| 1 | #include "mltaln.h" |
|---|
| 2 | |
|---|
| 3 | #define DEBUG 0 |
|---|
| 4 | |
|---|
| 5 | #if 0 |
|---|
| 6 | void mdfymtx( char pair[njob][njob], int s1, double **partialmtx, double **mtx ) |
|---|
| 7 | #else |
|---|
| 8 | void mdfymtx( char **pair, int s1, double **partialmtx, double **mtx ) |
|---|
| 9 | #endif |
|---|
| 10 | { |
|---|
| 11 | int i, j; |
|---|
| 12 | int icount, jcount; |
|---|
| 13 | #if DEBUG |
|---|
| 14 | FILE *fp; |
|---|
| 15 | static char name[M][B]; |
|---|
| 16 | |
|---|
| 17 | for( i=0; i<M; i++ ) name[i][0] = 0; |
|---|
| 18 | fprintf( stdout, "s1 = %d\n", s1 ); |
|---|
| 19 | for( i=0; i<njob; i++ ) |
|---|
| 20 | { |
|---|
| 21 | for( j=0; j<njob; j++ ) |
|---|
| 22 | { |
|---|
| 23 | printf( "%#2d", pair[i][j] ); |
|---|
| 24 | } |
|---|
| 25 | printf( "\n" ); |
|---|
| 26 | } |
|---|
| 27 | #endif |
|---|
| 28 | |
|---|
| 29 | for( i=0, icount=0; i<njob-1; i++ ) |
|---|
| 30 | { |
|---|
| 31 | if( !pair[s1][i] ) continue; |
|---|
| 32 | for( j=i+1, jcount=icount+1; j<njob; j++ ) |
|---|
| 33 | { |
|---|
| 34 | if( !pair[s1][j] ) continue; |
|---|
| 35 | partialmtx[icount][jcount] = mtx[i][j]; |
|---|
| 36 | jcount++; |
|---|
| 37 | } |
|---|
| 38 | icount++; |
|---|
| 39 | } |
|---|
| 40 | #if DEBUG |
|---|
| 41 | fp = fopen( "hat2.org", "w" ); |
|---|
| 42 | WriteHat2( fp, njob, name, mtx ); |
|---|
| 43 | fclose( fp ); |
|---|
| 44 | fp = fopen( "hat2.mdf", "w" ); |
|---|
| 45 | WriteHat2( fp, icount, name, partialmtx ); |
|---|
| 46 | fclose( fp ); |
|---|
| 47 | #endif |
|---|
| 48 | |
|---|
| 49 | } |
|---|
| 50 | |
|---|
| 51 | |
|---|
| 52 | float score_calc( char **seq, int s ) /* method 3 */ |
|---|
| 53 | { |
|---|
| 54 | int i, j, k, c; |
|---|
| 55 | int len = strlen( seq[0] ); |
|---|
| 56 | float score; |
|---|
| 57 | int tmpscore; |
|---|
| 58 | char *mseq1, *mseq2; |
|---|
| 59 | |
|---|
| 60 | score = 0.0; |
|---|
| 61 | for( i=0; i<s-1; i++ ) |
|---|
| 62 | { |
|---|
| 63 | for( j=i+1; j<s; j++ ) |
|---|
| 64 | { |
|---|
| 65 | mseq1 = seq[i]; |
|---|
| 66 | mseq2 = seq[j]; |
|---|
| 67 | tmpscore = 0; |
|---|
| 68 | c = 0; |
|---|
| 69 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 70 | { |
|---|
| 71 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 72 | c++; |
|---|
| 73 | tmpscore += amino_dis[(int)mseq1[k]][(int)mseq2[k]]; |
|---|
| 74 | if( mseq1[k] == '-' ) |
|---|
| 75 | { |
|---|
| 76 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 77 | while( mseq1[++k] == '-' ) |
|---|
| 78 | ; |
|---|
| 79 | k--; |
|---|
| 80 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 81 | continue; |
|---|
| 82 | } |
|---|
| 83 | if( mseq2[k] == '-' ) |
|---|
| 84 | { |
|---|
| 85 | tmpscore += penalty; |
|---|
| 86 | while( mseq2[++k] == '-' ) |
|---|
| 87 | ; |
|---|
| 88 | k--; |
|---|
| 89 | if( k > len-2 ) break; |
|---|
| 90 | continue; |
|---|
| 91 | } |
|---|
| 92 | } |
|---|
| 93 | /* |
|---|
| 94 | if( mseq1[0] == '-' || mseq2[0] == '-' ) |
|---|
| 95 | { |
|---|
| 96 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 97 | { |
|---|
| 98 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 99 | if( !( mseq1[k] != '-' && mseq2[k] != '-' ) ) |
|---|
| 100 | { |
|---|
| 101 | c--; |
|---|
| 102 | tmpscore -= penalty; |
|---|
| 103 | break; |
|---|
| 104 | } |
|---|
| 105 | else break; |
|---|
| 106 | } |
|---|
| 107 | } |
|---|
| 108 | if( mseq1[len-1] == '-' || mseq2[len-1] == '-' ) |
|---|
| 109 | { |
|---|
| 110 | for( k=0; k<len; k++ ) |
|---|
| 111 | { |
|---|
| 112 | if( mseq1[k] == '-' && mseq2[k] == '-' ) continue; |
|---|
| 113 | if( !( mseq1[k] != '-' && mseq2[k] != '-' ) ) |
|---|
| 114 | { |
|---|
| 115 | c--; |
|---|
| 116 | tmpscore -= penalty; |
|---|
| 117 | break; |
|---|
| 118 | } |
|---|
| 119 | else break; |
|---|
| 120 | } |
|---|
| 121 | } |
|---|
| 122 | */ |
|---|
| 123 | score += (double)tmpscore / (double)c; |
|---|
| 124 | } |
|---|
| 125 | } |
|---|
| 126 | score = (float)score / ( ( (double)s * ((double)s-1.0) ) / 2.0 ); |
|---|
| 127 | fprintf( stderr, "score in score_calc = %f\n", score ); |
|---|
| 128 | return( score ); |
|---|
| 129 | } |
|---|
| 130 | |
|---|
| 131 | void cpmx_calc( char **seq, float **cpmx, double *eff, int lgth, int clus ) |
|---|
| 132 | { |
|---|
| 133 | int i, j, k; |
|---|
| 134 | double totaleff = 0.0; |
|---|
| 135 | |
|---|
| 136 | for( i=0; i<clus; i++ ) totaleff += eff[i]; |
|---|
| 137 | for( i=0; i<26; i++ ) for( j=0; j<lgth; j++ ) cpmx[i][j] = 0.0; |
|---|
| 138 | for( j=0; j<lgth; j++ ) for( k=0; k<clus; k++ ) |
|---|
| 139 | cpmx[(int)amino_n[(int)seq[k][j]]][j] += (float)eff[k] / totaleff; |
|---|
| 140 | } |
|---|
| 141 | |
|---|
| 142 | |
|---|
| 143 | void cpmx_calc_new_bk( char **seq, float **cpmx, double *eff, int lgth, int clus ) // summ eff must be 1.0 |
|---|
| 144 | { |
|---|
| 145 | int i, j, k; |
|---|
| 146 | float feff; |
|---|
| 147 | |
|---|
| 148 | for( i=0; i<26; i++ ) for( j=0; j<lgth; j++ ) cpmx[i][j] = 0.0; |
|---|
| 149 | for( k=0; k<clus; k++ ) |
|---|
| 150 | { |
|---|
| 151 | feff = (float)eff[k]; |
|---|
| 152 | for( j=0; j<lgth; j++ ) |
|---|
| 153 | { |
|---|
| 154 | cpmx[(int)amino_n[(int)seq[k][j]]][j] += feff; |
|---|
| 155 | } |
|---|
| 156 | } |
|---|
| 157 | } |
|---|
| 158 | |
|---|
| 159 | void cpmx_calc_new( char **seq, float **cpmx, double *eff, int lgth, int clus ) // summ eff must be 1.0 |
|---|
| 160 | { |
|---|
| 161 | int i, j, k; |
|---|
| 162 | float feff; |
|---|
| 163 | float *cpmxpt, **cpmxptpt; |
|---|
| 164 | char *seqpt; |
|---|
| 165 | |
|---|
| 166 | j = 26; |
|---|
| 167 | cpmxptpt = cpmx; |
|---|
| 168 | while( j-- ) |
|---|
| 169 | { |
|---|
| 170 | cpmxpt = *cpmxptpt++; |
|---|
| 171 | i = lgth; |
|---|
| 172 | while( i-- ) |
|---|
| 173 | *cpmxpt++ = 0.0; |
|---|
| 174 | } |
|---|
| 175 | for( k=0; k<clus; k++ ) |
|---|
| 176 | { |
|---|
| 177 | feff = (float)eff[k]; |
|---|
| 178 | seqpt = seq[k]; |
|---|
| 179 | // fprintf( stderr, "seqpt = %s, lgth=%d\n", seqpt, lgth ); |
|---|
| 180 | for( j=0; j<lgth; j++ ) |
|---|
| 181 | { |
|---|
| 182 | cpmx[(int)amino_n[(int)*seqpt++]][j] += feff; |
|---|
| 183 | } |
|---|
| 184 | } |
|---|
| 185 | } |
|---|
| 186 | void MScpmx_calc_new( char **seq, float **cpmx, double *eff, int lgth, int clus ) // summ eff must be 1.0 |
|---|
| 187 | { |
|---|
| 188 | int i, j, k; |
|---|
| 189 | float feff; |
|---|
| 190 | float **cpmxptpt, *cpmxpt; |
|---|
| 191 | char *seqpt; |
|---|
| 192 | |
|---|
| 193 | j = lgth; |
|---|
| 194 | cpmxptpt = cpmx; |
|---|
| 195 | while( j-- ) |
|---|
| 196 | { |
|---|
| 197 | cpmxpt = *cpmxptpt++; |
|---|
| 198 | i = 26; |
|---|
| 199 | while( i-- ) |
|---|
| 200 | *cpmxpt++ = 0.0; |
|---|
| 201 | } |
|---|
| 202 | for( k=0; k<clus; k++ ) |
|---|
| 203 | { |
|---|
| 204 | feff = (float)eff[k]; |
|---|
| 205 | seqpt = seq[k]; |
|---|
| 206 | cpmxptpt = cpmx; |
|---|
| 207 | j = lgth; |
|---|
| 208 | while( j-- ) |
|---|
| 209 | (*cpmxptpt++)[(int)amino_n[(int)*seqpt++]] += feff; |
|---|
| 210 | } |
|---|
| 211 | #if 0 |
|---|
| 212 | for( j=0; j<lgth; j++ ) for( i=0; i<26; i++ ) cpmx[j][i] = 0.0; |
|---|
| 213 | for( k=0; k<clus; k++ ) |
|---|
| 214 | { |
|---|
| 215 | feff = (float)eff[k]; |
|---|
| 216 | for( j=0; j<lgth; j++ ) |
|---|
| 217 | cpmx[j][(int)amino_n[(int)seq[k][j]]] += feff; |
|---|
| 218 | } |
|---|
| 219 | #endif |
|---|
| 220 | } |
|---|
| 221 | |
|---|
| 222 | void cpmx_ribosum( char **seq, char **seqr, char *dir, float **cpmx, double *eff, int lgth, int clus ) // summ eff must be 1.0 |
|---|
| 223 | { |
|---|
| 224 | int i, j, k; |
|---|
| 225 | float feff; |
|---|
| 226 | float **cpmxptpt, *cpmxpt; |
|---|
| 227 | char *seqpt, *seqrpt, *dirpt; |
|---|
| 228 | int code, code1, code2; |
|---|
| 229 | |
|---|
| 230 | j = lgth; |
|---|
| 231 | cpmxptpt = cpmx; |
|---|
| 232 | while( j-- ) |
|---|
| 233 | { |
|---|
| 234 | cpmxpt = *cpmxptpt++; |
|---|
| 235 | i = 37; |
|---|
| 236 | while( i-- ) |
|---|
| 237 | *cpmxpt++ = 0.0; |
|---|
| 238 | } |
|---|
| 239 | for( k=0; k<clus; k++ ) |
|---|
| 240 | { |
|---|
| 241 | feff = (float)eff[k]; |
|---|
| 242 | seqpt = seq[k]; |
|---|
| 243 | seqrpt = seqr[k]; |
|---|
| 244 | dirpt = dir; |
|---|
| 245 | cpmxptpt = cpmx; |
|---|
| 246 | j = lgth; |
|---|
| 247 | while( j-- ) |
|---|
| 248 | { |
|---|
| 249 | #if 0 |
|---|
| 250 | code1 = amino_n[(int)*seqpt]; |
|---|
| 251 | if( code1 > 3 ) code = 36; |
|---|
| 252 | else |
|---|
| 253 | code = code1; |
|---|
| 254 | #else |
|---|
| 255 | code1 = amino_n[(int)*seqpt]; |
|---|
| 256 | code2 = amino_n[(int)*seqrpt]; |
|---|
| 257 | if( code1 > 3 ) |
|---|
| 258 | { |
|---|
| 259 | code = 36; |
|---|
| 260 | } |
|---|
| 261 | else if( code2 > 3 ) |
|---|
| 262 | { |
|---|
| 263 | code = code1; |
|---|
| 264 | } |
|---|
| 265 | else if( *dirpt == '5' ) |
|---|
| 266 | { |
|---|
| 267 | code = 4 + code2 * 4 + code1; |
|---|
| 268 | } |
|---|
| 269 | else if( *dirpt == '3' ) |
|---|
| 270 | { |
|---|
| 271 | code = 20 + code2 * 4 + code1; |
|---|
| 272 | } |
|---|
| 273 | else // if( *dirpt == 'o' ) // nai |
|---|
| 274 | { |
|---|
| 275 | code = code1; |
|---|
| 276 | } |
|---|
| 277 | #endif |
|---|
| 278 | |
|---|
| 279 | // fprintf( stderr, "%c -> code=%d toa=%d, tog=%d, toc=%d, tot=%d, ton=%d, efee=%f\n", *seqpt, code%4, ribosumdis[code][4+0], ribosumdis[code][4+1], ribosumdis[code][4+2], ribosumdis[code][20+3], ribosumdis[code][36], feff ); |
|---|
| 280 | |
|---|
| 281 | seqpt++; |
|---|
| 282 | seqrpt++; |
|---|
| 283 | dirpt++; |
|---|
| 284 | |
|---|
| 285 | (*cpmxptpt++)[code] += feff; |
|---|
| 286 | } |
|---|
| 287 | } |
|---|
| 288 | } |
|---|
| 289 | |
|---|
| 290 | void mseqcat( char **seq1, char **seq2, double **eff, double *effarr1, double *effarr2, char name1[M][B], char name2[M][B], int clus1, int clus2 ) |
|---|
| 291 | { |
|---|
| 292 | int i, j; |
|---|
| 293 | for( i=0; i<clus2; i++ ) |
|---|
| 294 | seq1[clus1+i] = seq2[i]; |
|---|
| 295 | for( i=0; i<clus2; i++ ) strcpy( name1[clus1+i], name2[i] ); |
|---|
| 296 | |
|---|
| 297 | for( i=0; i<clus1; i++ ) for( j=0; j<clus1; j++ ) eff[i][j] = effarr1[i]* effarr1[j]; |
|---|
| 298 | for( i=0; i<clus1; i++ ) for( j=clus1; j<clus1+clus2; j++ ) eff[i][j] = effarr1[i]* effarr2[j-clus1]; |
|---|
| 299 | for( i=clus1; i<clus1+clus2; i++ ) for( j=0; j<clus1; j++ ) eff[i][j] = effarr2[i-clus1] * effarr1[j]; |
|---|
| 300 | for( i=clus1; i<clus1+clus2; i++ ) for( j=clus1; j<clus1+clus2; j++ ) eff[i][j] = effarr2[i-clus1] * effarr2[j-clus1]; |
|---|
| 301 | } |
|---|
| 302 | |
|---|
| 303 | |
|---|
| 304 | |
|---|
| 305 | #if 0 |
|---|
| 306 | int conjuction( char pair[njob][njob], int s, char **seq, char **aseq, double *peff, double *eff, char name[M][B], char aname[M][B], char *d ) |
|---|
| 307 | #else |
|---|
| 308 | int conjuctionforgaln( int s0, int s1, char **seq, char **aseq, double *peff, double *eff, char **name, char **aname, char *d ) |
|---|
| 309 | #endif |
|---|
| 310 | { |
|---|
| 311 | int m, k; |
|---|
| 312 | char b[B]; |
|---|
| 313 | double total; |
|---|
| 314 | |
|---|
| 315 | #if 0 |
|---|
| 316 | fprintf( stderr, "s0 = %d, s1 = %d\n", s0, s1 ); |
|---|
| 317 | #endif |
|---|
| 318 | |
|---|
| 319 | total = 0.0; |
|---|
| 320 | d[0] = 0; |
|---|
| 321 | for( m=s0, k=0; m<s1; m++ ) |
|---|
| 322 | { |
|---|
| 323 | { |
|---|
| 324 | sprintf( b, " %d", m+1 ); |
|---|
| 325 | #if 1 |
|---|
| 326 | if( strlen( d ) < 100 ) strcat( d, b ); |
|---|
| 327 | #else |
|---|
| 328 | strcat( d, b ); |
|---|
| 329 | #endif |
|---|
| 330 | aseq[k] = seq[m]; |
|---|
| 331 | peff[k] = eff[m]; |
|---|
| 332 | total += peff[k]; |
|---|
| 333 | #if 0 |
|---|
| 334 | strcpy( aname[k], name[m] ); |
|---|
| 335 | #endif |
|---|
| 336 | k++; |
|---|
| 337 | } |
|---|
| 338 | } |
|---|
| 339 | #if 1 |
|---|
| 340 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 341 | { |
|---|
| 342 | peff[m] /= total; |
|---|
| 343 | // fprintf( stderr, "peff[%d] = %f\n", m, peff[m] ); |
|---|
| 344 | } |
|---|
| 345 | #endif |
|---|
| 346 | return( k ); |
|---|
| 347 | } |
|---|
| 348 | |
|---|
| 349 | void makegrouprna( RNApair ***group, RNApair ***all, int *memlist ) |
|---|
| 350 | { |
|---|
| 351 | int k, m; |
|---|
| 352 | for( k=0; (m=*memlist)!=-1; memlist++, k++ ) |
|---|
| 353 | { |
|---|
| 354 | group[k] = all[m]; |
|---|
| 355 | } |
|---|
| 356 | } |
|---|
| 357 | |
|---|
| 358 | |
|---|
| 359 | int fastconjuction_noweight( int *memlist, char **seq, char **aseq, double *peff, char *d ) |
|---|
| 360 | { |
|---|
| 361 | int m, k, dln; |
|---|
| 362 | char b[B]; |
|---|
| 363 | double total; |
|---|
| 364 | |
|---|
| 365 | #if DEBUG |
|---|
| 366 | fprintf( stderr, "s = %d\n", s ); |
|---|
| 367 | #endif |
|---|
| 368 | |
|---|
| 369 | total = 0.0; |
|---|
| 370 | d[0] = 0; |
|---|
| 371 | dln = 0; |
|---|
| 372 | for( k=0; *memlist!=-1; memlist++, k++ ) |
|---|
| 373 | { |
|---|
| 374 | m = *memlist; |
|---|
| 375 | dln += sprintf( b, " %d", m+1 ); |
|---|
| 376 | #if 1 |
|---|
| 377 | if( dln < 100 ) strcat( d, b ); |
|---|
| 378 | #else |
|---|
| 379 | strcat( d, b ); |
|---|
| 380 | #endif |
|---|
| 381 | aseq[k] = seq[m]; |
|---|
| 382 | peff[k] = 1.0; |
|---|
| 383 | total += peff[k]; |
|---|
| 384 | } |
|---|
| 385 | #if 1 |
|---|
| 386 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 387 | peff[m] /= total; |
|---|
| 388 | #endif |
|---|
| 389 | return( k ); |
|---|
| 390 | } |
|---|
| 391 | |
|---|
| 392 | int fastconjuction_noname_kozo( int *memlist, char **seq, char **aseq, double *peff, double *eff, double *peff_kozo, double *eff_kozo, char *d ) |
|---|
| 393 | { |
|---|
| 394 | int m, k, dln; |
|---|
| 395 | char b[B]; |
|---|
| 396 | double total; |
|---|
| 397 | double total_kozo; |
|---|
| 398 | |
|---|
| 399 | #if DEBUG |
|---|
| 400 | fprintf( stderr, "s = %d\n", s ); |
|---|
| 401 | #endif |
|---|
| 402 | |
|---|
| 403 | total = 0.0; |
|---|
| 404 | total_kozo = 0.0; |
|---|
| 405 | d[0] = 0; |
|---|
| 406 | dln = 0; |
|---|
| 407 | for( k=0; *memlist!=-1; memlist++, k++ ) |
|---|
| 408 | { |
|---|
| 409 | m = *memlist; |
|---|
| 410 | dln += sprintf( b, " %d", m+1 ); |
|---|
| 411 | #if 1 |
|---|
| 412 | if( dln < 100 ) strcat( d, b ); |
|---|
| 413 | #else |
|---|
| 414 | strcat( d, b ); |
|---|
| 415 | #endif |
|---|
| 416 | aseq[k] = seq[m]; |
|---|
| 417 | peff[k] = eff[m]; |
|---|
| 418 | peff_kozo[k] = eff_kozo[m]; |
|---|
| 419 | total += peff[k]; |
|---|
| 420 | total_kozo += peff_kozo[k]; |
|---|
| 421 | } |
|---|
| 422 | #if 1 |
|---|
| 423 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 424 | { |
|---|
| 425 | // fprintf( stderr, "peff[%d] = %f\n", m, peff[m] ); |
|---|
| 426 | peff[m] /= total; |
|---|
| 427 | } |
|---|
| 428 | if( total_kozo ) |
|---|
| 429 | { |
|---|
| 430 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 431 | { |
|---|
| 432 | // fprintf( stderr, "peff[%d] = %f\n", m, peff[m] ); |
|---|
| 433 | peff_kozo[m] /= total_kozo; |
|---|
| 434 | if( peff_kozo[m] > 0.0 ) peff_kozo[m] += peff[m]; |
|---|
| 435 | } |
|---|
| 436 | } |
|---|
| 437 | else //iranai |
|---|
| 438 | { |
|---|
| 439 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 440 | { |
|---|
| 441 | peff_kozo[m] = 0.0; |
|---|
| 442 | } |
|---|
| 443 | } |
|---|
| 444 | #endif |
|---|
| 445 | |
|---|
| 446 | // fprintf( stderr, "\n\ntbfast_total_kozo = %f\n\n", total_kozo ); |
|---|
| 447 | return( k ); |
|---|
| 448 | } |
|---|
| 449 | |
|---|
| 450 | |
|---|
| 451 | int fastconjuction_noname( int *memlist, char **seq, char **aseq, double *peff, double *eff, char *d ) |
|---|
| 452 | { |
|---|
| 453 | int m, k, dln; |
|---|
| 454 | char b[B]; |
|---|
| 455 | double total; |
|---|
| 456 | |
|---|
| 457 | #if DEBUG |
|---|
| 458 | fprintf( stderr, "s = %d\n", s ); |
|---|
| 459 | #endif |
|---|
| 460 | |
|---|
| 461 | total = 0.0; |
|---|
| 462 | d[0] = 0; |
|---|
| 463 | dln = 0; |
|---|
| 464 | for( k=0; *memlist!=-1; memlist++, k++ ) |
|---|
| 465 | { |
|---|
| 466 | m = *memlist; |
|---|
| 467 | dln += sprintf( b, " %d", m+1 ); |
|---|
| 468 | #if 1 |
|---|
| 469 | if( dln < 100 ) strcat( d, b ); |
|---|
| 470 | #else |
|---|
| 471 | strcat( d, b ); |
|---|
| 472 | #endif |
|---|
| 473 | aseq[k] = seq[m]; |
|---|
| 474 | peff[k] = eff[m]; |
|---|
| 475 | total += peff[k]; |
|---|
| 476 | } |
|---|
| 477 | #if 1 |
|---|
| 478 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 479 | { |
|---|
| 480 | // fprintf( stderr, "peff[%d] = %f\n", m, peff[m] ); |
|---|
| 481 | peff[m] /= total; |
|---|
| 482 | } |
|---|
| 483 | #endif |
|---|
| 484 | return( k ); |
|---|
| 485 | } |
|---|
| 486 | |
|---|
| 487 | int fastconjuction( int *memlist, char **seq, char **aseq, double *peff, double *eff, char name[M][B], char aname[M][B], char *d ) |
|---|
| 488 | { |
|---|
| 489 | int m, k, dln; |
|---|
| 490 | char b[B]; |
|---|
| 491 | double total; |
|---|
| 492 | |
|---|
| 493 | #if DEBUG |
|---|
| 494 | fprintf( stderr, "s = %d\n", s ); |
|---|
| 495 | #endif |
|---|
| 496 | |
|---|
| 497 | total = 0.0; |
|---|
| 498 | d[0] = 0; |
|---|
| 499 | dln = 0; |
|---|
| 500 | for( k=0; *memlist!=-1; memlist++, k++ ) |
|---|
| 501 | { |
|---|
| 502 | m = *memlist; |
|---|
| 503 | dln += sprintf( b, " %d", m+1 ); |
|---|
| 504 | #if 1 |
|---|
| 505 | if( dln < 100 ) strcat( d, b ); |
|---|
| 506 | #else |
|---|
| 507 | strcat( d, b ); |
|---|
| 508 | #endif |
|---|
| 509 | aseq[k] = seq[m]; |
|---|
| 510 | peff[k] = eff[m]; |
|---|
| 511 | total += peff[k]; |
|---|
| 512 | #if 0 |
|---|
| 513 | strcpy( aname[k], name[m] ); |
|---|
| 514 | #endif |
|---|
| 515 | } |
|---|
| 516 | #if 1 |
|---|
| 517 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 518 | peff[m] /= total; |
|---|
| 519 | #endif |
|---|
| 520 | return( k ); |
|---|
| 521 | } |
|---|
| 522 | |
|---|
| 523 | |
|---|
| 524 | |
|---|
| 525 | int conjuctionfortbfast_old( char **pair, int s, char **seq, char **aseq, double *peff, double *eff, char *d ) |
|---|
| 526 | { |
|---|
| 527 | int m, k; |
|---|
| 528 | char *b; |
|---|
| 529 | double total; |
|---|
| 530 | |
|---|
| 531 | b = calloc( B, sizeof( char ) ); |
|---|
| 532 | #if DEBUG |
|---|
| 533 | fprintf( stderr, "s = %d\n", s ); |
|---|
| 534 | #endif |
|---|
| 535 | |
|---|
| 536 | total = 0.0; |
|---|
| 537 | d[0] = 0; |
|---|
| 538 | for( m=s, k=0; m<njob; m++ ) |
|---|
| 539 | { |
|---|
| 540 | if( pair[s][m] != 0 ) |
|---|
| 541 | { |
|---|
| 542 | sprintf( b, " %d", m+1 ); |
|---|
| 543 | #if 1 |
|---|
| 544 | if( strlen( d ) < 100 ) strcat( d, b ); |
|---|
| 545 | #else |
|---|
| 546 | strcat( d, b ); |
|---|
| 547 | #endif |
|---|
| 548 | aseq[k] = seq[m]; |
|---|
| 549 | peff[k] = eff[m]; |
|---|
| 550 | total += peff[k]; |
|---|
| 551 | #if 0 |
|---|
| 552 | strcpy( aname[k], name[m] ); |
|---|
| 553 | #endif |
|---|
| 554 | k++; |
|---|
| 555 | } |
|---|
| 556 | } |
|---|
| 557 | #if 1 |
|---|
| 558 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 559 | peff[m] /= total; |
|---|
| 560 | #endif |
|---|
| 561 | free( b ); |
|---|
| 562 | return( k ); |
|---|
| 563 | } |
|---|
| 564 | |
|---|
| 565 | int conjuction( char **pair, int s, char **seq, char **aseq, double *peff, double *eff, char **name, char **aname, char *d ) |
|---|
| 566 | { |
|---|
| 567 | int m, k; |
|---|
| 568 | char b[B]; |
|---|
| 569 | double total; |
|---|
| 570 | |
|---|
| 571 | #if DEBUG |
|---|
| 572 | fprintf( stderr, "s = %d\n", s ); |
|---|
| 573 | #endif |
|---|
| 574 | |
|---|
| 575 | total = 0.0; |
|---|
| 576 | d[0] = 0; |
|---|
| 577 | for( m=s, k=0; m<njob; m++ ) |
|---|
| 578 | { |
|---|
| 579 | if( pair[s][m] != 0 ) |
|---|
| 580 | { |
|---|
| 581 | sprintf( b, " %d", m+1 ); |
|---|
| 582 | #if 1 |
|---|
| 583 | if( strlen( d ) < 100 ) strcat( d, b ); |
|---|
| 584 | #else |
|---|
| 585 | strcat( d, b ); |
|---|
| 586 | #endif |
|---|
| 587 | aseq[k] = seq[m]; |
|---|
| 588 | peff[k] = eff[m]; |
|---|
| 589 | total += peff[k]; |
|---|
| 590 | #if 0 |
|---|
| 591 | strcpy( aname[k], name[m] ); |
|---|
| 592 | #endif |
|---|
| 593 | k++; |
|---|
| 594 | } |
|---|
| 595 | } |
|---|
| 596 | #if 0 |
|---|
| 597 | for( m=0; m<k; m++ ) |
|---|
| 598 | peff[m] /= total; |
|---|
| 599 | #endif |
|---|
| 600 | return( k ); |
|---|
| 601 | } |
|---|
| 602 | |
|---|
| 603 | void floatdelete( float **cpmx, int d, int len ) |
|---|
| 604 | { |
|---|
| 605 | int i, j; |
|---|
| 606 | |
|---|
| 607 | for( i=d; i<len-1; i++ ) |
|---|
| 608 | { |
|---|
| 609 | for( j=0; j<26; j++ ) |
|---|
| 610 | { |
|---|
| 611 | cpmx[j][i] = cpmx[j][i+1]; |
|---|
| 612 | } |
|---|
| 613 | } |
|---|
| 614 | } |
|---|
| 615 | |
|---|
| 616 | void chardelete( char *seq, int d ) |
|---|
| 617 | { |
|---|
| 618 | char b[N]; |
|---|
| 619 | |
|---|
| 620 | strcpy( b, seq+d+1 ); |
|---|
| 621 | strcpy( seq+d, b ); |
|---|
| 622 | } |
|---|
| 623 | |
|---|
| 624 | int RootBranchNode( int nseq, int ***topol, int step, int branch ) |
|---|
| 625 | { |
|---|
| 626 | int i, j, s1, s2, value; |
|---|
| 627 | |
|---|
| 628 | value = 1; |
|---|
| 629 | for( i=step+1; i<nseq-2; i++ ) |
|---|
| 630 | { |
|---|
| 631 | for( j=0; (s1=topol[i][0][j])>-1; j++ ) |
|---|
| 632 | if( s1 == topol[step][branch][0] ) value++; |
|---|
| 633 | for( j=0; (s2=topol[i][1][j])>-1; j++ ) |
|---|
| 634 | if( s2 == topol[step][branch][0] ) value++; |
|---|
| 635 | } |
|---|
| 636 | return( value ); |
|---|
| 637 | } |
|---|
| 638 | |
|---|
| 639 | void BranchLeafNode( int nseq, int ***topol, int *node, int step, int branch ) |
|---|
| 640 | { |
|---|
| 641 | int i, j, k, s; |
|---|
| 642 | |
|---|
| 643 | for( i=0; i<nseq; i++ ) node[i] = 0; |
|---|
| 644 | for( i=0; i<step-1; i++ ) |
|---|
| 645 | for( k=0; k<2; k++ ) |
|---|
| 646 | for( j=0; (s=topol[i][k][j])>-1; j++ ) |
|---|
| 647 | node[s]++; |
|---|
| 648 | for( k=0; k<branch+1; k++ ) |
|---|
| 649 | for( j=0; (s=topol[step][k][j])>-1; j++ ) |
|---|
| 650 | node[s]++; |
|---|
| 651 | } |
|---|
| 652 | |
|---|
| 653 | void RootLeafNode( int nseq, int ***topol, int *node ) |
|---|
| 654 | { |
|---|
| 655 | int i, j, k, s; |
|---|
| 656 | for( i=0; i<nseq; i++ ) node[i] = 0; |
|---|
| 657 | for( i=0; i<nseq-2; i++ ) |
|---|
| 658 | for( k=0; k<2; k++ ) |
|---|
| 659 | for( j=0; (s=topol[i][k][j])>-1; j++ ) |
|---|
| 660 | node[s]++; |
|---|
| 661 | } |
|---|
| 662 | |
|---|
| 663 | void nodeFromABranch( int nseq, int *result, int **pairwisenode, int ***topol, double **len, int step, int num ) |
|---|
| 664 | { |
|---|
| 665 | int i, s, count; |
|---|
| 666 | int *innergroup; |
|---|
| 667 | int *outergroup1; |
|---|
| 668 | #if 0 |
|---|
| 669 | int outergroup2[nseq]; |
|---|
| 670 | int table[nseq]; |
|---|
| 671 | #else |
|---|
| 672 | static int *outergroup2 = NULL; |
|---|
| 673 | static int *table = NULL; |
|---|
| 674 | if( outergroup2 == NULL ) |
|---|
| 675 | { |
|---|
| 676 | outergroup2 = AllocateIntVec( nseq ); |
|---|
| 677 | table = AllocateIntVec( nseq ); |
|---|
| 678 | } |
|---|
| 679 | #endif |
|---|
| 680 | innergroup = topol[step][num]; |
|---|
| 681 | outergroup1 = topol[step][!num]; |
|---|
| 682 | for( i=0; i<nseq; i++ ) table[i] = 1; |
|---|
| 683 | for( i=0; (s=innergroup[i])>-1; i++ ) table[s] = 0; |
|---|
| 684 | for( i=0; (s=outergroup1[i])>-1; i++ ) table[s] = 0; |
|---|
| 685 | for( i=0, count=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 686 | { |
|---|
| 687 | if( table[i] ) |
|---|
| 688 | { |
|---|
| 689 | outergroup2[count] = i; |
|---|
| 690 | count++; |
|---|
| 691 | } |
|---|
| 692 | } |
|---|
| 693 | outergroup2[count] = -1; |
|---|
| 694 | |
|---|
| 695 | for( i=0; (s=innergroup[i])>-1; i++ ) |
|---|
| 696 | { |
|---|
| 697 | result[s] = pairwisenode[s][outergroup1[0]] |
|---|
| 698 | + pairwisenode[s][outergroup2[0]] |
|---|
| 699 | - pairwisenode[outergroup1[0]][outergroup2[0]] - 1; |
|---|
| 700 | result[s] /= 2; |
|---|
| 701 | } |
|---|
| 702 | for( i=0; (s=outergroup1[i])>-1; i++ ) |
|---|
| 703 | { |
|---|
| 704 | result[s] = pairwisenode[s][outergroup2[0]] |
|---|
| 705 | + pairwisenode[s][innergroup[0]] |
|---|
| 706 | - pairwisenode[innergroup[0]][outergroup2[0]] + 1; |
|---|
| 707 | result[s] /= 2; |
|---|
| 708 | } |
|---|
| 709 | for( i=0; (s=outergroup2[i])>-1; i++ ) |
|---|
| 710 | { |
|---|
| 711 | result[s] = pairwisenode[s][outergroup1[0]] |
|---|
| 712 | + pairwisenode[s][innergroup[0]] |
|---|
| 713 | - pairwisenode[innergroup[0]][outergroup1[0]] + 1; |
|---|
| 714 | result[s] /= 2; |
|---|
| 715 | } |
|---|
| 716 | |
|---|
| 717 | #if 0 |
|---|
| 718 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 719 | fprintf( stderr, "result[%d] = %d\n", i+1, result[i] ); |
|---|
| 720 | #endif |
|---|
| 721 | } |
|---|
| 722 | |
|---|
| 723 | |
|---|
| 724 | |
|---|
| 725 | |
|---|
| 726 | |
|---|
| 727 | |
|---|
| 728 | |
|---|
| 729 | |
|---|
| 730 | |
|---|
| 731 | |
|---|
| 732 | |
|---|
| 733 | |
|---|
| 734 | |
|---|
| 735 | void OneClusterAndTheOther_fast( int locnjob, int *memlist1, int *memlist2, int *s1, int *s2, char *pair, int ***topol, int step, int branch ) |
|---|
| 736 | { |
|---|
| 737 | int i, k; |
|---|
| 738 | int r1; |
|---|
| 739 | // char *pair; |
|---|
| 740 | |
|---|
| 741 | // pair = calloc( locnjob, sizeof( char ) ); |
|---|
| 742 | |
|---|
| 743 | for( i=0; i<locnjob; i++ ) pair[i] = 0; |
|---|
| 744 | for( i=0, k=0; (r1=topol[step][branch][i])>-1; i++ ) |
|---|
| 745 | { |
|---|
| 746 | pair[r1] = 1; |
|---|
| 747 | memlist1[k++] = r1; |
|---|
| 748 | } |
|---|
| 749 | memlist1[k] = -1; |
|---|
| 750 | |
|---|
| 751 | for( i=0, k=0; i<locnjob; i++ ) |
|---|
| 752 | { |
|---|
| 753 | if( !pair[i] ) |
|---|
| 754 | { |
|---|
| 755 | memlist2[k++] = i; |
|---|
| 756 | } |
|---|
| 757 | } |
|---|
| 758 | memlist2[k] = -1; |
|---|
| 759 | |
|---|
| 760 | *s1 = memlist1[0]; |
|---|
| 761 | *s2 = memlist2[0]; |
|---|
| 762 | // free( pair ); |
|---|
| 763 | } |
|---|
| 764 | |
|---|
| 765 | |
|---|
| 766 | void makeEffMtx( int nseq, double **mtx, double *vec ) |
|---|
| 767 | { |
|---|
| 768 | int i, j; |
|---|
| 769 | for( i=0; i<nseq; i++ ) for( j=0; j<nseq; j++ ) |
|---|
| 770 | mtx[i][j] = vec[i] * vec[j]; |
|---|
| 771 | } |
|---|
| 772 | |
|---|
| 773 | void node_eff( int nseq, double *eff, int *node ) |
|---|
| 774 | { |
|---|
| 775 | int i; |
|---|
| 776 | extern double ipower( double, int ); |
|---|
| 777 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 778 | eff[i] = ipower( 0.5, node[i] ) + geta2; |
|---|
| 779 | /* |
|---|
| 780 | eff[i] = ipower( 0.5, node[i] ) + 0; |
|---|
| 781 | */ |
|---|
| 782 | #if DEBUG |
|---|
| 783 | for( i=0; i<nseq; i++ ) |
|---|
| 784 | #endif |
|---|
| 785 | } |
|---|
| 786 | |
|---|
| 787 | |
|---|
| 788 | int shrinklocalhom( char **pair, int s1, int s2, LocalHom **localhom, LocalHom ***localhomshrink ) |
|---|
| 789 | { |
|---|
| 790 | int m1, k1, m2, k2; |
|---|
| 791 | |
|---|
| 792 | for( m1=s1, k1=0; m1<njob; m1++ ) |
|---|
| 793 | { |
|---|
| 794 | if( pair[s1][m1] != 0 ) |
|---|
| 795 | { |
|---|
| 796 | for( m2=s2, k2=0; m2<njob; m2++ ) |
|---|
| 797 | { |
|---|
| 798 | if( pair[s2][m2] != 0 ) |
|---|
| 799 | { |
|---|
| 800 | if( localhom[m1][m2].opt == -1 ) |
|---|
| 801 | localhomshrink[k1][k2] = NULL; |
|---|
| 802 | else |
|---|
| 803 | localhomshrink[k1][k2] = localhom[m1]+m2; |
|---|
| 804 | k2++; |
|---|
| 805 | } |
|---|
| 806 | } |
|---|
| 807 | k1++; |
|---|
| 808 | } |
|---|
| 809 | } |
|---|
| 810 | return( 0 ); |
|---|
| 811 | } |
|---|
| 812 | |
|---|
| 813 | int msshrinklocalhom_fast( int *memlist1, int *memlist2, LocalHom **localhom, LocalHom ***localhomshrink ) |
|---|
| 814 | { |
|---|
| 815 | int m1, k1, m2, k2; |
|---|
| 816 | |
|---|
| 817 | for( k1=0; (m1=memlist1[k1])!=-1; k1++ ) |
|---|
| 818 | { |
|---|
| 819 | for( k2=0; (m2=memlist2[k2])!=-1; k2++ ) |
|---|
| 820 | { |
|---|
| 821 | if( localhom[m1][m2].opt == -1 ) |
|---|
| 822 | localhomshrink[k1][k2] = NULL; |
|---|
| 823 | else |
|---|
| 824 | localhomshrink[k1][k2] = localhom[m1]+m2; |
|---|
| 825 | } |
|---|
| 826 | } |
|---|
| 827 | return( 0 ); |
|---|
| 828 | } |
|---|
| 829 | int fastshrinklocalhom_one( int *mem1, int *mem2, int norg, LocalHom **localhom, LocalHom ***localhomshrink ) |
|---|
| 830 | { |
|---|
| 831 | int k1, k2; |
|---|
| 832 | int *intpt1, *intpt2; |
|---|
| 833 | |
|---|
| 834 | |
|---|
| 835 | for( intpt1=mem1, k1=0; *intpt1!=-1; intpt1++, k1++ ) |
|---|
| 836 | { |
|---|
| 837 | for( intpt2=mem2, k2=0; *intpt2!=-1; intpt2++, k2++ ) |
|---|
| 838 | { |
|---|
| 839 | if( *intpt2 != norg ) |
|---|
| 840 | { |
|---|
| 841 | fprintf( stderr, "ERROR! *intpt2 = %d\n", *intpt2 ); |
|---|
| 842 | exit( 1 ); |
|---|
| 843 | } |
|---|
| 844 | if( localhom[*intpt1][0].opt == -1 ) |
|---|
| 845 | localhomshrink[k1][k2] = NULL; |
|---|
| 846 | else |
|---|
| 847 | localhomshrink[k1][k2] = localhom[*intpt1]; |
|---|
| 848 | } |
|---|
| 849 | } |
|---|
| 850 | return( 0 ); |
|---|
| 851 | } |
|---|
| 852 | |
|---|
| 853 | int fastshrinklocalhom( int *mem1, int *mem2, LocalHom **localhom, LocalHom ***localhomshrink ) |
|---|
| 854 | { |
|---|
| 855 | int k1, k2; |
|---|
| 856 | int *intpt1, *intpt2; |
|---|
| 857 | |
|---|
| 858 | |
|---|
| 859 | for( intpt1=mem1, k1=0; *intpt1!=-1; intpt1++, k1++ ) |
|---|
| 860 | { |
|---|
| 861 | for( intpt2=mem2, k2=0; *intpt2!=-1; intpt2++, k2++ ) |
|---|
| 862 | { |
|---|
| 863 | if( localhom[*intpt1][*intpt2].opt == -1 ) |
|---|
| 864 | localhomshrink[k1][k2] = NULL; |
|---|
| 865 | else |
|---|
| 866 | localhomshrink[k1][k2] = localhom[*intpt1]+*intpt2; |
|---|
| 867 | } |
|---|
| 868 | } |
|---|
| 869 | return( 0 ); |
|---|
| 870 | } |
|---|
| 871 | |
|---|
| 872 | int msfastshrinklocalhom( int *mem1, int *mem2, LocalHom **localhom, LocalHom ***localhomshrink ) |
|---|
| 873 | { |
|---|
| 874 | int k1, k2; |
|---|
| 875 | int *intpt1, *intpt2; |
|---|
| 876 | int m1, m2; |
|---|
| 877 | |
|---|
| 878 | for( intpt1=mem1, k1=0; *intpt1!=-1; intpt1++, k1++ ) |
|---|
| 879 | { |
|---|
| 880 | for( intpt2=mem2, k2=0; *intpt2!=-1; intpt2++, k2++ ) |
|---|
| 881 | { |
|---|
| 882 | m1 = MIN(*intpt1,*intpt2); m2 = MAX(*intpt1,*intpt2); |
|---|
| 883 | if( localhom[m1][m2].opt == -1 ) |
|---|
| 884 | localhomshrink[k1][k2] = NULL; |
|---|
| 885 | else |
|---|
| 886 | localhomshrink[k1][k2] = localhom[m1]+m2; |
|---|
| 887 | } |
|---|
| 888 | } |
|---|
| 889 | return( 0 ); |
|---|
| 890 | } |
|---|
| 891 | |
|---|
