source: branches/lib/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/rnatest.c

Last change on this file was 10371, checked in by aboeckma, 12 years ago

updated mafft version. Added extensions (no svn ignore, yet)
File size: 9.8 KB
Line 
1#include "mltaln.h"
2
3#define DEBUG 0
4#define IODEBUG 0
5#define SCOREOUT 0
6
7
8
9void arguments( int argc, char *argv[] )
10{
11    int c;
12
13        inputfile = NULL;
14        fftkeika = 0;
15        pslocal = -1000.0;
16        constraint = 0;
17        nblosum = 62;
18        fmodel = 0;
19        calledByXced = 0;
20        devide = 0;
21        use_fft = 0;
22        fftscore = 1;
23        fftRepeatStop = 0;
24        fftNoAnchStop = 0;
25    weight = 3;
26    utree = 1;
27        tbutree = 1;
28    refine = 0;
29    check = 1;
30    cut = 0.0;
31    disp = 0;
32    outgap = 1;
33    alg = 'A';
34    mix = 0;
35        tbitr = 0;
36        scmtd = 5;
37        tbweight = 0;
38        tbrweight = 3;
39        checkC = 0;
40        treemethod = 'x';
41        contin = 0;
42        scoremtx = 1;
43        kobetsubunkatsu = 0;
44        divpairscore = 0;
45        dorp = NOTSPECIFIED;
46        ppenalty = NOTSPECIFIED;
47        ppenalty_OP = NOTSPECIFIED;
48        ppenalty_ex = NOTSPECIFIED;
49        ppenalty_EX = NOTSPECIFIED;
50        poffset = NOTSPECIFIED;
51        kimuraR = NOTSPECIFIED;
52        pamN = NOTSPECIFIED;
53        geta2 = GETA2;
54        fftWinSize = NOTSPECIFIED;
55        fftThreshold = NOTSPECIFIED;
56        RNAppenalty = NOTSPECIFIED;
57        RNApthr = NOTSPECIFIED;
58
59    while( --argc > 0 && (*++argv)[0] == '-' )
60        {
61        while ( ( c = *++argv[0] ) )
62                {
63            switch( c )
64            {
65                                case 'i':
66                                        inputfile = *++argv;
67                                        fprintf( stderr, "inputfile = %s\n", inputfile );
68                                        --argc;
69                                        goto nextoption;
70                                case 'o':
71                                        RNAppenalty = (int)( atof( *++argv ) * 1000 - 0.5 );
72                                        --argc;
73                                        goto nextoption;
74                                case 'f':
75                                        ppenalty = (int)( atof( *++argv ) * 1000 - 0.5 );
76                                        --argc;
77                                        goto nextoption;
78                                case 'g':
79                                        ppenalty_ex = (int)( atof( *++argv ) * 1000 - 0.5 );
80                                        --argc;
81                                        goto nextoption;
82                                case 'O':
83                                        ppenalty_OP = (int)( atof( *++argv ) * 1000 - 0.5 );
84                                        --argc;
85                                        goto nextoption;
86                                case 'E':
87                                        ppenalty_EX = (int)( atof( *++argv ) * 1000 - 0.5 );
88                                        --argc;
89                                        goto nextoption;
90                                case 'h':
91                                        poffset = (int)( atof( *++argv ) * 1000 - 0.5 );
92                                        --argc;
93                                        goto nextoption;
94                                case 'k':
95                                        kimuraR = atoi( *++argv );
96//                                      fprintf( stderr, "kimuraR = %d\n", kimuraR );
97                                        --argc;
98                                        goto nextoption;
99                                case 'b':
100                                        nblosum = atoi( *++argv );
101                                        scoremtx = 1;
102                                        fprintf( stderr, "blosum %d\n", nblosum );
103                                        --argc;
104                                        goto nextoption;
105                                case 'j':
106                                        pamN = atoi( *++argv );
107                                        scoremtx = 0;
108                                        TMorJTT = JTT;
109                                        fprintf( stderr, "jtt %d\n", pamN );
110                                        --argc;
111                                        goto nextoption;
112                                case 'm':
113                                        pamN = atoi( *++argv );
114                                        scoremtx = 0;
115                                        TMorJTT = TM;
116                                        fprintf( stderr, "TM %d\n", pamN );
117                                        --argc;
118                                        goto nextoption;
119                                case 'l':
120                                        ppslocal = (int)( atof( *++argv ) * 1000 + 0.5 );
121                                        pslocal = (int)( 600.0 / 1000.0 * ppslocal + 0.5);
122//                                      fprintf( stderr, "ppslocal = %d\n", ppslocal );
123//                                      fprintf( stderr, "pslocal = %d\n", pslocal );
124                                        --argc;
125                                        goto nextoption;
126#if 1
127                                case 'a':
128                                        fmodel = 1;
129                                        break;
130#endif
131                                case 'r':
132                                        fmodel = -1;
133                                        break;
134                                case 'D':
135                                        dorp = 'd';
136                                        break;
137                                case 'P':
138                                        dorp = 'p';
139                                        break;
140#if 0
141                                case 'e':
142                                        fftscore = 0;
143                                        break;
144                                case 'O':
145                                        fftNoAnchStop = 1;
146                                        break;
147                                case 'R':
148                                        fftRepeatStop = 1;
149                                        break;
150#endif
151                                case 'Q':
152                                        calledByXced = 1;
153                                        break;
154                                case 's':
155                                        treemethod = 's';
156                                        break;
157                                case 'x':
158                                        disp = 1;
159                                        break;
160                                case 'p':
161                                        treemethod = 'p';
162                                        break;
163#if 0
164                                case 'a':
165                                        alg = 'a';
166                                        break;
167#endif
168                                case 'S':
169                                        alg = 'S';
170                                        break;
171                                case 'L':
172                                        alg = 'L';
173                                        break;
174                                case 'M':
175                                        alg = 'M';
176                                        break;
177                                case 'R':
178                                        alg = 'R';
179                                        break;
180                                case 'N':
181                                        alg = 'N';
182                                        break;
183                                case 'A':
184                                        alg = 'A';
185                                        break;
186                                case 'V':
187                                        alg = 'V';
188                                        break;
189                                case 'C':
190                                        alg = 'C';
191                                        break;
192                                case 'F':
193                                        use_fft = 1;
194                                        break;
195                                case 'v':
196                                        tbrweight = 3;
197                                        break;
198                                case 'd':
199                                        divpairscore = 1;
200                                        break;
201/* Modified 01/08/27, default: user tree */
202                                case 'J':
203                                        tbutree = 0;
204                                        break;
205/* modification end. */
206                                case 'z':
207                                        fftThreshold = atoi( *++argv );
208                                        --argc; 
209                                        goto nextoption;
210                                case 'w':
211                                        fftWinSize = atoi( *++argv );
212                                        --argc;
213                                        goto nextoption;
214                                case 'Z':
215                                        checkC = 1;
216                                        break;
217                default:
218                    fprintf( stderr, "illegal option %c\n", c );
219                    argc = 0;
220                    break;
221            }
222                }
223                nextoption:
224                        ;
225        }
226    if( argc == 1 )
227    {
228        cut = atof( (*argv) );
229        argc--;
230    }
231    if( argc != 0 ) 
232    {
233        fprintf( stderr, "options: Check source file !\n" );
234        exit( 1 );
235    }
236        if( tbitr == 1 && outgap == 0 )
237        {
238                fprintf( stderr, "conflicting options : o, m or u\n" );
239                exit( 1 );
240        }
241        if( alg == 'C' && outgap == 0 )
242        {
243                fprintf( stderr, "conflicting options : C, o\n" );
244                exit( 1 );
245        }
246}
247
248int countamino( char *s, int end )
249{
250        int val = 0;
251        while( end-- )
252                if( *s++ != '-' ) val++;
253        return( val );
254}
255
256
257static void WriteOptions( FILE *fp )
258{
259
260        if( dorp == 'd' ) fprintf( fp, "DNA\n" );
261        else
262        {
263                if     ( scoremtx ==  0 ) fprintf( fp, "JTT %dPAM\n", pamN );
264                else if( scoremtx ==  1 ) fprintf( fp, "BLOSUM %d\n", nblosum );
265                else if( scoremtx ==  2 ) fprintf( fp, "M-Y\n" );
266        }
267    fprintf( stderr, "Gap Penalty = %+5.2f, %+5.2f, %+5.2f\n", (double)ppenalty/1000, (double)ppenalty_ex/1000, (double)poffset/1000 );
268    if( use_fft ) fprintf( fp, "FFT on\n" );
269
270        fprintf( fp, "tree-base method\n" );
271        if( tbrweight == 0 ) fprintf( fp, "unweighted\n" );
272        else if( tbrweight == 3 ) fprintf( fp, "clustalw-like weighting\n" );
273        if( tbitr || tbweight ) 
274        {
275                fprintf( fp, "iterate at each step\n" );
276                if( tbitr && tbrweight == 0 ) fprintf( fp, "  unweighted\n" ); 
277                if( tbitr && tbrweight == 3 ) fprintf( fp, "  reversely weighted\n" ); 
278                if( tbweight ) fprintf( fp, "  weighted\n" ); 
279                fprintf( fp, "\n" );
280        }
281
282         fprintf( fp, "Gap Penalty = %+5.2f, %+5.2f, %+5.2f\n", (double)ppenalty/1000, (double)ppenalty_ex/1000, (double)poffset/1000 );
283
284        if( alg == 'a' )
285                fprintf( fp, "Algorithm A\n" );
286        else if( alg == 'A' ) 
287                fprintf( fp, "Algorithm A+\n" );
288        else if( alg == 'S' ) 
289                fprintf( fp, "Apgorithm S\n" );
290        else if( alg == 'C' ) 
291                fprintf( fp, "Apgorithm A+/C\n" );
292        else
293                fprintf( fp, "Unknown algorithm\n" );
294
295        if( treemethod == 'x' )
296                fprintf( fp, "Tree = UPGMA (3).\n" );
297        else if( treemethod == 's' )
298                fprintf( fp, "Tree = UPGMA (2).\n" );
299        else if( treemethod == 'p' )
300                fprintf( fp, "Tree = UPGMA (1).\n" );
301        else
302                fprintf( fp, "Unknown tree.\n" );
303
304    if( use_fft )
305    {
306        fprintf( fp, "FFT on\n" );
307        if( dorp == 'd' )
308            fprintf( fp, "Basis : 4 nucleotides\n" );
309        else
310        {
311            if( fftscore )
312                fprintf( fp, "Basis : Polarity and Volume\n" );
313            else
314                fprintf( fp, "Basis : 20 amino acids\n" );
315        }
316        fprintf( fp, "Threshold   of anchors = %d%%\n", fftThreshold );
317        fprintf( fp, "window size of anchors = %dsites\n", fftWinSize );
318    }
319        else
320        fprintf( fp, "FFT off\n" );
321        fflush( fp );
322}
323         
324
325int main( int argc, char *argv[] )
326{
327        static int  *nlen;     
328        static char **name, **seq, **useq;
329        static char **mseq1, **mseq2;
330        static char **aseq;
331        static char **bseq;
332        static double *eff;
333        int i;
334        FILE *infp;
335        char c;
336        int alloclen;
337        RNApair **pair1;
338        RNApair **pair2;
339        float **map;
340
341        arguments( argc, argv );
342
343        if( inputfile )
344        {
345                infp = fopen( inputfile, "r" );
346                if( !infp )
347                {
348                        fprintf( stderr, "Cannot open %s\n", inputfile );
349                        exit( 1 );
350                }
351        }
352        else
353                infp = stdin;
354
355        getnumlen( infp );
356        rewind( infp );
357
358        if( njob > M )
359        {
360                fprintf( stderr, "The number of sequences must be < %d\n", M );
361                fprintf( stderr, "Please try the splittbfast program for such large data.\n" );
362                exit( 1 );
363        }
364
365    name = AllocateCharMtx( njob, B+1 );
366    nlen = AllocateIntVec( njob ); 
367
368        seq = AllocateCharMtx( njob, nlenmax*5+1 );
369        useq = AllocateCharMtx( njob, nlenmax*5+1 );
370        aseq = AllocateCharMtx( njob, nlenmax*5+1 );
371        bseq = AllocateCharMtx( njob, nlenmax*5+1 );
372        mseq1 = AllocateCharMtx( njob, 0 );
373        mseq2 = AllocateCharMtx( njob, 0 );
374        alloclen = nlenmax*5;
375
376        pair1 = calloc( nlenmax*5+1, sizeof( RNApair *) );
377        pair2 = calloc( nlenmax*5+1, sizeof( RNApair *) );
378        map = AllocateFloatMtx( nlenmax+1, nlenmax );
379
380        eff = AllocateDoubleVec( njob );
381
382        readData_pointer( infp, name, nlen, seq );
383        fclose( infp );
384
385        for( i=0; i<njob; i++ ) strcpy( useq[i], seq[i] );
386
387        constants( njob, seq );
388
389#if 0
390        fprintf( stderr, "params = %d, %d, %d\n", penalty, penalty_ex, offset );
391#endif
392
393        initSignalSM();
394
395        initFiles();
396
397        WriteOptions( trap_g );
398
399        c = seqcheck( seq );
400        if( c )
401        {
402                fprintf( stderr, "Illeagal character %c\n", c );
403                exit( 1 );
404        }
405
406//      writePre( njob, name, nlen, seq, 0 );
407
408        for( i=0; i<njob; i++ ) eff[i] = 1.0;
409
410//      for( i=0; i<njob; i++ ) gappick0( bseq[i], seq[i] );
411
412
413        fprintf( stderr, "folding group1\n" );
414//      rnalocal( seq, useq, eff, eff, njob, njob, alloclen, pair1 );
415        rnaalifoldcall( seq, njob, pair1 );
416        exit( 1 );
417
418#if 0
419        fprintf( stderr, "folding group1\n" );
420        rnalocal( seq+1, useq+1, eff+1, eff+1, 1, 1, alloclen, pair2 );
421        fprintf( stderr, "aligning 1 and 2, phase 1\n" );
422        Lalignmm_hmout( seq, seq+1, eff, eff+1, 1, 1, alloclen, NULL, NULL, NULL, NULL, map );
423
424
425#if 0
426        lgth1 = strlen( seq[0] );
427        for( i=0; i<lgth1; i++ )
428        {
429                fprintf( stderr, "\n" );
430                if( pair1[i].pos == -1 ) continue;
431                fprintf( stderr, "i=%d (%c):%d", i, seq[0][i], pair1[i].pos );
432                if( map12[pair1[i].pos].pos == -1 ) continue;
433                fprintf( stderr, "%c -> %c ", seq[0][pair1[i].pos], seq[1][map12[pair1[i].pos].pos] );
434                if( pair2[map12[pair1[i].pos].pos].pos == -1 ) continue;
435                fprintf( stderr, "%d:%d (%c)", map12[pair1[i].pos].pos, pair2[map12[pair1[i].pos].pos].pos, seq[1][pair2[map12[pair1[i].pos].pos].pos] );
436        }
437#endif
438
439
440        exit( 1 );
441
442
443        pairalign( name, nlen, bseq, aseq, mseq1, mseq2, eff, alloclen );
444        fprintf( trap_g, "done.\n" );
445#if DEBUG
446        fprintf( stderr, "closing trap_g\n" );
447#endif
448        fclose( trap_g );
449
450//      writePre( njob, name, nlen, aseq, !contin );
451#if 0
452        writeData( stdout, njob, name, nlen, aseq );
453#endif
454#if IODEBUG
455        fprintf( stderr, "OSHIMAI\n" );
456#endif
457        SHOWVERSION;
458        return( 0 );
459#endif
460}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.