source: branches/lib/GDE/MUSCLE/src/options.cpp

Last change on this file was 10390, checked in by aboeckma, 12 years ago

added muscle sourcles amd makefile
File size: 4.7 KB
Line 
1#include "muscle.h"
2#include <stdio.h>
3
4struct VALUE_OPT
5        {
6        const char *m_pstrName;
7        const char *m_pstrValue;
8        };
9
10struct FLAG_OPT
11        {
12        const char *m_pstrName;
13        bool m_bSet;
14        };
15
16static VALUE_OPT ValueOpts[] =
17        {
18        "in",                           0,
19        "in1",                          0,
20        "in2",                          0,
21        "out",                          0,
22        "MaxIters",                     0,
23        "MaxHours",                     0,
24        "GapOpen",                      0,
25        "GapOpen2",                     0,
26        "GapExtend",            0,
27        "GapExtend2",           0,
28        "GapAmbig",                     0,
29        "Center",                       0,
30        "SmoothScoreCeil",      0,
31        "MinBestColScore",      0,
32        "MinSmoothScore",       0,
33        "ObjScore",                     0,
34        "SmoothWindow",         0,
35        "RefineWindow",         0,
36        "FromWindow",           0,
37        "ToWindow",                     0,
38        "SaveWindow",           0,
39        "WindowOffset",         0,
40        "FirstWindow",          0,
41        "AnchorSpacing",        0,
42        "Log",                          0,
43        "LogA",                         0,
44        "MaxTrees",                     0,
45        "SUEFF",                        0,
46        "Distance",                     0,
47        "Distance1",            0,
48        "Distance2",            0,
49        "Weight",                       0,
50        "Weight1",                      0,
51        "Weight2",                      0,
52        "Cluster",                      0,
53        "Cluster1",                     0,
54        "Cluster2",                     0,
55        "Root1",                        0,
56        "Root2",                        0,
57        "Tree1",                        0,
58        "Tree2",                        0,
59        "UseTree",                      0,
60        "UseTree_NoWarn",       0,
61        "DiagLength",           0,
62        "DiagMargin",           0,
63        "DiagBreak",            0,
64        "Hydro",                        0,
65        "HydroFactor",          0,
66        "SPScore",                      0,
67        "SeqType",                      0,
68        "MaxMB",                        0,
69        "ComputeWeights",       0,
70        "MaxSubFam",            0,
71        "ScoreFile",            0,
72        "TermGaps",                     0,
73        "FASTAOut",                     0,
74        "CLWOut",                       0,
75        "CLWStrictOut",         0,
76        "HTMLOut",                      0,
77        "MSFOut",                       0,
78        "PHYIOut",                      0,
79        "PHYSOut",                      0,
80        "Matrix",                       0,
81        "DistMx1",                      0,
82        "DistMx2",                      0,
83        "Weight",                       0,
84        };
85static int ValueOptCount = sizeof(ValueOpts)/sizeof(ValueOpts[0]);
86
87static FLAG_OPT FlagOpts[] =
88        {
89        "LE",                                   false,
90        "SP",                                   false,
91        "SV",                                   false,
92        "SPN",                                  false,
93        "Core",                                 false,
94        "NoCore",                               false,
95        "Diags1",                               false,
96        "Diags2",                               false,
97        "Diags",                                false,
98        "Quiet",                                false,
99        "MSF",                                  false,
100        "Verbose",                              false,
101        "Anchors",                              false,
102        "NoAnchors",                    false,
103        "Refine",                               false,
104        "RefineW",                              false,
105        "SW",                                   false,
106        "Profile",                              false,
107        "PPScore",                              false,
108        "ClusterOnly",                  false,
109        "Brenner",                              false,
110        "Dimer",                                false,
111        "clw",                                  false,
112        "clwstrict",                    false,
113        "HTML",                                 false,
114        "Version",                              false,
115        "Stable",                               false,
116        "Group",                                false,
117        "FASTA",                                false,
118        "ProfDB",                               false,
119        "PAS",                                  false,
120        "PHYI",                                 false,
121        "PHYS",                                 false,
122        "TomHydro",                             false,
123        "MakeTree",                             false,
124        };
125static int FlagOptCount = sizeof(FlagOpts)/sizeof(FlagOpts[0]);
126
127static bool TestSetFlagOpt(const char *Arg)
128        {
129        for (int i = 0; i < FlagOptCount; ++i)
130                if (!stricmp(Arg, FlagOpts[i].m_pstrName))
131                        {
132                        FlagOpts[i].m_bSet = true;
133                        return true;
134                        }
135        return false;
136        }
137
138static bool TestSetValueOpt(const char *Arg, const char *Value)
139        {
140        for (int i = 0; i < ValueOptCount; ++i)
141                if (!stricmp(Arg, ValueOpts[i].m_pstrName))
142                        {
143                        if (0 == Value)
144                                {
145                                fprintf(stderr, "Option -%s must have value\n", Arg);
146                                exit(EXIT_NotStarted);
147                                }
148                        ValueOpts[i].m_pstrValue = strsave(Value);
149                        return true;
150                        }
151        return false;
152        }
153
154bool FlagOpt(const char *Name)
155        {
156        for (int i = 0; i < FlagOptCount; ++i)
157                if (!stricmp(Name, FlagOpts[i].m_pstrName))
158                        return FlagOpts[i].m_bSet;
159        Quit("FlagOpt(%s) invalid", Name);
160        return false;
161        }
162
163const char *ValueOpt(const char *Name)
164        {
165        for (int i = 0; i < ValueOptCount; ++i)
166                if (!stricmp(Name, ValueOpts[i].m_pstrName))
167                        return ValueOpts[i].m_pstrValue;
168        Quit("ValueOpt(%s) invalid", Name);
169        return 0;
170        }
171
172void ProcessArgVect(int argc, char *argv[])
173        {
174        for (int iArgIndex = 0; iArgIndex < argc; )
175                {
176                const char *Arg = argv[iArgIndex];
177                if (Arg[0] != '-')
178                        {
179                        fprintf(stderr, "Command-line option \"%s\" must start with '-'\n", Arg);
180                        exit(EXIT_NotStarted);
181                        }
182                const char *ArgName = Arg + 1;
183                if (TestSetFlagOpt(ArgName))
184                        {
185                        ++iArgIndex;
186                        continue;
187                        }
188               
189                char *Value = 0;
190                if (iArgIndex < argc - 1)
191                        Value = argv[iArgIndex+1];
192                if (TestSetValueOpt(ArgName, Value))
193                        {
194                        iArgIndex += 2;
195                        continue;
196                        }
197                fprintf(stderr, "Invalid command line option \"%s\"\n", ArgName);
198                Usage();
199                exit(EXIT_NotStarted);
200                }
201        }
202
203void ProcessArgStr(const char *ArgStr)
204        {
205        const int MAX_ARGS = 64;
206        char *argv[MAX_ARGS];
207
208        if (0 == ArgStr)
209                return;
210
211// Modifiable copy
212        char *StrCopy = strsave(ArgStr);
213
214        int argc = 0;
215        bool bInArg = false;
216        char *Str = StrCopy;
217        while (char c = *Str)
218                {
219                if (isspace(c))
220                        {
221                        *Str = 0;
222                        bInArg = false;
223                        }
224                else if (!bInArg)
225                        {
226                        bInArg = true;
227                        if (argc >= MAX_ARGS)
228                                Quit("Too many args in MUSCLE_CMDLINE");
229                        argv[argc++] = Str;
230                        }
231                Str++;
232                }
233        ProcessArgVect(argc, argv);
234        free(StrCopy);
235        }
236
237void ListFlagOpts()
238        {
239        for (int i = 0; i < FlagOptCount; ++i)
240                Log("%s %d\n", FlagOpts[i].m_pstrName, FlagOpts[i].m_bSet);
241        }
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.