source: branches/lib/GDE/MUSCLE/src/physeq.cpp

Last change on this file was 10390, checked in by aboeckma, 12 years ago

added muscle sourcles amd makefile
File size: 2.6 KB
Line 
1#include "muscle.h"
2#include "msa.h"
3#include "textfile.h"
4
5const int BLOCKSIZE = 60;
6
7static char FixChar(char c)
8        {
9        switch (c)
10                {
11        case '(':
12        case ')':
13        case '[':
14        case ']':
15        case ':':
16        case ';':
17        case ',':
18                return '_';
19                }
20        if (!isprint(c))
21                return '_';
22        return c;
23        }
24
25static void FixName(char Name[])
26        {
27        while (char c = *Name)
28                *Name++ = FixChar(c);
29        }
30
31void MSA::ToPhySequentialFile(TextFile &File) const
32        {
33        const unsigned SeqCount = GetSeqCount();
34        const unsigned ColCount = GetColCount();
35
36        File.PutFormat("%d %d\n", SeqCount, ColCount);
37
38        if (0 == ColCount)
39                return;
40
41        for (unsigned Seq = 0; Seq < SeqCount; ++Seq)
42                {
43                char Name[11];
44                const char *ptrName = GetSeqName(Seq);
45                size_t n = strlen(ptrName);
46                if (n > 10)
47                        n = 10;
48                memcpy(Name, ptrName, n);
49                Name[n] = 0;
50                FixName(Name);
51                File.PutFormat("%-10.10s", Name);
52
53                int BlockIndex = 0;
54                int Col = 0;
55                for (;;)
56                        {
57                        const unsigned MaxCols = (BlockIndex == 0) ? (BLOCKSIZE - 10) : BLOCKSIZE;
58                        for (unsigned ColsThisBlock = 0; ColsThisBlock < MaxCols; ++ColsThisBlock)
59                                {
60                                if (Col == ColCount)
61                                        break;
62                                if (ColsThisBlock%10 == 0 && (BlockIndex == 0 || ColsThisBlock > 0))
63                                        File.PutChar(' ');
64                                char c = GetChar(Seq, Col);
65                                if (isalpha(c))
66                                        c = toupper(c);
67                                File.PutChar(c);
68                                ++Col;
69                                }
70                        File.PutChar('\n');
71                        if (Col == ColCount)
72                                break;
73                        ++BlockIndex;
74                        }
75                }
76        }
77
78void MSA::ToPhyInterleavedFile(TextFile &File) const
79        {
80        const unsigned SeqCount = GetSeqCount();
81        const unsigned ColCount = GetColCount();
82
83        File.PutFormat("%d %d\n", SeqCount, ColCount);
84
85        if (0 == ColCount)
86                return;
87
88        int Col = 0;
89        for (;;)
90                {
91                const unsigned ColBlockStart = Col;
92                const unsigned MaxCols = (ColBlockStart == 0) ? (BLOCKSIZE - 10) : BLOCKSIZE;
93
94                for (unsigned Seq = 0; Seq < SeqCount; ++Seq)
95                        {
96                        if (0 == ColBlockStart)
97                                {
98                                char Name[11];
99                                const char *ptrName = GetSeqName(Seq);
100                                size_t n = strlen(ptrName);
101                                if (n > 10)
102                                        n = 10;
103                                memcpy(Name, ptrName, n);
104                                Name[n] = 0;
105                                FixName(Name);
106                                File.PutFormat("%-10.10s", Name);
107                                }
108
109                        Col = ColBlockStart;
110                        for (unsigned ColsThisBlock = 0; ColsThisBlock < MaxCols; ++ColsThisBlock)
111                                {
112                                if (Col == ColCount)
113                                        break;
114                                if (ColsThisBlock%10 == 0 && (0 == ColBlockStart || ColsThisBlock > 0))
115                                        File.PutChar(' ');
116                                char c = GetChar(Seq, Col);
117                                if (isalpha(c))
118                                        c = toupper(c);
119                                File.PutChar(c);
120                                ++Col;
121                                }
122                        File.PutChar('\n');
123                        }
124                if (Col == ColCount)
125                        break;
126                File.PutChar('\n');
127                }
128        }
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.