528 | fprintf( stderr, "%6.3f ", eff[i] * eff[j] ); |
|---|
| 6529 | } |
|---|
| 6530 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6531 | } |
|---|
| 6532 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 6533 | { |
|---|
| 6534 | fprintf( stderr, "i = %d\n", i ); |
|---|
| 6535 | for( pos=0; pos<nlenmax; pos++ ) |
|---|
| 6536 | wimportance[pos] = 0.0; |
|---|
| 6537 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6538 | { |
|---|
| 6539 | if( i == j ) continue; |
|---|
| 6540 | for( pos=localhom[i][j].start1; pos<=localhom[i][j].end1; pos++ ) |
|---|
| 6541 | // wimportance[pos] += eff[i][j]; |
|---|
| 6542 | wimportance[pos] += eff[i] * eff[j] / (double)nseq * localhom[i][j].importance / 1.0; |
|---|
| 6543 | } |
|---|
| 6544 | #if 0 |
|---|
| 6545 | fprintf( stderr, "position specific wimportance of seq %d:\n", i ); |
|---|
| 6546 | for( pos=0; pos<nlenmax; pos++ ) |
|---|
| 6547 | fprintf( stderr, "%d: %f\n", pos, wimportance[pos] ); |
|---|
| 6548 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6549 | #endif |
|---|
| 6550 | for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6551 | { |
|---|
| 6552 | if( i == j ) continue; |
|---|
| 6553 | tmpdouble = 0.0; |
|---|
| 6554 | len = 0; |
|---|
| 6555 | for( pos=localhom[i][j].start1; pos<=localhom[i][j].end1; pos++ ) |
|---|
| 6556 | { |
|---|
| 6557 | tmpdouble += wimportance[pos]; |
|---|
| 6558 | len++; |
|---|
| 6559 | } |
|---|
| 6560 | tmpdouble /= (double)len; |
|---|
| 6561 | localhom[i][j].wimportance = tmpdouble; |
|---|
| 6562 | fprintf( stderr, "wimportance of match between %d - %d = %f\n", i, j, tmpdouble ); |
|---|
| 6563 | } |
|---|
| 6564 | } |
|---|
| 6565 | #if 1 |
|---|
| 6566 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6567 | { |
|---|
| 6568 | localhom[i][j].wimportance += localhom[j][i].wimportance; |
|---|
| 6569 | localhom[i][j].wimportance = 0.5 * ( localhom[i][j].wimportance ); |
|---|
| 6570 | } |
|---|
| 6571 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6572 | { |
|---|
| 6573 | localhom[j][i].wimportance = localhom[i][j].wimportance; |
|---|
| 6574 | } |
|---|
| 6575 | #endif |
|---|
| 6576 | } |
|---|
| 6577 | |
|---|
| 6578 | void weightimportance4( int clus1, int clus2, double *eff1, double *eff2, LocalHom ***localhom ) |
|---|
| 6579 | { |
|---|
| 6580 | int i, j, pos, len; |
|---|
| 6581 | static double *wimportance; |
|---|
| 6582 | LocalHom *tmpptr, *tmpptr1, *tmpptr2; |
|---|
| 6583 | if( wimportance == NULL ) |
|---|
| 6584 | wimportance = AllocateDoubleVec( nlenmax ); |
|---|
| 6585 | |
|---|
| 6586 | |
|---|
| 6587 | #if 0 |
|---|
| 6588 | fprintf( stderr, "effarr1 = :\n" ); |
|---|
| 6589 | for( i=0; i<clus1; i++ ) |
|---|
| 6590 | fprintf( stderr, "%6.3f\n", eff1[i] ); |
|---|
| 6591 | fprintf( stderr, "effarr2 = :\n" ); |
|---|
| 6592 | for( i=0; i<clus2; i++ ) |
|---|
| 6593 | fprintf( stderr, "%6.3f\n", eff2[i] ); |
|---|
| 6594 | #endif |
|---|
| 6595 | |
|---|
| 6596 | for( i=0; i<clus1; i++ ) |
|---|
| 6597 | { |
|---|
| 6598 | for( j=0; j<clus2; j++ ) |
|---|
| 6599 | { |
|---|
| 6600 | // fprintf( stderr, "i=%d, j=%d\n", i, j ); |
|---|
| 6601 | tmpptr = localhom[i][j]; |
|---|
| 6602 | do |
|---|
| 6603 | { |
|---|
| 6604 | tmpptr->wimportance = tmpptr->importance * eff1[i] * eff2[j]; |
|---|
| 6605 | tmpptr = tmpptr->next; |
|---|
| 6606 | } while( tmpptr ); |
|---|
| 6607 | } |
|---|
| 6608 | } |
|---|
| 6609 | } |
|---|
| 6610 | |
|---|
| 6611 | static void addlocalhom_e( LocalHom *localhom, int start1, int start2, int end1, int end2, double opt ) |
|---|
| 6612 | { |
|---|
| 6613 | LocalHom *tmpptr; |
|---|
| 6614 | tmpptr = localhom; |
|---|
| 6615 | |
|---|
| 6616 | fprintf( stderr, "adding localhom\n" ); |
|---|
| 6617 | while( tmpptr->next ) |
|---|
| 6618 | tmpptr = tmpptr->next; |
|---|
| 6619 | fprintf( stderr, "allocating localhom\n" ); |
|---|
| 6620 | tmpptr->next = (LocalHom *)calloc( 1, sizeof( LocalHom ) ); |
|---|
| 6621 | fprintf( stderr, "done\n" ); |
|---|
| 6622 | tmpptr = tmpptr->next; |
|---|
| 6623 | |
|---|
| 6624 | tmpptr->start1 = start1; |
|---|
| 6625 | tmpptr->start2 = start2; |
|---|
| 6626 | tmpptr->end1 = end1; |
|---|
| 6627 | tmpptr->end2 = end2; |
|---|
| 6628 | tmpptr->opt = opt; |
|---|
| 6629 | |
|---|
| 6630 | fprintf( stderr, "start1 = %d, end1 = %d, start2 = %d, end2 = %d\n", start1, end1, start2, end2 ); |
|---|
| 6631 | } |
|---|
| 6632 | |
|---|
| 6633 | #if 0 |
|---|
| 6634 | #endif |
|---|
| 6635 | |
|---|
| 6636 | |
|---|
| 6637 | |
|---|
| 6638 | void extendlocalhom( int nseq, LocalHom **localhom ) |
|---|
| 6639 | { |
|---|
| 6640 | int i, j, k, pos0, pos1, pos2, st; |
|---|
| 6641 | int start1, start2, end1, end2; |
|---|
| 6642 | static int *tmpint1 = NULL; |
|---|
| 6643 | static int *tmpint2 = NULL; |
|---|
| 6644 | static int *tmpdouble1 = NULL; |
|---|
| 6645 | static int *tmpdouble2 = NULL; |
|---|
| 6646 | double opt; |
|---|
| 6647 | LocalHom *tmpptr; |
|---|
| 6648 | if( tmpint1 == NULL ) |
|---|
| 6649 | { |
|---|
| 6650 | tmpint1 = AllocateIntVec( nlenmax ); |
|---|
| 6651 | tmpint2 = AllocateIntVec( nlenmax ); |
|---|
| 6652 | tmpdouble1 = AllocateIntVec( nlenmax ); |
|---|
| 6653 | tmpdouble2 = AllocateIntVec( nlenmax ); |
|---|
| 6654 | } |
|---|
| 6655 | |
|---|
| 6656 | |
|---|
| 6657 | for( k=0; k<nseq; k++ ) |
|---|
| 6658 | { |
|---|
| 6659 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 6660 | { |
|---|
| 6661 | if( i == k ) continue; |
|---|
| 6662 | for( pos0=0; pos0<nlenmax; pos0++ ) |
|---|
| 6663 | tmpint1[pos0] = -1; |
|---|
| 6664 | |
|---|
| 6665 | tmpptr=localhom[k]+i; |
|---|
| 6666 | do |
|---|
| 6667 | { |
|---|
| 6668 | pos0 = tmpptr->start1; |
|---|
| 6669 | pos1 = tmpptr->start2; |
|---|
| 6670 | while( pos0<=tmpptr->end1 ) |
|---|
| 6671 | { |
|---|
| 6672 | tmpint1[pos0] = pos1++; |
|---|
| 6673 | tmpdouble1[pos0] = tmpptr->opt; |
|---|
| 6674 | pos0++; |
|---|
| 6675 | } |
|---|
| 6676 | } while( tmpptr = tmpptr->next ); |
|---|
| 6677 | |
|---|
| 6678 | |
|---|
| 6679 | for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6680 | { |
|---|
| 6681 | if( j == k ) continue; |
|---|
| 6682 | for( pos1=0; pos1<nlenmax; pos1++ ) tmpint2[pos1] = -1; |
|---|
| 6683 | tmpptr=localhom[k]+j; |
|---|
| 6684 | do |
|---|
| 6685 | { |
|---|
| 6686 | pos0 = tmpptr->start1; |
|---|
| 6687 | pos2 = tmpptr->start2; |
|---|
| 6688 | while( pos0<=tmpptr->end1 ) |
|---|
| 6689 | { |
|---|
| 6690 | tmpint2[pos0] = pos2++; |
|---|
| 6691 | tmpdouble2[pos0++] = tmpptr->opt; |
|---|
| 6692 | } |
|---|
| 6693 | } while( tmpptr = tmpptr->next ); |
|---|
| 6694 | |
|---|
| 6695 | #if 0 |
|---|
| 6696 | |
|---|
| 6697 | fprintf( stderr, "i,j=%d,%d\n", i, j ); |
|---|
| 6698 | |
|---|
| 6699 | for( pos0=0; pos0<nlenmax; pos0++ ) |
|---|
| 6700 | fprintf( stderr, "%d ", tmpint1[pos0] ); |
|---|
| 6701 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6702 | |
|---|
| 6703 | for( pos0=0; pos0<nlenmax; pos0++ ) |
|---|
| 6704 | fprintf( stderr, "%d ", tmpint2[pos0] ); |
|---|
| 6705 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6706 | #endif |
|---|
| 6707 | |
|---|
| 6708 | |
|---|
| 6709 | st = 0; |
|---|
| 6710 | for( pos0=0; pos0<nlenmax; pos0++ ) |
|---|
| 6711 | { |
|---|
| 6712 | // fprintf( stderr, "pos0 = %d/%d, st = %d, tmpint1[pos0] = %d, tmpint2[pos0] = %d\n", pos0, nlenmax, st, tmpint1[pos0], tmpint2[pos0] ); |
|---|
| 6713 | if( tmpint1[pos0] >= 0 && tmpint2[pos0] >= 0 ) |
|---|
| 6714 | { |
|---|
| 6715 | if( st == 0 ) |
|---|
| 6716 | { |
|---|
| 6717 | st = 1; |
|---|
| 6718 | start1 = tmpint1[pos0]; |
|---|
| 6719 | start2 = tmpint2[pos0]; |
|---|
| 6720 | opt = MIN( tmpdouble1[pos0], tmpdouble2[pos0] ); |
|---|
| 6721 | } |
|---|
| 6722 | else if( tmpint1[pos0-1] != tmpint1[pos0]-1 || tmpint2[pos0-1] != tmpint2[pos0]-1 ) |
|---|
| 6723 | { |
|---|
| 6724 | addlocalhom_e( localhom[i]+j, start1, start2, tmpint1[pos0-1], tmpint2[pos0-1], opt ); |
|---|
| 6725 | addlocalhom_e( localhom[j]+i, start2, start1, tmpint2[pos0-1], tmpint1[pos0-1], opt ); |
|---|
| 6726 | start1 = tmpint1[pos0]; |
|---|
| 6727 | start2 = tmpint2[pos0]; |
|---|
| 6728 | opt = MIN( tmpdouble1[pos0], tmpdouble2[pos0] ); |
|---|
| 6729 | } |
|---|
| 6730 | } |
|---|
| 6731 | if( tmpint1[pos0] == -1 || tmpint2[pos0] == -1 ) |
|---|
| 6732 | { |
|---|
| 6733 | if( st == 1 ) |
|---|
| 6734 | { |
|---|
| 6735 | st = 0; |
|---|
| 6736 | addlocalhom_e( localhom[i]+j, start1, start2, tmpint1[pos0-1], tmpint2[pos0-1], opt ); |
|---|
| 6737 | addlocalhom_e( localhom[j]+i, start2, start1, tmpint2[pos0-1], tmpint1[pos0-1], opt ); |
|---|
| 6738 | } |
|---|
| 6739 | } |
|---|
| 6740 | } |
|---|
| 6741 | } |
|---|
| 6742 | } |
|---|
| 6743 | } |
|---|
| 6744 | } |
|---|
| 6745 | #endif |
|---|
| 6746 | |
|---|
| 6747 | static void addlocalhom2_e( LocalHom *pt, LocalHom *lh, int sti, int stj, int eni, int enj, double opt, int overlp, int interm ) |
|---|
| 6748 | { |
|---|
| 6749 | // dokka machigatteru |
|---|
| 6750 | if( pt != lh ) // susumeru |
|---|
| 6751 | { |
|---|
| 6752 | pt->next = (LocalHom *)calloc( 1, sizeof( LocalHom ) ); |
|---|
| 6753 | pt = pt->next; |
|---|
| 6754 | pt->next = NULL; |
|---|
| 6755 | lh->last = pt; |
|---|
| 6756 | } |
|---|
| 6757 | else // sonomamatsukau |
|---|
| 6758 | { |
|---|
| 6759 | lh->last = pt; |
|---|
| 6760 | } |
|---|
| 6761 | lh->nokori++; |
|---|
| 6762 | // fprintf( stderr, "in addlocalhom2_e, pt = %p, pt->next = %p, interm=%d, sti-eni-stj-enj=%d %d %d %d\n", pt, pt->next, interm, sti, eni, stj, enj ); |
|---|
| 6763 | |
|---|
| 6764 | pt->start1 = sti; |
|---|
| 6765 | pt->start2 = stj; |
|---|
| 6766 | pt->end1 = eni; |
|---|
| 6767 | pt->end2 = enj; |
|---|
| 6768 | pt->opt = opt; |
|---|
| 6769 | pt->extended = interm; |
|---|
| 6770 | pt->overlapaa = overlp; |
|---|
| 6771 | #if 0 |
|---|
| 6772 | fprintf( stderr, "i: %d-%d\n", sti, eni ); |
|---|
| 6773 | fprintf( stderr, "j: %d-%d\n", stj, enj ); |
|---|
| 6774 | fprintf( stderr, "opt=%f\n", opt ); |
|---|
| 6775 | fprintf( stderr, "overlp=%d\n", overlp ); |
|---|
| 6776 | #endif |
|---|
| 6777 | } |
|---|
| 6778 | |
|---|
| 6779 | void extendlocalhom2( int nseq, LocalHom **localhom, double **dist ) |
|---|
| 6780 | { |
|---|
| 6781 | int overlp, plim; |
|---|
| 6782 | int i, j, k; |
|---|
| 6783 | int pi, pj, pk, len; |
|---|
| 6784 | int status, sti, stj; |
|---|
| 6785 | int *ipt; |
|---|
| 6786 | int co; |
|---|
| 6787 | static int *ini = NULL; |
|---|
| 6788 | static int *inj = NULL; |
|---|
| 6789 | LocalHom *pt; |
|---|
| 6790 | |
|---|
| 6791 | sti = 0; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 6792 | stj = 0; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 6793 | |
|---|
| 6794 | if( ini == NULL ) |
|---|
| 6795 | { |
|---|
| 6796 | ini = AllocateIntVec( nlenmax+1 ); |
|---|
| 6797 | inj = AllocateIntVec( nlenmax+1 ); |
|---|
| 6798 | } |
|---|
| 6799 | |
|---|
| 6800 | |
|---|
| 6801 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) |
|---|
| 6802 | { |
|---|
| 6803 | for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 6804 | { |
|---|
| 6805 | #if 0 |
|---|
| 6806 | for( k=0; k<nseq; k++ ) sai[k] = 0; |
|---|
| 6807 | numint = ncons; |
|---|
| 6808 | while( 1 ) |
|---|
| 6809 | { |
|---|
| 6810 | k = (int)( rnd() * nseq ); |
|---|
| 6811 | if( k == i || k == j ) continue; // mou yatta nomo habuita hoga ii |
|---|
| 6812 | if( numint-- == 0 ) break; |
|---|
| 6813 | if( sai[k] ) continue; |
|---|
| 6814 | sai[k] = 1; |
|---|
| 6815 | #else |
|---|
| 6816 | for( k=0; k<nseq; k++ ) |
|---|
| 6817 | { |
|---|
| 6818 | #endif |
|---|
| 6819 | // fprintf( stderr, "i=%d, j=%d, k=%d, dists = %f,%f,%f thrinter=%f\n", i, j, k, dist[i][j], dist[MIN(i,k)][MAX(i,k)], dist[MIN(j,k)][MAX(j,k)], thrinter ); |
|---|
| 6820 | if( k == i || k == j ) continue; // mou yatta nomo habuita hoga ii |
|---|
| 6821 | if( dist[MIN(i,k)][MAX(i,k)] > dist[i][j] * thrinter || dist[MIN(j,k)][MAX(j,k)] > dist[i][j] * thrinter ) continue; |
|---|
| 6822 | ipt = ini; co = nlenmax+1; |
|---|
| 6823 | while( co-- ) *ipt++ = -1; |
|---|
| 6824 | ipt = inj; co = nlenmax+1; |
|---|
| 6825 | while( co-- ) *ipt++ = -1; |
|---|
| 6826 | overlp = 0; |
|---|
| 6827 | |
|---|
| 6828 | { |
|---|
| 6829 | for( pt=localhom[i]+k; pt; pt=pt->next ) |
|---|
| 6830 | { |
|---|
| 6831 | // fprintf( stderr, "i=%d,k=%d,st1:st2=%d:%d,pt=%p,extended=%p\n", i, k, pt->start1, pt->start2, pt, pt->extended ); |
|---|
| 6832 | if( pt->opt == -1 ) |
|---|
| 6833 | { |
|---|
| 6834 | fprintf( stderr, "opt kainaide tbfast.c = %f\n", pt->opt ); |
|---|
| 6835 | } |
|---|
| 6836 | if( pt->extended > -1 ) break; |
|---|
| 6837 | pi = pt->start1; |
|---|
| 6838 | pk = pt->start2; |
|---|
| 6839 | len = pt->end1 - pt->start1 + 1; |
|---|
| 6840 | ipt = ini + pk; |
|---|
| 6841 | while( len-- ) *ipt++ = pi++; |
|---|
| 6842 | } |
|---|
| 6843 | } |
|---|
| 6844 | |
|---|
| 6845 | { |
|---|
| 6846 | for( pt=localhom[j]+k; pt; pt=pt->next ) |
|---|
| 6847 | { |
|---|
| 6848 | if( pt->opt == -1 ) |
|---|
| 6849 | { |
|---|
| 6850 | fprintf( stderr, "opt kainaide tbfast.c = %f\n", pt->opt ); |
|---|
| 6851 | } |
|---|
| 6852 | if( pt->extended > -1 ) break; |
|---|
| 6853 | pj = pt->start1; |
|---|
| 6854 | pk = pt->start2; |
|---|
| 6855 | len = pt->end1 - pt->start1 + 1; |
|---|
| 6856 | ipt = inj + pk; |
|---|
| 6857 | while( len-- ) *ipt++ = pj++; |
|---|
| 6858 | } |
|---|
| 6859 | } |
|---|
| 6860 | #if 0 |
|---|
| 6861 | fprintf( stderr, "i=%d,j=%d,k=%d\n", i, j, k ); |
|---|
| 6862 | overlp = 0; |
|---|
| 6863 | for( pk = 0; pk < nlenmax; pk++ ) |
|---|
| 6864 | { |
|---|
| 6865 | if( ini[pk] != -1 && inj[pk] != -1 ) overlp++; |
|---|
| 6866 | fprintf( stderr, " %d", inj[pk] ); |
|---|
| 6867 | } |
|---|
| 6868 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6869 | |
|---|
| 6870 | fprintf( stderr, "i=%d,j=%d,k=%d\n", i, j, k ); |
|---|
| 6871 | overlp = 0; |
|---|
| 6872 | for( pk = 0; pk < nlenmax; pk++ ) |
|---|
| 6873 | { |
|---|
| 6874 | if( ini[pk] != -1 && inj[pk] != -1 ) overlp++; |
|---|
| 6875 | fprintf( stderr, " %d", ini[pk] ); |
|---|
| 6876 | } |
|---|
| 6877 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 6878 | #endif |
|---|
| 6879 | overlp = 0; |
|---|
| 6880 | plim = nlenmax+1; |
|---|
| 6881 | for( pk = 0; pk < plim; pk++ ) |
|---|
| 6882 | if( ini[pk] != -1 && inj[pk] != -1 ) overlp++; |
|---|
| 6883 | |
|---|
| 6884 | |
|---|
| 6885 | status = 0; |
|---|
| 6886 | plim = nlenmax+1; |
|---|
| 6887 | for( pk=0; pk<plim; pk++ ) |
|---|
| 6888 | { |
|---|
| 6889 | // fprintf( stderr, "%d %d: %d-%d\n", i, j, ini[pk], inj[pk] ); |
|---|
| 6890 | if( status ) |
|---|
| 6891 | { |
|---|
| 6892 | if( ini[pk] == -1 || inj[pk] == -1 || ini[pk-1] != ini[pk] - 1 || inj[pk-1] != inj[pk] - 1 ) // saigonoshori |
|---|
| 6893 | { |
|---|
| 6894 | status = 0; |
|---|
| 6895 | // fprintf( stderr, "end here!\n" ); |
|---|
| 6896 | |
|---|
| 6897 | pt = localhom[i][j].last; |
|---|
| 6898 | // fprintf( stderr, "in ex (ba), pt = %p, nokori=%d, i,j,k=%d,%d,%d\n", pt, localhom[i][j].nokori, i, j, k ); |
|---|
| 6899 | addlocalhom2_e( pt, localhom[i]+j, sti, stj, ini[pk-1], inj[pk-1], MIN( localhom[i][k].opt, localhom[j][k].opt ) * 1.0, overlp, k ); |
|---|
| 6900 | // fprintf( stderr, "in ex, pt = %p, pt->next = %p, pt->next->next = %p\n", pt, pt->next, pt->next->next ); |
|---|
| 6901 | |
|---|
| 6902 | pt = localhom[j][i].last; |
|---|
| 6903 | // fprintf( stderr, "in ex (ba), pt = %p, pt->next = %p\n", pt, pt->next ); |
|---|
| 6904 | // fprintf( stderr, "in ex (ba), pt = %p, pt->next = %p, k=%d\n", pt, pt->next, k ); |
|---|
| 6905 | addlocalhom2_e( pt, localhom[j]+i, stj, sti, inj[pk-1], ini[pk-1], MIN( localhom[i][k].opt, localhom[j][k].opt ) * 1.0, overlp, k ); |
|---|
| 6906 | // fprintf( stderr, "in ex, pt = %p, pt->next = %p, pt->next->next = %p\n", pt, pt->next, pt->next->next ); |
|---|
| 6907 | } |
|---|
| 6908 | } |
|---|
| 6909 | if( !status ) // else deha arimasenn. |
|---|
| 6910 | { |
|---|
| 6911 | if( ini[pk] == -1 || inj[pk] == -1 ) continue; |
|---|
| 6912 | sti = ini[pk]; |
|---|
| 6913 | stj = inj[pk]; |
|---|
| 6914 | // fprintf( stderr, "start here!\n" ); |
|---|
| 6915 | status = 1; |
|---|
| 6916 | } |
|---|
| 6917 | } |
|---|
| 6918 | // if( status ) fprintf( stderr, "end here\n" ); |
|---|
| 6919 | |
|---|
| 6920 | // exit( 1 ); |
|---|
| 6921 | // fprintf( hat3p, "%d %d %d %6.3f %d %d %d %d %p\n", i, j, tmpptr->overlapaa, tmpptr->opt, tmpptr->start1, tmpptr->end1, tmpptr->start2, tmpptr->end2, tmpptr->next ); |
|---|
| 6922 | } |
|---|
| 6923 | #if 0 |
|---|
| 6924 | for( pt=localhomtable[i]+j; pt; pt=pt->next ) |
|---|
| 6925 | { |
|---|
| 6926 | if( tmpptr->opt == -1.0 ) continue; |
|---|
| 6927 | fprintf( hat3p, "%d %d %d %6.3f %d %d %d %d %p\n", i, j, tmpptr->overlapaa, tmpptr->opt, tmpptr->start1, tmpptr->end1, tmpptr->start2, tmpptr->end2, tmpptr->next ); |
|---|
| 6928 | } |
|---|
| 6929 | #endif |
|---|
| 6930 | } |
|---|
| 6931 | } |
|---|
| 6932 | } |
|---|
| 6933 | |
|---|
| 6934 | int makelocal( char *s1, char *s2, int thr ) |
|---|
| 6935 | { |
|---|
| 6936 | int start, maxstart, maxend; |
|---|
| 6937 | char *pt1, *pt2; |
|---|
| 6938 | double score; |
|---|
| 6939 | double maxscore; |
|---|
| 6940 | |
|---|
| 6941 | pt1 = s1; |
|---|
| 6942 | pt2 = s2; |
|---|
| 6943 | |
|---|
| 6944 | maxend = 0; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 6945 | |
|---|
| 6946 | // fprintf( stderr, "thr = %d, \ns1 = %s\ns2 = %s\n", thr, s1, s2 ); |
|---|
| 6947 | maxscore = 0.0; |
|---|
| 6948 | score = 0.0; |
|---|
| 6949 | start = 0; |
|---|
| 6950 | maxstart = 0; |
|---|
| 6951 | while( *pt1 ) |
|---|
| 6952 | { |
|---|
| 6953 | // fprintf( stderr, "*pt1 = %c*pt2 = %c\n", *pt1, *pt2 ); |
|---|
| 6954 | if( *pt1 == '-' || *pt2 == '-' ) |
|---|
| 6955 | { |
|---|
| 6956 | // fprintf( stderr, "penalty = %d\n", penalty ); |
|---|
| 6957 | score += penalty; |
|---|
| 6958 | while( *pt1 == '-' || *pt2 == '-' ) |
|---|
| 6959 | { |
|---|
| 6960 | pt1++; pt2++; |
|---|
| 6961 | } |
|---|
| 6962 | continue; |
|---|
| 6963 | } |
|---|
| 6964 | |
|---|
| 6965 | score += ( amino_dis[(int)*pt1++][(int)*pt2++] - thr ); |
|---|
| 6966 | // score += ( amino_dis[(int)*pt1++][(int)*pt2++] ); |
|---|
| 6967 | if( score > maxscore ) |
|---|
| 6968 | { |
|---|
| 6969 | // fprintf( stderr, "score = %f\n", score ); |
|---|
| 6970 | maxscore = score; |
|---|
| 6971 | maxstart = start; |
|---|
| 6972 | // fprintf( stderr, "## max! maxstart = %d, start = %d\n", maxstart, start ); |
|---|
| 6973 | } |
|---|
| 6974 | if( score < 0.0 ) |
|---|
| 6975 | { |
|---|
| 6976 | // fprintf( stderr, "## resetting, start = %d, maxstart = %d\n", start, maxstart ); |
|---|
| 6977 | if( start == maxstart ) |
|---|
| 6978 | { |
|---|
| 6979 | maxend = pt1 - s1; |
|---|
| 6980 | // fprintf( stderr, "maxend = %d\n", maxend ); |
|---|
| 6981 | } |
|---|
| 6982 | score = 0.0; |
|---|
| 6983 | start = pt1 - s1; |
|---|
| 6984 | } |
|---|
| 6985 | } |
|---|
| 6986 | if( start == maxstart ) |
|---|
| 6987 | maxend = pt1 - s1 - 1; |
|---|
| 6988 | |
|---|
| 6989 | // fprintf( stderr, "maxstart = %d, maxend = %d, maxscore = %f\n", maxstart, maxend, maxscore ); |
|---|
| 6990 | s1[maxend+1] = 0; |
|---|
| 6991 | s2[maxend+1] = 0; |
|---|
| 6992 | return( maxstart ); |
|---|
| 6993 | } |
|---|
| 6994 | |
|---|
| 6995 | void resetlocalhom( int nseq, LocalHom **lh ) |
|---|
| 6996 | { |
|---|
| 6997 | int i, j; |
|---|
| 6998 | LocalHom *pt; |
|---|
| 6999 | |
|---|
| 7000 | for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 7001 | { |
|---|
| 7002 | for( pt=lh[i]+j; pt; pt=pt->next ) |
|---|
| 7003 | pt->opt = 1.0; |
|---|
| 7004 | } |
|---|
| 7005 | |
|---|
| 7006 | } |
|---|
| 7007 | |
|---|
| 7008 | void gapireru( char *res, char *ori, char *gt ) |
|---|
| 7009 | { |
|---|
| 7010 | char g; |
|---|
| 7011 | while( (g = *gt++) ) |
|---|
| 7012 | { |
|---|
| 7013 | if( g == '-' ) |
|---|
| 7014 | { |
|---|
| 7015 | *res++ = *newgapstr; |
|---|
| 7016 | } |
|---|
| 7017 | else |
|---|
| 7018 | { |
|---|
| 7019 | *res++ = *ori++; |
|---|
| 7020 | } |
|---|
| 7021 | } |
|---|
| 7022 | *res = 0; |
|---|
| 7023 | } |
|---|
| 7024 | |
|---|
| 7025 | void getkyokaigap( char *g, char **s, int pos, int n ) |
|---|
| 7026 | { |
|---|
| 7027 | // char *bk = g; |
|---|
| 7028 | // while( n-- ) *g++ = '-'; |
|---|
| 7029 | while( n-- ) *g++ = (*s++)[pos]; |
|---|
| 7030 | |
|---|
| 7031 | // fprintf( stderr, "bk = %s\n", bk ); |
|---|
| 7032 | } |
|---|
| 7033 | |
|---|
| 7034 | void new_OpeningGapCount( float *ogcp, int clus, char **seq, double *eff, int len, char *sgappat ) |
|---|
| 7035 | #if 0 |
|---|
| 7036 | { |
|---|
| 7037 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7038 | float feff; |
|---|
| 7039 | |
|---|
| 7040 | |
|---|
| 7041 | for( i=0; i<len+1; i++ ) ogcp[i] = 0.0; |
|---|
| 7042 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7043 | { |
|---|
| 7044 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7045 | gc = ( sgappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7046 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 7047 | { |
|---|
| 7048 | gb = gc; |
|---|
| 7049 | gc = ( seq[j][i] == '-' ); |
|---|
| 7050 | if( !gb * gc ) ogcp[i] += feff; |
|---|
| 7051 | } |
|---|
| 7052 | } |
|---|
| 7053 | } |
|---|
| 7054 | #else |
|---|
| 7055 | { |
|---|
| 7056 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7057 | float feff; |
|---|
| 7058 | float *fpt; |
|---|
| 7059 | char *spt; |
|---|
| 7060 | |
|---|
| 7061 | fpt = ogcp; |
|---|
| 7062 | i = len; |
|---|
| 7063 | while( i-- ) *fpt++ = 0.0; |
|---|
| 7064 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7065 | { |
|---|
| 7066 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7067 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7068 | fpt = ogcp; |
|---|
| 7069 | gc = ( sgappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7070 | i = len; |
|---|
| 7071 | while( i-- ) |
|---|
| 7072 | { |
|---|
| 7073 | gb = gc; |
|---|
| 7074 | gc = ( *spt++ == '-' ); |
|---|
| 7075 | { |
|---|
| 7076 | if( !gb * gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7077 | fpt++; |
|---|
| 7078 | } |
|---|
| 7079 | } |
|---|
| 7080 | } |
|---|
| 7081 | } |
|---|
| 7082 | #endif |
|---|
| 7083 | void new_OpeningGapCount_zure( float *ogcp, int clus, char **seq, double *eff, int len, char *sgappat, char *egappat ) |
|---|
| 7084 | #if 0 |
|---|
| 7085 | { |
|---|
| 7086 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7087 | float feff; |
|---|
| 7088 | |
|---|
| 7089 | |
|---|
| 7090 | for( i=0; i<len+1; i++ ) ogcp[i] = 0.0; |
|---|
| 7091 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7092 | { |
|---|
| 7093 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7094 | gc = ( sgappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7095 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 7096 | { |
|---|
| 7097 | gb = gc; |
|---|
| 7098 | gc = ( seq[j][i] == '-' ); |
|---|
| 7099 | if( !gb * gc ) ogcp[i] += feff; |
|---|
| 7100 | } |
|---|
| 7101 | { |
|---|
| 7102 | gb = gc; |
|---|
| 7103 | gc = ( egappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7104 | if( !gb * gc ) ogcp[i] += feff; |
|---|
| 7105 | } |
|---|
| 7106 | } |
|---|
| 7107 | } |
|---|
| 7108 | #else |
|---|
| 7109 | { |
|---|
| 7110 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7111 | float feff; |
|---|
| 7112 | float *fpt; |
|---|
| 7113 | char *spt; |
|---|
| 7114 | |
|---|
| 7115 | fpt = ogcp; |
|---|
| 7116 | i = len+2; |
|---|
| 7117 | while( i-- ) *fpt++ = 0.0; |
|---|
| 7118 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7119 | { |
|---|
| 7120 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7121 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7122 | fpt = ogcp; |
|---|
| 7123 | gc = ( sgappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7124 | i = len; |
|---|
| 7125 | while( i-- ) |
|---|
| 7126 | { |
|---|
| 7127 | gb = gc; |
|---|
| 7128 | gc = ( *spt++ == '-' ); |
|---|
| 7129 | { |
|---|
| 7130 | if( !gb * gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7131 | fpt++; |
|---|
| 7132 | } |
|---|
| 7133 | } |
|---|
| 7134 | { |
|---|
| 7135 | gb = gc; |
|---|
| 7136 | gc = ( egappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7137 | if( !gb * gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7138 | } |
|---|
| 7139 | } |
|---|
| 7140 | } |
|---|
| 7141 | #endif |
|---|
| 7142 | |
|---|
| 7143 | void new_FinalGapCount_zure( float *fgcp, int clus, char **seq, double *eff, int len, char *sgappat, char *egappat ) |
|---|
| 7144 | #if 0 |
|---|
| 7145 | { |
|---|
| 7146 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7147 | float feff; |
|---|
| 7148 | |
|---|
| 7149 | for( i=0; i<len+1; i++ ) fgcp[i] = 0.0; |
|---|
| 7150 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7151 | { |
|---|
| 7152 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7153 | gc = ( sgappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7154 | for( i=0; i<len; i++ ) |
|---|
| 7155 | { |
|---|
| 7156 | gb = gc; |
|---|
| 7157 | gc = ( seq[j][i] == '-' ); |
|---|
| 7158 | { |
|---|
| 7159 | if( gb * !gc ) fgcp[i] += feff; |
|---|
| 7160 | } |
|---|
| 7161 | } |
|---|
| 7162 | { |
|---|
| 7163 | gb = gc; |
|---|
| 7164 | gc = ( egappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7165 | { |
|---|
| 7166 | if( gb * !gc ) fgcp[len] += feff; |
|---|
| 7167 | } |
|---|
| 7168 | } |
|---|
| 7169 | } |
|---|
| 7170 | } |
|---|
| 7171 | #else |
|---|
| 7172 | { |
|---|
| 7173 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7174 | float feff; |
|---|
| 7175 | float *fpt; |
|---|
| 7176 | char *spt; |
|---|
| 7177 | |
|---|
| 7178 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7179 | i = len+2; |
|---|
| 7180 | while( i-- ) *fpt++ = 0.0; |
|---|
| 7181 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7182 | { |
|---|
| 7183 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7184 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7185 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7186 | gc = ( sgappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7187 | i = len; |
|---|
| 7188 | while( i-- ) |
|---|
| 7189 | { |
|---|
| 7190 | gb = gc; |
|---|
| 7191 | gc = ( *spt++ == '-' ); |
|---|
| 7192 | { |
|---|
| 7193 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7194 | fpt++; |
|---|
| 7195 | } |
|---|
| 7196 | } |
|---|
| 7197 | { |
|---|
| 7198 | gb = gc; |
|---|
| 7199 | gc = ( egappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7200 | { |
|---|
| 7201 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7202 | } |
|---|
| 7203 | } |
|---|
| 7204 | } |
|---|
| 7205 | } |
|---|
| 7206 | #endif |
|---|
| 7207 | void new_FinalGapCount( float *fgcp, int clus, char **seq, double *eff, int len, char *egappat ) |
|---|
| 7208 | #if 0 |
|---|
| 7209 | { |
|---|
| 7210 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7211 | float feff; |
|---|
| 7212 | |
|---|
| 7213 | for( i=0; i<len; i++ ) fgcp[i] = 0.0; |
|---|
| 7214 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7215 | { |
|---|
| 7216 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7217 | gc = ( seq[j][0] == '-' ); |
|---|
| 7218 | for( i=1; i<len; i++ ) |
|---|
| 7219 | { |
|---|
| 7220 | gb = gc; |
|---|
| 7221 | gc = ( seq[j][i] == '-' ); |
|---|
| 7222 | { |
|---|
| 7223 | if( gb * !gc ) fgcp[i-1] += feff; |
|---|
| 7224 | } |
|---|
| 7225 | } |
|---|
| 7226 | { |
|---|
| 7227 | gb = gc; |
|---|
| 7228 | gc = ( egappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7229 | { |
|---|
| 7230 | if( gb * !gc ) fgcp[len-1] += feff; |
|---|
| 7231 | } |
|---|
| 7232 | } |
|---|
| 7233 | } |
|---|
| 7234 | } |
|---|
| 7235 | #else |
|---|
| 7236 | { |
|---|
| 7237 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7238 | float feff; |
|---|
| 7239 | float *fpt; |
|---|
| 7240 | char *spt; |
|---|
| 7241 | |
|---|
| 7242 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7243 | i = len; |
|---|
| 7244 | while( i-- ) *fpt++ = 0.0; |
|---|
| 7245 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7246 | { |
|---|
| 7247 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7248 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7249 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7250 | gc = ( *spt == '-' ); |
|---|
| 7251 | i = len; |
|---|
| 7252 | while( i-- ) |
|---|
| 7253 | { |
|---|
| 7254 | gb = gc; |
|---|
| 7255 | gc = ( *++spt == '-' ); |
|---|
| 7256 | { |
|---|
| 7257 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7258 | fpt++; |
|---|
| 7259 | } |
|---|
| 7260 | } |
|---|
| 7261 | { |
|---|
| 7262 | gb = gc; |
|---|
| 7263 | gc = ( egappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7264 | { |
|---|
| 7265 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7266 | } |
|---|
| 7267 | } |
|---|
| 7268 | } |
|---|
| 7269 | } |
|---|
| 7270 | #endif |
|---|
| 7271 | |
|---|
| 7272 | void st_OpeningGapCount( float *ogcp, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7273 | { |
|---|
| 7274 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7275 | float feff; |
|---|
| 7276 | float *fpt; |
|---|
| 7277 | char *spt; |
|---|
| 7278 | |
|---|
| 7279 | fpt = ogcp; |
|---|
| 7280 | i = len; |
|---|
| 7281 | while( i-- ) *fpt++ = 0.0; |
|---|
| 7282 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7283 | { |
|---|
| 7284 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7285 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7286 | fpt = ogcp; |
|---|
| 7287 | gc = 0; |
|---|
| 7288 | // gc = 1; |
|---|
| 7289 | i = len; |
|---|
| 7290 | while( i-- ) |
|---|
| 7291 | { |
|---|
| 7292 | gb = gc; |
|---|
| 7293 | gc = ( *spt++ == '-' ); |
|---|
| 7294 | { |
|---|
| 7295 | if( !gb * gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7296 | fpt++; |
|---|
| 7297 | } |
|---|
| 7298 | } |
|---|
| 7299 | } |
|---|
| 7300 | ogcp[len] = 0.0; |
|---|
| 7301 | } |
|---|
| 7302 | |
|---|
| 7303 | void st_FinalGapCount_zure( float *fgcp, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7304 | { |
|---|
| 7305 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7306 | float feff; |
|---|
| 7307 | float *fpt; |
|---|
| 7308 | char *spt; |
|---|
| 7309 | |
|---|
| 7310 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7311 | i = len+1; |
|---|
| 7312 | while( i-- ) *fpt++ = 0.0; |
|---|
| 7313 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7314 | { |
|---|
| 7315 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7316 | fpt = fgcp+1; |
|---|
| 7317 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7318 | gc = ( *spt == '-' ); |
|---|
| 7319 | i = len; |
|---|
| 7320 | // for( i=1; i<len; i++ ) |
|---|
| 7321 | while( i-- ) |
|---|
| 7322 | { |
|---|
| 7323 | gb = gc; |
|---|
| 7324 | gc = ( *++spt == '-' ); |
|---|
| 7325 | { |
|---|
| 7326 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7327 | fpt++; |
|---|
| 7328 | } |
|---|
| 7329 | } |
|---|
| 7330 | { |
|---|
| 7331 | gb = gc; |
|---|
| 7332 | gc = 0; |
|---|
| 7333 | // gc = 1; |
|---|
| 7334 | { |
|---|
| 7335 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7336 | } |
|---|
| 7337 | } |
|---|
| 7338 | } |
|---|
| 7339 | } |
|---|
| 7340 | |
|---|
| 7341 | void st_FinalGapCount( float *fgcp, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7342 | { |
|---|
| 7343 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7344 | float feff; |
|---|
| 7345 | float *fpt; |
|---|
| 7346 | char *spt; |
|---|
| 7347 | |
|---|
| 7348 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7349 | i = len; |
|---|
| 7350 | while( i-- ) *fpt++ = 0.0; |
|---|
| 7351 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7352 | { |
|---|
| 7353 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7354 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7355 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7356 | gc = ( *spt == '-' ); |
|---|
| 7357 | i = len; |
|---|
| 7358 | // for( i=1; i<len; i++ ) |
|---|
| 7359 | while( i-- ) |
|---|
| 7360 | { |
|---|
| 7361 | gb = gc; |
|---|
| 7362 | gc = ( *++spt == '-' ); |
|---|
| 7363 | { |
|---|
| 7364 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7365 | fpt++; |
|---|
| 7366 | } |
|---|
| 7367 | } |
|---|
| 7368 | { |
|---|
| 7369 | gb = gc; |
|---|
| 7370 | gc = 0; |
|---|
| 7371 | // gc = 1; |
|---|
| 7372 | { |
|---|
| 7373 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7374 | } |
|---|
| 7375 | } |
|---|
| 7376 | } |
|---|
| 7377 | } |
|---|
| 7378 | |
|---|
| 7379 | void getGapPattern( float *fgcp, int clus, char **seq, double *eff, int len, char *xxx ) |
|---|
| 7380 | { |
|---|
| 7381 | int i, j, gc, gb; |
|---|
| 7382 | float feff; |
|---|
| 7383 | float *fpt; |
|---|
| 7384 | char *spt; |
|---|
| 7385 | |
|---|
| 7386 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7387 | i = len+1; |
|---|
| 7388 | while( i-- ) *fpt++ = 0.0; |
|---|
| 7389 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7390 | { |
|---|
| 7391 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7392 | fpt = fgcp; |
|---|
| 7393 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7394 | gc = ( *spt == '-' ); |
|---|
| 7395 | i = len+1; |
|---|
| 7396 | while( i-- ) |
|---|
| 7397 | { |
|---|
| 7398 | gb = gc; |
|---|
| 7399 | gc = ( *++spt == '-' ); |
|---|
| 7400 | { |
|---|
| 7401 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7402 | fpt++; |
|---|
| 7403 | } |
|---|
| 7404 | } |
|---|
| 7405 | #if 0 |
|---|
| 7406 | { |
|---|
| 7407 | gb = gc; |
|---|
| 7408 | gc = ( egappat[j] == '-' ); |
|---|
| 7409 | { |
|---|
| 7410 | if( gb * !gc ) *fpt += feff; |
|---|
| 7411 | } |
|---|
| 7412 | } |
|---|
| 7413 | #endif |
|---|
| 7414 | } |
|---|
| 7415 | for( j=0; j<len; j++ ) |
|---|
| 7416 | { |
|---|
| 7417 | fprintf( stderr, "%d, %f\n", j, fgcp[j] ); |
|---|
| 7418 | } |
|---|
| 7419 | } |
|---|
| 7420 | |
|---|
| 7421 | void getdigapfreq_st( float *freq, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7422 | { |
|---|
| 7423 | int i, j; |
|---|
| 7424 | float feff; |
|---|
| 7425 | for( i=0; i<len+1; i++ ) freq[i] = 0.0; |
|---|
| 7426 | for( i=0; i<clus; i++ ) |
|---|
| 7427 | { |
|---|
| 7428 | feff = eff[i]; |
|---|
| 7429 | if( 0 && seq[i][0] == '-' ) // machigai kamo |
|---|
| 7430 | freq[0] += feff; |
|---|
| 7431 | for( j=1; j<len; j++ ) |
|---|
| 7432 | { |
|---|
| 7433 | if( seq[i][j] == '-' && seq[i][j-1] == '-' ) |
|---|
| 7434 | freq[j] += feff; |
|---|
| 7435 | } |
|---|
| 7436 | if( 0 && seq[i][len-1] == '-' ) |
|---|
| 7437 | freq[len] += feff; |
|---|
| 7438 | } |
|---|
| 7439 | // fprintf( stderr, "\ndigapf = \n" ); |
|---|
| 7440 | // for( i=0; i<len+1; i++ ) fprintf( stderr, "%5.3f ", freq[i] ); |
|---|
| 7441 | } |
|---|
| 7442 | |
|---|
| 7443 | void getdiaminofreq_x( float *freq, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7444 | { |
|---|
| 7445 | int i, j; |
|---|
| 7446 | float feff; |
|---|
| 7447 | for( i=0; i<len+2; i++ ) freq[i] = 0.0; |
|---|
| 7448 | for( i=0; i<clus; i++ ) |
|---|
| 7449 | { |
|---|
| 7450 | feff = eff[i]; |
|---|
| 7451 | if( seq[i][0] != '-' ) // tadashii |
|---|
| 7452 | freq[0] += feff; |
|---|
| 7453 | for( j=1; j<len; j++ ) |
|---|
| 7454 | { |
|---|
| 7455 | if( seq[i][j] != '-' && seq[i][j-1] != '-' ) |
|---|
| 7456 | freq[j] += feff; |
|---|
| 7457 | } |
|---|
| 7458 | if( 1 && seq[i][len-1] != '-' ) // xxx wo tsukawanaitoki [len-1] nomi |
|---|
| 7459 | freq[len] += feff; |
|---|
| 7460 | } |
|---|
| 7461 | // fprintf( stderr, "\ndiaaf = \n" ); |
|---|
| 7462 | // for( i=0; i<len+1; i++ ) fprintf( stderr, "%5.3f ", freq[i] ); |
|---|
| 7463 | } |
|---|
| 7464 | |
|---|
| 7465 | void getdiaminofreq_st( float *freq, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7466 | { |
|---|
| 7467 | int i, j; |
|---|
| 7468 | float feff; |
|---|
| 7469 | for( i=0; i<len+1; i++ ) freq[i] = 0.0; |
|---|
| 7470 | for( i=0; i<clus; i++ ) |
|---|
| 7471 | { |
|---|
| 7472 | feff = eff[i]; |
|---|
| 7473 | if( seq[i][0] != '-' ) |
|---|
| 7474 | freq[0] += feff; |
|---|
| 7475 | for( j=1; j<len; j++ ) |
|---|
| 7476 | { |
|---|
| 7477 | if( seq[i][j] != '-' && seq[i][j-1] != '-' ) |
|---|
| 7478 | freq[j] += feff; |
|---|
| 7479 | } |
|---|
| 7480 | // if( 1 && seq[i][len-1] != '-' ) // xxx wo tsukawanaitoki [len-1] nomi |
|---|
| 7481 | freq[len] += feff; |
|---|
| 7482 | } |
|---|
| 7483 | // fprintf( stderr, "\ndiaaf = \n" ); |
|---|
| 7484 | // for( i=0; i<len+1; i++ ) fprintf( stderr, "%5.3f ", freq[i] ); |
|---|
| 7485 | } |
|---|
| 7486 | |
|---|
| 7487 | void getdigapfreq_part( float *freq, int clus, char **seq, double *eff, int len, char *sgappat, char *egappat ) |
|---|
| 7488 | { |
|---|
| 7489 | int i, j; |
|---|
| 7490 | float feff; |
|---|
| 7491 | for( i=0; i<len+2; i++ ) freq[i] = 0.0; |
|---|
| 7492 | for( i=0; i<clus; i++ ) |
|---|
| 7493 | { |
|---|
| 7494 | feff = eff[i]; |
|---|
| 7495 | // if( seq[i][0] == '-' ) |
|---|
| 7496 | if( seq[i][0] == '-' && sgappat[i] == '-' ) |
|---|
| 7497 | freq[0] += feff; |
|---|
| 7498 | for( j=1; j<len; j++ ) |
|---|
| 7499 | { |
|---|
| 7500 | if( seq[i][j] == '-' && seq[i][j-1] == '-' ) |
|---|
| 7501 | freq[j] += feff; |
|---|
| 7502 | } |
|---|
| 7503 | // if( seq[i][len] == '-' && seq[i][len-1] == '-' ) // xxx wo tsukawanaitoki arienai |
|---|
| 7504 | if( egappat[i] == '-' && seq[i][len-1] == '-' ) |
|---|
| 7505 | freq[len] += feff; |
|---|
| 7506 | } |
|---|
| 7507 | // fprintf( stderr, "\ndigapf = \n" ); |
|---|
| 7508 | // for( i=0; i<len+1; i++ ) fprintf( stderr, "%5.3f ", freq[i] ); |
|---|
| 7509 | } |
|---|
| 7510 | |
|---|
| 7511 | void getdiaminofreq_part( float *freq, int clus, char **seq, double *eff, int len, char *sgappat, char *egappat ) |
|---|
| 7512 | { |
|---|
| 7513 | int i, j; |
|---|
| 7514 | float feff; |
|---|
| 7515 | for( i=0; i<len+2; i++ ) freq[i] = 0.0; |
|---|
| 7516 | for( i=0; i<clus; i++ ) |
|---|
| 7517 | { |
|---|
| 7518 | feff = eff[i]; |
|---|
| 7519 | if( seq[i][0] != '-' && sgappat[i] != '-' ) |
|---|
| 7520 | freq[0] += feff; |
|---|
| 7521 | for( j=1; j<len; j++ ) |
|---|
| 7522 | { |
|---|
| 7523 | if( seq[i][j] != '-' && seq[i][j-1] != '-' ) |
|---|
| 7524 | freq[j] += feff; |
|---|
| 7525 | } |
|---|
| 7526 | // if( 1 && seq[i][len-1] != '-' ) // xxx wo tsukawanaitoki [len-1] nomi |
|---|
| 7527 | if( egappat[i] != '-' && seq[i][len-1] != '-' ) // xxx wo tsukawanaitoki [len-1] nomi |
|---|
| 7528 | freq[len] += feff; |
|---|
| 7529 | } |
|---|
| 7530 | // fprintf( stderr, "\ndiaaf = \n" ); |
|---|
| 7531 | // for( i=0; i<len+1; i++ ) fprintf( stderr, "%5.3f ", freq[i] ); |
|---|
| 7532 | } |
|---|
| 7533 | |
|---|
| 7534 | void getgapfreq_zure_part( float *freq, int clus, char **seq, double *eff, int len, char *sgap ) |
|---|
| 7535 | { |
|---|
| 7536 | int i, j; |
|---|
| 7537 | float feff; |
|---|
| 7538 | for( i=0; i<len+2; i++ ) freq[i] = 0.0; |
|---|
| 7539 | for( i=0; i<clus; i++ ) |
|---|
| 7540 | { |
|---|
| 7541 | feff = eff[i]; |
|---|
| 7542 | if( sgap[i] == '-' ) |
|---|
| 7543 | freq[0] += feff; |
|---|
| 7544 | for( j=0; j<len; j++ ) |
|---|
| 7545 | { |
|---|
| 7546 | if( seq[i][j] == '-' ) |
|---|
| 7547 | freq[j+1] += feff; |
|---|
| 7548 | } |
|---|
| 7549 | // if( egap[i] == '-' ) |
|---|
| 7550 | // freq[len+1] += feff; |
|---|
| 7551 | } |
|---|
| 7552 | // fprintf( stderr, "\ngapf = \n" ); |
|---|
| 7553 | // for( i=0; i<len+1; i++ ) fprintf( stderr, "%5.3f ", freq[i] ); |
|---|
| 7554 | } |
|---|
| 7555 | |
|---|
| 7556 | void getgapfreq_zure( float *freq, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7557 | { |
|---|
| 7558 | int i, j; |
|---|
| 7559 | float feff; |
|---|
| 7560 | for( i=0; i<len+1; i++ ) freq[i] = 0.0; |
|---|
| 7561 | for( i=0; i<clus; i++ ) |
|---|
| 7562 | { |
|---|
| 7563 | feff = eff[i]; |
|---|
| 7564 | for( j=0; j<len; j++ ) |
|---|
| 7565 | { |
|---|
| 7566 | if( seq[i][j] == '-' ) |
|---|
| 7567 | freq[j+1] += feff; |
|---|
| 7568 | } |
|---|
| 7569 | } |
|---|
| 7570 | freq[len+1] = 0.0; |
|---|
| 7571 | // fprintf( stderr, "\ngapf = \n" ); |
|---|
| 7572 | // for( i=0; i<len+1; i++ ) fprintf( stderr, "%5.3f ", freq[i] ); |
|---|
| 7573 | } |
|---|
| 7574 | |
|---|
| 7575 | void getgapfreq( float *freq, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7576 | { |
|---|
| 7577 | int i, j; |
|---|
| 7578 | float feff; |
|---|
| 7579 | for( i=0; i<len+1; i++ ) freq[i] = 0.0; |
|---|
| 7580 | for( i=0; i<clus; i++ ) |
|---|
| 7581 | { |
|---|
| 7582 | feff = eff[i]; |
|---|
| 7583 | for( j=0; j<len; j++ ) |
|---|
| 7584 | { |
|---|
| 7585 | if( seq[i][j] == '-' ) |
|---|
| 7586 | freq[j] += feff; |
|---|
| 7587 | } |
|---|
| 7588 | } |
|---|
| 7589 | freq[len] = 0.0; |
|---|
| 7590 | // fprintf( stderr, "\ngapf = \n" ); |
|---|
| 7591 | // for( i=0; i<len+1; i++ ) fprintf( stderr, "%5.3f ", freq[i] ); |
|---|
| 7592 | } |
|---|
| 7593 | |
|---|
| 7594 | void st_getGapPattern( Gappat **pat, int clus, char **seq, double *eff, int len ) |
|---|
| 7595 | { |
|---|
| 7596 | int i, j, k, gb, gc; |
|---|
| 7597 | int known; |
|---|
| 7598 | float feff; |
|---|
| 7599 | Gappat **fpt; |
|---|
| 7600 | char *spt; |
|---|
| 7601 | int gaplen; |
|---|
| 7602 | |
|---|
| 7603 | fpt = pat; |
|---|
| 7604 | i = len+1; |
|---|
| 7605 | while( i-- ) |
|---|
| 7606 | { |
|---|
| 7607 | if( *fpt ) free( *fpt ); |
|---|
| 7608 | *fpt++ = NULL; |
|---|
| 7609 | } |
|---|
| 7610 | |
|---|
| 7611 | for( j=0; j<clus; j++ ) |
|---|
| 7612 | { |
|---|
| 7613 | // fprintf( stderr, "seq[%d] = %s\n", j, seq[j] ); |
|---|
| 7614 | feff = (float)eff[j]; |
|---|
| 7615 | |
|---|
| 7616 | fpt = pat; |
|---|
| 7617 | *fpt = NULL; // Falign.c kara yobareru tokiha chigau. |
|---|
| 7618 | spt = seq[j]; |
|---|
| 7619 | gc = 0; |
|---|
| 7620 | gaplen = 0; |
|---|
| 7621 | |
|---|
| 7622 | for( i=0; i<len+1; i++ ) |
|---|
| 7623 | // while( i-- ) |
|---|
| 7624 | { |
|---|
| 7625 | // fprintf( stderr, "i=%d, gaplen = %d\n", i, gaplen ); |
|---|
| 7626 | gb = gc; |
|---|
| 7627 | gc = ( i != len && *spt++ == '-' ); |
|---|
| 7628 | if( gc ) |
|---|
| 7629 | gaplen++; |
|---|
| 7630 | else |
|---|
| 7631 | { |
|---|
| 7632 | if( gb && gaplen ) |
|---|
| 7633 | { |
|---|
| 7634 | k = 1; |
|---|
| 7635 | known = 0; |
|---|
| 7636 | if( *fpt ) for( ; (*fpt)[k].len != -1; k++ ) |
|---|
| 7637 | { |
|---|
| 7638 | if( (*fpt)[k].len == gaplen ) |
|---|
| 7639 | { |
|---|
| 7640 | // fprintf( stderr, "known\n" ); |
|---|
| 7641 | known = 1; |
|---|
| 7642 | break; |
|---|
| 7643 | } |
|---|
| 7644 | } |
|---|
| 7645 | |
|---|
| 7646 | if( known == 0 ) |
|---|
| 7647 | { |
|---|
| 7648 | *fpt = (Gappat *)realloc( *fpt, (k+3) * sizeof( Gappat ) ); // mae1 (total), ato2 (len0), term |
|---|
| 7649 | if( !*fpt ) |
|---|
| 7650 | { |
|---|
| 7651 | fprintf( stderr, "Cannot allocate gappattern!'n" ); |
|---|
| 7652 | fprintf( stderr, "Use an approximate method, with the --mafft5 option.\n" ); |
|---|
| 7653 | exit( 1 ); |
|---|
| 7654 | } |
|---|
| 7655 | (*fpt)[k].freq = 0.0; |
|---|
| 7656 | (*fpt)[k].len = gaplen; |
|---|
| 7657 | (*fpt)[k+1].len = -1; |
|---|
| 7658 | (*fpt)[k+1].freq = 0.0; // iranai |
|---|
| 7659 | // fprintf( stderr, "gaplen=%d, Unknown, %f\n", gaplen, (*fpt)[k].freq ); |
|---|
| 7660 | } |
|---|
| 7661 | |
|---|
| 7662 | // fprintf( stderr, "adding pos %d, len=%d, k=%d, freq=%f->", i, gaplen, k, (*fpt)[k].freq ); |
|---|
| 7663 | (*fpt)[k].freq += feff; |
|---|
| 7664 | // fprintf( stderr, "%f\n", (*fpt)[k].freq ); |
|---|
| 7665 | gaplen = 0; |
|---|
| 7666 | } |
|---|
| 7667 | } |
|---|
| 7668 | fpt++; |
|---|
| 7669 | } |
|---|
| 7670 | } |
|---|
| 7671 | #if 1 |
|---|
| 7672 | for( j=0; j<len+1; j++ ) |
|---|
| 7673 | { |
|---|
| 7674 | if( pat[j] ) |
|---|
| 7675 | { |
|---|
| 7676 | // fprintf( stderr, "j=%d\n", j ); |
|---|
| 7677 | // for( i=1; pat[j][i].len!=-1; i++ ) |
|---|
| 7678 | // fprintf( stderr, "pos=%d, i=%d, len=%d, freq=%f\n", j, i, pat[j][i].len, pat[j][i].freq ); |
|---|
| 7679 | |
|---|
| 7680 | pat[j][0].len = 0; // iminashi |
|---|
| 7681 | pat[j][0].freq = 0.0; |
|---|
| 7682 | for( i=1; pat[j][i].len!=-1;i++ ) |
|---|
| 7683 | { |
|---|
| 7684 | pat[j][0].freq += pat[j][i].freq; |
|---|
| 7685 | // fprintf( stderr, "totaling, i=%d, result = %f\n", i, pat[j][0].freq ); |
|---|
| 7686 | } |
|---|
| 7687 | // fprintf( stderr, "totaled, result = %f\n", pat[j][0].freq ); |
|---|
| 7688 | |
|---|
| 7689 | pat[j][i].freq = 1.0 - pat[j][0].freq; |
|---|
| 7690 | pat[j][i].len = 0; // imiari |
|---|
| 7691 | pat[j][i+1].len = -1; |
|---|
| 7692 | } |
|---|
| 7693 | else |
|---|
| 7694 | { |
|---|
| 7695 | pat[j] = (Gappat *)calloc( 3, sizeof( Gappat ) ); |
|---|
| 7696 | pat[j][0].freq = 0.0; |
|---|
| 7697 | pat[j][0].len = 0; // iminashi |
|---|
| 7698 | |
|---|
| 7699 | pat[j][1].freq = 1.0 - pat[j][0].freq; |
|---|
| 7700 | pat[j][1].len = 0; // imiari |
|---|
| 7701 | pat[j][2].len = -1; |
|---|
| 7702 | } |
|---|
| 7703 | } |
|---|
| 7704 | #endif |
|---|
| 7705 | } |
|---|
| 7706 | |
|---|
| 7707 | static void commongappickpair( char *r1, char *r2, char *i1, char *i2 ) |
|---|
| 7708 | { |
|---|
| 7709 | // strcpy( r1, i1 ); |
|---|
| 7710 | // strcpy( r2, i2 ); |
|---|
| 7711 | // return; // not SP |
|---|
| 7712 | while( *i1 ) |
|---|
| 7713 | { |
|---|
| 7714 | if( *i1 == '-' && *i2 == '-' ) |
|---|
| 7715 | { |
|---|
| 7716 | i1++; |
|---|
| 7717 | i2++; |
|---|
| 7718 | } |
|---|
| 7719 | else |
|---|
| 7720 | { |
|---|
| 7721 | *r1++ = *i1++; |
|---|
| 7722 | *r2++ = *i2++; |
|---|
| 7723 | } |
|---|
| 7724 | } |
|---|
| 7725 | *r1 = 0; |
|---|
| 7726 | *r2 = 0; |
|---|
| 7727 | } |
|---|
| 7728 | |
|---|
| 7729 | float naiveRpairscore( int n1, int n2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int penal ) |
|---|
| 7730 | { |
|---|
| 7731 | // return( 0 ); |
|---|
| 7732 | int i, j; |
|---|
| 7733 | float val; |
|---|
| 7734 | float valf; |
|---|
| 7735 | int pv; |
|---|
| 7736 | double deff; |
|---|
| 7737 | char *p1, *p2, *p1p, *p2p; |
|---|
| 7738 | val = 0.0; |
|---|
| 7739 | for( i=0; i<n1; i++ ) for( j=0; j<n2; j++ ) |
|---|
| 7740 | { |
|---|
| 7741 | deff = eff1[i] * eff2[j]; |
|---|
| 7742 | // fprintf( stderr, "feff %d-%d = %f\n", i, j, feff ); |
|---|
| 7743 | // fprintf( stderr, "i1 = %s\n", seq1[i] ); |
|---|
| 7744 | // fprintf( stderr, "i2 = %s\n", seq2[j] ); |
|---|
| 7745 | // fprintf( stderr, "s1 = %s\n", s1 ); |
|---|
| 7746 | // fprintf( stderr, "s2 = %s\n", s2 ); |
|---|
| 7747 | // fprintf( stderr, "penal = %d\n", penal ); |
|---|
| 7748 | |
|---|
| 7749 | valf = 0; |
|---|
| 7750 | p1 = seq1[i]; p2 = seq2[j]; |
|---|
| 7751 | pv = 0; |
|---|
| 7752 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7753 | pv = penal; |
|---|
| 7754 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7755 | pv = penal; |
|---|
| 7756 | // if( pv ) fprintf( stderr, "Penal!, %f, %d-%d, pos1,pos2=%d,%d\n", pv * deff * 0.5, i, j, p1-seq1[i], p2-seq2[j] ); |
|---|
| 7757 | p1p = p1; p2p = p2; |
|---|
| 7758 | valf += (float)amino_dis[(int)*p1++][(int)*p2++] + 0.5 * pv; |
|---|
| 7759 | while( *p1p ) |
|---|
| 7760 | { |
|---|
| 7761 | pv = 0; |
|---|
| 7762 | if( *p1p != '-' && *p2p != '-' ) |
|---|
| 7763 | { |
|---|
| 7764 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7765 | pv = penal; |
|---|
| 7766 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7767 | pv = penal; |
|---|
| 7768 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7769 | ; |
|---|
| 7770 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7771 | ; |
|---|
| 7772 | } |
|---|
| 7773 | if( *p1p == '-' && *p2p == '-' ) |
|---|
| 7774 | { |
|---|
| 7775 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7776 | pv = penal; |
|---|
| 7777 | // ; |
|---|
| 7778 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7779 | pv = penal; |
|---|
| 7780 | // ; |
|---|
| 7781 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7782 | ; |
|---|
| 7783 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7784 | ; |
|---|
| 7785 | } |
|---|
| 7786 | if( *p1p != '-' && *p2p == '-' ) |
|---|
| 7787 | { |
|---|
| 7788 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7789 | pv = penal * 2; // ?? |
|---|
| 7790 | // ; |
|---|
| 7791 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7792 | ; |
|---|
| 7793 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7794 | pv = penal; |
|---|
| 7795 | // ; |
|---|
| 7796 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7797 | pv = penal; |
|---|
| 7798 | // ; |
|---|
| 7799 | } |
|---|
| 7800 | if( *p1p == '-' && *p2p != '-' ) |
|---|
| 7801 | { |
|---|
| 7802 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7803 | ; |
|---|
| 7804 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7805 | pv = penal * 2; // ?? |
|---|
| 7806 | // ; |
|---|
| 7807 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7808 | pv = penal; |
|---|
| 7809 | // ; |
|---|
| 7810 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7811 | pv = penal; |
|---|
| 7812 | // ; |
|---|
| 7813 | } |
|---|
| 7814 | // fprintf( stderr, "adding %c-%c, %d\n", *p1, *p2, amino_dis[*p1][*p2] ); |
|---|
| 7815 | // if( pv ) fprintf( stderr, "Penal!, %f, %d-%d, pos1,pos2=%d,%d\n", pv * deff * 0.5, i, j, p1-seq1[i], p2-seq2[j] ); |
|---|
| 7816 | valf += amino_dis[(int)*p1++][(int)*p2++] + 0.5 * pv; |
|---|
| 7817 | p1p++; p2p++; |
|---|
| 7818 | } |
|---|
| 7819 | // fprintf( stderr, "valf = %d\n", valf ); |
|---|
| 7820 | val += deff * ( valf ); |
|---|
| 7821 | } |
|---|
| 7822 | fprintf( stderr, "val = %f\n", val ); |
|---|
| 7823 | return( val ); |
|---|
| 7824 | // exit( 1 ); |
|---|
| 7825 | } |
|---|
| 7826 | float naiveQpairscore( int n1, int n2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int penal ) |
|---|
| 7827 | { |
|---|
| 7828 | int i, j; |
|---|
| 7829 | float val; |
|---|
| 7830 | float valf; |
|---|
| 7831 | int pv; |
|---|
| 7832 | double deff; |
|---|
| 7833 | char *p1, *p2, *p1p, *p2p; |
|---|
| 7834 | return( 0 ); |
|---|
| 7835 | val = 0.0; |
|---|
| 7836 | for( i=0; i<n1; i++ ) for( j=0; j<n2; j++ ) |
|---|
| 7837 | { |
|---|
| 7838 | deff = eff1[i] * eff2[j]; |
|---|
| 7839 | // fprintf( stderr, "feff %d-%d = %f\n", i, j, feff ); |
|---|
| 7840 | // fprintf( stderr, "i1 = %s\n", seq1[i] ); |
|---|
| 7841 | // fprintf( stderr, "i2 = %s\n", seq2[j] ); |
|---|
| 7842 | // fprintf( stderr, "s1 = %s\n", s1 ); |
|---|
| 7843 | // fprintf( stderr, "s2 = %s\n", s2 ); |
|---|
| 7844 | // fprintf( stderr, "penal = %d\n", penal ); |
|---|
| 7845 | |
|---|
| 7846 | valf = 0; |
|---|
| 7847 | p1 = seq1[i]; p2 = seq2[j]; |
|---|
| 7848 | pv = 0; |
|---|
| 7849 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7850 | pv = penal; |
|---|
| 7851 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7852 | pv = penal; |
|---|
| 7853 | // if( pv ) fprintf( stderr, "Penal!, %f, %d-%d, pos1,pos2=%d,%d\n", pv * deff * 0.5, i, j, p1-seq1[i], p2-seq2[j] ); |
|---|
| 7854 | p1p = p1; p2p = p2; |
|---|
| 7855 | valf += (float)amino_dis[(int)*p1++][(int)*p2++] + 0.5 * pv; |
|---|
| 7856 | while( *p1p ) |
|---|
| 7857 | { |
|---|
| 7858 | pv = 0; |
|---|
| 7859 | if( *p1p != '-' && *p2p != '-' ) |
|---|
| 7860 | { |
|---|
| 7861 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7862 | pv = penal; |
|---|
| 7863 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7864 | pv = penal; |
|---|
| 7865 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7866 | ; |
|---|
| 7867 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7868 | ; |
|---|
| 7869 | } |
|---|
| 7870 | if( *p1p == '-' && *p2p == '-' ) |
|---|
| 7871 | { |
|---|
| 7872 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7873 | // pv = penal; |
|---|
| 7874 | ; |
|---|
| 7875 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7876 | // pv = penal; |
|---|
| 7877 | ; |
|---|
| 7878 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7879 | ; |
|---|
| 7880 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7881 | ; |
|---|
| 7882 | } |
|---|
| 7883 | if( *p1p != '-' && *p2p == '-' ) |
|---|
| 7884 | { |
|---|
| 7885 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7886 | pv = penal * 2; // ?? |
|---|
| 7887 | // ; |
|---|
| 7888 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7889 | ; |
|---|
| 7890 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7891 | pv = penal; |
|---|
| 7892 | // ; |
|---|
| 7893 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7894 | // pv = penal; |
|---|
| 7895 | ; |
|---|
| 7896 | } |
|---|
| 7897 | if( *p1p == '-' && *p2p != '-' ) |
|---|
| 7898 | { |
|---|
| 7899 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7900 | ; |
|---|
| 7901 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7902 | pv = penal * 2; // ?? |
|---|
| 7903 | // ; |
|---|
| 7904 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7905 | pv = penal; |
|---|
| 7906 | // ; |
|---|
| 7907 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7908 | // pv = penal; |
|---|
| 7909 | ; |
|---|
| 7910 | } |
|---|
| 7911 | // fprintf( stderr, "adding %c-%c, %d\n", *p1, *p2, amino_dis[*p1][*p2] ); |
|---|
| 7912 | // if( pv ) fprintf( stderr, "Penal!, %f, %d-%d, pos1,pos2=%d,%d\n", pv * deff * 0.5, i, j, p1-seq1[i], p2-seq2[j] ); |
|---|
| 7913 | valf += amino_dis[(int)*p1++][(int)*p2++] + 0.5 * pv; |
|---|
| 7914 | p1p++; p2p++; |
|---|
| 7915 | } |
|---|
| 7916 | // fprintf( stderr, "valf = %d\n", valf ); |
|---|
| 7917 | val += deff * ( valf ); |
|---|
| 7918 | } |
|---|
| 7919 | fprintf( stderr, "val = %f\n", val ); |
|---|
| 7920 | return( val ); |
|---|
| 7921 | // exit( 1 ); |
|---|
| 7922 | } |
|---|
| 7923 | float naiveHpairscore( int n1, int n2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int penal ) |
|---|
| 7924 | { |
|---|
| 7925 | int i, j; |
|---|
| 7926 | float val; |
|---|
| 7927 | float valf; |
|---|
| 7928 | int pv; |
|---|
| 7929 | // float feff = 0.0; // by D.Mathog, a guess |
|---|
| 7930 | double deff; |
|---|
| 7931 | char *p1, *p2, *p1p, *p2p; |
|---|
| 7932 | val = 0.0; |
|---|
| 7933 | for( i=0; i<n1; i++ ) for( j=0; j<n2; j++ ) |
|---|
| 7934 | { |
|---|
| 7935 | deff = eff1[i] * eff2[j]; |
|---|
| 7936 | // fprintf( stderr, "i1 = %s\n", seq1[i] ); |
|---|
| 7937 | // fprintf( stderr, "i2 = %s\n", seq2[j] ); |
|---|
| 7938 | // fprintf( stderr, "s1 = %s\n", s1 ); |
|---|
| 7939 | // fprintf( stderr, "s2 = %s\n", s2 ); |
|---|
| 7940 | // fprintf( stderr, "penal = %d\n", penal ); |
|---|
| 7941 | |
|---|
| 7942 | valf = 0; |
|---|
| 7943 | p1 = seq1[i]; p2 = seq2[j]; |
|---|
| 7944 | pv = 0; |
|---|
| 7945 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7946 | pv = penal; |
|---|
| 7947 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7948 | pv = penal; |
|---|
| 7949 | if( pv ) fprintf( stderr, "Penal!, %f, %d-%d, pos1,pos2=%d,%d\n", pv * deff * 0.5, i, j, (int)(p1-seq1[i]), (int)(p2-seq2[j]) ); |
|---|
| 7950 | p1p = p1; p2p = p2; |
|---|
| 7951 | valf += (float)amino_dis[(int)*p1++][(int)*p2++] + 0.5 * pv; |
|---|
| 7952 | while( *p1p ) |
|---|
| 7953 | { |
|---|
| 7954 | pv = 0; |
|---|
| 7955 | if( *p1p != '-' && *p2p != '-' ) |
|---|
| 7956 | { |
|---|
| 7957 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7958 | pv = penal; |
|---|
| 7959 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7960 | pv = penal; |
|---|
| 7961 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7962 | ; |
|---|
| 7963 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7964 | ; |
|---|
| 7965 | } |
|---|
| 7966 | if( *p1p == '-' && *p2p == '-' ) |
|---|
| 7967 | { |
|---|
| 7968 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7969 | // pv = penal; |
|---|
| 7970 | ; |
|---|
| 7971 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7972 | // pv = penal; |
|---|
| 7973 | ; |
|---|
| 7974 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7975 | ; |
|---|
| 7976 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7977 | ; |
|---|
| 7978 | } |
|---|
| 7979 | if( *p1p != '-' && *p2p == '-' ) |
|---|
| 7980 | { |
|---|
| 7981 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7982 | // pv = penal; |
|---|
| 7983 | ; |
|---|
| 7984 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7985 | ; |
|---|
| 7986 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7987 | pv = penal; |
|---|
| 7988 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7989 | // pv = penal; |
|---|
| 7990 | ; |
|---|
| 7991 | } |
|---|
| 7992 | if( *p1p == '-' && *p2p != '-' ) |
|---|
| 7993 | { |
|---|
| 7994 | if( *p1 == '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 7995 | ; |
|---|
| 7996 | if( *p1 != '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 7997 | // pv = penal; |
|---|
| 7998 | ; |
|---|
| 7999 | if( *p1 != '-' && *p2 != '-' ) |
|---|
| 8000 | pv = penal; |
|---|
| 8001 | if( *p1 == '-' && *p2 == '-' ) |
|---|
| 8002 | // pv = penal; |
|---|
| 8003 | ; |
|---|
| 8004 | } |
|---|
| 8005 | // fprintf( stderr, "adding %c-%c, %d\n", *p1, *p2, amino_dis[*p1][*p2] ); |
|---|
| 8006 | // if( pv ) fprintf( stderr, "Penal!, %f, %d-%d, pos1,pos2=%d,%d\n", pv * deff * 0.5, i, j, p1-seq1[i], p2-seq2[j] ); |
|---|
| 8007 | valf += amino_dis[(int)*p1++][(int)*p2++] + 0.5 * pv; |
|---|
| 8008 | p1p++; p2p++; |
|---|
| 8009 | } |
|---|
| 8010 | // fprintf( stderr, "valf = %d\n", valf ); |
|---|
| 8011 | val += deff * ( valf ); |
|---|
| 8012 | } |
|---|
| 8013 | fprintf( stderr, "val = %f\n", val ); |
|---|
| 8014 | return( val ); |
|---|
| 8015 | // exit( 1 ); |
|---|
| 8016 | } |
|---|
| 8017 | |
|---|
| 8018 | float naivepairscore11( char *seq1, char *seq2, int penal ) |
|---|
| 8019 | { |
|---|
| 8020 | float vali; |
|---|
| 8021 | int len = strlen( seq1 ); |
|---|
| 8022 | char *s1, *s2, *p1, *p2; |
|---|
| 8023 | s1 = calloc( len+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 8024 | s2 = calloc( len+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 8025 | { |
|---|
| 8026 | vali = 0.0; |
|---|
| 8027 | commongappickpair( s1, s2, seq1, seq2 ); |
|---|
| 8028 | // fprintf( stderr, "###i1 = %s\n", s1 ); |
|---|
| 8029 | // fprintf( stderr, "###i2 = %s\n", s2 ); |
|---|
| 8030 | // fprintf( stderr, "###penal = %d\n", penal ); |
|---|
| 8031 | |
|---|
| 8032 | p1 = s1; p2 = s2; |
|---|
| 8033 | while( *p1 ) |
|---|
| 8034 | { |
|---|
| 8035 | if( *p1 == '-' ) |
|---|
| 8036 | { |
|---|
| 8037 | // fprintf( stderr, "Penal! %c-%c in %d-%d, %f\n", *(p1-1), *(p2-1), i, j, feff ); |
|---|
| 8038 | vali += (float)penal; |
|---|
| 8039 | // while( *p1 == '-' || *p2 == '-' ) |
|---|
| 8040 | while( *p1 == '-' ) // SP |
|---|
| 8041 | { |
|---|
| 8042 | p1++; |
|---|
| 8043 | p2++; |
|---|
| 8044 | } |
|---|
| 8045 | continue; |
|---|
| 8046 | } |
|---|
| 8047 | if( *p2 == '-' ) |
|---|
| 8048 | { |
|---|
| 8049 | // fprintf( stderr, "Penal! %c-%c in %d-%d, %f\n", *(p1-1), *(p2-1), i, j, feff ); |
|---|
| 8050 | vali += (float)penal; |
|---|
| 8051 | // while( *p2 == '-' || *p1 == '-' ) |
|---|
| 8052 | while( *p2 == '-' ) // SP |
|---|
| 8053 | { |
|---|
| 8054 | p1++; |
|---|
| 8055 | p2++; |
|---|
| 8056 | } |
|---|
| 8057 | continue; |
|---|
| 8058 | } |
|---|
| 8059 | // fprintf( stderr, "adding %c-%c, %d\n", *p1, *p2, amino_dis[*p1][*p2] ); |
|---|
| 8060 | vali += (float)amino_dis[(int)*p1++][(int)*p2++]; |
|---|
| 8061 | } |
|---|
| 8062 | } |
|---|
| 8063 | free( s1 ); |
|---|
| 8064 | free( s2 ); |
|---|
| 8065 | // fprintf( stderr, "###vali = %d\n", vali ); |
|---|
| 8066 | return( vali ); |
|---|
| 8067 | } |
|---|
| 8068 | |
|---|
| 8069 | float naivepairscore( int n1, int n2, char **seq1, char **seq2, double *eff1, double *eff2, int penal ) |
|---|
| 8070 | { |
|---|
| 8071 | // return( 0.0 ); |
|---|
| 8072 | int i, j; |
|---|
| 8073 | float val; |
|---|
| 8074 | int vali; |
|---|
| 8075 | float feff; |
|---|
| 8076 | int len = strlen( seq1[0] ); |
|---|
| 8077 | char *s1, *s2, *p1, *p2; |
|---|
| 8078 | s1 = calloc( len+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 8079 | s2 = calloc( len+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 8080 | val = 0.0; |
|---|
| 8081 | for( i=0; i<n1; i++ ) for( j=0; j<n2; j++ ) |
|---|
| 8082 | { |
|---|
| 8083 | vali = 0; |
|---|
| 8084 | feff = eff1[i] * eff2[j]; |
|---|
| 8085 | // fprintf( stderr, "feff %d-%d = %f\n", i, j, feff ); |
|---|
| 8086 | commongappickpair( s1, s2, seq1[i], seq2[j] ); |
|---|
| 8087 | // fprintf( stderr, "i1 = %s\n", seq1[i] ); |
|---|
| 8088 | // fprintf( stderr, "i2 = %s\n", seq2[j] ); |
|---|
| 8089 | // fprintf( stderr, "s1 = %s\n", s1 ); |
|---|
| 8090 | // fprintf( stderr, "s2 = %s\n", s2 ); |
|---|
| 8091 | // fprintf( stderr, "penal = %d\n", penal ); |
|---|
| 8092 | |
|---|
| 8093 | p1 = s1; p2 = s2; |
|---|
| 8094 | while( *p1 ) |
|---|
| 8095 | { |
|---|
| 8096 | if( *p1 == '-' ) |
|---|
| 8097 | { |
|---|
| 8098 | // fprintf( stderr, "Penal! %c-%c in %d-%d, %f\n", *(p1-1), *(p2-1), i, j, feff ); |
|---|
| 8099 | vali += penal; |
|---|
| 8100 | // while( *p1 == '-' || *p2 == '-' ) |
|---|
| 8101 | while( *p1 == '-' ) // SP |
|---|
| 8102 | { |
|---|
| 8103 | p1++; |
|---|
| 8104 | p2++; |
|---|
| 8105 | } |
|---|
| 8106 | continue; |
|---|
| 8107 | } |
|---|
| 8108 | if( *p2 == '-' ) |
|---|
| 8109 | { |
|---|
| 8110 | // fprintf( stderr, "Penal! %c-%c in %d-%d, %f\n", *(p1-1), *(p2-1), i, j, feff ); |
|---|
| 8111 | vali += penal; |
|---|
| 8112 | // while( *p2 == '-' || *p1 == '-' ) |
|---|
| 8113 | while( *p2 == '-' ) // SP |
|---|
| 8114 | { |
|---|
| 8115 | p1++; |
|---|
| 8116 | p2++; |
|---|
| 8117 | } |
|---|
| 8118 | continue; |
|---|
| 8119 | } |
|---|
| 8120 | // fprintf( stderr, "adding %c-%c, %d\n", *p1, *p2, amino_dis[*p1][*p2] ); |
|---|
| 8121 | vali += amino_dis[(int)*p1++][(int)*p2++]; |
|---|
| 8122 | } |
|---|
| 8123 | // fprintf( stderr, "vali = %d\n", vali ); |
|---|
| 8124 | val += feff * vali; |
|---|
| 8125 | } |
|---|
| 8126 | free( s1 ); |
|---|
| 8127 | free( s2 ); |
|---|
| 8128 | fprintf( stderr, "val = %f\n", val ); |
|---|
| 8129 | return( val ); |
|---|
| 8130 | // exit( 1 ); |
|---|
| 8131 | } |
|---|
| 8132 | |
|---|
| 8133 | double plainscore( int nseq, char **s ) |
|---|
| 8134 | { |
|---|
| 8135 | int i, j, ilim; |
|---|
| 8136 | double v = 0.0; |
|---|
| 8137 | |
|---|
| 8138 | ilim = nseq-1; |
|---|
| 8139 | for( i=0; i<ilim; i++ ) for( j=i+1; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 8140 | { |
|---|
| 8141 | v += (double)naivepairscore11( s[i], s[j], penalty ); |
|---|
| 8142 | } |
|---|
| 8143 | |
|---|
| 8144 | fprintf( stderr, "penalty = %d\n", penalty ); |
|---|
| 8145 | |
|---|
| 8146 | return( v ); |
|---|
| 8147 | } |
|---|
| 8148 | |
|---|
| 8149 | void intcat( int *s1, int *s2 ) |
|---|
| 8150 | { |
|---|
| 8151 | while( *s1 != -1 ) s1++; |
|---|
| 8152 | while( *s2 != -1 ) |
|---|
| 8153 | { |
|---|
| 8154 | // fprintf( stderr, "copying %d\n", *s2 ); |
|---|
| 8155 | *s1++ = *s2++; |
|---|
| 8156 | } |
|---|
| 8157 | *s1 = -1; |
|---|
| 8158 | } |
|---|
| 8159 | |
|---|
| 8160 | void intcpy( int *s1, int *s2 ) |
|---|
| 8161 | { |
|---|
| 8162 | while( *s2 != -1 ) |
|---|
| 8163 | { |
|---|
| 8164 | // fprintf( stderr, "copying %d\n", *s2 ); |
|---|
| 8165 | *s1++ = *s2++; |
|---|
| 8166 | } |
|---|
| 8167 | *s1 = -1; |
|---|
| 8168 | } |
|---|
| 8169 | |
|---|
| 8170 | static int countmem( int *s ) |
|---|
| 8171 | { |
|---|
| 8172 | int v = 0; |
|---|
| 8173 | while( *s++ != -1 ) v++; |
|---|
| 8174 | return( v ); |
|---|
| 8175 | } |
|---|
| 8176 | |
|---|
| 8177 | static int lastmem( int *s ) |
|---|
| 8178 | { |
|---|
| 8179 | while( *s++ != -1 ) |
|---|
| 8180 | ; |
|---|
| 8181 | return( *(s-2) ); |
|---|
| 8182 | } |
|---|
| 8183 | |
|---|
| 8184 | |
|---|
| 8185 | int addonetip( int njobc, int ***topolc, float **lenc, float **iscorec, int ***topol, float **len, Treedep *dep, int treeout, Addtree *addtree, int iadd, char **name ) |
|---|
| 8186 | { |
|---|
| 8187 | int i, j, mem0, mem1, posinnew, m; |
|---|
| 8188 | int nstep; |
|---|
| 8189 | int norg; |
|---|
| 8190 | float minscore, minscoreo, eff0, eff1, addedlen, tmpmin; |
|---|
| 8191 | int nearest, nearesto; |
|---|
| 8192 | int repnorg; |
|---|
| 8193 | int *leaf2node; |
|---|
| 8194 | int *additionaltopol; |
|---|
| 8195 | double (*clusterfuncpt[1])(double,double); |
|---|
| 8196 | Bchain *ac, *acpt, *acori, *acnext, *acprev; |
|---|
| 8197 | int neighbor; |
|---|
| 8198 | char *neighborlist; |
|---|
| 8199 | char *npt; |
|---|
| 8200 | // char **tree; //static? |
|---|
| 8201 | // char *treetmp; //static? |
|---|
| 8202 | |
|---|
| 8203 | |
|---|
| 8204 | // treetmp = AllocateCharVec( njob*150 ); |
|---|
| 8205 | // tree = AllocateCharMtx( njob, njob*150 ); |
|---|
| 8206 | |
|---|
| 8207 | sueff1_double = 1 - SUEFF; |
|---|
| 8208 | sueff05_double = SUEFF * 0.5; |
|---|
| 8209 | if ( treemethod == 'X' ) |
|---|
| 8210 | clusterfuncpt[0] = cluster_mix_double; |
|---|
| 8211 | else if ( treemethod == 'E' ) |
|---|
| 8212 | clusterfuncpt[0] = cluster_average_double; |
|---|
| 8213 | else if ( treemethod == 'q' ) |
|---|
| 8214 | clusterfuncpt[0] = cluster_minimum_double; |
|---|
| 8215 | else |
|---|
| 8216 | { |
|---|
| 8217 | fprintf( stderr, "Unknown treemethod, %c\n", treemethod ); |
|---|
| 8218 | exit( 1 ); |
|---|
| 8219 | } |
|---|
| 8220 | |
|---|
| 8221 | norg = njobc-1; |
|---|
| 8222 | nstep = njobc-2; |
|---|
| 8223 | |
|---|
| 8224 | additionaltopol = (int *)calloc( 2, sizeof( int ) ); |
|---|
| 8225 | leaf2node= (int *)calloc( norg, sizeof( int ) ); |
|---|
| 8226 | if( treeout ) |
|---|
| 8227 | { |
|---|
| 8228 | neighborlist = calloc( norg * 30, sizeof( char ) ); |
|---|
| 8229 | } |
|---|
| 8230 | // for( i=0; i<njobc; i++ ) sprintf( tree[i], "%d", i+1 ); |
|---|
| 8231 | if( !leaf2node ) |
|---|
| 8232 | { |
|---|
| 8233 | fprintf( stderr, "Cannot allocate leaf2node.\n" ); |
|---|
| 8234 | exit( 1 ); |
|---|
| 8235 | } |
|---|
| 8236 | additionaltopol[0] = norg; |
|---|
| 8237 | additionaltopol[1] = -1; |
|---|
| 8238 | |
|---|
| 8239 | ac = (Bchain *)malloc( norg * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 8240 | for( i=0; i<norg; i++ ) |
|---|
| 8241 | { |
|---|
| 8242 | ac[i].next = ac+i+1; |
|---|
| 8243 | ac[i].prev = ac+i-1; |
|---|
| 8244 | ac[i].pos = i; |
|---|
| 8245 | } |
|---|
| 8246 | ac[norg-1].next = NULL; |
|---|
| 8247 | |
|---|
| 8248 | |
|---|
| 8249 | acori = (Bchain *)malloc( 1 * sizeof( Bchain ) ); |
|---|
| 8250 | acori->next = ac; |
|---|
| 8251 | acori->pos = -1; |
|---|
| 8252 | ac[0].prev = acori; |
|---|
| 8253 | |
|---|
| 8254 | |
|---|
| 8255 | // for( i=0; i<nstep; i++ ) |
|---|
| 8256 | // { |
|---|
| 8257 | // fprintf( stderr, "distfromtip = %f\n", dep[i].distfromtip ); |
|---|
| 8258 | // } |
|---|
| 8259 | // |
|---|
| 8260 | // for( i=0; i<norg; i++ ) |
|---|
| 8261 | // { |
|---|
| 8262 | // fprintf( stderr, "disttofrag(%d,%d) = %f\n", i, njobc-1, iscorec[i][norg-i] ); |
|---|
| 8263 | // } |
|---|
| 8264 | |
|---|
| 8265 | minscore = 9999.9; |
|---|
| 8266 | nearest = -1; |
|---|
| 8267 | for( i=0; i<norg; i++ ) |
|---|
| 8268 | { |
|---|
| 8269 | tmpmin = iscorec[i][norg-i]; |
|---|
| 8270 | if( minscore > tmpmin ) |
|---|
| 8271 | { |
|---|
| 8272 | minscore = tmpmin; |
|---|
| 8273 | nearest = i; |
|---|
| 8274 | } |
|---|
| 8275 | } |
|---|
| 8276 | nearesto = nearest; |
|---|
| 8277 | minscoreo = minscore; |
|---|
| 8278 | |
|---|
| 8279 | |
|---|
| 8280 | |
|---|
| 8281 | // for( i=0; i<njobc-1; i++ ) for( j=i+1; j<njobc; j++ ) |
|---|
| 8282 | // fprintf( stderr, "iscorec[%d][%d] = %f\n", i, j, iscorec[i][j-i] ); |
|---|
| 8283 | |
|---|
| 8284 | posinnew = 0; |
|---|
| 8285 | repnorg = -1; |
|---|
| 8286 | for( i=0; i<norg; i++ ) leaf2node[i] = -1; |
|---|
| 8287 | for( i=0; i<nstep; i++ ) |
|---|
| 8288 | { |
|---|
| 8289 | mem0 = topol[i][0][0]; |
|---|
| 8290 | mem1 = topol[i][1][0]; |
|---|
| 8291 | // fprintf( stderr, "step %d\n", i ); |
|---|
| 8292 | // fprintf( stderr, "mem0 = %d\n", mem0 ); |
|---|
| 8293 | // fprintf( stderr, "mem1 = %d\n", mem1 ); |
|---|
| 8294 | |
|---|
| 8295 | if( repnorg == -1 && dep[i].distfromtip * 2 > minscore ) |
|---|
| 8296 | { |
|---|
| 8297 | // fprintf( stderr, "\n\n\nminscore = %f\n", minscore ); |
|---|
| 8298 | // fprintf( stderr, "distfromtip = %f\n", dep[i].distfromtip ); |
|---|
| 8299 | // fprintf( stderr, "INSERT HERE, %d-%d\n", nearest, norg ); |
|---|
| 8300 | // fprintf( stderr, "nearest=%d, leaf2node[]=%d\n", nearest, leaf2node[nearest] ); |
|---|
| 8301 | |
|---|
| 8302 | if( leaf2node[nearest] == -1 ) |
|---|
| 8303 | { |
|---|
| 8304 | // fprintf( stderr, "INSERTING to 0!!!\n" ); |
|---|
| 8305 | topolc[posinnew][0] = (int *)realloc( topolc[posinnew][0], ( 1 + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 8306 | topolc[posinnew][0][0] = nearest; |
|---|
| 8307 | topolc[posinnew][0][1] = -1; |
|---|
| 8308 | |
|---|
| 8309 | addedlen = lenc[posinnew][0] = minscore / 2; |
|---|
| 8310 | } |
|---|
| 8311 | else |
|---|
| 8312 | { |
|---|
| 8313 | // fprintf( stderr, "INSERTING to g, leaf2node = %d, cm=%d!!!\n", leaf2node[nearest], countmem(topol[leaf2node[nearest]][0] ) ); |
|---|
| 8314 | topolc[posinnew][0] = (int *)realloc( topolc[posinnew][0], ( ( countmem( topol[leaf2node[nearest]][0] ) + countmem( topol[leaf2node[nearest]][1] ) + 1 ) * sizeof( int ) ) ); |
|---|
| 8315 | // fprintf( stderr, "leaf2node[%d] = %d\n", nearest, leaf2node[nearest] ); |
|---|
| 8316 | intcpy( topolc[posinnew][0], topol[leaf2node[nearest]][0] ); |
|---|
| 8317 | intcat( topolc[posinnew][0], topol[leaf2node[nearest]][1] ); |
|---|
| 8318 | addedlen = lenc[posinnew][0] = minscore / 2 - len[leaf2node[nearest]][0]; |
|---|
| 8319 | } |
|---|
| 8320 | neighbor = lastmem( topolc[posinnew][0] ); |
|---|
| 8321 | |
|---|
| 8322 | if( treeout ) |
|---|
| 8323 | { |
|---|
| 8324 | #if 0 |
|---|
| 8325 | fp = fopen( "infile.tree", "a" ); // kyougou!! |
|---|
| 8326 | if( fp == 0 ) |
|---|
| 8327 | { |
|---|
| 8328 | fprintf( stderr, "File error!\n" ); |
|---|
| 8329 | exit( 1 ); |
|---|
| 8330 | } |
|---|
| 8331 | fprintf( fp, "\n" ); |
|---|
| 8332 | fprintf( fp, "%8d: %s\n", norg+iadd+1, name[norg+iadd] ); |
|---|
| 8333 | fprintf( fp, " nearest sequence: %d\n", nearest + 1 ); |
|---|
| 8334 | fprintf( fp, " distance: %f\n", minscore ); |
|---|
| 8335 | fprintf( fp, " cousin: " ); |
|---|
| 8336 | for( j=0; topolc[posinnew][0][j]!=-1; j++ ) |
|---|
| 8337 | fprintf( fp, "%d ", topolc[posinnew][0][j]+1 ); |
|---|
| 8338 | fprintf( fp, "\n" ); |
|---|
| 8339 | fclose( fp ); |
|---|
| 8340 | #else |
|---|
| 8341 | addtree[iadd].nearest = nearesto; |
|---|
| 8342 | addtree[iadd].dist1 = minscoreo; |
|---|
| 8343 | addtree[iadd].dist2 = minscore; |
|---|
| 8344 | neighborlist[0] = 0; |
|---|
| 8345 | npt = neighborlist; |
|---|
| 8346 | for( j=0; topolc[posinnew][0][j]!=-1; j++ ) |
|---|
| 8347 | { |
|---|
| 8348 | sprintf( npt, "%d ", topolc[posinnew][0][j]+1 ); |
|---|
| 8349 | npt += strlen( npt ); |
|---|
| 8350 | } |
|---|
| 8351 | addtree[iadd].neighbors = calloc( npt-neighborlist+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 8352 | strcpy( addtree[iadd].neighbors, neighborlist ); |
|---|
| 8353 | #endif |
|---|
| 8354 | } |
|---|
| 8355 | |
|---|
| 8356 | // fprintf( stderr, "INSERTING to 1!!!\n" ); |
|---|
| 8357 | topolc[posinnew][1] = (int *)realloc( topolc[posinnew][1], ( 1 + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 8358 | topolc[posinnew][1][0] = norg; |
|---|
| 8359 | topolc[posinnew][1][1] = -1; |
|---|
| 8360 | lenc[posinnew][1] = minscore / 2; |
|---|
| 8361 | |
|---|
| 8362 | repnorg = nearest; |
|---|
| 8363 | |
|---|
| 8364 | // fprintf( stderr, "STEP %d\n", posinnew ); |
|---|
| 8365 | // for( j=0; topolc[posinnew][0][j]!=-1; j++ ) fprintf( stderr, " %d", topolc[posinnew][0][j] ); |
|---|
| 8366 | // fprintf( stderr, "\n len=%f\n", lenc[i][0] ); |
|---|
| 8367 | // for( j=0; topolc[posinnew][1][j]!=-1; j++ ) fprintf( stderr, " %d", topolc[posinnew][1][j] ); |
|---|
| 8368 | // fprintf( stderr, "\n len=%f\n", lenc[i][1] ); |
|---|
| 8369 | |
|---|
| 8370 | // im = topolc[posinnew][0][0]; |
|---|
| 8371 | // jm = topolc[posinnew][1][0]; |
|---|
| 8372 | // sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], lenc[posinnew][0], tree[jm], lenc[posinnew][1] ); |
|---|
| 8373 | // strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 8374 | |
|---|
| 8375 | posinnew++; |
|---|
| 8376 | } |
|---|
| 8377 | |
|---|
| 8378 | // fprintf( stderr, "minscore = %f\n", minscore ); |
|---|
| 8379 | // fprintf( stderr, "distfromtip = %f\n", dep[i].distfromtip ); |
|---|
| 8380 | // fprintf( stderr, "Modify matrix, %d-%d\n", nearest, norg ); |
|---|
| 8381 | eff0 = iscorec[mem0][norg-mem0]; |
|---|
| 8382 | eff1 = iscorec[mem1][norg-mem1]; |
|---|
| 8383 | |
|---|
| 8384 | iscorec[mem0][norg-mem0] = (clusterfuncpt[0])( eff0, eff1 ); |
|---|
| 8385 | iscorec[mem1][norg-mem1] = 9999.9; // sukoshi muda |
|---|
| 8386 | |
|---|
| 8387 | acprev = ac[mem1].prev; |
|---|
| 8388 | acnext = ac[mem1].next; |
|---|
| 8389 | acprev->next = acnext; |
|---|
| 8390 | if( acnext != NULL ) acnext->prev = acprev; |
|---|
| 8391 | |
|---|
| 8392 | if( ( nearest == mem1 || nearest == mem0 ) ) |
|---|
| 8393 | { |
|---|
| 8394 | minscore = 9999.9; |
|---|
| 8395 | // for( j=0; j<norg; j++ ) // sukoshi muda |
|---|
| 8396 | // { |
|---|
| 8397 | // if( minscore > iscorec[j][norg-j] ) |
|---|
| 8398 | // { |
|---|
| 8399 | // minscore = iscorec[j][norg-j]; |
|---|
| 8400 | // nearest = j; |
|---|
| 8401 | // } |
|---|
| 8402 | // } |
|---|
| 8403 | // fprintf( stderr, "searching on modified ac " ); |
|---|
| 8404 | for( acpt=acori->next; acpt!=NULL; acpt=acpt->next ) // sukoshi muda |
|---|
| 8405 | { |
|---|
| 8406 | // fprintf( stderr, "." ); |
|---|
| 8407 | j = acpt->pos; |
|---|
| 8408 | tmpmin = iscorec[j][norg-j]; |
|---|
| 8409 | if( minscore > tmpmin ) |
|---|
| 8410 | { |
|---|
| 8411 | minscore = tmpmin; |
|---|
| 8412 | nearest = j; |
|---|
| 8413 | } |
|---|
| 8414 | } |
|---|
| 8415 | // fprintf( stderr, "done\n" ); |
|---|
| 8416 | } |
|---|
| 8417 | |
|---|
| 8418 | // fprintf( stderr, "posinnew = %d\n", posinnew ); |
|---|
| 8419 | |
|---|
| 8420 | |
|---|
| 8421 | if( topol[i][0][0] == repnorg ) |
|---|
| 8422 | { |
|---|
| 8423 | topolc[posinnew][0] = (int *)realloc( topolc[posinnew][0], ( countmem( topol[i][0] ) + 2 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 8424 | intcpy( topolc[posinnew][0], topol[i][0] ); |
|---|
| 8425 | intcat( topolc[posinnew][0], additionaltopol ); |
|---|
| 8426 | lenc[posinnew][0] = len[i][0] - addedlen; // gennmitsu niha chigau |
|---|
| 8427 | addedlen = 0.0; |
|---|
| 8428 | } |
|---|
| 8429 | else |
|---|
| 8430 | { |
|---|
| 8431 | topolc[posinnew][0] = (int *)realloc( topolc[posinnew][0], ( countmem( topol[i][0] ) + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 8432 | intcpy( topolc[posinnew][0], topol[i][0] ); |
|---|
| 8433 | lenc[posinnew][0] = len[i][0]; |
|---|
| 8434 | } |
|---|
| 8435 | |
|---|
| 8436 | if( topol[i][1][0] == repnorg ) |
|---|
| 8437 | { |
|---|
| 8438 | topolc[posinnew][1] = (int *)realloc( topolc[posinnew][1], ( countmem( topol[i][1] ) + 2 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 8439 | intcpy( topolc[posinnew][1], topol[i][1] ); |
|---|
| 8440 | intcat( topolc[posinnew][1], additionaltopol ); |
|---|
| 8441 | lenc[posinnew][1] = len[i][1] - addedlen; // gennmitsu niha chigau |
|---|
| 8442 | addedlen = 0.0; |
|---|
| 8443 | |
|---|
| 8444 | repnorg = topolc[posinnew][0][0]; // juuyou |
|---|
| 8445 | } |
|---|
| 8446 | else |
|---|
| 8447 | { |
|---|
| 8448 | topolc[posinnew][1] = (int *)realloc( topolc[posinnew][1], ( countmem( topol[i][1] ) + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 8449 | intcpy( topolc[posinnew][1], topol[i][1] ); |
|---|
| 8450 | lenc[posinnew][1] = len[i][1]; |
|---|
| 8451 | } |
|---|
| 8452 | |
|---|
| 8453 | // fprintf( stderr, "STEP %d\n", posinnew ); |
|---|
| 8454 | // for( j=0; topolc[posinnew][0][j]!=-1; j++ ) fprintf( stderr, " %d->%d", topolc[posinnew][0][j], i+1 ); |
|---|
| 8455 | // fprintf( stderr, "\n len=%f\n", lenc[posinnew][0] ); |
|---|
| 8456 | // for( j=0; topolc[posinnew][1][j]!=-1; j++ ) fprintf( stderr, " %d->%d", topolc[posinnew][1][j], -i-1 ); |
|---|
| 8457 | // fprintf( stderr, "\n len=%f\n", lenc[posinnew][1] ); |
|---|
| 8458 | |
|---|
| 8459 | for( j=0; (m=topol[i][0][j])!=-1; j++ ) leaf2node[m] = i; |
|---|
| 8460 | for( j=0; (m=topol[i][1][j])!=-1; j++ ) leaf2node[m] = i; |
|---|
| 8461 | |
|---|
| 8462 | // im = topolc[posinnew][0][0]; |
|---|
| 8463 | // jm = topolc[posinnew][1][0]; |
|---|
| 8464 | // sprintf( treetmp, "(%s:%7.5f,%s:%7.5f)", tree[im], lenc[posinnew][0], tree[jm], lenc[posinnew][1] ); |
|---|
| 8465 | // strcpy( tree[im], treetmp ); |
|---|
| 8466 | // |
|---|
| 8467 | // fprintf( stderr, "%s\n", treetmp ); |
|---|
| 8468 | |
|---|
| 8469 | posinnew++; |
|---|
| 8470 | } |
|---|
| 8471 | |
|---|
| 8472 | if( nstep ) |
|---|
| 8473 | { |
|---|
| 8474 | i--; |
|---|
| 8475 | } |
|---|
| 8476 | else |
|---|
| 8477 | { |
|---|
| 8478 | i = 0; |
|---|
| 8479 | topol[i][0] = calloc( 2, sizeof( int ) ); |
|---|
| 8480 | topol[i][1] = calloc( 1, sizeof( int ) ); |
|---|
| 8481 | topol[i][0][0] = 0; |
|---|
| 8482 | topol[i][0][1] = -1; |
|---|
| 8483 | topol[i][1][0] = -1; |
|---|
| 8484 | } |
|---|
| 8485 | if( repnorg == -1 ) |
|---|
| 8486 | { |
|---|
| 8487 | topolc[posinnew][0] = (int *)realloc( topolc[posinnew][0], ( countmem( topol[i][0] ) + countmem( topol[i][1] ) + 1 ) * sizeof( int ) ); |
|---|
| 8488 | intcpy( topolc[posinnew][0], topol[i][0] ); |
|---|
| 8489 | intcat( topolc[posinnew][0], topol[i][1] ); |
|---|
| 8490 | lenc[posinnew][0] = len[i][0] + len[i][1] - minscore / 2; |
|---|
| 8491 | |
|---|
| 8492 | topolc[posinnew][1] = (int *)realloc( topolc[posinnew][1], 2 * sizeof( int ) ); |
|---|
| 8493 | intcpy( topolc[posinnew][1], additionaltopol ); |
|---|
| 8494 | lenc[posinnew][1] = minscore / 2; |
|---|
| 8495 | |
|---|
| 8496 | // neighbor = lastmem( topolc[posinnew][0] ); |
|---|
| 8497 | neighbor = norg-1; // hakkirishita neighbor ga inai baai saigo ni hyouji |
|---|
| 8498 | |
|---|
| 8499 | if( treeout ) |
|---|
| 8500 | { |
|---|
| 8501 | #if 0 |
|---|
| 8502 | fp = fopen( "infile.tree", "a" ); // kyougou!! |
|---|
| 8503 | if( fp == 0 ) |
|---|
| 8504 | { |
|---|
| 8505 | fprintf( stderr, "File error!\n" ); |
|---|
| 8506 | exit( 1 ); |
|---|
| 8507 | } |
|---|
| 8508 | fprintf( fp, "\n" ); |
|---|
| 8509 | fprintf( fp, "%8d: %s\n", norg+iadd+1, name[norg+iadd] ); |
|---|
| 8510 | fprintf( fp, " nearest sequence: %d\n", nearest + 1 ); |
|---|
| 8511 | fprintf( fp, " cousin: " ); |
|---|
| 8512 | for( j=0; topolc[posinnew][0][j]!=-1; j++ ) |
|---|
| 8513 | fprintf( fp, "%d ", topolc[posinnew][0][j]+1 ); |
|---|
| 8514 | fprintf( fp, "\n" ); |
|---|
| 8515 | fclose( fp ); |
|---|
| 8516 | #else |
|---|
| 8517 | addtree[iadd].nearest = nearesto; |
|---|
| 8518 | addtree[iadd].dist1 = minscoreo; |
|---|
| 8519 | addtree[iadd].dist2 = minscore; |
|---|
| 8520 | neighborlist[0] = 0; |
|---|
| 8521 | npt = neighborlist; |
|---|
| 8522 | for( j=0; topolc[posinnew][0][j]!=-1; j++ ) |
|---|
| 8523 | { |
|---|
| 8524 | sprintf( npt, "%d ", topolc[posinnew][0][j]+1 ); |
|---|
| 8525 | npt += strlen( npt ); |
|---|
| 8526 | } |
|---|
| 8527 | addtree[iadd].neighbors = calloc( npt-neighborlist+1, sizeof( char ) ); |
|---|
| 8528 | strcpy( addtree[iadd].neighbors, neighborlist ); |
|---|
| 8529 | #endif |
|---|
| 8530 | } |
|---|
| 8531 | |
|---|
| 8532 | // fprintf( stderr, "STEP %d\n", posinnew ); |
|---|
| 8533 | // for( j=0; topolc[posinnew][0][j]!=-1; j++ ) fprintf( stderr, " %d", topolc[posinnew][0][j] ); |
|---|
| 8534 | // fprintf( stderr, "\n len=%f", lenc[posinnew][0] ); |
|---|
| 8535 | // for( j=0; topolc[posinnew][1][j]!=-1; j++ ) fprintf( stderr, " %d", topolc[posinnew][1][j] ); |
|---|
| 8536 | // fprintf( stderr, "\n len=%f\n", lenc[posinnew][1] ); |
|---|
| 8537 | } |
|---|
| 8538 | |
|---|
| 8539 | free( leaf2node ); |
|---|
| 8540 | free( additionaltopol ); |
|---|
| 8541 | free( ac ); |
|---|
| 8542 | free( acori ); |
|---|
| 8543 | if( treeout ) free( neighborlist ); |
|---|
| 8544 | return( neighbor ); |
|---|
| 8545 | } |
|---|
| 8546 | |
|---|
| 8547 | #if 0 |
|---|
| 8548 | int samemember( int *mem, int *cand ) |
|---|
| 8549 | { |
|---|
| 8550 | int i, j; |
|---|
| 8551 | |
|---|
| 8552 | #if 0 |
|---|
| 8553 | fprintf( stderr, "mem = " ); |
|---|
| 8554 | for( i=0; mem[i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, "%d ", mem[i] ); |
|---|
| 8555 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 8556 | |
|---|
| 8557 | fprintf( stderr, "cand = " ); |
|---|
| 8558 | for( i=0; cand[i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, "%d ", cand[i] ); |
|---|
| 8559 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 8560 | #endif |
|---|
| 8561 | |
|---|
| 8562 | for( i=0, j=0; mem[i]>-1; ) |
|---|
| 8563 | { |
|---|
| 8564 | if( mem[i++] != cand[j++] ) return( 0 ); |
|---|
| 8565 | } |
|---|
| 8566 | |
|---|
| 8567 | if( cand[j] == -1 ) |
|---|
| 8568 | { |
|---|
| 8569 | return( 1 ); |
|---|
| 8570 | } |
|---|
| 8571 | else |
|---|
| 8572 | { |
|---|
| 8573 | return( 0 ); |
|---|
| 8574 | } |
|---|
| 8575 | } |
|---|
| 8576 | #else |
|---|
| 8577 | int samemember( int *mem, int *cand ) |
|---|
| 8578 | { |
|---|
| 8579 | int i, j; |
|---|
| 8580 | int nm, nc; |
|---|
| 8581 | #if 0 |
|---|
| 8582 | fprintf( stderr, "mem = " ); |
|---|
| 8583 | for( i=0; mem[i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, "%d ", mem[i] ); |
|---|
| 8584 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 8585 | |
|---|
| 8586 | fprintf( stderr, "cand = " ); |
|---|
| 8587 | for( i=0; cand[i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, "%d ", cand[i] ); |
|---|
| 8588 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 8589 | #endif |
|---|
| 8590 | |
|---|
| 8591 | nm = 0; for( i=0; mem[i]>-1; i++ ) nm++; |
|---|
| 8592 | nc = 0; for( i=0; cand[i]>-1; i++ ) nc++; |
|---|
| 8593 | |
|---|
| 8594 | if( nm != nc ) return( 0 ); |
|---|
| 8595 | |
|---|
| 8596 | for( i=0; mem[i]>-1; i++ ) |
|---|
| 8597 | { |
|---|
| 8598 | for( j=0; cand[j]>-1; j++ ) |
|---|
| 8599 | if( mem[i] == cand[j] ) break; |
|---|
| 8600 | if( cand[j] == -1 ) return( 0 ); |
|---|
| 8601 | } |
|---|
| 8602 | |
|---|
| 8603 | if( mem[i] == -1 ) |
|---|
| 8604 | { |
|---|
| 8605 | return( 1 ); |
|---|
| 8606 | } |
|---|
| 8607 | else |
|---|
| 8608 | { |
|---|
| 8609 | return( 0 ); |
|---|
| 8610 | } |
|---|
| 8611 | } |
|---|
| 8612 | #endif |
|---|
| 8613 | |
|---|
| 8614 | |
|---|
| 8615 | int includemember( int *mem, int *cand ) // mem in cand |
|---|
| 8616 | { |
|---|
| 8617 | int i, j; |
|---|
| 8618 | |
|---|
| 8619 | #if 0 |
|---|
| 8620 | fprintf( stderr, "mem = " ); |
|---|
| 8621 | for( i=0; mem[i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, "%d ", mem[i] ); |
|---|
| 8622 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 8623 | |
|---|
| 8624 | fprintf( stderr, "cand = " ); |
|---|
| 8625 | for( i=0; cand[i]>-1; i++ ) fprintf( stderr, "%d ", cand[i] ); |
|---|
| 8626 | fprintf( stderr, "\n" ); |
|---|
| 8627 | #endif |
|---|
| 8628 | |
|---|
| 8629 | for( i=0; mem[i]>-1; i++ ) |
|---|
| 8630 | { |
|---|
| 8631 | for( j=0; cand[j]>-1; j++ ) |
|---|
| 8632 | if( mem[i] == cand[j] ) break; |
|---|
| 8633 | if( cand[j] == -1 ) return( 0 ); |
|---|
| 8634 | } |
|---|
| 8635 | // fprintf( stderr, "INCLUDED! mem[0]=%d\n", mem[0] ); |
|---|
| 8636 | return( 1 ); |
|---|
| 8637 | } |
|---|
| 8638 | |
|---|
| 8639 | int overlapmember( int *mem1, int *mem2 ) |
|---|
| 8640 | { |
|---|
| 8641 | int i, j; |
|---|
| 8642 | |
|---|
| 8643 | for( i=0; mem1[i]>-1; i++ ) |
|---|
| 8644 | for( j=0; mem2[j]>-1; j++ ) |
|---|
| 8645 | if( mem1[i] == mem2[j] ) return( 1 ); |
|---|
| 8646 | return( 0 ); |
|---|
| 8647 | } |
|---|
