| 1 | #include "muscle.h" |
|---|
| 2 | #include "msa.h" |
|---|
| 3 | #include "params.h" |
|---|
| 4 | #include "textfile.h" |
|---|
| 5 | |
|---|
| 6 | static void DoOutput(MSA &msa) |
|---|
| 7 | { |
|---|
| 8 | bool AnyOutput = false; |
|---|
| 9 | |
|---|
| 10 | // Value options |
|---|
| 11 | if (g_pstrFASTAOutFileName) |
|---|
| 12 | { |
|---|
| 13 | TextFile File(g_pstrFASTAOutFileName, true); |
|---|
| 14 | msa.ToFASTAFile(File); |
|---|
| 15 | AnyOutput = true; |
|---|
| 16 | } |
|---|
| 17 | |
|---|
| 18 | if (g_pstrMSFOutFileName) |
|---|
| 19 | { |
|---|
| 20 | TextFile File(g_pstrMSFOutFileName, true); |
|---|
| 21 | msa.ToMSFFile(File); |
|---|
| 22 | AnyOutput = true; |
|---|
| 23 | } |
|---|
| 24 | |
|---|
| 25 | if (g_pstrClwOutFileName) |
|---|
| 26 | { |
|---|
| 27 | TextFile File(g_pstrClwOutFileName, true); |
|---|
| 28 | msa.ToAlnFile(File); |
|---|
| 29 | AnyOutput = true; |
|---|
| 30 | } |
|---|
| 31 | |
|---|
| 32 | if (g_pstrClwStrictOutFileName) |
|---|
| 33 | { |
|---|
| 34 | g_bClwStrict = true; |
|---|
| 35 | TextFile File(g_pstrClwStrictOutFileName, true); |
|---|
| 36 | msa.ToAlnFile(File); |
|---|
| 37 | AnyOutput = true; |
|---|
| 38 | } |
|---|
| 39 | |
|---|
| 40 | if (g_pstrHTMLOutFileName) |
|---|
| 41 | { |
|---|
| 42 | TextFile File(g_pstrHTMLOutFileName, true); |
|---|
| 43 | msa.ToHTMLFile(File); |
|---|
| 44 | AnyOutput = true; |
|---|
| 45 | } |
|---|
| 46 | |
|---|
| 47 | if (g_pstrPHYIOutFileName) |
|---|
| 48 | { |
|---|
| 49 | TextFile File(g_pstrPHYIOutFileName, true); |
|---|
| 50 | msa.ToPhyInterleavedFile(File); |
|---|
| 51 | AnyOutput = true; |
|---|
| 52 | } |
|---|
| 53 | |
|---|
| 54 | if (g_pstrPHYSOutFileName) |
|---|
| 55 | { |
|---|
| 56 | TextFile File(g_pstrPHYSOutFileName, true); |
|---|
| 57 | msa.ToPhySequentialFile(File); |
|---|
| 58 | AnyOutput = true; |
|---|
| 59 | } |
|---|
| 60 | |
|---|
| 61 | // Flag options, at most one used (because only one -out filename) |
|---|
| 62 | TextFile fileOut(g_pstrOutFileName, true); |
|---|
| 63 | if (g_bFASTA) |
|---|
| 64 | { |
|---|
| 65 | msa.ToFASTAFile(fileOut); |
|---|
| 66 | AnyOutput = true; |
|---|
| 67 | } |
|---|
| 68 | else if (g_bMSF) |
|---|
| 69 | { |
|---|
| 70 | msa.ToMSFFile(fileOut); |
|---|
| 71 | AnyOutput = true; |
|---|
| 72 | } |
|---|
| 73 | else if (g_bAln) |
|---|
| 74 | { |
|---|
| 75 | msa.ToAlnFile(fileOut); |
|---|
| 76 | AnyOutput = true; |
|---|
| 77 | } |
|---|
| 78 | else if (g_bHTML) |
|---|
| 79 | { |
|---|
| 80 | msa.ToHTMLFile(fileOut); |
|---|
| 81 | AnyOutput = true; |
|---|
| 82 | } |
|---|
| 83 | else if (g_bPHYI) |
|---|
| 84 | { |
|---|
| 85 | msa.ToPhyInterleavedFile(fileOut); |
|---|
| 86 | AnyOutput = true; |
|---|
| 87 | } |
|---|
| 88 | else if (g_bPHYS) |
|---|
| 89 | { |
|---|
| 90 | msa.ToPhySequentialFile(fileOut); |
|---|
| 91 | AnyOutput = true; |
|---|
| 92 | } |
|---|
| 93 | |
|---|
| 94 | // If -out option was given but no flags, output as FASTA |
|---|
| 95 | if (!AnyOutput) |
|---|
| 96 | msa.ToFASTAFile(fileOut); |
|---|
| 97 | |
|---|
| 98 | fileOut.Close(); |
|---|
| 99 | |
|---|
| 100 | if (0 != g_pstrScoreFileName) |
|---|
| 101 | WriteScoreFile(msa); |
|---|
| 102 | } |
|---|
| 103 | |
|---|
| 104 | void MuscleOutput(MSA &msa) |
|---|
| 105 | { |
|---|
| 106 | MHackEnd(msa); |
|---|
| 107 | if (g_bStable) |
|---|
| 108 | { |
|---|
| 109 | MSA msaStable; |
|---|
| 110 | Stabilize(msa, msaStable); |
|---|
| 111 | msa.Clear(); // save memory |
|---|
| 112 | DoOutput(msaStable); |
|---|
| 113 | } |
|---|
| 114 | else |
|---|
| 115 | DoOutput(msa); |
|---|
| 116 | } |
|---|
